长白山天池水可培养细菌的16S rRNA鉴定

为了解长白山天池水中细菌的种类及多样性,用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基从长白山天池水样品中分离出25株细菌菌株,对其进行16S rRNA基因序列的系统发育分析及形态观察,结果得到9种具有代表性的菌株,9株细菌在系统发育上与芽孢杆菌属(Bacillus sp.)及厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)关系密切,其中芽孢杆菌属为分离获得的优势菌属.     

乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成

[目的]了解乌鲁木齐10号冷泉水中可培养细菌群落结构组成,以及嗜盐微生物的分离鉴定.[方法]梯度稀释乌鲁木齐10号冷泉水,采用TSA、2A、0.1 ×LB、HM等4种培养基进行分离纯化.其中采用0.1;、0.5;、1;、2;、5;和10; NaCl的HM培养基分离嗜盐微生物.CTAB法提取所得菌株DNA,用细菌通用引物27F/1492R扩增16SrRNA基因,构建系统发育树.[结果]分离得到33株不同基因型细菌,16SrRNA测序、BLAST比对及系统发育分析将其归为假单胞菌属、金黄杆菌属、红杆菌属、芽孢杆菌属等,其中假单胞菌属占优势.R2A培养基分离效果较好,HM培养基在NaCl 5;～20;区间分离到的菌株数较多.[结论]乌鲁木齐10号冷泉水可培养细菌多样性较低,而中度嗜盐菌数量较丰富.     

基于结冷胶培养基的乌梁素海水体中可培养细菌的多样性研究

分别采用琼脂和结冷胶作为培养基的固体支撑物,用培养和分子相结合的方法研究乌梁素海水体中可培养细菌的多样性。对比发现在以结冷胶作为固体支撑物的培养基上生长的细菌总数约为传统琼脂培养基的3倍,此外菌落的形态、颜色等,也有很明显的不同。在结冷胶培养基上共分离得到41株纯培养物,测定其16S rDNA部分序列并据此进行分析,表明这些菌株分别属于β-Proteobacteria(48.8%)、Actinobacteria(19.5%)、γ-Proteobacteria(9.8%)、α-Proteobacteria(7.3%)、Deinococcus-Thermus(7.3%)以及Firmicutes(7.3%)。其中,与嗜氢菌属(Hydrogenophaga)发育系统关系密切的细菌为优势属。     

湘南脐橙柑橘黄龙病的PCR检测及内生细菌的分离

为确保湘南脐橙产业发展安全,严格防控柑橘黄龙病,从湘南地区几个脐橙种植园采集柑橘黄龙病疑似病株样品和健康植株样品,利用文献报道的柑橘黄龙病PCR检测常用引物对样品进行分子检测,并从病株组织中分离内生细菌进行分析鉴定。结果表明:在柑橘黄龙病的常规PCR检测中,湘南脐橙总核酸对P400引物的灵敏度最高,是湘南地区脐橙中柑橘黄龙病害常规PCR检测的最佳引物,其次为P535引物,而OI和16S这2对引物的灵敏度较低;对脐橙中柑橘黄龙病病株组织内生细菌的分离鉴定发现,柑橘中可培养内生细菌主要归类为7个属,分别为短杆菌属(Curtobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、异常球菌属(Deinococcus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、微杆菌属(Microbacterium)、芽孢杆菌属(Bacillus);其中,LB和1/10LB培养基中的优势菌属为短杆菌属、鞘氨醇单胞菌属和芽孢杆菌属;而脐橙树叶汁培养基中的优势菌属为短杆菌属、鞘氨醇单胞菌属和微杆菌属。     

