烟草脉清病毒完整基因组上微卫星分布特性研究

借助MATLAB软件和最优完全子图算法,提取并展示NCBI数据库中烟草脉清病毒完整基因组（NC-003 378.1）上微卫星分布特性。结果表明,计算出了各种1碱-基组~6-碱基组在完整基因组序列上重复出现次数和出现位置,并展示它们的分布规律（指数函数）。烟草脉清病毒完整基因组上各种N-碱基组最大的重复出现次数,随N按指数函数数减少;各种N-碱基组重复出现次数由少到多排序的结果,重复出现次数随序号增加。该研究方法可以系统地运用到其他病毒完整基因组序列微卫星分布特性的提取和展示,从而为有效利用微卫星分布特性研究完整基因组的结构和功能、遗传和变异规律提供依据。     

烟草丛顶病毒完整基因组上微卫星分布

为了提取并展示NCBI数据库中烟草丛顶病毒完整基因组(NC-004366.1)上微卫星分布特性,采用MATLAB软件和最优完全子图算法自编了计算机程序进行.结果表明,烟草丛顶病毒完整基因组上n-碱基组(n＝1-6)最大的重复出现次数随n增加而按指数函数减少.     

烟草马铃薯Y病毒完整基因组的统计特征

提取4个不同来源的烟草马铃薯Y病毒完整基因组的统计特征,并对它们进行聚类分析。在烟草马铃薯Y病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后两个碱基所构成的三碱基组,排列成一个新的序列S,计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到4个三碱基组(CAA、GAT、GTA、GAC),它们的概率有明显的差异。这4个三碱基组的出现概率与烟草马铃薯Y病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草马铃薯Y病毒完整基因组,按其遗传变异结果,形成两个大类。     

烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类（摘要）（英文）

[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征,并对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异;依照一定的规律,给三碱基组赋予数字代码;最后,对不同来源的烟草坏死病毒完整基因组按照L向量进行K-M聚类分析。[结果]8个三碱基组（CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG）的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类。[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供了理论依据。     

烟草坏死病毒完整基因组的统计特征与聚类

[目的]提取烟草坏死病毒完整基因组的统计特征。并且对其进行聚类分析。[方法]在烟草坏死病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后2个碱基所构成的三碱基组排列成一个新的序列S;计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到8个三碱基组,它们的概率存在明显差异。[结果]8个三碱基组（CGT;CAA;TAC;TAA;AGG;ATG;ATA;AAG）的出现概率与烟草坏死病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草坏死病毒完整基因组,按其遗传变异结果形成2个大类。[结论]该研究方法普遍适用于各种烟草病毒基因序列的分析,为烟草坏死病毒病的防治提供理论依据。     

枸杞基因组微卫星特征分析

利用Illumina HiSeq2500高通量测序技术对枸杞大麻叶品种进行简化基因组测序,对得到的序列利用生物信息学手段进行拼接后查找SSR。结果表明:共获得14 733个重复单元长度为2~6碱基的微卫星重复序列。其中3碱基重复的微卫星单元最为丰富,共9 799个,占66.5%;其次是2碱基重复类型(4 042个)和4碱基重复类型(519个),分别占重复序列总数的27.4%和3.5%;另外5碱基重复281个,6碱基重复92个,分别占重复序列总数的1.9%和0.6%。通过分析发现3碱基重复类型丰度最高,优势序列为GTT/CAA、ACA、ATC;而6碱基重复丰度最低,其优势序列为TGTGTA、CATATA、AGCACC;在枸杞基因组微卫星序列中,A和T碱基含量相对较丰富。分析还发现,当枸杞基因组重复次数增加时,微卫星的丰度呈现出下降的趋势,随着基序长度的增加,下降的趋势越快,这意味着枸杞基因组中重复单元较短的微卫星变异速率比重复单元较长的微卫星变异速率快。     

枸杞转录组SSR分布特征分析及其与基因组SSR分布特征的比较

通过Illumina Hi Seq 2500高通量测序平台,利用RNA-Seq技术对青杞1号品种整体转录活动进行检测,并对得到的序列采用生物信息学手段进行拼接后查找SSR,然后与基因组SSR进行比较。结果显示,转录组共获得5 411个重复单元长度为2~6碱基的微卫星重复序列,2碱基重复的微卫星最为丰富,共2 666个,占49.27%,其中AG/CT基序的重复数量最多;3碱基重复类型有2 609个,占重复序列总数的48.22%;4碱基重复118个,5碱基重复10个,6碱基重复8个,分别占重复序列总数的2.18%、0.18%、0.15%。而基因组共获得14 733个重复单元为2~6碱基的微卫星重复序列,3碱基重复的微卫星最为丰富,共9 799个,占66.51%,其中GTT/CAA基序的数量最多。青杞1号转录组SSR与基因SSR在重复序列分布上存在显著差异。     

