棉花中转基因成分多重PCR检测体系的建立

以棉花内源基因sad1、报告基因GUS、外源抗虫基因Cry1 Ab/Ac、筛选基因NPTⅡ、NOS终止子和CaMV35 S启动子为检测对象,设计的6对引物能扩增长度合适的基因片段且避免了引物二聚体。通过优化PCR扩增体系中不同引物终浓度的配比以及退火温度对多重PCR检测的影响,建立了棉花转基因成分6重PCR检测体系。结果表明:采用本研究建立的棉籽基因组DNA提取方法,该6重PCR检测体系能够有效地从少至1颗棉籽的少量样品里检测出棉花中的转基因成分。     

一种快速、简便提取大豆油DNA的方法及转基因大豆油的检测

【目的】DNA的提取是GMO（Genetically modified organism）作物检测中重要步骤，DNA的质量关系到GMO检测的成败。【方法】本研究以大豆油为材料，探索出一种快速、简便的提取大豆油DNA的方法。【结果】该方法能从10 ml大豆油中提取0.4 μg高纯度DNA，可用于PCR检测。提取市场上出售的十几种精练大豆油的DNA, 针对 35S、Nos、EPSPS和Lectin 基因进行了PCR检测，分别扩增出不同的目的片段。【结论】大豆油中有残存的DNA碎片，在转基因大豆油中能扩增出外源基因的片段。本研究为大豆油的外源基因的检测提供了可行方法。     

抗草丁膦转基因玉米不同DNA提取方法及PCR检测

以改良PEX,CTAB和SDS方法从转基因玉米材料中提取基因组DNA,并以外源CaMV35S启动子、bar基因及内源基因Zein的序列设计引物,用PCR方法扩增预期大小的DNA片段。结果显示,3种方法提取的DNA用以PCR检测都获得了预期大小的扩增片段,但改良PEX提取方法更省时省力。研究认为,改良PEX提取方法是一种简捷、快速和高效的植物DNA提取方法。     

柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础。【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒（快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装）及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16S rDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差。除快速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求。     

一种适于PCR检测病毒诱导基因沉默番茄植株的微量DNA提取方法

【研究目的】为了寻找一种适用于病毒诱导的基因沉默番茄叶片PCR检测的快速、简单、成本低的DNA提取方法。【方法】笔者根据PCR反应的要求,用改良的CTAB法,实现了微量番茄叶片基因组DNA的快速提取。【结果】提取基因组DNA所用的组织量虽少,所得的DNA经过电泳检测虽有降解,但足以用于PCR检测,以其作模板扩增中国番茄黄化曲叶病毒诱导的硫黄素酶(Su)基因沉默植株中病毒组分中的DNAmβ和1.7A,片段大小分别为500bp、1300bp。测序结果证明是相应基因的部分片段。【结论】该方法的材料不需要使用液氮,可以单人大批量提取,并在基因沉默的番茄植株中能稳定而准确的规模化PCR检测。     

悬铃木方翅网蝽DNA提取及PCR检测

[目的]探索并建立悬铃木方翅网蝽总DNA提取方法。[方法]采用改良SDS法结合Silica吸附柱提取悬铃木方翅网蝽总DNA,通过分光光度法、琼脂糖凝胶电泳对获得的DNA进行浓度、纯度及质量检测。利用PCR技术,分别扩增悬铃木方翅网蝽线粒体基因细胞色素氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）和基因组28S基因,克隆测序。[结果]悬铃木方翅网蝽总DNA浓度为52.8μg/ml,A260/A280为2.06,琼脂糖凝胶电泳条带清晰。PCR扩增产物条带清晰特异,经克隆并测序后表明为悬铃木方翅网蝽COⅠ和28S基因。[结论]该方法可得到较纯净完整和扩增效果良好的DNA,能满足进一步分子生物学研究的需要。     

