谷子eIF5A基因家族鉴定与分析

【目的】本文系统分析了谷子e IF5A基因家族在谷子中如何发挥作用。【方法】利用谷子基因组数据库,运用生物信息学方法,鉴定谷子e IF5A基因家族的基因结构、染色体定位、编码蛋白和磷酸化位点预测,通过序列比对进行进化和分类分析。【结果】谷子含有4个e IF5A基因,均含有4个内显子,分布于谷子的3条染色体上。MEME保守基序分析显示,谷子e IF5A蛋白均含有1个保守的DNA结合寡核苷酸结合结构域(PF01287)。磷酸化位点预测分析表明谷子e IF5A蛋白均含有大量潜在磷酸化位点。【结论】以上结果将为今后揭示谷子e IF5A蛋白功能提供重要的线索。     

毛白杨AP2/ERF 类转录因子PtoSHN 的克隆及分析

AP2/ERFs 是一个庞大的转录因子家族,在植物的生长发育过程中发挥着重要作用。以毛白杨(Populustomentosa)为材料,克隆了毛白杨AP2/ERF 类转录因子PtoSHN 的编码区序列。组织表达特异性结果显示,PtoSHN 基因在毛白杨茎中高水平表达。系统进化分析表明,PtoSHN 与拟南芥AtSHN2 和AtSHN3 相似度较高,其中AtSHN2 已被证明参与了植物次生壁的合成调控。通过亚细胞定位预测,PtoSHN 定位于细胞核内。亚细胞定位结果表明,PtoSHN 定位在核内。表明已成功克隆到毛白杨SHN 基因,该基因可能在林木次生生长过程中起调控作用。     

中国转基因作物产业化分析

伴随着经济全球化和世界人口的不断地增长,转基因作物产业化对全球的经济、社会、环境起了重要的影响。中国作为转基因作物种植面积400万hm2的发展中大国,转基因作物产业同样对经济、社会和环境起重要作用。文中对中国转基因作业产业的现状及研究状况进行了分析并提出:在中国转基因作物产业化未来的发展中,要加强转基因作物研发能力;构建以企业为主体,市场为导向,形成和完善生产、加工、销售一体化的转基因作物产业体系;强化转基因作物安全管理,完善生物安全评价体系和转基因作物的科普工作。中国做好转基因作物产业化不仅能保障粮食安全,而且能产生巨大的经济、社会和环境效益,为中国可持续发展战略提供不竭动力。     

杨树PtoCIPK2基因的克隆和表达分析

钙调磷酸酶B类似蛋白互作蛋白激酶(CIPKs)在植物生长发育和抗逆过程中发挥着重要作用.以2个月龄的杨树(Populus tomentosa Carr.cv ‘BJHR01’)幼苗总RNA反转录的cDNA为模板,克隆得到PtoCIPK2(GeneBank登录号:KF225478)基因全长cDNA序列.该基因包含1 395 bp开放读码框,编码464个氨基酸,预测蛋白分子量为52.8 ku,等电点为9.19.蛋白质结构分析表明,PtoCIPK2具有保守的蛋白激酶结构域和NAF结构域.Real-Time qRT-PCR分析表明,PtoCIPK2在杨树幼苗主根、茎和叶片中均有表达,在叶片中的表达量最高,约为其在茎中表达量的4倍.PtoCIPK2响应了NaC1(300 mmol/L)、干旱和ABA (200μmol/L)的胁迫.在NaCl和干旱胁迫12 h后,PtoCIPK2的表达量分别上调了28和8倍,推测该基因在响应高盐和干旱胁迫时起重要作用.     

