香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种的快速检测与鉴定

【目的】从香蕉枯萎病菌１号和４号生理小种特有的基因序列入手,建立一种快速可靠的分子检测技术,为防止香蕉枯萎病的传播蔓延、尽早采取防治对策、指导香蕉生产进行品种配置提供理论依据。【方法】根据研究室已经筛选到的4号生理小种候选致病相关基因序列设计引物,分别以来自海南、广东和广西的6个香蕉枯萎病菌1号生理小种菌株、7个4号生理小种菌株、7个尖镰孢其它专化型菌株以及2个外围菌株DNA为模板进行PCR扩增,筛选香蕉枯萎病菌1号、4号生理小种特异性引物及尖镰孢菌的通用引物。【结果】筛选到的特异性引物不仅可用于香蕉枯萎病菌DNA的检测,还可直接用于对罹病香蕉组织和土壤中的香蕉枯萎病菌的检测;筛选到的尖镰孢菌通用引物,可作为内参照以检测DNA的质量,以避免假阴性情况的出现。【结论】所建立的三重PCR检测方法实现了在一次PCR反应中快速、准确地同步检测香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种,对检测香蕉苗是否感染枯萎病及蕉园土壤是否受到香蕉枯萎病菌的污染具有重要意义。     

广西香蕉枯萎病病原菌4号生理小种的分子检测与鉴定

[目的]明确在广西个别香蕉产区发现的香蕉枯萎病病原种类,为防控该病害提供科学依据.[方法]从广西不同香蕉产区采集香蕉枯萎病病株样本,分离纯化获得6株菌株,以香蕉枯萎病1号和4号生理小种为阳性对照,采用特异PCR的方法,对分离到的6株菌株进行分子检测,并用盆栽香蕉和西贡蕉小苗接种进行菌株致病性鉴定.[结果]经ST1/ST2特异引物扩增,1号菌株与香蕉枯萎病菌1号生理小种扩增到约200 bp片段;2~6号菌株和香蕉枯萎病菌4号生理小种扩增到约250 bp片段.与标样对比结果表明,1号菌株为香蕉枯萎病1号生理小种,2~6号菌株为香蕉枯萎病4号生理小种;盆栽接种致病性鉴定结果与分子检测结果相同.[结论]广西个别蕉区已遭受香蕉枯萎病菌4号小种侵染,各级部门应高度重视.     

香蕉枯萎病菌1号和4号生理小种rDNA-ITS的比较

对采自福建省香蕉枯萎病菌(Fusarium.oxysporumf.sp.cubense)3个1号生理小种(Foc1)菌株和17个4号生理小种(Foc4)菌株的ITS区进行PCR扩增,将Foc1代表菌株FOCABB361和Foc4代表菌株FOCAAA315的rDNA-ITS序列提交GenBank,获得的GenBank登录号分别为EU395428和EU332405.序列分析结果表明:Foc4号生理小种的ITS2区长度为151 bp;Foc1号生理小种的ITS2区长度为152 bp;Foc1号和4号生理小种的ITS1区完全一致,长度都为147 bp.Foc1号生理小种与4号生理小种的ITS序列差异不大.表明ITS区对于镰刀菌属内种间差异鉴别具有参考价值,但不能用于Foc生理小种的鉴别.     