新疆Kiyik废弃古河道天然胡杨林地可培养细菌的多样性研究

[目的]研究新疆塔里木河中游的Kiyik废弃古河道天然胡杨林地可培养细菌群落结构和多样性.[方法]从Kiyik废弃古河道胡杨林两个采样点(采样点Ⅰ,采样点Ⅱ)采集样品,采用LB、TSA和YPG等3种不同培养基分离纯化细菌,并对它们进行16 S rDNA测定和系统进化分析.[结果]108株菌来自于采样点Ⅰ,85株菌来自于采样点Ⅱ,共分离纯化了不同表型的193株菌.16 S rDNA序列分析结果表明193株菌分别属于5个大类群:厚壁菌门(Firmicutes)占59.6;,γ-变形菌纲(Gamma-proteobacteria)占29.5;,放线菌门(Actinobacteria)占7.3;,β-变形菌纲(Beta-proteobacteria)占2.6;,α-变形菌纲(Alpha-proteobacteria)占1.6;,26个属,62个种.其中有34株菌的16 S rDNA相似率＜98.0;,分别属于11个属的25个物种,是胡杨林本源的潜在新菌种.假单孢菌属(Pseudomonas,34.3;)是采样点Ⅰ中分离到的优势细菌属,而采样点Ⅱ的优势细菌属为芽孢杆菌属(Bacillus,54.1;).芽孢杆菌属和微杆菌属(Microbacterium)是两个采样点共有的属,在物种水平上仅有芽孢杆菌属的4个物种为两个采样点共有,而其他菌种仅发现于单个样点.[结论]在两个采样位点中分离到的可培养细菌具有较高的多样性,两个样点菌种分布的差异极显著.存在的潜在新细菌菌种资源较丰富,具有进一步发掘的潜力.     

桉树枝瘿姬小蜂雌成虫体内可培养细菌分离鉴定及多样性分析

[目的]明确桉树枝瘿姬小蜂(Leptocybe invasa Fisher&La Salle)体内可培养细菌多样性,为利用微生物防治该害虫打下基础.[方法]利用传统的细菌分离培养与鉴定方法,结合16S rDNA测序和系统发育分析,对刚羽化的桉树枝瘿姬小蜂雌成虫体内可培养细菌进行多样性分析.[结果]从桉树枝瘿姬小蜂体内分离出11株细菌,经鉴定归类于3个门(厚壁菌门、放线菌门和变形菌门)3个纲(芽孢杆菌纲、放线菌纲和γ-变形菌纲)4个目(芽孢杆菌目、微球菌目、乳酸杆菌目和肠杆菌目)8个科(芽孢杆菌科、微杆菌科、葡萄球菌科、乳酸杆菌科、纤维单胞菌科、微球菌科、肠杆菌科和类芽孢杆菌科)8个属(芽孢杆菌属、微杆菌属、葡萄球菌属、片球菌属、纤维单胞菌属、微球菌属、埃希氏杆菌属和类芽孢杆菌属),其中,厚壁菌门(Firmicutes)6株,为优势类群;芽孢杆菌属(Bacillus)3株,为优势菌属.[结论]桉树枝瘿姬小蜂体内可培养细菌具有丰富的多样性.     

BIOLOG碳源筛选与分离技术结合研究新疆哈密南湖嗜盐菌多样性

[目的]获得新疆哈密南湖的嗜盐菌,并分析其生物多样性,以期为分离培养基碳源设计引入一种快速可行的方法.[方法]利用BIOLOG筛选碳源并结合可培养方法分离哈密南湖中的嗜盐菌,通过16S rRNA基因序列系统发育分析法初步确定所分离菌株的分类地位,获得嗜盐菌的多样性信息.[结果]BIOLOG方法筛选出5种碳源,分别为海藻糖、蔗糖、柠檬酸、甘油和甘露醇.通过将筛选碳源添加至分离培养基的方法,共分离得到细菌和放线菌27株,分属于细菌域中3个门7个科14个属.多数菌株归属于厚壁菌门(Firmicutes),最优势菌株属于薄壁芽孢杆菌属(Gracilibacillus).其中6株菌株的16S rRNA基因序列与最近缘种的同源性在94.24;～96.86;,可能为潜在的新种或新属.[结论]新疆哈密南湖嗜盐细菌和放线菌都具有较为丰富的生物多样性,其嗜盐菌主要以薄壁芽孢杆菌和盐单胞菌为主,并且该地区可能含有丰富的嗜盐菌新物种,具有进一步开发研究价值.     

