山羊环状RNA circ_ZCCHC24的鉴定和表达分析

【目的】本文对山羊卵泡差异表达的环状RNA circ_ZCCHC24进行了成环鉴定和表达定位分析。【方法】分别采用生物信息学技术、Sanger测序技术、实时荧光定量PCR和荧光原位杂交技术,研究了circ_ZCCHC24的序列和结构组成、接头序列中的环化位点和表达定位情况。【结果】circ_ZCCHC24是由山羊ZCCHC24基因的部分第1内含子和第2外显子环化而成,sanger测序结果也证明了这一结果;circ_ZCCHC24在麻城黑山羊卵泡中的表达量显著高于波尔山羊卵泡(P0.01)。circ_ZCCHC24表达具有组织特异性,在波尔山羊肾脏高表达,卵泡中低表达;circ_ZCCHC24定位于山羊卵泡颗粒细胞的胞质中,发挥"miRNA吸附海绵"的功能。【结论】本研究为进一步研究circ_ZCCHC24调控母羊卵泡发育的分子机理,挖掘出高产母羊的特有调控通路奠定了基础,也为高繁殖力山羊品种的培育提供新靶点。     

转录组测序筛选牛卵泡发育相关基因及其表达差异分析

【目的】通过不同生理状态牛卵泡高通量测序筛选与卵泡发育相关的基因。【方法】母牛同期发情后,B超声波连续监测并适时采集第一卵泡波出现偏差前的最大卵泡(the largest follicle at predeviation,PDF1)和第二大卵泡(the second largest follicle at predeviation,PDF2),构建RNA文库后Illumina平台测序,经数据库比对,设定参数筛选高表达基因、差异表达基因并进行GO分析,Genecards基因功能查询进一步筛选与卵泡发育直接相关的调控基因,q RT-PCR对筛选的基因进行表达量验证分析。【结果】两个转录本中共获得263个差异表达基因;GO功能聚类分析共分为三大类90组:其中生物学过程占64.4%,细胞组分占17.8%,分子功能占17.8%;获得一些重要的功能富集通路,如调控信号转导和细胞因子应答的生物途径;基因表达量分析筛选出10个高表达的上调和下调基因,获得参与雌激素合成和胎儿性别发育的CYP17A1、参与类固醇激素合成的LOC785462、细胞发育过程中调节细胞凋亡的DACH1以及调节ERK和MEK1/2信号通路的MAP3K3。Genecards功能查询共获得6个基因与卵泡发育关系较为密切,其中上调基因分别为PRSS35,PTGRF,ARID4B,GPR116;下调基因为APOA1和CPXM1;q RT-PCR结果显示,PRSS35和ARID4B在DF中的表达量显著高于SF(P0.05),CPXM1在SF中的表达量极显著高于DF(P0.01),PTGRF,GPR116和APOA1在DF和SF中的表达量不存在显著差异(P0.05),但其表达变化趋势与高通量测序结果相一致。【结论】转录组测序结果真实可靠,PRSS35和ARID4B在卵泡发育过程中发挥正调控作用,CPXM1在卵泡发育过程中发挥负调控作用,获得的牛卵泡发育相关基因和重要调节途径,对后期深入探讨卵泡发育调控机理的研究具有重要意义。     

阿勒泰羊FKBP5基因的克隆及其在组织中的表达

【目的】研究FKBP5基因和蛋白在绵阿勒泰羊不同组织、不同卵泡发育时期中的表达和定位情况。【方法】利用PCR法扩增获得阿勒泰羊FKBP5基因CDS区全长序列,并构建分子系统进化树;利用Real-time qPCR和Western Blot检测阿勒泰羊卵巢等不同器官和组织中FKBP5基因和蛋白的表达量;利用Real-time qPCR技术检测FKBP5基因在阿勒泰羊不同大小卵泡及黄体中的表达情况;利用免疫组化技术检测FKBP5蛋白在阿勒泰羊卵巢中的表达定位。【结果】阿勒泰羊FKBP5基因CDS区序列全长1390 bp,编码462个氨基酸;绵羊与山羊和牛的亲缘关系较近,与鸡(禽类)亲缘关系较远;FKBP5基因和蛋白在绵羊心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、子宫、卵巢、输卵管和睾丸中均有表达,其中在输卵管中表达量最高,接下来依次是肝脏、脾脏、子宫、卵巢和睾丸等器官和组织,在心脏、肺和肾脏中表达量较低;FKBP5基因在大卵泡中的表达量最高,且极显著高于卵巢、小卵泡和黄体(P<0.01),其次是卵巢和小卵泡,在黄体中表达量最低;FKBP5基因在大、小卵泡不同细胞中的表达情况略有不同。其在大卵泡膜细...     

