鸡F2群体13号染色体微卫星标记与生长性状的关系及QTL定位

【目的】鉴定鸡13号染色体上影响鸡生长性状的数量性状位点(QTL)。【方法】以固始鸡、安卡鸡资源群为基础,在鸡13号染色体已报道的QTL范围内选取4个微卫星标记,采用方差分析方法,对测量的F2代共849个个体的32种生长性状(0,2,4,6,8,10,12周龄体质量,0,4,8,12周龄胫长,4,8,12周龄胫围、胸深、胸宽、胸骨长、胸角、体斜长、骨盆宽等)与4个标记进行相关性分析,对显著影响生长性状的微卫星标记进行不同基因型间各性状最小二乘均值的多重比较;并基于最小二乘区间定位法进行基因组扫描,对生长性状进行QTL初步定位。【结果】在F2群体中检测到的4个微卫星标记平均基因杂合度为0.707,平均多态信息含量为0.653;方差分析显示,各个标记与不同生长性状存在不同程度的相关;定位结果显示,在13号染色体上共检测到6个影响生长性状的QTL,其中3个QTL的影响达极显著水平(P0.01)。【结论】将影响4周龄体斜长、胸骨长,8周龄体斜长,6周龄体质量的QTL均定位在13号染色体的52cM处;而影响0周龄胫长、12周龄胸宽的QTL则分别定位于26和9cM处。     

优质鸡腹脂选择方法研究进展

优质鸡的饲养日龄较长,母鸡一般饲养至接近性成熟才上市,沉积的脂肪较多。鸡体脂主要包括腹脂、 皮下脂肪和肌间脂肪。现代商业肉鸡品种每千克体重包含 150~200 g 脂肪,且绝大多数脂肪并非生理所需,不但 浪费饲料,还会直接影响肉产品的加工,而且会降低屠宰率和经济效益。脂肪的过度沉积已成为肉鸡生产中所 面临的一个严峻问题,而腹脂过多更是制约肉鸡生产效率的一个重要因素。因此,挑选育种鸡时,降低腹脂沉 积具有重要意义。国内外学者已经从遗传育种、生理生化等方面对腹脂进行选择,并取得了一定进展。从直接 选择法（同胞屠宰法直接选择）和间接选择法两个角度对肉鸡腹脂选择方法进行综述,其中间接选择法主要包 括对饲料转化率的选择、对体尺性状的选择、对血液生化指标的选择以及遗传选择等。     

PPARγ基因5'侧翼区单倍型与鸡生长和体组成性状的相关研究

 【目的】研究PPARγ基因5'侧翼区多态性及其单倍型效应对鸡生长和体组成性状的影响,寻找影响肉鸡生长和体组成性状的QTL,为分子标记辅助选择提供相应依据。【方法】以东北农业大学肉鸡高、低腹脂双向选择品系第8、9和10世代肉仔鸡为试验材料,采用测序、PCR-RFLP等方法进行多态性位点检测及基因型分析。利用基因型信息重构单倍型并分析不同单倍型与生长和体组成性状的关系。【结果】PPARγ基因5'侧翼区存在3个多态性位点（g.-1784_-1768del17,c.-1241G＞A及c.-75G＞A）,利用其构建的单倍型对腹脂重、腹脂率、肝脏重、肝脏比例、胫骨长、股骨重、龙骨长、跖骨围等性状有显著影响（P＜0.05）;对胸大肌重、胸小肌重、胸小肌率、跖骨长等性状具有一定的影响（P＜0.2）。最小二乘分析结果表明,对于腹脂重、腹脂率等性状,BGA单倍型个体显著高于其它单倍型个体（P＜0.05）;相对于其它单倍型个体,AAG单倍型个体有较高的肝脏重、肝脏比例、胸小肌重和胸小肌率（P＜0.05）;在股骨重、胫骨长、跖骨长、跖骨围、龙骨长等骨骼生长发育性状方面,AAG单倍型个体显著优于AGG单倍型个体（P＜0.05）。【结论】PPARγ基因5'侧翼区可能存在影响鸡脂肪性状的QTL,PPARγ基因可能是影响鸡骨骼性状的重要基因之一。     

李辉教授主持的国家自然科学基金重点项目通过验收结题

李辉教授主持的国家自然科学基金重点项目《鸡脂肪组织生长发育的分子遗传学基础》已由国家自然科学基金委组织验收结题。课题组采用比较基因组学、分子生物学和基因芯片相结合的方法,建立和比较肉鸡高脂系与低脂系、肉鸡与蛋鸡间脂肪代谢相关基因的表达谱,筛选并克隆调控鸡脂类代谢的新基因;同时对正在研究的脂类代谢相关的候选基因进行表达谱分析;通过基因组扫描法,对目标性状的QTL进行检测和定位,对检测到的QTL区域,进行基因克隆;对新基因、差异表达基因和QTL关联基因的功能从细胞水平（RNAi）和整体水平（结合数量遗传学、     

