2种杀虫剂对舞蹈蜜蜂大脑转录组中可变剪切的影响

[目的]蜜蜂是一种重要的经济性社会昆虫,也是一种重要的传粉昆虫,对农业生态系统平衡与植物多样性具有重要贡献.为防治农作物的病虫害,生产中杀虫剂的大量使用,引起蜜蜂中毒事件逐年增加,给养蜂业带来重大的经济损失,同时农作物因为得不到充分授粉,导致产量下降和品质降低,进而影响农业的收益.可变剪切(alternative splicing,AS)是调控基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制,也是造成物种之间、器官之间、生理与病理之间差异的重要因素.为了揭示可变剪切基因在蜜蜂应对杀虫剂过程中的作用,对2种亚致死剂量杀虫剂诱导舞蹈蜜蜂基因的可变剪切进行深入分析.[方法]基于前期蜜蜂舞蹈行为学试验和已获得杀虫剂诱导的舞蹈蜜蜂大脑转录组数据,应用tophat分别比对吡虫啉处理组与对照组,溴氰菊酯处理组与对照组包含的所有大脑转录组中剪切位点信息.[结果]在吡虫啉处理组间和溴氰菊酯处理组间中,外显子跳跃(skipped exon,SE)是主要的可变剪切类型,检测到各组之间事件数目占总事件数达60％以上,而SE类型的差异事件数占差异AS事件总数的50％以上.在不同距离(300,500,1000 m)的试验地点,2种杀虫剂处理的舞蹈蜜蜂脑部转录组中发生5种可变剪接的事件总数之间存在显著差异(P<0.001),且发生5种可变剪接的基因数目之间存在显著差异(P<0.001).根据这些发生可变剪切的基因做了KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,主要涉及新陈代谢、细胞修复、氨基酸代谢、脂肪酸代谢和信号传导等生物学活动,与重要的信号通路和免疫应答通路密切相关.[结论]2种亚致死剂量杀虫剂能够使蜜蜂体内的基因发生可变剪切,可能改变配体受体结合、转录因子、生理节律、内吞作用以及神经信号传导.可变剪切基因参与蜜蜂响应杀虫剂胁迫过程中,会对细胞功能产生影响,包括免疫应答、学习记忆和飞行定位等信号通路,从而影响蜜蜂的舞蹈行为学.研究2种亚致死剂量杀虫剂诱导的舞蹈蜜蜂内在基因表达和调控情况,不但对吡虫啉和溴氰菊酯的环境毒性风险评价有参考价值,并进一步制定相应的防护措施,对于保护这种农业重要的授粉昆虫具有重要的价值.     

观赏海棠'火焰'果皮中可变剪接基因分析

[目的]研究观赏海棠'火焰'果皮中可变剪接基因.[方法]利用已有苹果属观赏海棠品种'火焰'果皮转录组测序数据,分析可变剪接类型和数量,并对发生可变剪接的基因进行KEGG分析,研究观赏海棠可变剪接基因与其发育过程的关系.[结果]在观赏海棠果皮发育过程中,主要发生的可变剪接是第一个外显子可变剪接和最后一个外显子可变剪接两种类型.可变剪接在果皮发育前期发生较多,同时KEGG通路分析表明可变剪接主要发生在嘌呤代谢、氧化磷酸化、糖酵解/糖异生等通路过程中.[结论]可变剪接在观赏海棠果皮的整个发育过程中普遍存在.观赏海棠果皮发育过程中共有的可变剪接基因主要与磷酸化和糖代谢有关.     