水葫芦内生细菌的分离与鉴定

采用20种不同培养基分离水葫芦内生细菌,利用细菌脂肪酸鉴定技术对水葫芦的内生细菌进行鉴定,研究了水葫芦内生细菌的种类及群落结构.结果表明,共得到32个属56株内生细菌,种类最多的是微杆菌属(Microbacterium),共有9种细菌.其次为假单胞菌属(Pseudomorms),共有7种细菌.芽孢杆菌属(Bacillus)有 5种细菌.其余23个属均有1种.利用优势度指数分析各培养基分离到内生细菌的多样性,10号葡萄糖、酵母、淀粉琼脂培养基优势度指数为0.160 7,分离得到内生细菌种类最多为9种;其次是4号根瘤菌培养基和11号NA培养基的优势度指数为0.125 0,分离得到的内生菌种类均为7种;16号黄豆芽汁培养基(pH7.2～7.4)和20号醋酸菌培养基,优势度指数为0.089 3,分离获得内生细菌均为5种.     

文山石漠化地区豆科植物根瘤内生细菌多样性分析

[目的]开展石漠化地区豆科植物根瘤内生细菌多样性研究,为豆科植物在石漠化地区生态恢复与重建中的应用提供理论依据.[方法]采用YMA培养基、NA培养基对采集自文山石漠化地区6种豆科植物根瘤的内生细菌进行分离纯化,再对分离获得的内生细菌进行酶切去除冗余、ARDRA分析、16S rDNA序列同源性分析及生物学表型特征分析.[结果]从6种豆科植物根瘤中共分离获得135株根瘤内生细菌,分别隶属于7个属24个种,其中49株为假单胞菌属(6个种)、17株泛菌属(3个种)、25株肠杆菌属(6个种)、17株芽孢杆菌属(5个种)、14株类芽孢杆菌属(1个种)、10株根瘤菌属(2个种)、3株农杆菌属(1个种).生物学表型特征分析显示,SWFU-W032菌株能在盐浓度为5％的培养基中生长;13株内生细可以在pH 12.0的培养基上生长;SWFU-W024、SWFU-W009菌株可以水解淀粉;SWFU-W011、SWFU-W015和SWFU-W020菌株具有抗生素合成能力;除SWFU-W060外的供试菌株均具有产IAA能力;SWFU-W045、SWFU-W046和SWFU-W070菌株具有产蛋白酶能力.[结论]文山石漠化地区豆科植物根瘤内生细菌具有丰富的多样性,其中存在一些具有较高抗性、较强耐受性和多种可促进植物生长的特异菌株,这些菌株可作为石漠化地区土壤改良和生态恢复等的资源应用.     

低温环境下南海深海沉积物中可培养细菌的多样性及其抑菌活性分析

模拟低温(10℃)环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌,基于16S rRNA基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析,并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明,从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌32株,分属于3个菌门(变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门)的19个种,其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有17株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌4种指示菌均表现出抑制作用,占分离菌株种类的89.5%。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。     

蜂花粉细菌分离及其致病菌耐药性研究

蜂花既是蜂粮,同时也被人们当保健品食用。为了解蜂花粉产品中可能污染的细菌及其耐药情况,在浙江部分地区采集不同来源和类型的蜂花粉107份,对其可培养细菌进行分离鉴定和耐药性分析。细菌分离参考国家标准方法进行,鉴定通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)进行,药物敏感性检测通过微量肉汤稀释法进行。结果显示,在107份蜂花粉样品中共分离出38株细菌,分属于10个属20个种,包括克雷伯氏菌属(Klebsiella)、埃希菌属(Escherichia)、肠杆菌属(Enterobacter)、克罗诺杆菌属(Cronobacter)、沙雷氏菌属(Serratia)、勒克氏菌属(Leclercia)、泛菌属(Pantoea)、肠球菌属(Enterococcus)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和芽孢杆菌属(Bacillus),其中包括多株肠杆菌科(Enterobacteriaceae)致病菌。对分离到的克雷伯氏菌进行30种药物敏感性检测,其中6株对氨苄西林具有耐药性,另有1株对头孢唑林具有耐药性,1株对头孢西丁具有耐药性。     

