山羊卵泡发育相关基因的筛选及分析

【背景】山羊第一卵泡波中的优势卵泡（dominant follicles, DF）和从属卵泡（subordinate follicles, SF）是整个卵泡发育过程中最为关键的两个阶段。随着卵泡的进一步发育,最终DF可能发育成为成熟卵泡,直到排卵;SF将走向闭锁,其中颗粒细胞的凋亡是导致卵泡发生闭锁的关键因素。然而目前对促进卵泡的优势化或导致其闭锁的分子机理尚不清楚。【目的】通过对山羊第一卵泡波中DF和SF颗粒细胞进行高通量测序,旨在筛选影响卵泡发育的关键基因,为深入探究卵泡发育的调控机制提供理论依据。【方法】选取10只1岁龄健康的贵州白山羊分别注射前列腺素F_2α,使其同期发情,此后每天用B超检测并记录卵泡的生长情况,发情3 d后,统一屠宰并采集第一卵泡波中DF (直径4.5—6 mm)与SF (直径3 —4.5 mm),分别分离其中的颗粒细胞,提取总RNA、构建文库后通过Illumina Hiseq 2500平台进行测序。利用FastQC对测序产出raw reads进行质量评估并经过过滤后,获得品质较高的clean reads;使用Trinity对得到的clean reads进行重新组装,从而获得unigenes;使用CLC Genomics Workbench将unigenes与山羊RefSeq数据库进行比对获得mRNA;使用DESeq2 软件对获得的mRNA进行差异表达分析;分别采用goseq和kobas软件对得到的差异表达基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最终通过qRT-PCR对筛选出的可能影响卵泡发育的关键基因进行验证。【结果】分别对测序得到的raw reads进行过滤后,在DF颗粒细胞中获得43 217 934条clean reads,占raw reads的比例为95.19%;SF颗粒细胞中获得40 766 348条clean reads,占raw reads的比例为95.35%。将得到的unigenes与山羊的RefSeq 数据库进行比对后,共得到33 896条带有注释的转录本,再通过设定FPKM>1, q value<0.05,共在两种卵泡颗粒细胞中获得13 644个基因。设定参数：FPKM≥1,SF-FPKM/DF-FPKM>1,P<0.05,获得695个差异表达mRNA,其中233个在SF颗粒细胞中表达显著上调,462个表达显著下调;对所获得695个差异表达mRNA进行GO功能富集分析,共分为三大类42组：其中生物学过程占47.6%,细胞组分占47.6%,分子功能占4.8%;KEGG信号通路分析,发现20条通路,其中与核糖体通路相关的基因富集最为显著。通过在Genecard中进行功能分析后,筛选6个可能与山羊卵泡发育密切相关的基因,其中PRLR、PTX3、RGN在SF颗粒细胞中表现为上调;DKK3、ALDH1A2、RARRES1则表现为下调。qRT-PCR显示PRLR、RGN、DKK3、ALDH1A2、RARRES1的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在从属卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于优势卵泡（P<0.01）;DKK3、ALDH1A2、RARRES1在优势卵泡颗粒细胞中的表达量极显著地高于从属卵泡（P<0.01）。【结论】DKK3、ALDH1A2、RARRES1和RGN在优势卵泡和从属卵泡中表达量存在极显著差异,推测在山羊卵泡发育过程中可能促进卵泡的优势化或导致闭锁,对深入探究卵泡发育的调控机制具有重要意义。     

碧江区城市居民对主要畜禽水产品食品安全满意度调查

在碧江区市区范围采用多层随机抽样方法调查居民对主要畜禽水产品食品安全满意度.结果得出,居民对主要畜禽水产品食品安全的关注度较高（86.75％）,但满意度较低,多数处于一般满意（66.00％）;居民对不安全食品的维权意识薄弱,仅有14.75％的居民选择投诉举报;46.00％的居民认为保障食品安全最重要的措施是严格监督管理.因此可知,碧江区城市居民对主要畜禽水产品食品安全关注度越来越高,但是满意度较低.     

生石灰清塘后主要理化因子变化与鱼种适宜下塘时间的研究

通过对四川地区养殖池塘生石灰清塘后主要理化指标水温、pH值、溶解氧、COD、营养盐等的监测,探讨主要理化因子的变化特点。通过高pH值对岩原鲤鱼种的急性毒性试验,计算出岩原鲤鱼种对pH值的安全值为8.565。研究结果表明,把pH值作为生石灰清塘后确定鱼种下塘时间的主要指标是可行和适宜的。根据四川地区目前的清塘方式,鱼种的适宜下塘时间为清塘后第5 d。     

胭脂鱼苗种池水质变化的初步研究

为了研究胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)苗种培育池水质变化的特点,加强苗种池水质的管理,提高胭脂鱼苗种培育的水平,2010年4~5月对四川省农业科学院水产研究所宜宾科研基地的两口胭脂鱼苗培育池(11#和14#池塘)的水温(T)、溶解氧(DO)、pH、铵氮(NH4+-N)、亚硝酸氮(NO2--N)、硝酸氮(NO3--N)、有效磷(PO43--P)和化学耗氧量(COD)等指标在苗种培育期间的变化进行了较为全面、系统的调查研究。结果表明,胭脂鱼苗种培育池水温随环境温度的升高而逐渐升高(16.00~27.08℃);pH呈先升高后降低的趋势(7.62~9.31);DO、COD、NH4+-N、PO43--P、NO3--N、NO2--N等均在合理范围内,且NO3--N和NO2--N含量相对较低。在本试验采取的养殖方式下,胭脂鱼苗种培育池的水质较好,但也必须注意其肥度控制,同时适时补注新水,保持其水质良好。     

