川西高海拔地区饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性

为了揭示川西高海拔地区（四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族羌族自治州）原生野生饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性,为筛选优良菌株提供依据,采用纯培养法从该地区部分饲用黄芪植物根瘤中分离纯化根瘤菌;通过BOXAIR、16S rDNA-RFLP及PCA（principal component analysis）分析饲用黄芪根瘤菌的遗传多样性。结果表明,从川西高海拔地区7个县15个采样点获得10种饲用黄芪植物的根瘤,共分离纯化出36个根瘤菌菌株;在相似系数82.4%的16S rDNA PCR-RFLP分析中,所有供试菌株均与参比菌株完全分开,供试菌株聚成8个遗传群（SCAU509,SCAU553单独分开）;在相似系数83.2%的BOX-PCR分析中,饲用黄芪根瘤菌36个供试菌株和14个参比菌株聚成10个遗传群。饲用黄芪根瘤菌16S rDNA Simpson遗传多样性指数 D = 0.949。 研究显示川西高海拔地区（四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族羌族自治州）饲用黄芪根瘤菌具有丰富的遗传多样性。     

川西高寒山区野生药用黄芪根瘤菌的遗传多样性

【目的】揭示川西高寒山区(四川甘孜藏族自治州和阿坝藏族羌族自治州)野生药用黄芪根瘤菌的遗传多样性,为优质菌株筛选提供依据。【方法】从该地区10种野生药用黄芪植物根瘤中分离纯化根瘤菌,用BOXAIR、16S r DNA-RFLP及PCA(Principal Component Analysis)分析药用黄芪根瘤菌的遗传多样性;通过16S rRNA基因序列同源性确定菌株的系统发育地位;测定菌株的耐盐性、初始pH生长范围及生长温度范围分析药用黄芪根瘤菌的抗逆性。【结果】从7个县11个采样点采集到的10种药用黄芪植物的根瘤中共分离纯化出35株根瘤菌。BOXAIR-PCR分析表明,在84. 6%的相似性水平处,供试菌株聚成了6个遗传群; 16S r DNA PCR-RFLP分析结果显示,除SCAU549、SCAU568和SCAU596单独成群外,其余菌株聚成了4个遗传群(相似系数83%);BOXAIR-PCR药用黄芪根瘤菌16S r DNA Simpson遗传多样性指数D=0. 916。35个菌株分别属于Rhizobium (20/35株)、Ochrobactrum(3/35株)、Rhizobium-Agrobacterium(12/35株) 3个系统发育分支。生理性状测定试验表明,27/35的菌株能在4～45℃的温度范围下生长,8/35的菌株能在10～37℃的范围生长,所有菌株经60℃处理10 min,28℃仍能正常生长; 28/35的菌株能在pH 4～10的培养基上生长,5/35的菌株能在pH 4～8的培养基上生长,而SCAU533、SCAU536仅能在pH6～8的范围内正常生长。除12/35的菌株不能在1%Na Cl的YMA培养基上生长外,18/35菌株能在2%～7%Na Cl的YMA培养基上生长,而SCAU542、SCAU543、SCAU544、SCAU545和SCAU546等5个菌株能在8%Na Cl的培养基上生长。【结论】川西高寒山区野生药用黄芪根瘤菌具有丰富的遗传多样性。多数菌株对高盐、高温、低温及酸碱环境有较强的耐受能力。     

辽宁营口地区锦鸡儿与树锦鸡儿根瘤菌遗传多样性研究

对锦鸡儿与树锦鸡儿根瘤菌进行研究,以了解其系统发育地位及遗传多样性。通过分离、纯化、回接结瘤测定共获得了31株待测菌,并采用16S rDNA PCR RFLP及BOX-PCR等方法对这些菌进行了研究。结果表明,31株待测菌的系统发育地位全部源于中间根瘤菌属（Mesorhizobium spp.）,并产生5种不同的rDNA图谱组合。BOX-PCR研究中,待测菌株呈现出较高的多样性,在80%相似性水平上,将待测菌归于17个不同的类型当中。     

