地图鱼迟钝爱德华氏菌病病原菌的鉴定及毒力基因的检测

从患病地图鱼Astronotus ocellatus肝脏组织中分离到菌株AO1,经人工感染试验证实其为致病菌。通过ATB Expression半自动细菌鉴定仪和常规生理生化特性的分析,初步鉴定该菌株为迟钝爱德华氏菌Ed-wardsiella tarda。测定菌株AO1的16S rRNA基因序列并进行分析,结果显示,该菌株与迟钝爱德华氏菌的同源性最高,达99.9%。因此,可鉴定该菌株为迟钝爱德华氏菌。根据迟钝爱德华氏菌的毒力基因菌毛亚基(fimA)基因序列设计引物,进行PCR扩增,得到383 bp序列,该序列与迟钝爱德华氏菌的fimA基因序列相似性达99.0%,进一步说明菌株AO1具有fimA基因,有一定的致病力。药物敏感试验结果表明,菌株AO1对阿米卡星、氧氟沙星、庆大霉素、新生霉素、氨苄西林、氨曲南、卡那霉素、头孢咪啉、诺氟沙星、环丙沙星、呋喃妥因、妥布霉素、氨苄青霉素13种抗生素较为敏感。     

养殖大菱鲆迟缓爱德华氏菌的分离鉴定与系统发育分析

从患病的大菱鲆成鱼体内分离到一株致病菌(编号1101),经人工感染试验证实该菌具有较强的毒力(LD50=3.34×106CFU/mL),并能从病鱼中重新分离出此菌.应用API20E自动鉴定卡及16S rRNA序列分析等方法对该菌进行了综合鉴定.结果显示菌株1101为革兰氏染色阴性、氧化酶阴性、触酶阳性,API20E鉴定系统鉴定为迟缓爱德华氏菌,相似率达99%.测定了其16S rRNA序列,长度为1419 bp,在GenBank上经同源性比对与迟缓爱德华氏菌聚为一类,同源性达99%,据此鉴定为迟缓爱德华氏菌(Ewardsiela tarda).药敏试验结果表明菌株1101对多粘菌素较敏感,而对其它药物中度或不敏感.     

养殖大菱鲆迟缓爱德华氏菌的分离鉴定与系统发育分析

从患病的大菱鲆成鱼体内分离到一株致病菌(编号1101),经人工感染试验证实该菌具有较强的毒力(LD50=3.34×106CFU/mL),并能从病鱼中重新分离出此菌.应用API20E自动鉴定卡及16S rRNA序列分析等方法对该菌进行了综合鉴定.结果显示菌株1101为革兰氏染色阴性、氧化酶阴性、触酶阳性,API20E鉴定系统鉴定为迟缓爱德华氏菌,相似率达99%.测定了其16S rRNA序列,长度为1419 bp,在GenBank上经同源性比对与迟缓爱德华氏菌聚为一类,同源性达99%,据此鉴定为迟缓爱德华氏菌(Ewardsiela tarda).药敏试验结果表明菌株1101对多粘菌素较敏感,而对其它药物中度或不敏感.     

黄金鲫内脏类结节病的病原鉴定与药物敏感性试验分析

淡水养殖鱼类结节病是近年来时常爆发的疾病之一,为了有效预防和防治该病,从合肥郊区某养殖场濒死的黄金鲫(鲤鱼♀×鲫鱼♂)体内分离优势致病菌(命名为AH菌株),对其进行了鉴定。采用传统细菌分类方法,测定该菌株的形态特征、生理生化特性和常见药物的敏感性;应用分子生物学方法,对病原菌16S rRNA特异片段进行克隆、序列测定分析。AH菌株与对照鮰爱德华氏菌在形态特征和生理生化特性基本一致。序列分析结果显示分离的AH菌株与鮰爱德华氏菌(AB050826,NR_024769)菌株间基因序列同源性为99.9%以上,在系统发育树上与鮰爱德华氏菌聚为一族。人工回归复感染健康黄金鲫鱼,出现与原发性相似的内脏类结节病症状。药敏实验结果显示:AH菌株对氧氟沙星等11种药物敏感,对四环素等4种抗生素耐药,对磺胺类药物复方新诺明中度敏感。综合分析认为鮰爱德华氏菌是黄金鲫内脏类结节病的重要致病菌,该结果为黄金鲫内脏类结节病有效防控提供有益参考。     

