恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物多样性及优势菌变化规律

[目的]明确恩诺沙星曝露下企鹅珍珠贝肠道微生物群落结构尤其是优势菌的变化规律,为企鹅珍珠贝养殖过程中恩诺沙星的科学用药提供参考依据.[方法]针对3个恩诺沙星浓度(0、5和10 mg/L)共9个企鹅珍珠贝肠道样本中的细菌构建16S rRNA文库,再采用Illlumina高通量测序技术从门和属水平上比较分析各处理组间肠道微生物群落结构和多样性的差异.[结果]从9个企鹅珍珠贝肠道样本中共检测到10个菌门,其优势菌门分别是变形菌门(Pro-teobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、螺旋体门(Spirochaetae)、蓝藻门(Cyanobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);共检测到79个菌属,优势菌属主要包括弧菌属(Vibrio)、发光杆菌属(Photobacterium)、嗜冷菌属(Psychrilyobacter)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、疏螺旋体属(Borrelia)、交替单胞菌属(Alteromonas)、微拟球藻属(Nannochioropsis-oceanica)、弓形杆菌属(Arcobacter)、Thalassotalea、Amphritea、Tenacibaculum和微小杆菌属(Exiguobacterium)等.不同恩诺沙星浓度处理下,企鹅珍珠贝肠道的优势菌门与菌属种类丰度差异明显.经恩诺沙星处理后,企鹅珍珠贝肠道变形菌门相对丰度显著升高(P<0.05,下同)、拟杆菌门相对丰度显著降低;弧菌属相对丰度显著升高,微拟球藻属、Aquibacter、BD1-7_clade及希瓦氏菌属(Shewanella)相对丰度则显著降低;此外,弓形杆菌属相对丰度经10 mg/L恩诺沙星处理后显著升高,Psychrobium相对丰度经5 mg/L恩诺沙星处理后显著升高.[结论]经恩诺沙星处理后企鹅珍珠贝肠道微生物的多样性与丰度发生明显变化,且肠道微生物中一些具有特殊功能的优势菌群结构比例也发生变化,该变化规律可为企鹅珍珠贝养殖过程中科学使用恩诺沙星提供参考依据.     

复合益生菌对超早期断奶杜藏乳仔猪肠道微生物群落结构的影响

【目的】探究复合益生菌对超早期断奶（7 d）杜藏乳仔猪肠道微生物多样性及物种丰度的影响,以减轻乳仔猪断奶应激,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。【方法】选取7日龄杜藏乳仔猪30头,随机分为3组,每组10头。对照组（ZM组）随母猪哺乳,试验I组（ZD组）哺喂代乳粉,试验II组（ZY组）哺喂代乳粉+复合益生菌,试验周期21 d。试验结束当天（28日龄）收集乳仔猪粪便,采用Illumina高通量测序分析粪便样品的菌群结构组成。【结果】Illumina高通量测序获得ZM组、ZY组和ZD组杜藏乳仔猪粪便样品共有OTU为327个,ZM组的特有OTU为247个,ZD组的特有OTU为84个,ZY组的特有OTU为96个。在门分类水平上,ZM组杜藏乳仔猪粪便样品中相对丰度最高的菌门为厚壁菌门,ZY组和ZD组为拟杆菌门;ZY组和ZD组的厚壁菌门/拟杆菌门比值分别为0.77和0.92,较ZM组（1.76）分别下降56.25%和47.73%。在属分类水平上,ZD组和ZY组杜藏乳仔猪粪便样品中的优势菌属为普氏菌属_9,ZM组则为乳杆菌属;ZD组杜藏乳仔猪粪便中布劳特氏菌属、肠球菌属和吉氏副拟杆菌属的相对丰度较其他2个处理组显著上升（P<0.05,下同）;而ZY组杜藏乳仔猪粪便中普雷沃氏菌科_NK3B31群、普雷沃氏菌科_UCG-003、厌氧弧菌属、罕见小球菌属、瘤胃菌科_NK4A214群、瘤胃菌科_UCG-005、未明确普雷沃氏菌科及Family_XIII_AD3011_group的相对丰度显著高于ZD组。【结论】在杜藏超早期断奶仔猪代乳粉中添加复合益生菌能有效提高其肠道菌群结构多样性,同时提高与碳水化合物代谢和产短链脂肪酸相关菌群的相对丰度,即复合益生菌具有潜在促进营养物质代谢和抗炎症的功能,可缩短消化道微生物区系由哺乳型向饲料型的转变历程。     

