PCR-DGGE指纹技术与分离技术结合筛选藏灵菇奶发酵过程的优势菌

【目的】获得藏灵菇发酵奶发酵过程的优势菌，并开发出纯培养发酵剂替代藏灵菇进行这类新型发酵奶的工业化生产。【方法】将PCR-DGGE指纹技术和传统培养方法结合，对藏灵菇发酵奶中微生物种群结构进行研究。【结果】DGGE指纹图谱显示混合菌群中细菌有4条条带无对应的纯菌株，而纯菌株中有2株在混合菌群的图谱上没有相应的条带。通过对150株分离菌的PCR-DGGE指纹图谱分析，获得了8组乳酸菌和5组酵母菌，进一步的序列分析和相似性比较，确立了藏灵菇发酵奶中的优势菌为肠膜明串珠菌、乳酸乳球菌、开菲尔乳杆菌、干酪乳杆菌和克鲁维酵母，单孢酵母、啤酒酵母、假丝酵母发酵后期成为优势菌。【结论】本研究建立了一种基于分子生态的微生物高效筛选技术，为藏灵菇纯培养发酵剂的开发提供了理论依据及丰富的菌种资源。     

基于高通量测序技术的酿酒葡萄产区土壤微生物多样性

【目的】研究新疆4大酿酒葡萄产区土壤中的微生物群落结构及多样性,为构建新疆酿酒葡萄主产区的微生物菌库奠定基础。【方法】分别从新疆酿酒葡萄主产区采集土壤样品,提取总DNA,通过Illumina MiSeq高通量测序结合生物信息学分析,得到新疆酿酒葡萄主产区的土壤微生物群落结构及多样性。【结果】在12份土壤样品中,伊犁河谷土壤中细菌的群落多样性最高,天山北麓土壤中细菌群落多样性最低;吐哈盆地中真菌群落多样性最低,焉耆盆地中真菌的群落多样性最高。节杆菌属细菌和耐冷酵母属真菌是吐哈盆地和天山北麓葡萄园土壤中的优势菌属;芽单胞菌属细菌和刚毛四枝孢属真菌是伊犁河谷葡萄园土壤中的优势菌属;节杆菌属细菌和赤霉菌属真菌是焉耆盆地葡萄园土壤中的优势菌属。土壤pH值对细菌群落组成的影响最显著,Mn元素含量对真菌群落组成的影响最显著。【结论】揭示了新疆酿酒葡萄主产区土壤中细菌和真菌群落组成,新疆酿酒葡萄产区的微生物多样性存在差异。     

基于高通量测序的甜高粱青贮饲料中微生物群落分析

【目的】研究甜高粱青贮饲料的微生物多样性,为青贮饲料的生产和贮藏提供理论基础。【方法】以甜高粱青贮饲料为研究对象,利用高通量测序技术分析甜高粱青贮饲料中微生物群落结构和多样性,研究添加剂对甜高粱青贮饲料中微生物群落的影响。【结果】甜高粱青贮饲料中细菌优势菌门为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门、蓝细菌门、酸杆菌门,优势菌属主要为乳酸杆菌属、肠杆菌属、乳球菌属、棒状杆菌;真菌群落优势菌门为子囊菌门。【结论】不同处理的甜高粱青贮饲料之间微生物菌群组成相近,但相对丰度存在明显差异,青贮菌剂降低了甜高粱青贮饲料中微生物的相对丰度。     