中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究

【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。     

沙冬青根瘤菌表型特征和16SrDNAPCR-RFLP分析

应用表型数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 分析方法,对分离自宁夏和内蒙古部分地区的沙冬青根瘤菌进行表型和遗传多样性研究.通过分离纯化获得44株供试根瘤菌,选取37株未知菌和11株参比菌株进行唯一碳氮源利用、抗生素和染料抗性、耐盐性、初始pH生长、生长温度范围和脲酶共94项生理生化性状测定,以及16S rDNA 基因扩增和扩增产物的限制性酶切分析.结果表明,沙冬青根瘤菌在碳源利用、抗生素敏感性和染料抗性方面存在差异;对15项所选氨基酸氮源均能利用,无明显差异;具有较强的耐盐碱和耐高温能力.经过数值分类和16S rDNA PCR-RFLP比较分析,测试菌株具有丰富的表型和遗传多样性.测试菌株和参比菌株在80%的相似水平上产生2个表观群,表观群I和表观群II在鉴别特征上存在差异.数值分类中聚群的根瘤菌菌株在16S rDNA PCR-RFLP分析中也聚群,2种分析方法有基本的一致性.     

郑州草坪白三叶草根瘤菌的分离与分子鉴定

【目的】为研究郑州市区草坪白三叶草根瘤菌的遗传多样性。【方法】实验采用包括16S rDNA及IGS PCR-RFLP和16S rDNA基因序列分析方法。【结果】该研究从郑州市4个不同采样地点的草坪中采集白三叶草根瘤,并分离得到根瘤菌40株;经16S rDNA PCR-RFLP分析,初步确定所有供试菌株属于同一个属。而IGS PCR-RFLP分析将供试菌株分为四个类群,且来自郑州大学的供试菌株具有更加丰富的遗传多样性。对不同IGS型代表菌株的16S rDNA基因序列分析结果与16S rDNA PCR-RFLP的结果一致,表明所有供试菌都属于根瘤菌属(Rhizobium)。【结论】一共分离得到根瘤菌40株,它们都属于根瘤菌属,且分离自郑州大学的根瘤菌具有更加丰富的多样性。     

不同刺槐种源根瘤菌16S rDNA的PCR-RFLP分析

为了研究不同刺槐种源根瘤菌的遗传多样性,采用4种限制性内切酶对分离自保定和高邑的38株不同刺槐种源根瘤菌进行16S rDNA PCR-RFLP多态性分析,共产生26种16S rDNA遗传图谱类型。UPGMA聚类分析结果显示,所有供试菌株分为4大类,第3类又分为3个亚类。16S rDNA全序列分析表明,代表菌株GY-2与S.morelense LMG20571序列相似性达到99.6%,在系统发育分类地位上属于Sinorhizobium。刺槐根瘤菌遗传多样性丰富,遗传差异受地理环境影响较大,与寄主种源相关性不明显。     

陕西等地区豆科植物根瘤内生细菌遗传多样性和系统发育研究

采用16S r DNA PCR-RFLP、16S r DNA全序列分析、BOX-PCR等多相分类技术,对采集自陕西神木、甘肃天水、青海泽库地区的豆科植物根瘤内生细菌资源的多样性进行了研究。从采集的豆科植物根瘤中共分离到50株供试菌株,对这50株供试菌株和8株参比菌株进行了16S r DNA PCR-RFLP聚类分析。结果显示,全部供试菌株在81.5%的相似性水平上分成4个分支(在86%相似性水平上,分支I包括3个群,分支III包括3个群)。选取各群代表菌株进行16S r DNA测序,确定了50株供试菌株中,1株属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium),1株属于土壤杆菌属(Agrobacterium),6株属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium),27株属于芽孢杆菌属(Bacillus),2株属于类芽孢杆菌属(Paenibacillus),其余13株则分别归属于寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)和泛菌属(Pantoea)。表明16S r DNA PCR-RFLP和16S r DNA全序列分析结果具有较好的一致性。对部分16Sr DNA序列相似性达到100%的菌株进行BOXPCR来确定是否为同一克隆。研究结果表明,陕西神木等地区豆科植物根瘤内生菌具有很丰富的遗传多样性。     

