草鱼和鲤RAPD引物筛选及鱼种特异性分子标记

以草鱼和鲤为材料,提取基因组ＤＮＡ,制备ＲＡＰＤ－ＰＣＲ模板,对３个随机引物盒共６０个１０－ｍｅｒ引物进行了ＰＣＲ扩增,共筛选出７个较理想的可用于鱼种内或鱼种间群体遗传分析的随机引物．用这７个引物所获得的草鱼和鲤的ＲＡＰＤ指纹图谱平均带纹总数分别为４．２８±１．８９和６．７１±４．１９,多态性带纹总数分别为１．７１±１．６０和５．１４±４．７４．ＲＡＰＤ指纹图谱特征反映出草鱼比鲤具有更高的遗传纯度．７个引物共扩增出草鱼特异性带纹１８条,鲤特异性带纹３２条．大量特异性带纹的检出表明,两个鱼种间存在较大的遗传差异,同时也为鱼种间基因转移（特别是全基因组ＤＮＡ导入）提供了分子检测的候选遗传标记     

应用RAPD分析川西北高原青棵的遗传背景

 利用ＲＡＰＤ分子标记，探讨了四川西北部青稞４２个农家品种及２个育成品种的遗传背景。筛选出了１７个１０ 碱基随机引物．共扩增出７９条稳定的多态性谱带，据之建立１，０型数据，计算各品种间的ＮＬ相似系数，再转化为相应的遗传距离矩阵．采用离差平方和法进行聚类分析．获得聚类图；取距离值Ｔ＝０．６，可将４４个品种分为４个大类。分析了各大类内品种地理来源、主要品种特性等，发现大部分品种在各类内表现出一定规律性分布。通过不同多态性位点数的遗传距离的标准差和变异系数变化趋势的分析，表明所得到的位点数已能可靠地对研究群体的遗传关系进行估计。     

四川主栽小麦品种RAPD标记遗传差异研究

采用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ） 标记,对四川近５０ 年来年推广面积６－６７ 万ｈｍ２（１００万亩）以上的４０ 个小麦主栽品种遗传差异进行了初步探讨。结果表明,５５ 个随机引物中,有３２个引物（ 占５８－２％ ） 扩增产物具有多态性。３２ 个引物共扩增出１８５ 条带,其中９３ 条带（ 占５０％ ）具有多态性,每个引物可扩增出１ ～１１ 条多态性带,平均２－９ 条。４０ 个品种ＲＡＰＤ 标记遗传距离（ＧＤ） 变异为０－０１９ ～０－４７５ ,平均ＧＤ 值为０－２２１。聚类分析表明,在ＧＤ 值０－２３ 水平上,４０ 个品种可聚为５ 类。一些随机引物对有些品种能进行特异性扩增。引物ＯＰＮ１４ 对小麦１ＢＳ 扩增能产生特异性ＤＮＡ 片段,能完全鉴定出４０ 个供试品种中的９ 个１ＢＬ／１ＲＳ小麦－ 黑麦易位系品种。据此认为,ＲＡＰＤ标记可以作为小麦品种鉴定的指纹图谱。     

豌豆品种(系)的RAPD分析

以１８个豌豆栽培品种及野生种材料为ＤＮＡ样品来源,采用７个１０碱基随机引物进行ＰＣＲ扩增。基因组ＤＮＡ的多态性,利用ＲＡＰＤ标记鉴定其品种间及品种内的遗传变异性。７个引物共扩增出６６位点,其中多态性位点５６个,占８４．８％。每个ＰＣＲ扩增产物分别以０和１记录存在与否。扩增产物间成对比较产生非相似性矩阵（Ｊａｃｃａｒｄ相似系数表）,此矩阵用于构建遗传相似性的树状系图谱（遗传树）。通过遗传树的构建将１０个Ｐ．ｓａｔｉｖｕｍ与８个Ｐ．ｆｕｌｖｕｍ群居为截然不同的两大组。     