家禽定点屠宰场不同屠宰环节鸡肉表面真菌结构分析

目前鸡肉表面的污染细菌研究较多,而对其表面的污染真菌结构的相关研究甚少,真菌中的酵母菌对于肉鸡的腐败变质有重要的相关性。为了解鸡肉表面污染真菌的结构特征,在浙江省选择1家禽定点屠宰场,于脱毛、净膛、预净、包装和冷藏5个环节各随机抽取5份鸡肉样品,用无菌生理盐水冲洗表面,采集微生物,提取基因组DNA,对真菌ITS区域的ITS2区域进行PCR扩增,高通量测序分析。结果表明,不同屠宰环节鸡肉表面真菌的丰度无显著性差异。屠宰场鸡肉表面真菌主要分布于4个门,优势菌门为担子菌门和子囊菌门,其中担子菌门最丰富,占69%以上。在属的水平上,毛孢子菌属为优势菌属,占63.6%~72.8%。此外,还有病原真菌隐球菌属和曲霉属及腐败酵母假丝酵母属等的检出。本研究为了解定点屠宰场不同屠宰环节鸡肉表面的真菌提供了数据资料,对保障鸡肉的食用安全及改善屠宰场的卫生水平提供依据。     

藏灵菇中有益微生物的分离与鉴定

从藏灵菇样品中分离出5株乳酸菌、3株醋酸菌和2株酵母菌.依据其形态、培养特征、部分生理学特性及细菌16S rRNA序列比对的结果,初步鉴定5株乳酸菌分属于乳杆菌属、乳球菌属和明串珠菌属;3株醋酸菌为醋杆菌属中3个不同种;2株酵母菌分属于酒香酵母属和克鲁维酵母属.     

基于高通量测序分析间作猫豆对甘蔗根际土壤微生物的影响

【目的】探究甘蔗间作猫豆对甘蔗根际土壤微生物多样性的影响,为改善甘蔗根际土壤微生物群落结构及促进甘蔗生长提供理论参考。【方法】采用单因素试验设计,分析单作甘蔗（CK）和甘蔗间作猫豆（T处理）2种种植方式对甘蔗根际土壤养分的影响,并采用Illumina HiSeq高通量测序技术,在门和属水平上分析甘蔗根际土壤微生物群落结构,在种水平进行主成分（PCA）分析。【结果】T处理的根际土壤中全氮、全钾、水解性氮、有效磷和有机质含量均大于CK。T处理的根际土壤中细菌的丰富度和多样性高于真菌的丰富度和多样性;T处理的根际土壤中细菌丰富度高于CK,但差异不显著（P> 0.05,下同）,其多样性显著高于CK（P< 0.05,下同）;T处理的根际土壤中真菌的丰富度和多样性均显著高于CK。CK和T处理土壤样品的主要优势细菌门为变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）和酸杆菌门（Acidobacteria）,其相对丰度均大于10.00%,优势细菌属分别为水恒杆菌属（Mizugakiibacter）、游动四孢属（Luedemannella）、乳杆菌属（Acidothermus）和布氏杆菌属（Bryobacte）,但T处理根际土壤样品中水恒杆菌属、游动四孢属和乳杆菌属的相对丰度分别较CK下降2.47%、1.78%和0.68%,其他细菌属分别增加0.10%～0.86%。CK和T处理根际土壤中优势真菌门为子囊菌门（Ascomycota）,分别为80.00%和92.00%,其次是担子菌门（Basidiomycota）,分别为8.00%和6.00%,排名前3的优势真菌属均为戴氏霉属（Taifanglania）、毛壳属（Chaetomium）和镰刀菌属（Fusarium）。CK和T处理的6份根际土壤样品在种水平上的主成分（PCA）分析结果显示,细菌群落PC1的变异为29.37%,PC2的变异为20.26%,二者的总贡献率为49.63%;真菌群落PC1的变异为33.44%,PC2的变异为27.73%,二者的总贡献率为56.17%。CK与T处理的细菌群落分别属于不同象限,CK位于第1和第3象限,而T处理位于第2和第4象限。【结论】甘蔗间作猫豆可改善甘蔗根际的土壤养分状况,改变甘蔗根际微生物的群落结构,提高细菌和真菌的丰富度和多样性,但未影响优势菌门的排序。     

