新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性.     

国内外苜蓿品种遗传多样性RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记对19份国内外苜蓿种质的遗传多样性进行分析。结果显示,7对RAPD引物在供试苜蓿材料中共获得有效扩增位点51个,其中多态性位点50个,多态性位点百分率为98.04%。引物的有效等位基因数、Nei's基因多样性指数、Shannon's信息指数和多态性信息含量平均分别为1.48个、0.29、0.44和0.33。供试苜蓿材料间的遗传相似系数介于0.039~0.922之间,平均为0.494。聚类分析和主成分分析均表明,供试苜蓿种质可被划分为两大类,其中第一类群包括的苜蓿种质数最多,达到16个,占所有供试苜蓿种质数的84.21%。研究结果将为供试苜蓿种质有效利用提供一定科学依据。     

新疆野杏种质资源遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

为了探讨新疆野杏种质资源的遗传多样性和亲缘关系,利用ISSR分子标记技术,对新疆伊犁地区3个居群、135份野杏种质资源进行了PCR扩增。研究表明,22条引物共扩增出465条多态性条带,多态性位点百分率为99.49%;从物种水平分析,新疆野杏种质资源的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数分别为99.57%,1.9957,1.3879,0.2449,0.3874;从居群水平分析,各居群的多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性和Shannon信息指数各指标的平均值分别为76.80%,1.7680,1.3463,0.2120和0.3287;3个居群的各项指标均为霍城居群最高,新源居群最低,巩留居群居中;新疆野杏种质资源的遗传变异主要来自于居群内(86.43%),少部分来自于居群间(13.57%);各居群中霍城居群和新源居群亲缘关系最近,遗传分化程度小;新源居群和巩留居群间亲缘关系最远,遗传分化程度大。     

濒危植物珙桐遗传多样性与遗传结构的ISSR分析

采用10条ISSR引物对我国珍稀濒危植物珙桐的6个天然居群和2个人工居群的229份材料进行分析,共检测到127个分子量在200～2 000 bp之间的位点,其中多态性位点119个、多态位点百分率93.81%;各居群多态位点百分率在40.21%～76.29%之间,平均为58.64%。物种水平上,珙桐的Nei’s基因多样性Hs=0.3013,Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.4566。居群水平上,各居群的Nei’s基因多样性介于0.1491～0.2690之间,各居群的平均Nei’s基因多样性Hs=0.2191,各居群的Shannon’s遗传多样性信息指数(I)介于0.2200～0.4028之间,平均Shannon’s遗传多样性信息指数I=0.3232。居群间基因间分化度(Gst)为26.27%,基因流Nm为1.4。结果显示珙桐的遗传多样性较高,8个居群间存在一定的遗传分化和基因流动,但遗传分化主要存在于居群内。     

龟峰山古杜鹃群落遗传多样性的ISSR研究

采用简单序列重复区间扩增多态性分子标记(Inter-simple sequence repeat,ISSR)技术,对龟峰山3个野生杜鹃(Rhododendron simsii Planch.)居群共23个种质材料进行了遗传多样性分析与评价。运用40条ISSR引物共筛选出7条扩增条带清晰、重复性好和多态性高的引物;筛选出来的7条ISSR引物共扩增出79条清晰的条带,其中多态性条带有74条,平均多态性位点比率为93.67%,等位基因数Na和有效等位基因数Ne分别为1.962 0和1.555 4,奈氏基因多样性指数h为0.330 8,香农氏信息指数I为0.499 0,表明龟峰山古杜鹃群落具有较高的遗传多样性,其中Rho-M和Rho-H两个居群之间的遗传距离小至0.069 8,亦即这两个居群之间的分化最小。试验从分子层面对古杜鹃的遗传多样性分析将对龟峰山古杜鹃种质资源的评价、保存以及杜鹃新品种的选育提供理论支撑。     