栽培大豆品种间遗传关系的RAPD研究

选用８１种随机引物,利用ＲＡＰＤ技术对１３种栽培大豆品种的基因组ＤＮＡ多态性进行了分析,结果表明大多数的随机引物均得到了良好的ＰＣＲ扩增结果,显示出不同的栽培大豆品种之间基因组ＤＮＡ既有高度的同源性,又具有良好的多态性．通过Ｎｅｉ氏遗传共享度分析,使用ＵＰＧＭＡ（ｔｈｅｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄｐａｉｒｇｒｏｕｐｍｅｔｈｏｄｆｏｒａｒｉｔｈｍｅｔｉｃａｖｅｒａｇｅｓ）进行聚类分析,得到了ＵＰＧ－ＭＡ系统树和实验材料之间的遗传关系．     

Pot2在稻瘟病菌群体结构分析中的应用

利用稻瘟病菌的一段倒位重复序列Ｐｏｔ２设计的一对引物直接对稻瘟病菌的ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增。根据带型相似性大于８０％为度可将国际水稻所一个稻瘟病圃上的３１０个菌株划分６个宗亲群（ｌｉｎｅａｇｅ）。这些依分子标记划分的宗亲群与品种的遗传背景有密切关系,而且各宗亲群在水稻不同生育期有不同的波动方式。     

甘薯体细胞胚胎发生遗传变异的RAPD分析

以“郑红５”等６个甘薯品种为材料,通过离体培养诱导体细胞胚胎发生与植株再生。利用ＲＡＰＤ分子标记方法,在ＤＮＡ水平上分析甘薯品种间遗传差异以及体细胞胚胎无性系的遗传变异。筛选了４５个随机引物,其中７个引物ＰＣＲ扩增后在品种间和体细胞胚胎无性系中表现ＲＡＰＤ多态性,并在相应胚性愈伤组织中检测到少数ＲＡＰＤ变异位点。证明利用ＲＡＰＤ分子标记方法鉴定甘薯体细胞胚胎发生遗传变异的可行性,以及为通过离体培养     

RAPD标记在桃品种鉴定中的应用

以34个桃品种为试材利用100个随机引物进行PCR的结果，只在23个引物上获得了清晰而具有重复性的多态性DNA带．利用23个随机引物进行RAPD分析的结果共获得了122条多态性DNA带．供试的34个品种中，29个品种可由1个引物的1个或2个多态性DNA带(RAPD标记)与其他的品种相互区别．其中，上海水蜜桃等7个品种可由1个多态性DNA带与其他的品种相互区别，白桃、有明等22个品种可由2个多态性DNA带与其他的品种相互区别．本实验采用的23个引物中A12引物能区分12个桃品种，A17及B20引物各能区分5个品种，D15、C05及C083个引物各能区分3个品种．由此可认为这6个引物可以有效地利用于桃的品种鉴定上．     

栽培大豆品种间遗传关系的RAPD研究

选用８１种随机引物，利用ＲＡＰＤ技术对１３种栽培大豆品种的基因组ＤＮＡ多态性进行了分析，结果表明大多数的随机引物均得到了良好的ＰＣＲ扩增结果，显示出不同的栽培大豆品种之间基因组ＤＮＡ既有高度的同源性，又具有良好的多态性。通过Ｎｅｉ氏遗传共享度分析，使用ＵＰＧＭＡ（ｔｈｅ ｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄ ｐａｉｒ ｇｒｏｕｐ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒａｒｉｔｈｍｅｔｉｃ ａｖｅｒａｇｅｓ）进行聚类分析，得到了ＵＰ     

RAPD技术在金针菇菌株鉴别的应用

用２０个随机引起物对１６个不同来源的金针菇株进行了ＲＡＰＤ分析研究，结果表明：２０个随机引物中，有６个引物的扩增产物ＤＮＡ片段表现出明显的多态性，其中每个引物对不同菌株扩增出现的ＤＮＡ片段数目，少则没有，多达１１条，平均为５条，ＤＮＡ征段从０．４ｋｂ到３．３８ｋｇ；并且不同的引物扩增出的ＤＮＡ片段带谱不同，差异较大，这６个引物对１６个金针菇菌株共扩增出８４条ＤＮＡ片段带。采用系统聚类法中的类平均法     