香蕉枯萎病菌遗传多态性及其致病力分化

为了明确我国香蕉主要种植区香蕉枯萎病菌（Fusarium oxysporum f.sp.cubense,FOC）的致病力及其遗传多态性,本研究采用对寄主鉴定和RAPD技术分析来自海南、广西、广东、福建、云南的FOC 生理小种、致病力分化及遗传多态性。结合巴西蕉和粉蕉鉴定与RAPD技术,与香蕉枯萎病菌1号（FOC1）和4 号生理小种（FOC4）对比,55 个FOC 菌株中,有28 个菌株属于1 号生理小种、海南10 个、广西8 个、广东4 个、福建4 个、云南2 个;27 个菌株属于4 号生理小种,海南20 个、广西4 个、广东1 个、福建1 个、云南1 个。强致病力菌株有23 个菌株,中致病力菌株有15 个,弱致病力菌株有17 个;通过遗传多态性分析,9 条引物PCR扩增供试菌株,共扩增出136 条谱带,其中多态性的条带有126 条,多态性位点频率为93.4%,在遗传阈值为0.68 时,55 个供试菌株与FOC1 和FOC4划分为4 个RAPD 菌群,除1 号生理小种BF26 菌株单独形成郁菌群外,4 号生理小种和其余1 号生理小种均未单独形成菌群,Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ群同时含有1号和4号生理小种。因此,我国香蕉种植区香蕉枯萎病菌仍以1号和4 号生理小种为主,但是生理小种的遗传分化在分子水平上趋于复杂化,香蕉枯萎病菌群体具有丰富的多态性,其致病力的强弱和菌株遗传关系无直接的相关性,跟地理分布也没有相关性,香蕉枯萎病菌的遗传多态性可能更多依赖其寄主。这些结果为香蕉的抗病育种、品种的合理布局以及香蕉枯萎病的综合防治提供理论依据。     

广西香蕉枯萎病菌生理小种鉴定及分布

[目的]明确广西香蕉种植区香蕉枯萎病菌生理小种的类型及分布范围,为发展其抗病育种技术及制定有针对性的综合防控措施打下基础.[方法]从广西香蕉主产区采集38份具典型香蕉枯萎病发病症状的病害样本,采用常规组织分离法分离病原菌,根据分离菌株的形态特征和特异引物PCR扩增结果确定香蕉枯萎病菌的生理小种类型.[结果]从38份病害样本中分离出35株尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum),经鉴定,有34株为尖孢镰刀菌古巴专化型(F.oxysporum f.sp.cubense),病菌检出率为89.47%,其中,9株为1号生理小种,25株为4号生理小种,检出率分别为26.47%和73.53%;4号生理小种均为热带4号生理小种.1号生理小种在广西香蕉种植区均有分布,4号生理小种主要分布于广西中东部和南部的香蕉种植区.[结论]热带4号生理小种为广西香蕉枯萎病菌的优势种群,在抗病育种中应以热带4号生理小种为靶标菌,且优先选择广西西部和北部的香蕉适生区作为新的香蕉种植地.     

一步双重PCR检测香蕉枯萎病菌

摘要：通过设计尖孢镰刀菌ITS区特异引物PR1/PR2和SCAR特异引物ST1/ST2,优化检测体系中反应参数,建立了双重PCR检测香蕉枯萎病菌1号生理小种和4号生理小种的方法。结果表明：引物PR1/PR2和ST1/ST2能明确鉴别香蕉枯萎病菌1号生理小种和4号生理小种,检测体系的最佳退火温度为56 ℃,检测灵敏度的最低起始DNA为20 ng。     

河北省西瓜枯萎病菌生理小种鉴定与AFLP分析

【目的】明确河北省西瓜枯萎病菌生理小种类型和遗传多样性，为西瓜抗病育种和西瓜枯萎病的综合防治提供依据。【方法】本文对采自河北省12个西瓜种植地区的46个西瓜枯萎病菌菌株和4个已知生理小种的菌株进行了致病性测定和AFLP分析。【结果】根据菌株对3个鉴别寄主表现出的致病性强弱，将河北省46个西瓜枯萎病菌菌株划分为3个不同的生理小种，即0号、1号和2号，分别占供试菌株的17.4％、65.2％和17.4％，其中1号生理小种为优势小种，分布在河北省所有西瓜种植区。21对AFLP引物对供试菌株扩增出1 157条带，其中多态性带389条，占总带数的33.6％。河北省西瓜枯萎病菌的遗传距离变化在0.33～0.95之间，平均为0.66，群体遗传多样性比较丰富。基于AFLP标记聚类分析表明，50个菌株被划分为3个类群（AFLP Groups，AGs）。AGI包含4个菌株，均为2号生理小种；AGII包括4个菌株，均为0号生理小种；AGIII包括42个菌株，以1号生理小种为主（32个），占该类群的76.2％。【结论】河北省西瓜枯萎病菌存在明显的致病性分化，其AFLP类群划分与致病性鉴定划分的生理小种之间存在一定相关性，但与菌株的地理来源无关。     