单一益生菌(屎肠球菌)介导的断奶仔猪肠道菌群变化规律

通过细菌16SrRNA基因的高通量测序,对断奶仔猪的肠道菌群结构和饲喂两株单一益生菌(屎肠球菌)后肠道菌群的变化情况和规律进行分析。结果显示,断奶仔猪肠道微生态中拟杆菌门Bacteroidetes和厚壁菌门Firmicutes的细菌所占比例分别为50.5%和42.2%,为绝对优势菌群。饲喂屎肠球菌后,肠道菌群的多样性和细菌丰度均增加;厚壁菌门Firmicutes,变形菌门Proteobacteria、无壁菌门Tenericutes、酸杆菌门Actidobacteria、芽单胞菌门Gemmatimonadetes、放线菌门Actinobacteria细菌的丰度明显上升,而拟杆菌门Bacteroidetes的细菌丰度则发生了明显下降。屎肠球菌所在的肠球菌属Enterococcus的比例虽由0.07%(对照组)上升至0.12%(SF1组)和0.14%(SF2组),但在肠道菌群中所占比例仍然很小,说明屎肠球菌对仔猪肠道微生态的作用主要是影响其他细菌的丰度和多样性进而改变菌群结构。与对照组相比,SF1组的上述菌群变化幅度高于SF2组,通过与3组仔猪生长性能数据的对比,上述菌群变化的幅度与仔猪生长性能提高的程度呈现正相关。     

中草药对蛋鸡肠道微生物多样性和产蛋率的影响

以蛋鸡品种北农1号为研究对象,在饲料中添加中草药(B组)、中草药+益生菌(C组),通过高通量测序分析蛋鸡肠道细菌群落结构变化,并比较产蛋率。结果表明,添喂中药的产蛋鸡肠道细菌群落结构有明显变化,细菌多样性与不添加组比明显降低,C组差异显著;肠球菌属、芽孢杆菌属和梭菌属微生物丰度均显著增加,肠球菌属丰度增加最为明显;拟杆菌属微生物丰度明显降低。B组和C组的产蛋率均有明显提高。可见中草药和益生菌可改善肠道细菌群落结构,促进肠球菌属在蛋鸡肠道中定殖,有效提高蛋鸡的生产性能。     

池塘鱼菜立体种养系统的微生物群落结构分析

为了解池塘鱼菜立体种养系统中微生物的群落结构特征, 探究池塘鱼菜立体种养系统不同组成之间的相互关系, 采用Illumina MiSeq高通量测序方法对系统不同组成的微生物16S rRNA V3～V4区进行测序,比较分析了水体、底泥、蕹菜Ipomoea aquatica Forsk根际与根表、暗纹东方鲀Takifugu obscures肠道及凡纳滨对虾Litopenaeus vanname肠道微生物群落多样性及差异.结果表明: 池塘鱼菜立体种养系统的6组样品细菌分布于 62 门 1 503 属, 优势菌门包括变形菌门 Proteobacteria (27. 71%)、放线菌门 Actinobacteria (16. 37%)、蓝细菌门Cyanobacteria (16. 05%) 和拟杆菌门Bacteroidetes (10. 07%), 主要优势菌属包括红球菌属Rhodococcus、葡萄球菌属 Staphylococcus、弓形杆菌属 Arcobacter、红杆菌属 Rhodobacter、硫杆菌属Thiobacillus和支原体属Mycoplasma; 水体的优势菌门为放线菌门、变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门, 底泥的优势菌门为变形菌门和拟杆菌门, 蕹菜根际及根表的优势菌门为变形菌门、蓝细菌门和拟杆菌门, 暗纹东方鲀肠道的优势菌门为厚壁菌门Firmicutes、 Epsilonbacteraeota、蓝细菌门和拟杆菌门, 凡纳滨对虾肠道的优势菌门为放线菌门和变形菌门; 池塘鱼菜立体种养系统中的功能性细菌分布略有不同, 蕹菜根表硝化细菌的相对丰度显著高于水体、鲀肠道和虾肠道 ( P<0. 05), 蕹菜根际反硝化细菌的相对丰度显著高于其他各组 (P<0. 05), 水体和蕹菜根际固氮菌的相对丰度显著高于虾肠道、底泥和鲀肠道 ( P<0. 05).研究表明, 池塘鱼菜立体种养系统的不同组成 (底泥、水体、蕹菜根际与根表、养殖对象肠道) 由于功能不同微生物群落结构存在较大差异, 在蕹菜根际及根表包含有相对丰度较高的硝化细菌、反硝化细菌、固氮菌, 有助于促进氮循环, 提高系统中氮的利用率, 而养殖对象肠道中既有有益菌也有致病菌属.     