绵羊外周血中游离DNA提取及SRY基因检测

[目的]外周血中游离的DNA主要是指存在于血浆/血清等循环系统里的一些小片段DNA,应用在一些疾病的诊断以及非创伤性产前诊断方面.研究三种方法从绵羊外周血浆/血清中分离提取游离DNA,建立高效的外周血游离DNA提取方法,并对SRY基因进行PCR扩增.[方法]利用加热法、酚氯仿法以及试剂盒法对500 μL血浆/血清中游离的DNA进行提取.根据游离DNA片段大小的特点分别设计扩增产物大小为168 bp的检测引物和178 bp的SRY基因引物进行普通PCR检测.[结果]利用加热法、酚氯仿法、试剂盒法都提取到了游离的DNA,PCR后通过琼脂糖凝胶电泳检测到了168 bp的目的片段.同时利用PCR扩增到了178 bp的SRY基因目的片段.[结论]不同的提取方法均可有效提取分离绵羊外周血血清和血浆中游离的DNA片段,能够用于SRY基因的检测.     

杨树基因组DNA提纯方法的优化及其RAPD鉴定

为获得一种较为理想的杨树基因组DNA的提纯方法,根据提取植物基因组DNA的经验,优化了Clark利用CTAB提取植物基因组DNA的方法。加入了一系列的去除蛋白、酚类物质,利用MgCl2沉淀DNA,通过与三种常规的提纯方法进行比较,经紫外检测和电泳检测,结果表明优化的方法获得了高质量的DNA,是较为理想的杨树基因组DNA的提纯方法。能满足RAPD及其他分子生特学研究的需要。在试验中还利用该方法提纯了五个品种的杨树基因组DNA,采用RAPD分子标记技术,在引物S174作用下成功地进行了PCR扩增及品种鉴定。     

6种链霉菌基因组DNA提取方法比较

采用优化SDS、SDS、优化CTAB、CTAB、液氮研磨、微波法分别提取委内瑞拉链霉菌基因组DNA,比较6种方法的差异,选出最佳提取方法分别提取S.fradiae,S.venezuelae,S.ambofa-ciens,S.glaucescens,S.coelicolor基因组DNA,并利用16S rDNA的通用引物扩增相应的目的基因。结果表明:6种方法制备的基因组DNA以优化SDS法和微波法为上选,后者的纯度高但量很少。优化SDS法是6种提取方法中最可靠的DNA提取方法,DNA量大,纯度高,可靠,可作为PCR反应的模板进行16S rDNA基因有效扩增。     

大豆及腐竹中转基因成分的多重PCR分析

采用CTAB法提取大豆干样、新鲜毛豆及腐竹中的总DNA,内源LECTIN基因扩增结果均为阳性,表明提取到的DNA中不存在抑制PCR的物质.应用花椰菜花叶病毒(Cauliflowermosaicvirus,CaMV)35S启动子和根癌农杆菌胭脂碱合成酶基因(NOS)终止子的二重PCR分析,筛选到7个含转基因成分的样品.半嵌套式PCR检测结果表明阳性样品中的外源目的基因为来自根癌农杆菌CP4菌株的EPSPS基因.最后成功进行了扩增内源LECTIN基因、CaMV35S启动子和NOS终止子的三重PCR分析,以及内源LECTIN基因和EPSPS基因的二重PCR分析,得到预期结果.多重PCR方法具有快速、简便、准确等特点,在植物产品的转基因成分检测上具有重要的应用价值.     

棉粕发酵样品总DNA的提取方法

棉粕是我国重要的饲用蛋白质原料,采用微生物发酵原棉粕脱毒是当前重要的高效技术手段。为了使用分子生态学方法监测微生物发酵棉粕的过程,优化发酵工艺,试验先以脱色缓冲液去除棉粕发酵样品中的游离棉酚及色素类杂质,继之以溶菌酶—SDS—蛋白酶K温和裂解,提取获得总DNA产量达1.8～6.4 μg/g棉粕样品(湿),DNA的提取效率达89%以上,片段大小均在23 kb左右,不经纯化即可直接进行PCR扩增和限制性酶切。以该DNA为模板扩增16S rRNA V3区片段,可用DGGE分析棉粕发酵过程中细菌群落结构的变化。该方法是一种适用于棉粕发酵样品总DNA提取的简便、可靠方法。     