香蕉枯萎镰刀菌的核糖体DNA-ITS区段序列分析

寻找香蕉枯萎镰刀菌1号生理小种(Focr1)和4号生理小种(Focr 4)在rDNA-ITS区段序列上的差异,为香蕉枯萎镰刀菌小种的快速检测提供依据。对来自海南省和广东省的3个Focr 1和5个Focr 4菌株进行rDNA-ITS测序,并与GenBank中的4个尖孢镰刀菌的rD-NA-ITS序列进行比对分析。8个菌株中ITS1和ITS2分别为147和152 bp,与GenBank中的尖孢镰刀菌有97.0%~99.0%的同源性。香蕉枯萎镰刀菌4号生理小种和1号生理小种与GenBank中尖镰孢菌菊花专化型、尖孢镰刀菌黄瓜专化型和一品冠萎凋病菌在rDNA-ITS序列的367与386 bp位点存在两处共性差异:4号生理小种的碱基均为T(胸腺嘧啶),而1号生理小种和GenBank中3个菌株的碱基均为C(胞嘧啶)。尖孢镰刀菌rDNA-ITS区段序列不适于区分种内不同专化型及生理小种。     

香蕉枯萎病菌4号小种在各培养基上性状比较

通过K2、PPA、MBA和PSA等培养基对香蕉枯萎病菌4号小种的选择性和鉴别作用进行比较,结果表明,K2培养基抑制杂菌的能力强,适宜香蕉枯萎病菌4号小种生长,齿轮状菌落是该小种的鉴别特征.利用K2培养基从土壤中检测出的菌株在香蕉组培苗上进行致病性测定,确认该菌株为香蕉枯萎病菌4号小种.因此,K2培养基可以作为香蕉枯萎病菌4号小种的鉴别培养基,用于土壤、香蕉苗和田间病株中香蕉枯萎病菌4号小种检测.     

香蕉细菌性枯萎病菌荧光 LAMP 检测体系的建立

【目的】基于香蕉细菌性枯萎病病原(Ralstonia solanacearum)2号生理小种的特异保守引物和LAMP技术建立一种实时荧光定性检测方法,解决常规PCR定性检测特异性低、灵敏度低、耗时长等问题,实现在1 h内能进行准确高效的定性检测,为加强该病害防控检测和检疫工作提供技术支持。【方法】确定被测基因靶序列,利用Primer软件设计两对内外引物。由两对引物、具有链置换特性的DNA聚合酶、模板DNA、甜菜碱、Mg_2SO_4、反应缓冲液、荧光染料等组成LAMP反应体系,采用不必在反应完开管盖检测的实时荧光LAMP方法,针对该方法对于样品DNA定性检测的灵敏度、特异性及可重复性进行试验。【结果】设计的引物能顺利扩增目标基因,实时荧光LAMP检测体系对于香蕉细菌性枯萎病病原生理2号小种有良好的灵敏度、特异性,该方法可重复性强,灵敏度比普通PCR高10倍以上。【结论】香蕉细菌性枯萎病菌荧光LAMP检测体系检测特异性强、灵敏度高、耗时短、不易污染,效果较好。     

香蕉枯萎病菌4个生理小种生化特征的比较

为研究香蕉枯萎病菌(Fusarium oxysporumf.sp.cubense)生理小种之间的差异,对该菌的细胞壁降解酶、酯酶同工酶和可溶性蛋白进行测定和分析,结果表明:在4个生理小种中均能检测到4种细胞壁降解酶(PG、PMG、Cx和FPA)。其中4号生理小种的PMG和Cx酶活性最高,且国外的1号和4号生理小种菌株的Cx酶活性比国内同种生理小种菌株的高;国内1号生理小种的FPA酶活性最低,其他小种的酶活性差异不显著;同一生理小种国内外菌株的PG酶活性差异不显著;4个生理小种的酯酶同工酶和可溶性蛋白电泳图谱差异较大,聚类分析表明致病力相近的菌株聚在同一分枝上,亲缘关系较近。     