应用RAPD技术分析女贞种质资源的遗传多样性与遗传结构

本研究采用RAPD分子标记技术对我国7个野生居群共121份女贞种质材料进行遗传多样性分析。10条有效引物对121份女贞种质材料进行RAPD-PCR扩增,共扩增出94条DNA谱带,其中80条为多态性带,占总扩增带数的85.11%,平均每个引物扩增出9.4条谱带。分析结果表明,供试女贞材料在物种水平上具有丰富的遗传多样性,有效等位基因数Ne=1.4344,Nei’s基因多样性H=0.2591,Shannon信息指数I=0.3959;但在居群水平上,女贞的遗传多样性水平较低,PPB=37.08%,Ne=1.2590,H=0.1455,I=0.2127。女贞居群内的遗传变异大于居群间的遗传变异,居群间遗传分化指数Gst=0.4067,总的遗传变异中有40.67%的变异存在居群间,有59.33%的遗传变异存在于居群内。女贞居群间基因交流有限,基因流(Nm)为0.7294<1。     

小慈姑克隆多样性与居群分化

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和等位酶分析方法,测定了小慈姑4个自然居群的克隆多样性,结果表明小慈姑克隆多样性水平较高。在种群水平上的克隆大小(Ne)为1.670 3,基因型比率(PD)为0.598 7,克隆的基因型多样性Simpson指数(D)为0.990 1,克隆的基因型分布均匀性Fager指数(E)为0.781 1。不同居群之间在多态性位点的数目、分布以及等位基因的表现上具有较大的差异,并且居群间的遗传分化与地理因素有关。     

基于 ISSR 重庆秦巴山区优选核桃的遗传多样性分析

为重庆秦巴山区核桃资源的进一步研究和利用提供参考,从重庆秦巴山区选出优良的核桃种质,并对其遗传多样性进行分析.对重庆秦巴山区城口、巫山、巫溪3县实生大龄核桃种质进行初步优选,利用ISSR技术对初步优选得到的种质进行遗传多样性分析.共选出114份较为优良的单株,从82条引物中筛选出12条条带清晰、重复性好的引物对114份供试材料的基因组DNA进行扩增.共扩增出位点61个,平均每条引物5.08个位点,其中多态性位点58个,多态率达95.08%,平均每条引物4.83个多态性位点.平均有效等位基因数(N_e)为1.657 8,Nei’s基因多样性指数(H)为0.373 2,Shannon信息指数(I)为0.547 1.通过聚类分析,种质之间遗传相似性系数为0.680~0.936,在0.750处,材料可分为13组.来自3县的3个核桃群体间遗传距离在0.032 7~0.046 2之间,遗传一致度在0.954 9~0.967之间,基因流(N_m)为11.197 5.供试材料具有较丰富的遗传多样性,而3个群体间并未产生明显的分化.该结果可为重庆秦巴山区核桃资源的进一步研究和利用提供参考.     

基于ISSR标记的藤本月季品种遗传多样性及其分子身份证的构建

38个藤本月季品种ISSR分子标记结果表明,23条引物共扩增出212个多态性位点,多态性比率高达72.35%。基因分化系数GS值变化范围在0.755～0.971,变化幅度较小,品种亲缘关系较近。38个藤本月季品种的群体遗传参数中平均观测等位基因数为1.973 5,平均有效等位基因数1.578 1,平均Nei's基因多样性指数为0.372 6,平均Shannon's信息指数为0.572 3。38个品种间的遗传分化系数(G_(st))为0.785 6,基因流(N_m)为0.058 4,表明38个品种遗传多样性丰富。由聚类分析图可知,38个品种可聚为3个大类7个分支。以23条引物中多态性较好且能区分这38个供试品种的17条引物对不同品种扩增条带进行统计,建立了38个藤本月季品种的分子身份证。     

48份新疆野生狗牙根遗传多样性的SRAP分析

采用SRAP标记对48份新疆野生狗牙根材料进行遗传多样性分析,14对SRAP引物共扩增产生了133条带,其中123条显示多态性,因此SRAP标记可以有效地用于狗牙根野生资源遗传多样性评价。在物种水平上,多态位点百分率为77.83%,48份狗牙根材料的GS值为0.276～0.930,平均为0.700,各材料间差异明显,具有较为丰富的遗传多样性;居群间遗传分化系数为0.391 4,表明有39.14%的变异存在于居群间,60.86%的变异存在于居群内,居群内的遗传分化大于居群间的遗传分化;聚类分析表明,48份供试材料相似系数为0.58时可被聚为4类,聚类结果与地理来源有一定的相关性,但也有材料例外。     