转基因作物外源转基因成分环介导等温扩增技术检测方法的建立及应用

 【目的】建立转基因作物外源转基因成分环介导等温扩增技术检测方法。【方法】以转基因作物中常用的花椰菜花叶病毒35S启动子（CaMV35S）为主要研究对象,利用环介导等温扩增技术（loop-mediated isothermal amplification,LAMP）,针对CaMV35S基因的6个区域设计4种特异引物,利用1种链置换DNA聚合酶(Bst DNA polymerase)在65℃保温1 h,通过荧光显色即可完成对转基因作物鉴定工作。同时对7种转基因作物进行LAMP检测。【结果】该LAMP方法通过特异性检测含有CaMV35S启动子的转基因作物,其检测结果的特异性与常规PCR方法结果一致,灵敏度是常规PCR的10倍。【结论】转基因作物LAMP检测方法具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,非常适合转基因作物的快速检测,有较好的应用价值。     

肉中猪源性成分Real-time PCR定量检测技术

【目的】建立一种快速、准确的肉中猪源性成分定量检测方法。【方法】首先从GenBank数据库中筛选猪特异性的微卫星DNA,根据微卫星DNA核酸序列设计引物,对常见10种动物基因组DNA进行PCR扩增,通过有无扩增产物判断筛选的微卫星DNA对猪源性成分的特异性。然后根据微卫星DNA核酸序列,设计特异性引物和探针,建立猪源性成分Real-time PCR检测方法,采用双标准曲线分别对猪源性成分和总动物源性成分进行定量,计算猪源性成分的百分含量。【结果】筛选到猪特异性微卫星DNA（Accession EF172428）,根据其序列设计的引物SEQ-sus2-F/R只能从猪基因组DNA中扩增出目的条带,其他动物的基因组均无目的条带扩增。建立的Real-time PCR检测方法灵敏度为0.02 ng/25 μL反应体系。该方法能够准确检测出混合DNA样品中猪源性成分和混合肉样品中猪源性成分,百分误差分别约为1.32%和1.06%—7.12%。【结论】本研究利用Real-time PCR技术建立的定量猪源性成分的检测方法可以用来检测猪源性成分在混合样品中的百分含量。     

磁铁矿尾矿宏基因组DNA提取方法的初步研究

[目的]寻找一种有效的磁铁矿尾矿宏基因组DNA的提取方法。[方法]分别采用直接提取法和SDS高-盐法提取邯邢矿区磁铁矿尾矿宏基因组DNA,比较2种方法的提取效果。[结果]直接提取法的提取效果较差,基本上没有提出DNA,SDS高-盐法的提取效果较好,DNA得率较高;23 S rDNA特异序列扩增结果显示,所提DNA能够满足PCR扩增的需要。[结论]所取尾矿样品中含有大量的金属离子,这些金属离子不但影响溶菌酶的活性,而且影响后续PCR扩增效率,所以提取DNA前需对样品进行高浓度TE处理。     

尖刀镰刀孢病原菌ITS和5.8SrDNA的PCR鉴定

通过对ITS/5.8SrDNA区域的PCR和巢式PCR扩增检测真菌DNA,同时评估了PCR和巢式PCR技术的敏感性和特异性。证实了通过PCR和巢式PCR扩增不同种真菌菌株ITS/5.8SrDNA的可行性,通过PCR产物的测序及GenBank比对,能成功检测出该真菌菌株。说明通过对真菌ITS/5.8SrDNA区域的扩增是一种快速检测真菌的方法。     

