9个山羊品种微卫星DNA遗传多样性分析

为了研究湘东黑山羊、川东白山羊、云岭山羊、板角山羊、黄淮山羊、圭山山羊、贵州白山羊、安徽白山羊和波尔山羊9个山羊品种的遗传多样性,利用微卫星标记技术检测了4个微卫星座位（OarAE101、OarHH55、BM1329、BM143）的多态性。结果表明,9个山羊品种的4个微卫星座位中共检测到53个等位基因,9个山羊品种的期望杂合度（He）和观察杂合度（Ho）均在0.850以上,属于高杂合群体;9个山羊品种4个微卫星座位的PIC均值在0.820以上,属于高度多态微卫星DNA座位,可提供大量的遗传信息,具有遗传多样性评价优势,其中 PIC值最高的是圭山山羊（PIC=0.857）;主成分分析与UPGMA 聚类分析结果显示贵州白山羊、云岭山羊与圭山山羊亲缘关系较近,川东白山羊与板角山羊亲缘关系较近,湘东黑山羊、黄淮山羊与安徽白山羊亲缘关系较近,引入的波尔山羊自成一类,它与其他山羊亲缘关系较远。综上,9个山羊品种均具有较高的遗传多样性,其中圭山山羊的遗传多样性最丰富,贵州白山羊遗传多样性最低;各品种之间的亲缘关系符合不同品种的地理位置与育成史。     

5个山羊品种PRKAG3基因5’调控区和外显子13杂合度分析

以3个中国地方山羊品种和2个引入山羊品种为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测山羊PRKAG3基因5’调控区和外显子13的多态性。结果在5个山羊品种PRKAG3基因的5’调控区发现C-525A和C-225T多态位点,在外显子13发现T90C和C102T多态位点,分别存在一对等位基因。5个山羊品种在C-525A、C-225T和C102T位点均为低度多态,但在T90C位点存在中度多态(0.25相似文献   

山羊和绵羊GDF9基因FecG~E突变检测

FecGE是巴西Santa Ines绵羊生长分化因子9(GDF9)基因编码区1 034位发生的G→T突变(G1034T),能引起排卵数和产羔数的增加。采用PCR-RFLP方法检测FecGE突变在26个山羊品种(文登奶山羊、辽宁绒山羊、济宁青山羊、贵州白山羊、板角山羊、成都麻羊、金堂黑山羊、古蔺马羊、大足黑山羊、南江黄羊、马头山羊、川东白山羊、关中奶山羊、内蒙古绒山羊、陕南白山羊、太行山羊、雅安奶山羊、圭山山羊、天府肉羊、云岭黑山羊、安徽白山羊、河南奶山羊、波尔山羊、安哥拉山羊、萨能奶山羊、努比山羊)和6个绵羊品种(湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、杜泊绵羊、黑萨福克、白萨福克)中的分布状态。结果表明:在所检测的26个山羊品种和6个绵羊品种中均未检测到FecGE突变。     

贵州山羊GHSR基因变异及其与生长性状的关联分析

研究采用DNA池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术对贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因进行单核苷酸多态性检测,并探讨其与生长性状的关系。结果发现,在这两个山羊品种GHSR基因外显子2和3’侧翼序列各检测到1个SNP(G200A和T628C)。其中,G200A为同义突变,表现为3种基因型,分别定义为GG、GA和AA,而在外显子1和5’侧翼序列未发现多态位点。χ2适合性检验表明,贵州白山羊和贵州黑山羊GHSR基因外显子2等位基因的分布符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。基因型与生长性状间关联分析显示,3个试验群体中GG基因型个体的体高显著高于GA基因型和AA基因型(P0.05),且贵州黑山羊公羊群体中GG基因型个体的体重和体斜长均显著高于AA基因型,而其它指标间未达到显著水平(P0.05)。初步认为:GHSR基因可望作为影响贵州地方山羊生长性状的候选基因。     

