基于SSR对火炬松×加勒比松杂种形质性状的QLT定位分析

对火炬松×加勒比松杂种部分形质性状的QTL进行定位分析,为杂种育种和株型培育提供借鉴。以火炬松1.5代种子园优良单株T1为母本,加勒比松第一代种子园优良单株C1为父本,杂交产生F₁代113个单株。使用JoinMap? 3.0作图软件构建火炬松母本和加勒比松父本的SSR 标记遗传图谱,并用MapQTL4.0^?作图软件对形质性状的QTL进行定位。火炬松母本图谱总长度293.9 cM,标记间距范围为3.7~ 47.9 cM,标记平均间距15.5 cM。加勒比松父本图谱总长度245.5 cM,标记间距范围为6.8~ 49.8 cM,标记平均间距13.6 cM。检测到4个与形质性状有关的QTL位点,其中有2个QTL定位于火炬松染色体LG4上。4个形质性状的QTLs解释方差为8.6%～13.6%,可以利用这些QTLs进行特定株型的培育,如分枝角度的控制培育。     

玉米QR-001/QS-001组合F_2群体SSR连锁图谱构建

以自育的高抗玉米粗缩病自交系QR-001为母本、高感自交系QS-001为父本,配制了包含281个单株的F2分离群体为作图群体。选用在玉米基因组中均匀分布的1 028对SSR引物在双亲间进行多态性引物的筛选,共检测到110个可以鉴别F2群体各单株标记基因型的SSR多态性标记。借助QTL IciMapping Version 3.3软件构建了较好覆盖玉米10条染色体的分子标记连锁图谱,图谱总长度为1 343.2 cM,标记间平均距离为10.3 cM。其中1个分子标记(bnlg161)不与连锁群连锁。所建连锁群中有26.6%的SSR分子标记发生偏分离。该图谱的构建为玉米抗粗缩病QTL定位、分子标记辅助选择和分子设计抗病育种等研究奠定了基础。     

利用AFLP构建大白菜高密度遗传连锁图谱

以大白菜根肿病抗性材料CR Shinki DH系和感病性材料大白菜自交系94 SK杂交F2的138个单株作为构建遗传图谱的群体。利用AFLP技术通过45对引物筛选共获得835个AFLP标记,应用其中608个AFLP标记和6个与抗根肿病基因CRb紧密连锁的AFLP标记转化成的SCAR标记构建了一张包含556个标记位点、10个连锁群、覆盖基因组长度为795 cM的连锁图谱。该图谱中每个连锁群上的标记数在10~83个之间,平均图距在0.86~4.34 cM之间,连锁群长度在43.4~120.9 cM之间。CRb基因定位于第3连锁群9 cM的范围内。     

棉花陆海渐渗杂交群体纤维品质性状的QTL定位

【目的】有效发掘利用海岛棉优异性状基因,拓宽陆地棉栽培种遗传基础。【方法】采用新疆主栽早中熟陆地棉品种新陆中60号为母本,与优质海岛棉品种新海41号为父本杂交,并以新陆中60号为轮回亲本构建出由151个BC₁F₁单株组成的回交群体,利用SSR分子标记和Join Map4.0软件构建遗传连锁图谱,采用复合区间作图法(CIM)对BC₁F₂纤维品质性状的进行QTL定位。【结果】构建的遗传连锁图谱包含52个多态性标记、14个连锁群,该图谱总长824 cM,覆盖棉花基因组的18.5%;最长的连锁群为150.3 cM,包含6个标记,最短的为0.3 cM,包含2个标记。检测到1个与纤维上半部平均长度相关的QTL,qFL-Chr14-1,定位在第14号染色体上,解释表型变异8.59%。【结论】筛选的与优质QTL位点相关SSR标记可应用于棉花优质分子标记辅助选择。     