双元细菌人工染色体基因组文库研究进展

酵母人工染色体(YAC)、细菌人工染色体(BAC)是伴随着人类基因组计划的实施而产生的,这些大片段基因克隆载体的应用推动了分子生物学、遗传学等学科的快速发展。以农杆菌介导的直接转化植物为代表的双元细菌人工染色体(BIBAC)载体的发展,加速植物基因组的研究,成为植物基因组分析、基因功能鉴定、染色体结构与功能关系研究的重要工具。介绍了人工染色体文库的发展史,根据建库经验,着重阐述了BIBAC文库的构建、鉴定与应用。     

杨树磷酸肌醇特异性磷脂酶C基因家族鉴定与分析

为了对已测序杨树Populus trichocarpa Torr.Gray中磷酸肌醇特异性磷脂酶C(phosphoinositidespecific phospholipase C,PI-PLC)家族基因进行系统分析,利用杨树基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定杨树PI-PLC家族基因的基因结构、染色体定位和编码蛋白,通过蛋白序列比对进行进化和分类分析。结果表明,杨树中含有7个PI-PLC家族基因,含有8~10个外显子,分布于杨树的4条染色体上。MEME和Pfam保守结构域分析显示,杨树PI-PLC蛋白均含有4个保守的EF、X、Y和C2结构域。蛋白质进化树分析结果表明PI-PLC可分为2个亚家族。     

毛白杨真核细胞翻译起始因子5A基因(PtoeIF5A4)的克隆与表达分析

真核细胞翻译起始因子5A(eIF5A)是目前己知的唯一一种含有羧腐胺赖氨酸残基的蛋白质,其在细胞的生长和增殖方面具有重要作用.但eIF5A各异形体的生物学功能尚不明晰.本研究从毛白杨(Populus tomentosa)中克隆了一个eIF5A的全长编码区序列,并根据同源性分析将其命名为PtoeIF5A4(GenBank登录号:HQ529482),其编码区与毛果杨(Populus trichocarpa)PtreIF5A4的编码区在核酸水平的序列相似性为99％.PtoeIF5A4的编码区全长483 bp,共编码160个氨基酸,编码蛋白的预测分子量约为17.5 kD,等电点为5.76.表达分析结果表明,该基因在根、茎及叶中均表达,在茎中的表达量最高,而且随生长时间的增长,PtoeIF5A4在茎中表达量逐渐上升,生长12个月的杨树茎次生木质部中PtoeIF5A4的表达水平是移栽1个月的4倍,且在12个月后趋于稳定,推测PtoeIF5A4在林木次生生长中起关键作用.     

毛白杨AP2/ERF 类转录因子PtoSHN 的克隆及分析

AP2/ERFs是一个庞大的转录因子家族,在植物的生长发育过程中发挥着重要作用.以毛白杨(Populus tomentosa)为材料,克隆了毛白杨AP2/ERF类转录因子PtoSHN的编码区序列.组织表达特异性结果显示,PtoSHN基因在毛白杨茎中高水平表达.系统进化分析表明,PtoSHN与拟南芥AtSHN2和AtSHN3相似度较高,其中AtSHN2已被证明参与了植物次生壁的合成调控.通过亚细胞定位预测,PtoSHN定位于细胞核内.亚细胞定位结果表明,PtoSHN定位在核内.表明已成功克隆到毛白杨SHN基因,该基因可能在林木次生生长过程中起调控作用.     

双元细菌人工染色体基因组文库研究进展

酵母人工染色体(YAC)、细菌人工染色体(BAC)是伴随着人类基因组计划的实施而产生的,这些大片段基因克隆载体的应用推动了分子生物学、遗传学等学科的快速发展。以农杆菌介导的直接转化植物为代表的双元细菌人工染色体(BIBAC)载体的发展,加速植物基因组的研究,成为植物基因组分析、基因功能鉴定、染色体结构与功能关系研究的重要工具。介绍了人工染色体文库的发展史,根据建库经验,着重阐述了BIBAC文库的构建、鉴定与应用。     

榛属ycf1基因生物信息学分析

为研究ycf1基因家族成员在榛属(Corylus)中的生理功能,利用榛属叶绿体基因组数据库,经过生物信息学分析,获得榛属ycf1基因家族成员的基因结构、定位和编码蛋白,经过多重序列比对进行进化和分类分析。结果表明,榛属叶绿体基因组中的ycf1基因家族成员不含有内含子;TMHMM跨膜区结构分析显示,榛属YCF1蛋白均不含有跨膜区;MEME保守结构域分析显示,榛属YCF1蛋白均含有3个保守结构域。研究结果对解析榛属YCF1蛋白的生物学功能提供重要的线索。