基于RNA-seq技术筛选山羊卵泡发育相关下调基因

【目的】对山羊优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)颗粒细胞进行高通量测序,筛选并研究与山羊卵泡发育相关的下调基因。【方法】以1岁龄贵州白山羊为供试对象,在其发情3 d后,采集第一卵泡波中的优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF),分别分离其颗粒细胞,提取RNA并进行文库构建、Illumina测序,将获得的序列与山羊的RefSeq数据库进行比对后,用DESeq2软件对获得的RNA进行差异表达分析,并对表达下调的基因进行GO分析和KEGG信号通路分析,最后通过Real-time PCR对筛选出的表达下调基因进行验证。【结果】将测序结果与山羊的RefSeq数据库比对后,共获得了33 896个基因。经DESeq2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,共获得695个差异表达m-RNA,其中462个表达显著下调,233个表达则显著上调;对462个表达下调基因进行GO分析,共分为2大类39组,其中参与生物学过程(BP)的基因占48.7%;与细胞组分(CC)有关的基因占51.3%。KEGG信号通路分析发现20条通路,其中参与癌症通路基因富集最为显著。从下调基因中筛选出6个可能会抑制山羊卵泡发育的基因,分别为PTX3、LDLR、RGN、NID1、PDLIM5、PRLR。Real-time PCR结果显示,RGN、NID1、PDLIM5、PRLR在SF与DF中的表达趋势与高通量测序结果一致,且RGN在SF颗粒细胞中的表达量极显著高于DF(P0.01),NID1、PDLIM5在SF颗粒细胞中的表达量显著高于DF(P0.05);PTX3、LDLR在SF与DF中表达量与高通量测序结果相反。【结论】获得的6个表达下调基因在山羊卵泡发育过程中可能会抑制卵泡的发育,最终导致卵泡闭锁。     

梵净山自然保护区马槽河秋季水生昆虫调查及水质评价

水生昆虫属于节肢动物门(Arthropdoda)昆虫纲(Insecta).为了了解梵净山水生昆虫资源的现状及梵净山水质状况,2013年10月对梵净山马槽河进行实地调查.共采集水生昆虫标本419个,共计13种,分别属于6目10科12属.其中,蜉蝣目(Ephemeroptera)、鞘翅目(Plecoptera)和毛翅目(Trichoptera)个体数量之和占水生昆虫标本总数量的95.94％,为3大优势类群.对马槽河的水质现状进行评价,利用科级水平生物指数FBI(Family-Level Biotic Index)以及Shannon-Wiener(香农-维纳)多样性指数两种水质生物学评价方法,分析得出马槽河水质状况为清洁.     

低温下水芹对生活污水中氨氮、正磷酸盐的去除效果

通过设置3组不同浓度(100%、75%、50%)的生活污水,考察水芹(Oenanthe javanica)对污水中氨氮与正磷酸盐的去除效果。结果表明,在9~12℃的低温下,培养6 d时水芹对3种不同浓度污水中的氨氮和正磷酸盐的去除率分别为47.86%、59.34%、55.56%和44.42%、41.74%、32.95%。表明低温下水芹对生活污水中氨氮和正磷酸盐均有较好的去除效果。     

梵净山小口白甲鱼肌肉营养成分分析

对梵净山地区小口白甲鱼(Onychostoma lini)的含肉率、肌肉中营养成分含量和氨基酸的种类组成及含量进行了分析。结果表明,梵净山地区小口白甲鱼的平均含肉率为73.16%,肌肉中水分含量为77.28%,灰分为1.14%,粗蛋白质为19.25%,粗脂肪为2.32%。肌肉中含有18种氨基酸,占肌肉干重比例为68.92%,其中必需氨基酸为31.30%,鲜味氨基酸占26.35%,第一限制性氨基酸是色氨酸,第二限制氨基酸是缬氨酸和异亮氨酸,必需氨基酸指数为63.38。     

小口白甲鱼的研究现状

小口白甲鱼为梵净山地区江河中小型食用经济鱼类,但由于环境恶化,人为捕捞等多方面原因,其种群数量日趋减少,己被列为易危鱼类。对于小口白甲鱼的研究报道较少,局限于形态学、地理分布,染色体核型分析等方面。     

贵州梵净山国家级自然保护区小口白甲鱼资源研究

2011年7月至2013年8月,对梵净山国家级自然保护区小口白甲鱼资源进行了调查,通过对小口白甲鱼的资源现状、种群结构、生长特征和食性等进行了研究,结果表明,小口白甲鱼资源处于衰退状态,平均体长为（9.71±2.0） cm,是以低等藻类为主的植食性鱼类.鉴于目前情况,应采取应对措施,禁止非法过度捕捞,开展宣传教育,进行人工繁殖,实现可持续发展.