群体感应淬灭酶YtnP对草鱼肠道菌群结构的影响

[目的]揭示群体感应淬灭作用与宿主肠道菌群结构间的作用关系,为具有群体感应淬灭作用益生菌及其淬灭酶在水产养殖上的推广应用提供理论依据.[方法]选取30尾规格为25±1 g/尾的草鱼随机分为对照组和试验组,试验组每尾草鱼腹腔注射100μL溶解稀释后的YtnP(25μg/mL),对照组每尾草鱼腹腔注射等量的300 mmol/L分子筛缓冲液,分别在注射后24和48 h采集草鱼前肠、中肠和后肠的肠道组织及内容物,提取各肠段总DNA及PCR扩增16S rRNA序列V3~V4可变区,然后基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析外源添加YtnP对草鱼肠道菌群多样性与丰度的影响.[结果]12份草鱼肠道样品测序共获得原始序列(Raw reads)660205条,有效序列(Valid reads)416614条;对照组和试验组样品的OTU数目分别为142±102和143±67个.在门分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道优势菌群均为放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);相对于对照组,试验组草鱼肠道中浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度显著增加(P<0.05,下同),放线菌门、梭杆菌门和变形菌门的相对丰度也呈升高趋势,但差异不显著(P>0.05,下同),厚壁菌门、TM7和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度则呈下降趋势.在属分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道均以鲸杆菌属(Cetobacterium)和诺卡氏菌属(Nocardia)为优势菌群;相对于对照组,试验组草鱼肠道中鲸杆菌属相对丰度呈升高趋势、诺卡氏菌属相对丰度呈下降趋势,但变化差异均不显著,未特指微杆菌属(Unspecified_Microbacteriaceae)相对丰度则显著增加.草鱼肠道菌群结构Alpha多样性分析发现,试验组样品的Chao1和ACE指数低于对照组样品,Shannon和Simpson指数略高于对照组样品,但差异均不显著;Beta多样性分析结果显示,对照组与试验组间的菌群特点存在差异,且组间区分效果明显.[结论]外源添加YtnP不会导致草鱼肠道优势菌群种类发生明显变化,但能在一定程度影响肠道菌群的相对丰度.     

可溶性玉米纤维对仔猪盲肠微生物多样性的影响

[目的]本试验旨在研究日粮中添加可溶性玉米纤维(Fibersol-2,Fib2)对仔猪盲肠微生物多样性、有机酸及肠道屏障功能的影响。[方法]选用28日龄、初始体质量为(9.65±0.44)kg的杜×长×大三元杂交仔猪448头,随机分为4组,每组8个重复,每个重复14头,分别饲喂4种日粮:基础日粮分别加0(对照组)、1、2和4 g·kg~(-1) Fib2。预试期7 d,正试期28 d。[结果]在门水平上,日粮中添加Fib2显著降低软壁菌门和放线菌门的相对丰度(P0.05,线性),提高拟杆菌门而降低厚壁菌门和变形菌门的相对丰度(P0.05,线性和二次)。在科水平上,Fib2显著提高普雷沃氏菌科、拟杆菌科和紫单胞菌科的相对丰度而降低瘤胃菌科、毛螺菌科、梭菌科、丹毒丝菌科和unclassified Mollicutes RF9的相对丰度(P0.05,线性),提高Bacteroidales S24-7 group的相对丰度(P0.05,二次),提高乳杆菌科而降低消化链球菌科的相对丰度(P0.05,线性和二次)。在属水平上,Fib2显著提高普氏菌属、拟普雷沃氏菌属、拟杆菌属和紫单胞菌属的相对丰度而降低瘤胃球菌属、Lachnospiraceae NK4A136 group、梭菌属和unknown genus的相对丰度(P0.05,线性),提高unclassified Bacteroidales S24-7 group的相对丰度(P0.05,二次),提高乳杆菌属和Prevotellaceae UCG的相对丰度,降低Eubacterium coprostanoligenes group、罕见小球菌属和地孢子菌属的相对丰度(P0.05,线性和二次)。Fib2显著提高乳酸、乙酸、丙酸、戊酸、总挥发性脂肪酸(P0.05,线性)、异丁酸和异戊酸含量(P0.05,线性和二次)。在14 d时,Fib2显著降低血清D-乳酸、内毒素含量(P0.05,线性)和二胺氧化酶活性(P0.05,线性和二次)。Pearson相关性分析表明:盲肠微生物与有机酸及肠道渗透性之间存在相关关系。[结论]在本试验条件下,日粮中添加Fib2改变仔猪盲肠微生物菌群结构,提高有机酸浓度,降低肠道渗透性,最终改善仔猪肠道健康。     

