瓦氏黄颡鱼肝脂酶基因cDNA序列的克隆与序列分析

利用RT-PCR方法克隆瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)肝脂酶cDNA序列片段,并对其基因结构和系统进化关系进行分析.瓦氏黄颡鱼肝脂酶cDNA片段长1065 bp,编码353个氨基酸.肝脂酶氨基酸序列同源性分析结果表明,瓦氏黄颡鱼与其他鱼类的同源性为62%-100%.瓦氏黄颡鱼肝脂酶氨基酸残基包含糖基化位点、催化位点、催化中心三联体位点、脂质结合位点和多肽"盖"等主要结构区域.系统进化树分析表明,瓦氏黄颡鱼肝脂酶与草鱼、鳙、斑马鱼肝脂酶聚为一支.因此,瓦氏黄颡鱼的肝脂酶在鱼类进化中较为保守.     

野生与人工养殖瓦氏黄颡鱼肌肉营养成分及品质评价

对野生及人工养殖瓦氏黄颡鱼的肌肉营养成分和营养品质进行了分析比较。结果表明,野生瓦氏黄颡鱼肌肉中水分显著高于人工养殖瓦氏黄颡鱼(P0.05),而粗脂肪含量显著低于人工养殖瓦氏黄颡鱼(P0.05),粗蛋白和粗灰分含量两者无显著差异(P0.05)。野生和人工养殖瓦氏黄颡鱼氨基酸组成基本一致,均含有17种以上氨基酸(色氨酸含量较低未测定)。除酪氨酸外,其余各项氨基酸指标均无显著差异(P0.05)。氨基酸平衡性分析结果表明,瓦氏黄颡鱼氨基酸组成符合FAO/WHO标准,具有较好的平衡性,蛋白品质较好。野生瓦氏黄颡鱼较养殖瓦氏黄颡鱼ω3脂肪酸高。瓦氏黄颡鱼肌肉贮存脂肪高,是一种较优的经济鱼类。     

饲料中添加抗菌脂肽对瓦氏黄颡鱼肌肉营养的影响

在基础配合饲料中添加0.5%、1%、2%、4%抗菌脂肽,饲养瓦氏黄颡鱼8周,对其肌肉一般营养成分、氨基酸营养、脂肪酸营养进行分析比较。结果表明抗菌脂肽对瓦氏黄颡鱼肌肉蛋白质、灰分含量无显著影响(P0.05)。瓦氏黄颡鱼是氨基酸组成均衡性较好(EAAI75、EAA/NEAA79%)的优质水产品,富含Glu、Asp、Arg等有助于术后病人康复的氨基酸。Lys含量较为富余,适当摄入可平衡谷物中Lys短缺,第一限制性氨基酸为Met+Cys。4%范围内添加抗菌脂肽对瓦氏黄颡鱼氨基酸组成无显著性影响(P0.05),EAAI随着AMI添加量增加逐渐降低,但仍高于75%。瓦氏黄颡鱼肌肉脂肪酸主要组成种类不少于11种,其中饱和脂肪酸3种、单不饱和脂肪酸4种、多不饱和脂肪酸4种,不饱和脂肪酸相对含量均较高,富含多不饱和脂肪酸(二十碳四烯酸、EPA、DHA)。在4%添加范围内,抗菌脂肽对瓦氏黄颡鱼肌肉脂肪酸组成无明显影响。     

