柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础。【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒（快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装）及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16SrDNA特异引物fD1／fD2和01I／012c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1％琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差。除陕速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求。     

广西砂糖橘黄龙病亚洲种的Nested—PCR检测

【目的】利用柑橘黄龙病病原亚洲种16S rDNA序列的特异引物检测疑似黄龙病的砂糖橘叶片样品,为砂糖橘黄龙病的综合防控提供理论依据。【方法】选取采自广西9市17个采样点的214份疑似黄龙病及无症状砂糖橘叶片样品,用试剂盒法提取叶脉基因组DNA,采用柑橘黄龙病亚洲种16S rDNA特异引物进行PCR扩增,扩增结果在1%琼脂糖凝胶电泳上检测,统计待检样品柑橘黄龙病病原菌亚洲种的带菌率。【结果】对214份样品的Nested-PCR扩增结果,部分样品可得到1160 bp左右的特异条带,与预期大小相符但条带明暗不同。来自广西9市17个采样点的砂糖橘叶片样品均检测出黄龙病亚洲种病原,平均检出率均在66.0%以上,其中检出率最高的是来自东兴市的样品,检出率为100.0%,检出率最低的是来自南宁市的样品,检出率为66.9%;斑驳、缺素型黄化、叶脉黄化、小叶和无症状叶片样品中均可检测出黄龙病亚洲种。【结论】Nested-PCR技术具有灵敏度高、特异性强的特点,能够快速、准确检测出各种症状样品的黄龙病病原,可用于柑橘黄龙病的早期诊断。     

柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

柑橘植物组织中富含多糖、酚类、单宁、色素等物质,它们的存在严重干扰了柑橘黄龙病PCR检测的准确性.因此有必要筛选出一种能得到纯度高、结构完整的柑橘总DNA(含黄龙病病原DNA),且操作简便的提取方法.本研究对比试验了3种柑橘总DNA提取方法,方法1采用Sandrine等人的提取法;方法2采用CTAB法;方法3采用试剂盒法.实验研究表明,方法2提取柑橘黄龙病病原DNA的PCR检测准确率最高.     

3种试剂盒提取烤后烟叶DNA的效果比较

【目的】筛选出简单、快速及高效的烤后烟叶DNA提取试剂盒。【方法】选用3种不同的DNA提取试剂盒提取烤后烟叶DNA,通过比较DNA的纯度和浓度、实时荧光定量PCR扩增Ct值以及凝胶电泳图谱分析的方法,综合评价DNA提取效果。【结果】AxyPrep基因组DNA小量试剂盒所提取的DNA,其纯度和浓度较高,用时短,DNA质量好,适用于小量DNA的提取;磁珠法植物基因组DNA试剂盒提取DNA,其浓度和纯度虽然略高于前者,但用时很长,比较适用于批量DNA的提取;Gene Pure新型植物基因组DNA快速提取试剂盒提取DNA,其纯度高、但浓度低。【结论】烤后烟叶DNA的提取推荐使用AxyPrep基因组DNA小量试剂盒。     

畲药十二时辰及其混淆品基原植物基因组DNA提取及鉴别

【目的】建立一种快速经济的提取畲药十二时辰基原植物基因组DNA的方法,实现通过分子生药学方法准确鉴别该中草药的真伪,为进一步开发应用该福建地区特色中草药奠定基础。【方法】采用CTAB法、改良CTAB法、试剂盒法、SDS法、高盐低pH法提取十二时辰基原植物叶片基因组DNA,采用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的质量和完整性,用优选后的方法提取其基因组DNA,与其混淆品DNA分别进行双向测序,评价该分子生药学方法的鉴别效果。【结果】改良CTAB法提取得到的DNA纯度较高,SSR引物扩增与ITS2序列扩增均可得到清晰明亮的条带,是提取畲药十二时辰基原植物基因组DNA的最佳方法。用该方法提取得到的基因组DNA经PCR扩增后的产物可用于双向测序,进而鉴别它的基源,实现与常见混淆品的准确区分。【结论】本研究建立的改良CTAB法能有效地提取畲药十二时辰的基因组DNA,方法操作简单、提取得到的DNA质量较好,可用于畲药十二时辰与其混淆品的分子生药学鉴别。     

