鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析

对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。     

三北地区鱼源气单胞菌的分离鉴定与药敏试验

选取三北地区鲤、鲫、草鱼、大西洋鲑等鱼体内分离到的气单胞菌共16株,结合革兰氏染色、氧化酶反应和分子生物学方法对其进行鉴定后,采用K-B药敏纸片法测定16株菌对10类25种药物的敏感性。结果表明:16株菌均为革兰氏阴性、氧化酶阳性细菌;Blast比对分析发现实验菌株的16S rRNA序列分别与Gen Bank数据库中维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株的16S rRNA基因序列同源性较高,相似性达95%以上;系统发育树显示16株菌分别与维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌的不同菌株聚为一支,而与肠杆菌、志贺菌和弧菌分支较远,从而判定为维氏气单胞菌、嗜水气单胞菌、温和气单胞菌和杀鲑气单胞菌;16株分离菌中有3株维氏气单胞菌、4株嗜水气单胞菌、3株温和气单胞菌和6株杀鲑气单胞菌;药敏试验中16株气单胞菌对氨苄西林、青霉素G、阿莫西林、三甲氧苄氨啶、复方新诺明、磺胺异噁唑、氯霉素、利福平具有较高的耐药性,耐药率达95%以上,对氟喹诺酮类药物普遍较敏感,不同菌株之间的耐药谱存在很大差异。为气单胞菌的鉴定及三北地区淡水鱼细菌病的药物防治提供科学依据。     

鲇源异嗜糖气单胞菌的分离鉴定及药敏特性

从发病鲇鱼体内分离出1株革兰氏阴性细菌SJ-2,通过细菌形态学观察、理化特性、16S rDNA测序以及构建系统发育进化树分析,表明SJ-2菌株葡萄糖产气、氧化酶、硝酸盐还原为阳性,鸟氨酸脱羧酶、硫化氢为阴性等;进一步采用PCR方法扩增16S rDNA序列,测序获得片段大小为1 401 bp,与Aeromonas allosaccharophila模式菌株ATCC51208序列相似性达99.64%;构建系统发育树分析显示分离菌与Aeromonas allosaccharophila自然聚为一支,最终判定SJ-2菌株为异嗜糖气单胞菌(A.allosaccharophila)。人工腹腔注射斑马鱼死亡率达100%,病鱼呈现体色变白、腹水等症状。药敏试验结果显示对头孢克肟、头孢哌酮、头孢噻肟、诺氟沙星、左氟沙星、氟苯尼考等药物敏感,对阿莫西林、氨苄西林、磺胺异唑、复方新诺明等耐药。首次报道鲇源异嗜糖气单胞菌的分子鉴定与药敏特性,旨在为该病防治提供参考。     

黄颡鱼致病性维氏气单胞菌的分离鉴定

从发病的黄颡鱼体内分离到1株优势菌RC110724,经人工感染试验证实其对黄颡鱼有较强的致病性.根据分离菌株的形态学特征、生理生化特性,结合16S rRNA序列等综合分析,鉴定该病原菌为维氏气单胞菌(Aeromonas veronii,登录号:KC663719).系统发育树分析表明,分离菌株与维氏气单胞菌的模式菌株ATCC 35624T亲缘关系最近,同源性为99.8％.药敏试验结果显示阿奇霉素、链霉素、呋喃唑酮、庆大霉素、氟苯尼考、恩诺沙星等10种药物对菌株RC110724有较好的抑菌效果.     