福建野生蕉(Musa spp.,AB Group)3个自然居群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD分子标记技术对福建野生蕉3个自然居群(福州市闽侯十八重溪野生蕉—居群1,三明市尤溪野生蕉—居群2,福州市闽侯三叠井国家森林公园野生蕉—居群3,)共85个个体进行遗传多样性和聚类分析.结果表明:13条随机引物共扩增出194条清晰且重复性较好的条带,其中多态性条带155条,3个群体的多态性位点比率为48.53%、57.53%、66.88%;有效等位基因数分别为1.1291±0.2705、1.2218±0.3284、1.2176±0.3239;Nei's基因多样指数分别为0.0782±0.1533、0.1337±0.1811、0.1318±0.2025;Shannon's信息指数分别为0.1199±0.2250、0.1795±0.2626、0.2051±0.2608.3个居群间总的有效等位基因数为1.4499,Nei's基因多样指数为0.1904,Shannon's信息指数为0.2628,居群间的基因分化系数Gst为0.5635,说明3个居群均具有较高的遗传多样性和基因分化系数.58.72%的遗传变异来源于种群间,41.28%的遗传变异来源于种群内.Nei's遗传距离聚类表明,居群1和居群3先聚在一起,然后和居群2聚在一起.     

19份苜蓿种质遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对19份国内外苜蓿种质的遗传多样性进行检测分析。12对ISSR引物在供试苜蓿材料中共获得有效扩增位点71个,其中多态性位点69个,多态性位点百分率为96.25%。引物的有效等位基因数、Nei′s基因多样性指数、Shannon′s信息指数和多态性信息含量平均分别为1.50、0.30、0.46和0.33。供试苜蓿材料的遗传相似系数介于0.296~0.887,平均为0.617,表明被研究苜蓿材料遗传异质性较好。聚类分析结果显示,供试材料在遗传相似系数0.522处可被划分为两大类,第1类群包括的苜蓿种质数达到17个,占到所有供试苜蓿种质总数的89.47%,第2类群包含的苜蓿种质数只有2个。主成分分析获得了与聚类分析基本一致的结论。     

省沽油ISSR引物筛选及居群遗传多样性初探

测试和筛选出14条多态性较高的省沽油ISSR有效引物,并对安徽省野生省沽油的遗传多样性进行初步调查分析。共扩增出143个多态性位点,居群水平平均有效等位基因数ne为1.271,期望杂合度He为0.165,Shannon多态性信息指数I为0.257,物种水平遗传多样性参数分别为ne=1.341,He=0.227,I=0.370;居群间遗传分化系数为Gst=0.271。初步揭示了野生省沽油的遗传多样性,同时表明ISSR标记对于研究省沽油遗传多样性的适用性和可靠性,研究结果将为进一步深入研究省沽油多居群的遗传多样性和资源保护提供帮助。     

神农架自然保护区核桃居群遗传多样性研究

为有效挖掘湖北神农架核桃(Juglans regia)的种质资源,采用12对多态性高的SSR分子标记引物对3个神农架核桃居群90个单株的遗传多样性及其种群内、种群间的遗传分化进行研究。结果表明:用12对针对核桃属植物基因组设计的SSR引物共检测到108条谱带,其中多态带占比为100%。遗传多样性分析结果显示:居群总期望杂合度为0.604,其遗传多样性水平较高,很可能蕴含了稀有基因资源。遗传分化系数(Fst)显示:有8.22%的变异存在于3个居群间,遗传分化程度中等。这可能与3个居群的地理距离远有关。部分位点显示出居群总体有杂合不足的现象。聚类分析结果显示:居群之间的遗传距离与地理距离具有较高的一致性。     