3个山羊群体NPY-Y1R基因的多态性与繁殖性能

以贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚3个品种为试验群体,采用PCR产物直接测序技术检测NPY-Y1R基因的多态性,并探讨其多态性对山羊繁殖性状的影响,为山羊繁殖力的标记辅助选择和育种提供理论依据。利用Excel计算基因频率、基因型频率;利用POPGEN软件计算遗传多态性参数纯合度、杂合度、有效等位基因数和多态信息含量并对Hardy-wein-berg平衡状态进行分析;用SPSS软件对3个山羊群体NPY-Y1R基因多态性与产仔数进行相关性分析。结果表明,NPY-Y1R基因外显子中检测到1个单核苷酸多态性(SNP)位点,NPY-Y1R基因在外显子2处存在突变位点G1141A,3个山羊群体在此突变位点处均存在2种基因型,分别为AG、GG;贵州黑山羊、酉州乌羊和努比亚χ~2均未达到显著水平,处于Hardy-Wein-berg平衡状态,贵州黑山羊和努比亚表现为低度多态,酉州乌羊表现为中度多态。AG基因型个体在贵州黑山羊、酉州乌羊、努比亚群体中产羔数显著高于GG基因型个体(P0.05),呈现出AGGG趋势。AG基因型个体的山羊在后续的试验中待进一步认证,结果可为初步判定山羊NPY-Y1R基因的突变与繁殖性能的研究奠定试验基础。     

山西太行黑山羊mtDNA D-Loop区遗传多样性分析

山西太行黑山羊是一个重要的地方品种。为深入研究保种群遗传多样性,选择35只个体的线粒体DNA D-Loop区进行了测序和多态性分析。结果显示,山西太行黑山羊的D-Loop区序列长度为1 211～1 215 bp,A、T、C、G的含量分别为31.82%、28.44%、26.22%和13.52%,富含A/T碱基;共发现多态性位点113个,34种单倍型,单倍型多样性为0.998;山西太行黑山羊与辽宁绒山羊、黄淮山羊和戴云山羊的遗传距离最小(0.014),与安哥拉山羊的遗传距离最大(0.029)。构建的系统发育树显示,20个山羊群体分为4个不同的支系。山西太行黑山羊群体的多态程度高,遗传多样性丰富,选育程度较低。研究结果可为山西太行黑山羊遗传资源保护、选育和开发利用提供参考。     

两个贵州山羊品种GHSR和GHRL基因遗传变异及其与生长性状的关联性

【目的】探讨GHSR和GHRL基因作为山羊体重体尺性状候选基因的可能性,寻找与山羊生长性状相关的分子遗传标记。【方法】以贵州白山羊和贵州黑山羊为研究素材,采用DNA混合池结合PCR产物直接测序及PCR-SSCP技术检测GHSR和GHRL基因的单核苷酸多态性,利用SPSS (18.0)软件GLM统计模型分析基因SNPs不同基因型及合并基因型与贵州山羊生长性状的关联性,同时采用在线软件对GHSR基因进行生物信息学分析。【结果】在GHSR基因外显子2和3′UTR分别检测到G200A同义突变和T628C位点,而在5′UTR区和外显子1则未发现多态性。设计一对特异性引物对G200A位点进行PCR-SSCP分析,表现为3种基因型,依次命名为GG、GA和AA。GG基因型为优势基因型,在贵州白山羊和贵州黑山羊母羊群体中等位基因G为优势等位基因,其等位基因频率分别为0.6731和0.5243。而在贵州黑山羊公羊群体中A则为优势等位基因,其频率为0.5122。多态信息含量均表现为中度多态(0.25＜PIC＜0.50)。在GHRL基因内含子2处发现1个G141A突变,外显子2和外显子4处分别检测到2个同义突变(T78C和C14T),设计一对特异性引物对C14T位点进行SSCP分析,显示为2种基因型CT和CC。在所有试验群体中,CC基因型为优势基因型,其频率分别为0.7692、0.9417和0.9390,等位基因C为优势等位基因,其频率依次为0.8846、0.9709和0.9695,多态信息含量均显示为低度多态(PIC＜0.25)。χ²检验显示所有试验群体G200A和C14T位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05)。关联分析表明,GHSR基因G200A位点与山羊体重、体高、体斜长和管围显著相关 (P＜0.05),纯合子GG基因型优势较为明显,贵州白山羊GG基因型个体的体高显著高于GA基因型个体和管围显著高于AA基因型个体(P＜0.05)。C14T位点贵州黑山羊 (公羊) CC基因型个体的体重、体高和胸围显著高于CT基因型 (P＜0.05)。组合基因型对体高和胸围指标的影响显著(P＜0.05),表现为CCGG合并基因型个体的体高显著高于CCAA合并基因型个体 (P＜0.05)。生物信息学分析揭露,GHSR基因5’UTR处未检测到核心启动子区和CpG岛,仅发现1个CAAT-box和部分潜在的转录因子结合位点,G200A导致mRNA二级结构发生明显变化。GHSR蛋白二级结构以α-螺旋为主 (48.90%),三级结构及跨膜螺旋结构预测表明该蛋白是膜蛋白。【结论】研究初步推测GHSR基因和GHRL基因多态性及合并基因型对山羊生长性状具有较显著的影响,G200A和C14T位点可作为山羊生长性状的有效遗传标记用于指导山羊的分子育种。     

