应用贝叶斯算法评估如皋黄鸡40周龄体重母体遗传、显性遗传效应

文章旨在评估亲本印记及显性遗传效应对如皋黄鸡40周龄体重表型方差的影响。收集2009~2011年如皋黄鸡生产记录,包括3 890只鸡的产蛋高峰期体重记录,以贝叶斯算法分析表型方差组分。应用动物模型时考虑加性遗传、母体遗传以及显性遗传效应,对不同日龄体重进行标准化,以DIC值选择最优模型。结果表明,如皋黄鸡40周龄体重性状遗传模型应考虑加性遗传效应和母体遗传效应;如皋黄鸡40周龄遗传力为0.45,母体遗传效应可解释6%表型方差;如皋黄鸡40周龄体重基本不受显性遗传效应影响。遗传分析结果显示40周龄体重属于中等遗传力性状,可以利用母体遗传效应估计育种值进行专门化选育。     

如皋黄鸡选育群105日龄体重遗传力及近交参数分析

为评估如皋黄鸡选育群个体间亲缘关系远近程度,分析105日龄体重遗传力。收集2011—2014年连续4代如皋黄鸡有称重记录的育成期母鸡资料,整理后得到7 550条个体记录。对非105日龄体重进行校正处理。应用Endog软件计算近交相关参数,包括个体近交系数(Fi)、个体近交速率(ΔFi)、平均亲缘关系(AR)以及每个世代Fi和AR平均值。应用AIREML算法剖分表型方差组分,计算遗传力时考虑了近交、批次以及母本日龄对表型方差的影响,将加性遗传、母体遗传列入随机效应,以AIC值、BIC值选择最优模型。结果表明选育群个体近交系数平均值为0.44%、亲缘关系平均值为1.58%;个体近交系数适合以3阶协变量嵌入遗传模型;如皋黄鸡105日龄体重遗传力为0.45±0.03。如皋黄鸡105日龄体重属于中等遗传力性状;分析体重遗传参数时应考虑个体近交系数。     

如皋黄鸡开产性状加性遗传及母体遗传效应分析

【目的】以动物模型分析加性遗传、母体遗传对如皋黄鸡开产性状的影响,并计算开产性状遗传参数。【方法】收集如皋黄鸡2009—2012年生产数据,包括10 454个动物个体、31 362条生产记录。依据是否考量母体效应,设计4种统计模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)剖分表型方差,以似然比统计值检验模型适用性。以单性状模型分析遗传力,以多性状模型分析遗传相关系数和表型相关系数。【结果】母体环境对开产日龄有显著的影响,模型II为开产日龄最适模型,开产日龄遗传力为0.28±0.02;母体遗传对平均开产蛋质量影响显著,模型III适合计算开产蛋质量遗传力,开产蛋质量加性遗传力为0.23±0.02、母体遗传力为0.03±0.01;母体遗传和母体环境对开产体质量有显著影响,开产体质量加性遗传力为0.34±0.03、母体遗传力为0.04±0.01,模型IV为开产体质量最适模型。如皋黄鸡开产蛋质量、开产体质量加性遗传与母体遗传存在负相关。开产体质量、开产蛋质量与开产日龄之间的遗传相关系数分别为0.36±0.07、0.33±0.07,开产蛋质量与开产体质量之间的遗传相关系数为0.65±0.05。【结论】如皋黄鸡开产日龄、开产体质量、开产蛋质量等开产性状均受母体效应影响,且遗传力较低。     