野生与船养瓦氏黄颡鱼肌肉营养组成与评价

[目的]比较野生和船体网箱养殖(船养)瓦氏黄颡鱼的肌肉营养组成。[方法]对采自同一水域的野生和船养瓦氏黄颡鱼的肌肉营养成分进行了比较。[结果]野生瓦氏黄颡鱼粗蛋白、粗灰分和粗脂肪含量分别为船养瓦氏黄颡鱼的1.16倍、1.69倍和0.90倍。在检测到的17种氨基酸中,野生瓦氏黄颡鱼除酪氨酸和组氨酸含量低于船养瓦氏黄颡鱼外,其余种类氨基酸均高于船养瓦氏黄颡鱼。野生瓦氏黄颡鱼总氨基酸(TAA)、总必需氨基酸(TEAA)、总鲜味氨基酸(TDAA)含量分别是船养瓦氏黄颡鱼的1.18倍、1.51倍和1.13倍。野生瓦氏黄颡鱼必需氨基酸构成比例符合世界粮农组织/世界卫生组织对优质蛋白质的要求,而船养瓦氏黄颡鱼不符合。根据氨基酸评分,野生瓦氏黄颡鱼的第一限制性氨基酸为缬氨酸,除缬氨酸外,其余必需氨基酸的氨基酸评分均大于等于0.90;船养瓦氏黄颡鱼的第一限制性氨基酸为亮氨酸,只有苯丙氨酸+络氨酸的氨基酸评分大于1,3种必需氨基酸的氨基酸评分在0.65以下;野生瓦氏黄颡鱼的必需氨基酸指数为69.62,船养瓦氏黄颡鱼为55.36。[结论]野生和船养瓦氏黄颡鱼的肌肉营养成分存在差异。野生与船养瓦氏黄颡鱼生活在同一水域,水质条件几乎一致,饵料差异可能是影响瓦氏黄颡鱼肌肉营养成分的主要原因。     

LED组合光谱对白羽肉鸡生长、屠宰性能及抗应激的影响

对野生及人工养殖瓦氏黄颡鱼的肌肉营养成分和营养品质进行了分析比较。结果表明,野生瓦氏黄颡鱼肌肉中水分显著高于人工养殖瓦氏黄颡鱼（P <0.05）,而粗脂肪含量显著低于人工养殖瓦氏黄颡鱼（P < 0.05）,粗蛋白和粗灰分含量两者无显著差异（P >0.05）。野生和人工养殖瓦氏黄颡鱼氨基酸组成基本一致,均含有17种以上氨基酸（色氨酸含量较低未测定）。除酪氨酸外,其余各项氨基酸指标均无显著差异（P>0.05）。氨基酸平衡性分析结果表明,瓦氏黄颡鱼氨基酸组成符合FAO/WHO标准,具有较好的平衡性,蛋白品质较好。野生瓦氏黄颡鱼较养殖瓦氏黄颡鱼ω3脂肪酸高。瓦氏黄颡鱼肌肉贮存脂肪高,是一种较优的经济鱼类。     

黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼及“黄优1号”肌肉营养成分比较

为科学评价生长速度快、抗病能力强的新兴养殖品种"黄优1号"(Pelteobagrus vachelli♀×Pelteobagrus fulvidraco♂)肌肉营养价值,测定其肌肉中常规营养成分、氨基酸和脂肪酸的含量和组成,并与其父本瓦氏黄颡鱼和母本黄颡鱼进行了比较。结果发现:黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼和"黄优1号"肌肉中共检测出17种氨基酸,在总氨基酸含量、总必需氨基酸含量以及总鲜味氨基酸含量等方面均以"黄优1号"肌肉中含量最高。"黄优1号"肌肉中富含人体必需脂肪酸,含量高达22.85%,与其母本黄颡鱼肌肉中必需脂肪酸含量接近,略低于其父本瓦氏黄颡鱼肌肉中必需脂肪酸含量。结果表明"黄优1号"具有较为显著的氨基酸和脂肪酸营养价值的双重优势。     