基于RNA-seq数据分析玉米抗虫响应基因的可变剪接事件

采用Illumina Hiseq~(TM)分别对黏虫取食的玉米叶片及对照组材料进行转录组测序,鉴定和分析响应黏虫取食基因的可变剪接事件。结果表明,对照组中鉴定出15 701个基因对应79 363个可变剪接事件,黏虫取食组中鉴定到11 791个基因的39 385个可变剪接事件。2组玉米基因组在不同的可变剪接类型中,均是以第1个外显子可变剪切、最后1个外显子可变剪切、单内含子滞留和可变5′或3′端剪切4种类型为主。对2组发生可变剪接事件的基因进行比对发现,黏虫处理组新增加了1 121个可变剪接基因,差异表达分析鉴定出177个表达显著差异的可变剪接基因。GO功能富集分析表明,发生可变剪接的差异基因主要富集于氧化还原酶活性、转移酶活性、DNA结合、ATP结合、代谢过程、以DNA为模板的转录及调控相关的功能,表明这些可变剪接差异表达基因参与了玉米的抗虫响应过程。     

意大利蜜蜂Hippo信号通路相关基因及其全长转录本的鉴定与分析

采用Blast工具将已鉴定到的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica，简称意蜂)全长转录本比对Nr数据库，共鉴定到意蜂Hippo信号通路中相关的49个基因及其550条全长转录本。运用Gffcompare软件将鉴定到的Hippo信号通路相关全长转录本与西方蜜蜂参考基因组(Amel_HAv3.1)上注释的转录本进行比较，分别延长西方蜜蜂参考基因组注释到Hippo信号通路的9个基因的5'' UTR和7个基因的3'' UTR。通过Astalavista软件鉴定到Hippo信号通路相关的4个基因的7次可变剪切(AS)事件，包括2次外显子跳跃、2次内含子保留和3次可变5''端剪接。通过PCR验证了1个基因的AS事件真实性。利用TAPIS pipeline鉴定到意蜂Hippo信号通路相关的24个基因含有1个及以上可变多聚腺苷酸化(APA)位点，其中含有1个APA位点的基因数量最多。通过TBtool软件鉴定APA位点上游motif的一致性序列HVNCCNBNDYVDVVHVNDBVDYCNBBDNNNHNNVNNVMNN。     

高脂饲喂对肉鸡腹脂和肝脏组织RNA可变剪接的影响

【目的】腹脂过度沉积会降低肉鸡抗病力和屠宰率。RNA可变剪接是影响基因功能的重要调控方式,对肉鸡腹脂沉积过程的RNA可变剪接事件进行系统分析,有助于进一步了解肉鸡腹脂沉积的分子调控机理。【方法】利用高脂饲喂肉鸡和普通饲喂肉鸡肝脏组织和腹脂组织的转录组测序结果,鉴定高脂饲喂过程中肉鸡腹脂和肝脏组织的差异表达和差异剪接基因。采用GO功能注释、KEGG通路富集分析和Metascape富集分析对显著差异剪接基因进行分析,并对显著差异剪接事件进行可视化处理,以及分析调控这些差异剪接事件的剪接因子。【结果】对高脂饲喂肉鸡与普通饲喂肉鸡的腹脂和肝脏组织进行转录组测序,在腹脂组织中发现233个显著差异表达基因和349个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于细胞分裂、细胞生长等细胞增殖相关生物学进程,还富集于甘油磷脂代谢和胰岛素信号通路等脂肪生成相关通路。在肝脏组织中发现276个显著差异表达基因和224个显著差异剪接基因,对显著差异剪接基因进行富集分析,发现显著差异剪接基因主要富集于蛋白质乙酰化、蛋白质内部氨基酸乙酰化和m RNA加工等细胞代谢相关生物进程,还富...     

低温胁迫对意大利蜜蜂化蛹时差异可变剪接基因的影响

基于前期低温胁迫3日龄封盖子不同时间的转录组数据,对可变剪接基因(ASG)作数量、种类统计和表达谱等分析,进一步解释低温对蜜蜂化蛹影响的分子机制;同时利用rMATS软件及Omicshare在线工具对T18、T36处理组(在20℃低温下分别处理18和36 h)及CK(没有低温处理)的差异基因进行可变剪接(AS)事件分析.结果表明,在各组别(CK与T18、CK与T36、T18与T36)中鉴定出4 971个ASG,产生58 017个AS事件,以外显子跳跃、外显子选择性跳跃和可变3′端剪接3种剪接类型为主.各组别间的共有ASG为4 027个,其基因本体(GO)分类结果显示,这些ASG富集在41条GO条目上;KEGG代谢通路富集分析显示,这些ASG共富集在132条代谢通路上,极显著富集的有Wnt、Hippo、TGF-beta和胞吞作用等信号通路.上述结果表明,低温胁迫可通过ASG介导代谢、生长发育和免疫等多重功能调控蜜蜂的化蛹过程.     