水貂自咬症遗传病因的SCAR分子标记分析

以自咬和健康水貂作为研究对象,利用序列特异性扩增(SCAR)技术对其进行遗传分析,从分子水平探讨水貂自咬症的发病原因。首先从100个随机引物中筛选出10个重复性好的标记引物,对94只水貂群体进行随机扩增DNA(RAPD)标记检测。挑选出在健康组与患病组差异明显的A8引物,其仅可以在患病水貂组中扩增出500 bp左右的DNA片段,而在健康组中没有此特异片段。将该片段克隆、测序,根据测序结果设计特异PCR引物,转化为SCAR标记,回到原样本群体中扩增,验证。结果发现,MA8-500特异性条带在患病水貂群体的分布频率高达86.4%(38/44)以上,而在健康水貂群体中的分布频率仅为4.0%(2/50),因此可将其初步作为区分健康和患病水貂群体的分子遗传标记,为进一步研究水貂自咬症奠定基础。     

水貂自咬症SCAR标记的筛选

采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对健康和自咬水貂群体进行检测,并在此基础上进行了RAPD向序列特异性扩增(SCAR)标记的转化。从100个RAPD随机引物中筛选出5个重复性好的引物。通过对引物(A1)的扩增能够在两群体中找到差异标记(HA-400)和共有标记(SA-500),对其进行克隆、测序,并根据测序结果设计两对SCAR引物(SHA-400和SSA-500)。SHA-400和SSA-500在健康和自咬群体中均有扩增。其中,SHA-400在两个群体扩增频率分别为82.5%和22.5%,差异极显著(P0.001);SSA-500在两群体的扩增频率为87.5%和97.5%,差异不显著(P0.05)。结果表明:HA-400可初步作为区分健康和患病水貂群体的分子遗传标记。     

应用RAPD技术探讨红叶李、李和杏的亲缘关系

为了对红叶李Prunus cerasifera cv.Atropurpurea,李P.salicina和杏P.armeniaca的亲缘关系、品种识别及资源保存提供分子生物学依据,也为了验证传统的形态学分类方法,从132个随机引物中筛选出20个引物对红叶李、李和杏的8个材料进行了基因组DNA扩增,均具有多态性,共扩增出264条带,平均每个引物产生13.2个RAPD片段.RAPD带型及聚类分析表明:RAPD技术能将红叶李、李属植物和杏属植物完全分开,红叶李、李和杏之间表现出一定的亲缘关系,各属品种之间都有不同的遗传距离,证明RAPD技术可作为种和属水平的分类鉴定依据;利用红叶李、李和杏品种的特异谱带结合DNA指纹,可将参试的各品种鉴别出来,从而说明了RAPD技术能够用于种或品种之间的鉴定.图2表2参12     

应用RAPD 技术探讨红叶李、李和杏的亲缘关系

为了对红叶李Prunus cerasifera cv .Atropurpurea , 李P .salicina 和杏P .armeniaca 的亲缘关系、品种识别及资源保存提供分子生物学依据, 也为了验证传统的形态学分类方法,从132 个随机引物中筛选出20 个引物对红叶李、李和杏的8 个材料进行了基因组DNA 扩增,均具有多态性, 共扩增出264 条带, 平均每个引物产生13.2 个RAPD 片段。RAPD 带型及聚类分析表明:RAPD 技术能将红叶李、李属植物和杏属植物完全分开, 红叶李、李和杏之间表现出一定的亲缘关系, 各属品种之间都有不同的遗传距离, 证明RAPD 技术可作为种和属水平的分类鉴定依据;利用红叶李、李和杏品种的特异谱带结合DNA 指纹, 可将参试的各品种鉴别出来, 从而说明了RAPD 技术能够用于种或品种之间的鉴定。图2 表2 参12     

艳红桃芽变品系彩虹的RAPD分析

为进一步确认芽变性状的可遗传性,对桃品种艳红自然变异原株的变异枝(YC0)及其无性系第一代(YC1)、艳红自然变异原株的正常枝(YY)2个品种(系)3个样品进行了RAPD分析.结果表明:从20个引物中筛选出13个随机引物,其中,共扩增出条带110条,平均每个引物扩增8.5条,其中引物LC17扩增出多态性条带,可用作鉴定...     