五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物菌群的影响

为研究五味子对产蛋期藏鸡肠道微生物的影响,探明中药五味子对家禽肠道微生物作用的机理,以40周龄藏鸡作为试验对象,对照组饲喂全价产蛋期日粮,试验组饲喂添加0.5%五味子的全价日粮,4周后收集藏鸡回肠内容物,对其中微生物的16S rRNA V3～V4可变区进行Illumina高通量测序和生物信息学分析。结果表明,饲料中添加五味子后藏鸡肠道微生物的OTU种类无显著变化,但相似性增加。藏鸡肠道微生物中厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门为优势菌群,五味子组与对照组相比拟杆菌门相对丰度上调16.37%,主要是由拟杆菌门下的拟杆菌属和理研杆菌属的相对丰度上升引起,厚壁菌门相对丰度下调19.78%,这主要是由厚壁菌门下的的乳酸杆菌属和罗姆布齐亚菌属的相对丰度下调引起。五味子组氨基酸球菌科、考拉杆菌属的相对丰度与对照组相比上调差异显著(P<0.05)。五味子组与对照组相比肠道微生物物种α多样性有所升高,组内不同样本间微生物β多样性的差异性减小,但差异不显著。结果表明,产蛋期藏鸡饲料中添加0.5%五味子使藏鸡肠道微生物多样性增高,而个体间菌群差异性减小,部分有益微生物的生长得到了有效促进,有利于...     

冷鲜鸡冷藏保存过程中菌群结构变化分析

为了探索冷鲜鸡冷藏保存过程中微生物菌群结构的变化,于华东地区一家禽定点屠宰场随机采集25只冷鲜鸡样品,置于4 ℃冷藏保存,在第0、1、3、5、7 天,分别取5只冷鲜鸡,检测挥发性盐基氮、菌落总数、大肠埃希菌数量的变化,并进一步通过高通量测序技术分析菌群结构的变化。结果显示,随着冷藏时间的延长,挥发性盐基氮由5.51 mg·(100 g)^-1 增至29.84 mg·(100 g)^-1(P<0.05),菌落总数、大肠埃希菌总数分别由4.46×10⁶、1.48×10⁶ CFU·g^-1增至1.87×10⁸、5.18×10⁶ CFU·g^-1(P<0.05)。高通量测序分析表明,在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为优势菌门,其相对丰度在各个试验组均超过99%,变形菌门的相对丰度随着冷蔵天数的增加而增加,厚壁菌门的相对丰度随着冷藏天数的增加而减少。在属水平上,乳酸杆菌属(Lactobacillus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、肠球菌属(Enterococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、埃希氏菌属(Escherichia)为主要的优势菌属。随着冷藏天数的增加,在相对丰度大于0.1%的属中,有9个属的相对丰度显著增加,包括肉食杆菌属(Carnobacterium)、乳球菌属(Lactococcus)、巨球菌属(Macrococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)、希瓦氏菌属(Shewanella)等典型的腐败菌;10个菌属的相对丰度显著降低,包括拟杆菌属(Bacteroides)、布劳特氏菌属(Blautia)、肠球菌属(Enterococcus)、粪杆菌属(Faecalibacterium)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和SMB53等典型肉鸡肠道菌属。综上,冷鲜鸡肉的污染微生物起始阶段主要是肉鸡自身携带微生物,而后逐渐演替成腐败菌为优势菌群,导致鸡肉的腐败变质。     

日本龟蜡蚧肠道微生物多样性分析

采用高通量测序分析日本龟蜡蚧肠道微生物多样性和抗生素处理后肠道菌群的变化。结果表明,日本龟蜡蚧肠道优势菌门分别为拟杆菌门、变形菌门和厚壁菌门,共占到总菌门数的85%以上;优势菌属为拟杆菌属(Bacteroides)、韦荣氏球菌属(Veillonella)、乳杆菌属(Lactobacillus);用抗生素处理后,寄主为柿树的日本龟蜡蚧肠道微生物优势菌占总菌比例显著下降,其中,拟杆菌属由15.07%下降至10.08%,韦荣氏球菌属由10.32%下降至5.61%。     