广西砂糖橘黄龙病亚洲种的Nested-PCR检测

[目的]利用柑橘黄龙病病原亚洲种16S rDNA序列的特异引物检测疑似黄龙病的砂糖橘叶片样品,为砂糖橘黄龙病的综合防控提供理论依据.[方法]选取采自广西9市17个采样点的214份疑似黄龙病及无症状砂糖橘叶片样品,用试剂盒法提取叶脉基因组DNA,采用柑橘黄龙病亚洲种16S rDNA特异引物进行PCR扩增,扩增结果在1%琼脂糖凝胶电泳上检测,统计待检样品柑橘黄龙病病原菌亚洲种的带菌率.[结果]对214份样品的Nested-PCR扩增结果,部分样品可得到1160 bp左右的特异条带,与预期大小相符但条带明暗不同.来自广西9市17个采样点的砂糖橘叶片样品均检测出黄龙病亚洲种病原,平均检出率均在66.0%以上,其中检出率最高的是来自东兴市的样品,检出率为100.0%,检出率最低的是来自南宁市的样品,检出率为66.9%;斑驳、缺素型黄化、叶脉黄化、小叶和无症状叶片样品中均可检测出黄龙病亚洲种.[结论]Nested-PCR技术具有灵敏度高、特异性强的特点,能够快速、准确检测出各种症状样品的黄龙病病原,可用于柑橘黄龙病的早期诊断.     

柑橘黄龙病早期诊断的PCR检测技术优化

柑橘黄龙病是柑橘属植物主要病害之一,是由一种限于韧皮部内寄生的革兰氏阴性细菌引起的病害,病菌可随筛管转运至整个植株,其潜伏周期长、危害面积广,严重威胁我国乃至世界范围内柑橘产业的健康发展。因此,早期柑橘黄龙病的快速检测是病害防治重要环节,目前最常用的是基于PCR技术的检测方法,但由于植株体内的病菌含量较低、PCR扩增体系中引物稳定性的差异、DNA模板浓度的不同均会对扩增效果有较大影响。本研究以感染黄龙病的柑橘叶片作为样本,提取叶片DNA作为模板。利用LSS606/LAS、16sf/16sr、A2/J5、P1/P2和OI1/OI2 5对柑橘黄龙病检测引物对PCR反应体系进行了优化。结果显示,除了OI1/OI2引物的特异性较差外,其余4种引物均表现了很好的特异性,引物浓度在0.2~0.3 μmol时,PCR扩增效果较好。灵敏度检测显示引物LSS606/LAS、A2/J5对模板DNA的灵敏度较高,在模板浓度为0.048 ng·μL^-1时仍能扩增出目标产物,分别是引物16sf/16sr和P1/P2检测灵敏度的10倍和20倍,可检测出1 ng总DNA中的柑橘黄龙病菌数在426~755。该研究通过特异性引物的筛选以及PCR检测体系的优化,确定了一种快速准确检测柑橘黄龙病的方法,为柑橘黄龙病的早期诊断奠定基础。     