42日龄如皋黄鸡体重间接遗传效应分析

【目的】动物个体遗传物质除了调控自身表型之外,还通过资源分配或行为互动影响同伴性能表现,称之为间接遗传效应。畜禽选育时,遗传模型如果包含了间接遗传效应,不仅有利于改善个体间社会关系,还可以获得更多的遗传进展。研究以饲养于群体笼内如皋黄鸡为试材,以间接遗传模型评估体重数据,旨在为如皋黄鸡选育提供支持。【方法】体重数据采集自如皋黄鸡选育群体,试验鸡于42日龄称重,收集原始数据11 983条。数据清洗包括去除超出三倍标准差的离群值、去除翅号遗失个体、去除性别不明个体以及去除单笼养殖量少于4只的记录。系谱数据包含12 208只鸡：11 735只鸡有体重记录,473只鸡没有体重记录;10 560只鸡没有后代,1 648只鸡有后代,其中种公鸡208只,种母鸡1 440只。以SPSS软件中的单因素方差分析检验环境因素对体重的影响,确定列入固定效应的因子。应用经典动物模型、间接遗传模型分析如皋黄鸡早期体重方差组分及遗传参数,并检验间接遗传方差是否存在稀释效应。遗传模型中包括一般固定效应、固定回归项、加性遗传效应、间接遗传效应、共同环境效应以及残差。研究中,以单笼养殖量作为固定回归项,将加性遗传效应、间接遗传效应、共同环境效应列为随机项。稀释参数起始值设定为0,依次以0.1幅度递增至1.0,经AIC、BIC筛选,稀释参数宜设定为0。由于残差异质化处理没有改变遗传参数和方差组分,因此残差做同质化处理。以WOMBAT软件分析方差组分及遗传参数,计算结果达到收敛标准。【结果】影响如皋黄鸡体重的固定效应包括批次、层级、性别;42日龄如皋黄鸡体重受间接遗传效应影响,加性遗传力为0.54±0.02,总遗传力为0.66±0.06;同笼如皋黄鸡个体间以互助关系为主,加性遗传与间接遗传选择方向一致,遗传相关系数为0.41;育成期如皋黄鸡间接遗传方差不存在稀释效应;如皋黄鸡公鸡与母鸡间接遗传效应表现不同,遗传力、遗传相关系数也存在明显差异。【结论】间接遗传模型可用于蛋鸡早期体重遗传评估及选育。相比于传统动物模型,间接遗传模型可以额外获得遗传进展。     

基于随机回归模型的如皋黄鸡产蛋数遗传参数分析

【目的】应用随机回归模型分析如皋黄鸡产蛋数的方差组分和遗传参数。【方法】收集2009-2012年如皋黄鸡的生产记录,包括9 298只蛋鸡的46 327条月产蛋记录。应用随机回归模型分析时将Legendre多项式嵌入加性遗传效应、永久环境效应以及固定效应,各产蛋月以不同的残差效应处理。加性遗传与永久环境效应分别以1~4阶Legendre多项式评估,以AIC、BIC以及残差值选择最优模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)分析表型方差组分。【结果】如皋黄鸡月产蛋数遗传力为0.05~0.32;开产第2月产蛋数遗传力最低,第1~2月的产蛋数遗传力在0.1以下,第3~7月产蛋数遗传力为0.20~0.32;如皋黄鸡第1个月产蛋数与其他月份产蛋数遗传相关系数较低,相邻产蛋月遗传相关系数较高。【结论】如皋黄鸡产蛋数遗传力较低;随机回归模型适用于地方鸡产蛋数遗传参数估算。     

母体效应对长白猪生长性状的影响

本文旨在研究母体效应对长白猪生长性状遗传参数和育种值估计的影响。以温氏长白种猪W51为研究对象,选取初生重、达到30 kg体重日龄和达到100 kg体重日龄3个与生长性能相关的数量性状,利用包含和不包含母体效应的2种数学模型进行遗传参数和育种值估计。结果表明使用包含母体效应的模型对生长性状的解释更加合理。当模型中不包含母体效应时,遗传力的估计值明显偏高,育种值估计偏离也较大。随着猪只日龄的增加,母体效应方差所占比重逐渐下降,而直接加性遗传方差的比重逐渐上升,说明母体效应对猪生长后期的影响在逐渐变小。在建立动物生长性状模型时,需要考虑母体效应对遗传参数和育种值估计的影响。     

