番茄斑萎病毒属病毒S RNA序列比对

从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间S RNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋白质序列、氨基酸含量和蛋白质二级结构之间的差异,发现差异不显著.     

番茄斑萎病毒属病毒SRNA序列比对

从生物信息数据库NCBI中搜索并下载最新有关番茄萎斑病毒属Tospovirus各种间SRNA片段全长序列以及该片段上NSs、N的核酸和蛋白质序列着手,运用DNAstar和DNAMAN以及NPSA等生物信息软件对其进行比对分析,结果发现,以NSs蛋白序列建立的系统进化树显示CCSV和TZSV之间的同源性为85.8%,IYSV和TYRV之间的同源性达90%,MYSV和PSMV间的同源性为97.5%;通过N蛋白序列分析显示,Tospovirus属中有7组同源性较高的种;在Tospovirus属病毒中非极性氨基酸含量最高,极性酸性氨基酸最少,比较TSWV中抗性破坏RB株系与普通株系在NSs、N核酸、蛋白质序列、氨基酸含量和蛋白质二级结构之间的差异,发现差异不显著.     

番茄斑萎病毒属ssRNA-M序列比对分析

番茄斑萎病毒属(Tospovirus)是布尼亚病毒科唯一的植物病毒属,在热带、亚热带以及温带地区引起许多作物和花卉严重病害的发生.该研究利用DNAstar、DNAman等软件对其RNA-M编码G1G2蛋白和NSm非结构蛋白的核酸和蛋白质序列进行分析,发现Tospovirus属病毒的G1G2蛋白和NSm非结构蛋白序列的长度和GC含量在不同病毒种间变异不大,同时得出序列比对图和一致性(Identity)的值、同源性(Homolog tree)的值和系统进化树(Phylogenetic tree)的值,并发现根据NSm蛋白质序列划分的2个相似性组与前人划分的血清组非常接近.     

濒危植物白桂木的遗传多样性研究

利用随机扩增多态DNA（RAPD）分子标记技术对濒危植物白桂木Artocarpus hypargyreus 5个天然种群进行遗传多样性分析。结果表明：白桂木种群具有较高的遗传多样性,总的多态位点频率为81.08%,平均Shannon指数为0.231 9,Nei指数为0.166 0,种群的遗传分化系数（G_ST）为0.737 8,基因流（N_m）为0.125 1。说明白桂木种群间的基因流受限严重,其遗传变异有73.78%存在于种群间,只有26.22%发生于种群内。图4表4参21     

A组轮状病毒研究动态

概述了有关Ａ组轮状病毒的病原特性,基因组结构,病毒蛋白,诊断,血清分型,基因工程等方面国内外研究情况,Ａ组轮状病毒属呼肠孤病毒科,是经起婴幼儿和多种幼龄动物严重胃肠炎的重要病原之一,基因组由１１个片段的双股ＲＮＡ组成,分别编码１１种病毒蛋白（６种结构蛋白和５种非结构蛋白）轮状病毒的诊断方法有多种,其中电镜法,酶联免疫吸附试验,核酸聚丙烯酰胺凝胶电泳等３种方法最为常用,轮状病毒有两套血清学分类系统,     

小麦黄花叶病毒编码VPg蛋白N端结构是VPg与核仁蛋白Fibrillarin互作区域

小麦黄花叶病毒（Wheat yellow mosaic virus,WYMV）属于马铃薯Y病毒科大麦黄花叶病毒属成员,其基因组是由两条正义单链RNA组成,共编码10个蛋白。其中,VPg（Viral protein genome\|linked）作为病毒末端结合蛋白,与病毒基因组RNA 5’端共价连接。利用软件分析WYMV VPg蛋白氨基酸序列发现其N端具有核定位信号（NLS）序列,C端具有核输出信号（NES）序列。通过激光共聚焦显微镜观察VPg与GFP融合蛋白在烟草细胞中的表达情况发现,GFP\|VPg主要定位于细胞核中。利用eYFP（n）标记核仁结构蛋白Fibrillarin与VPg进行双分子荧光互补实验发现,VPg与Fibrillarin互作且定位于细胞核中。根据VPg结构特点构建一系列缺失突变体与Fibrillarin的互作实验验证了它们之间的互作区域发生在N端NLS区域。     