锦鲤维氏气单胞菌感染症及其病原生物学特性研究

[目的]报道锦鲤的发病情况及其病原的主要生物学性状。[方法]对5尾发病及新鲜病死的锦鲤病变组织进行细菌检查及分离,对分离菌进行形态特征、理化特性等表观分类学指征鉴定;同时择代表菌株进行16S rRNA基因的分子鉴定、健康锦鲤的人工感染试验和药敏试验。[结果]根据2株分离菌的形态特征及理化特性,结合16S rRNA序列测定与系统发育分析结果,判定其为气单胞菌属的维氏气单胞菌,其代表菌株HC050630A-1的16S rRNA基因序列长度为1457bp。人工感染试验表明,HC050630A-1株具有较强的致病作用。药敏试验结果显示,HC050630A-1菌株对供试37种抗菌药物中的头孢拉定等16种高度敏感,对头孢唑啉等13种敏感,对青霉素G等8种药物耐药。[结论]该研究为对该病的有效检验与防制等提供参考。     

南昌市周边主要水产养殖区池塘养殖草鱼体内优势细菌调查

对南昌周边地区养殖池塘草鱼随机采样,采用细菌分离、纯化、16S rDNA基因序列测序方法分析分离菌,并对分离菌进行ERIC-PCR分型,分析该地区分离菌的主要遗传型特征,随机挑选不同地方分离的菌株进行药敏实验,分析菌株的耐药性。结果表明:从南昌周边9个乡(村)镇养殖区域共分离到56株优势菌,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌(主要为抗辐射不动杆菌Acinetobacter baumannii)占81%,维氏气单胞菌(Aeromonasveronii)占12%,其余为戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis) 2株,芽孢杆菌属细菌(Bacillus)及葡萄球菌属细菌(Staphylococcus)各1株。ERIC-PCR分型结果显示抗辐射不动杆菌为同一遗传型,维氏气单胞菌遗传型各不相同。药敏分析表明:不动杆菌属细菌主要对青霉素类、氨苄西林、氯霉素、氟苯尼考、多粘菌素b耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、四环素和复方新诺明敏感;维氏气单胞菌主要对青霉素类耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、复方新诺明、多粘菌素b、氟苯尼考、四环素、氯霉素类药物敏感。结论:从菌株分离及药敏实验结果看,南昌周边地区养殖草鱼品质较好,菌株耐药性较低。     

中华鲟源维氏气单胞菌的分离鉴定及其药敏特性

以自然患细菌性败血症的子二代中华鲟(Acipenser sinensis)幼鱼为研究对象,无菌操作从濒死病鲟体内分离到1株致病菌(zhx20120301)。结合传统细菌学鉴定及分子生物学鉴定方法,对其形态、生理生化特性、16S r DNA序列及系统发育分析等方面进行研究,研究结果显示这株细菌为维氏气单胞菌(Aeromomas veronii)。回归感染试验证实分离菌株具有较强的致病性,能导致健康杂交鲟(西伯利亚鲟Acipenser baerii♂×施氏鲟Acipenser schrenckii♀)死亡,并呈现与自然条件下相似的临床症状,且再分离菌株各种生理生化特性与原分离菌株相同。药敏试验结果表明该菌株对头孢氨苄、头孢唑啉、庆大霉素、四环素、强力霉素、氟苯尼考、多粘霉素B、恩诺沙星、氟哌酸和左氧氟沙星敏感。     

南昌市周边主要水产养殖区池塘养殖草鱼体内优势细菌调查

对南昌周边地区养殖池塘草鱼随机采样,采用细菌分离、纯化、16S rDNA基因序列测序方法分析分离菌,并对分离菌进行ERIC-PCR分型,分析该地区分离菌的主要遗传型特征,随机挑选不同地方分离的菌株进行药敏实验,分析菌株的耐药性。结果表明:从南昌周边9个乡(村)镇养殖区域共分离到56株优势菌,不动杆菌属(Acinetobacter)细菌(主要为抗辐射不动杆菌Acinetobacter baumannii)占81%,维氏气单胞菌(Aeromonasveronii)占12%,其余为戴尔福特菌(Delftia tsuruhatensis) 2株,芽孢杆菌属细菌(Bacillus)及葡萄球菌属细菌(Staphylococcus)各1株。ERIC-PCR分型结果显示抗辐射不动杆菌为同一遗传型,维氏气单胞菌遗传型各不相同。药敏分析表明:不动杆菌属细菌主要对青霉素类、氨苄西林、氯霉素、氟苯尼考、多粘菌素b耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、四环素和复方新诺明敏感;维氏气单胞菌主要对青霉素类耐药,对庆大霉素、丁胺卡那霉素、恩诺沙星、头孢曲松、复方新诺明、多粘菌素b、氟苯尼考、四环素、氯霉素类药物敏感。结论:从菌株分离及药敏实验结果看,南昌周边地区养殖草鱼品质较好,菌株耐药性较低。     

