山东地方猪种与引进猪种EDG4基因多态性分析

为了探讨内皮分化基因4(endothelial differentiation gene 4,EDG4)的生物学功能,利用PCR-RFLP技术研究EDG4基因外显子2在7个猪群中的多态性分布规律.结果表明,仅在鲁莱猪和大约克猪群体中检测到TT、TC和CC 3种基因型,在莱芜猪、里岔猪、沂蒙猪和杜洛克猪群体中检测到TC和CC 2种基因型,在长白猪只检测到CC1种基因型;在7个猪群体中C均为优势等位基因,CC为优势基因型.x2检验结果表明,基因型分布在里岔猪、莱芜猪、沂蒙猪、鲁莱猪、长白猪和杜洛克群均达到了哈代-温伯格平衡(P＞0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著.群体遗传特性结果表明,有效等位基因数在1.000～1.5127之间.7个猪种的多态信息含量(PIC)介于0.0000～0.2815之间,其中鲁莱猪PIC大于0.25,为中度多态;其余品种PIC值低于0.25,为低度多态.     

猪Dlx5基因多态性及其与猪体尺和胸椎数的关系

为探讨猪远端缺失基因5(distal-less homeobox 5,Dlx5)的多态性、群体分布特性及其与体尺和胸椎数的关系,采用PCR-RFLP方法检测了猪Dlx5基因g.394C>T位点在6个中外猪品种中的多态性分布,并分析了该位点与猪体尺和胸椎数的关系。检测结果表明,经HhaⅠ酶切后在6个猪品种群体均发现了CC、CT和TT 3种基因型,其中C等位基因在莱芜黑猪中为优势等位基因,而T等位基因在里岔黑猪、鲁莱黑猪、杜洛克猪、大约克猪和长白猪中占优势。在该多态性位点,莱芜黑猪、里岔黑猪、鲁莱黑猪、杜洛克和长白猪群体均处于哈代—温伯格平衡(P>0.05),而大约克猪群体偏离平衡状态(P<0.05);基因型在群体间的分布差异极显著(P<0.01)。群体遗传特性分析表明,有效等位基因数在1.254～1.991之间;杜洛克猪的多态信息含量为0.182,属于低度多态,其余品种均在0.254～0.374之间,属于中度多态。关联分析结果表明,该多态性位点对莱芜黑猪体长、体高、屠前活重、腹围、胸围、腿臀围和胸椎数以及里岔黑猪胸椎数的影响均不显著(P>0.05)。Dlx5基因g.394C>T位点在猪群中存在多态,基因型分布在莱芜黑猪与其他猪种间不同,与猪体尺和胸椎数无显著关联。     

脂肪酸转运蛋白4(SLC27A4)基因内含子8多态性研究

脂肪酸转运蛋白4(SLC27A4)是主要的极长链脂肪酰基辅酶A合成酶,在脂质代谢中起着重要作用。本文利用PCR-RFLP方法分析了6个猪种的SLC27A4基因内含子8的多态性。结果表明,在长白猪群体中检测到AA、AG和GG 3种基因型;在莱芜猪和大约克检测到AG和GG 2种基因型;其余猪种只检测到GG 1种基因型。在6个猪群中G均为优势等位基因,GG为优势基因型。χ2检验显示,基因型分布在莱芜猪、大约克和长白猪群均达到了哈代—温伯格平衡(P0.05);不同基因型在群体间的分布差异极显著(P0.01)。群体遗传特性结果表明,有效等位基因数在1.000~1.2914之间。多态信息含量(PIC)介于0.0000~0.2002之间,为低度多态。     

中国荷斯坦奶牛FoxO1基因多态性及与繁殖性状关系研究

通过PCR-单链构象多态性(PCR-SSCP)结合测序技术发现FoxO1第4外显子一个新单核苷酸多态性(SNP),限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)技术分别分析925头中国荷斯坦奶牛FoxO1该位点多态性.结果表明,在中国荷斯坦奶牛中,FoxO1基因有3个基因型,分别是CC、TT、CT.其中等位基因C频率为0.95,是优势等位基因;x2适合性检验表明该位点不符合哈代温伯格平衡(P,＜0.05).该基因不同基因型对奶牛产犊间隔、空怀期以及初产日龄有显著影响(P＜0.05),而对产犊到发情、犊牛初生重、配种次数影响不显著(P＞0.05).     

4个牛群体MSTN基因第1外显子单核苷酸多态性分析

以肌生成抑制素(MSTN)为候选基因,采用PCR-SSCP技术检测了该基因第一外显子在皖东牛、皖南牛、和牛和西门塔尔牛4个群体中的多态性。通过SNP检测,发现MSTN基因外显子1的267碱基发生A→G的同义突变,在所检测牛群中存在3种基因型(AA、GG、AG),A等位基因为优势基因。该位点在4个牛群体中均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛、皖南牛和和牛处于哈代-温伯格平衡状态(P0.05),西门塔尔牛处于哈代-温伯格不平衡状态(P0.05)。     

6个家兔群体KAP6.1基因的遗传多样性分析

设计了2对特异性引物,经过序列拼接,获得了家兔KAP6.1基因的全长CDS序列,并采用PCR-SSCP方法对6个家兔群体KAP6.1基因的全长CDS序列进行分析.结果显示,KAP6.1-1座位发现了2个等位基因,3种基因型,且A755G突变处于该基因的增强子区域,而KAP6.1-2座位未发现突变位点;6个家兔群体均处于哈代-温伯格平衡,表现为中度或低度多态;福建黑兔与九嶷山兔、有色獭兔与白色獭兔、皖系长毛兔与苏系长毛兔的不同基因型分布差异不显著(P0.05),而其他家兔群体彼此间的不同基因型分布存在显著(P0.05)或极显著差异(P0.01).     