茄类内生菌的分离及拮抗细菌的筛选

[目的]分离番茄、辣椒和茄子3种茄科果蔬的内生菌,并对青枯病拮抗细菌进行筛选与鉴定。[方法]采用研磨液培养法,利用选择培养基对3种植株进行内生菌分离,并采用平板划线法纯化,及菌块对峙培养法对已纯化的内生菌进行筛选。根据分离菌的培养特性及菌体形态特征、革兰氏染色及生化反应等,对筛选出来的内生拮抗细菌进行鉴定归属。[结果]3种植株内生菌分离,共得到53株内生细菌、53株内生真菌、44株内生放线菌。筛选出14株青枯病菌有强拮抗性的内生细菌,分属为芽孢杆菌属、埃希氏菌属、克雷伯氏菌属、土壤单胞菌属、欧文氏菌属、短小杆菌属,其中芽孢杆菌为优势种群,而且芽孢杆菌属菌株对青枯病菌的拮抗作用最强。[结论]提供了探索生物防治茄科植物青枯病的有效途径。     

西藏多地区土壤可培养细菌的分离鉴定及多样性分析

【目的】了解西藏多地区土壤可培养细菌的多样性。【方法】采用梯度稀释涂布分离法分离土壤细菌,根据形态特征、生理生化试验去除冗余,对细菌进行16S r DNA序列系统发育分析,鉴定其种属,研究其亲缘关系及多样性。【结果】经形态特征、生理生化试验以及16S r DNA序列测定,38株细菌菌株归属于四个类群,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria),12个科,13个属,包含链霉菌属(Streptomyces)11株,芽孢杆菌属(Bacillus)10株,节杆菌属(Arthrobacter)3株、类香味菌属(Myroides)3株、葡萄球菌属(Staphylococcus)1株、新鞘氨醇菌属(Novosphingobium)1株、红球菌属(Rhodococcus)2株、诺卡氏菌属(Nocardia)1株、拟无枝菌酸菌属(Amycolatopsis)2株、氨基杆菌属(Aminobacter)1株、原小单孢菌属(Promicromonospora)1株、威廉姆斯氏菌属(Williamsia)1株,分支杆菌属(Mycobacterium)1株。【结论】西藏地区土壤中细菌多样性丰富,优势菌为链霉菌属和芽孢杆菌属。根据多样性指数分析,同一地区,3000~4000 m海拔的土壤细菌多样性低于4000~5000m海拔地区,3000~4000 m海拔地区土壤细菌分布较均匀。林芝地区土壤细菌多样性丰富,山南地区土壤细菌多样性最少。     

盐生植物内生解烃细菌的分离及其特性

为获得盐生植物内生解烃细菌,该研究以黄河三角洲石油污染地区健康生长的盐生植物白茅、芦苇、蒙古鸦葱为材料,通过柴油平板培养实验分离得到22株内生解烃细菌。经16S rRNA同源序列分析,对菌株进行了鉴定。通过液体培养实验,研究了菌株对不同烃类物质利用能力。结果表明,22株内生细菌主要为原小单胞菌属、短小杆菌属、微杆菌属、假单胞菌属、芽孢杆菌属、沙雷氏菌属、考克氏菌属、不动杆菌属、红小梨形菌属和节细菌属,其中假单胞菌属和芽孢杆菌属菌株最多。分离出22株内生解烃细菌能降解直链烷烃的最多,能降解多环芳烃种类最少,其中部分内生解烃细菌既可以利用烷烃又可以利用芳香烃。     

博斯腾湖沉积物氨氧化细菌的筛选与鉴定

为了解干旱区淡水湖泊沉积物微生物在氨氧化中的功能,利用铵盐培养基对博斯腾湖不同深度沉积物进行驯化培养,结合水环境因子分析混合菌株产亚硝酸盐能力,从中分离纯化氨氧化细菌并对其氨转化能力进行试验。结果表明,6个采样位点12个样品中,11号位点深层沉积物(20～40 cm)混合菌株能有效利用铵盐产生亚硝酸盐,且连续6 d稳定维持其质量浓度高达20 mg/L以上。进而,从该混合菌液中分离得到30株单菌,其中有2株呈现出明显的氨氧化细菌特性。通过16S rRNA基因序列比对及形态学分析分别鉴定其为弯曲芽孢杆菌(Bacillus flexus)和赤红球菌(Rhodococcus ruber)。     