意大利蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的可变剪接基因分析

为探讨可变剪接基因在宿主响应球囊菌(Ascosphaera apis)胁迫过程中的作用,基于前期已获得的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)幼虫肠道转录组数据进行可变剪接基因分析。在正常的意蜂4日龄幼虫肠道(AmCK),球囊菌胁迫的意蜂4、5和6日龄幼虫肠道(AmT1、AmT2、AmT3)中共鉴定出55 895个可变剪接事件,以外显子跨越和可变3′端剪接为主。各样品的共有可变剪接基因数为8 157个,AmT1、AmT2、AmT3的特有可变剪接基因数分别为207、334和542个。GO分类结果显示共有可变剪接基因分布在50个GO条目。KEGG代谢通路富集分析结果显示,共有可变剪接基因富集在290个pathway,基因富集数最多的是内质网蛋白加工、RNA运输和碳代谢。上述分析结果揭示了可变剪接基因在意蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫过程中的重要作用,为深入研究可变剪接基因的功能打下了基础。     

崂山奶山羊不同泌乳期乳腺组织可变剪接的鉴定与分析

本研究对崂山奶山羊泌乳初期、高峰期和末期乳腺组织RNA-Seq数据进行可变剪接分析,共鉴定到151 503个可变剪接事件,对应17 627个可变剪接基因,6 323个差异剪接基因,显著富集到细胞器、蛋白质结合、mRNA加工和RNA剪接等相关GO条目,主要参与催产素信号通路、钙信号通路、内质网中的蛋白质加工等,与乳腺组织生理活性密切相关的KEGG通路,筛选出PTEN作为参与乳腺发育及泌乳相关生理过程中调控网络的核心基因。研究结果表明,可变剪接在奶山羊不同泌乳期的乳腺组织具有发育阶段特异性,特有可变剪接基因与乳腺组织生理活性特点密切相关,在调控奶山羊乳腺组织发育及泌乳生理中发挥重要作用。本研究可为探究可变剪接机制调控奶山羊乳腺发育与泌乳性状的分子机理提供理论依据。     

意大利蜜蜂工蜂中肠响应东方蜜蜂微孢子虫胁迫的可变剪接基因分析

基于前期已获得的意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)工蜂中肠转录组数据,在全转录组水平上对意大利蜜蜂的可变剪接基因(alternatively spliced gene, ASG)进行鉴定和分析,旨在揭示ASG在宿主响应东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)胁迫中的作用.在正常意大利蜜蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7CK、Am10CK)和东方蜜蜂微孢子虫胁迫的意大利蜜蜂7和10日龄工蜂中肠(Am7T、Am10T)样品中检测到可变剪接事件数分别为73 383、85 618、79 813和74 693次,对应的基因数分别为9 586、10 063、9 829和9 622个,平均每个ASG上发生的可变剪接事件数分别为7.66、8.50、8.12和7.76次.各样品的可变剪接事件中外显子跨越的数量最多,分别为4 411、5 247、4 993和4 629个.Venn分析结果显示,Am7CK、Am10CK、Am7T和Am10T中的共有ASG数为9 056个,特有ASG数分别为100、153、275和95个.GO分类结果显示,这些共有ASG分布在50个功能条目,特有ASG分别分布于26、30、33和24个功能条目.KEGG代谢通路富集分析结果显示,上述共有ASG富集在325个代谢通路,包括内质网蛋白加工、核糖体和RNA转运等;特有ASG分别富集在31、104、126和22个代谢通路.研究结果提供了意大利蜜蜂响应东方蜜蜂微孢子虫胁迫过程中的ASG数量和种类信息,揭示宿主ASG在胁迫响应中参与了新陈代谢和细胞免疫,为关键ASG的筛选和功能研究建立了数据基础.     