福建特色茶叶中细菌群落结构及多样性研究

【目的】探明福建特色茶叶中的细菌群落结构特征,以及细菌群落结构在不同种类茶叶间的分布情况。【方法】采集福建特色茶叶大红袍、铁观音、花茶共15组样品,通过16S rRNA高通量测序,对不同种类茶叶中细菌的群落结构进行解析。【结果】经过高通量测序以及统计分析,最终共获得11 472个OTU,包括37个门,95个纲,150个目,207个科,277个属。比较3种茶叶,发现大红袍在物种丰度上要高于铁观音与花茶,花茶的物种多样性要高于大红袍与铁观音,且同为乌龙茶的大红袍与铁观音在细菌群落结构上更为相似。在属水平上,10组大红袍样本中共有的优势属为乳球菌属、双歧杆菌属及拟杆菌属,2组花茶样本中共有的优势属为拟杆菌属,3组铁观音中共有的优势菌属为乳球菌属与双歧杆菌属。其中,丰度前10的优势属中有5个为乳酸菌。通过共现网络分析,表明乳酸菌与其显著相关的大部分物种呈互利生长的关系。【结论】大红袍与铁观音的优势菌纲为芽孢杆菌纲和放线菌纲,花茶的优势菌纲为梭状芽胞杆菌纲与拟杆菌纲。比较3种茶叶的细菌群落结构,发现茶叶种类可能是影响细菌群落结构变化的重要因素之一,且乳酸菌在3种茶叶中均为主要优势细菌。     

PCR-DGGE分析玉溪地区水果泡菜中细菌多样性

【目的】结合自然发酵生产泡菜的原理,分析云南传统水果泡菜的细菌群落组成和结构多样性,探索泡菜发酵过程中的微生物机制。【方法】采用PCR-DGGE和构建16S rRNA基因文库的方法,对从玉溪市场购买的萝卜、黄瓜、梨3种泡菜样品中细菌群落结构进行研究。【结果】玉溪地区自然发酵泡菜中的细菌种类比较丰富,由于不同水果泡菜的营养基质和附着在蔬菜表面及内在的细菌群落结构不同,导致细菌种类在不同泡水果中所占的相对丰度有较大差异。乳酸菌属(Lactobacillus sp.)在泡水果中并非优势种群,但丘状乳杆菌(Lactobacillus collinoides)在发酵中发挥着重要的作用。此外,在散称泡菜液中检测出部分致病菌,主要为肠球菌属(Enterococcus sp.)、葡萄球菌属(Staphylococcus sp.)和不动杆菌属(Acinetobacter sp.),推测市场上散称泡菜容易滋生致病菌,可能存在一定安全风险。【结论】PCR-DGGE技术能够高效、精确地检测到水果泡菜的细菌多样性。泡菜微生物的组成是指示泡菜安全性的一个重要指标。     

基于16S rDNA-DGGE技术的真空包装鲢鱼片腐败菌群研究

【目的】对真空和非真空包装不同温度贮藏的鲢鱼片的腐败菌群进行研究,为真空包装冷藏鲢鱼片腐败菌群及货架期的确定提供参考。【方法】应用16SrDNA V3区变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析方法,研究不同温度(4,10,20℃)条件下,真空和非真空包装鲢鱼片的腐败菌群。【结果】鲢鱼片贮藏终点的微生物具有多样性,真空包装鲢鱼片的主要腐败菌为少食嗜酵母菌(Zymophilus paucivorans)、假单胞菌属(Pseudomonas)细菌、梭状芽孢杆菌(Clostridium frigidicarnis)、乳杆菌(Lactobacillus oligofermentans);不同温度下假单胞菌属细菌、漫游球菌(Vagococcus sp.)和莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)为优势菌;Pseudomonas sp.为鲢鱼片特征腐败优势菌。在4℃条件下,真空包装对一部分细菌起到抑制作用,鲢鱼片腐败菌群由少食嗜酵母菌、假单胞菌、梭状芽孢杆菌、威尔氏菌属(Weissella sp.)和乳杆菌构成。【结论】16SrDNA-DGGE技术可以有效揭示真空包装冷藏鲢鱼片腐败菌群结构。4℃冷藏和真空包装相结合可改变鲢鱼片菌群结构,同时抑制部分腐败菌,达到延长货架期的目的。     