鲶源维氏气单胞菌的分离鉴定及药敏特性

为探明发病怀头鲶Silurus soldatovi的病原及其生物学特征,从发病怀头鲶体内分离出1株革兰氏阴性细菌SG-1,通过细菌形态学观察、理化特性、16S r DNA测序和构建系统发育进化树分析对其进行了鉴定。结果表明:分离菌SG-1菌株葡萄糖产气、氧化酶、硝酸盐还原为阳性,鸟氨酸脱羧酶、硫化氢为阴性;进一步采用PCR方法扩增其16S r DNA序列,测序获得片段大小为1409 bp,与维氏气单胞菌Aeromonas veronii模式菌株ATCC35624序列相似性达99.86%;构建系统发育树分析显示,分离菌与维氏气单胞菌自然聚为一支,最终判定SG-1菌株为维氏气单胞菌;人工感染斑马鱼Danio rerio、鲶S.soldatovi,其死亡率均达100%,病鱼呈现体表出血、肛门红肿、腹水等症状;药敏试验结果显示,该菌对头孢克肟、头孢哌酮、头孢噻肟、诺氟沙星、左氟沙星、恩诺沙星、氟苯尼考等药物敏感,对阿莫西林、氨苄西林、磺胺异恶唑、甲氧嘧啶、复方新诺明等耐药。本研究结果为了解维氏气单胞菌感染鲶的致病机理及其该病的预防治疗提供了科学参考。     

1株克氏原螯虾肺炎克雷伯菌的分离鉴定及药物敏感性分析

从湖北潜江患病克氏原螯虾肝胰腺内分离到1株致病菌,经过生理生化特征测定、16S rRNA序列分析和进化树构建对该菌株进行鉴定,并通过琼脂扩散法检测该分离株的药物敏感性,通过肉汤微量稀释法测定抗菌药物的最小抑菌浓度。结果发现,该菌株具有与肺炎克雷伯菌一致的生理生化特征,16S rRNA测序和进化树分析发现该分离株与肺炎克雷伯菌的基因相似度达到99%以上,因此将该菌株鉴定为肺炎克雷伯菌。通过药敏试验发现,该菌株仅对头孢噻肟和多粘菌素B敏感,为多重耐药菌株。     

嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因克隆及系统发育

[目的]确定嗜热蛋白酶生产菌DPE7的系统发育地位。[方法]通过PCR方法扩增出嗜热蛋白酶生产菌DPE7的16 S rRNA基因片段,并对其进行了克隆和测序。[结果]对该序列在GenBank中的BLAST结果表明,相似性高于99%的序列中大部分是泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列,其中与Geobacillus toebii T1680的16 S rRNA基因序列相似性达99.60%。对菌株DPE7和其他13株泥土芽胞杆菌的16 S rRNA基因序列进行系统发育分析,菌株DPE7与其中的4株泥土芽胞杆菌聚类在一起。[结论]经16 S rRNA基因序列同源性比较和系统发育分析,确定菌株DPE7为泥土芽胞杆菌。     

利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌

对菌株H13的16S rRNA序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株H13的系统发育树,对菌株H13进行鉴定。应用PCR技术,扩增H13菌株的16S rRNA基因,将其与pEASY-T载体相连接,用Sanger双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA序列与GenBank所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较。结果表明：H13菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属10株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高达99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌。系统发育进化树结果表明,H13与植物乳杆菌的同源性最为接近。H13最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为CGMCC 1357。     

利用16S rRNA序列鉴定分离自开菲尔粒的一株乳杆菌

对菌株 H13 的 16S rRNA 序列进行克隆和测序,并以此为基础构建菌株 H13 的系统发育树,对菌株 H13 进行鉴定.应用 PCR 技术,扩增 H13 菌株的16S rRNA 基因,将其与 pEASY-T 裁体相连接,用 Sanger 双脱氧链终止法测定序列并将16S rRNA 序列与 GenBank 所选择的同属及非同属的菌进行同源性比较.结果表明H13 菌株16S rRNA基因序列同源性与乳杆菌属 10 株菌均在89%以上,与所选的植物乳杆菌和类植物乳杆菌的同源性高这99.5%和99.2%,与其他8株乳杆菌属菌株的同源性都小于97%,可进一步确定其为植物乳杆菌或类植物乳杆菌.系统发育进化树结果表明,H13 与植物乳杆菌的同源性最为接近.H13 最终鉴定为植物乳杆菌,该菌株现在已被中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心收录保存,编号为 CGMCC 1357.     