兰属品种的RAPD鉴定和亲缘关系分析

用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,对兰属7个种的9个品种进行遗传多样性和亲缘关系分析。从60个随机引物中,筛选出6个对9个供试兰花品种均能产生多态性谱带的引物。在这6个引物所检测的64个位点中,61个位点为多态性位点,占总位点数的95.3%。聚类分析结果表明,不同兰花品种之间存在明显的遗传差异,而且根据RAPD标记进行的兰花品种聚类结果与传统的形态学分类结果基本一致,只是莲瓣兰与建兰组的分类地位有一些差异。     

圆鼻巨蜥遗传多样性的RAPD分析

[目的]采用RAPD技术对圆鼻巨蜥（Varanus salvator）进行遗传多样性分析。[方法]用20个随机引物对圆鼻巨蜥36个个体的基因组DNA进行PCR扩增。[结果]有10对引物能扩出清晰稳定的条带,共扩增出2952条DNA片段,平均每个个体扩增出82个条带,其中47条具多态性,多态性位点比为57.32%,36个个体间遗传距离为0.035 9~0.335 9,平均遗传距离为0.135 92。Nei s基因多样性指数H=0.181 9,Shannon s多样性指数I=0.263 0,表明圆鼻巨蜥具有较高的遗传多样性。[结论]采用UPGMA法构建了36个个体相互关系的分子聚类图,发现没有形成明显的种群分化。     

应用RAPD技术分析大蒜种质遗传特性和检测蒜种纯度的研究

报道了用RAPD技术鉴定大蒜种质遗传特性和蒜种纯度的研究结果。从 10 5个随机引物 (OperonNo 1～ 5 ,OPE1～ 2 0 ,OPF1～ 2 0 ,OPG1～ 2 0 ,OPH1～ 2 0 ,OPI1～ 2 0 )中筛选出 12个有鉴别作用的引物。用筛选出的引物与 80份来自澳大利亚、泰国和我国 17个省、市的大蒜种质进行RAPD测定。确立了大蒜PCR反应体系、条件和程序 ,制定了凝胶电泳操作规程。所得RAPD带谱具有良好的多态性和特异性。大蒜种质的RAPD带谱差异与其农艺学性状差异吻合。根据RAPD带谱分析了大蒜种质的遗传特性和亲疏关系 ,研究区分了同物异名、同名异物的大蒜种质 ,进行了蒜种纯度鉴定试验。试验证明 ,RAPD技术是鉴定大蒜种质遗传特性和蒜种纯度的有效技术之一     

丹顶鹤、灰鹤RAPD图谱的比较

通过筛选的 1 0个随机引物 ,利用 RAPD技术 ,对丹顶鹤及灰鹤的池 DN A进行了多态性研究。结果表明 :1 0个引物共产生条带 1 3 4个 ,扩增产物片段长度一般为 3 1 0 bp～ 2 .1 kb;利用的引物不同 ,鹤种间的特异性条带也不同 ,从而可以分析鹤种间的遗传差异。根据池 DN A多态性分析 ,两鹤种间的相似性指数为 0 .2 2 3。说明 RAPD技术可作为鹤类遗传结构分析的辅助手段之一     

观赏植物"孩儿莲"及其近缘植物的RAPD分析

[目的]了解八角属植物披针叶八角种内的遗传多样性和亲缘关系。[方法]以＂孩儿莲＂等13个植物类型为试验材料,以木莲、白玉兰、香樟为外类群对照进行RAPD分析。[结果]从35条随机引物中,筛选出多态性强、带型清晰、重复性好的随机引物20条,13个供试植物类型共扩增出154条DNA谱带,其中共有条带47条。利用NTSYSpc2.10e软件进行数据处理和分析,相似系数的变异在66.2%～90.3%。用UPGMA法进行聚类分析,可将13个供试植物类型划分为3个类群。[结论]＂孩儿莲＂等13个供试植物有较近的亲缘关系,其遗传差异与地理因素之间未见确定联系。