盐胁迫下转 DcCIPK24 拟南芥的转录组比较分析

【 目 的】 探 究 铁 皮 石 斛（Dendrobium catenatum Lindl.）DcCIPK24 的 下 游 响 应 基 因， 为 研 究DcCIPK24 提高耐盐性的分子调控途径提供指导。【方法】利用 Illumina NovaSeq 6000 测序平台对 200 mmol/L NaCl 处理和对照组的转 DcCIPK24 拟南芥、野生型拟南芥进行测序，分析差异表达基因的富集通路，并对通路中的差异基因进行荧光定量 PCR 验证。【结果】盐胁迫下，从 2 个转基因拟南芥株系与野生型拟南芥的比较组合中共鉴定出 96 个差异表达基因；GO 注释分析发现 96 个差异基因主要被富集在分子功能相关通路；KEGG 富集分析发现差异基因主要被注释在氨基糖和核苷酸糖代谢、植物 MAPK 信号通路和甘油酯代谢通路中，选取上调表达的差异基因 AtGPAT5、AtSIRK、AtMEE25、AtUGE5 和下调表达基因 AtAMT1-2、AtATTI3、AtCYP71A25、AtLHCB4.3 进行实时荧光定量 PCR 验证，结果表明盐胁迫下 8 个差异基因表达趋势与转录组数据基本一致。【结论】盐胁迫下，DcCIPK24 主要通过氨基糖和核苷酸糖代谢途径、植物 MAPK 信号途径和甘油酯代谢通路响应耐盐。     

基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因

【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33 896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-RNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。【结论】获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。     

应用Solexa测序技术挖掘山羊卵巢组织microRNA

【目的】旨在构建、分析山羊卵巢组织miRNA表达谱,为进一步研究特定miRNA与山羊卵泡发育及性激素分泌等相关生殖活动的关系奠定理论基础。【方法】首先从山羊卵巢组织总RNA中分离小片段RNA,然后进行Solexa测序和生物信息学分析,最后利用q-PCR技术验证miRNA在山羊卵巢组织中的表达。【结果】共鉴定出508个山羊卵巢组织表达的miRNA和19个对应的miRNA*,这些miRNA在哺乳动物（绵羊、牛、猪、马、狗）进化过程中高度保守;q-PCR验证了8个miRNA在山羊卵巢组织中的表情况,定量结果与测序结果一致。【结论】成功构建了山羊卵巢组织miRNA表达文库,山羊卵巢组织miRNA表达丰富且其表达量各异。     

金堂黑山羊FSH信号调节对卵巢基因表达谱影响的研究

【目的】本研究旨在搞清楚金堂黑山羊FSH信号调节机制的作用模式。【方法】将10只生殖周期相同的健康空怀的金堂黑山羊成年母羊随机分成2组,一组为对照组,一组为试验组。在发情后的第2天对试验组金堂黑山羊进行FSH肌肉注射100IU,并在注射24 h后,摘取金堂黑山羊的卵巢;对照组发情后的第3天摘取卵巢。分别提取它们的总RNA,进行表达谱测序。【结果】经测序分析:对照组和试验组分别得到有效序列30 906 038和27 763 272条;经统计分析后,得到归一化序列30 216 946和27 124882条,与山羊基因组的符合率分别达85.30%和86.13%。比对后发现239个基因出现显著性差异表达,其中139个基因上调了表达,100个基因下调了表达。GO功能分类发现在86个生物学过程、细胞组分、分子功能出现了显著性差异。KEGG功能分类发现有6个调节途径发生了显著性改变。【结论】FSH信号强度变化作用在卵巢上主要通过调节卵巢激素分泌、调节卵巢上FSH信号传导通路、调节脂代谢来响应,从而调节了动物的繁殖性能。     

