苏淮猪BMP4基因克隆、组织表达及真核表达

为了解苏淮猪BMP4基因的序列特征和表达特征,本研究采用克隆测序技术获得苏淮猪BMP4基因编码区全序列,利用生物信息学方法分析BMP4基因的序列特征,采用RT-PCR技术检测BMP4基因在苏淮猪不同组织中的表达情况,构建苏淮猪BMP4基因真核表达载体并利用Western blot技术检测BMP4真核表达载体的表达情况。结果显示苏淮猪BMP4基因编码区序列长度为1 230 bp,编码409个氨基酸,与其他哺乳动物氨基酸序列的一致性均在97%以上;苏淮猪BMP4编码蛋白含有典型的TGF-β前肽和TGF-β样结构域;BMP4基因在苏淮猪卵巢组织中高表达;成功构建苏淮猪BMP4基因真核表达质粒pc DNA3.1-BMP4,转染后可显著上调猪卵巢颗粒细胞BMP4蛋白表达水平。     

绵羊血小板糖蛋白4基因(CD36)的克隆及在不同生长时期卵泡中的表达

【目的】血小板糖蛋白4基因(CD36)在模式动物中发挥着各种生物学功能,通过转录组数据分析,可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。本研究获得了CD36基因及探究其在不同组织中表达情况,从而预测其在绵羊生长过程中可能发挥的生物学功能。【方法】实验采用PCR扩增方法获得阿勒泰羊TSP-1基因的CDS区全长,运用软件分析CD36基因的蛋白质序列及其功能区域,同时利用荧光定量PCR的方法检测5头1周岁阿勒泰羊7个组织及不同直径卵泡中的表达情况。【结果】CD36基因序列全长为1419 bp,共编码472个氨基酸,与预测序列相比完全一致。系统进化树分析表明绵羊与牛的遗传距离较近。CD36蛋白为脂溶性亲水蛋白,具有1个跨膜螺旋结构,在氨基酸1~20位存在以信号肽,存在8个N-糖基化和41个潜在的磷酸化位点,包括19个Ser,15个Thr和7个Tyr。检测不同组织和不同直径卵泡中CD36基因发现:CD36基因在绵羊7个组织中都有表达,心与肺和小卵泡中CD36表达量差异显著(P0.05),在不同直径卵泡中总体表达量较低。【结论】CD36基因可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。     

藏系绵羊MSTN基因在不同年龄不同组织的表达定量研究

[目的]研究MSTN基因在藏系绵羊不同年龄、不同组织的表达差异。[方法]根据GenBank已发表序列（NM_001009428．1）设计l对引物,以藏系绵羊组织总RNA为模板,采用实时荧光定量PCR技术（QRT—PCR）分析了MSTN基因在不同年龄阶段的真胃、瘤胃、腿肌和心肌中的基因表达量。[结果]经过内参基因校正后,综合4个组织分析,MSTN基因在6月龄藏系绵羊的相对表达量最高,是12月龄藏系绵羊的2．52倍,是羔羊的2．24倍,是9月龄的1．30倍（尸〈O．05）。且MSTN基因在腿肌中的表达量最高,在其他组织几乎未表达,在腿肌中的表达量是其瘤胃的3984．78倍,是心肌的602．69倍（P〈0．01）。[结论]为MSTN蛋白抗体的正确利用奠定了基础。     

藏羊BMPRII基因的序列特征和表达分析

【目的】对藏羊BMP受体II(Bone morphogenetic protein receptor, type II,BMPRII)基因进行克隆和生物信息学分析,并检测其在藏羊不同组织中的表达差异,为研究BMPRII基因在藏羊中的生物学功能提供参考。【方法】本试验随机选取年龄和体重相近的6只藏羊进行屠宰,采集各组织样品,提取总RNA并进行质量检测,利用RT-qPCR检测BMPRII基因在藏羊下丘脑、垂体、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、子宫、输卵管、瘤胃、十二指肠和背最长肌等13个组织中的表达量,分析BMPRII基因在藏羊各组织中的特异性表达和分布规律,并对藏羊BMPRII基因编码区序列进行克隆和测序,应用生物学软件对其基因编码产物进行生物信息学分析。【结果】BMPRII基因在上述13个组织中均有表达,在肝脏中的表达量高于子宫、卵巢和脾脏,未达到显著水平(P>0.05),但显著高于其他组织(P<0.05),在背最长肌中表达量最低。藏羊BMPRII基因CDS区序列长为3117 bp,编码1038个氨基酸。藏羊BMPRII氨基酸序列与绵羊、牛和牦牛的关系最近,与斑马和鸡的...     