Isolation and identification of Fusarium oxysporum f. sp. cubense in Fujian Province,China

Fusarium wilt, caused by Fusarium oxyporum f. sp. cubense(Foc), is the most serious disease affecting banana production.To clarify the distribution of the Foc races in Fujian Province of China, 79 soil samples were collected from four regions of Zhangzhou City, the primary banana production area in Fujian. We isolated and identified 12 Foc strains based on internal transcribed spacer(ITS) sequence analysis, PCR amplification by using Foc-specific primers and pathogenicity assays.Our analysis indicated that 11 isolates belong to Foc race 1, and 1 isolate belongs to the Foc tropical species race 4(TR4).Although TR4 has previously been reported to occur in primary banana-producing provinces, such as Hainan, Guangxi,and Guangdong of China, this is the first report of TR4 isolated from the soil in Fujian Province. Monitoring the presence of Foc, in particular, the TR4 strains in the soil, is the basic strategy to prevent and control Fusarium wilt.     

浙江地区不同寄主来源的炭疽菌ITS序列PCR-RFLP多态性分析

应用核糖体DNA (ribo-somal DNA,rDNA)的ITS( internal transcribed spacer,ITS)区的RFLP序列的多态性,分析32个不同寄主来源的炭疽菌株的遗传多样性.利用ITS1及ITS4通用引物对扩增各菌株的rDNA的内转录间隔区(ITS1-5.8S-ITS2)获得长约600 bp片段.ITS-RFLP共迁带UPGMA聚类分析的结果表明所有来自不同寄主的炭疽菌菌株(含福建及云南菌株)都以较高的相似系数(＞0.60)聚为一类,具有较近的 亲缘关系;同时试验中所有酶切位点的综合Gst系数达到0.82,说明不同菌株间的ITS具有丰富的多态性.     

5份香蕉种质对枯萎病的抗性评价

【目的】评价5份香蕉种质对不同枯萎病菌生理小种的抗性,为香蕉枯萎病抗性种质材料快速筛选和优良品种的推广提供科学依据。【方法】采用苗期和田间抗性评价方法,分别测试两份粉蕉品种（粉杂1号和海南KKF）对枯萎病1号生理小种、3份香焦品种（海南KK1、海南KK2和新北蕉）对枯萎病4号生理小种的抗性。【结果】两份粉蕉品种对枯萎病1号生理小种均表现为高抗,抗性较广西当家品种金粉1号（中抗）好;3份香蕉品种中,海南KK2对枯萎病4号生理小种表现为高抗、海南KK1和新北蕉表现为抗,3份香蕉品种对枯萎病4号生理小种的抗性均优于广西当家品种威廉斯B6（感）。【结论】测试的5份香蕉种质对枯萎病均有良好的抗性,均具有推广价值。     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析

1材料与方法 1．1菌株来源菌株来源见表1。 1．2菌丝体培养将链格孢菌株接种到PDA培养基上,25℃恒温、倒置培养7d左右,用灭菌的刀片将菌丝从培养基上刮下,以备DNA提取用。     

我国部分区域链格孢属rDNA ITS区序列分析(英文)

[Objective] The study aimed to identify Alternaria Nees. from some areas of China at molecular level by analyzing the rDNA ITS sequence.[Method] The DNA sequences coding for the 5.8S rDNA and the flanking internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) were amplified by PCR with universal primers ITS4 and ITS5 and subsequently sequenced for 34 Alternaria isolates from different areas of China.[Result] Sequences analysis showed that 5.8S rDNA was 159 bp and no variation in tested 34 isolates. There had variables sites in ITS. The isolates that had same sequences as A.tenuissima or A.alternata all put up eurytopicity to area and host. The variables sites of the isolates showed the diversity of Alternaria in the hosts of Oleaceae, Rosaceae and Solanaceae. At the same time that ITS could not clearly separated the isolates was indicated. The results indicated that the phylogenetic relationship were not closely related to the geographical origin and hosts of these isolates.[Conclusion] The sequence analysis of ITS region could provide theory basis for the identification of Alternaria Nees..     

