核rDNA ITS序列在植物种质资源鉴定中的应用

核rDNA 的内转录间隔区ITS序列包含被5.8S rDNA所分隔的ITS1和ITS2两个片段.在裸子植物中,ITS序列长度变异较大,不利于扩增和测序,但长度的变异可以作为一个性状用于裸子植物的鉴定与系统学研究.在被子植物中,ITS序列的长度稳定,而且序列变异较快,可以提供丰富的信息位点,是被子植物鉴定中的重要分子标记.文中对ITS在植物物种鉴定中的应用进行了介绍.     

贵州地道药材淫羊藿rDNA ITS序列的分析研究

[目的]通过对贵州桐梓淫羊藿rDNA ITS序列（包括ITS1、5.8S和ITS2）的测序分析,获得地道药材淫羊藿在分子水平上鉴定的参考标准.[方法]用改良的CTAB法提取淫羊藿总DNA,PCR扩增ITS序列后直接测序,并与Genbank中其他地区淫羊藿种的ITS序列进行序列同源性分析.[结果]淫羊藿rDNA ITS序列长约703 bp,其中ITS1长249 bp,ITS2长247 bp,序列间共有16个变异位点.[结论]淫羊藿rDNA ITS序列的确定可应用于地道药材淫羊藿的鉴定,可作为从分子水平进行鉴定中药淫羊藿的分子标记之一.     

核rDNA ITS分子标记在兰科植物研究中的应用

在植物基因组中核rDNA是高度重复的串联序列,其中18S rDNA与5.8S、26S rDNA共同构成一个转录单位。ITS(基因内转录间隔区)分布在18S-5.8S-26S区域,该区域包括3个部分:ITS1和ITS2以及位于它们之间高度保守的5.8S rDNA外显子区。兰科(Or-chidaceae)是单子叶植物中的第一大科,进化程度较高。文中介绍了ITS序列的结构特点,重点对ITS序列在兰科植物近缘种亲缘关系鉴定、系统进化及分子系统地理学研究中的应用及前景进行了综述。     

贵州苗药头花蓼rDNA ITS序列分析

以改良CTAB法提取头花蓼的基因组DNA,采用通用引物对不同来源头花蓼的rDNA ITS 序列进行PCR 扩增,测序 和聚类分析。结果表明,不同来源头花蓼有13 处变异位点,序列长度变异范围为661-666 bp,序列差异主要集中在ITS1 区与ITS2区。rDNA ITS 序列可作为分子水平鉴定头花蓼的参考依据。     

云南巴西木新炭疽病病原菌的鉴定及rDNA-ITS序列分析

[目的]对巴西木炭疽病病原菌进行鉴定及 rDNA鄄ITS序列分析。[方法]该文对巴西木炭疽病病原菌进行分离、形态学观察。通过 rDNA鄄ITS的扩增与序列测定,对 rDNA鄄ITS进行序列分析。[结果]该菌分生孢子直或弯,椭圆形至新月形,2-5个油滴,7.5-20×4.5-5μm。经ITS系统学分析,确定该试验分离到的刺盘孢为一新种,并命名为 Colletotrichum dracaena鄄fragrantis sp. novA。[结论]为炭疽病防止研究提供理论依据。     

基于ITS区序列的疑似野生双孢菇菌株的分子鉴定

通过提取新疆南疆疑似野生双孢菇基因组DNA,采用通用引物ITS1和ITS4扩增ITS区序列,在GenBank 中进行BLAST,对疑似菌株双孢菇进行初步分子鉴定.结果表明:在GenBank的核酸序列数据库中登陆的、与双孢菇ITS序列相似度为99％,达数十种之多,其中与登录号为EF460354的双孢菇同源性达100％,覆盖率达91％.根据rDNA ITS区序列分析准则和双孢菇的形态特征,鉴定新疆南疆疑似野生双孢菇为双孢菇(Agaricus bisporus).     

云南烟草赤星病菌及近似种rDNA ITS序列分析

 为了进一步研究云南省烟草赤星病病原的系统发育关系,提取28份供试菌株的菌丝基因组DNA,进行rDNA ITS序列及两侧ITS序列扩增。28个供试菌株与GenBank中登录的链格孢属7个种（包括5个小孢子种Alternaria citri,A．alternata,A．longipes,A．mali,A．gaisen和2个大孢子种A．porri,A．solani）14个菌株的序列进行聚类分析：42个菌株明显地分成两支,供试菌株与5个小孢子种聚为一个分支,序列同源性高达99％～100％,没有明显的地域性差异;但另2个大孢子种聚为单独的一支,明显地与供试菌株和其他5个小孢子种区分开。rDNA ITSl 58S ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些菌物属的研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地Alternaria菌株序列的分析发现,rDNA ITS1 58S ITS2仅能将大孢子种和小孢子种分开,还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。     