中国东北和华北地区紫花苜蓿根瘤菌遗传多样性研究

【目的】紫花苜蓿（Medicago sativa L.）被誉为牧草之王,近年来,中国东北和华北地区种植面积不断扩大,但紫花苜蓿质量与产量仍不足以满足中国畜牧业发展的需求。本研究旨在分析中国东北和华北地区紫花苜蓿根瘤菌遗传多样性,为紫花苜蓿高效固氮根瘤菌的筛选与应用提供参考。【方法】采用表面消毒和平板划线法从根瘤中分离纯化根瘤菌单菌落;使用BOX-PCR方法对供试菌株进行基因型划分;选取代表菌株进行持家基因（atpD、glnII和rpoB）和共生基因（nifH和nodC）的系统发育分析。【结果】从中国东北和华北19个采样地共分离纯化了499株根瘤菌,BOX-PCR可将供试菌株分为37种BOX型,BOX型存在显著的地理分布现象,同时寄主品种对根瘤菌基因型具有一定的选择作用。97.60%（487/499）的根瘤菌为Sinorhizobium meliloti。其余12株分别为S. adhaerens、Mesorhizobium huakuii、Rhizobium loessense、R. mesosinicum、R. vignae、Mesorhizobium sp.和Phyllobacterium sp.,这12株根瘤菌仅在中国东北地区发现,华北地区根瘤菌均为S. meliloti。3个持家基因在紫花苜蓿根瘤菌种间系统发育分析结果一致,但其揭示优势种S. meliloti的种内多样性存在差异。共生基因系统发育结果显示,在根瘤菌属间和属内发生了共生基因的水平转移现象。nifH在S.meliloti种内显示出比nodC更丰富多样性。【结论】中国东北和华北地区紫花苜蓿根瘤菌具有较丰富的遗传多样性,且根瘤菌存在显著的地理分布特征和寄主选择现象。     

6种根瘤菌系统发育分析及其耐硒能力

【目的】研究不同硒含量土壤中生长的紫云英和大豆共生根瘤菌种类和硒耐受能力。【方法】采用涂布平板法从植物根瘤中分离根瘤菌,提取根瘤菌总DNA,进行16S r DNA扩增、克隆与测序,并建立系统发育树进行分子系统发育分析。再将各菌株在不同浓度含硒平板上进行培养,以菌落变红为临界条件,筛选各菌株的硒耐受能力。【结果】(1)从高硒土壤上生长的紫云英和大豆根瘤中分离纯化得到5个根瘤菌菌株,从低硒土壤上生长的大豆根瘤中分离纯化出1个根瘤菌菌株。(2)6个菌株分属4个不同的属别,竹山、炼铁湾、渔塘坝紫云英根瘤菌供试菌株归属土壤杆菌属(Agrobacterium)、低硒大豆根瘤菌供试菌株归属慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)、高硒大豆根瘤菌供试菌株归属中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、曾家紫云英根瘤菌供试菌株归属根瘤菌属(Rhizobium)。(3)竹山、炼铁湾、渔塘坝紫云英根瘤菌耐硒能力均为6μg/m L,曾家紫云英根瘤菌耐硒能力为5μg/m L,低硒、高硒大豆根瘤菌耐硒能力均为3μg/m L。【结论】在高硒自然环境(竹山、炼铁湾、渔塘坝、曾家)下生长的根瘤菌有较强耐硒能力,紫云英根瘤菌的耐硒能力高于大豆根瘤菌。     

四川省葛藤属根瘤菌的遗传多样性研究

 用AFLP、REP-PCR、23S rDNA PCR-RFLP等方法对分离自四川的23株葛藤属的根瘤菌的遗传特性进行了研究。结果表明，供试的葛藤根瘤菌遗传特性存在明显差异。 AFLP分析结果显示，23个菌株分为7个AFLP遗传群；在BOXAIR-PCR分析中，23株根瘤菌则被分为5个遗传群；对23S rDNA PCR-RFLP分析表明，葛藤根瘤菌分属于中慢生根瘤菌属（Mesorhizobium）、慢生根瘤菌属（Bradyrhizobium）2个属，聚类分析结果将其划分为5个遗传群。分离自四川省的葛藤根瘤菌存在较大的遗传多样性。     