贝类奥尔森派琴虫可视化LAMP检测技术的建立与应用

根据环介导等温扩增(LAMP)技术原理,针对奥尔森派琴虫(Perkinsus olseni)的5.8 S核糖体RNA与内转录2间隔区序列,设计了6条特异性LAMP扩增引物,分别为两条外引物F3和B3、两条内引物FIP和BIP、两条环引物LF和LB。通过对反应条件的优化,建立了一种适用于贝类奥尔森派琴虫的可视化LAMP检测技术。该技术只对奥尔森派琴虫发生扩增反应,产生黄绿色荧光扩增产物,对其他对照DNA样品无扩增反应,不产生黄绿色荧光。对F3和B3外引物扩增产物进行测序分析,其序列与Gen-Bank中奥尔森派琴虫序列一致,检测结果具有高度特异性。对奥尔森派琴虫质粒DNA的最低检测量为100 fg。用该项LAMP技术与OIE公布的派琴虫PCR检测技术分别对50份分别来自华东及华南沿海地区的牡蛎样品进行检测,同时对PCR阳性样品进行测序分析。结果 LAMP检测到2份奥尔森派琴虫,PCR方法检测到9份派琴虫。测序分析结果表明,PCR方法检测到的9份派琴虫阳性样品中有2份为奥尔森派琴虫,其结果与LAMP检测结果相符,说明该技术适用于贝类样品奥尔森派琴虫的检测。     

三七病原根结线虫核糖体基因ITS区段的克隆测序及其在检测中的应用

根据NCBI基因库中根结线虫属rDNA序列,设计通用引物M18s/M28s,对采自云南文山、砚山、马关、蒙自等地的4个三七病原根结线虫种群(Meloidogyne hapla)rDNA区段进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,并将扩增到的目的片段克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行测序和序列分析,结果表明:4个种群rDNA同源性为100%,ITS区序列长度为479 bp,其中ITS1序列长度为213 bp,5.8S序列长度为159 bp,ITS2序列长度为107 bp。根据此序列设计-对特异性寡聚核苷酸引物Mhf/Mhr,应用PCR技术,以北方根结线虫(Meloidogynehapla)、南方根结线虫(Meloidogyne incognita)、花生根结线虫(Meloidogyne arenaria)和爪哇根结线虫(Meloido-gyne javanica)全基因组DNA为对照,对三七病原根结线虫全基因组DNA进行特异性扩增。结果表明,该对引物能从供试的北方根结线虫和三七病原根结线虫种群全基因组DNA中扩增到462 bp长度的分子片段,而南方根结线虫、花生根结线虫和爪哇根结线虫则无扩增产物。该引物可用于三七病原根结线虫的检测。     

刺盘孢属真菌PCR检测方法的建立

【目的】刺盘孢属(Colletotrichum)真菌是重要的植物病原菌,引起植物炭疽病。建立刺盘孢属真菌PCR检测方法。【方法】比对分析刺盘孢属及其近似属的ITS序列,设计刺盘孢属特异性引物,建立PCR扩增体系,验证引物的特异性和灵敏度。【结果】设计出刺盘孢属特异性引物ITS-c3/c4,建立了刺盘孢属常规PCR检测体系。建立的PCR体系能从刺盘孢属菌株中扩增出449 bp的特异性条带,刺盘孢属的近似属菌株未能扩增到条带。灵敏度试验可检测到DNA的浓度为2.2 pg/µL。【结论】用建立的PCR体系对炭疽病梨果实样品进行检测,可从发病组织中检测到刺盘孢属真菌。建立的PCR方法可靠、灵敏度高,能够快速、准确检测出刺盘孢属真菌。     

白木香愈伤组织与叶片DNA快速提取方法的确定

[目的]确定白木香愈伤组织与叶片DNA的快速提取方法.[方法]用TE、ES1、ES2 3种提取液及相应的方法提取叶片和愈伤组织总DNA,通过琼脂糖凝胶电泳检测提取产物,通过普通PCR及荧光定量PCR检查DNA的可用性,并将PCR产物经克隆测序验证.[结果] ES1法提取的叶片和愈伤DNA条带清晰,纯度较高;普通PCR和荧光定量PCR可扩增出200和600bp左右的目的条带.ES2法提取液电泳不能检测到DNA条带,但PCR可扩增出愈伤组织200bp左右目的条带.TE法得到的提取液检测不到DNA条带且PCR不能得到目的条带.[结论] ES1提取液及相应的提取方法可用于白木香愈伤和叶片DNA高通量快速提取,为沉香属植物种质研究和分子研究奠定基础.