抗虫辣椒BLTY品系对斜纹夜蛾肠道细菌多样性的影响

【目的】BLTY品系辣椒叶片对1～3龄斜纹夜蛾幼虫有较强的胃毒性,本研究旨在进一步探明这种胃毒性与肠道细菌群落结构及多样性的相关性。【方法】利用Illumination HiSeq技术对斜纹夜蛾3龄幼虫取食BLTY品系辣椒叶片、FXBX辣椒叶片(无毒性)及人工饲料后肠道细菌16S rRNA的特异性区域进行测序,应用Usearch和R语言软件分析其肠道细菌群落结构、物种丰度及多样性的差异。【结果】厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)为不同处理下斜纹夜蛾3龄幼虫肠道细菌的共有优势菌门。相较于取食无毒性的FXBX辣椒叶片和人工饲料,取食BLTY品系辣椒叶片的肠道菌群Alpha多样性指数显著上升,菌群组成和结构差异显著。在门水平上,变形菌门、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)相对丰度升高;在属水平上,有益菌肠球菌属(Enterococcus)相对丰度降低,而致病菌沙门氏菌属(Salmonella)、布鲁氏菌属(Brucella)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)相对丰度显著升高。KEGG代谢差异...     

猪粪厌氧发酵消化液回流体系微生物群落结构特征与产气关系研究

为明确厌氧发酵消化液回流体系中微生物群落结构的特征,采用Miseq高通量测序技术,研究回流过程中微生物的多样性和群落结构变化,并分析其与产气性能的关系。结果表明:消化液回流体系中,细菌的丰富度、多样性均高于产甲烷古菌,并随回流时间的延长明显增加,而产甲烷古菌无明显变化;细菌群落主要分为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)等8个不同的门类,厚壁菌门、梭菌纲(Clostridia)、梭菌属(Clostridium)是不同水平上的优势细菌,相对丰度分别从初期的62.79%、58.62%、35.44%上升到81.46%、68.19%、39.10%;产甲烷古菌中,广古菌门(Euryarchaeota)占绝对优势,在接种物中,第68 d和第219 d相对丰度分别为94.76%、99.89%、99.59%,属分类上主要有7种,其中甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)的相对丰度由23.99%升高到72.28%,而甲烷短杆菌属(Methanobrevibacter)和甲烷球菌属(Methanosphaera)分别由16.34%、21.71%降低至3.70%、12.93%;日平均产气率由初期的409 m L·g~(-1)升高至477 m L·g~(-1),在219 d的试验中,氨氮和有机酸浓度均呈升高趋势,但并未对厌氧发酵产生抑制作用。研究表明:厌氧发酵回流体系中微生物以梭菌属和甲烷八叠球菌属为优势菌属,产气率随其相对丰度的增大而升高,而与甲烷短杆菌属和甲烷球菌属呈负相关。     

利巴韦林干预对肉鸡肠道微生物群落结构的影响

【目的】探讨矮脚黄鸡口服利巴韦林后其肠道微生物群落结构多样性的变化情况,揭示抗病毒药物对动物肠道健康的影响机制,为科学禁用抗生素及开发绿色生态饲料提供理论依据。【方法】90日龄矮脚黄鸡按10 mg/kg的剂量连续口服利巴韦林溶液7 d（试验组）,以口服等量生理盐水为对照组,停药后收集4 h内的新鲜鸡粪。通过粪便基因组提取试剂盒提取鸡粪总DNA,根据细菌16S rDNA序列V3~V4可变区,设计通用引物338F和806R进行PCR扩增,然后参照Illumina MiSeq平台上机说明进行Illumina MiSeq高通量测序。【结果】从16个矮脚黄鸡粪便样品中共获得614626条原始序列（Raw reads）,经质量控制后获得606862条优质序列（Clean reads）,按97%的序列相似度进行OTU聚类分析获得968个OTUs,对照组和试验组共享624个OTUs。矮脚黄鸡肠道微生物群落丰富度指数（Chao1和ACE）表现为对照组显著（P<0.05,下同）或极显著（P<0.01,下同）高于试验组;在物种多样性方面,Simpson指数的组间差异不显著（P>0.05）,Shannon指数则表现为试验组显著高于对照组。对照组和试验组的矮脚黄鸡粪便样品均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌门,相对丰度均在5.00%以上;在属分类水平上,相对丰度大于0.10%的属共有108个,对照组和试验组均以乳杆菌属相对丰度最高,分别为34.07%和19.26%。矮脚黄鸡口服利巴韦林后,肠道中的乳杆菌属、肠球菌属、Paeniglutamicibacter、Tessaracoccus、埃希氏杆菌属、副球菌属、Gottschalkia及黄杆菌属呈显著或极显著下降趋势,而拟杆菌属、葡萄球菌属、叠球菌属、Jeotgalicoccus、Unclassified_f_rikenellaceae、Unclassifier_o_bacteroidales、Rikenellaceae_RC9_gut_group、明串珠菌属及丹毒丝菌属呈显著或极显著上升趋势。UniFrac-PCoA分析发现,第一主成分（PC1）和第二主成分（PC2）的贡献率分别为73.44%和6.99%,对照组和试验组间的微生物群落结构差异明显,彼此间可较好地区分开,但同处理组内的8个样品能很好地聚在一起,菌群相似度很高。【结论】口服利巴韦林会显著影响矮脚黄鸡肠道微生物区系,改变肠道微生物的稳态结构,进而导致其肠道健康受到损伤。     