榨菜低盐腌制细菌群落多样性的分析

【目的】揭示在低盐浓度条件下榨菜不同盐度腌制体系细菌种群分布及优势菌变化规律,为进一步确定微生物类型与榨菜腌制质量品质之间的相关性提供微生物学基础。【方法】采用16S rDNA基因克隆文库及克隆子分析方法,对5%和7%盐度条件下榨菜腌制体系的微生物多样性、优势种群及其变化规律进行分析。【结果】5%盐度腌制体系的中前期优势种群为乳杆菌属(Lactobacillus)、明串珠菌属(Leuconostoc)和魏斯氏菌属(Weissella);7%盐度腌制体系的中前期优势乳酸菌为希腊魏斯氏菌（Weissella hellenica）;腌制后期,起主导作用的种群均变成了植物乳杆菌(Lactobacillus plantarum)。在5%盐度腌制条件下pH下降较快,在第10天最低达3.79;而7%盐度条件下,pH变化相对较慢在第20天达最低为4.49,相对应其乳酸菌数量前者生长较快,在第10天达到3.22×108 CFU/mL,而在7%盐度条件下乳酸菌数量减少相差近100倍;经腌制3个月的半成品其硝酸盐和亚硝酸盐含量分别在320 mg•kg-1和2.9 mg•kg-1。【结论】 采用16S rDNA克隆文库法可检测榨菜低盐腌制过程微生物多样性。低盐条件下腌制pH始终呈下降趋势最后稳定在3.9-4.0;5%盐度腌制较适合乳酸菌的生长,其早期优势菌主要有乳杆菌属、明串珠菌属和魏斯氏菌属;7%盐度时腌制前期优势菌种为希腊魏斯氏菌;最后起主导作用的种群均为植物乳杆菌。低盐腌制后硝酸盐和亚硝酸盐含量显著低于传统高盐腌制工艺,其它无显著差异。     

三七种植前后土壤营养、酶活性与微生物群落结构的变化研究

【目的】明确三七连作对土壤养分、酶活性及微生物群落结构的影响,为克服三七连作障碍提供有效的策略。【方法】结合高通量测序技术,分析种植年限的延长对三七根际土壤真菌群落、细菌群落影响的相关性。【结果】随着种植年限的延长,土壤pH值、有机质、全钾、速效磷、速效钾含量上升,而全氮、全磷、碱解氮含量下降;土壤酶活性除碱性磷酸酶变化不大外,脲酶、蔗糖酶、多酚氧化酶均明显下降。高通量测序表明,三七种植前后土壤在科水平上检测分类出占比较高的真菌15类、细菌16类,其中,对照土壤中真菌主要以Hygrocybe为优势菌种,占比为55.17%;种植三七后土壤中真菌占比降至0.37%,Fusarium为优势菌种,占比为8.31%,其百分比含量增加32倍;种植三七后土壤中的细菌群落组成与种群密度变化明显,Pseudomonas、Streptomyces等生防细菌随着三七种植年限的延长呈下降趋势。【结论】随着三七种植年限的延长,土壤微生物的多样性总体呈上升趋势,土壤酶活性下降,土壤营养失调。     