酸马奶中酵母菌5.8 S rDNA及ITS的基因序列分析

实验将两株从酸马奶中分离提纯的酵母菌,提取单菌株基因组DNA,用一对真菌通用引物ITS1和ITS4 PCR 扩增它们的5.8S rRNA和ITS基因,连接入pMD19-T载体,克隆鉴定后,测定序列,将测得的序列与GenBank数据库的序列进行同源性分析,并建立系统进化树.结合系统发育树及5.8 S rDNA和ITS的序列分析结果,将菌株J14和S33判定为Kluyveromyces marxianus(马克斯克鲁维酵母).酸马奶中传统的酵母菌分类主要依靠形态学和生理生化等鉴定方法,实验首次利用5.8S rRNA和ITS基因扩增和测序的分子生物学方法对其进行鉴定.     

芦笋枯萎病菌的鉴定及rDNA ITS序列分析

为准确鉴定芦笋枯萎病致病菌并确定其分类地位,通过形态学观察和核糖体DNA内转录间区(rDNA ITS)序列比对方法,对该病菌进行形态学和分子生物学鉴定,比较其与近缘真菌rDNA ITS序列的差异,并进行系统发育分析。鉴定结果表明,芦笋枯萎病的致病菌为尖孢镰刀菌天门冬专化型Fusarium oxysporum f.sp.asparagi。芦笋枯萎病菌F.oxysporumf.sp.asparagi及其同属近缘种木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum的rDNA ITS序列比对结果表明,其序列在76~80、104~115、129~138、151~158、175~178、382~402、438~445和473~479bp等rDNA ITS区段上存在差异性碱基。芦笋枯萎病菌及其近缘真菌系统发育分析结果表明,6属真菌大致聚为2个组群2个亚群,芦笋枯萎病菌F.oxysporum f.sp.asparagi与木贼镰刀菌F.equiseti和变红镰刀菌F.incarnatum亲缘关系最近。     

新疆库尔勒地区3种土壤镰孢菌的形态鉴定和ITS rDNA分析

[目的]镰孢菌是土壤真菌中一类能引起植物和昆虫病害的病原,同时又是可利用的资源.掌握库尔勒地区土壤镰孢菌种类情况,对进一步了解和利用镰孢菌具有深远意义.[方法]运用稀释平板法从土壤中分离到3株镰孢菌,采用形态学及其培养特征进行观察描述,同时利用ITS rDNA序列对其系统发育学进行分析,确定分类地位,并分析比较了基于形态学和ITS rDNA序列分析的两种鉴定手段.[结果]3株菌分别鉴定为芳香镰孢菌(Fusarium redolens)、增殖镰孢菌(Fusarium proliferatum)和木贼镰孢菌(Fusarium equisetic).[结论]与传统方法相比,ITS rDNA方法有着较高的灵敏度.在对镰孢菌的鉴定中,只有将形态学与分子生物学鉴定相结合,才能使镰孢菌的鉴定分类更加完善.     

3种药用红树植物rDNA ITS序列初步研究

应用改良CTAB法分别提取生长于珠海和海南的3种药用红树植物秋茄、老鼠簕和桐花树的基因组DNA,以真核生物rDNA ITS区的通用引物分别对其rDNA ITS区进行nPCR扩增及测序,并对测序结果进行对位排列.结果表明,不同来源的药用红树植物的rDNA lTS序列上存在扩增碱基差异,rDNA ITS测序结果可作为鉴定药...     

鸽蛔虫ITS rDNA的克隆与序列分析

以采自广东省佛山市的鸽蛔虫(Ascaridia columbae)为研究对象,利用保守引物BD1和BD2扩增鸽蛔虫基因组DNA的ITS rDNA片段,对扩增产物进行克隆和序列测定。结果成功扩增出大小为1045bp的ITS rDNA序列。获得的鸽蛔虫的ITS rDNA序列(AC001、AC002)的5.8S rDNA与GenBank收录的鸡蛔虫5.8S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001508)相似性分别为95.5%和94.3%,而与澳大利亚鸽蛔虫5.8 S rDNA序列(GenBank登录号为AJ001509)相似性分别为96.8%和95.5%。将获得的序列与蛔目不同科的代表性蛔虫的5.8SrDNA序列进行比对和系统进化分析,结果表明鸽蛔虫与鸡蛔虫处于同一进化分支上,也表明ITS rDNA是蛔虫分子鉴定的有效遗传标记,这对蛔虫分子分类学及分子流行病学的进一步研究打下了基础。     

药用石斛rDNA ITS序列分析

为准确进行药用石斛资源鉴定,阐明属内的种间关系,以32个药用石斛样品基因组DNA为模板,采用rDNA ITSPCR扩增、测序、分子遗传进化分析等方法,研究了供试药用石斛间的遗传多样性.结果表明:32个石斛样品的ITS序列(只包含ITS1、5.8S rDNA ITS和ITS2)长度变化范围在632～645 bp之间,ITS1长度为225～234 bp,GC含量为43.8％～53.1％,变异位点198个、占总位点81.48％,简约信息位点138个、占总位点56.79％;ITS2长度为240～247 bp,GC量为47.0％～55.9％,变异位点183个、占总位点72.90％,简约信息位点123个、占总位点49.00％.建立了28种药用石斛(共32份)rDNA ITS区碱基全序列数据库,为石斛的分子鉴定提供了依据.     