利用Illumina Miseq测序技术研究鲍内脏多肽对小鼠肠道微生物的影响

[目的]研究鲍内脏活性物质对小鼠肠道微生物的影响。[方法]从鲍内脏中制备多肽并灌胃小鼠,利用Illumina Miseq测序技术分析小鼠肠道微生物的群落结构及动态变化。[结果]门水平上,小鼠肠道微生物最优势菌群为拟杆菌门(Bacteroidetes),占总序列的69.10%;其次为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),分别占总序列的23.50%和5.00%,变形菌门又以δ-变形菌纲居多。属水平上,最优势类群为拟杆菌目(Bacteroidales)的一个未知分类属,占30.33%;其次为拟普雷沃菌属(Alloprevotella)和拟杆菌属(Bacteroides),分别占12.47%和9.80%。灌胃鲍内脏多肽后,小鼠肠道中丰度前30位的菌属中有4个属的丰度上调,其中副拟杆菌属(Parabacteroides)的丰度显著上调。丰度下调的属有7个,其中毛螺菌科(Lachnospiraceae)一个未分类属和厌氧支原体属(Anaeroplasma)丰度显著下调。[结论]灌胃鲍内脏多肽后小鼠肠道微生物多样性呈增加的趋势,且在小鼠肠道中检测到一些与宿主健康相关的差异细菌类群。     

黄连解毒散和黄霉素对不同日龄肉鸡回肠菌群结构的影响

为了研究饲料中添加黄连解毒散(CPD)和黄霉素(FLA)对肉鸡回肠肠道菌群结构的影响,选取180只1日龄爱拔益加(AA)肉仔鸡,随机分成3组,分别饲喂基础饲粮(对照组)、基础日粮添加5 mg/kg FLA(FLA组)、基础日粮添加1.25 g/kg CPD(CPD组)。结果表明,随着日龄的增加,各组肉鸡的回肠微生物多样性逐渐下降,其中FLA组和CPD组35日龄时操作分类单元(OTU)丰度显著低于15和25日龄(P0.05)。与对照组相比,日粮中添加FLA显著降低了35日龄肉鸡回肠菌群中黄杆菌属、链球菌属和拟无枝酸菌属等10个属的相对丰度(P0.05);添加CPD显著降低了35日龄肉鸡回肠菌群中克雷伯菌属、黄杆菌属和拟无枝酸菌属等6个属的相对丰度(P0.05)。不同处理组肉鸡回肠微生物群落在代谢途径和蛋白质功能上也存在显著差异。35日龄时,与FLA组相比,CPD组肉鸡回肠菌群信号分子与相互作用功能显著增加(P0.05),同时转录及细胞支架功能显著降低(P0.05)。由此可见,肉鸡日粮中添加CPD可以调节回肠菌群结构,与FLA作用相似,且不同微生物群落中功能基因的代谢途径也随日粮而变化。     