高丹草AFLP分子遗传连锁图谱的构建

【目的】对高丹草低氢氰酸含量及产量等重要性状进行QTL定位,构建其AFLP分子遗传连锁图谱,为分子标记辅助育种等研究奠定基础。【方法】以散穗高粱×红壳苏丹草杂种F2代305个分离单株为作图群体,利用AFLP分子标记技术先从供试AFLP引物中筛选适宜引物对,再用这些引物对对其供测群体进行PCR扩增;根据扩增原始数据,利用Join Map 3.0作图软件进行高丹草分子遗传连锁图谱构建。【结果】从113对AFLP引物组合中筛选出了25对多态性丰富、重复性好、条带清晰的适宜引物,对高丹草F2分离群体305个单株的基因组DNA扩增,得到444个AFLP分子标记位点,据此构建的高丹草遗传图谱包含10个连锁群,覆盖的基因组总长度为1 468.12cM,各连锁群的长度变幅为114.24~189.34cM,标记间平均图距为3.38cM。【结论】成功构建了一张密度较高的高丹草分子遗传连锁图谱。     

甘蓝型油菜细胞质雄性不育恢复基因的分子标记及定位

以甘蓝型油菜恢复系CP015和不育系77A构建的F2群体为供试材料,运用RAPD,SSR和AFLP 3种标记技术,对甘蓝型油菜恢复基因进行分子标记和图谱定位。在260条RAPD引物、185对SSR引物、58对AFLP引物中,在两亲本间筛选多态性高的RAPD引物121条,SSR引物128对,AFLP引物组合26对,进一步通过BSA法筛选,获得了与甘蓝型油菜恢复基因Rf连锁的1个RAPD标记S1009-750和1个AFLP标记E5M11-150,标记与基因Rf之间的遗传距离分别为4.9cM和8.6cM。     

番茄分子遗传图谱构建和晚疫病抗性基因簇ph-3的QTL分析

 【目的】挖掘番茄晚疫病抗性基因紧密连锁的分子标记,为番茄抗晚疫病种质资源的利用及分子标记辅助选择育种提供理论和实践依据。【方法】利用含番茄晚疫病抗性基因ph-1,2,3的L3708（Lycopersicon.pimpinellifolium）为父本,感病的优良品系04968（L.esculentum）为母本培育的260个F2单株为图谱构建群体,通过AFLP、SSR 2种分子标记进行遗传分析,构建分子遗传图谱。根据苗期接种番茄晚疫病病原菌生理小种T1,2的抗性反应,利用复合区间作图法,进行QTL定位。【结果】构建了包含12个连锁群的分子遗传图谱,其中包含3个SSR标记和149个AFLP标记。该图谱覆盖整个基因组总长度1 443.07 cM,平均图距9.50 cM。检测到了5个与抗性基因簇ph-3相关的QTL位点,其中Qph3-1位于第3连锁群上,可以解释的表型变异为26.59% 。Qph3-2位于第1染色体上,可以解释的表型变异为54.86%,Qph3-3、Qph3-4和Qph3-5,位于第9连锁群上,可以解释的表型变异分别为9.24%、10.27%和36.49%。QTL 遗传效应表现为加性和显性。【结论】所得5 个分子标记可作为选育抗晚疫病番茄品种的重要分子标记辅助选择工具。     

大豆作图群体检验与调整后构建的遗传图谱

 应用RFLP、SSR、AFLP对大豆重组近交系群体NJRIKY的 2 0 1个家系进行分析。根据RFLP标记的分析结果 ,通过模拟群体抽样标准法 (SPSC)对试验群体进行了检验与调整。结果表明 ,试验群体偏分离的家系较多 ,且整体偏向于亲本科丰 1号。汰除偏分离家系后 ,群体减少为 184个家系。对 3种分子标记进行连锁分析 ,结果表明 ,RFLP和SSR标记在基因组中的位置相对稳定 ,可以作为锚定标记 ,有利于连锁群的归并和不同图谱的比较整合 ;而AFLP标记容易出现聚集现象 ,从而造成连锁群上出现很大的空隙。以RFLP、SSR和形态等标记构建了包含2 2个连锁群的图谱 ,共 2 5 6个标记 ,总遗传距离为 30 5 0 .9cM。与未调整群体作图结果相比 ,19个标记及 2个连锁群有根本性改变。该图谱为基因定位、比较基因组学和重要农艺性状的QTL定位等研究打下了基础     