油棕QTL定位的研究进展

QTL定位是以遗传连锁图谱为基础,利用分子标记与QTL之间的连锁关系来确定控制数量性状的基因在基因组中的位置。油棕的产量性状、品质性状和发育性状等重要的农艺性状都是数量性状,利用QTL定位是对数量性状进行分析的重要方法之一,它有利于加快油棕育种进程。综述油棕重要农艺性状的QTL定位研究进展,阐述存在的问题并对未来的研究方向提出建议。     

2009年大豆分子标记及辅助选择育种研究进展

DNA分子标记技术、QTL定位和分子辅助选择育种的应用对优质多抗大豆品种的快速选育具有十分重要的意义。诸多重要的性状包括大豆形态性状、产量性状、品质性状、生态性状、抗生物及非生物胁迫性状等的相关QTL研究和利用在国内外均有报道。随着功能基因组学的发展和实验技术手段的进步,分子标记和QTL研究向基于基因组功能区段的新型分子标记以及QTL的精细定位研究转移已成为发展方向。目前,国外相关研究已经取得了显著成效。我国现阶段偏重于利用随机分子标记进行QTL研究,对于先进的技术手段还在起步或摸索阶段,与真正实现高效的分子辅助选择育种的目标还有一定距离。文章就2009年国内外大豆分子标记技术、分子标记辅助育种技术及应用的发展动态做一综述。     

干旱条件下玉米耐旱相关性状的QTL一致性图谱构建

 发掘玉米耐旱基因及其连锁分子标记是构建耐旱分子育种技术的重要基础。通过生物信息学手段整理玉米基因组数据库中已有耐旱相关性状的QTL信息,借助高密度玉米分子标记连锁图谱IBM和临近分子标记,建立耐旱相关性状的QTL一致性图谱,进而发掘通用QTL。研究显示,在干旱条件下于10个定位群体中共发现与9个玉米农艺及生理性状有关的181个QTL,建立了全长3582.1cM的耐旱相关性状的QTL一致性图谱,发掘出15个"通用耐旱QTL"及其连锁标记。研究结果为确定玉米耐旱基因位点和建立分子标记辅助育种技术创造了条件。     

水稻产量性状QTL研究进展

为深入理解水稻产量性状的遗传基础,促进水稻产量性状QTL在分子标记辅助选择育种中的应用。从QTL初定位群体、QTL验证与分解等方面进行总体概述;对当前水稻主要产量性状的QTL定位、验证与克隆等方面的研究进展进行综述,并根据已验证和克隆的水稻产量性状QTL的遗传效应,提出这些QTL在分子标记辅助选择育种中的应用方向。     

QTL技术在水稻耐盐育种上的应用

介绍了利用分子标记QTL定位的原理和方法以及该方法在目前水稻研究中应用的进展。主要对耐盐数量性状基因座(QTL)技术在水稻育种中的应用进行了综述。为寒地耐盐水稻育种提出建议。     

利用Bayesian方法进行牙鲆体质量和主要形态性状的QTL定位及互作分析

为了定位牙鲆Paralichthys olivaceus体质量和形态性状的QTL,利用雌核发育方法获得双单倍体牙鲆群体的157个个体,同时构建了包含481个SSR标记和141个EST-SSR标记的遗传连锁图谱,并采用Bayesian模型选择方法对研究性状进行主效应QTL定位和上位性互作分析。结果表明:共检测到38个主效应QTL和50对上位互作效应,其中,大部分主效应QTL位于5、6、9、22号染色体,上位互作效应所解释的表型方差为2.3%~23.1%;8个主效应QTL和7对互作QTL表现出多效性,均分别对两个以上的性状起作用。本研究结果将有助于提高牙鲆育种中对有益经济性状的选择效率。     

基于case-control法分析鸡脂肪性状QTL区域SNP与性状的关系

以华南农业大学杏花鸡×隐性白羽洛克鸡全同胞家系为群体,选取腹脂重性状两尾样本共96个个体,在已报道家禽腹脂重性状QTL区域相关基因中选取14个SNP,采取PCR-RFLP法进行基因定型、case-control法进行关联分析,经100000次重排检验后,发现rs16480367、rs15687533、rs16481126、rs15685408均达到显著水平,P值分别为0.0202、0.0215、0.0257、0.0319。说明这4个SNP位点与脂肪性状有一定的相关性,可为家禽的标记辅助选择提供理论参考。     

棉花QTL定位及MAS育种进展与展望

近年来,随着现代分子生物学及统计分析方法的快速发展,育种工作者已定位了许多作物的重要性状QTLs.同时,基于QTL定位的标记辅助选择(MAS),已成为当前作物分子育种研究的热点.综述了近年来棉花重要性状包括产量、纤维品质、抗性、形态、生理、早熟性等QTL定位最新进展,以及标记辅助选择在一些性状上的初步应用,并对其发展前景进行展望.     