应用高通量测序分析云南昭通不同栽培模式苹果园根际土壤微生物种群

【目的】探明云南昭通苹果栽培模式与根际土壤微生物菌群的关系。【方法】以云南昭通苹果主产区不同栽培和管理程度的苹果果园根际土壤为研究对象,测定土壤理化性质,应用高通量测序技术,测定土壤微生物16SrDNA、ITS序列,并分析微生物多样性。【结果】精品果园和普通果园根际土壤中的有机质、硝态氮、铵态氮、有效磷、速效钾、蔗糖酶、纤维素酶、脲酶的含量高于粗放果园,而碱性磷酸酶和过氧化氢酶的含量低于粗放果园。普通果园与精品果园根际土壤高频检测出的细菌属菌群亲缘关系比较接近,而与粗放果园高频检测出的细菌属菌群亲缘关系较远。三类果园根际土壤高频检出的真菌属的种群与果园类型相关,精品果园真菌属种亲缘关系更远。【结论】在三类果园根际土壤中明确存在有益微生物、有害微生物、中性微生物与未知微生物。不同栽培模式影响根际土壤微生物种群,从而影响苹果的生长。     

基于高通量测序技术的香格里拉葡萄酒产区根际微生物多样性研究

【目的】明确香格里拉地区不同区域葡萄根际土壤微生物群落多样性,为香格里拉产区葡萄根际微生物资源的筛选和利用提供理论依据。【方法】采集香格里拉地区4个不同葡萄园中葡萄根际土壤,提取土壤微生物总DNA,应用Illumina Miseq高通量测序技术分析根际土壤微生物多样性。【结果】根际土壤微生物高通量测序分析结果表明:根际真菌的测定可以将其归类到6门131属,其中子囊菌门和担子菌门为优势菌;根际细菌的测定可以将其归类到50门467属,其中变形菌门、放线菌门和酸杆菌门是优势类群。不同海拔葡萄园的土壤样品中真菌相对丰度较高的为镰刀菌属(Fusarium)、Laetisaria、生赤壳属(Bionectria)、和Archaeorhizomyces,细菌相对丰度较高的为红游动菌属(Rhodoplanes)、拟杆菌属(Bacteroides)、硝化螺旋菌属(Nitrospira)和Steroidobacter。不同葡萄园间根际土壤菌群丰度存在差异,达日葡萄园土样中真菌的丰度增加明显,包括镰刀菌属(Fusarium)、生赤壳属(Bionectria)、毛壳菌属(Chaetomium)、白赤壳属(Haematonectria)、丝核菌属(Rhizoctonia)和拟青霉属(Paecilomyces);奔子栏葡萄园土样中细菌的丰度增加明显,包括拟杆菌属(Bacteroides)、红球菌属(Rhodococcus)、席藻属(Phormidium)、Blautia、德沃斯氏菌属(Devosia)和芽孢杆菌属(Bacillus)。冗余分析结果表明:土壤的电导率、有机质含量、碱解氮和速效钾对根际细菌群落组成影响较大,而速效磷和pH值影响不明显。【结论】香格里拉产区葡萄根际微生物多样性丰富,其中达日葡萄园土样中真菌丰度明显增加的种类较多,奔子栏葡萄园土样中细菌的丰度增加明显。不同区域根际细菌群落受土壤的电导率、有机质含量、碱解氮和速效钾含量影响较大。香格里拉产区葡萄园根际微生物多样性的研究为利用和开发产区特色微生物提供了理论依据。     

北京西山国家森林公园古油松根际微生物多样性分析

【目的】挖掘古油松根际优势的细菌与真菌群落,为筛选油松根际优势的微生物提供理论依据。【方法】采集北京市西山公园内不同树龄的油松根际土壤样品,利用宏扩增子技术对真菌菌群(ITS)和细菌菌群(16S rRNA)的组成和分布进行分析。【结果】油松根际的优势细菌门为变形菌门、酸杆菌门、放线菌门以及绿湾菌门;优势真菌门为子囊菌门、担子菌门以及被孢菌门。古油松与壮龄油松根际共同的优势细菌属：包括假单胞菌属、肠杆菌属、Vicinamibacteraceae属、Dongia属和嗜铜菌属。古油松根际中其他优势菌属分别为科萨克氏菌属、气单胞菌属和Rokubacteriales属;在壮龄油松根际中其他优势菌属分别为克雷伯菌属、贪噬菌属、鞘氨醇单胞菌属。古油松与壮龄油松共有的根际优势真菌属分别为Lophiostoma属、被孢霉属、镰刀菌属、Solicoccozyma属、Ilyonectria属。古油松根际中其他优势真菌属分别为绒毛菌属、Geopora属、马鞍菌属、Inocybe属和柱孢菌属;在壮龄油松根际中其他优势真菌属分别为蜡质菌属、Tassonia属、周刺座霉属、Plectosphaerella属和块菌属...     