狮头鹅AR基因克隆和组织表达

本研究旨在克隆鹅雄激素受体基因（Androgen receptor，AR），并了解其在不同组织中的表达情况.以狮头鹅为试验材料，采集下丘脑和睾丸组织样品，提取RNA逆转录后进行AR基因克隆，并用RACE扩增其cDNA全长序列，其它同采用实时荧光定量PCR的方法检测AR基因在各个组织中的表达情况.结果克隆获得AR基因全长cDNA序列，共得到4个转录本.通过氨基酸序列同源进行分析，发现狮头鹅AR基因在禽类和哺乳类动物中同源性较高，说明该基因在禽类和哺乳类进化保守.荧光定量PCR结果显示AR基因在狮头鹅12个组织中均有表达量，其中在腿肌、胸肌和睾丸表达量较高，表明AR基因可能参与调控狮头鹅公鹅的肌肉生长与繁殖.     

藏绵羊脂蛋白脂酶基因克隆及序列分析

[目的]为深入研究藏绵羊肉用性能的遗传调控与营养代谢关系。[方法]利用RT-PCR和T-A克隆技术获得了藏绵羊LPL基因,并对其进行生物信息学分析。[结果]藏绵羊LPL编码基因全长1437 bp,编码478个氨基酸。将藏绵羊LPL基因及氨基酸序列分别与GenBank中公布的11种动物进行序列一致率比对,发现藏绵羊与所选动物的LPL基因序列一致率在84.6%～99.6%,LPL氨基酸序列一致率在88.8%～99.0%。藏绵羊与普通绵羊LPL基因存在6个位点核苷酸差异,其中有一个核苷酸位点的差异没有引起相应氨基酸的改变,其余5个位点核苷酸的不同都引起了氨基酸的差异。[结论]该研究可为了解LPL基因的演化关系及作用机理提供资料。     

草地藏系绵羊生长激素释放激素基因部分cDNA的克隆及生物信息学分析

为了克隆草地藏系绵羊生长激素释放激素基因,采用Trizol法从草地藏系绵羊下丘脑组织中提取总RNA,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)进行cDNA扩增并克隆测序,获得长度为207 bp的促生长激素释放激素基因(GHRH)的部分cDNA序列。结果表明获得的草地藏系绵羊GHRH部分cDNA序列与Gen Bank中注册的绵羊GHRH基因编码起始位置(86位)到292位区域高度同源,仅有1个碱基的差异,该cDNA序列编码69个氨基酸残基,其内含有信号肽序列,该氨基酸序列的31~57位具有典型胰高血糖素类似激素特征的GLUCA结构域。     

绵羊BMP15基因特征、组织表达及其与产羔数性状的关联性分析

为了解绵羊BMP15基因序列特征和组织表达特征,SNP筛查及其与产羔数性状关联性分析,采用生物信息学方法分析绵羊BMP15基因序列特征;利用qRT-PCR检测BMP15基因在‘湖羊’下丘脑、垂体、心等13个组织中mRNA的分布;通过测序验证了绵羊BMP15基因B2突变位点并与产羔数进行关联性分析.结果表明:绵羊BMP15基因ORF全长1 377bp,编码393个氨基酸残基,包括transforming growth factor-beta(TGF-beta)家族和低复杂性区段(low complexity region).Protfun分析结果显示,绵羊BMP15基因作为激素参与生物学过程的可能性最高.绵羊BMP15基因在公羊十二指肠中表达量最高,显著高于其他组织(P0.05),而在母羊中,卵巢组织的表达量最高,且显著高于其他组织(P0.05).B2突变位点于BMP15基因编码区外显子Ⅱ的第718bp处,该突变为C→T突变.绵羊产羔数相关联分析结果显示:该位点与产羔数呈显著相关,其中G+型绵羊产羔数为(2.00±0.78),显著高于++型绵羊产羔数(P0.05),为(1.38±0.54).绵羊BMP15基因B2突变位点与绵羊产羔数呈显著相关,可用作为提高绵羊产羔数性状的分子标记应用于育种.     

