农业生物信息学

20世纪80年代末,人类基因组计划(HumanGenome Project,HGP)的启动推动了生物信息学的产生和蓬勃发展。人类基因组计划的直接结果是获得了大量不连续的数据。对这些数据的收集、存储、分析和解释,从中获取有用的生物学信息,导致了生物信息学的产生。生物信息学在农作物基因组分析中的深入应用产生了农业生物信息学,本文在介绍生物信息学理论和国内外研究进展的基础上,分析了生物信息学在农作物育种及农作物基因组学等方面的应用前景,提出了我国农业生物信息学的研究和开发建议。     

生物信息学在基因组学中的应用

随着计算机科学、物理学、数学等与生命科学的相互渗透和交叉,生物信息学愈来愈显示出其重要性,尤其是在抗病基因的研究中。笔者从结构基因组、比较基因组、功能基因组与生物信息学等方面论述了生物信息学在基因组学中的应用。     

葫芦科作物基因组学研究进展

葫芦科拥有许多常见的蔬菜和瓜果,在农业生产和人民生活中占有举足轻重的地位。高质量参考基因组是重要农艺性状相关基因挖掘、种质资源精准鉴评及分子设计育种体系建立及应用的重要前提。随着测序技术的快速发展,陆续建立了Sanger、Roche 454、Illumina、PacBio等测序平台,测序成本不断降低,不同物种的基因组测序工作陆续完成。黄瓜是葫芦科作物研究的模式作物,是第一个完成基因组测序的蔬菜作物。随后,包括西瓜、甜瓜、南瓜和冬瓜等在内的葫芦科作物逐步完成了全基因组测序,显著提升了葫芦科作物的基因组学、系统进化和分子生物学研究水平。本文综述了葫芦科主要作物在全基因组测序方面取得的一系列重要进展,全基因组测序工作在葫芦科作物起源与进化、重要农艺性状相关基因挖掘等方面的实际应用情况,并对葫芦科作物端粒到端粒（T2T）基因组和泛基因组的构建进行了展望。     

生物信息学的背景、现状及前景

随着人类基因组计划的启动，生物信息学作为一门计算机处理生物数据的交叉学科发展起来了，本文就生物信息学的产生背景、发展阶段、现阶段成果及将来的发展趋势予以综述。     

生物信息学在药用植物研究中的应用

生物信息学是应用计算机技术将生物化学和分子生物学试验的海量信息转换为数字信息的一门科学,其重点是DNA和蛋白质序列的比对和分析.本文阐述生物信息学的方法学,包括功能基因组、蛋白质组、基因表达谱、生物芯片、靶基因研究等相关技术在药用植物研究上的应用前景.     

双元细菌人工染色体基因组文库研究进展

酵母人工染色体(YAC)、细菌人工染色体(BAC)是伴随着人类基因组计划的实施而产生的,这些大片段基因克隆载体的应用推动了分子生物学、遗传学等学科的快速发展。以农杆菌介导的直接转化植物为代表的双元细菌人工染色体(BIBAC)载体的发展,加速植物基因组的研究,成为植物基因组分析、基因功能鉴定、染色体结构与功能关系研究的重要工具。介绍了人工染色体文库的发展史,根据建库经验,着重阐述了BIBAC文库的构建、鉴定与应用。     

双元细菌人工染色体基因组文库研究进展

酵母人工染色体(YAC)、细菌人工染色体(BAC)是伴随着人类基因组计划的实施而产生的,这些大片段基因克隆载体的应用推动了分子生物学、遗传学等学科的快速发展。以农杆菌介导的直接转化植物为代表的双元细菌人工染色体(BIBAC)载体的发展,加速植物基因组的研究,成为植物基因组分析、基因功能鉴定、染色体结构与功能关系研究的重要工具。介绍了人工染色体文库的发展史,根据建库经验,着重阐述了BIBAC文库的构建、鉴定与应用。     

基于全基因组分析技术的鱼类育种技术原理与应用

随着越来越多的鱼类完成全基因组测序,如何将基因组信息和相关分析技术应用于鱼类育种成为业内关注的问题.相比于作物与畜禽,基于全基因组分析的鱼类育种技术的研究和应用较为滞后.目前鱼类育种主要参考其他物种已各成体系的诸多方法,虽然这些方法为鱼类全基因选择育种提供了参考,但众多的技术和算法在选择和应用中也存在一些问题.梳理了不...     

高通量测序技术在多倍体作物基因组学研究中的应用(英文)

高通量测序或第二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术已被广泛地应用于动植物基因组学研究并对其产生了深刻影响.该文总结了NGS在棉花基因组测序、转录组分析、微小RNA和单核苷酸多态性鉴定等方面的应用研究进展,并对NGS在棉花基因组学和遗传育种中的应用前景作了展望.NGS在棉花中的应用对其他多倍体作物的类似研究具有参考和指导意义,但其更广泛和有效的应用有赖于简便、高效生物信息学方法的开发和利用.     

中国科学家公布日本血吸虫“基因天书”——首次通过国内生物信息平台向全世界发布大规模基因组序列数据

我国自主测序的日本血吸虫基因组工作框架图，共计300多万条DNA序列（reads），供全球开展血吸虫病及其他寄生虫病相关研究的机构和科学家共享．这不仅是我国首次对人体寄生虫展开全基因组测序，也是我国生命科学研究机构首次通过国内生物信息平台向全世界发布大规模基因组序列数据．这不仅表明我国的基因组学和生物信息学研究和技术支撑体系已经在国际上占有重要地位，而且也第一次向世界显示我国科学数据共享技术平台已经具有汇交、集成和发布大规模基因组数据的能力和权威，