抗黑斑病核桃SSR标记筛选与应用研究

[目的]通过开发和筛选与核桃黑斑病抗性相关的SSR分子标记实现对不同核桃品种黑斑病高效准确的抗性鉴定.[方法]基于核桃转录组测序(RNA-Seq)结果,开发出可能与抗性相关的SSR标记,在抗感差异材料中验证与核桃黑斑病抗性相关的SSR引物.[结果]以12份抗病株系和感病株系基因组DNA为模板,获得1个与核桃抗黑斑病相关...     

甘薯蔓割病抗性相关SRAP标记的获得

以高抗甘薯蔓割病品种金山57和高感蔓割病甘薯品种新种花为亲本进行杂交,获得F1分离群体,对F1群体进行蔓割病抗性鉴定,从中选出7个高抗和7个高感蔓割病株系构建抗、感池。以抗、感池基因组DNA为模板,用276对SRAP引物组合对其扩增,从中筛选出98对具有多态性的引物组合,再以抗感亲本加抗感池基因组DNA为模板筛选,从98份SRAP引物组合中筛选出33对多态性较好的引物组合。后通过用一组小群体(6个高抗株系和6个高感株系)进一步筛选,最终获得一对与甘薯抗蔓割病连锁的SRAP引物组合a12b8,经过抗感亲本及F1代的进一步验证,认为该标记与甘薯抗蔓割病基因相关。     

向日葵抗F-列当小种分子标记筛选

利用前期鉴定出来的抗F-小种列当材料和高感列当材料,借助分子标记手段,根据BSA法建立抗感池,利用分布在17个向日葵连锁群上的409对SSR引物进行筛选。结果表明:筛选到了77个多态性SSR引物;从多态性引物中筛选到4对可将抗-感单株、抗-感混池明确区分开的引物,这些引物可能成为向日葵抗F-列当小种分子标记中的通用引物。     

椰子SSR分子标记筛选

[目的]筛选可用的SSR分子标记,加快椰子分子辅助育种进程。[方法]采用改良CTAB法提取椰子基因组DNA,以基因组DNA为模板,对36对SSR引物进行筛选,以条带清晰、多态性丰富为引物筛选原则。[结果]共筛选出7对具有多态性的引物,其中2对多态性较丰富,可用于后续SSR分子标记分析。[结论]该研究为开展椰子种质资源遗传多样性系统分析提供了SSR引物。     

玉米粗缩病抗性基因SSR标记初步研究

以高抗粗缩病玉米自交系齐319和高感粗缩病玉米白交系掖478的189个F<,2>群体单株作为标记群体材料,结合BSA法,用88对SSR引物进行筛选研究,结果表明:引物Bnlg125和Bnlg1064在抗、感DNA池呈多态性,其中Bnlg125在抗、感池之间扩增出1条约410 bp的多态性片段(记Bnlg125-410);通过Mapmaker/Exp(Version3.0)软件分析F<,2>单株,结果Bnlg125-410标记与玉米粗缩病抗性位点连锁,遗传距离为5.8 cM.     

不结球白菜抗芜菁花叶病毒基因的遗传分析及SSR标记

为了找到与不结球白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)基因连锁的分子标记,采用群体分离分析法(BSA法)和SSR标记进行了与抗病基因连锁标记的筛选。通过对亲本、F1、BC1和F2群体进行病毒接种,研究了试验材料对TuMV的抗性遗传模型,结果表明:不结球白菜对TuMV的抗性由显性单基因控制。通过SSR引物筛选,得到在双亲间稳定表现多态性的引物54对。用这些引物筛选抗感池,得到1个与芜菁花叶病毒抗病基因连锁的SSR标记Ra3E05,连锁距离为8.7 cM。将该标记测序,得到1条184 bp的序列,根据该序列重新设计引物,将SSR标记转化为序列特异扩展区城(SCAR)标记SCRa2,用F2群体对其验证,带型与原SSR标记表现一致,可用于分子标记辅助育种。     