羽毛肽粉对瓦氏黄颡鱼稚鱼肌肉营养成分的影响

以基础饲料中添加5%、10%、15%、20%羽毛肽粉的配合膨化饲料饲养瓦氏黄颡鱼Pelteobagrus vachelli稚鱼60d,研究其肌肉营养成分的变化规律。结果显示,羽毛肽粉添加水平在20%范围内时,瓦氏黄颡鱼肌肉常规营养成分(蛋白质、灰分、脂肪、水分)无显著性变化(P0.05)。10%羽毛肽粉添加组黄颡鱼肌肉必需氨基酸、非必需氨基酸、儿童必需氨基酸、氨基酸总量和呈味氨基酸含量均显著高于其他添加组(P0.05),与对照组无显著性差异(P0.05)。饲料中添加10%羽毛肽粉黄颡鱼肌肉的E/T、E/N均显著低于对照组及其他添加组(P0.05)。羽毛肽粉添加水平达到10%时,瓦氏黄颡鱼肌肉的Lys比值、EAAI值、AAS和CS评分值均最高,而接近于对照组。当饲料中添加10%羽毛肽粉时,瓦氏黄颡鱼肌肉棕榈酸的相对含量显著低于其他添加组与对照组(P0.05)。当羽毛肽粉添加水平在15%范围内时,瓦氏黄颡鱼肌肉的SFA含量和顺式油酸的相对含量随着添加比例的升高而显著下降(P0.05)。当饲料中添加10%羽毛肽粉时,瓦氏黄颡鱼肌肉的DHA+EPA、HUFA、PUFA和(n-3)PUFA含量显著高于其他添加组与对照组(P0.05)。可见,在瓦氏黄颡鱼饲料中适量添加羽毛肽粉,可以显著提高瓦氏黄颡鱼肌肉营养价值。     

瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼仔、稚、幼鱼生长的比较

对同步人工繁殖的瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼仔、稚、幼鱼进行了生长特性和养殖性能的比较,结果表明:92日龄的瓦氏黄颡鱼和黄颡鱼平均体质量分别为18和14 g,差异显著(P＜0.05);饲养期间,瓦氏黄颡鱼和黄颓鱼的总成活率分别为92.82%和74.97%,差异显著(P＜0.05).因此,瓦氏黄颓鱼养殖性能优于黄颡鱼.     

普通黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼及其杂种一代遗传特征的微卫星分析

采用筛选的6个微卫星标记分析普通黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼以及普通黄颡鱼(♀)×瓦氏黄颡鱼(♂)杂种一代3个群体的遗传特征。结果表明,瓦氏黄颡鱼群体有效等位基因数为3.026 8个,观测杂合度为0.349 0,多态信息含量为0.508 0,均高于普通黄颡鱼群体(有效等位基因数为2.008 2个,观测杂合度为0.109 4,多态信息含量为0.320 3);杂交黄颡鱼有效等位基因数(2.863 2个)、观测杂合度(0.338 5)、多态信息含量(0.501 2)高于母本普通黄颡鱼,低于且接近父本瓦氏黄颡鱼。杂交黄颡鱼与父本瓦氏黄颡鱼间的遗传距离(0.612 4)大于与母本普通黄颡鱼间的遗传距离(0.395 9),遗传表现上偏向普通黄颡鱼。筛选到1个标记可以准确识别鉴定该3个群体。研究结果可为黄颡鱼种质鉴定和杂交育种提供分子基础资料。     

黄颡鱼生长抑素基因的克隆及表达谱分析

【目的】克隆黄颡鱼生长抑素(Somatostatin,SS)基因cDNA全长序列,分析其在黄颡鱼胚胎发育、胚后发育阶段及成鱼各个组织中的表达规律。【方法】以黄颡鱼脑组织为材料,根据瓦氏黄颡鱼和斑点叉尾鮰SS基因保守区设计1对引物用于扩增SS基因中间保守区序列,再根据中间保守区序列设计2对引物,分别用于扩增5′端和3′端序列,将扩增得到的中间保守区序列、5′端和3′端序列拼接后得到黄颡鱼SS基因的cDNA全长序列,并对其进行生物信息学分析。用NCBI的Protein Blast对黄颡鱼与其他物种SS基因编码的氨基酸序列同源性进行比较,并构建系统发育树。用实时荧光定量RT-PCR检测SS基因在胚胎发育时期和胚后发育阶段（1～20 d）的表达特征。采用半定量RT-PCR检测SS基因在黄颡鱼脑、心脏、肌肉、胃、肝脏、肾脏、鳃、脾脏、性腺等组织中的表达特征。【结果】黄颡鱼SS基因cDNA全长694 bp,其中5′端非翻译区139 bp,3′端非翻译区211 bp,开放阅读框为345 bp,编码114个氨基酸。黄颡鱼与瓦氏黄颡鱼SS基因编码氨基酸同源性最高,为98%。系统发育树结果显示,黄颡鱼与同属于鲇形目的瓦氏黄颡鱼和斑点叉尾鮰聚为一支。SS基因在黄颡鱼受精卵时期就有表达,并持续至胚胎孵化出膜,且在心跳期和出膜期的表达量显著高于受精卵时期(P＜0.05);在出膜后的1～20 d,SS基因在黄颡鱼中稳定表达;在成鱼的各个组织中,SS基因只在脑组织中特异性表达。【结论】初步探明了SS基因在黄颡鱼胚胎发育、胚后发育阶段及成鱼各组织中的表达规律,推测其可能在黄颡鱼胚胎发育中发挥着重要的生理功能。     