绵羊EDAR基因的克隆、序列分析及其在毛囊发育过程中的表达

旨在获得中国美利奴羊EDAR(ectodysplasin A receptor)基因的CDS区全序列并进行生物信息学分析,同时分析EDAR在绵羊毛囊发育过程中的表达特性,为深入研究该基因在绵羊毛囊生长发育过程中的作用及其表达调控提供基础资料。采用PCR扩增获得绵羊EDAR基因全长编码区,并克隆到PCRTM-BluntⅡ-TOPO@vector进行测序;利用生物信息学方法预测蛋白结构;应用qRT-PCR技术检测EDAR基因在绵羊毛囊发育过程中的表达特征。结果表明,绵羊EDAR基因的CDS序列长度为1 350bp(GenBank登录号:KX900497),编码449个氨基酸,该氨基酸序列与其他物种相比一致性较高;进化树分析表明,绵羊EDAR氨基酸序列与牛的进化关系较近,与斑马鱼较远;预测结果显示绵羊EDAR蛋白存在一个信号肽和一个跨膜结构域;qRT-PCR分析表明,EDAR基因在绵羊胎儿毛囊发育过程中均有表达,在毛囊发育第55天和第135天表达较高,第75天表达最低。获得绵羊EDAR基因完整的编码区序列和毛囊发育过程中的表达特性,生物信息学分析发现EDAR基因的编码区序列具有物种间的保守性,同时该基因在绵羊毛囊不同发育阶段的皮肤组织中表达,由此表明EDAR基因可能在绵羊毛囊的生长发育过程中发挥重要作用。     

猪胰岛素诱导1基因的cDNA克隆和差异表达及蛋白质序列分析

克隆猪胰岛素诱导1(INSIG1)基因,并对其蛋白质序列进行分析。根据人INSIG1基因的保守序列设计1对引物,以猪总RNA为模板,经RT–PCR获得INSIG1基因序列,通过相对荧光定量PCR分析该基因在不同组织中的表达量;将INSIG1基因序列连接到pMD19–T Simple载体上,用PCR检测阳性克隆后测序,并对克隆得到的基因进行生物信息学分析。结果表明,INSIG1基因在肺中的表达量最高,其次是在肝脏,再次是在脾脏,在心脏中的表达量最低;通过克隆,获得了一段999 bp的序列,其中831 bp的开放阅读框编码276个氨基酸;该蛋白不含信号肽序列,与其他动物INSIG1基因氨基酸序列的一致性在71%以上。     

阿勒泰羊FKBP5基因的克隆及其在组织中的表达

【目的】研究FKBP5基因和蛋白在绵阿勒泰羊不同组织、不同卵泡发育时期中的表达和定位情况。【方法】利用PCR法扩增获得阿勒泰羊FKBP5基因CDS区全长序列,并构建分子系统进化树;利用Real-time qPCR和Western Blot检测阿勒泰羊卵巢等不同器官和组织中FKBP5基因和蛋白的表达量;利用Real-time qPCR技术检测FKBP5基因在阿勒泰羊不同大小卵泡及黄体中的表达情况;利用免疫组化技术检测FKBP5蛋白在阿勒泰羊卵巢中的表达定位。【结果】阿勒泰羊FKBP5基因CDS区序列全长1390 bp,编码462个氨基酸;绵羊与山羊和牛的亲缘关系较近,与鸡(禽类)亲缘关系较远;FKBP5基因和蛋白在绵羊心脏、肝脏、脾脏、肺、肾脏、子宫、卵巢、输卵管和睾丸中均有表达,其中在输卵管中表达量最高,接下来依次是肝脏、脾脏、子宫、卵巢和睾丸等器官和组织,在心脏、肺和肾脏中表达量较低;FKBP5基因在大卵泡中的表达量最高,且极显著高于卵巢、小卵泡和黄体(P<0.01),其次是卵巢和小卵泡,在黄体中表达量最低;FKBP5基因在大、小卵泡不同细胞中的表达情况略有不同。其在大卵泡膜细...     

牦牛PRDX5基因的克隆测序及其在牦牛与犏牛睾丸中的表达差异

测定牦牛PRDX5基因序列,并比较其在牦牛和雄性不育犏牛睾丸组织中的表达差异,以探究该基因与犏牛雄性不育的关系。从牦牛睾丸组织中提取总RNA,采用RT-PCR技术克隆并测序获得牦牛PRDX5基因的c DNA序列;利用实时荧光定量RT-PCR技术检测该基因在牦牛与犏牛睾丸组织中的表达情况。结果表明:克隆获得的牦牛Prdx5序列长759 bp,包含长660 bp的CDS区,该序列与普通牛基因相差4个碱基,序列同源性为99.47%,相差的4个核苷酸导致推导的氨基酸序列存在3个氨基酸残基差异;Prdx5在牦牛和犏牛睾丸组织中均有表达,在牦牛睾丸组织中的表达量极显著高于犏牛(P0.01),是犏牛睾丸组织中表达量的6倍,提示Prdx5在犏牛睾丸组织中低水平表达可能与其雄性不育有关。     

