斜纹夜蛾普通气味结合蛋白基因SlitGOBP1的克隆及序列分析

通过PCR扩增结合RACE技术克隆获得斜纹夜蛾 Spodoptera litura 普通气味结合蛋白1(GOBP1)基因(Slit-GOBP1)全序列.序列测定和结构分析表明,SlitGOBP1阅读框全长为495 bp,编码164个氨基酸残基,预测相对分子质量和等电点分别为19 270和5.29,与已报道的10种鳞翅目昆虫GOBP1相似性为90%～41%.cDNA序列GenBank 登录号为EF159978.SlitGOBP1 序列中有6个保守的半胱氨酸位点,具有GOBP1的典型特征.SlitGOBP1编码的蛋白呈酸性,整个分子呈亲水性,在第40～60位和100位以后的氨基酸表现亲脂性,蛋白质二级结构主要由α螺旋构成.氨基酸序列系统进化树分析表明,昆虫间GOBP1分子具有明显的保守性,SlitGOBP1与夜蛾科的烟青虫 Helicoverpa assulta、烟芽夜蛾Heliothis virescens 和棉铃虫Helicoverpa armigera GOBP1属于一个分支,相似性分别为78.1%、87.6%和79.9%.这些结果为进一步了解斜纹夜蛾感受环境信息分子机制,研制昆虫行为调节剂提供了基础.     

黄鳝胃瘤线虫ITS及5.8SrDNA的克隆及序列分析

为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫的rDNA内转录间隔区(ITS)及5.8SrDNA 序列的遗传变异情况,本研究利 用PCR扩增胃瘤线虫rDNA的片段,将目的片段克隆至pMDTM19-T Vector载体,对阳性克隆进行测序,序列用 BLAST和MEGA4.0进行相似性和种系发育分析.结果表明6株胃瘤线虫分离株扩增的序列总长存在差异(890~ 892bp),其中ITS-1序列长度为350~351bp、5.8S序列长度为102~103bp及ITS-2序列长度为343bp.渝西地 区胃瘤线虫ITS序列与不同宿主胃瘤线虫的相似性最高为98.3%,表明ITS可作为分子标记用于胃瘤线虫与其他 线虫的种间鉴定.     

2013—2019年我国流行性出血病病毒血清1型毒株的分离与遗传特征分析

【目的】掌握流行性出血病病毒（Epizootic haemorrhagic disease virus,EHDV）血清1型毒株（EHDV-1）在我国南方地区的流行情况及其遗传特征,为开展EHDV-1血清型特异性诊断、流行病学调查和致病性研究提供科学依据。【方法】2013—2019年通过在我国云南、广东和广西设立牛羊虫媒病毒监控点和哨兵牛,定期采集哨兵牛血液样本进行虫媒病毒分离;通过微量中和试验确定EHDV分离株的血清型,然后对EHDV分离株的部分基因节段（Seg-2、Seg-3和Seg-6）进行RT-PCR扩增、双向测序及序列分析,并利用BioEdit计算EHDV基因组各节段核苷酸序列及其推导氨基酸序列的相似性。【结果】2013—2019年从云南、广东及广西的虫媒病毒监控点共分离获得33株EHDV,其中7株为EHDV-1型毒株。分离获得的7株EHDV-1型毒株Seg-2、Seg-3和Seg-6核苷酸序列高度同源,其平均相似性分别为（97.65±1.51）%、（94.87±4.72）%和（97.61±1.41）%,对应的推导氨基酸序列相似性平均为（97.69±1.36）%、（99.49±0.32）%和（97.51±2.47）%。基于Seg-2、Seg-3和Seg-6核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树均显示,不同EHDV-1型毒株可划分为东方（Eastern）和西方（Western）2种地域型,东方地域型毒株分离自中国、日本及澳大利亚,西方地域型毒株主要来源于美洲和非洲。在基于Seg-2核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树中,分离获得的7株EHDV-1型毒株归属于西方地域型,且聚类形成一个相对独立的进化分支;在基于Seg-3核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树中,分离获得的7株EHDV-1型毒株分属2种地域亚型（Eastern-1和Eastern-2）,分别与日本EHDV-1型和EHDV-6型毒株具有最近的亲缘关系;在基于Seg-6核苷酸序列相似性构建的系统发育进化树中,分离获得的7株EHDV-1型毒株属于东方地域型,与日本EHDV-1型毒株具有较近的亲缘关系。【结论】EHDV-1型毒株已在我国南方地区广泛流行,其Seg-2和Seg-6序列分别具有最近的共有祖先病毒,而Seg-3序列来自不同的祖先病毒。西方地域型毒株Seg-2序列在我国流行EHDV-1型毒株中的出现,说明西方地域型毒株在侵入我国后可能与本土流行的毒株发生重配,即我国流行EHDV-1型毒株为西方地域型与东方地域型的重配型毒株,为防范强致病性西方地域型毒株传入我国而造成畜牧业重大经济损失提供了警示。     

不同基因型大豆GS1基因的克隆与分析

克隆了6个不同基因型大豆的GS1基因,序列比对分析结果表明,不同基因型大豆的GS1基因序列相似性较高.不同基因型大豆GS1基因序列间仍存在显著的差异,主要集中在非编码区.GS1基因分子进化树显示东农42、半野生大豆基因序列进化距离较近.不同基因型大豆GS1蛋白质序列具有很高的相似性,并且都具有两个保守的结构域、催化结构...     