RGA标记的开发及与棉花黄萎病紧密连锁分子标记的研究

通过对GenBank数据库上公布的棉花抗病基因序列及NCBI核苷酸序列数据库查找分析得到28个与抗病性相关的基因,共包含392条cDNA序列,利用软件Primer Premier 3.0,最终设计出107对RGA引物,利用设计出的RGA引物,对以3组杂交棉花亲本及F2群体的基因组DNA为模板进行扩增,筛选出11对稳定多态性且与棉花抗黄萎病基因紧密连锁的标记.其中,Gbrga70与抗性基因的交换值和遗传距离最大,分别为22.60％和24.40 cM.Gbrga55与抗性基因的交换值和遗传距离最小,分别为7.19％和7.24 cM.对抗黄萎病和感黄萎病品种单株进行x 2检测证明,该基因的抗性可能受多基因控制或微效基因控制.查找连锁标记来源发现根据拟南芥RPP5基因设计的引物最多,共有4对（占36.4％）.结果表明,基于抗病基因序列开发棉花RGA标记是可行的.     

玉米抗丝黑穗病基因SSR分析

[目的]筛选出能较好标记玉米抗丝黑穗病基因的SSR多态性引物。[方法]以5个玉米品种为试材,从玉米黄化苗提取基因组DNA后,对提取DNA浓度和质量进行检测后,选用85对引物进行抗丝黑穗病基因的SSR扩增。[结果]16对引物具有较好的多态性,共扩增出45条多态性谱带,其片段大小为50～1300bp。其中,引物Bnlg1755扩增出多态性谱带最多。引物Bnlg1246、Bnlg1194和Bnlg125在抗病材料和感病材料中表现出明显差异。[结论]引物Bnlg1246、Bnlg1194和Bnlg125可作为分析玉米抗丝黑穗病基因SSR标记的引物。     

应用SRAP分子标记构建黄麻遗传资源DNA指纹图谱

以36个黄麻野生种和栽培种为材料,对其基因组DNA进行相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记分析.结果表明:从50对引物中筛选出扩增带型好、品种间带型差异明显、易于识别的34对多态性引物,共扩增出1845条多态性条带,平均每对引物扩增出51.25条,最后从中筛选出14对核心引物构建了36个黄麻品种的DNA指纹图谱,每个品种均有各自特异的DNA指纹,可为黄麻种质资源分子身份证绘制提供依据.     

小麦品种SARKA抗白粉病基因遗传分析及SSR标记初选

[目的]对小麦品种SARKA的抗白粉病基因进行遗传分析。[方法]SARKA（抗）×河农822（感）的F1代表现为感病,对其F2代分离群体300株进行抗病、感病鉴定;利用χ^2测验进行统计分析;采用集团分离分析法（BSA）对F2代群体建立抗病DNA池和感病DNA池,选取均匀分布于小麦21个连锁群上的165对引物对抗感DNA池以及双亲进行SSR引物筛选。[结果]经过χ^2测验符合1：3一对等位基因的分离规律,抗性分析表明,SARKA的抗病性是由一对隐性基因控制。[结论]位于1A染色体上的SSR标记Xgwm99、Xgwm357与SARKA的抗白粉病基因连锁程度较高,遗传距离分别为34．7和29．9cM。     

甘蓝型油菜中油杂8号种子纯度的SSR鉴定

细胞质雄性不育三系杂交种的纯度鉴定是油菜种子生产中重要的一环。选用173对SSR引物在中油杂8号的亲本间扩增,从中筛选到6对扩增效果好、条带清晰且差异片断在亲本间能够重复出现的引物,其中P051、P078和P203三对SSR引物在杂种F1中同时表现出父母本的特征条带。用这3对引物对32份中油杂8号的DNA进行鉴定,发现P078和P203的鉴定结果完全相同,因此采用其中的P078引物对经过田间种植鉴定的中油杂8号样品进行了鉴定。结果表明,SSR鉴定的结果与田间种植鉴定的结果非常接近,说明采用P078或P203都可以对中油杂8号进行快速准确的鉴定。     