云南不同地理种群草地贪夜蛾肠道可培养细菌多样性分析

【目的】明确云南不同地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道可培养细菌群落组成及种群间的差异,为草地贪夜蛾肠道细菌多样性及其生物学功能研究提供科学依据,并为解析草地贪夜蛾的环境适应机理打下基础。【方法】采用分离培养法对云南省普洱市澜沧、保山市隆阳、昆明市石林、红河州开远4个不同地理种群的草地贪夜蛾幼虫肠道细菌进行分离培养,结合形态学及16S rDNA测序方法进行细菌种类鉴定。【结果】从云南4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道中共分离获得27株形态、颜色和大小各异的细菌菌株,27株细菌菌株分属4门9科12属19种,优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),优势菌属为厚壁菌门肠球菌属(Enterococcus)。其中,澜沧、石林、开远和保山种群分别分离到3门4科6属8种共9株细菌、3门5科6属6种共6株细菌、2门3科4属5种共5株细菌和3门6科6属6种共7株细菌;4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道内均存在肠球菌属和克雷伯氏菌属(Klebsiella)细菌;4个地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道细菌的丰富度指数、Shannon指数、Simpson指数和均匀度指数分别为0.705~1.277、0.969~1.381、0.615~0.635及0.602~0.753。【结论】云南4个不同地理种群草地贪夜蛾幼虫肠道内可培养细菌较丰富,不同地理种群肠道细菌多样性存在差异,但优势菌均为厚壁菌门的肠球菌属细菌,肠球菌属细菌对草地贪夜蛾肠道细菌群落起着决定作用。     

基于高通量分析泰山白首乌根际土壤细菌群落结构

【目的】了解泰山白首乌根际土壤微生物群落结构和组成,为充分利用根际微生物资源,优选根 际促生菌、提高仿野生种植技术提供理论依据及科学支撑。【方法】采用 Illumina MiSeq 高通量测序技术,分析 测定 3 个产地 2 个根茎深度的泰山白首乌根际土壤细菌群落的丰富度和多样性。【结果】测序结果显示,6 个泰 山白首乌根际土壤样品共得到细菌 5 404 个 OTUs,分属于 22 门 63 纲 98 目 170 科 274 属,其中样品 LW20 的优 势菌门为酸杆菌门 Acidobacteria,相对丰度为 24.76%;样品 LW10、LX10、LX20、CQ10、CQ20 的优势菌门均 为变形菌门 Proteobacteria,相对丰度分别为 57.89%、46.00%、38.22%、27.29%、31.05%;样品 LW10 的优势属 为假单胞菌属 Pseudomonas,相对丰度为 22.35%;样品 LW20 的优势属为 Spartobacteria-genera-incertae-sedis, 相对丰度为 21.37%;样品 LX10 的优势属为土壤红杆菌属 Solirubrobacter,相对丰度为 5.57%;样品 LX20 的优 势属为鞘氨醇单胞菌属 Sphingomonas,相对丰度为 4.31%;样品 CQ10 的优势属为 norank-Acidobacteria-Gp4, 相对丰度为 9.58%;样品 CQ20 的优势属为 Streptophyta,相对丰度为 9.02%。【结论】综合比较,样品 CQ10 的 细菌群落丰度和多样性最高,Chao 和 Ace 指数分别为 1 150.41 和 1 102.51;样品 LX10 的细菌群落分布最均匀, Shannoneven 指数为 0.8315;随着地下根茎深度加深,细菌微生物群落的丰度和多样性降低,不同产地和根茎深 度样品间土壤细菌群落存在显著差异性。     

