| 灰葡萄孢基因中微卫星序列分析 |
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| 引用本文： | 张悦,施唯,李丹,路沁,陈子牛.灰葡萄孢基因中微卫星序列分析[J].江苏农业科学,2013,41(4). |
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| 作者姓名： | 张悦 施唯 李丹 路沁 陈子牛 |
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| 作者单位： | 1. 昆明学院生命科学与技术系,云南昆明,650214
2. 个旧市农民科技教育培训中心,云南个旧,661000
3. 云南交通技师学院,云南昆明,650300 |
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| 基金项目： | 云南省应用基础研究计划(青年项目)，云南省教育厅科学研究基金一般项目 |
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| 摘 要： | 微卫星(SSR)一般是指由单、双、三、四、五和六核苷酸重复单元串联排列的简单重复序列,它广泛分布于生物基因组内,在不同生物中,微卫星DNA的数目、类型及其分布情况存在很大的差异.本研究主要统计了已公布的灰葡萄孢基因序列中的SSR数量及类型,在灰葡萄孢的564个预测基因区域中发现669个微卫星序列,其中大多数基因(477个基因)只含有1个碱基SSR,占含SSR基因总数的71.3％；72个基因含有2个碱基SSR,13个基因含有3个碱基SSR,含4个和5个碱基SSR的基因则各只有1个.所有SSR序列中,出现数量最多的为3个碱基和6个碱基的SSR序列,分别达到了135次和330次,1个碱基、2个碱基、4个碱基和5个碱基的SSR则分别出现了7、41、64和92次.SSR碱基数越多,重复的次数越少,重复次数最少的SSR是6个碱基的AGAGGG重复.重复次数最高的SSR为122次,是3个碱基的AAT重复,这表明,在选择压力下,SSR趋向于密码子的整数倍,这与其他物种的分析结果一致.发现大多数含有SSR的基因并没有明确的功能描述,这可能是由于这些基因受到SSR的影响而在进化上变化较快所致.
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| 关 键 词： | 灰葡萄孢 微卫星序列 基因组 生物信息学 |
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