节瓜分子遗传图谱的构建与始雌花节位性状定位

【目的】构建节瓜分子遗传图谱,标记始雌花节位性状基因,为建立相关分子标记辅助育种体系、克隆雌性相关基因和转基因提供理论依据。【方法】以节瓜全雌系K36及弱雌系G4组配得到的115个F2单株为群体,利用AFLP、RAPD和SRAP标记技术构建节瓜的分子遗传连锁图谱,并定位始雌花节位性状基因。【结果】该图谱共包含13个连锁群,涉及93个AFLP标记、16个RAPD标记、35个SRAP标记。该图谱覆盖基因组1651.9cM,标记间平均距离为11.47cM。利用QTL Network2.0分析,检测到3个控制始雌花节位的QTL位点:fn1、fn2和fn3,其中fn1位于连锁群LG1上,fn2和fn3位于LG6上。这些QTL位点对雌花节位性状表型变异的贡献率分别为62.54%、0.2%、37.39%。【结论】本研究首次构建了节瓜的分子遗传图谱,并定位了3个控制始雌花节位性状的QTL位点,为进一步克隆雌性相关基因及分子标记辅助选择育种提供科学依据。     

黄瓜雌性性状的QTL定位分析

以黄瓜雌性系D0420×强雄性系D06103的211株F2单株为作图群体,应用SSR分子标记进行多态性筛选,得到与黄瓜雌性性状相关的标记位点21个,分属4个连锁群,连锁群全长为98.5 cM,标记间平均距离4.9 cM,最短的连锁群0.5 cM(LG1),最长的连锁群53.4 cM(LG2);标记间最小的遗传距离0.2 cM,最大的遗传距离25.2 cM;采用复合区间定位分析,检测到与黄瓜雌性性状相关的QTL位点2个,均位于第3连锁群上,距离最近标记的遗传距离分别为2.1和1.4 cM,LOD值分别为50.04和6.48,贡献率分别为15.36%和5.69%.     

番茄AFLP遗传连锁图谱的构建及耐冷性状的QTL定位

[目的]构建冷敏感和抗冷番茄的F2代分离群体,对番茄耐冷抗性基因进行QTL定位.[方法]通过将番茄耐冷品种O-33-1与冷敏感品种耐运2000杂交,得到的F1代番茄自交获得用于构建图谱的F2分离群体.测定O-33-1、耐运2000以及F2代番茄分离群体的生理指标,确定其抗寒性;利用AFLP技术构建连锁遗传图谱,对番茄耐冷性基因进行QTL定位.[结果]番茄耐冷品种O-33-1的抗寒性显著高于冷敏感品种耐运2000,F2代分离群体的抗寒性高于耐运2000而低于O-33-1,介于两亲本之间.本试验构建的番茄遗传图谱共包括连锁群16个,共包含155个标记,整个图谱总的长度为686 cM,标记间平均图距为4.42 cM.平均间距最小的连锁群为16,为1.75cM.并且检测到1个抗冷性的QTL位点.[结论]通过对番茄耐冷性状QTL分析发现了1个QTL,被定位于连锁群4上11E/M619和9E/M330之间.     

柿(Diospyros kaki L.) AFLP标记连锁图谱的构建

以甜柿禅寺丸和涩柿磨盘柿杂交,用获得的F1代分离群体的96个单株为实验材料,以AFLP标记尝试构建柿属植物的AFLP分子标记连锁图谱。先用2个亲本筛选引物,从256对AFLP引物组合中筛选得到了27对多态性好的引物。用筛选得到的27对引物对2个亲本及其F1群体进行AFLP分析,共得到多态性标记447个,其中符合孟德尔定律的标记有400个,占总多态性标记的89.5%。符合1∶1分离比率的多态性标记共有300个,在禅寺丸中得到147个,在磨盘柿中得到153个。符合3∶1比率的多态性标记有100个。用Mapmaker 3.0软件和拟测交策略,分别构建了禅寺丸和磨盘柿的分子标记AFLP连锁图谱。禅寺丸的连锁图谱包括24个连锁群,由149个AFLP标记组成,总图距为2 105.5cM,标记间平均距离为14.1cM。磨盘柿的连锁图谱包括22个连锁群,由181个AFLP标记组成,总图距为2 253.8cM,标记间平均距离为12.5cM。     