恩诺沙星对马氏珠母贝肠道微生物群落的影响

【目的】明确恩诺沙星对马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)肠道微生物群落的影响,了解其变化规律,为制定马氏珠母贝细菌感染的最佳治疗方案提供参考依据。【方法】采用16S rDNA测序定量评价不同恩诺沙星处理浓度(0、5和10 mg/L)下马氏珠母贝肠道微生物群落结构的变化情况,并运用生物信息学手段在门和属水平上比较分析各处理间马氏珠母贝肠道微生物群落结构的相似性和差异性。【结果】从9个马氏珠母贝肠道内容物样品(PA1、PA2、PA3、PB1、PB2、PB3、PC1、PC2和PC3)中共获得755159个有效序列,分别归属于9个门48个属。在门水平上,对照处理(PA,0 mg/L)马氏珠母贝肠道的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)和厚壁菌门(Firmicutes),相对丰度分别为40.65%、33.87%和15.75%;两个恩诺沙星处理(PB,5 mg/L;PC,10 mg/L)的优势菌均为变形菌门,相对丰度分别为91.61%和85.00%。在属水平上,PA处理马氏珠母贝肠道的优势菌属为支原体属(Mycoplasma)、微小杆菌属(Exiguobacterium)、柠檬酸细菌属(Citrobacter)和埃希氏菌—志贺氏菌属(Escherichia-Shigella),相对丰度分别为26.33%、12.22%、10.62%和9.66%;PB处理的优势菌属为弧菌属(Vibrio),相对丰度为52.10%;PC处理的优势菌属为弧菌属和发光杆菌属(Photobacterium),相对丰度分别为40.24%和23.43%。操作分类单元(OTU)聚类分析结果表明,3个处理(PA、PB和PC)的共有OUTs为138个,占OTUs总数的54.76%;PB和PC处理的共有OUTs达176个,即这两个处理间具有更高的相似性。【结论】恩诺沙星处理浓度达5 mg/L时即对马氏珠母贝肠道微生物群落产生影响,并使其暴露于弧菌等致病菌的威胁下,因此在马氏珠母贝养殖生产中须谨慎使用恩诺沙星。     

3种抗生素对小菜蛾肠道微生物群落的影响

小菜蛾（Plutella xylostella）肠道中有丰富的微生物，易受食物及饲养环境影响。为了解抗生素在饲养过程中对小菜蛾肠道菌群的影响，用氨苄青霉素、硫酸链霉素和利福平3种抗生素浸泡甘蓝叶后饲喂小菜蛾，采用高通量测序技术研究其肠道微生物群落结构的变化。结果表明，小菜蛾肠道细菌主要为厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidota），肠球菌属（Enterococcus）和肠杆菌属（Enterobacter）为优势属；真菌主要为子囊菌门（Ascomycota）、担子菌门（Basidiomycota）和毛霉门（Mucoromycota），优势属为青霉属（Penicillium）。小菜蛾取食不同剂量抗生素浸泡的甘蓝叶后，肠道中子囊菌门相对丰度均上升，厚壁菌门相对丰度均下降；担子菌门在10 mg/L氨苄青霉素处理后相对丰度显著降低，其次是100 mg/L硫酸链霉素处理组，其余处理组均上升；毛霉门在100 mg/L硫酸链霉素处理后相对丰度显著提升，其次是5 mg/L氨苄青霉素处理组，其余处理组均下降；变形菌门在100 mg/L硫酸...     

甘蔗提取物对敌草快诱导断奶仔猪氧化损伤的防护效果及肠道微生物参与的机制

[目的]本试验旨在探究甘蔗提取物(SCE)对敌草快诱导断奶仔猪氧化损伤的防护效果及其肠道微生物的参与机制。[方法]选择28头断奶仔猪,随机分为4组:对照(Cont)组、敌草快(Diqu)组、1%(质量分数)甘蔗提取物添加(SCE1)组和2%甘蔗提取物添加(SCE2)组。后3组在第21天早晨空腹腹腔注射10 mg·kg~(-1)敌草快溶液,对照组注射等剂量的生理盐水,于第24天屠宰,取血样测定氧化应激指标(谷胱甘肽过氧化物酶、总抗氧化能力、丙二醛、二胺氧化酶和超氧化物岐化酶)和免疫球蛋白,取结肠食靡样品测定并分析细菌群落。[结果]注射敌草快后72 h内,Diqu组和SCE1组仔猪体质量呈现负增长,添加2%SCE显著提高断奶仔猪平均日增重和平均日采食量(P0.05),显著改善饲料转化效率(P0.05)。同时提高血液免疫球蛋白IgM水平和谷胱甘肽过氧化酶活性。在肠道微生物方面,4个组间的结肠微生物β多样性具有显著差异。在门水平上,SCE2组结肠中的螺旋菌门、广古菌门和疣微菌门的相对丰度显著低于Diqu组(P0.05)。在属和OTU的水平上,添加2%SCE显著增加潜在有益菌Lactobacillus和Ruminococcus gauvreauii group的相对丰度,降低潜在有害菌Clostridium sensu stricto 1、Klebsiella和Sharpea的相对丰度。[结论]日粮添加2%SCE可在氧化应激条件下保护仔猪肠道微生物物种多样性,缓解敌草快造成的氧化损伤。     

