新疆褐牛种群遗传多样性分析

[目的]检测新疆褐牛的遗传多样性及其不同居群(杂交类型)的亲缘关系.[方法]采用8对微卫星分子标记对新疆褐牛的4个群体进行遗传多样性与遗传结构分析.[结果]在192个个体扩增得到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(A)为9.4个新疆褐牛群体的平均预期杂合度(HE)为0.716 2,平均观察杂合度(H0)为0.695 4,群体处于遗传平衡状态.群体平均多态信息含量和平均杂合度较高,4个群体8个位点的平均多态信息含量分别为0.673 6、0.622 0、0.626 5和0.541 3.群体基因流BM2133位点最大(7.0965),BM1824位点最小(2.112 8),各位点平均基因流为4.008 9,4个群体间存在一定的基因交流.4个群体间的遗传变异为5.87;,另外94.13;的遗传变异由个体间的差异产生.基因流不是主导新疆褐牛种群遗传结构的关键因素.聚类分析显示4个群体可按遗传距离分为两类.[结论]新疆褐牛4个群体的遗传多样性丰富,可作为育种材料培育牛的新品种与新疆褐牛新类型.     

湖北宜都斑点叉尾鮰微卫星遗传多样性分析

以湖北省宜都市的斑点叉尾鮰为研究对象,利用8个微卫星位点IpCG0033、IpCG0035、IpCG0040、IpCG0041、IpCG0043、IpCG0051、IpCG0054、IpCG0057的引物进行了遗传分析,统计分析了等位基因数、杂合度、平均多态信息含量等遗传参数,并检测了群体符合Hardy-Weinberg平衡的状况。结果显示:8个微卫星标记位点在群体中共检测到47个等位基因,观测等位基因数在3~8个,平均有效等位基因数为4.254 8个,群体观测杂合度为0.787 3,期望杂合度为0.728 2,平均多态信息含量(PIC)为0.692 0,达到高度多态(PIC>0.5),8个位点中有4个(IpCG0033、IpCG0041、IpCG0054、IpCG0057)处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),另外4个处于不平衡状态(P<0.05)。结果表明我国湖北省宜都市养殖的斑点叉尾鮰目前仍具有较高的遗传多样性,遗传信息丰富,遗传变异大,可以作为良好的育种材料。     

武定鸡群体遗传变异的微卫星标记分析*

 武定鸡是一个能适应高寒和冷凉气候的地方鸡种,以其肥育性能好,沉积脂肪能力强,肉质鲜嫩等特性而著称。为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,筛选了分别位于家鸡22条染色体上的25对微卫星引物,对武定鸡53个个体进行了检测分析。共检测到107个等位基因片段,每个座位等位基因数目从2到6个不等,平均等位基因数为4.28,该鸡群体平均杂合度(H)和多态信息含量(PIC)分别为0.6957,0.6382。所得结果表明:武定鸡群体内存在较为丰富的遗传变异,具有较高的选择潜力。     

微卫星标记对德国镜鲤选育群体的遗传分析

选择扩增效果好、有多态性的12个微卫星标记,对一个德国镜鲤选育群体(288尾)的遗传结构进行了分析。共检测到50个等位基因,等位基因数为3～5,平均有效等位基因数为3.076 9,平均观察杂合度为0.416 4,平均期望杂合度为0.658 2,平均多态信息含量为0.605 6。分析结果表明,该群体的多样性水平适中。经2检验,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态。12个位点均表现为杂合子缺失,表明选择压力较大,提示在后续的生产和选育过程中要注意保持群体的遗传多样性水平,避免近交衰退。     

BMY牛、婆罗门牛及云南黄牛遗传多样性及群体遗传结构研究

选用BMY牛、婆罗门牛和云南黄牛作为研究动物群体,对5个微卫星DNA座位的遗传变异及多态性进行分析,以了解其群体遗传结构及BMY牛的育成情况。结果显示:5个位点在3个群体中的多态信息含量分别为0.6708、0.5676和0.6307,呈高度多态性。平均杂合度BMY牛最高为0.6897,婆罗门牛为0.5701,云南黄牛为0.6078,3个群体均表现出较高的遗传多样性。     

暗纹东方鲀微卫星筛选和群体遗传多样性分析

为了解长江野生暗纹东方鲀群体遗传多样性现状,采用已发表的16对红鳍东方鲀微卫星引物对暗纹东方鲀基因组DNA进行PCR扩增,结果有10对微卫星引物(占总数62.5%)能扩增出特异性条带。利用这10对微卫星引物对采自长江常熟江段30尾暗纹东方鲀群体进行扩增分析,共获得51个等位基因,每个位点等位基因数在2到10之间,平均为5.1。10个位点平均观察杂合度(Ho)为0.820 0,平均期望杂合度(He)为0.692 8,平均多态信息含量(PIC)为0.630 0。8个位点表现为高度多态(PIC>0.5),2个位点表现为中度多态(0.25相似文献   