茄子果形果色的QTL定位

以白色圆茄YQ106和紫色长茄CQ122为亲本获得F2群体,利用该群体构建包含14个连锁群的复合遗传图谱。该图谱覆盖基因组长度1 040.3 c M,共有16个SSR标记,99个AFLP标记,平均图距9 c M。其中,获得1个与果长相关的QTL,位于第1连锁群上,表型贡献率为9.7%;与果径相关的2个QTL,分别位于第2、第4个连锁群上,表型贡献率为10.1%、3.8%;与果形指数相关的1个QTL位于第1个连锁群上,表型贡献率为6.4%;与花青素积累相关的1个QTL位于第13个连锁群上,表型贡献率为12.8%。     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism,SNP）为主要作图标记,以微卫星（Simple Sequence Repeats ,SSR）和表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）为辅助标记,采用CP（Cross Pollinators）模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记（174个SSR标记、41个ESTSSR标记和345个SNP标记）,分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩（centimorgan,cM）,最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种（MAS）打下基础。     

棉花黄萎病抗性基因SSR标记研究

以高抗黄萎病的海岛棉品种" 15-3493"和高感黄萎病的陆地棉品种"石河子875"的175个F2代单株作为标记群体,采用BSA法筛选多态性引物,构建了1个包括3个SSR引物在内的连锁群。通过Mapmaker软件将与黄萎病抗性有关的1个位点定位在该连锁群,该位点与SSR标记BNL3556相距13.1cM,可解释表型变异方差的50.1%,为主效基因位点。     

利用SRAP、SSR和AFLP 标记构建甘蓝型油菜遗传连锁图谱

 【目的】建立甘蓝型油菜的高质量遗传图谱，为在分子水平上研究复杂性状打下基础并提供保证。【方法】以甘蓝型油菜自交不亲和系“SI-1300” 及其恢复系“Eagle”组配得到的184个F2单株为群体，利用SRAP、SSR和AFLP标记技术构建甘蓝型油菜遗传图谱。【结果】该图谱共包含21个连锁群，涉及137个SRAP标记、143个SSR标记和118个AFLP标记。图谱总长1 949.8 cM，标记间平均图距为4.9 cM。以SSR标记为锚定标记，该图谱与国际标准图谱进行了初步对应。研究共发现了8个偏分离区域。【结论】根据对标记分布的均匀程度，图谱覆盖程度以及标记密度等方面的分析，本研究构建的甘蓝型油菜分子遗传图谱质量较高，并且SRAP标记可能是比AFLP标记更适合于图谱构建的标记体系。     

利用DH群体进行白菜株高和开展度的QTL定位分析

应用AFLP、SRAP、RAPD、SSR及同工酶等标记构建的326个标记位点的白菜遗传图谱和81个DH株系群体,采用M apQTL 5软件对白菜的株高和开展度进行QTL定位。结果表明：通过2年试验,在10个连锁群上共检测到27个QTL,主要分布在R 5、R 10连锁群上：其中控制株高的有11个,控制开展度的有16个;获得2年稳定表达的控制株高的QTL 1个,控制开展度的QTL 3个;各QTL加性效应各不相等,其遗传贡献率为13.3%-29.2%;控制株高和控制开展度的QTL位点表现为紧密连锁或相似的位置,主要集中在R 5连锁群上。     

鲤遗传连锁图谱的构建

利用JoinMap 4.0软件包,以德国镜鲤选育系为祖父母所培育的自交F2群体的68个个体为作图群体,首次以新型分子标记单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)为主要作图标记,以微卫星(Simple Sequence Repeats,SSR)和表达序列标签(Expressed Sequence Tag,EST)为辅助标记,采用CP(CrossPollinators)模型构建鲤的遗传连锁图谱。构建的遗传连锁图谱含有560个标记(174个SSR标记、41个EST-SSR标记和345个SNP标记),分布在50个连锁群上,最大连锁群由60个标记组成,最小连锁群仅含2个标记,平均每个连锁群有11.2个标记。最大连锁群的图距为198.1厘摩(centimorgan,cM),最小的连锁群图距为1.5 cM,图谱总图距为3 295.92 cM,标记间平均间距为7.21 cM,图谱覆盖率为76.26%。构建的图谱为中等密度的遗传连锁图谱可为进一步的鲤相关经济性状的QTL定位研究和分子标记辅助选择育种(MAS)打下基础。研究亮点:首次以新型分子标记SNP为主要作图标记并以SSR标记为...     