基于ITS2序列的秤星树等冬青属8种药用植物的分子鉴别

[目的]建立ITS2区段的秤星树及其同属几种药用植物的分子鉴别方法。[方法]以秤星树等几种药用植物为材料,采用离心柱型试剂盒提取总DNA,采用一对通用引物对ITS2区段进行PCR扩增和测序;HMMer法对测序结果进行注释得到ITS2序列;MEGA软件分析,寻找差异位点,构建系统发生树。[结果]测序后注释得到的秤星树等8种冬青属药用植物ITS2比对序列为254 bp,种间存在85个差异位点。[结论]ITS2区可用于鉴别秤星树与同属几种药用植物。     

Identification and Preliminary Analysis of the Genetic Diversity of Cenococcum geophilum Fr.

To identify Cenococcum geophilum Fr., estimate their genetic diversity and study the effects on their genetic variation, 27 Chinese C. geophilum isolates from 6 host plant species and 5 French C. geophilum isolates were analyzed using morphological and molecular methods. The universal primers ITS1/ITS4 were used in PCR-RFLP to amplify the rDNA internal transcribed spacer （ITS） of tested C. geophilum isolates. The amplified products were digested with EcoR Ⅰ, Hinf Ⅰ, and Mbo Ⅰ, and the digested fragments of PCR products showed that there were obvious differences. A random primer （5′-CGCACCGCAC-3′） was employed in RAPD to amplify the genomic DNA of C. geophilum, and 19 detectable and reliable DNA bands of 300-2000 bp size were observed. According to the number, position, and strength of the DNA bands in agarose gel, the genetic distance and the genetic similarity among C. geophilum isolates were calculated using the PopGen Ver. 1.31 dendrogram analysis software. A phylogenetic tree was constructed based on the genetic distance by the Neighbor-Joining/UPGMA in PHYLIP. The results suggest the high level of genetic diversity among C. geophilum isolates from the same or different hosts. The effects of geographical factors or host plant species on C. geophilum genetic variation are not obvious.     

基于ITS2序列的丹参及其混伪品分子鉴定研究

[目的]采用DNA条形码及特异性引物PCR技术对中药材丹参及其混伪品进行分子鉴定研究。[方法]以核基因ITS2序列作为DNA条形码,对研究材料进行PCR扩增并双向测序,将所得序列构建NJ系统发育树。利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构,同时采用自设引物进行特异性引物PCR鉴别研究。[结果]ITS2序列长度为470 bp左右;从系统聚类树图可以看出,丹参及其伪品分别聚在不同支,表现出单系性;比较二级结构发现,丹参与甘西鼠尾差异甚微,与牛蒡在螺旋茎环的数目、大小、位置以及螺旋臂由中心环伸出时的转角等方面具有明显区别;通过特异性引物PCR技术可将丹参及其伪品进行区分。[结论]DNA条形码技术和特异性引物PCR技术均能够有效地区别丹参及其混伪品,在中药材的鉴定中具有重要的应用前景。     

我国部分区域链格孢属 rDNA ITS区序列分析

[目的]对我国部分区域链格孢属rDNA ITS序列进行分析,从而在分子水平上对其进行鉴定。[方法]使用通用引物ITS4和ITS5对分离自我国部分区域不同寄主链格孢属（AlternariaNees）34个菌株进行ITS基因（ITS1-5.8S-ITS2）的PCR扩增和测序。[结果]序列分析结果表明：5.8S rDNA全长为159 bp,保守程度高,参试的34株菌均一致;ITS区变化相对较大。与A.tenuissima或A.alternata100%同源的分离菌株均表现出对地域和基质的广适性;菌株在5.8S/ITS存在的差异,说明寄主本犀科的丁香叶、蔷薇科、茄科等部分植物的链格孢具有一定的多样性。但同时也发现ITS序列标记在链格孢属部分种间应用有一定的局限性;基于序列ITS1-5.8S-ITS2聚类关系与其地理来源和寄主相关性不大。[结论]ITS序列分析法可为链格孢属的分子鉴定提供理论依据。