菠萝果肉保鲜贮藏期微生物种类调查及鉴定

【目的】检测4℃保鲜贮藏7 d的菠萝果肉所感染的微生物种类和数量,为人们安全食用菠萝果肉提供参考。【方法】按照固体食品微生物检验检测方法,对经稳定态Cl2O2溶液浸泡杀菌处理,并于4℃保鲜贮藏7 d的菠萝果肉进行微生物数量及种类调查,采用传统形态学、生理生化特征测定以及ITS序列分析方法,对主要污染菌株进行分类地位确定。【结果】贮藏期间菠萝果肉主要感染的菌种为酵母菌,带菌量为3.44×107cfu/g;霉菌较少,仅有1.0×103cfu/g;没有检测到细菌。检测到的酵母菌M5-1和M5-3为红酵母属胶红酵母菌(Rhodotorula mucilagino-sa);M5-4为孢汉逊酵母属孢汉逊酵母菌(Hanseniaspora uvarum),P5-3可能是该种的另一小种;M5-1、M5-3、M5-4、P5-3的带菌量分别为4.0×105,1.6×106,1.9×107,1.34×107cfu/g。【结论】4℃保鲜贮藏7 d后,菠萝果肉所感染的胶红酵母菌对人类健康有一定威胁,建议菠萝果肉不要贮藏食用。     

西藏酥油地方标准微生物指标的初步探讨

通过对220份西藏酥油样品金黄色葡萄球菌和真菌进行检测分析,发现西藏酥油金黄色葡萄球菌检出率为100%,真菌检出率为94.3%,超标率为73.2%,主要真菌种类为有益酵母茵,起腐败作用的只有白地霉1种。西藏酥油地方卫生微生物现行标准DB54/001-2004中存在对霉菌表述与检测方法不一致,对金黄色葡萄球菌检出规定不能真实反映西藏酥油卫生质量现状的问题。建议地方标准修改对霉菌的表述,完善对霉菌的检测方法后再做限量;对金黄色葡萄球菌的规定应结合当地酥油卫生质量现状修改"不得检出"为限量规定。     

卵孢长根菇不同生长期覆土层微生物群落结构多样性分析

【目的】探究卵孢长根菇不同生长期覆土层微生物群落结构多样性及木霉病害对微生物群落的影响,为长根菇的高产稳产提供理论依据。【方法】采用Illumina高通量测序技术,研究长根菇不同生长阶段(覆土时、现蕾期、采收期、发病期、转潮期)覆土层微生物群落结构组成及其多样性,并利用冗余分析技术分析研究微生物菌群与土壤理化因子的相关性。【结果】从覆土样品中共获得操作分类单元(OTUs)4581个,细菌和真菌OTUs分别为3650个和931个。不同生长阶段土壤的细菌优势菌群存在较大差异,覆土时和采收期的最优势属为广义伯克霍尔德氏菌属(Burkholderia),现蕾期、发病期、转潮期的最优势属的分别为罗尔斯通氏菌属(Ralstonia)、西地西菌属(Cedecea)和噬几丁质菌属(Chitinophaga)。覆工至采收的前3个生长期的最优势真菌属为镰刀菌属(Fusarium),其余生长期则为木霉属(Trichoderma)。木霉病害发病期土壤层微生物菌群结构发生较大变化,微生物数量和丰度均低于其他期;采收期土壤的细菌多样性最高,转潮期真菌多样性最高。冗余分析结果表明,覆土层中速效氮和速效钾与细菌在属水平上有显著正相关(P<0.05,下同);有效磷与真菌属水平菌群显著正相关。土壤有机质与覆土时土壤微生物群落呈正相关;速效氮、有效磷、速效钾和pH则与转潮期土壤微生物群落呈正相关。【结论】不同生长阶段覆土层土壤真菌物种数量在采收期达最大值,细菌物种数量则随着长根菇的生长而不断下降。木霉病害的发生对土壤微生物种类和丰度均有显著抑制作用,同时大量消耗土壤的营养元素,降低pH。     