不同地理环境下野豌豆根瘤菌的遗传多样性与共生进化研究

【目的】研究西北部分地区不同地理环境下,野豌豆根瘤菌的遗传多样性及其共生进化间的关系。【方法】采用16S rDNA PCR-RFLP与16S rDNA全序列分析技术,对分离自陕西秦岭北麓红河谷、陕西南部汉中、甘肃沙漠绿洲带永昌混山窑、甘肃中部永登红城和新疆乌鲁木齐的5个不同地理环境(分别记做A、B、C、D、和E)的42株野豌豆根瘤菌,进行了遗传多样性和系统发育分析。【结果】测试根瘤菌共有6种基因型(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ和Ⅵ),基因型Ⅰ根瘤菌在各个地理环境采样点均有分布,并且A地点分布的所有菌株均属于该基因型,基因型Ⅱ菌株分布于D和E采样地点,基因型Ⅲ菌株分布于B、C和D采样地点,基因型Ⅳ分布于E地点,基因型Ⅴ和Ⅵ测试菌株均分布于D地点。由16S rDNA全序列分析可知,基因型Ⅰ根瘤菌的代表菌株CCNWSX0050和基因型Ⅳ根瘤菌的代表菌株CCNWGS0055分别与Rhzobium leguminosarum的相似性为99.8%和99.7%;基因型Ⅲ根瘤菌的代表菌株CC-NWGS0062与Sinorhizobium meliloti的相似性为100.0%。【结论】中国西北地区野豌豆根瘤菌在分类学上属于Rhizobium leguminosarum根瘤菌和S.meliloti根瘤菌,野豌豆-根瘤菌的共生关系在不同地理环境中表现出差异性。     

四川花生根瘤菌的遗传多样性

用IAR、RAPDs和16S-23S PCR-RFLP 3种方法对采集自四川省4个不同地点的22株慢生型花生根瘤菌的遗传多样性进行了研究。供试菌株对8种抗生素的抗药性测定表明,22个菌株中存在7个抗药性类群。来自同一采集地的菌株天然抗药性存在着差异。IAR的结果证明了四川花生根瘤菌表型性状的多样性。4个随机引物的扩增图谱有明显的多态性。聚类分析的结果表明菌株内部存在不同水平的遗传多样性。全部菌株在58%的相似性水平上被分为6群,采集地相同的菌株聚为一类,表明环境对根瘤菌的系统发育和遗传分化有影响。用PHR和P23S R01这一对引物对供试菌株16S-23S rDNA基因间隔区进行了扩增,得到2.0kb和2.1kb两种大小不同的片段。用3种内切酶酶切后的图谱分为6种类型。根据各菌株带型相似性进行的聚类分析结果表明,供试菌株的16S-23S rDNA PCR-RFLP相似性很高,说明16S-23S rDNA基因保守,在进化过程中受环境的影响比其它基因组序列相对要小。     

攀西地区葛藤根瘤菌的RFLP遗传多样性

利用16S rDNA PCR-RFLP和16-23S IGS PCR-RFLP技术对分离自四川攀枝花的43株葛藤根瘤菌进行了遗传多样性研究。供试菌株的16S rDNA用HaeⅢ、MspⅠ、HinfⅠ和TaqⅠ酶切后具有16种遗传图谱类型。16S-23S rDNA IGS PCR-RFLP分析结果表明,在53%的相似性水平上,供试菌株与参比菌株分为两个分支,在81%的相似水平上所有菌株分为13个群。     

广东截叶胡枝子根瘤菌株系的发现及其16S rDNA分析

从截叶胡枝子的根瘤中分离出30个分离物,经纯化、镜检后得到26株待测菌株.将其16S rDNA部分序列测序后用DNAMAN和MAGE 5.0软件进行分析,并与参比菌株相比较.结果表明,去除重复后共获得18株根瘤菌菌株,且可将其分为两大类,分别属于慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)和中华根瘤菌属(Sinorhizobium ).     

新疆耐盐苜蓿根瘤菌的分离和高效菌株的筛选

[目的]人工接菌苜蓿根瘤菌和筛选高效菌株.[方法]采集新疆14个地州不同生态区、不同类型土样132份,采用苜蓿捕获法分离、纯化获得81个苜蓿根瘤菌菌株.[结果]快速PCR检测鉴定发现,分离得到的根瘤菌菌株均属于苜蓿中华根瘤菌(Sinorhizobium Meliloti).[结论]耐盐实验表明,这些菌株在YMA培养基上的耐盐能力在3.5;～5;NaCl,进一步分析发现土壤中盐含量与苜蓿根瘤菌的耐盐能力没有明显的相关性.对耐5;NaCl的8个根瘤菌菌株的16S rDNA序列进行分析,发现这些其序列同源性很高,相似性达到99.8;.根瘤菌接种实验表明,这8个菌株均能明显增加紫花苜蓿植株地上部分生长,但不同菌株其固氮效率存在显著差异,其中TC-Y菌株共生固氮效率最高.     