湘东黑山羊GDF9B基因的克隆与测序分析

提取湘东黑山羊基因组DNA,根据绵羊基因组序列设计4对引物扩增湘东黑山羊GDF9B基因,并进行克隆测序分析,结果表明:克隆的山羊GDF9B基因包含外显子1～2序列和部分内含子,序列登录号分别为AY968810、AY947812.将湘东黑山羊GDF9B基因外显子1的序列与绵羊同区域同源性为99.1%;外显子2的序列与绵羊同区域同源性为98.2%.     

利用微卫星和线粒体DNA标记研究山羊群体间的遗传关系

利用微卫星和线粒体DNA分析山羊的遗传多样性及系统进化关系,用25个微卫星位点分析了安哥拉山羊、山东莱芜黑山羊、罕山白绒山羊、太行山羊及乌珠穆沁绒山羊这5个山羊品种的遗传多样性,利用共祖遗传距离的UPGMA聚类表明遗传距离和地理距离是一致的,如内蒙的罕山白绒山羊和乌珠穆沁绒山羊聚到一起.利用线粒体DNA分析安哥拉山羊、山东莱芜黑山羊、鲁北白山羊、太行山羊及乌珠穆沁绒山羊,揭示这5个山羊品种分成A和C2个支系,并进行了群体结构和群体扩张分析.通过比较2种分子标记的分析结果,发现利用微卫星来研究群体的遗传多样性及品种间的关系具有较高的准确性,而线粒体在研究群体系统进化具有一定的优势,在分析品种间关系方面可能不是理想标记.     

贵州黑山羊FSHR基因与繁殖性状相关性研究

本研究通过探讨FSHR基因SNP与贵州黑山羊繁殖性状关联性。试验采用PCR-SSCP技术检测FSHR基因单核苷酸多态性。结果发现,贵州黑山羊FSHR基因外显子1检测到1个SNP位点C1412A。基因型与繁殖性状关联分析显示,贵州黑山羊FSHR基因AA基因型个体产羔数显著高于与AC和CC基因型个体(P0.05)。研究结果提示:FSHR基因可能是影响山羊产羔数的主效基因。     

16种山羊和6种绵羊GDF9基因G7和FecGV突变检测

生长分化因子9(growth differentiation factor 9,GDF9)是第一个被发现的由卵母细胞分泌的生长因子,能直接影响动物的产仔数.G7或c.1111G＞A突变是Belclare和Cambridge绵羊GDF9基因编码区1111 bp处发生的G→A突变,导致第371位氨基酸由Val改变为Met(V371M).G7突变对挪威白绵羊的产羔数有显著影响.FecGv是高产的Ile de France绵羊GDF9基因编码区943 bp处发生的C→T突变(c.943C＞T),导致非保守氨基酸Arg改变为Cys(p.Arg315Cys). FecGv突变杂合子绵羊的排卵数和产羔数显著高于野生型.采用测序方法检测FecGv突变和PCR-RFLP方法检测G7突变在16个山羊品种(济宁青山羊、贵州白山羊、成都麻羊、萨能奶山羊、板角山羊、关中奶山羊、辽宁绒山羊、大足黑山羊、古蔺马羊、波尔山羊、内蒙古绒山羊、金堂黑山羊、川东白山羊、安哥拉山羊、圭山山羊和太行山羊)和6个绵羊品种(小尾寒羊、洼地、湖羊、杜泊、黑萨福克和中国美利奴)中的分布情况.结果表明,在16个山羊品种和6个绵羊品种中均未检测到G7和FecGv突变,提示GDF9基因G7和FecGv突变对以上山羊和绵羊品种的繁殖力均没有显著影响.     