基于转录组测序的黄麻SSR分子标记开发与初步验证

为开发黄麻SSR引物,为黄麻分子标记辅助育种等研究提供有利工具,在黄麻转录组测序的基础上,采用MicroSAtellite(MISA)软件进行SSRs搜索,并对部分SSR引物的多态性进行验证,结果表明:1)在1kb以上的13 718条unigene中,共检测到8 571个SSR位点,占评估序列数目的62.47%,平均每3.47kb有1个SSR;2)所开发的SSR标记中,单核苷酸重复序列最多,占42.15%,二核苷酸和三核苷酸序列也较丰富,分别占14.80%和16.74%;3)利用Primer3.0软件设计了与木质素合成酶基因及MYB转录因子相关的880对引物,随机选取29对引物,以8份不同类型黄麻种质进行多态性验证,获得8对具有稳定多态性的引物,多态性引物比率为27.58%。结果表明,基于黄麻转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的SSR标记可为黄麻属遗传多样性分析、遗传图谱构建及功能基因的挖掘等研究提供有利工具。     

豫玉22玉米杂交种子纯度的SSR和SNP分子比较鉴定

为研究豫玉22玉米杂交种子的SSR和SNP两种分子标记纯度鉴定方法,为快速有效鉴定玉米种子纯度提供依据。采用SSR荧光标记法和SNP分子标记的KASP技术对豫玉22玉米杂交种子进行基因组DNA提取、引物筛选、基因型分析、纯度鉴定。豫玉22的SSR特异性引物为umc2007y4和bnlg161k8,纯度鉴定结果为97.92%。SNP特异性引物MaSNP64和MaSNP245纯度鉴定结果是98.44%。SSR和SNP分子标记鉴定豫玉22玉米杂交种子纯度的最佳方法,为拓展玉米杂交种纯度鉴定方法具有指导意义。     

海岛棉枯萎病抗性遗传规律及分子标记的初步筛选

[目的]研究海岛棉枯萎病抗性遗传规律,并对与枯萎病抗性基因连锁的分子标记进行初步筛选.[方法]以高产、优质、高感枯萎病的海岛棉品种新海21号为母本、高抗枯萎病的海岛棉品系HK237为父本,构建了P_1、P_2、F_1、F_2、F_(2:3)家系、BC_1六个世代群体.在苗期于温室中用人工接菌法对各个世代群体的枯萎病抗性鉴定.[结果]采用BSA法对2 000对SSR引物进行筛选,共获得5对在亲本及抗、感DNA池表现多态性的引物.根据多态性标记对F_2群体基因型鉴定结果结合抗病性表现,利用Mapmaker/Exp(Version3.0b)统计分析软件进行遗传连锁分析.结果表明,标记NAU3240与海岛棉枯萎病抗性位点之间紧密连锁.[结论]海岛棉HK237对枯萎病的抗性遗传受显性单基因控制,表现为质量性状的遗传规律.     

西瓜枯萎病菌生理小种1抗性基因连锁标记开发

【目的】开发与栽培西瓜枯萎病菌生理小种1抗性基因Fon-1紧密连锁的分子标记,为开展西瓜抗枯萎病分子辅助育种提供技术支撑。【方法】以栽培西瓜抗枯萎病品种Calhoun Gray为父本,感病品种Black Diamond为母本杂交获得的F2分离群体为供试材料,采用BSA法对Fon-1基因进行区间定位。依据11份栽培西瓜重测序信息,获取位于定位区间内的候选SNP位点。针对候选SNP位点设计CAPS/dCAPS标记,通过F2代分离群体和种质资源验证上述标记与Fon-1基因的连锁关系。【结果】通过BSA法,将Fon-1基因定位于1号染色体15 cM区间内。利用候选SNP位点信息,开发3个CAPS/dCAPS标记7716_fon、7419_fon和4451_fon,F2代分离群体以及164份西瓜育种材料验证显示,上述3个标记与Fon-1基因的连锁距离分别为0.8、1.0和2.8 cM。【结论】利用栽培品种Calhoun Gray的抗性遗传机制,开发的3个CAPS/dCAPS标记可以有效区分栽培西瓜对枯萎病菌生理小种1的抗病、感病性,为栽培西瓜品种枯萎病菌生理小种1抗性基因快速应用于栽培品种枯萎病抗性改良建立有效的技术手段。