纤细病毒属病毒的分子生物学研究进展

纤细病毒属（Ｔｅｎｕｉｖｉｒｕｓ）病毒粒体呈丝状,由核衣壳蛋白和基因组ＲＮＡ 组成．到目前为止,水稻条纹病毒基因组所有４个片段、水稻草状矮化病毒所有６个片段以及水稻白叶病毒和玉米条纹病毒除ＲＮＡ１外的其余片段的核苷酸序列已经测定．各成员所有ＲＮＡ 片段末端均具有共同的保守序列,并且两端互补配对形成锅柄结构．病毒基因组主要采取双义编码策略,但大部分可能编码蛋白的功能未知． ｍ ＲＮＡ 的转录可能采用了抓帽机制．纤细病毒属与白蛉热病毒属、番茄斑萎病毒属在基因组序列、结构和编码策略上的相似性表明,纤细病毒属可能归属于布尼安病毒科（Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ）．     

甘薯羽状斑驳病毒分子生物学研究概况

近些年来甘薯羽状斑驳病毒（SPFMV）分子生物学有了较深入的研究。如整个基因组的全序列、整个基因组作为一个可译框架（ORF）的某些精细结构和特点、各个功能蛋白的结构和功能（如蚜传机理）、基因组组分与其它马铃薯Y病毒属（PVY）成员的同源性比较、该病毒在PVY属病毒成员的分类地位等都有所涉及。了解这些为利用分子生物学手段对赢余中病毒进行鉴定、检测和加强抗SPFMV病毒基因工程的研究，开辟甘薯等抗病毒育种新途径具有重要意义。     

1个白草花叶病毒分离物的全基因组序列分析(英文)

从我国北方地区呈现花叶症状的白草上分离得到1个白草花叶病毒分离物(AY642590,PenMV-B),测定了其RNA的核苷酸全序列。结果发现,该病毒分离物的RNA基因组全长共9 611个核苷酸,5′-末端和3′-末端的非翻译区序列分别为172和241个核苷酸,中间为9 198个核苷酸的开放读框,编码3 065个氨基酸,分子量约为349 575 Da;其多聚蛋白P3/6K1处的E/H蛋白切割位点序列与Potyvirus属其他病毒均不相同,为该病毒所仅有。预期的Potyvirus属病毒的一些重要的、功能性保守基序特征都存在于该病毒的基因组序列中。Potyvirus属病毒多聚蛋白氨基酸序列的系统进化树分析表明,PenMV-B和MDMV,SrMV,SCMV有较近的亲缘关系。根据ICTV最新的马铃薯Y病毒属分类标准,进一步确定该病毒具有Potyvirus属SCMV亚组新成员的分类地位。对SCMV亚组病毒和分离物基因组各区域的多重序列比较结果表明,PenMV在进化过程中有可能发生了基因的重组和变异。     

规模猪场猪圆环病、蓝耳病和副猪嗜血杆菌病混合感染的综合控制措施

猪圆环病毒病（PCV）是圆环病毒科圆环病毒属成员，是迄今发现最小的动物DNA病毒，该病毒基因组为单股环状DNA，无囊膜，粒子呈20面体，对称，直径17～20nm。根据PCV的致病性、抗原性及核苷酸序列，PCV可分为PCVI（无致病性）和PCV2（有致病性）两种基因型。     

2014-2017年中国部分地区PEDV流行株S基因遗传进化分析

参考GenBank中PEDV经典CV777毒株基因组序列设计特异性引物,采用RT-PCR方法对临床采集的疑似PEDV样品进行S基因扩增、克隆和测序,拼接获得30条完整S基因序列,并进行遗传进化及同源性分析。结果显示,获得的30条PEDV S基因与25个参考株S基因的核苷酸相似性介于93.6%～99.8%;且各流行毒株与经典毒株比较,具有多处的点突变、插入和缺失。与其他参考株相比,S1区存在157个氨基酸突变位点,占总数的65.7%（157/239）,暗示PEDV的 S1区域比S2区域易发生变异;表明目前中国PEDV流行株已经发生了变异,在一定程度揭示了免疫猪群仍然发病的原因。     

马铃薯A病毒云南分离物外壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据马铃薯病毒A(Potato virusA,PVA)外壳蛋白(CP)基因序列设计合成的一对引物,以带病毒植株总RNA为模板,RT-PCR扩增得到长约800 bp的目的片段。将目的片段克隆至pGEM-T Easy载体并进行了序列测定,测得全长为807 bp的PVA CP基因。测序结果与PVA其他分离物CP基因序列比较,其氨基酸同源性最高可达98.5%。根据GenBank中PVA CP氨基酸序列建立了病毒的系统进化树并对PVA不同分离物CP氨基酸序列差异性进行了分析。     