广东省南美白对虾豚鼠气单胞菌的分离鉴定

广东省某养殖场南美白对虾于2012年突发传染病,为确定该病病原并对其进行有效防制,特利用分子生物学技术对病原进行了分离鉴定。结果从发病南美白对虾分离纯化到1株优势菌ZHBX12016,将该菌人工浸浴感染南美白对虾,5 d后南美白对虾死亡率达95%,且发病对虾临床症状与自然病例相似,人工注射感染测得其半数致死量LD50为6.43×103cfu/mL。该菌革兰氏染色阴性,短杆状;对半乳糖、蔗糖、甘露醇、葡萄糖产气、精氨酸双水解酶,赖氨酸脱酸酶,葡萄糖酸盐的生化反应性与豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)(synonym Aeromonas punctata)生化反应结果相同。用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增该菌16S rD NA序列进行测序和生物信息学分析,结果显示:分离菌株与豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)相似性达97.7%~100%之间,在系统发育树上聚为同一分支。综合该菌形态学、致病性、生理生化和16S rRNA基因分析结果,将其鉴定为豚鼠气单胞菌(Aeromonas caviae)。药敏试验结果表明分离菌株对氯霉素、土霉素、丁胺卡那、呋喃唑酮等高度敏感。     

斑马鱼肠道细菌的16S rDNA分子鉴定及PCR-SSCP分析

为了解斑马鱼Danio rerio肠道细菌多样性,采用细菌分离纯化、16S r DNA基因分子鉴定技术,对斑马鱼肠道细菌进行PCR-SSCP分析。结果表明:从斑马鱼肠道分离纯化出12株细菌,分别命名为Zf1、Zf2、Zf3、Zf4、Zf5、Zf6、Zf7、Zf8、Zf9、Zf10、Zf11和Zf12,其中对7株分离菌构建p MD18-T/16S r DNA的阳性克隆测序显示,Zf1、Zf11菌株与Aeromonas veronii的16S rDNA序列一致性为99%,Zf4、Zf8菌株与Sphingomonas sp.的一致性为99%,Zf5菌株与Bacillus subtilis的一致性为99%,Zf7菌株与Aeromonas sp.M10的一致性为99%,Zf10菌株与uncultured bacterium clone GI3-M-5-G01的一致性为92%;16S r DNA分子鉴定表明,Zf1、Zf7和Zf11属于气单胞菌属Aeromonas,Zf4、Zf8属于鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas,Zf5属于芽孢杆菌属Bacillus,Zf10为一种新菌株;采用PCR-SSCP技术对12株细菌16S r DNA基因V3区进行多态性分析,结果显示,斑马鱼肠道细菌16S r DNA基因V3区存在多态性,其中Zf1与Zf11菌株带型一致,Zf4与Zf8菌株带型一致。本研究结果可为揭示鱼类肠道菌群结构对其生命活动的影响提供科学参考。     

太湖激浪鱼内脏中藻毒素降解菌的筛选及其特性研究

针对蓝藻分泌的微囊藻毒素引起的水污染问题,从太湖激浪鱼内脏中筛选出1株能够降解藻毒素的菌株,命名为JZ-4。采用实验室分离纯化的藻毒素作为惟一碳源、氮源,考察了菌株降解MC-LR的特性及其动力学模型;并通过生理生化、16S r DNA基因序列分析及其系统发育树分析对菌种进行鉴定。降解试验表明,菌株JZ-4能够在分离提纯的藻毒素混合液中生长,并且具有较强的降解藻毒素的能力,7 d内能把初始浓度为13.98μg/L的MC-LR降解到1.43μg/L,降解率为89.77%;菌株JZ-4对MC-LR降解符合一级反应动力学模型,其方程式为Se=S0exp(-0.301 6t)。经16S r DNA基因序列及其系统发育分析表明,该菌与杀鲑气单胞菌(Aeromonas salmonicida)的相似性最高,达98%。     