PI3K信号通路关键基因在猪卵泡发育中的表达规律

【目的】研究不同时期猪卵巢卵泡发生的形态特征及磷脂酰肌醇3–激酶(Phosphoinositide 3-kinase,PI3K)信号通路关键基因在卵泡发生发育中的作用。【方法】通过HE染色观察12日龄、30日龄、70日龄、20月龄卵泡期及黄体期、48月龄的长大二元母猪卵巢卵泡发育的形态变化,应用实时荧光定量PCR检测PI3K通路关键基因在这些时期的表达规律,并通过Western blot法检测PI3K通路重要的下游效应因子p-rpS6在不同时期猪卵巢的表达情况。【结果】12日龄母猪卵巢皮质边缘有大量的原始卵泡,皮质与髓质交界处可见少量初级卵泡及个别的次级卵泡;30日龄母猪卵巢次级卵泡数量增加;70日龄出现3级卵泡;20月龄卵泡期、黄体期分别有大量成熟卵泡、大体积的黄体;48月龄较难观察到原始卵泡。PI3K通路抑制因子PTEN、TSC1、TSC2与激活因子PDK1、AKT1、mTOR的mRNA均在12日龄表达量最高,70日龄、48月龄表达量次之,30日龄和20月龄表达量最低;下游效应基因rpS6的mRNA 30日龄表达量最高,20和48月龄表达量最低,p-rpS6蛋白在12日龄、20月龄、48月龄母猪卵巢高表达,在30日龄、70日龄中几乎不表达。【结论】PI3K通路关键基因在不同时期母猪卵巢中的表达水平不同,说明该通路参与了猪卵泡的早期发生及卵泡成熟的调控过程。     

激素处理后绵羔羊和成年母羊卵巢颗粒细胞miRNA特征分析

【目的】通过small RNA高通量测序技术,筛选绵羔羊和成年母羊差异表达miRNA,进一步挖掘和鉴定与卵泡发育相关的相关基因,揭示其性状差异的信号通路及分子调控网络。【方法】以绵羔羊和成年母羊颗粒细胞为研究对象,应用高通量测序技术进行small RNA文库构建,获得miRNA表达谱,鉴定差异表达miRNA,进而对这些差异表达miRNA及其靶基因进行功能注释、聚类分析及通路富集等。【结果】从2个样本miRNA库鉴定出238个已知miRNAs和79个新miRNAs。共获得9个差异miRNA,与成年羊相比,羔羊有4个miRNA上调,5个下调。其中,oar-miR-106a上调倍数最大(1. 85),oar-miR-10a下调最为显著(-2. 20)。对差异miRNAs进行GO富集和KEGG通路富集分析表明,新陈代谢途径富集的基因最多。利用qRT-PCR对5个随机挑选的miRNA进行验证,结果与测序数据一致,说明测序结果可靠。【结论】miRNAs可能在激素处理后对绵羊生殖生理中起着重要的作用,包括卵泡和卵母细胞的发育,颗粒细胞的增殖等。     

山羊卵巢颗粒细胞差异表达基因消减文库的建立

为了从单卵泡水平建立非闭锁大小卵泡颗粒细胞基因表达的消减文库,选择繁殖性能正常、空怀高繁殖力黄淮山羊2只,以氯前列烯醇处理40h后取卵巢,计数卵泡并测量卵泡直径,钝性分离采集卵泡颗粒细胞,置于液氮内保存,取样后的卵泡部分组织采用原位缺口末端标记法(TUNEL)进行闭锁鉴定。选择直径6和4mm非闭锁卵泡,提取颗粒细胞mRNA,扩增cDNA,监测抑制消减杂交及其文库构建的试验环节。结果表明:消减文库的阳性克隆测序成功率100%,从正向文库中随机挑取96个克隆进行差异表达的筛选,发现12个全新表达序列标签;应用RT-PCR对已知序列的抑制素βA亚基基因(INHBA)和谷胱甘肽S-转移酶A1基因(GSTA1)进行表达水平测定,证实了颗粒细胞2个基因mRNA的表达模式与差异显示的结果相同。表明消减文库构建成功。     