安格斯牛18月龄体尺体重性状遗传参数分析

为分析不同动物模型对宁夏地区安格斯牛18月龄生长性状遗传参数估计的影响,筛选出估计生长性状遗传参数的最佳动物模型,本研究使用包含或剔除母体遗传效应、母体永久环境效应及母体与直接遗传效应之间是否存在协方差来区分６种动物模型,借助DMU软件的DMU_AI模块,利用约束最大似然法（AI-REML）估计安格斯牛18月龄生长性状的遗传参数。利用赤池信息准则（AIC）和似然比检验（LRT）确定遗传参数估计的最佳动物模型。结果表明：1）模型４是估计安格斯牛18月龄体重（Body weight, BW）、十字部高（Crucifixion height, CH）和管围（Shin circumference, SC）的最佳模型,该模型估计的以上3个性状的直接遗传力分别为0.42、0.29和0.22,母体遗传力分别为0.11、0.14和0.05,总遗传力分别为0.23、0.12和0.11。 2）模型6是估计安格斯牛18月龄体高（Body height, BH）、体斜长（Body length, BL）和胸围（Chest circumference, CC）的最佳模型,该模型估计的这些性状的直接遗传力分别为0.48、0.48和0.64,母体遗传力分别为0.02、0.12和0.08,总遗传力分别0.33、0.18和0.34。综上,考虑直接遗传效应和母体遗传效应之间的协方差、母体效应可对目的性状更加准确的进行无偏预测。本研究为加快安格斯牛的遗传进展提供理论依据。     

近交对蛋鸡体重的影响

数据来自白莱航鸡、绿壳蛋鸡资源群体,包括13 185条记录,应用多性状动物模型解析遗传参数、育种值排序,评估近交对蛋鸡体重性状的影响,并比较不同模型估计的遗传参数、育种值排序.结果表明:F_2代群体个体近交系数解释的表型方差占比为6.0%～7.9%;蛋鸡资源群体体重的遗传力为0.43～0.47,重复力为0.51～0.94,遗传相关系数为0.66～0.84;近交系数协变量改变了育种值排序.蛋鸡资源群体体重的遗传潜能较大;选育体重时,动物模型宜包含近交系数协变量.     

应用DF-REML法估计牙鲆性状遗传参数

应用单性状无重复模型,利用非求导约束最大似然法(DF-REML),对牙鲆在185、235、345、465日龄下的体长、体高、体重、肥满度等性状遗传参数进行估计。结果表明,以上指标各日龄下遗传力范围分别是0.23～0.3、0.2～0.29、0.22～0.32、0.19～0.26;性状表型方差中遗传方差所占比重较小,环境方差较大,性状表型值受环境影响较大;各日龄下的体长、体高、体重间表型相关极显著(P≤0.01),体长、体高与肥满度间呈极显著的负相关(P≤0.01),体重与肥满度表现为显著正相关(P≤0.05);遗传相关性表现趋势与表型相关性一致。     

应用随机回归模型分析蛋鸡蛋黄质量遗传参数

[目的]以随机回归模型分析绿壳蛋鸡-白来航鸡资源群体蛋黄质量遗传规律和遗传参数。[方法]收集2011—2014年资源群体2 260只鸡生产记录,整理后获得11 759条蛋黄质量记录,用随机回归模型将Legendre多项式嵌入加性遗传效应、永久环境效应以及固定效应,各周龄以不同的残差效应处理。加性遗传与永久环境效应分别以1~3阶Legendre多项式评估,以AIC、BIC值以及残差值选择最优模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)分析表型方差组分。[结果]蛋黄质量遗传力为0.43~0.49,重复力为0.61~0.71;蛋黄质量加性遗传方差应嵌入3阶Legendre多项式,永久环境方差应嵌入2阶Legendre多项式;随机误差最低值出现在40周龄,最高值出现在56周龄;加性遗传方差随周龄增加而增加;各周龄之间遗传方差高度相关。[结论]随机回归模型适用于蛋黄质量遗传参数估算;蛋黄质量属于中等遗传力性状。     