利用微卫星标记分析腾冲雪鸡的遗传多样性

腾冲雪鸡是近年品种资源调查工作中发现的一个地方优良畜禽品种,具有羽毛洁白无斑、肉骨乌黑、肉质好、抗病性强等优良特性。为了从分子水平阐明其种质特性,采用PCR凝胶电泳技术对腾冲雪鸡33个微卫星座位(位于家鸡24条染色体上)进行了遗传变异检测。检测的样本量为53个个体,随机采自该鸡主产区自然群体,共检测到142个等位基因,每个座位等位基因数目从2个到8个不等,平均等位基因数为4.3030±1.2621个;群体平均期望杂合度及平均多态信息含量分别为0.6664±0.1368和0.6118±0.1443。研究结果表明:腾冲雪鸡群体内存在丰富的遗传变异,遗传多样性较高。     

西北地区3个鸡群体的遗传变异分析

利用4个微卫星标记对西北地区的固原鸡、固原红鸡和略阳乌鸡群体进行遗传变异分析。结果表明,地方品种固原鸡、略阳鸡和培育品种固原红鸡在4个位点的平均杂合度分别为0.748 7,0.709 2和0.733 2,平均有效等位基因数分别为5.129 0,3.505 8和4.468 9,平均多态信息含量分别为0.716 6,0.646 6和0.570 4。表明固原鸡、略阳鸡和固原红鸡均具有较大的遗传变异。     

文昌鸡群体遗传多样性的微卫星分析

利用10对来自鸡不同染色体的微卫星引物序列,对文昌鸡46个样本（雌雄各半）进行了遗传多样性检测。结果表明：该群体平均多态信息含量为0．808,平均观察杂合度为0．351,平均期望杂合度为0．841,平均等位基因14．6个,表明海南文昌鸡群体遗传变异较大,遗传多样性较为丰富。研究结果为文昌鸡品种资源合理保护与开发利用提供了科学依据。     

新疆巴什拜羊不同毛色与有关基因多态性分析

【目的】以不同毛色(红棕色73只,黑色53只,青灰色40只)新疆巴什拜羊为研究对象,采用PCR-SSCP技术检测ASIP、TYR、TYRP1和TYRP2基因多态性,并分析其与被毛表型的相关性。【方法】采用随机抽样的方法选取出三种毛色的巴什拜羊,用枸橼酸钠抗凝管进行采血。运用软件PIC-CALC和POPGENE 32计算巴什拜羊ASIP、TYR、TYRP1和TYRP2基因的多态信息含量和基因型频率、等位基因频率、纯合度、杂合度、有效等位基因数,并对该位点基因型的分布进行Hardy-Weinberg平衡的卡方检验。将所得数据输入Excel表中进行整理,并用SPSS 19.0软件进行差异性分析。【结果】ASIP基因在不同毛色的巴什拜羊群体中有两种基因型分别为AA型和AB型,等位基因B为红色被毛群体中的优势等位基因;等位基因A为黑色和青灰色两种被毛群体中的优势等位基因。处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),红色被毛多态信息含量处于中度多态,而黑色和青灰色被毛多态信息含量处于低度多态。TYR基因在不同毛色的巴什拜羊群体中有两种基因型分别为AA型、AG型和GG型,等位基因G为3种毛色的优势等位基因TYR基因在巴什拜羊黑色和青色被毛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),而红色被毛群体中处于不平衡状态(P<0.05)。TYRP1基因存在两种基因型:AA型和GG型,等位基因A为红色和青灰色两种毛色的优势等位基因;等位基因G为黑色被毛群体的优势等位基因。TYRP1基因在巴什拜羊群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态。红色被毛多态信息含量处于高度多态,黑色和青灰色被毛多态信息含量处于低度多态。TYRP2基因PCR-SSCP检测结果没有显示多态。【结论】ASIP、TYR、TYRP1和TYRP2基因多态性与巴什拜羊的毛色性状有相关性。     

SPF莱航鸡种群的微卫星多态性分析

【研究目的】利用5个微卫星位点对两个SPF莱航鸡封闭群进行了遗传检测,探讨群体内的遗传多态性,以期为实验用鸡遗传质量监测提供理论依据。【方法】PCR扩增后用ABI-3100Avant全自动基因分析仪进行电泳检测,用Genemapper3.1软件进行片段大小分析,收集电泳结果并进行基因分型。【结果】5个微卫星标记在A、B两个鸡群中共检测到20个等位基因,平均为4个;两个鸡群的平均杂合度为0.6211,平均多态信息含量为0.6663,表明所选标记在SPF莱航鸡群中有较高的多态性;adl176位点的180峰仅出现在A群中,188、191两峰在两个群体中的频率相差极大,可作为品系鉴定的理想引物。【结论】大部分微卫星具有多态性,若进行大范围筛查,必能找到一些特异位点为遗传监测所用。     