不同品种山羊Hoxc9基因的克隆及序列比较分析

[目的]分析不同山羊品种Hoxc9基因序列及其推导氨基酸的差异性,为探索Hoxc9基因在山羊毛囊生长发育中的作用机制及研究绒山羊绒毛分子调控机理奠定基础.[方法]根据GenBank上已发表的Hoxc9基因序列设计3对引物,利用PCR扩增安哥拉山羊、萨能奶山羊、藏山羊、波尔山羊4个山羊品种的Hoxc9基因序列,然后与前期研究获得的绒山羊Hoxc9基因序列进行对比分析.[结果]利用设计的3对引物均能克隆获得安哥拉山羊、波尔山羊、萨能山羊和藏山羊的Hoxc9基因,与绒山羊Hoxc9基因比较,其5'UTR序列同源性为99.2%~100.0%,3'UTR序列同源性为99.0%~100.0%,cDNA序列同源性为99.5%~100.0%,内含子序列同源性为99.2%~99.7%,推导氨基酸序列同源性为98.8%~100.0%.Hoxc9蛋白质序列比较分析发现,安哥拉山羊和波尔山羊氨基酸的变异未造成Hoxc9蛋白质功能位点改变,但其二级结构有4处不同.[结论]不同山羊品种Hoxc9基因序列的同源性比较高,但也存在差异性.     

苎麻果胶合成关键酶GalAT基因的克隆及表达

 【目的】分离和克隆苎麻果胶合成关键酶GalAT基因部分序列,了解其在不同组织部位的表达情况。【方法】采用简并引物RT-PCR法克隆基因,用生物信息学方法对获得的cDNA序列及推定氨基酸序列进行分析,并用荧光实时定量PCR法研究GalAT基因在不同组织中的表达。【结果】克隆了986 bp的GalAT基因部分序列（GenBank注册号：EU131377）,可编码328个连续的氨基酸序列;核苷酸序列和推定的氨基酸序列与拟南芥的Galacturonosyltransferase 4同源性最高,分别为77%和83%;推定的氨基酸序列与拟南芥的Galacturonosyltransferase 4可聚为一类;GalAT基因在苎麻各个组织中都有表达,其中根部的GalAT表达量占大部分。【结论】确定所获得的序列是GalAT基因的cDNA序列;GalAT表达量为根部＞叶片＞韧皮部＞或≈木质部, 在根部的表达量占优势。     

浙东白鹅催乳素基因的扩增及其序列分析

利用PCR技术扩增得到了浙东白鹅的催乳素基因全序列,通过Dnaman软件分析,浙东白鹅催乳素基因序列与鸡、火鸡、牛、绵羊和斑马鱼等催乳素基因具有同源性,表明该基因在进化上是一个比较保守的基因;分析浙东白鹅催乳素基因的表达调控位点,可预测其氨基酸序列及其二级结构。     

略阳乌鸡METTL21C基因克隆及超表达载体构建

旨在克隆略阳乌鸡 METTL21C基因,构建其超表达载体。采用实时荧光定量PCR(qPCR)技术检测 METTL21C基因在略阳乌鸡7种组织中的表达,通过PCR扩增技术克隆 METTL21C基因完整的CDS区序列,分析其核苷酸序列及不同物种序列进化关系,将 METTL21C基因片段连接至pCD513B载体,构建其超表达载体并转染至293T细胞。结果显示: METTL21C基因在略阳乌鸡心肌中表达量最高,骨骼肌次之;克隆获得略阳乌鸡 METTL21C基因完整编码区序列,共747 bp,编码249个氨基酸残基,与原鸡的相应序列具有很高的同源性;构建的 METTL21C超表达载体能转染293T细胞并成功表达,可直接用于后续 METTL21C基因功能探索的研究。     

绵羊Spry4基因的克隆、真核表达及序列分析

为探究Spry4在绵羊毛囊发育过程中的作用,以美利奴羊皮肤组织总RNA的反转录产物为模板,采用PCR技术扩增获得Spry4基因全长编码区,并克隆至pCRTMBluntⅡ-TOPT@vector载体进行测序。随后将ToPo-Spry4亚克隆至pcDNA3.0真核表达载体,再经脂质体转染至293T细胞表达,通过Western Blot鉴定表达产物,分析Spry4核酸和氨基酸序列。结果表明,首次克隆获得绵羊Spry4基因编码序列(GenBank登录号KP280032),序列长954bp,编码298个氨基酸,与其他哺乳动物氨基酸同源性达91%以上;预测Spry4蛋白不存在信号肽和跨膜结构域;Western Blot检测显示,重组表达的蛋白分子质量为36ku,与预期一致。     