作物QTL定位研究进展

作物的许多农艺性状和经济性状是数量性状 .研究作物数量性状遗传对农作物育种具有十分重要的意义 .近年来 ,由于分子标记技术的发展 ,许多作物均已构建了饱和的分子遗传连锁图谱 ,促进了 QTL定位统计方法的快速发展 ,提出的许多方法成功地应用于多种作物的 QTL定位 ,为进一步的 QTL精细定位 ,分子标记辅助选择和 QTL克隆分离打下基础 .本文简要评述有关这方面研究的现状     

畜禽全基因组选择

数量遗传学在经历了传统的数量遗传学后逐步发展产生了数量遗传学与分子遗传学、生物技术相结合的分子数量遗传学。应用分子标记定位影响重要经济性状的QTL已经取得了显著的成果。QTL一旦得到定位,确定了该位点对表型的贡献率,就可以利用位于QTL侧翼的标记直接进行标记辅助选择。然而应用于标记辅助选择的标记只捕获了构成表型的一部分变异,而无法检测到构成性状的所有变异,为了解决这个问题,其中的一个途径就是利用全基因组范围内的标记,进行标记与表型的全基因组关联分析,鉴定对性状有影响的遗传标记,然后将这些标记应用于选择,这就是全基因组选择。文章就家畜QTL定位和标记辅助选择进行了简要的概述,同时对家畜全基因组选择进行了重点综述。     

水稻数量性状研究进展

分子生物技术的迅速发展和QTL定位方法的日趋完善 ,为水稻数量性状基因 (QTL)的研究提供了基础。大量研究充分地揭示了QTL的基本特征 ,剖析了重要农艺性状的遗传基础 ,从而给水稻品种的遗传改良带来了新的方法。笔者从QTL的定位群体、定位方法、研究现状 ,以及QTL利用等方面 ,对作物数量性状基因的研究进行了综述 ,并对今后的研究提出了一些见解。     

棉花主要性状QTL定位的研究进展

棉花的许多农艺性状和经济性状都是数量性状,研究作物数量性状遗传对农作物育种具有十分重要的意义。综述了数量性状基因座QTL（quantitative trait locus）定位的原理和常用方法及近年来棉花的分子遗传图谱构建,主要性状,包括产量、纤维品质、抗性、生理、早熟性等QTL定位的研究进展,并对目前QTL定位存在的问题和发展前景进行了探讨。     

分子标记辅助选择的影响因素和发展前景

分子标记辅助选择比以表现型为基础的选择更为有效。这种选择不仅针对主效基因有效，而且针对多基因控制的数量性状（quantitative trait locus，QTL）也同样有效。尤其是可进行早期选择，而不必如常规育种过程中，对产量、后期叶部及穗部抗病性等只有在成熟期才能进行鉴定，而造成人力、物力及财力浪费。选择适当的群体类型、规模及分子标记，建立尽量饱和的分子标记图谱，从整个基因组水平上，进行QTL的精密定位、探索其效应大小、作用方式等，发展基于QTL图谱的标记辅助选择的新方法，应是目前研究的重点。     

Integration of molecular genetic technology with quantitative genetic technology for maximizing the speed of genetic improvement

To date,most genetic progress for quantita-tive traits in livestock has been made by selec-tion on phenotype or on estimates of breedingvalues(BBV)derived from phenotype,withoutknowledge of the number of genes that affect thetrait or the effects of each gene.In this quantita-tive genetic approach to genetic improvement,the genetic architecture of traits of interest hasessentially been treated as a‘black box’.De-spite this,the substantial rates of genetic im-provement that have been and continue to be a-chie...     

栽培大豆农艺性状的关联分析及优异等位变异挖掘

【目的】发掘大豆农艺性状稳定表达的QTL、优异等位变异及其携带优异等位变异的载体材料,为大豆分子标记辅助选择和分子设计育种等后续研究提供重要依据。【方法】利用大豆基因组上均匀分布的135对SSR引物对通过分层随机抽取的6大生态区的257个栽培大豆品种进行全基因组扫描以获得分子标记信息,2009年和2010年在南京农业大学江浦农场对供试群体株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数进行表型鉴定以获得数量性状表型观测值,用广义线性模型、优化压缩混合线性模型和上位性关联分析3种方法,实施农艺性状表型与SSR标记基因型间的关联分析。【结果】供试品种株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数变异系数介于24.62%-52.34%,品种间和品种与环境互作差异极显著;广义线性模型、优化压缩混合线性模型和上位性关联分析3种方法分别检测到年份间稳定表达的上述5性状的47、11和58个QTL,其中,2种方法间和3种方法间分别有34和4个共同QTL,上位性关联分析检测到1对上位性QTL和32个环境互作QTL;检测得到的主效QTL中,有18个主效QTL与前人鉴定的QTL位置一致或紧密连锁;发掘了一批农艺性状的优异等位基因及携带优异等位基因的载体材料,其中,satt669-145bp、satt102-154bp、satt382-395 bp和satt534-161bp分别是主茎节数、分枝数、茎粗和株高的增效效应最大的等位基因,其载体材料分别为白花豆、合肥两塘焦双青豆、油葫芦和浦霞大豆。【结论】检测到年份间或方法间稳定表达的株高、分枝数、主茎节数、茎粗和单株荚数5个农艺性状的107个主效 QTL。