草鱼JAK2基因片段序列的克隆及其组织表达分析

通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)法从草鱼肝脏中首次克隆获得草鱼JAK2基因的片段序列。该片段序列长671 bp,编码223个氨基酸,氨基酸序列分析表明草鱼JAK2基因片段与其他物种的相似性在70%～91%之间;系统进化树显示,鱼类的JAK2独立聚成一支,草鱼与斑马鱼聚成一支,与鳜鱼和墨绿凹鼻鲀聚成的一支再聚成一支。实时荧光定量PCR分析表明,草鱼JAK2基因在肝脏、肌肉、脑、心脏、脾脏和肠系膜脂肪组织中均有表达,其中在肝脏组织中表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05),其次是肌肉、脑、脾脏和肠系膜脂肪组织,在心脏组织中表达量最低,且显著低于其他组织(P<0.05)。本研究为进一步研究草鱼JAK2基因的结构和功能奠定了基础。研究亮点:JAK2基因在鱼类上的研究报道甚少。本研究首次克隆了草鱼JAK2基因片段序列;且发现JAK2基因在肝脏组织中表达量最高,心脏组织中表达量最低,为草鱼JAK2基因的结构及其信号转导等生理功能的深入研究奠定了基础。     

猪SRPK1基因的电子克隆

用小鼠和人的SRPK1基因的编码区序列通过NCBI数据库进行比较和检索,得到一个高同源性的猪cDNA序列和4个猪SRPK1基因的ESTs。利用DNAMAN软件将以上片段进行拼接,得到了一条较长的拼接片段X-1。ORF finder和Blast 2 sequence程序分析。结果表明,X-1中包含一个完整的长为1 968 bp的编码区,编码656个氨基酸,且此编码区DNA序列与人的SRPK1基因有91.73%的一致性,氨基酸序列的一致性为92.93%。     

龙眼子叶胚3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的cDNA克隆及序列分析

从龙眼子叶胚中分离得到一个大量表达的表达序列标签(EST),该EST编码序列与金鱼草3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因的同源性为84%,利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了龙眼GAPDH基因全长序列.序列分析表明,龙眼GAPDH基因的cDNA全长为1395 bp,包括一个长1008 bp、编码336个氨基酸的开放阅读框(ORF),5′端非编码区(UTR)长71 bp,3′-UTR长316 bp.龙眼GAPDH基因编码的氨基酸序列与水稻、葡萄、小果野蕉、拟南芥、银杏等GAPDH基因的氨基酸序列同源性均高达85%以上,该基因在GenBank中的登录号为FJ694011.     