沃柑黄龙病亚洲种Nested-PCR检测与调查分析

[目的]探究沃柑感染黄龙病的田间症状表现及各症状与感染黄龙病的相关性,为种植者尽早鉴别黄龙病树和及时做好黄龙病防控工作提供参考依据.[方法]从广西不同地区沃柑果园采集沃柑黄龙病疑似样品,对样品按症状分类并记录,用试剂盒法提取叶脉和果柱基因组DNA,采用黄龙病亚洲种的16S rDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2进行巢式PCR(Nested-PCR)扩增,扩增结果在1%琼脂糖凝胶电泳上检测,统计不同症状样品的阳性率.[结果]收集的214份黄龙病疑似样品中,不同症状样品均检出黄龙病亚洲种病原菌,检出阳性率表现为典型红鼻子果=斑驳黄化叶>果蒂稍红果>均匀黄化叶>叶脉黄化叶>僵果>缺锌黄化叶>其他黄化叶>正常叶.各症状类型与感染黄龙病均存在相关性,但存在差异,其中,典型红鼻子果和斑驳黄化叶阳性率均为100.0%,与感染黄龙病相关性最大;其次果蒂稍红果阳性率为90.9%,与感染黄龙病相关性很大;夏、秋梢均匀黄化叶阳性率为46.5%,与感染黄龙病相关性大.沃柑感染黄龙病后症状复杂,大多出现两种以上复合症状,结果树最初症状为出现果蒂稍红果,落果较多,未结果树以夏、秋梢黄化居多,根系容易受损;正常叶阳性率达16.7%,说明沃柑感染黄龙病早期不易显症.[结论]沃柑出现典型红鼻子果和斑驳黄化叶,可田间诊断为黄龙病树;出现果蒂稍红果,并严重落果,基本可田间诊断为黄龙病树;夏、秋梢均匀黄化黄龙病检出率高,但确诊还需与其他疑似症状(叶脉黄化叶、僵果、缺锌黄化叶、其他黄化叶和正常叶)一样通过PCR进一步检测.Nested-PCR检测技术灵敏性高,可作为沃柑感染黄龙病的早期鉴定技术.     

小麦干种子基因组DNA的提取及效果研究

分别采用试剂盒和CTAB法提取小麦干种子基因组DNA,DNA样品经紫外光谱吸收、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增检测。结果表明,试剂盒提取DNA操作过程快速简便、成本较低,DNA产率和纯度优于CTAB法。通过多重PCR技术分别以小麦LMW-GS亚基Glu-B3位点和黑麦碱secalin-p基因的特异引物进行扩增,均能够扩增出清晰的目标条带,提取的基因组DNA能够满足分子检测的实验要求。     

濒危兰科植物DNA的提取方法

濒危兰科植物组织富含多糖和多酚类物质,提取高质量的DNA较困难。为优化濒危兰科植物基因组DNA提取方法,采用改良CTAB法、改良SDS法和试剂盒法对多种濒危兰科植物基因组DNA进行提取,对获得的DNA质量、浓度和纯度进行比较。结果表明,用改良CTAB法和试剂盒法可有效去除多糖类和多酚类物质的干扰,DNA提取效果较理想,改良SDS法较差;CTAB法获得的DNA浓度高于试剂盒法,且后续PCR扩增效果也优于试剂盒法。     

一种适于PCR检测病毒诱导基因沉默番茄植株的微量DNA提取方法

【研究目的】为了寻找一种适用于病毒诱导的基因沉默番茄叶片PCR检测的快速、简单、成本低的DNA提取方法。【方法】笔者根据PCR反应的要求,用改良的CTAB法,实现了微量番茄叶片基因组DNA的快速提取。【结果】提取基因组DNA所用的组织量虽少,所得的DNA经过电泳检测虽有降解,但足以用于PCR检测,以其作模板扩增中国番茄黄化曲叶病毒诱导的硫黄素酶(Su)基因沉默植株中病毒组分中的DNAmβ和1.7A,片段大小分别为500bp、1300bp。测序结果证明是相应基因的部分片段。【结论】该方法的材料不需要使用液氮,可以单人大批量提取,并在基因沉默的番茄植株中能稳定而准确的规模化PCR检测。     