灰葡萄孢基因中微卫星序列分析

微卫星(SSR)一般是指由单、双、三、四、五和六核苷酸重复单元串联排列的简单重复序列,它广泛分布于生物基因组内,在不同生物中,微卫星DNA的数目、类型及其分布情况存在很大的差异.本研究主要统计了已公布的灰葡萄孢基因序列中的SSR数量及类型,在灰葡萄孢的564个预测基因区域中发现669个微卫星序列,其中大多数基因(477个基因)只含有1个碱基SSR,占含SSR基因总数的71.3％;72个基因含有2个碱基SSR,13个基因含有3个碱基SSR,含4个和5个碱基SSR的基因则各只有1个.所有SSR序列中,出现数量最多的为3个碱基和6个碱基的SSR序列,分别达到了135次和330次,1个碱基、2个碱基、4个碱基和5个碱基的SSR则分别出现了7、41、64和92次.SSR碱基数越多,重复的次数越少,重复次数最少的SSR是6个碱基的AGAGGG重复.重复次数最高的SSR为122次,是3个碱基的AAT重复,这表明,在选择压力下,SSR趋向于密码子的整数倍,这与其他物种的分析结果一致.发现大多数含有SSR的基因并没有明确的功能描述,这可能是由于这些基因受到SSR的影响而在进化上变化较快所致.     

铁皮石斛转录组微卫星序列统计分析

为揭示铁皮石斛全基因组SSRs序列分布规律,采用微卫星序列搜索和统计软件MSDB v2.4对铁皮石斛全基因组中完整型微卫星序列及其特征进行生物信息学分析。结果表明:铁皮石斛微卫星序列总数量为215 661个位点,微卫星序列长度为4.07 Mb,占全基因组总长度的比率为0.44%,其总丰度为213.84 个·Mb^-1,总密度为4 031.927 bp·Mb^-1。铁皮石斛全基因组SSRs各重复类型中,单核苷酸SSRs序列出现频率最高(47.49%),其次是二核苷酸SSRs序列>三核苷酸SSRs序列>四核苷酸SSRs序列>五核苷酸SSRs序列>六核苷酸SSRs序列,微卫星重复类型中,富含A和T,而富含G和C碱基的微卫星出现频率较少。研究结果可为后续铁皮石斛遗传多样性的研究及SSR引物筛选提供依据。     

云南松基因组微卫星序列特征分析

为了更好地了解云南松基因组特征,分析了云南松基因组中微卫星序列的分布特征,采用FLAF-seq测序技术,共获得1 970条微卫星重复序列,利用MISA通过对Unigene序列的分析,鉴定出7种类型的SSR。7种微卫星序列中主要以单碱基重复类型为主,共1 104个,约占重复序列总数的56.04%,其次是双碱基和三碱基重复类型,分别占总数的27.66%和11.68%,四碱基重复类型数量30个,占重复序列总数的1.52%,五碱基、六碱基重复类型在总重复序列中占比最少,均为0.2%,混合微卫星占2.7%。在单碱基重复类型中占优势的重复单元是A/T碱基,双碱基重复类型中占优势的重复单元是(AT)_n/(TA)_n碱基,三、四、五碱基重复类型中,占优势的重复单元不明显,但几种碱基重复类型中,都包含着丰富的A和T。所得到的微卫星重复序列中以长度20bp序列的微卫星数量最多,微卫星长度≥20bp的只占总数的10.81%。可为后续云南松遗传多样性的研究及SSR引物筛选等提供一定的理论依据。     

普通烟草及其祖先种基因组SSR位点分析

【目的】普通烟草(N.tabacum,2n=24Ⅱ=48 TTSS)及其2个祖先种-绒毛状烟草(N.tomentosoformis,2n=12Ⅱ=24 TT)和林烟草(N.sylvestris,2n=12Ⅱ=24 SS)基因组SSR位点信息的统计分析,有助于烟草属植物的遗传分析。【方法】从公共数据库NCBI(National Center for Biotechnology Information)中下载上述3个烟草基因组数据,应用SSRIT和TRF软件分析其各自SSR位点分布特征,每个基因组随机合成50对SSR引物扩增多态性。【结果】在绒毛状烟草基因组、林烟草基因组和普通烟草基因组中分别获得218 081、263 478和397 432个SSR总位点,其间的平均距离分别为7.52、7.78和9.06 kb。绝大部分的SSR位点分布在内含子和UTR(尤其是5′-UTR)区域;以2核苷酸和3核苷酸类型为主,占基因组内SSR位点总数目的 2/3以上,其中,2核苷酸类型丰度最高;含有A(T)n基序结构的频率及数量最高;除单核苷酸类型外,重复次数多在3—10。150对合成的引物对8个烟草种DNAs进行PCR反应,所有材料均能扩增出清晰稳定的目标片段,其中36对引物显示多态性。【结论】绒毛状烟草、林烟草和普通烟草基因组内SSR呈现一定的分布特征,表明SSR位点在亲缘关系相对较近的烟草种间具有高度保守性。     

Risk Assessment of Synergism and Recombination on the Transgenic Plants Containing Viral Movement Protein and Replicase Genes