基于COⅠ基因对南海鱼类鉴定的可行性分析

为研究DNA条形码技术在南海海域鱼类分类鉴定中的可行性,采集了南海6目28科43属65种鱼类进行COⅠ基因序列扩增,获得序列与NCBI数据库进行比对,结合形态学信息,对鱼类分类鉴定进行分析.利用MEGA5.0软件计算各物种序列信息、遗传距离以及构建分子系统进化树,结果显示:所得65种鱼类COⅠ基因同源序列633 bp,与NCBI数据库比对,可搜索出相似率99%以上的样品,可以鉴定到种的水平.序列中A、T、G、C碱基平均组成为:A:23.8%、T:28.6%、G:18.8%、C:28.8%.样品种间、属间、科间和目间的遗传距离分别为:14.88%、19.09%、23.14%和24.68%,随着分类阶元的升高,物种的平均遗传距离差异越大.构建的系统进化树,科级以下阶元的分类关系与形态分类基本一致,而科级以上阶元的分类关系与形态学分类差别较大,说明COⅠ基因在鱼类分子鉴定上是有效的条形码基因,但在系统进化关系上不一定适用于高级阶元的系统进化分析.     

鲤科鱼类RNase1基因的进化与组织表达模式

为探究RNase 1在鱼类食性适应性进化中的作用,对不同食性的9种鲤科鱼类,包括草食性的草鱼(Ctenopharyngodon idella)和团头鲂(Megalobrama amblycephala)、杂食性的鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Hypophthalmichthys nobilis)、鲤(Cyprinus carpio)、黄尾鲴(Xenocypris davidi)和斑马鱼(Danio rerio)以及肉食性的翘嘴鲌(Culter alburnus)和鳡(Elopichthys bambusa)的RNase 1基因进行鉴定、序列特征分析、进化规律及组织表达模式分析。研究结果显示,与哺乳动物不同,9种鲤科鱼类基因组中只存在1个RNase 1基因,序列同源性高,且具有RNase A超家族的序列特征,包括N端信号肽序列,6个间隔的半胱氨酸残基,3个催化碱基形成的催化三联体和"CKXXNTF"序列;系统发育树显示,硬骨鱼和哺乳动物的RNase 1聚为不同分支,鲤科鱼类单独聚为一支;qRT-PCR结果显示,植食性的团头鲂和草鱼、杂食性的鳙和肉食性的翘嘴鲌的RNase 1基因在不同组织中的表达模式各不相同,4种鱼类在肝脏中相对表达量高,在团头鲂和翘嘴鲌的脾脏中表达量也高。以上结果表明,鲤科鱼类的RNase 1的进化与物种食性的关联性不大,但符合物种进化的规律。     

基于分子分类学对菌株027的鉴定及系统发育分析

对1株实验室标号027、种名标为红肉拟层孔菌(Fomitopsis rosea)的菌株进行了分子鉴定和系统发育分析,分别以ITS序列与mt SSU rDNA部分序列为目标基因构建了系统发育树,并对相关菌株的ITS-1区与ITS-2区进行了二级结构预测。结果表明,两个系统树均显示菌株027可以与Fomitopsis rosea明显分开而与肉色迷孔菌(Daedalea dickinsii)紧密相连,对ITS-1及ITS-2区的二级结构分析显示菌株027与Daedalea dickinsii的二级结构构型基本相同而能与Fomitopsis rosea明显区分开来,依此为基础,认为菌株027实际上应是Daedaleadickinsii的1株菌株。进一步对Daedalea dickinsii进行系统发育分析认为,Daedalea dickinsii与栓菌属菌物的系统发育关系较远,因此,Daedalea dickinsii不属于栓菌属菌物。     

毒麦属6个种的rDNA ITS序列测定及分析

提取毒麦属6个种的样品DNA,分别采用PCR产物直接测序和克隆测序2种方法,对毒麦属6个种rDNA的ITS区(包括ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2)进行序列测定.结果表明,毒麦属植物ITS序列总长度约为647 bp,其中ITS-1,5.8 S rDNA和ITS-2分别有16、7和7个变异位点.采用NJ法建立的系统发育树与形态学分类基本相符.     

栉江珧核糖体转录间隔区的初步研究

[目的]对栉江珧的核糖体转录间隔区(ITS)序列进行分析研究。[方法]利用特定引物对栉江珧(Atrina pectinta)转录间隔区ITS-1和ITS-2的序列片段进行PCR扩增及测序,并分析片段的碱基序列特征。[结果]栉江珧ITS-1序列长度为570 bp(含20.2%T、30.0%C、22.3%A、27.5%G)、ITS-2长度为618 bp(含22.3%T、27.3%C、23.5%A、26.9%G);与魁蚶、栉孔扇贝、牡蛎、菲律宾蛤仔进行比对,栉江珧ITS-1的相似性在25.6%～38.1%之间,ITS-2的则在24.5%～38.9%之间,说明栉江珧与试验所选的4种贝类之间的进化关系较远,种间变异很大,ITS序列可用于该纲物种的分类及鉴别。[结论]该研究为我国栉江珧的种质资源保护和利用提供了一定的分子生物学依据和参考。     

鲤鱼同源框基因家族HoxA2b基因生物信息学分析

Hox基因家族是一组决定胚胎发育的关键基因,也是研究生物进化中染色体加倍和基因复制的重要模型之一。通过利用比较基因组学和生物信息学的方法,对鲤鱼基因组数据库的HoxA2b基因进行调取、序列分析比较,绘制4种同源进化树,结果发现:HoxA2b基因十分保守,大多数鲤科鱼类HoxA2b基因同源性在99%～100%;找到一段所有生物共有的保守序列,长度为188 bp,编码62个氨基酸;鲤鱼的HoxA2b基因与其他20种生物的保守区同源性在85%～100%,相对遗传距离在1.14～1.55之间;对碱基替代率进行分析发现非同义碱基替代率远远高于同义碱基替代率,认为鲤鱼的HoxA2b基因变异较大,与其他生物的HoxA2b基因遗传距离较远,可能与鲤鱼的基因组复制和染色体加倍有关。