山西草地早熟禾种质资源遗传多样性ISSR分析

[目的]本文旨在评价山西本土草地早熟禾(Poa pratensis L.)种质资源的遗传多样性和遗传结构。[方法]本研究利用10对ISSR引物对采集于10个野生居群的49份种质资源样品和1份商品种‘爱美(Aimyth)’进行遗传差异分析,利用PopGen1.32软件计算各居群间及样品间的遗传相似系数、基因多样性指数、香农信息指数等遗传参数,利用GenAlEx 6.5软件计算居群间多态位点比例,利用NTSYSpc-2.10e软件构建亲缘关系聚类图。[结果]10条ISSR引物共扩增出250条谱带,引物多态性比率为94.80%。11个居群间的遗传相似系数为0.580 0～0.946 7。据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.75处,11个居群共分为5类。其中与大部分供试样品地理位置较远的右玉居群、屯留居群和商品种‘爱美’为单独一类。在11个居群中,其中样品数较丰富的7个居群基因多样性指数介于0.097 1～0.247 0之间,而香农信息指数介于0.139 8～0.368 3之间,多态位点比例介于22.80%～70.00%之间。此7个居群内的遗传多样性水平差异较大,其中芽庐山居群内的遗传多样性水平最高,五台山居群内的遗传多样性水平最低。[结论]山西地区草地早熟禾具较高的遗传多样性,不同居群间的遗传多样性水平存在差异,野生居群与商品种‘爱美’间均存在较大的遗传距离。     

江西三清山华东黄杉种群遗传多样性研究

采用ISSR分子标记技术分析江西三清山5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构.用10个引物对5个居群共45个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中68个位点为多态性位点.在物种水平上,多态性百分率(PP8)为89.47%,Nei's基因多样性指数(H)为0.282 7,Shannon's信息多样性指数(I)为0.432 2.在居群水平上,多态性位点百分率在56.58%～85.53%,Nei's基因多样性指数为0.191 3～0.282 7,Shannon's信息多样性指数为0.290 5～0.432 2.物种和居群遗传多样性水平都较高,居群间产生了一定的遗传分化(Gst=0.209 0,Φst=14.05%).由UPGMA聚类分析可知,1(SGTH)和2(LQJ)两个居群优先聚类,4(LM)和5(YJF)聚为一支,居群的亲缘关系与地理距离及海拔高度有一定的相关性.     

11个杨树品种SSR指纹图谱构建及遗传关系研究

利用杨树基因组序列设计的SSR引物对11份杨树品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。结果表明,共27对引物具有多态性,引物多态性比率占69.23%;获得多态性谱带38个,多态性比率为84.4%。SSR遗传多样性分析结果为,有效等位基因数平均值1.578 9,基因多样性指数平均值为0.321 7,Shannon多样性指数平均值为0.471 4。11份杨树品种的遗传距离0.53～0.93,平均值为0.73。聚类分析表明,在遗传距离0.76处可将所有供试材料分为5个类群,分别包含2、4、2、1、2份供试材料。研究表明,供试材料遗传多样性较高;利用SSR标记构建了不同杨树利用的指纹图谱,可用于杨树品种间的鉴定。研究结果可为杨树品种知识产权保护和杂交育种提供理论依据。     

国内外苜蓿种质起始密码子遗传多样性分析

为了对新引进的苜蓿种质亲缘关系进行鉴定,采用起始密码子多态性(SCo T)标记对19份国内外苜蓿种质的分子遗传多样性进行分析。结果显示,14个SCo T引物在供试苜蓿材料中共获得有效扩增条带78个,其中多态性条带72个,多态性条带百分比为92.31%;SCo T引物的有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数和多态性信息含量平均分别为1.53、0.31、0.46和0.31;供试苜蓿材料间的遗传相似系数介于0.385~0.846,平均为0.657,表明供试苜蓿材料遗传多样性较丰富;聚类分析和主成分分析均表明,供试材料可被划分为2大类,第1类群包括的苜蓿种质数达到16个,占到所有供试苜蓿种质总数的84.21%,第2类群包含的苜蓿种质数只有3个。综合分析表明,新引进的19份苜蓿种质具有较丰富的遗传多样性,其在未来苜蓿育种中具有较好的应用前景。     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。