不同动物模型对安格斯牛周岁生长性状遗传参数估计的比较分析

旨在分析不同动物模型对宁夏地区安格斯牛周岁生长性状遗传参数估计的影响,筛选出估计生长性状遗传参数的最佳动物模型。本研究使用包含或剔除母体遗传效应、母体永久环境效应及母体与直接遗传效应之间是否存在协方差来区分6种动物模型,借助DMU软件的DMU_AI模块,利用约束最大似然法(AI-REML)估计安格斯牛周岁生长性状的遗传参数。利用赤池信息准则(AIC)和似然比检验(LRT)来确定最佳动物模型。结果表明:1)在不考虑母体效应的模型中(模型1),周岁体重、体高、体长和胸围的直接遗传力分别为0.59±0.02、0.52±0.03、0.20±0.04和0.52±0.03;2)在考虑母体加性遗传效应及其与直接加性遗传效应的协方差模型中(模型4),直接遗传力和母体效应的遗传力升高,总遗传力值降低;3)模型4估计的周岁体重、体高、体长和胸围的直接遗传力分别为0.77±0.01、0.73±0.03、0.33±0.04和0.70±0.03,母体效应遗传力分别为0.50±0.05、0.51±0.05、0.10±0.04和0.23±0.04,总遗传力分别为0.16±0.06、0.12±0.05、0.11±0.01和0.32±0.01。综上,基于本研究发现模型4对安格斯牛周岁生长性状的遗传参数估计效果最佳,为宁夏地区安格斯牛核心群的选育提高提供理论依据。     

不同模型对青海细毛羊生长性状遗传参数估计的比较

【目的】分析不同动物模型对青海细毛羊生长性状遗传参数估计的影响。【方法】采用平均信息最大约束似然法应用不同混合动物模型估计青海细毛羊生长性状的遗传参数,并采用似然比检验对不同模型进行比较分析。根据各模型中随机效应的不同,共构建了8个模型。各模型中均包括固定效应、个体直接加性遗传效应、残差效应;随机效应为个体永久环境效应、母体遗传效应、母体永久环境效应。【结果】①各模型估计的初生体重遗传力为0.1696-0.3781,母体效应遗传力为0.0001-0.0900;断奶体重遗传力为0.2520-0.3291,母体效应遗传力为0.0002-0.0759;周岁体重遗传力为0.2244-0.3506,母体效应遗传力为0.0001-0.0918;成年羊体重遗传力为0.2205-0.3981,母体效应遗传力为0.0000-0.0006;②似然比检验表明,与模型1相比,模型3和8相对于初生体重差异显著（P＜0.01）,模型3对断奶体重差异显著（P＜0.01）;与模型2相比,模型8对初生体重差异显著（P＜0.01）;模型6对周岁体重差异显著（P＜0.01）;模型5和8对成年体重差异显著（P＜0.01）;与模型4相比,模型5和8对初生体重差异显著（P＜0.01）;模型6对周岁体重差异显著（P＜0.01）;对于周岁体重、成年羊体重各模型与模型1的似然比检验差异不显著（P＞0.05）;模型5、6、7和8分别与模型3相比对各生长性状差异不显著（P＞0.05）。【结论】对于初生体重、断奶体重模型3较为适合,而模型1对周岁体重、成年体重较为适合;初生体重、断奶体重受母体遗传效应影响较其它随机效应更为显著;基于模型估计的初生体重、断奶体重和周岁体重、成年体重遗传力分别为0.1995、0.2552、0.3438和0.2205。     

三河牛初生体尺和初生重遗传参数的估计

【目的】利用2000—2012年出生的5 521头三河牛的初生体尺、初生重记录,估计出生体高、体长、胸围、管围和初生重的遗传参数。【方法】使用DMU软件,采用AI-REML结合EM算法并配合多性状动物模型,以犊牛性别和母亲年龄为固定效应、出生场年月和动物个体加性遗传效应为随机效应。【结果】三河牛初生体高、体长、胸围、管围、初生重的遗传力分别为0.46、0.48、0.38、0.50和0.41,遗传相关为-0.05（管围和体长、初生重）—0.86（体长和初生重）,表型相关为-0.10（体长和管围）—0.70（体长和初生重）。【结论】三河牛初生体尺、初生重的遗传力为0.38—0.50,属于高遗传力。     

Model Selection in Estimation of Covariance Functions for Growth of Angora Goats

Covariance functions have been proposed as an alternative to model longitudinal data in animal breeding because of their various merits in comparison to the classical analytical methods.In practical estimation,different models and polynomial orders fitted can influence the estimates of covariance functions and thus genetic parameters.The objective of this study was to select model for estimation of covariance functions for body weights of Angora goats at 7 time points.Covariance functions were estimated by fitting 6 random regression models with birth year,birth month,sex,age of dam,birth type,and relative birth date as fixed effects.Random effects involved were direct and maternal additive genetic,and animal and maternal permanent environmental effects with different orders of fit.Selection of model and orders of fit were carried out by likelihood ratio test and 4 types of information criteria.The results showed that model with 6 orders of polynomial fit for direct additive genetic and animal permanent environmental effects and 4 and 5 orders for maternal genetic and permanent environmental effects,respectively,were preferable for estimation of covariance functions.Models with and without maternal effects influenced the estimates of covariance functions greatly.Maternal permanent environmental effect does not explain the variation of all permanent environments,well suggesting different sources of permanent environmental effects also has large influence on covariance function estimates.     