The transgenic tobacco plants transformed with movement protein gene of Tomato mosaic virus (ToMV) or Tobacco mosaic virus (TMV) and partial replicase gene of Cucumber mosaic virus (CMV) P1 isolate (CMV-P1), were inoculated with Potato virus X, Potato virus Y, TMV and CMV isolate RB (CMVRB), respectively. Symptom observation showed there were no symptom differences in transgenic tobacco plants as compared with those in non-transgenic tobacco plants. ELISA also illustrated that the virus concentrations in the transgenic plants were similar to those in non-transgenic plants, indicating that no synergism is found in these plants. The transgenic tobacco plants expressing movement protein gene of ToMV or partial replicase gene of CMV-P1 were inoculated with TMV and CMV-RB, respectively. The local or systemic infected leaves were then used for elucidation of the possible virus recombination in transgenic plants with biological infectivity test, ELISA and immuno-capture RT-PCR. Within 16 months, no recombination was found between transformed genes and inoculated virus genomes. The research provides fundamental data for understanding of the possible risk of the transgenic plants expressing viral sequences.     

转病毒移动蛋白及复制酶基因烟草的协生和重组风险分析

 对转化番茄花叶病毒 (ToMV)、烟草花叶病毒 (TMV)移动蛋白 (MP)基因和黄瓜花叶病毒P1株系(CMV P1)部分复制酶基因的 3种转基因烟草 ,分别接种马铃薯X病毒 (PVX)、马铃薯Y病毒 (PVY)、CMVRB株系 (CMV RB)和TMV。症状观察和ELISA测定发现 ,各病毒在转基因烟草和非转基因烟草上的症状及病毒浓度没有显著差异 ,表明这些病毒在转基因烟草上没有协生作用发生。对转化ToMVMP基因和转化CMV P1部分复制酶基因的转基因烟草 ,分别接种TMV和CMV RB ,定期进行生物学、ELISA和免疫捕获反转录PCR(IC RT PCR)检测 ,在 16个月的连续测定中未发现病毒重组现象。     

Small RNA deep sequencing reveals full-length genome of Citrus yellow vein clearing virus in Chongqing,China

To identity the potential pathogen associated with the yellow vein clearing symptom on lemon trees,the profiles of virus-derived small interfering RNAs from citrus samples were obtained and analyzed by deep sequencing method in this study. Twenty-seven contigs almost cover the full length genome of Citrus yellow vein clearing virus(CYVCV) isolate YN were obtained using the small RNA deep sequencing technology. Analysis showed that this isolate CQ shared the highest nucleotide identity with isolate Y1(JX040635) and YN(KP313242),both of which belong to the genus Mandarivirus in the family Alphaflexiviridae. Mapping analysis of viral-derived si RNA(vsiRNA) profiles revealed an uneven distribution pattern of their generations along both positive and negative genome strands,and 22- and 21-nt vsiRNAs ranked the majority. BLAST against viroids and other viral databases confirmed that this sample was single-infected only by CYVCV,which indicated that CYVCV was the exact causal agent for the yellow clearing symptom occurring on lemon. This is the first CYVCV isolate detected in Chongqing and the second in China. This result could provide a molecular basis for the investigation of citrus viral diseases to protect citrus health in this region.     

微卫星标记与仙居鸡体重的相关性

利用29个微卫星标记的多态性分析仙居鸡12周龄体重与微卫星标记的相关性。试验结果表明:位于3号染色体和连锁群E27C36W25W26上的2个微卫星标记MCW222、MCW165与仙居鸡12周龄体重显著相关。     

植物RNA介导的病毒抗性研究进展

对目前RNA介导的病毒抗性的特点、机制以及与转基因沉默的异同作一概括，并对RNA介导的病毒抗性在植物功能基因组学研究中的应用作了简单介绍。     

Monoclonal antibody-based serological detection of Citrus yellow vein clearing virus in citrus groves

Citrus yellow vein clearing virus(CYVCV) is considered as the causal agent of Citrus yellow vein clearing disease and belongs to the genus Mandarivirus in the family Alphaflexiviridae.Capsid protein(CP) of CYVCV Chongqing isolate(CYVCVCQ) was produced using a prokaryotic expression system and used as the immunogen for monoclonal antibody(MAb)production.Four highly specific and sensitive murine MAbs and one polyclonal antibody were prepared in this study.Titers of the four MAbs in ascites fluids ranged from 10~(-6) to 10~(-7) as determined by indirect enzyme-linked immunosorbent assay(ELISA).Three serological assays,including dot enzyme-linked immunosorbent assay(dot-ELISA),tissue blot-ELISA,and double-antibody sandwich(DAS)-ELISA,were developed for quick and reliable detections of CYVCV in citrus samples.The developed dot-ELISA and DAS-ELISA methods could detect CYVCV in the infected citrus leaf crude extracts diluted at 1:2560and 1:10240(w/v,g mL~(-1)),respectively.The detection result of 125 citrus leaf samples collected from citrus groves in Yunnan Province and Chongqing Municipality of China showed that approximately 36%samples were positive for CYVCV.This virus was,however,not detected in any sample collected from Zhejiang or Jiangxi Province,China.