从江香猪CYP1A2基因4个外显子的多态性

为探明从江香猪细胞色素P450氧化酶CYP1A2基因的标签SNPs,以及积累从江香猪药物代谢酶的基础资料,采用直接测序法对从江香猪CYP1A2基因外显子1、4、5和6进行多态性分析。结果表明:第1外显子存在11个多态位点(g.98G→A、g.147C→G、g.189C→T、g.198C→T、g.211A→G、g.231C→T、g.328T→C、g.338C→A、g.352T→C、g.458G→A和g.778G→A),优势基因型分别为GG、CC、TT、CC、GG、CC、CC、AA、CC、AA和AA,优势等位基因分别为G、C、T、C、G、C、C、A、C、A和A,多态信息含量为0.073 2~0.160 0,有效等位基因数为1.082 3~1.212 7,纯合度为0.827 3~0.920 9,杂合度为0.079 1~0.172 7,香农信息指数为0.166 6~0.318 7,群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。第4外显子存在1个多态位点g.1087C→G,优势基因型为CC,优势等位基因为C,多态信息含量为0.3642,有效等位基因数为1.918 8,纯合度为0.673 8,杂合度为0.326 2,香农信息指数为0.671 8,群体偏离HardyWeinberg平衡(P0.05)。第5、6外显子未发现多态性。从江香猪CYP1A2基因第1外显子多态位点丰富,位点纯合度高、变异性小,具备药物代谢动物模型开发的良好基础,但多态信息含量不足,连锁分析或关联分析时需谨慎选择。第4外显子多态位点少,但位点的多态信息含量合适,可用作连锁分析及关联分析的标签SNP。     

KAP16基因对细毛羊重要经济性状的遗传效应分析

为了分析KAP16基因的遗传多态性,获取相关毛性状的DNA标记,为细毛羊在分子育种上提供依据,采用重测序技术和PCR-SSCP技术,验证KAP16候选基因的2个SNPs在中国美利奴(新疆型)群体中的遗传多态性。同时,运用SAS 8.1软件进行最小二乘方差分析方法,研究其与毛性状的关联性。结果表明,C41006938T突变点得到3种基因型为AA、AB和BB型,该群体中C41006938T突变点基因型频率为0.22、0.47和0.31;A和B等位基因频率为0.46和0.54,其中B等位基因为优势等位基因。T41007938C基因位点AA和AB基因型频率为0.77和0.23;A和B等位基因频率分别为0.89和0.11,A基因为优势等位基因。χ2检验表明,C41006938T和T41007938C位点均处于哈代温伯格平衡状态(P0.05)。C41006938T和T41007938C突变位点的多态信息含量分别为0.37和0.18,所以中国美利奴(新疆型)群体在该基因的遗传变异处在中等水平。C41006938T不同基因型对体格大小和鉴定时体重有显著影响(P0.05);T41007938C不同基因型对纤维直径纤维直径变异系数有极显著影响(P0.01),对剪毛量和弯曲有显著影响(P0.05);C41006938T和T41007938C组合基因型对剪毛量有极显著影响(P0.01),对纤维直径纤维直径变异系数有显著影响(P0.05)。     

GH基因在不同香猪类群中的遗传变异分析

采用PCR-ApaI-RFLP技术对4个不同地理分布的香猪类群(各50头)GH基因-119 bp~ 486 bp区域间的多态性进行研究,共检测到A(449 101 55 bp)和B(316 133 101 55 bp)2个等位基因,AA、AB和BB 3种基因型。在各香猪类群中A均为优势等位基因,基因频率均大于0.6;AA为优势基因型,基因型频率均大于0.5。所有香猪类群的基因型分布经卡方检验符合哈代温伯格平衡,剑白香猪与久仰香猪经卡方独立性检验其基因型分布存在显著差异(P<0.05);聚类分析表明:从江香猪、久仰香猪和环江香猪聚为一类,剑白香猪另为一类,这一聚类结果与按香猪类群间的地理分布远近特征划分结果不太相一致。     

牛MyoG基因单核苷酸多态性分析

以皖东牛和广丰牛共128头牛为研究对象,采用PCR-RFLP方法检测牛MyoG基因的多态性。结果表明,在牛MyoG基因的外显子466碱基处发生G>C突变,检测到AA和AB 2种基因型,该位点的突变未引起氨基酸序列的变化。在皖东牛群体中AA基因型频率为23.66%,AB基因型频率为76.34%;在广丰牛群体中AA基因型频率为17.24%,AB基因型频率为82.76%。皖东牛的多态信息含量(PIC)为0.3606,广丰牛为0.3702,在该位点均处于中度多态。卡方检验表明皖东牛群体处于哈代-温伯格不平衡状态(P<0.05);广丰牛处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。