甘蓝尾菜与干水稻秸秆混贮的发酵品质

【目的】研究甘蓝尾菜与干水稻(Oryza sativa L.)秸秆混贮发酵过程中理化指标、微生物群落变化,并分析二者之间的相关性,旨在为甘蓝尾菜和干水稻秸秆饲料化利用提供参考。【方法】将甘蓝(Brassica oleracea L.)尾菜与干水稻秸秆在30 ℃条件下混合贮存30 d,分别在发酵的第0,3,7,15,30天取样,分析样品的发酵品质、营养成分,利用Illumina Miseq高通量测序研究发酵过程中微生物菌群结构,使用Mothur 1.30.2分析细菌和真菌的Alpha多样性指数（Coverage指数、Shannon指数、Chao1指数）,结合BugBase和FUNGuild数据库分析细菌和真菌群落的表型功能,再利用共现性网络、冗余分析（RDA）分别研究菌群互作以及理化指标与优势物种相关性。【结果】与发酵前相比,甘蓝尾菜与干水稻秸秆混贮发酵结束后pH、干物质（DM）含量、水溶性碳水化合物（WSC）含量显著下降（P<0.05）,有机酸（乳酸、乙酸、丁酸）和乙醇显著积累（P<0.05）,其中铵态氮含量在贮存结束时低于10%,pH降低到4.0;粗脂肪（CF）、粗蛋白（CP）、酸性洗涤纤维素（ADF）含量无显著变化（P>0.05）,中性洗涤纤维素（NDF）含量显著上升（P<0.05）。细菌和真菌群落的Coverage指数为0.99~1.00;细菌群落的Shannon指数、Chao1指数于发酵第3 天之后均显著下降（P<0.05）,真菌群落的Shannon指数和Chao1指数无显著变化（P>0.05）。发酵过程中,优势细菌（相对丰度（RA）>5%）由初始的非理想菌群转变为乳酸菌和肠杆菌类,真菌群落中致病型菌群相对丰度显著下降（P<0.05）。9种细菌表型和12种真菌表型被注释,其中需氧型(aerobic)、形成生物膜(forms biofilms)、革兰氏阴性(gram negative)、潜在致病型(potentially pathogenic)细菌和动物致病型(animal pathogenic)真菌相对丰度均显著下降（P<0.05）,在30 d时相对丰度分别为8.0%,31.5%,31.8%,31.3%,15.46%。基于物种属水平相对丰度构建的微生物共现性网络由38个点（代表细菌属或真菌属）和91条无向的边（代表相连细菌属或真菌属之间的相关性）组成。与发酵前相比,乳酸菌（片球菌属Pediococcus、肠球菌属Enterococcus、乳杆菌属Lactobacillus、未分类的乳杆菌科unclassified_f__Lactobacillacea）和腐生型真菌（节担菌属Wallemia和unclassified_f__Dipodascaceae）作为关键物种抑制了病原菌富集;片球菌属Pediococcus、unclassified_f__Dipodascaceae是甘蓝尾菜和干水稻秸秆混贮发酵过程中改善青贮品质的关键物种。RDA结果显示,pH、WSC、CF是影响微生物优势物种演替的关键理化因子,其中pH、WSC与优势物种镰孢菌属、曲霉属、泛菌属、肠杆菌属呈正相关关系,与片球菌属、未分类的肠杆菌科呈负相关关系;CF与优势物种肠球菌属、节担菌属呈负相关关系。【结论】甘蓝尾菜与干水稻秸秆混贮发酵过程中,干物质含量被有效保存,真菌优势物种显著富集,有效抑制了病原菌菌群的积累,可知混贮发酵是资源化处理甘蓝尾菜与干水稻秸秆的有效方式。