鼋摩氏摩根氏菌的鉴定及致病性

本研究旨在寻找引起鼋(Pelochelys bibroni)体表溃烂的致病因子。从北京地区自然患病的鼋体表分离到致病菌株YB0428,采用生理生化鉴定结合16S rRNA基因序列的系统发育学分析确定该菌株的系统发育地位。同时采用琼脂扩散法对抗菌类药物的敏感性进行测定。菌株YB0428与Morganella morganii HX081027的16SrRNA基因序列相似性达94%;结合形态特征与生理生化测定结果,该菌为革兰阴性杆菌,氧化酶阴性;V-P试验反应阴性;柠檬酸盐试验阴性;吲哚阳性;脲酶阳性;鸟氨酸脱羧;不产生赖氨酸和精氨酸双水解酶。在37种抗菌类药物对该菌的抑菌试验中,奈替米星、羧苄西林、哌拉西林等10种药物的抑菌效果较好。确定该菌株在分类上属于摩氏摩根氏菌(Morganella morganii)。为进一步防治鼋细菌性病害提供了科学依据。     

鲢鳙打印病豚鼠气单胞菌主要特性及系统发育学分析

对从鲢(Hypophthalmichthysmolitrix)鳙(Aristichthysnobilis)打印病病死鱼中分离到的豚鼠气单胞菌(Aeromonascaviae),进行了形态与理化特性等方面较系统的表观分类学指征鉴定。同时择代表菌株(HC960704-1)进行了16SrRNA基因的分子鉴定,测定了16SrRNA基因序列、分析了相关细菌相应序列的同源性,构建了系统发生树;HC960704-1的16SrRNA基因序列长度为1416bp(GenBank登录号:AY966888),与GenBank数据库中的气单胞菌16SrRNA基因序列的相似性在98%和100%。     

一株放线菌的分子鉴定与抗菌谱研究

[目的]对具有抗菌开发前景的放线菌Q13菌株进行分子鉴定和抗菌谱测定,为其进一步开发和利用提供理论依据。[方法]以Q13基因组为模板,分别利用大肠杆菌和链霉菌属16S rRNA基因特异引物,扩增其16S rRNA基因序列并测序,利用Blast、MEGA等软件进行序列与系统发育树分析,鉴定其分类地位;进一步利用平板对峙试验,测定Q13菌株对玉米小斑病菌等14种植物病原真菌、胡桃肉状菌等2种食用菌病原真菌和双孢蘑菇等10种食用菌的抑菌活性。[结果]获得3条16S rRNA基因序列,GenBank登录号分别为JN593095、JN593096和JN5930957;根据序列分析的结果,确定Q13菌株为Streptomyces flavotricini;Q13菌株对小麦赤霉病菌、稻瘟菌、油菜菌核和绿色木霉具有显著抗性,而对双孢蘑菇、蛹虫草、灰树花、香菇、姬菇和平菇等食用菌菌丝生长无抑制作用。[结论]为开发植物和食用菌病害生防菌提供了理论和试验支持。     

猪源化脓隐秘杆菌的分离鉴定及病理组织学观察

从吉林省某猪场1例病死猪肺脏内分离到1株革兰氏阳性杆菌,该菌接种于TSA(含5%胎牛血清)平板,培养18h长出肉眼可见的菌落,而在巧克力平板上生长缓慢。对该菌株的16SrRNA基因进行PCR扩增并进行序列测定,测序结果经Blast分析与化脓隐秘杆菌的核苷酸序列同源性为99%,经过进一步糖、醇发酵试验及触酶试验等一系列生化试验,结果与测序结果相符,将其命名为AP4。该菌对供试小鼠具有致病性。药敏试验结果显示,该菌对氯霉素、氟苯尼考、阿米卡星及庆大霉素敏感,对红霉素、阿奇霉素、环丙沙星、强力霉素、阿莫西林及磺胺间甲氧嘧啶耐药。     

拮抗放线菌111A202的种类鉴定及其16S rDNA序列分析

对分离自药用植物假橐吾的一株拮抗放线菌菌株111A202进行了形态特征、培养特征、生理生化特征、细胞壁组分分析及16 S rDNA序列分析.结果表明该菌基内菌丝无横隔、不断裂,气生菌丝分枝、孢子丝波曲,孢子椭圆形,表面光滑.细胞壁化学组分Ⅰ型.以16 S rDNA序列为基础构建了包括7株相关种属菌在内的系统发育树,111A202与变铅青链霉菌(Streptomyces lividans)、微白黄链霉菌(S.albidoflavus)的16 SrDNA序列的相似性达到99.5%和99.6%.根据以上多相分类结果,放线菌111A202的形态培养特征及其细胞组分与链霉菌一致,且与微白黄链霉菌近似性很高,因此,可以将放线菌111A202定名为微白黄链霉菌111A202(S.albidoflavus 111A202).     