林麝粪便基因组DNA的提取及PCR扩增

【目的】探索从林麝粪便中提取基因组DNA并进行物种鉴定的可行性,为林麝野外调查工作以及分子粪便学在林麝保护中的应用提供科学依据。【方法】采集林麝粪便,采用改良的CTAB抽提基因组DNA;按常规PCR法对mtDNA D-loop区和Cyt b基因进行扩增测序后,用DNAMAN 6.0软件进行系统发育分析;在不同温度存放不同时间,研究林麝粪便基因组DNA的提取与mtDNA D-loop区和Cyt b基因PCR扩增的时效性。【结果】以提取的基因组DNA为模板进行PCR扩增均能特异性地扩增出mtDNA D-loop区和Cyt b基因。系统发育分析结果表明:所扩增产物为林麝的mtDNA D-loop区和Cyt b基因。时效性分析结果显示:常温和4℃条件下保存96h以内的林麝粪便所提取的基因组DNA能有效扩增出mtDNA D-loop区和Cyt b基因。【结论】自然条件下林麝粪便中林麝自身体细胞DNA保存时间较长,通过在野外采集林麝粪便提取基因组DNA并进行物种鉴定是可行的。     

柑橘黄龙病病原CLIBASIA＿03230基因的克隆及其编码蛋白的原核表达

【目的】柑橘黄龙病(Citrus Huanglongbing,HLB)是由韧皮部杆菌(Candidatus Liberibacter spp.)引发的重要柑橘病害。本试验利用生物信息学方法分析韧皮部杆菌全基因组,推测CLIBASIA_03230基因(命名为Clsp11)编码分泌蛋白,克隆该基因并构建其原核表达载体,表达、纯化Clsp11蛋白,以用于制备特异抗体。【方法】利用CTAB法从感染柑橘黄龙病病原的长春花中提取总DNA,以此为模板经PCR扩增Clsp11,并克隆至pMD18-T载体,挑取阳性克隆测序验证;利用无缝克隆技术将Clsp11克隆至原核表达载体pET30a,通过PCR和酶切鉴定筛选阳性克隆,命名为pET30a-Clsp11;转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导,表达N-端融合6×His标签的Clsp11重组蛋白,SDS-PAGE电泳检测,分析目的蛋白的表达水平,并利用镍柱进行纯化。【结果】Clsp11蛋白成功表达,IPTG诱导5 h表达量显著提高,主要以包涵体形式存在于宿主菌中。【结论】本研究克隆了柑橘黄龙病病原Clsp11基因,构建了原核表达载体pET30a-Clsp11,并成功表达、纯化了Clsp11重组蛋白,为进一步制备特异性抗体和研究Clsp11生物学功能奠定了基础。     

苹果树木质部及韧皮部组织基因组DNA的提取及质量检测

苹果树木质部及韧皮部中含有大量的酚类、多糖等次生代谢物质,严重影响基因组DNA提取的得率和纯度。采用3种不同方法,即改良的CTAB法、快速盐提法、试剂盒法,从苹果树木质部及韧皮部提取基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法检测所提取基因组DNA的质量。结果表明,改良的CTAB法提取的组织基因组DNA不论是浓度、质量还是随机引物PCR扩增效果均能够满足进一步分子试验需要,而改进的快速盐提法和试剂盒法提取得率太低,不能用于分子生物学研究。因此改良的CTAB法是适合苹果树木质部及韧皮部组织基因组DNA提取的最佳方法。     

提取玫瑰基因组DNA几种方法的比较

为了找到一种方便、快捷且经济高效的玫瑰叶片基因组DNA提取方法,为玫瑰后期的分子生物学研究奠定良好基础,以不同品种的玫瑰幼嫩叶片为材料,分别利用CTAB法、SDS法、改良CTAB法、试剂盒法4种方法提取玫瑰基因组DNA,经过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法对所提DNA的质量和产量进行检测比较。结果表明：4种方法均可从玫瑰叶片中提取到DNA,改良CTAB法作为对常规方法的改进,在保证经济实用的前提下提取到的DNA质量最好,浓度最高;而试剂盒法作为一种快速提取植物基因组DNA的新兴方法,虽然产量略低,费用略高,但操作步骤简单,耗时短,毒害小,高效快捷。各实验室可根据实际情况选择适宜的方法。     