PRSS35在鸡卵泡膜细胞中的表达与卵泡液雌激素含量的关系

旨在研究PRSS35在鸡卵泡中的表达部位及在不同大小等级前卵泡内膜细胞中的表达模式与雌激素分泌的关系。选取直径为1～2 mm的小白卵泡、3～5 mm的大白卵泡、6～8 mm的小黄卵泡和9～12 mm的大黄卵泡,应用免疫组织化学技术对PRSS35在大白卵泡和小黄卵泡中的表达进行组织定位;分别抽取4种卵泡的卵泡液,并通过ELISA法测定各卵泡液中的雌激素(E_2)含量;刮取卵泡内膜细胞,分别利用QRT-PCR和Western blot技术检测 PRSS35 mRNA和蛋白在蛋鸡不同大小等级前卵泡内膜细胞中的表达情况。结果显示,PRSS35在蛋鸡卵泡颗粒细胞层、膜细胞层和卵丘细胞均有表达; PRSS35mRNA和蛋白在小黄卵泡中的含量均显著高于其他卵泡;E_2在小黄卵泡卵泡液中的含量显著高于其他卵泡,在小白卵泡和大白卵泡卵泡液中显著高于大黄卵泡。推测PRSS35在小黄卵泡中可能会促进卵泡内膜细胞分泌E_2,从而影响卵泡的选择。     

血管生长调节因子与卵巢发育的关系

旨在探讨血管内皮生长因子(VEGF-120)、促卵泡激素(FSH)、2-甲氧基雌二醇(2-ME2)、4-羟基雌二醇(4-OHE2)对卵泡生成的影响。通过对比试验,将试验组分别腹腔注射上述4种药品,一段时间后,HE染色统计分析卵巢中不同大小卵泡数量的变化、卵泡周围血管发育情况及定量分析VEGF、FLK-1表达情况。结果表明,VEGF-120组和FSH组大卵泡数增加,血管发育良好,VEGF和FLK-1基因表达增加;2-ME2和4-OHE2组大卵泡数减少,血管发育情况较差。综合分析发现,血管簇发育良好的卵泡生长状态良好,卵泡的生长与血管的发育存在一定关联。     

MIF在不同直径猪卵泡的表达变化规律

为分析巨噬细胞迁移抑制因子(Macrophage migration inhibitory factor,MIF)在不同直径健康猪卵泡上的表达变化规律,将收集到的90个健康母猪卵巢,通过ELISA检测不同直径卵泡液中MIF质量浓度,通过实时荧光定量PCR和Western blot检测颗粒细胞中MIF基因mRNA和蛋白的表达水平,采用免疫荧光检测MIF在颗粒细胞中的分布情况。结果显示:1)中等直径卵泡(3～4mm)液中MIF的质量浓度(54.17±7.86ng/mL)显著高于大卵泡(6mm,32.29±1.47ng/mL)和小卵泡(1～2mm,38.89±0.98ng/mL)(P0.05);2)中等直径卵泡颗粒细胞中MIF基因mRNA和蛋白质表达量也显著高于大卵泡和小卵泡的表达量(P0.05);3)MIF也在不同直径卵泡颗粒细胞中的细胞核和细胞质表达,但多集中于细胞质中。综上,随着猪卵泡发育过程,MIF在中等直径卵泡中表达量最高。本研究为母猪卵泡发育和排卵提供新的线索。     

湖羊和川中黑山羊在华南地区适应性研究

【目的】研究山羊和绵羊引进品种在华南地区适应性问题。【方法】以外省引进的湖羊及川中黑山羊为研究对象,统计分析湖羊和川中黑山羊生长、繁殖性能的变化,及与环境温湿度的关系。【结果】湖羊和川中黑山羊在引种到华南地区的1年内,其部分生长、繁殖性能有不同程度的下降(P0.01),湖羊的产羔率与环境温度、湿度显著相关(P0.05),湖羊和川中黑山羊的羔羊死亡率与温度显著相关(P0.05)。【结论】从外省引进的湖羊及川中黑山羊在华南地区饲养,短期内会出现一定的适应性问题,湖羊母羊的繁殖率容易受到高温高湿天气的影响,而川中黑山羊羔羊的当月死亡率在华南地区的冬季会明显上升,因此在管理上要注意湖羊夏季防暑及川中黑山羊的冬季羔羊保温。     

初情期山羊胸腺microRNAs的筛选

为分析初情期前和初情期雌性山羊胸腺中MicroRNA的差异表达情况,并探讨其在山羊初情期启动过程中所起的作用.对初情期前(n = 3)和初情期(n = 3)山羊的胸腺组织进行了 Solexa测序,采用GO富集和KEGG分析评估差异miRNA靶基因.在初情期前和初情期的山羊胸腺组织中检测到538个miRNA,其中64个miRNA显著差异表达.与初情期前的山羊胸腺样本相比,初情期胸腺样本中存在19个上调基因和45个下调基因.KEGG通路富集分析显示,差异miRNA靶基因主要富集在苯丙氨酸,酪氨酸和色氨酸的生物合成,丁螺菌素和新霉素的生物合成等通路以及胆碱能突触和过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)等与初情期启动相关信号途径.结果提示胸腺中miRNA参与山羊初情期启动.     