花生谷氨酸脱氢酶基因AhGDH1的克隆与生物信息学分析

运用电子克隆技术获得花生1个谷氨酸脱氢酶基因cDNA序列,同时设计引物以花生cDNA为模板进行扩增,经测序得到证实,命名为AhGDH1,GenBank登录号:KT933119。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、基本理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、信号肽导肽、二级结构和三级结构等方面进行了预测和分析。结果表明:该基因cDNA序列长度为1 713bp,包含1个1 236bp开放阅读框,编码411个氨基酸;该编码蛋白含有谷氨酸脱氢酶两个典型的保守结构域。同源比对分析显示,该基因编码的氨基酸序列与鹰嘴豆等植物的谷氨酸脱氢酶基因具有高度的相似性,进一步确定该蛋白为谷氨酸脱氢酶。     

海岛棉一个成花素类似基因的克隆和生物信息学分析

[目的]海岛棉成花素类似基因的克隆及生物信息学分析.[方法]利用RT - PCR技术,从海岛棉中克隆成花素FLOWERING LOCUST(FT)的同源基因,并进行生物信息学分析.[结果]从新海14号花后15 d纤维中,克隆到一个棉花成花素类似基因FLOWERING LOCUS T- LIKE1,命名为GbFTL1.该基因的开放阅读框为525 bp,编码174个氨基酸.蛋白比对表明bFTL1和AtFT的相似性为79.3;,和陆地棉GhFTL1的相似性为99.4;,GbFTL1第37位氨基酸为Asn(N),而GhFTL1第37位氨基酸为Ser(S).GbFTL1含有FT蛋白亚家族两个关键的氨基酸残基及14个保守氨基酸,系统进化树分析表明GbFTL1属于FT亚家族成员.[结论]GbFTL1基因可能为海岛棉中促进开花的基因之一.     

珠眉海棠水通道蛋白MzPIP1;1基因的克隆与表达分析

通过对珠眉海棠盐胁迫微列阵分析,从盐胁迫cDNA文库中分离得到盐诱导的水通道蛋白基因MzPIP1;1 cDNA序列全长1 135bp,开放阅读框共870bp,5′-UTR和3′-UTR的长度分别是91和174bp。MzPIP1;1编码289个氨基酸,有6个跨膜结构和2个NPA(Asp-Pro-Ala)保守区。聚类分析表明:MzPIP1;1和其他4个物种PIP1类同源性在80%以上,属于质膜水通道蛋白PIP1类。拟南芥原生质体瞬时转化结果表明MzPIP1;1定位在质膜上。半定量RT-PCR表明MzPIP1;1基因受到盐和低温诱导。推断MzPIP1;1基因在盐胁迫下的表达调控与珠眉海棠耐盐能力密切相关。     

水稻盐胁迫相关基因sos 5的克隆与序列分析

采用RT-PCR扩增的方法,从水稻(Oryza sativa)中克隆获得了1 574 bp的cDNA片段.基因测序和序列同源性分析结果表明,所克隆的基因片段包含1 284 bp的开放阅读框,编码一个含有427个氨基酸的多肽,该蛋白与拟南芥SOS 5蛋白同源性达45.6%,与小麦同源性达71%.     

水稻盐胁迫相关基因sos5的克隆与序列分析

采用RT-PCR扩增的方法,从水稻(Oryza sativa)中克隆获得了1 574 bp的cDNA片段。基因测序和序列同源性分析结果表明,所克隆的基因片段包含1 284 bp的开放阅读框,编码一个含有427个氨基酸的多肽,该蛋白与拟南芥SOS 5蛋白同源性达45.6%,与小麦同源性达71%。     

猪胰岛素诱导1基因的cDNA克隆和差异表达及蛋白质序列分析

克隆猪胰岛素诱导1(INSIG1)基因,并对其蛋白质序列进行分析。根据人INSIG1基因的保守序列设计1对引物,以猪总RNA为模板,经RT–PCR获得INSIG1基因序列,通过相对荧光定量PCR分析该基因在不同组织中的表达量;将INSIG1基因序列连接到pMD19–T Simple载体上,用PCR检测阳性克隆后测序,并对克隆得到的基因进行生物信息学分析。结果表明,INSIG1基因在肺中的表达量最高,其次是在肝脏,再次是在脾脏,在心脏中的表达量最低;通过克隆,获得了一段999 bp的序列,其中831 bp的开放阅读框编码276个氨基酸;该蛋白不含信号肽序列,与其他动物INSIG1基因氨基酸序列的一致性在71%以上。