牙鲆鱼肠道鼠李糖乳杆菌P15的分子鉴定与系统发育分析

[目的]对1株分离自健康牙鲆鱼肠道固有菌群的乳杆菌P15进行分子鉴定。[方法]利用PCR技术测定该菌株的16S rRNA基因序列,然后在GenBank中进行相关细菌相应序列的同源性比对,利用MEGA（4.0）软件进行系统发育学分析。[结果]获得了该菌株的16S rRNA基因序列（登录号为AY852248）。菌株P15与鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）的亲缘关系最近。[结论]菌株P15被鉴定为鼠李糖乳杆菌。     

锦鲤维氏气单胞菌感染症及其病原生物学特性研究

[目的]报道锦鲤的发病情况及其病原的主要生物学性状。[方法]对5尾发病及新鲜病死的锦鲤病变组织进行细菌检查及分离,对分离菌进行形态特征、理化特性等表观分类学指征鉴定;同时择代表菌株进行16S rRNA基因的分子鉴定、健康锦鲤的人工感染试验和药敏试验。[结果]根据2株分离菌的形态特征及理化特性,结合16S rRNA序列测定与系统发育分析结果,判定其为气单胞菌属的维氏气单胞菌,其代表菌株HC050630A-1的16S rRNA基因序列长度为1457bp。人工感染试验表明,HC050630A-1株具有较强的致病作用。药敏试验结果显示,HC050630A-1菌株对供试37种抗菌药物中的头孢拉定等16种高度敏感,对头孢唑啉等13种敏感,对青霉素G等8种药物耐药。[结论]该研究为对该病的有效检验与防制等提供参考。     

柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列的克隆及分析

 【目的】克隆柑橘黄龙病病原菌非洲种和美洲种23S-5S rDNA序列并和亚洲种相应区域进行比对,阐明黄龙病3个种核糖体RNA操纵子之间的关系。【方法】根据亚洲种23S-5S rRNA基因区域序列的保守性设计引物,在非洲种和美洲种DNA样品上扩增,对PCR产物进行克隆和测序,并对新获得的序列进行序列验证和分析。【结果】 非洲种获得了3 057 bp 序列包括23S rRNA 基因、细胞壁脱氢酶假基因和5S rRNA 基因;美洲种获得了3 033 bp序列包括23S rRNA 基因、glpK基因和5S rRNA 基因。3个种核糖体基因顺序分别是：亚洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因、5S rRNA 和 tRNAMet;非洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、细胞壁脱氢酶假基因和 5S rRNA;美洲种16S rRNA、tRNAIle、tRNAAla、23S rRNA、glpK 基因和5S rRNA。【结论】黄龙病病原菌核糖体RNA基因有特殊的排列方式,即在23S rRNA和5S rRNA基因区间均有反向编码的细胞壁脱氢酶基因,其中亚洲种和非洲种为假基因,美洲种为glpK基因。     

条斑紫菜褐斑病原褐藻酸降解菌的筛选与鉴定

对分离自条斑紫菜(Porphyrae yezoensis L.)褐斑病的1株能够分解褐藻酸的假交替单胞菌(Pseudoalteromonas sp.)Z2进行了致病性、形态特征、生理生化特性及16 S rRNA与gyrB基因序列的系统发育学分析等研究.结果表明,该菌能够使条斑紫菜出现红斑,为革兰氏染色阴性杆菌,有动力,氧化酶阳性,严格需氧,生长需要Na+,大小约在(1.0～1.2)μm×(2.0～2.5)μm;其16 S rRNA和gyrB基因序列通过Blast检索均与假交替单胞菌属(Pseudoalte romonas)细菌具有较高的同源性,gyrB基因序列与产黑假交替单胞菌(Pseudoalteromonas nigrifaciens)同源性在99％,综合分离菌的形态、生理生化特性及16 S rRNA和gyrB两种基因的分子鉴定,确认分离菌为假交替单胞菌,且初步认为其可导致紫菜发生褐斑病.     

塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性分析

[目的]对塔里木盆地一处柽柳林土壤细菌多样性进行初步探索,为下一步对塔里木盆地其它地区柽柳林土壤微生物多样性分析及极端环境微生物的筛选奠定基础.[方法]采集塔里木盆地一处柽柳林土壤样品,采用纯培养方法进行细菌的分离纯化.提取各菌株基因组DNA,进行16S rRNA扩增、测序及系统进化树的绘制,分析其多样性.[结果]共分离得到21株菌,其中Firmicutes(厚壁菌门)11株,Actinobacteria (放线菌门)7株,Proteobacteria(变形菌门)和Bacteroidetes (拟杆菌门)各1株.革兰氏染色结果表明,3株菌为革兰氏阴性,其余为革兰氏阳性.Blast比对结果表明菌株CL4与标准菌株Pontibacter korlensis (DQ888330,普拉特链霉菌)的同源性为91;,可能为潜在的新种.[结论]塔里木盆地柽柳林土壤中存在较丰富的细菌资源,并可能存在微生物新物种,具有进一步研究开发的价值.