番茄斑萎病毒属病毒的多样性*

 番茄斑萎病毒属（Tospovirus）病毒属于布尼亚病毒科（Bunyaviridae），是一类世界性分布的具有重要经济价值的植物病毒。到目前为止，该属已报道了至少28个Tospovirus病毒种或分离物，但少数分离物之间关系不清楚，甚至同种病毒的不同分离物被命名为两种不同的病毒。本文从种类、血清学、寄主范围、地理分布、传播介体以及核壳体蛋白基因（N）核甘酸序列及其推导的氨基酸序列的相似性等方面分析了所有分离物之间的关系，并通过N基因推导的氨基酸序列分析了Tospovirus病毒的遗传多样性，最后推测Tospovirus病毒起源于南亚及东南亚地区。     

A programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in adaptive bacterial immunity

Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/CRISPR-associated (Cas) systems provide bacteria and archaea with adaptive immunity against viruses and plasmids by using CRISPR RNAs (crRNAs) to guide the silencing of invading nucleic acids. We show here that in a subset of these systems, the mature crRNA that is base-paired to trans-activating crRNA (tracrRNA) forms a two-RNA structure that directs the CRISPR-associated protein Cas9 to introduce double-stranded (ds) breaks in target DNA. At sites complementary to the crRNA-guide sequence, the Cas9 HNH nuclease domain cleaves the complementary strand, whereas the Cas9 RuvC-like domain cleaves the noncomplementary strand. The dual-tracrRNA:crRNA, when engineered as a single RNA chimera, also directs sequence-specific Cas9 dsDNA cleavage. Our study reveals a family of endonucleases that use dual-RNAs for site-specific DNA cleavage and highlights the potential to exploit the system for RNA-programmable genome editing.     

绵羊NICD基因的克隆、真核表达及其序列分析

采用RT-PCR技术扩增绵羊Notch基因胞内段功能结构域(NICD),将其克隆到慢病毒表达载体中,在293T细胞中对其进行真核表达,通过Western blotting鉴定其蛋白表达,进一步对NICD核酸和氨基酸序列进行分析。结果表明,首次克隆获得绵羊NICD基因,该基因序列为2 388bp(GenBank登录号为KF318190.1),编码795个氨基酸,重组蛋白分子质量为110ku左右。序列分析结果显示,核酸序列与牛、马、人和小鼠的同源性分别为96%、90%、87%和83%,进化上与牛的关系最近;蛋白序列与牛、马、人和小鼠的同源性分别为96%、90%、87%和84%,预测二级结构可能存在26个α-螺旋、13个β-折叠、66个转角和64个无规则卷曲。     

基因组偏好影响细菌直系同源蛋白质组成

从KEGG数据库中获得69种细菌的139组直系同源蛋白质序列,对它们的氨基酸组成及全基因组GC%含量与氨基酸组成关系进行各种分析。结果表明：核酸组成偏好对直系同源蛋白质的组成有极显著影响;不同功能类型的直系同源蛋白质氨基酸组成均受核酸GC%含量影响,氨基酸的组成受到选择压力与突变压力的双重影响。同时还指出,亲缘关系近的物种之间具有比全基因组GC%含量相近的物种之间更相似的直系同源蛋白质氨基酸组成。研究结果对于今后在各种研究中使用直系同源序列进行各种生物信息等相关分析,选择合适的物种材料具有重要的指导意义。     

低温胁迫对黄瓜花叶病毒CMV-BG株系cp基因多态性的影响

研究了低温胁迫下黄瓜花叶病毒与三生烟互作后CMV cp基因序列的变化规律,并分析了植物RNA病毒的进化机制。用黄瓜花叶病毒北京甘蓝分离物(CMV-BG)侵染三生烟不同单株,置于不同温度条件下(常温和低温)培养30 d后,对CMV cp基因进行克隆、序列测定和多态性分析。结果表明,侵染低温组植物CMV的cp基因多态性(Pi=0.001 76)高于常温组(Pi=0.001 14),IFEL分析检测到低温组第48个氨基酸位点为正选择位点,初步表明低温胁迫有助于提高CMV-BG cp基因序列的多态性,温度胁迫是植物RNA病毒与宿主互作过程中基因序列变异的一种重要的作用力。     

马槟榔MBLⅡ基因重组及果实特异表达载体构建

根据马槟榔(MBLⅡ)甜蛋白核酸序列及相应氨基酸序列的结构及功能预测,采用基因重迭延伸技术在编码A链和B链的序列间插入连接多肽LP4/2A,对MBLⅡ基因进行亚克隆并构建重组体.结果表明:试验克隆全长乙烯应答果实特异性E8启动子,构建了含除草剂抗性基因bar的E8启动子驱动的重组MBLⅡ基因植物表达载体pCA-E8-M...     