嗜水气单胞菌的分离与16S rDNA鉴定

[目的]分离并鉴定鱼嗜水气单胞菌,并构建系统发育分析.[方法]从云南某鱼场采集发病鱼的病变组织进行细菌分离与培养,并对分离菌株进行初步鉴定、16S rDNA鉴定和系统发育分析.[结果]分离培养到1株细菌,命名为Ah1305.经表型鉴定、生化试验及16S rDNA系统发育分析,鉴定为嗜水气单胞菌.[结论]该研究可为快捷、准确检测鱼嗜水气单胞引起的疾病提供参考.     

采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的初步研究

初步探讨了采用16S rDNA片段鉴定鳗鲡病原菌的方法.根据已知细菌16S rDNA序列的高度保守区设计引物,利用PCR法扩增16株已鉴定的鳗鲡病原菌的16S rDNA片段,测序分析后,通过Gen-Bank数据库进行同源性检索,并构建相应的系统发育树.结果表明：16株鳗鲡病原菌均扩增到了400bp左右的基因片段,其中14株菌的16S rDNA片段序列与网上已发表的同属菌株的同源性为100%,其余2株为99%;8株病原菌被鉴定到种,分别属于嗜水气单胞菌和温和气单胞菌,其余8株被鉴定到属,分别属于气单胞菌属、假单胞菌属和肠杆菌属;鉴定结果与生化鉴定结果在属的分类单元上符合程度高达82%.     

巨龙竹组培苗污染优势内生菌的分离与鉴定

【目的】对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行分离与鉴定,为后期巨龙竹组织培养基的优化及预防巨龙竹组织培养过程中内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株, 然后通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S rDNA序列同源性分析,对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行鉴定。【结果】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌为SWFU03菌株,其形态特征及生理生化试验结果与芽孢杆菌属（Bacillus）坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）的生理生化特征基本相同;16S rDNA序列分析结果表明,菌株SWFU03与坚强芽孢杆菌（GQ903389.1）在同一系统发育分支,其同源性为99.11%。【结论】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌菌株SWFU03为坚强芽孢杆菌。     

巨龙竹组培苗污染优势内生菌的分离与鉴定

【目的】对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行分离与鉴定,为后期巨龙竹组织培养基的优化及预防巨龙竹组织培养过程中内生菌污染提供科学依据。【方法】采用NA培养基分离纯化菌株, 然后通过菌体的形态结构观察、生理生化试验及16S　rDNA序列同源性分析,对引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌进行鉴定。【结果】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌为SWFU03菌株,其形态特征及生理生化试验结果与芽孢杆菌属（Bacillus）坚强芽孢杆菌（Bacillus firmus）的生理生化特征基本相同;16S　rDNA序列分析结果表明,菌株SWFU03与坚强芽孢杆菌（GQ903389.1）在同一系统发育分支,其同源性为99.11%。【结论】引起巨龙竹组培苗污染的优势内生菌菌株SWFU03为坚强芽孢杆菌。     

一株产蛋白酶地衣芽孢杆菌的分离与鉴定

[目的]对产蛋白酶的地衣芽孢杆菌进行分离与鉴定。[方法]从饲料样品中筛选出产蛋白酶的菌株,对其进行形态和生理生化特征鉴定,并构建该菌株的16S rDNA系统发育树。[结果]分离到的菌株GW201205与地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)的生理生化特征相同,且其16S rDNA序列与B.licheniformis相似性最高。[结论]可将试验分离到的菌株GW201205初步鉴定为B.licheniformis。