烟草脉清病毒完整基因组上微卫星分布特性研究

借助MATLAB软件和最优完全子图算法,提取并展示NCBI数据库中烟草脉清病毒完整基因组（NC-003378.1）上微卫星分布特性。结果表明,计算出了各种1-碱基组～6-碱基组在完整基因组序列上重复出现次数和出现位置,并展示它们的分布规律（指数函数）。烟草脉清病毒完整基因组上各种N-碱基组最大的重复出现次数,随N按指数函数数减少;各种N-碱基组重复出现次数由少到多排序的结果,重复出现次数随序号增加。该研究方法可以系统地运用到其他病毒完整基因组序列微卫星分布特性的提取和展示,从而为有效利用微卫星分布特性研究完整基因组的结构和功能、遗传和变异规律提供依据。     

烟草丛顶病毒完整基因组上微卫星分布

为了提取并展示NCBI数据库中烟草丛顶病毒完整基因组(NC-004366.1)上微卫星分布特性,采用MATLAB软件和最优完全子图算法自编了计算机程序进行.结果表明,烟草丛顶病毒完整基因组上n-碱基组(n＝1-6)最大的重复出现次数随n增加而按指数函数减少.     

粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布

 利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0　Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15　bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57　kb 就分布有一个大于15　bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR　(2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个     

侵染贵州烟草的辣椒脉斑驳病毒鉴定及其基因组分子特征分析

【目的】明确辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus, ChiVMV)在贵州烟草上的发生情况及其与我国其他省份不同ChiVMV株系之间的遗传进化关系,为制定科学合理的防控措施提供依据。【方法】从贵州省贵阳、遵义、安顺和铜仁的烟田采集表现叶片斑驳、皱缩、坏死和花叶等症状的疑似病毒侵染的烟叶样品80份。采用RT-PCR法,设计多种病毒引物对所采集的样品进行检测,对检测出的ChiVMV进一步进行PCR分段扩增以获得贵州烟草ChiVMV的全基因组序列,基于NCBI已公布的所有ChiVMV基因组序列进行序列一致性分析并构建系统发育进化树,以研究贵州ChiVMV烟草分离株的遗传进化关系。【结果】RT-PCR检测结果显示,ChiVMV在贵州烟区检出率为37.50%,烟草普通花叶病毒(Tobacco mosaic virus, TMV)检出率为48.75%,马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)的检出率为35.00%,黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)检出率仅8.75%;检测出4种复合侵染类型TMV+PVY、PVY+ChiVM...     

3种鲌亚科鱼类全基因组微卫星分布特征分析

利用MISA软件对3种鲌亚科鱼类全基因组中的完整型微卫星进行了搜索,并对其分布特征及规律进行了分析。结果表明：在翘嘴鲌（Culter alburnus, 1.055 Gb）、浪白鱼（Anabarilius grahami, 1.006 Gb）和团头鲂（Megalobrama amblycephala, 1.116 Gb）全基因组中,分别筛选出772 276、548 726和772 329个完整型微卫星。相对丰度分别为732.0,553.2和691.2个/Mb。微卫星总长度分别为14.29,9.42和15.02 Mb,分别占基因组序列总长度的1.35%,0.94%和1.35%。在1～6个不同碱基重复类型完整型微卫星中,3种鲌亚科鱼类的6种碱基类型数目排序是一致的。均是单碱基重复数目最多,然后依次是二碱基、四碱基、三碱基、五碱基和六碱基。3种鱼三碱基和四碱基重复中数量最多的分别是AAT和AGAT,但在翘嘴鲌二碱基重复中,AT重复微卫星的数量要多于AC重复。3种鱼中不同碱基类型微卫星分布频率随着重复单元拷贝数和长度的增加呈递减趋势,其微卫星重复单元长度主要分布在10～30 bp,分别占微卫星...     