裸燕麦SSR标记连锁群图谱的构建及β-葡聚糖含量QTL的定位

【目的】构建裸燕麦分子遗传图谱,发掘燕麦β-葡聚糖基因紧密连锁的分子标记,为高β-葡聚糖含量燕麦种质资源的利用及裸燕麦分子标记辅助育种提供理论和实践依据。【方法】以高β-葡聚糖地方品种夏莜麦为父本,育成品种赤38莜麦为母本构建的包含215个F2:3家系为图谱构建群体,利用SSR分子标记进行遗传分析,构建分子遗传图谱。通过美国谷类化学会（AACC）发表的标准葡聚糖含量测定方法（AACC Method 32-23）测定各家系的β-葡聚糖含量,利用复合区间作图法进行燕麦β-葡聚糖含量性状进行遗传定位与分析。【结果】利用筛选出的231对SSR引物在F2 后代群体上进行检测,共得到261个多态性标记位点,利用JoinMap 4.0软件对上述获得多态性分子标记进行遗传连锁分析,在LOD≥5.0情况下,构建遗传图谱,得到包含26个连锁群、182个标记位点的遗传图谱,覆盖基因组1 869.7 cM,标记间平均距离为10.6 cM,每个连锁群上的标记数在2-14个之间,连锁群长度在10.6-235.1 cM。对亲本及后代群体β-葡聚糖含量的测定结果表明,β-葡聚糖含量在后代群体中表现出明显的分离,且呈现为连续变异,变异系数为18.72%,说明β-葡聚糖含量性状是受多基因控制的数量性状,群体符合QTL定位的要求。利用QTL分析软件WinQTLCart 2.5对SSR数据进行分析,采用复合区间作图法（composite interval mapping,CIM）对全基因组进行QTL扫描,以LOD值5作为阈值对β-葡聚糖含量可能存在的QTL进行定位和效应估计,检测到4个与β-葡聚糖含量相关的QTL位点,其中qBG-1位于连锁群LG20上,与最近的标记AM591的距离10.0 cM。加性效应值为0.21,可以解释的表型变异为10.9%;qBG-2和qBG-3位于连锁群LG23上,其中qBG-2与最近的标记AM1823的距离4.6 cM,qBG-3与最近的标记AM641的距离1.9 cM,加性效应值分别为-0.23和-0.22,可以解释的表型变异分别为3.2%和2.7%;qBG -4位于连锁群LG25上,与最近的标记AM302的距离6.8 cM,加性效应为0.84,可以解释的表型变异为27.6%,其中存在的2个主效QTL qBG-1和qBG -4,都来自于高β-葡聚糖含量的父本夏莜麦。【结论】构建了大粒裸燕麦SSR分子标记连锁群图谱,并定位了4个控制β-葡聚糖含量的QTL位点。     

小麦株高的QTL分析

【目的】研究控制小麦株高的数量性状位点(QTL)。【方法】利用SSR和AFLP分子标记构建连锁图谱,在3种不同试验环境(2003~2004年北京、2004~2005年北京和河南安阳)下分析百农64×京双16组合的218个F2:3株系群体的株高。【结果】构建了由158个分子标记(100个SSR标记和58个AFLP标记)位点组成的遗传连锁图谱,覆盖了除1D连锁群外小麦全基因组的3 114 cM;检测到3个控制株高的QTL,分别位于2B、4D和6A染色体上,贡献率分别为7.3%~11.5%,7.4%~12.9%和5.7%~11.3%。【结论】3个株高QTL位点在不同环境下表现稳定,其紧密连锁的分子标记可用于矮秆、半矮秆小麦的标记辅助育种。