仁扇舟蛾幼虫肠道细菌多样性

利用Illumina HiSeq高通量测序技术对仁扇舟蛾(Clostera restitura)5龄幼虫前、中、后肠细菌的16S rDNA V4区序列进行测序,分析不同肠段细菌群落结构组成,比较细菌群落结构的差异性.结果表明:仁扇舟蛾5龄幼虫前、中、后肠细菌共归属于26个门,78个纲,142个目,267个科,392个属.其中,优势菌门为变形菌门(Pro-teobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria).在属水平上,主要有肠杆菌属(Enterobacter)、盐单胞菌属(Halomonas)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、希瓦氏菌属(Shewanella)、拟杆菌属(Bac-teroides)、不动杆菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、罗斯氏菌属(Roseburia)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、假单胞菌属(Pseudomonas).从不同肠段细菌群落α多样性可知,中肠的物种多样性最高,后肠的物种丰富度最高,前肠的物种多样性、丰富度均最低.样本层级聚类及PCoA分析可知,中肠和后肠的群落结构相似性较高.LEfSe差异分析结果显示,中肠的差异细菌种类最多.仁扇舟蛾5龄幼虫前、中、后肠的细菌群落结构物种组成及丰度不同,且多样性存在差异,肠道细菌在提高宿主对环境的适应性上发挥作用.     

微生物添加剂对甘蔗尾叶青贮细菌多样性的影响

[目的]研究微生物添加剂对甘蔗尾叶青贮细菌多样性的影响,为甘蔗尾叶青贮技术优化提供参考依据.[方法]试验设3个处理:处理1在新鲜甘蔗尾叶中添加1%植物乳杆菌和3%米曲霉,处理2添加1%饲用复合微生物制剂,以新鲜甘蔗尾叶直接青贮为对照处理.青贮原料切碎后与添加剂充分混匀,密封,室温青贮45 d后采样,放入无菌样品袋,-80℃保存.采用Miseq高通量测序分析甘蔗尾叶青贮细菌门、属水平群落结构,并对3个处理的甘蔗尾叶青贮进行感官评定.[结果]对照、处理1和处理2甘蔗尾叶青贮的感官评定等级分别为良好、良好和一般.3个处理甘蔗尾叶青贮细菌共有操作分类单元(OTU)182个,对照、处理1和处理2特有OTUs分别为179、319和3321个,OTUs总数分别为845、1115和3815个.处理2的甘蔗青贮细菌群落Shannon指数和Chao1指数均显著高于对照和处理1(P<0.05,下同),处理1的Shannon指数和Simpson指数显著高于对照,3个处理的覆盖指数均接近1.00.在门水平上,对照和处理1甘蔗尾叶青贮的优势细菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度分别为95.92%、2.46%和84.90%、13.79%;处理2的优势细菌门为变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门(Bacteroidetes),相对丰度分别为74.67%、23.52%和1.61%.在属水平上,对照甘蔗尾叶青贮细菌中相对丰度在1.00%以上的属有乳杆菌属(Lactobacil-lus)、梭菌属IV群(Clostridium_IV)和严格梭菌属(Clostridium_sensu_stricto),三者相对丰度分别为84.28%、1.18%和5.14%;处理1中,乳杆菌属、醋酸杆菌属(Acetobacter)和芽孢杆菌属(Bacillus)3个属的相对丰度在1.00%以上,分别为78.56%、12.78%和4.14%;处理2甘蔗尾叶青贮细菌中相对丰度在1.00%以上的属有10个,其中腐败菌肠杆菌科未分类菌属(Enterobacteriaceae_unclassified)(47.64%)、梭菌科未分类菌属(Clostridiaceae_1_unclassified)(7.62%)、梭菌属IV群(Clostridium_IV)(4.79%)和肠杆菌属(Enterobacter)(7.38%)占绝对优势,乳杆菌属相对丰度仅为0.81%.[结论]甘蔗尾叶添加饲用复合微生物制剂进行青贮,其物种数最丰富,但腐败菌未得到抑制;甘蔗尾叶添加植物乳杆菌和米曲霉进行青贮可显著提高甘蔗尾叶青贮细菌群落的繁殖生长,进而提高甘蔗尾叶青贮的微生物多样性及群落相对丰度,可在甘蔗尾叶青贮中应用.