海门山羊、徐淮山羊两个产羔性状候选基因的遗传多样性及其与繁殖力的关联分析

为海门山羊和徐淮山羊繁殖力标记辅助选择提供依据,以海门山羊(113只)和徐淮山羊(78只)为试验动物,将FSH-β和GDF-9基因第2外显子作为影响山羊产羔性状的候选基因,对其第2外显子进行扩增、测序、序列比对以及PCR-SSCP检测,探讨FSH-β和GDF-9基因第2外显子的遗传特征,寻找与产羔数相关的遗传标记。结果表明:FSH-β基因在海门山羊中有AA、AB、AC和CC 4种基因型,基因型频率分别为0.477 9、0.017 7、0.407 1和0.097 3。FSH-β基因在徐淮山羊中有AA、AB和AC3种基因型,基因型频率分别为0.397 7、0.477 3和0.125 0。GDF-9基因在海门山羊和徐淮山羊中有GG和GH 2种基因型,在海门山羊中基因型频率分别为0.539 8和0.460 2,在徐淮山羊中基因型频率分别为0.784 1和0.215 9。FSH-β基因在海门山羊产羔数中AC基因型最小二乘均值比AA型多0.160只,比AB型多0.250只,比CC型多0.300只,各基因型产羔数无显著差异。GDF-9基因在海门山羊产羔数中GH基因型最小二乘均值比GG型多0.179只,各基因型产羔数无显著差异。试验初步认为FSH-β和GDF-9基因不是影响海门山羊多胎性能的主效基因。     

微卫星标记BMSS2508在4个山羊品种中的DNA多态性

为寻找山羊繁殖性能的多胎性分子标记,根据比较基因组学方法,选用位于绵羊6号染色体上与多胎基因(FEC^B)紧密连锁的微卫星标记BMS2508,分别检测了湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊该微卫星位点的等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度．研究结果表明：BMS2508位点的多态信息含量／有效等位基因数／平均杂合度在湘东黑山羊、南江黄羊、贵州黑山羊、波尔山羊中分别为0．5927／2．6822／0．6272,0．7002／3．5366／0．7172,0．5765／2．3653／0．5772,0．7506／4．3295／0．7690．故该微卫星位点在4个山羊品种中具有比较丰富的遗传多态性,可用于山羊遗传多态性评估,也为研究该微卫星位点的DNA多态性与山羊繁殖性能的相关打下了基础．     

5个山羊品种GoLA-DQA 1基因的多态性分析

【目的】比较和揭示崂山奶山羊、西农萨能奶山羊、关中奶山羊、板角山羊和贵州白山羊5个地方山羊品种GoLA-DQA1基因的遗传多态性。【方法】采用PCR-RFLP技术对5个山羊品种231个样本的GoLA-DQA1基因部分内含子1、外显子2和部分内含子2的385 bp片段进行了多态性分析,运用Popgen32软件计算了相应的遗传参数。【结果】在TaqⅠ-RFLP位点上,5个山羊品种A、B等位基因频率的平均值分别为0.846和0.154,A为优势等位基因;除了关中奶山羊和崂山奶山羊外,其他品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在HaeⅢ-RFLP位点上,5个山羊品种M、N等位基因频率的平均值分别为0.819和0.181,M为优势等位基因,5个山羊品种在该位点上均处于Hardy-Weinberg平衡状态。经双酶切分析,共发现9种组合基因型,其中AAMM、ABMM和AAMN 3种组合基因型存在于5个品种中。遗传参数分析表明,GoLA-DQA1基因外显子2的2个酶切位点在西农萨能奶山羊表现为中度多态,而在其他品种表现为低度多态。【结论】5个山羊品种GoLA-DQA1基因外显子2在TaqⅠ和HaeⅢ2个酶切位点具有较低的遗传多样性。     

云岭黑山羊FSH基因表达量与其产羔数相关性研究*

 本文对云岭黑山羊产羔性状的分子基础进行了研究,分析了云岭黑山羊FSH基因表达量与其产羔数性状的相关性。采用绝对荧光定量PCR方法对两个品种山羊卵巢组织中FSH基因的表达量、用放射免疫技术对血液中FSH的水平进行了测定。结果表明,云岭黑山羊FSH表达水平显著地低于波尔山羊(P<0.05),云岭黑山羊血清FSH浓度显著低于波尔山羊（P<0.05）,且云岭黑山羊FSH表达水平与产羔数之间的相关系数为0.9540,存在显著正相关（P<0.05）。由此可见,和波尔山羊比较,云岭黑山羊FSH基因低表达量、血浆中FSH 低浓度是导致低产羔数的一个可能原因。     