小叶锦鸡儿根瘤菌的分离及其16S rDNA PCR-RFLP分析

对辽宁地区与小叶锦鸡儿共生的根瘤菌资源进行了初步调查。采自5个不同地区样品的根瘤,通过分离、纯化、回接验证等试验共获得65株供试根瘤菌菌株。进一步选用4种限制性内切酶对供试根瘤菌进行了16S rDNA PCR-RFLP研究,结果表明其系统发育地位位于中慢生根瘤菌属(Mesorhizobiumspp.),并在96%相似性水平上分为5个不同的类群,分别由相应的rDNA图谱组合代表。丰富度及频度分析表明,组合15是辽宁省的优势群,组合18丰富度居第二位,但频度最高,也是辽宁省的主要类群。     

枣庄地区豌豆根瘤菌遗传多样性分析

为揭示枣庄市山亭区豌豆种植基地的豌豆共生根瘤菌的遗传多样性,本研究采取了土壤样品采集、盆栽捕捉豌豆根瘤菌、分离、纯化等方法获得根瘤菌菌株,然后采用 IGS 基因的PCR-RFLP分析、16S rRNA 基因序列测定及系统发育分析、持家基因（atpD、recA、glnII）多位点序列分析,以及结瘤基因nodC系统发育分析等,对分离纯化得到的55株豌豆根瘤菌进行分类鉴定。结果表明,获得的根瘤菌共包含3种不同的IGS酶切类型,经过对代表菌株的16S rRNA 基因进行系统发育分析,分离获得的豌豆根瘤菌可以被鉴定属于根瘤菌属（Rhizobium）,进一步经持家基因多位点序列分析被鉴定为Rhizobium anhuiense和Rhizobium sophorae。该研究丰富了对该地区豌豆共生根瘤菌遗传多样性的认识。     

华癸中生根瘤菌(Mesorhizobium huakuii)研究进展

综述了华癸中生根瘤菌(Mesorhizobium huakuii)遗传多样性、质粒多样性、质粒的功能、结瘤因子、结瘤基因、胞外多糖等方面的研究进展。这类菌只能在紫云英上结瘤,1997年并入Mesorhizobium。选取大量菌株进行REP-PCR、16S和23S rDNAPCR-RFLP等分析,揭示其分为16种16S rDNA基因型。选用不同16S rDNA基因型的部分代表菌株进行部分16S rDNA测序。能够在紫云英上结瘤的根瘤菌可以分为2个类群。表明这类菌具有遗传多样性,存在不同的种。它们多数含共生质粒,共生质粒定位于最大或次大质粒上,质粒数1~5个不等,其分子量范围在53~906 kb之间。质粒缺失菌株表现为不结瘤(Nod-)和结瘤而不固氮(Nod ,Nif-)。某些质粒缺失还影响LPS合成、抗酸性、竞争结瘤能力。其结瘤因子能诱导紫云英根毛变形,它们的结瘤因子结构类似于苜蓿根瘤菌的结瘤因子。它们的结瘤基因具独特性,nodA与nodBC分隔一定距离,且具有保守性。它们产生的胞外多糖在侵染结瘤过程中发挥重要作用。     

贵州猕猴桃溃疡病病菌分离鉴定及其培养特性

以贵州省猕猴桃基地内猕猴桃感病组织为材料,采用组织分离法分离纯化获得1株病原菌菌株,并从形态、生理生化、16S rDNA序列对其进行鉴定,进一步研究该菌株在不同培养条件下的生长情况。结果表明,通过致病性测定及形态、生理生化、16S rDNA分析,明确该菌株为丁香假单胞杆菌猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidae);培养基种类、pH值、温度会对病原菌的生长产生一定影响,菌株生长相对最适培养基为Luria-Bertani(LB)培养基,最适培养条件为pH值7.5、温度15℃。