我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。     

米氏凯伦藻18S rDNA和转录间隔区序列分析

对赤潮多发藻米氏凯伦藻(Karenia mikimotoi)核糖体18S rDNA及其转录间隔(ITS) 区序列PCR扩增并测序,获得18S rDNA和ITS基因序列长度分别为1 690 bp和654 bp.结合12种甲藻和1种硅藻作序列比较分析,分别在ITS1、ITS2序列寻找到适宜设计特异性引物探针区域,并用邻接法构建系统进化树,研究各藻种间亲缘关系.遗传距离分析结果显示米氏凯伦藻与短凯伦藻(Karena brevis)、微小卡罗藻(Karlodinium micrum )等分类学上较近的藻种18S rDNA序列相似度为97%～99%,远大于微小原甲藻(Prorocentrum minimum)、海洋原甲藻(P.micans)、塔玛亚历山大藻(Alexandrium tamarense)等在分类学上相距较远的藻种,各藻种间的ITS序列平均相似度明显低于18S rDNA序列.以18S rDNA与ITS序列构建的进化树拓扑结构相一致,18S rDNA序列相对保守,适合进行属以上关系的系统进化分析,而ITS序列变异较大,适合种属间鉴别分析,且ITS1和ITS2是变异很大的区域,适合种间的分子特异性鉴定,这为快速鉴别赤潮多发藻米氏凯伦藻提供了依据,进而为治理赤潮提供帮助.     

rDNA-ITS在植物病原真菌分子检测中的应用

文章综述了rDNA序列结构特点及ITS序列在植物病原真菌的分类鉴定、分子检测、病害诊断及土壤中病原真菌的检测方面的应用,并对其应用前景进行了评述。     

真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用

核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。     

狮体内蛔虫的分子生物学鉴定

对采自哈尔滨北方森林动物园美洲狮体内蛔虫进行分子生物学鉴定。首先提取狮体内蛔虫基因组DNA,以特异性引物扩增虫体核糖体DNA(rDNA)的内转录间隔区(ITS)序列并进行测序,然后与其他蛔科线虫比对,分析亲缘关系。结果显示狮体内蛔虫ITS及5.8S rDNA序列总长为925 bp,其中ITS1序列长为423 bp,5.8S序列长为157 bp,ITS2序列长为345 bp。与狮弓蛔虫、犬弓首蛔虫、猫弓首蛔虫和犊弓首蛔虫间的同源性分别为96%,70.7%,70.7%,75.2%,因此鉴定该虫为狮弓蛔虫。     

广东孑遗植物水松 rDNA ITS 序列分析

为鉴定广东水松的遗传多样性,应用改良 CTAB 法分别提取广东不同地区的孑遗植物水松基因组 DNA,以真核生物 rDNA ITS 序列的通用引物分别对其 ITS 区进行 PCR 扩增及测序后进行比对、分析,将得到的序列申请登录入 GenBank 核苷酸数据库。结果表明：广东地区不同来源水松的 rDNA ITS 序列长度均为988 bp,相互之间仅有2～3个碱基差异,说明该序列可作为从分子水平鉴别水松种质资源的参考标记。珠海、中山和广州地区孑遗植物水松 GenBank 核苷酸数据库登录号分别是 KF977874、KF977876和 KF977875。     

濒危药用植物盘龙参rDNA ITS序列分析

采用改良CTAB法提取2份江西省盘龙参总DNA,利用通用引物对rDNA ITS序列进行PCR扩增,克隆后测序,应用MEGA 5.2软件进行序列分析和构建系统发育树,以研究盘龙参ITS片段遗传多样性,分析该片段在盘龙参DNA分子鉴别和绶草属植物系统学研究中的意义。结果表明,盘龙参样本的rDNA ITS长度为766~767 bp;该样本与GenBank中绶草属的rDNA ITS对比分析,ITS1、ITS2长度分别为214~245、256~367 bp,变异位点分别为16.17%、3.50%,ITS总变异位点为9.27%;基于ITS序列,用p-distances法计算遗传距离和NJ法建立系统发育树,2段序列在绶草属种内保守,中间有较大变异,可作为盘龙参分子鉴定标记,而绶草属的系统发生关系尚须进一步研究。