山羊卵泡发育相关基因的筛选及分析

【背景】山羊第一卵泡波中的优势卵泡（dominant follicles, DF）和从属卵泡（subordinate follicles, SF）是整个卵泡发育过程中最为关键的两个阶段。随着卵泡的进一步发育,最终DF可能发育成为成熟卵泡,直到排卵;SF将走向闭锁,其中颗粒细胞的凋亡是导致卵泡发生闭锁的关键因素。然而目前对促进卵泡的优势化或导致其闭锁的分子机理尚不清楚。【目的】通过对山羊第一卵泡波中DF和SF颗粒细胞进行高通量测序,旨在筛选影响卵泡发育的关键基因,为深入探究卵泡发育的调控机制提供理论依据。【方法】选取10只1岁龄健康的贵州白山羊分别注射前列腺素F_2α,使其同期发情,此后每天用B超检测并记录卵泡的生长情况,发情3 d后,统一屠宰并采集第一卵泡波中DF (直径4.5—6 mm)与SF (直径3 —4.5 mm),分别分离其中的颗粒细胞,提取总RNA、构建文库后通过Illumina Hiseq 2500平台进行测序。利用FastQC对测序产出raw reads进行质量评估并经过过滤后,获得品质较高的clean reads;使用Trinity对得到的clean reads进行重新组装,从而获得unigenes;使用CLC Genomics Workbench将unigenes与山羊RefSeq数据库进行比对获得mRNA;使用DESeq2 软件对获得的mRNA进行差异表达分析;分别采用goseq和kobas软件对得到的差异表达基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最终通过qRT-PCR对筛选出的可能影响卵泡发育的关键基因进行验证。【结果】分别对测序得到的raw reads进行过滤后,在DF颗粒细胞中获得43 217 934条clean reads,占raw reads的比例为95.19%;SF颗粒细胞中获得40 766 348条clean reads,占raw reads的比例为95.35%。将得到的unigenes与山羊的RefSeq 数据库进行比对后,共得到33 896条带有注释的转录本,再通过设定FPKM>1, q value<0.05,共在两种卵泡颗粒细胞中获得13 644个基因。设定参数：FPKM≥1,SF-FPKM/DF-FPKM>1,P<0.05,获得695个差异表达mRNA,其中233个在SF颗粒细胞中表达显著上调,462个表达显著下调;对所获得695个差异表达mRNA进行GO功能富集分析,共分为三大类42组：其中生物学过程占47.6%,细胞组分占47.6%,分子功能占4.8%;KEGG信号通路分析,发现20条通路,其中与核糖体通路相关的基因富集最为显著。通过在Genecard中进行功能分析后,筛选6个可能与山羊卵泡发育密切相关的基因,其中PRLR、PTX3、RGN在SF颗粒细胞中表现为上调;DKK3、ALDH1A2、RARRES1则表现为下调。qRT-PCR显示PRLR、RGN、DKK3、ALDH1A2、RARRES1的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在从属卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于优势卵泡（P<0.01）;DKK3、ALDH1A2、RARRES1在优势卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于从属卵泡（P<0.01）。【结论】DKK3、ALDH1A2、RARRES1和RGN在优势卵泡和从属卵泡中表达量存在极显著差异,推测在山羊卵泡发育过程中可能促进卵泡的优势化或导致闭锁,对深入探究卵泡发育的调控机制具有重要意义。     