大黄鱼40日龄体长和体重遗传力估计

应用数量遗传学原理和全同胞组内相关法估计了40日龄大黄鱼的体长和体重遗传力,通过巢式平衡设计和人工授精技术,构建了5个半同胞家系和15个全同胞家系,利用SAS9．0软件的一般线性模型（GLM）计算表型变量的方差组分,估计体长和体重性状的遗传力．结果表明：大黄鱼鱼种阶段体重和体长遗传力分别为0．29和0．31．t检验显示两个性状遗传力的估计值均不显著,且雄性遗传方差组分大于雌性遗传方差组分,说明雄性遗传方差组分存在非加性效应或受环境影响较大．     

肉鸡不同品系间杂交亲本的配合力分析

本试验采用不完全双列杂交法,对不同来源的9个肉鸡品系按父、母系分成两组,进行了20个杂交组合的配合力分析,结果表明:5个父系间56日龄体重一般配合力差异极显著,以A_1品系最高;4个母系间差异不显著;各杂交组合间特殊配合力差异极显著。该性状的广义和狭义遗传力都较高,分别为0.96和0.69。各父系、母系及20个杂交组合间56日龄存活率和饲料转化比差异不显著。     

多环境下水稻品质性状的遗传分析

稻米品质性状的遗传分析表明 :三套遗传控制体系对各品质性状具有不同的遗传效应。胚乳核基因主要以加性方式作用于直链淀粉含量、碱消值和粒长 ,以显性方式作用于胶稠度和蛋白质含量 ,粒重的直接加性效应和直接显性效应几乎同等重要 ;而母体植株核基因主要以显性方式作用于直链淀粉含量、胶稠度、碱消值、粒长、粒宽和粒重 ,长宽比的母体加性效应与母体显性效应差异不大。基因型×环境互作对稻米品质性状的影响一般为母体效应×环境互作和细胞质×环境互作 ,但胶稠度、蛋白质含量和粒重三性状还存在直接加性×环境的互作。不同品质性状的遗传率大小、来源均有一定差异 ,直链淀粉含量、碱消值和粒重以直接遗传率为主 ,而胶稠度、蛋白质含量和长宽比以及粒重的互作遗传率主要表现为母体互作遗传率 ,胶稠度主要表现为直接互作遗传率。稻米品质性状的杂种优势包括胚乳直接杂种优势 (简称胚乳杂种优势 )和母体杂种优势。直链淀粉含量、胶稠度、碱消值和粒重既具有胚乳杂种优势 ,又具有母体杂种优势 ;蛋白质含量仅存在胚乳杂种优势 ,而粒长、粒重和长宽比只有母体杂种优势。此外 ,环境对直链淀粉含量、胶稠度和长宽比的杂种优势有较大的影响。     

中国西门塔尔牛生长性状遗传参数估计

利用中国西门塔尔牛6个国家级种畜场1980～2000年间生长性状记录,对中国西门塔尔牛的初生重、断奶重、周岁重、18月龄重和成年母牛体重共5个性状进行遗传统计分析,应用动物模型、借助MT-DFREML方法估计上述性状的遗传参数,并考虑母体效应.结果表明,中国西门塔尔牛出生重、断奶重、周岁重、18月龄重和成年母牛体重的遗传力分别是0.32、0.11、0.27、0.36和0.47;生长性状的直接加性遗传效应和母体加性遗传效应呈较高强度的负相关(-0.39～-0.99);相邻年龄段内生长性状间的直接加性遗传效应相关值较高,而时间跨度大的年龄段生长性状间相关值相对较低;周岁重与18月龄重、成年母牛体重间的直接加性遗传相关、母体加性遗传相关值均较高.