烟草马铃薯Y病毒完整基因组的统计特征

提取4个不同来源的烟草马铃薯Y病毒完整基因组的统计特征,并对它们进行聚类分析。在烟草马铃薯Y病毒完整基因组的碱基序列上,用每个碱基及其随后两个碱基所构成的三碱基组,排列成一个新的序列S,计算所有64种不同三碱基组在S上出现的概率,得到一个64维向量L;比较各个基因组的L向量,得到4个三碱基组(CAA、GAT、GTA、GAC),它们的概率有明显的差异。这4个三碱基组的出现概率与烟草马铃薯Y病毒基因组的遗传变异有着重要关联;4个不同来源的烟草马铃薯Y病毒完整基因组,按其遗传变异结果,形成两个大类。     

柑橘脉突病毒基因组全长cDNA克隆及其侵染性鉴定

【目的】构建柑橘脉突病毒(citrus vein enation virus,CVEV)侵染性克隆,为从分子水平解析其致病机理打下基础。【方法】利用SMARTer^?RACE(rapid amplification of cDNA ends)试剂盒对CVEV的5′序列进行RACE,并依据序列分析结果及CVEV分离株VE-1保守序列,设计CVEV基因组全长cDNA扩增引物。以CVEV毒源植株的总RNA为模板,通过EV25-F/EV5983-R引物扩增CVEV基因组全长cDNA。利用In-Fusion重组连接线性化pXT1和CVEV全长cDNA。通过菌液PCR及测序分析鉴定CVEV基因组全长cDNA克隆。通过农杆菌介导的真空浸润接种摩洛哥酸橙(Citrus aurantium)、邓肯葡萄柚(C. paradisi)、尤力克柠檬(C.limon)、枳柚(C. paradisi×Poncirus trifoliata)、Rusk枳橙(P. trifoliata×C. sinensis)、枣阳小叶枳(P. trifoliata),进一步通过RT-PCR检测、症状观察鉴定所构建...     

微卫星的起源、作用以及在基因组中的分布与进化动力学(英文)

微卫星 ,即简单重复序列 (SSR ,1～ 6个碱基单元 ) ,广泛存在于基因组中 ,具有丰富的多态性。本文对SSR的起源与可移动因子 (如逆转录转座子 )之间的联系进行了探讨和分析 ,表明许多SSR的起源与逆转录转座子有关。同时分析了SSR在基因表达、染色质的结构、重组、DNA的复制和细胞周期等方面的重要作用 ,结果表明SSR是使有机组织的正常生长和保持种族特异性的重要DNA片段。就SSR的进化机制而言 ,跳跃复制和重组是产生SSR变异的内因 ;相反 ,通过不同形式的自然选择使得SSR广布于整个基因组 ,并且限定重复片段大小的上、下限临界值以及位点专一性变异和群体差异     

烟草感染马铃薯Y病毒脉坏死株系后PPO活性及其同工酶变化的研究

感染马铃薯Ｙ病毒脉坏死株系（ＰＶＹ＾Ｎ）后,敏感烟草体内的多酚氧化酶（ＰＰＯ）活性升高,而抗性烟草的ＰＰＯ活性降低,但其活性值均高于敏感烟草健康植株;敏感烟草从接种ＰＶＹ＾Ｎ后第８ｄ起出现２条新的ＰＰＯ同工酶谱带,而且随着病害程度的加重其强度增加,抗性烟草则没有新的ＰＰＯ同工酶谱带出现,在未接种的情况下,抗性烟草体内的ＰＰＯ活性明显高于敏感烟草,其ＰＰＯ同工酶谱带数比敏感烟草多１条。     

侵染云南烟草的粉虱传双生病毒卫星分子基因组结构特征

对侵染云南烟草的粉虱传双生病毒致病性相关分子DNA β进行PCR扩增和克隆.对9份采自不同时间和地区的样品中的DNA β分子的全基因组序列分析发现,9个DNA β都具有典型双生病毒DNA β卫星分子的基因组结构特征:在互补链上编码1个大小约为118个氨基酸的βC1蛋白,含有1个卫星分子保守区(Satellite conserved region,SCR)和1个A富含区.核苷酸同源性分析显示,9个分离物的DNA β分子中,7个分离物的DNA β属于TYLCCNV伴随的DNA β分子,1个属于MYVYNV伴随的DNA β分子,2个属于TYLCTHV伴随的DNA β分子,1个属于TbCSV伴随的DNA β分子.系统进化分析发现,这些DNA β卫星分子具有明显的种类和地理分布差异,但没有因寄主和采集时间的不同而表现出明显的差异.     