LPS对鹅等级卵泡基质层TLR家族基因表达的影响

【目的】研究鹅卵泡基质层TLR家族基因表达谱及其对LPS不同处理时间后的反应性。【方法】在大群散养条件下,实时观察鹅产蛋过程,分别在产蛋后8和2 h以及产前4、16和28 h注射LPS,并在产蛋后8h屠宰,即LPS作用0、6、12、24和36 h,每个时间点各5只鹅。屠宰时,取卵巢,观察卵泡外观形态,并分离F1-F5级卵泡基质层。试验鹅自由饮水、自由采食、自然光照。LPS处理0、24和36 h的单个F1-F5级卵泡基质层或卵泡用于基因表达分析,而其他LPS处理的每只鹅等级卵泡基质层RNA等质量混合后用于基因表达分析。采用普通PCR方法检测10种鸟类TLR家族基因的在鹅等级卵泡基质层的表达谱,其中以脾脏组织为阳性对照,以不加c DNA模板为阴性对照。根据RT-PCR的表达谱结果,采用Real-time PCR检测不同等级卵泡基质层TLRs表达水平以及不同LPS处理时间对基质层TLRs表达水平的影响。对不同等级卵泡和不同LPS处理时间对基质层TLRs表达的数据,采用单因子方差分析,Duncan法多重比较;对变性卵泡与对照组基质层TLRs表达水平的数据,采用T检验分析。【结果】(1)已公开的10种鸟类TLR家族基因,如TLRs 1A、1B、2A、2B、3、4、5、7、15和21基因均在等级卵泡基质层组织中表达。(2)随等级卵泡生长,TLRs 2A和15表达水平逐渐升高;F1级卵泡基质层TLR2A表达水平显著高于F3、F4和F5级卵泡,TLR15表达水平显著高于F5级卵泡;其他TLR家族基因,如TLRs 1A、1B、2B、3、4、5、7和21在不同等级卵泡基质层中的表达水平差异不显著。(3)在LPS处理0、6和12 h时,等级卵泡外观形态无明显变化,但在LPS处理24 h时,3只鹅的等级卵泡呈深黄色胶冻状变性;在LPS处理36 h时,全部试验鹅等级卵泡呈深黄色胶冻状变性。(4)与对照组(LPS处理0 h)相比,TLRs 2A、4和5表达水平在LPS处理12和24 h时显著升高,TLR2B表达水平在LPS处理24 h时显著升高,TLRs 7和15表达水平在LPS处理6-24 h期间均显著升高,而TLRs 1A、1B、3和21表达水平在LPS处理6-24 h期间差异不显著。(5)与等级卵泡基质层相比,在LPS处理24和36 h的变性卵泡中,TLRs 1A、2A、2B、4、5、7和15表达水平显著升高,TLR3表达水平显著降低,而在LPS处理36 h的变性卵泡中,TLRs 1B和21表达水平显著升高。【结论】已发现的10种鸟类TLR家族基因均在种鹅等级卵泡基质层表达,且随LPS作用时间延长,等级卵泡形态结构发生变化,但TLRs表达水平逐渐升高。     

光控和埋置褪黑激素促进绒山羊长绒的皮肤毛囊差异表达基因网络分析

为研究光控增绒和埋置褪黑激素促进绒山羊在非产绒季节(5—8月份)长绒的皮肤毛囊差异表达基因之间的互作关系,并筛选出皮肤毛囊发育相关的重要功能基因,以Agilent绵羊的全基因组表达谱芯片杂交获得的光控增绒羊皮肤差异表达的99个基因及埋置褪黑激素绒山羊皮肤差异表达的83个基因作为研究对象,结合NCBI数据库,利用RStudio程序包和Cytoscape 3.3.0构建差异基因网络并分析。光控增绒试验组差异基因构建了1个主网络和4个小网络;对照组差异基因构建了1个主网络和5个小网络。与表达量结合分析基因网络发现,K25、KAP16-2基因上调促进ISG17、RSRP1、GIMAP1和CYTIP基因的下调,间接促进TNFAIP6基因的下调;CYP17A1、V15和K2-12(K85)基因的上调促进ddit3基因的下调;KAP16-3基因促进CYP17A1基因的同时抑制CYP1A1基因。埋置褪黑激素试验组差异基因构建了2个主网络和7个小网络,对照组差异基因构建了3个主网络和1个小网络。与表达量结合分析基因网络发现,CTNNB1基因的上调促进COL3A1基因的下调;FLT-1基因的上调促进CGA基因的上调和COL1A2基因的下调;PAX6基因的上调促进DOK4基因的上调和LOC101110099基因的下调;P450基因的上调促进BLG基因的下调。光控增绒羊皮肤中筛选出来的基因中角蛋白、角蛋白关联蛋白、CYP17A1、SP-D等23个显著上调基因和CYP1A1、COL6A5、LOC100101238、ddit3等13个显著下调基因对光控增绒羊皮肤毛囊提前进入兴盛期有重要作用;埋置褪黑激素的绒山羊皮肤中筛选出来的基因中CTNNB1、PAX6、DOK4、LOC105602529等13个显著上调基因和酪蛋白家族、胶原蛋白类、LOC101110099等12个显著下调基因之间的信号传导增强,从而促进绒山羊绒毛进入兴盛期。