云南屏边大围山微型鸡遗传多样性*

 云南屏边大围山微型鸡是我国具有独特遗传特性的、属于亚热带热带型早熟地方家禽品种。研究采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测,目的在于阐明其群体遗传变异和遗传结构状况。研究结果显示：33个微卫星座位共检测到65个等位基因,每个座位的等位基因数在1～3个之间,这些等位基因的频率大小在0.0333～1.000之间,平均每个座位的等位基因数为1.9697个,有效等位基因数在100～263个之间, 平均有效等位基因数为1.6846。群体平均杂合度（H）和群体平均多态信息含量（PIC）为0.1737和0.3279。结果表明,大围山微型鸡群体平均杂合度和群体平均多态信息含量较低,纯合度较高,未受到其它外来血液的混杂,是一个封闭的原始群体,具有较高的遗传一致性     

地方鸡种微卫星DNA指纹图谱建立与遗传多样性研究*

 利用20个微卫星标记对我国19个地方鸡种保种群进行了遗传检测，构建了各个品种的微卫星DNA指纹图谱，通过计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离，并用类平均法进行聚类分析，分析了所研究鸡种的遗传关系。研究结果表明：20个微卫星标记在19个地方鸡种保种群共检测到184个等位基因，平均为9.2个,基因频率分布在0.013～0.838之间。19个地方鸡种平均杂合度在0.5824～0.7432之间。其中藏鸡最高，白耳鸡最低。20个微卫星座位的平均多态信息含量在0.5238～0.7023之间，均大于0.5，表现为高度多态性；19个鸡种聚为6类。各鸡种的遗传距离及聚类结果与所保存的地方鸡种的地理分布、现实状况是相吻合的，从而表明用该方法分析品种间的亲缘关系是可行的。     

用微卫星标记分析四品系(群)矮脚鸡的遗传多样性

采用10个微卫星座位对100日龄兴义矮脚黄羽、麻羽、黑羽和矮脚黄鸡四品系矮脚鸡(各50只)遗传多样性进行研究,结果表明:四品系(群)矮脚鸡在10个微卫星座位上共检测到71个等位基因,各座位上等位基因数为5～10个,平均为7.100个.兴义矮脚鸡各群体杂合度较大(在5.2～5.4),矮脚黄鸡群体杂合度较小(为0.3612).10对引物在四品系矮脚鸡中的平均多态信息含量在0.52765～0.82428,说明四品系(群)矮脚鸡均有丰富的遗传多样性.兴义矮脚鸡各群体与矮脚黄鸡群体间的遗传距离都较远,表明它们品系遗传特征相差均较大,有各自不同的遗传背景.     

Study on Genetic Polymorphism of Two Chicken Populations in Guyuan District Using Microsatellite

利用微卫星标记对中国宁夏固原地区地方品种鸡固原鸡和培育品种鸡固原红鸡两个群体DNA水平上的遗传多态性进行了研究,探讨群体内的遗传多态性,为种质资源的保护、开发、利用等提供理论依据。结果表明,利用微卫星标记分析6个位点,共检测到38个等位基因,固原鸡和固原红鸡分别发现29个和20个等位基因;平均有效等位基因数分别为4.6983和3.9385个;群体内平均杂合度分别为0.7198和0.6944。固原鸡和固原红鸡平均多态信含量分别为0.6456和0.5584,表明两个鸡群均为高度多态,均具有较为丰富的遗传多态性。     

洪山鸡20个微卫星座位的DNA多态性分析

[目的]对洪山鸡进行20个微卫星座位的多态性分析,为对其有效保护和开发利用提供科学依据。[方法]利用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术,对随机抽取的50只洪山鸡进行20个微卫星标记的多态性检测。[结果]在20个微卫星座位中共检出176个等位基因,平均每对引物可检出8.8个等位基因,基因频率在0.011 1～0.555 6间分布,平均有效等位基因数为5.755 5,平均杂合度为0.791 3,平均多态信息含量为0.781 9。[结论]该研究表明被检测的洪山鸡群遗传变异大,具有丰富的遗传多样性。     

灵昆鸡群体微卫星DNA遗传多样性研究

为阐明灵昆鸡群体遗传变异和遗传结构状况,采用23个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,检测其等位基因。结果表明,共检测到174个等位基因,23个座位都呈现出多态性,23个微卫星座位的等位基因数在3～12个,平均等位基因数为7.5个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.758和0.723。分析结果表明灵昆鸡自然群体遗传多样性较丰富。     

利用微卫星标记分析云南6个地方鸡品种的遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了云南省武定鸡、茶花鸡、云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡、腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡共6个地方鸡品种的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。结果表明:30个微卫星位点中有24个微卫星位点在6个鸡群体中的多态信息含量为高度多态,还有6个微卫星位点为中度多态,这些位点均可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析中;在6个品种中,武定鸡杂合度最低,为0.602 3,腾冲雪鸡杂合度最高,为0.668 9,杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算结果表明,体型较小的茶花鸡与其他大中型鸡品种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:云龙矮脚鸡、盐津乌骨鸡和武定鸡聚为一类;腾冲雪鸡和西双版纳斗鸡聚为一类;茶花鸡独自为一类,这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。