山羊FN1基因InDel位点鉴定及其与生长性状的关联性分析

【目的】转录组候选基因纤维连接蛋白1(Fibronectin 1,FN1)对于骨分化、骨形成和骨细胞迁移起关键作用。对FN1基因预测突变位点进行DNA池检测，并与山羊生长性状进行关联分析，以期为山羊的遗传育种和性状改良提供分子标记。【方法】利用DNA池检测和PCR-RFLP技术，分析福清山羊、努比亚黑山羊和简阳大耳羊中FN1基因的7个预测突变位点的遗传多态性，并与其生长性状进行关联分析。【结果】通过DNA池检测和PCRRFLP发现，7个预测位点中只有Del66652位点存在多态性，且在3个山羊群体中都只存在Ⅱ和ID基因型，都不处于哈迪温伯格平衡（P>0.05），多态性信息含量小于0.25。关联分析发现，努比亚黑山羊ID基因型个体的管围显著优于Ⅱ基因型（P<0.05）,ID基因型的胸围指数极显著优于Ⅱ基因型（P<0.01）。简阳大耳羊ID基因型个体的胸围指数和管围指数显著优于Ⅱ基因型（P<0.05）。【结论】Del66652位点与努比亚山羊和简阳大耳羊的生长性状显著相关，且ID基因型为优势基因型。Del66652位点可作为影响山羊生长性状的分子标记位点，为提高山羊...     

江苏地方山羊品种GDF9基因第二外显子SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测了长江三角洲白山羊、黄淮山羊及波尔山羊等3个繁殖力不同品种的187只个体GDF9基因第二外显子的遗传多态性.结果表明,3个山羊品种群体GDF9基因第二外显子在引物3和引物4扩增片段中均发现多态性.引物3扩增片段中,3 个山羊品种都出现AA、AB和BB 3种基因型,长江三角洲白山羊还出现了AC基因型.测序结果表明,引物3的扩增片段中,与AA基因型相比,BB基因型在第二外显子的562 bp处发生了A→C的单碱基突变,导致谷氨酰胺→脯氨酸的改变;AC基因型在第二外显子的421 bp处发生了C→T的单碱基突变,导致丙氨酸→缬氨酸的改变.引物4扩增片段中,3个山羊品种都出现DD和DE 两种基因型,黄淮山羊还出现EE基因型,长江三角洲白山羊及波尔山羊还出现DF基因型.测序结果表明,与DD基因型相比,DE基因型在第二外显子的792 bp处发生了G→A的单碱基突变,导致缬氨酸→异亮氨酸的改变;DF基因型在第二外显子的791 bp、792 bp处均发生了G→A的单碱基突变,其中791 bp处的突变是沉默突变.     

4个山羊品种GDF9、BMP15、FSHR基因的多态性分析

采用RFLP和SSCP 2种方法研究了生长分化因子9(GDF9)基因、骨形态发生蛋白15(BMP15)基因和促卵泡素受体(FSHR)基因在河北绒山羊、美姑黑山羊、承德黑山羊、河南槐山羊4个山羊品种中的多态性.结果显示,在4个山羊品种中未检测到GDF9的突变位点;BMP15基因出现1处突变位点(890 bp处,G→T),但未引起基因型改变;FSHR基因出现3种基因型HH、HK、KK,存在1处突变位点(1 568 bp处,C→G).河南槐山羊Hardy-Weinberg不平衡,且为中度多态.表明检测的FSHR基因在4个山羊品种中存在多态性.     

山羊GHRL 基因多态性及其与 体重、体尺性状的关系研究

采用PCR-SSCP 技术对贵州黑山羊和贵州白山羊GHRL 基因进行单核苷酸多态性检测,并分析其多态与体重、体尺性状间的关联性。结果发现,在GHRL 基因外显子4 处存在1 个同义突变位点（C345T）,表现为2 种基因型,分别命名为CC 和CT。基因型与体重、体尺性状关联分析结果显示,在贵州黑山羊（麦坪）群体中,CT 基因型个体的体重、体高和胸围均显著高于CC 基因型个体,而在贵州黑山羊（纳雍）和贵州白山羊群体中差异不显著。研究结果揭示,GHRL 基因突变位点（C345T）影响贵州黑山羊生长性状可能性较大,该位点有望作为山羊生长性状的一个标记辅助选择位点。     

山羊生长激素基因第二外显子SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测了黄淮山羊、长江三角洲白山羊以及波尔山羊等168只个体生长激素(GH)基因第二外显子的遗传多态性。结果表明,3个群体GH基因第二外显子在扩增片段上均发现多态性,并都检测到AA、AB两种基因型,未检测到BB基因型,其中AB基因型个体在3个山羊群体中出现频率最高,在0.716~0.909之间,A等位基因频率高于B等位基因频率。测序结果表明:山羊GH基因第二外显子的782位发生了G→A的突变,并且该处突变导致了丙氨酸→苏氨酸的改变。