烟草脉带花叶病毒试纸条的制作及田间病株的快速检测

建它一种快速、特异、简便的烟草脉带花叶病毒检测方法.应用胶体金标记技术和免疫层析原理,在玻璃纤维膜、硝酸纤维膜的检测带和质控带上分别喷上胶体金与烟草脉带花叶病毒兔多克隆抗体的偶联物、烟草脉带花叶病毒兔多克隆抗体和羊抗兔IgG,研制出烟草脉带花叶病毒快速榆测试纸条.病汁液稀释1000倍后仍可快速检出,3～10 min即可显示结果.对烟草上危害严重的4种病毒进行测试,均无非特异性反应.4℃干燥密封保存的试纸条有效期大于2个月.用试纸条对田间病株进行随机检测,结果与RT-PCR检测结果一致.     

烟草病毒病空间分布及序贯抽样研究

田间调查和统计分析结果表明：烟草病毒病病株分布在病株率＜２１％时一般呈聚集格局，病株率为２１％～３２％时呈随机格局，而当病株率＞４５％时则呈均匀格局。病级分布在病株率＜３１％时一般为聚集格局，而当病株率＞３１％时则转变为均匀格局。本研究还确定了烟草病毒病的平均严重度和病情指数与病株率之间存在的回归关系，并推导了以累计病株数估测田间发生程度的序贯抽样模型。     

云南烟草丛枝症病害研究 V传染途径

在隔离环境中,按植物病毒学的标准程序,测试云南烟草丛枝症病害的传染途径,结果表明：云南烟草丛枝症病害具有广泛的传染途径,可以通过机械传染（嫁接、摩擦）和介体传染（菟丝子、蚜虫、烟盲蝽、叶蝉）等方式传播．     

皖北烟区烟草病毒病发生的主要原因分析

研究表明:导致皖北烟区病毒病大发生的主要原因是广泛存在的毒源和移栽到团棵期大量的蚜虫迁飞,同时也与栽培品种、田间管理措施、气候因素等密切相关.     

延边地区烟草马铃薯丫病毒病发生规律研究初报

从１９９７年开始进行调查研究,结果表明,马铃薯种薯携带ＰＶＹＮ．延边地区从６月下旬开始发生ＰＶＹＮ,在靠近马铃薯田的烟地和未及时防治蚜虫的烟地发生较重,覆膜烟地比裸地栽培的烟地发病较轻．在供试的８个品种（系）中,ＮＣ８９品种发病较轻．     

烤烟不同栽培模式对马铃薯Y病毒病发病率的影响

在贵州省瓮安县烟草马铃薯Y病毒病(PVY)重病区,对露地烟、双行麦套烟、单行麦套烟、单行白膜烟、双行黑膜烟、单行银膜烟、单行葱套烟7种栽培模式烟草的PVY发病情况进行了调查,旨为明确不同烤烟栽培模式对烟草PVY发病率的影响。结果表明:7种栽培模式烟草的PVY平均病株率顺序为单行麦套烟(4.1%)<单行银膜烟(6.1%)<单行葱套烟(8.1%)<双行麦套烟(17.3%)<单行白膜烟(23.5%)<露地烟(42.3%)<双行黑膜烟(50.1%),单行麦套烟、单行银膜烟和单行葱套烟的平均病株率明显较低。在瓮安县烟草马铃薯Y病毒病重病区,建议推广单行麦套烟栽培模式。     

新型鸭肝炎病毒感染雏鸭组织内病毒抗原的分布

应用免疫组织化学方法,对人工感染新型鸭肝炎病毒雏鸭体内的病毒分布进行了动态观察。结果表明:接种后不同时间,在肝脏、脾脏、胰脏、胸腺和法氏囊组织中均可检测到新型鸭肝炎病毒抗原,而肾脏、心脏、脑组织中均未检测到病毒抗原。病毒抗原均位于阳性细胞的细胞质中。研究结果提示,感染雏鸭的肝脏和胰脏的组织病理变化与病毒的分布有关。