绵羊凝血酶敏感因子1(TSP-1)基因的克隆及在不同生长时期卵泡中的表达

凝血酶敏感因子1(TSP-1)基因在模式动物中发挥着各种生物学功能,FSH诱导后羔羊TSP-1的表达显著下调,而成年羊在激素诱导前后则无显著变化。为探究TSP-1基因的序列结构及生物学功能,实验采用PCR扩增的方法获得阿勒泰羊TSP-1基因的CDS区全长,软件分析TSP-1基因的蛋白质序列及其功能区域,同时利用荧光定量PCR的方法检测5头1周岁阿勒泰羊10个组织中的表达情况。结果显示,TSP-1基因序列全长为3 519 bp,共编码1 172个氨基酸,与预测序列相比有2个无义突变。系统进化树分析表明绵羊与牛、野猪的遗传距离较近。TSP-1蛋白结构不稳定,不存在跨膜结构,有一个信号肽,可能存在6个N-糖基化位点、50个潜在O-糖基化位点以及44个潜在的磷酸化位点,与TSP-3蛋白含有2个长重复区、3个短重复区、6个C型Ga离子结合位点和一个N型Ga离子结合位点。TSP-1基因在阿勒泰羊7个组织中都有表达,随着卵泡直径的增大,TSP-1基因的表达也逐渐升高。试验结果推测TSP-1基因可能在绵羊卵泡发育中发挥重要作用。     

藏绵羊生长激素(GH)基因的克隆及序列分析

【目的】对藏绵羊生长激素(GH)基因进行了克隆和序列分析,以期为进一步开展藏绵羊GH基因与其生长发育性状的相关分析以及基因定位、表达调控等研究提供理论基础。【方法】用特定引物对藏绵羊GH基因进行PCR扩增、克隆和测序,使用DNAMAN4.0、BioEdit 7.0.0、DnaSP 4.10.1等生物信息学软件进行序列分析和比较基因组学研究。【结果】藏绵羊GH基因(GenBank登录号EF077162)由5个外显子和4个内含子组成,完整编码序列(Complete coding sequence,CDS)全长为654 bp。5个外显子大小分别为13,161,117,162和201 bp;4个内含子大小分别为246,227,229和275 bp;内含子与外显子的连接区序列遵循基因组成规则。信号肽由26个氨基酸组成,成熟肽由191个氨基酸组成。藏绵羊与已报道的其他绵羊GH基因编码区核苷酸序列及推导的氨基酸序列同源性均为99.0%~100%;而与山羊、普通牛、瘤牛、大额牛、牦牛、水牛各物种在GH基因编码区核苷酸序列上同源性分别为98.4%,98.0%,97.7%,97.5%,97.5%,98.1%;相应的氨基酸序列间同源性分别为100%,99.0%,99.0%,98.1%,98.6%,98.1%。【结论】成功地克隆了藏绵羊GH基因;牛科物种内,藏绵羊与已报道的其他绵羊以及与山羊、普通牛、瘤牛、大额牛、牦牛、水牛等物种在GH基因编码区核苷酸序列和推导的氨基酸序列上均具有较高的保守性。     

川中黑山羊BMP2、BMP4基因cDNA克隆及生物信息学分析

参照GenBank已公布的绵羊BMP2基因序列与牛BMP4基因序列分别设计一对引物,以川中黑山羊卵巢总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增川中黑山羊BMP2基因和BMP4基因的cDNA序列并进行克隆、测序及相关生物信息学分析。结果表明,川中黑山羊BMP2基因编码区全长为1 188 bp(GenBank登录号为KF492982),BMP4基因编码区全长为1 230 bp(GenBank登录号为KF492983),分别编码395、409个氨基酸。川中黑山羊与绵羊、牛、猪、人、马、鼠、鸡BMP2基因编码区序列的同源性分别为99.7%、98.7%、92.0%、89.6%、91.4%、86.1%、78.9%;川中黑山羊与绵羊、牛、猪、人、马、鼠、鸡BMP4基因编码区序列的同源性分别为99.3%、99.1%、95.9%、95.2%、94.4%、92.0%、80.1%。用MEGA 4.0构建物种间分子系统进化树,结果显示,BMP2基因和BMP4基因的聚类反应基本一致,川中黑山羊首先与绵羊聚类,再分别与牛、猪、马、人和鼠聚类,最后与鸡聚类,这与动物分类学基本吻合。