广西北部湾近海产胞外多糖细菌多样性及其抗氧化活性分析

[目的]鉴定广西北部湾近海产胞外多糖(EPS)的海洋细菌种类多样性,并测定其EPS生物学活性,为后续研究EPS活性及其开发利用打下基础.[方法]采用黏液比色法、乙醇沉法和苯酚硫酸法初筛产EPS细菌,通过16S rD-NA序列鉴定细菌种属并进行遗传进化分析,以1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)测定EPS的抗氧化活性.[结果]从广西北部湾近海海水、沙粒和红树林泥土中共分离出205株产EPS细菌,结合分离株的菌落特征和形态观察结果可将所分离获得的细菌归为28种细菌.对28株代表细菌株进行鉴定,结果显示分属于2个纲(芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲)、4个目(芽孢杆菌目、假单胞菌目、弧菌目和肠杆菌目)、4个科(芽孢杆菌科、莫拉菌科、弧菌科和肠杆菌科)、6个属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属)、15个种;优势菌属为芽孢杆菌属,占所鉴定菌株的71.43%,其次为葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属.EPS活性检测结果显示,不同种属细菌所产EPS均具有一定的DPPH清除作用,但不同菌株间差异明显,清除率为9.43%~71.10%.[结论]从广西北部湾近海地区共分离鉴定出2纲4目4科6属15种产EPS的海洋细菌,以芽孢杆菌属为主,存在种类多样性,且各类细菌分泌产生的EPS均具有一定抗氧化活性.     

新疆甘草内生细菌的分离及其系统发育分析

采用组织分离法和研磨分离法从甘草的根、茎、叶中共分离到129株内生细菌,经鉴定属于13个属,分别为芽孢杆菌属、伯克霍尔德氏菌属、棒杆菌属、柠檬酸细菌属、肠杆菌属、库克菌属、微杆菌属、类芽孢杆菌、叶杆菌属、假单胞菌属、沙雷氏菌属、葡萄球菌属和寡养单胞菌属.同时运用纯培养法和基于16S rRNA 基因序列的系统发育分析对新疆胀果甘草中可培养内生细菌进行了研究.     

藏灵菇中有益微生物的分离与鉴定

从藏灵菇样品中分离出5株乳酸菌、3株醋酸菌和2株酵母菌.依据其形态、培养特征、部分生理学特性及细菌16S rRNA序列比对的结果,初步鉴定5株乳酸菌分属于乳杆菌属、乳球菌属和明串珠菌属;3株醋酸菌为醋杆菌属中3个不同种;2株酵母菌分属于酒香酵母属和克鲁维酵母属.     

植原体对冬枣根部可培养内生细菌菌群的影响

枣疯病是枣树上由植原体引起的一种毁灭性病害,但有关枣疯病植原体与寄主根部内生细菌间的相关性鲜有研究。本试验采用常规分离培养方法从春季冬枣根部分离纯化内生细菌,通过PCR扩增出内生细菌16S rRNA基因的DNA片段,测序后利用NCBI中的BLAST软件进行序列同源性比对,对健康和感病冬枣树根部可培养内生细菌进行统计,根据二者对比结果初步判断植原体对冬枣根部可培养内生细菌菌群的影响。结果表明,健康冬枣树分离出18个菌株,鉴定出6个属(除2个仅鉴定到科水平外)的内生细菌,包括芽孢杆菌属(Bacillus)6株、假单胞菌属(Pseudomonas)5株、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)2株、金黄杆菌属(Chryseobacterium)1株、志贺氏菌属(Shigella)1株、埃希氏菌属(Escherichia)1株;感病冬枣树分离出17个菌株,鉴定出2个属的内生细菌,分别为芽孢杆菌属(Bacillus)10株和假单胞菌属(Pseudomonas)7株;感病冬枣树根部可培养内生细菌菌群属水平较健康冬枣树减少4个属,说明枣疯病导致冬枣根部内生细菌菌群在属水平上的降低。     

山药内生菌的分离及菌种鉴定研究

[目的和方法]分别采用5种培养基对山药根根中的内生菌进行分离,得到了10株内生菌,通过形态学分析其为4种微生物,16S rRNA比对分析确定其分属为欧文氏菌属(Erwinia)和芽孢杆菌属(Bacillus),未发现放线菌和真菌.[结果]表明山药内生菌极为单调.其中,能在山药浸出液培养基中大量产生多糖的菌株SS2的16S rRNA与模式菌株Erwinia pyrifoliae Ep1/96~T 最大同源性为97.1;.[结论]极有可能为新种.