3种楠木DNA提取及其ISSR标记鉴别

【目的】采用ISSR分子标记鉴别楠属3个树种。【方法】以紫楠、浙江楠和桢楠木材为对象,比对改良CTABSDS法、CTAB法和试剂盒法3种方法提取的木材基因组DNA质量,采用ISSR-PCR技术对3个树种24个样本基因组DNA进行扩增。【结果】改良CTAB-SDS法和CTAB法较适合这3种木材的DNA提取。序列扩增筛选出7条稳定、条带清晰且多态性好的引物,确定其最佳退火温度。7条引物共扩增出67条大小为100~2 000 bp的条带,其中多态性条带43条,多态率64.2%。【结论】这7条引物扩增的多态性条带都可用于鉴别与区分这3种楠木。     

柑橘黄龙病病原菌的鉴定及16S rDNA序列分析

采用Nested-PCR技术检测顺昌果园红心柚树中柑橘黄龙病病原的携带情况,通过黄龙病病原菌16S rDNA测序和构建系统发育树比较不同类型柑橘黄龙病原菌之间的进化关系,采用特异引物扩增16S rDNA片段鉴别不同黄龙病病原菌,结合限制性内切酶酶切确定该红心柚园黄龙病病原的类型,并分析不同类型柑橘黄龙病病原16S rDNA序列差异性.结果表明:所取的12株红心柚树叶片样品中有7株树的叶片中检测出黄龙病病原,黄龙病病原的阳性检出率为58.33％,其中4个为显性性状,3个为隐性性状.柑橘黄龙病病原菌16SrDNA进化分析及限制性内切酶XbaI酶切结果表明,顺昌柑橘黄龙病病原菌属于亚洲型.不同类型柑橘黄龙病病原菌16S rDNA的序列差异性分析表明,亚洲种与非洲种的差异性为2.75％,非洲种与美洲种的差异性为3.90％,亚洲种与美洲种的差异性为3.44％.     

湖南省柑橘黄龙病菌M94319和16SrRNA序列的扩增和分析

为了研究柑橘黄龙病菌是否存在遗传分化现象,对采自湖南、江西、福建等3个省的20多个县(市)的柑橘黄龙病样品,提取了总DNA,并对16S r DNA和M94319基因序列进行了PCR扩增、测序,通过MEGA5.0生物信息学软件对这些序列进行了分析。结果表明,在柑橘溃疡病遗传多样性分析过程中M94319基因序列的分辨率比16S r RNA高,即M94319基因序列基因片段能有效地检测出黄龙亚洲种,16S r RNA区分不了各个小种。     

一种快速微量提取柑橘早期胚基因组DNA的方法（英文）

[目的]建立一种快速微量提取柑橘基因组DNA的方法。[方法]采用优化的CTAB微量提取法,以20.0,10.0,5.0,2.5mg的早期杂种胚为材料进行基因组DNA的提取,并对其DNA进行质量检测和SSR验证。[结果]该方法简单易行,所需材料少,提取的DNA纯度较高,OD260nm/OD280nm在1.800～2.000,可满足SSR等以PCR扩增为基础的试验需要。[结论]建立的方法可以用于快速微量提取柑橘基因组DNA。     

抗草丁膦转基因玉米不同DNA提取方法及PCR检测

以改良PEX,CTAB和SDS方法从转基因玉米材料中提取基因组DNA,并以外源CaMV35S启动子、bar基因及内源基因Zein的序列设计引物,用PCR方法扩增预期大小的DNA片段。结果显示,3种方法提取的DNA用以PCR检测都获得了预期大小的扩增片段,但改良PEX提取方法更省时省力。研究认为,改良PEX提取方法是一种简捷、快速和高效的植物DNA提取方法。