禾谷孢囊线虫果胶酸裂解酶新基因Ha-pel-1的鉴定与表达特征分析

【目的】禾谷孢囊线虫(Heterodera avenae)是一种严重危害麦类作物的重要植物病原线虫,对农业生产造成巨大的经济损失,然而其致病机制和有效防控方法还有待进一步研究。通过克隆禾谷孢囊线虫的果胶酸裂解酶新基因Ha-pel-1,并对其表达特性进行分析,为后续探究Ha-pel-1的基因功能及其与寄主的互作提供理论依据,并为探讨禾谷孢囊线虫防控途径提供新思路。【方法】采用同源克隆结合RACE技术从禾谷孢囊线虫中克隆出一个新的果胶酸裂解酶基因;采用DNAMAN、Clustal、Signal P 4.0 Server和GSDS等相关生物信息学软件和在线工具分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,并使用MEGA 5.0构建系统进化树;采用原位杂交和半定量PCR方法确定该基因的在禾谷孢囊线虫中的表达部位及其在线虫不同龄期中的表达情况。【结果】从禾谷孢囊线虫中成功克隆出一个果胶酸裂解酶基因Ha-pel-1(Gen Bank登录号GQ998895),该基因c DNA全长1 717 bp,包含一个长度为1 563 bp的开放阅读框,编码一个长度为521个氨基酸残基的蛋白,其理论分子量为57.5 k D,理论等电点为8.52。从线虫基因组DNA中扩增获得长度为7 199 bp的Ha-pel-1基因组全长,基因结构显示分析发现,Ha-pel-1基因组包含14个外显子和13个内含子,除第3个内含子剪接位点是GC-AG外,其余12个内含子都符合真核生物基因剪接位点GT-AG规则。同源比对结果表明,预测蛋白Ha-PEL-1的C端与大豆孢囊线虫果胶酸裂解酶HG-PEL-1、甜菜孢囊线虫果胶酸裂解酶HS-PEL-1均有67%的一致性和83%的相似性;此外,其N端信号肽后比报道的其他植物寄生线虫果胶酸裂解酶多出一段长度为254个氨基酸残基的序列,这段序列中,靠近N端的184个氨基酸残基与数据库中的蛋白均无相似性,而靠近C端有70个氨基酸残基(Lys205—Glu274)与韦塞尔斯布朗病毒NS5蛋白(注册号3ELD)的甲基转移酶区域有32%的一致性和47%的相似性。氨基酸序列分析发现,预测蛋白Ha-PEL-1包含一个长度为20个氨基酸残基的信号肽和4个果胶酸裂解酶第3家族(PL3)的高度保守区域以及多个保守的半胱氨酸残基;系统进化分析发现,Ha-pel-1及其他已报道的线虫果胶酸裂解酶基因与细菌和真菌来源的PEL聚在一个大的分支中;原位杂交结果显示Ha-pel-1主要在禾谷孢囊线虫亚腹食道腺中表达;半定量RT-PCR确定Ha-pel-1在寄生前和寄生后的2龄幼虫中大量表达。【结论】通过对禾谷孢囊线虫中一个新果胶酸裂解酶基因Ha-pel-1的克隆和表达特征分析,揭示该基因与禾谷孢囊线虫的侵染和寄生过程密切相关。     

牦牛JHDM2A基因的克隆测序及其生物信息学分析

利用RT-PCR克隆技术对牦牛JHDM2A基因进行cDNA克隆测序,并用生物信息学软件分析该基因的编码区序列、蛋白结构及进化关系。结果表明:①牦牛JHDM2A基因cDNA序列大小为4 605bp,其中CDS区序列3 969bp,编码氨基酸1 323个。牦牛JHDM2A基因与人、小鼠、褐鼠、原鸡等物种该基因序列比对,一致性分别为90.3%、86.9%、86.3%、69.9%,在物种间具有较高的一致性。②牦牛的JHDM2A蛋白存在JMJC结构域,属于JMJD家族的一员,该蛋白是一种弱碱性、无跨膜结构的游离蛋白,不定位于细胞的任何部位,进化速度慢、保守性强。以上结果为进一步从分子水平上了解牦牛JHDM2A基因和JHDM2A蛋白的结构、功能提供了理论基础。