亚致死剂量吡虫啉对中华蜜蜂神经代谢基因表达的影响

【背景】新烟碱类杀虫剂的作用靶标是昆虫神经系统中的乙酰胆碱受体,由于其良好的内吸性及对人畜低毒性,使其在农业生产上获得了广泛应用,然而这也使得其在植物体内仍然具有较低的残留,而这种亚致死剂量残留仍可对访花昆虫如蜜蜂的行为和神经系统造成不利影响。【目的】明确亚致死剂量新烟碱类杀虫剂吡虫啉对中华蜜蜂（Apis cerana cerana,简称中蜂）神经生理和代谢系统的影响。【方法】首先以两个亚致死浓度梯度剂量5和10 μg·L^-1吡虫啉处理工蜂10 d（3个生物学重复）,提取总RNA后,以RNA-seq方法对所得文库进行高通量测序,利用生物信息学技术对序列进行从头组装、注释,并对亚致死剂量吡虫啉处理后的差异表达基因进行聚类和富集等分析,最后利用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）技术对部分与中蜂神经和代谢系统相关的差异表达基因进行验证。【结果】从两个吡虫啉浓度梯度和对照组数据中共获得9个测序文库,测序有效数据比例超过94.45%,从获得的37 364个unigenes中鉴定出571个差异表达基因。经GO和KEGG富集分析发现这些差异表达基因主要与蛋白质翻译、氧化还原、氧化磷酸化和核糖体等多个通路有关,表明亚致死剂量的吡虫啉对中蜂多个生理过程和代谢通路造成影响。挑选了与昆虫神经信号传递和代谢功能有关的上调或下调差异表达基因,如神经肽F、神经肽SIFamide受体、3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶、激酶（PRKA）锚蛋白1、碳酸酐酶、超氧化物歧化酶、NADH脱氢酶亚基、表皮蛋白和气味结合蛋白17共9个差异表达基因进行了qPCR验证,其表达规律与转录组结果完全一致。【结论】亚致死剂量的吡虫啉能对中蜂神经信号转导、细胞呼吸、免疫反应、内环境稳态的维持和嗅觉感受等多方面造成影响。     

下一代Internet发展综述——下一代Internet的产生和发展

本文论述了IPV6产生的社会原因,阐述了国外发达国家下一代Internet的发展状况和中国下一代Internet的发展状况及最新进展。     

论从犯原因力的判断

从犯的原因力是指成立从犯所必需的因行为人的行为与其他人的犯罪行为之间产生的内在的必然联系。从犯是否成立,要经过一般性判断、具体性判断和排除性判断三个环节。一般性判断主要考虑是否具有成立从犯所要求的主观要件和客观要件,具体性判断涉及事前判断与事后判断、主观判断和客观判断、应然判断与实然判断,排除性判断主要考虑刑法分则的特殊规定和刑法总则中的但书。     

关于西部大开发路径抉择的探讨 ——兼论西部的人口城市化

西部地区大开发是东部地区产业梯度转移的需要:在经历了改革开放20余年的高速发展之后,东部地区的劳动力成本日渐提高,其劳动力密集型产业日渐失去比较优势,东部的这些产业急需向中西部地区转移;西部大开发还是启动内需政策的需要:中央投资于西部的基础设施所带来的牵引投资效应将是巨大的;西部大开发更是可持续发展的需要:只有使西部走出“发展中的陷阱”,才能使西部的生态环境进入良性循环,只有进行西部大开发,才能使西部地区的社会经济“软环境”得到根本改善.……     

加强向海水库的管理 大力发展向海旅游产业

吉林省通榆县向海水库为通榆县水利事业发展做出了突出贡献。分析向海水库发展的现状,认为要加强对向海水库的管理,因地制宜,通过向海这一品牌发展旅游经济。     

树冠圆满度对树木生长的影响及作用研究

树冠是树木的重要组成部分,其数量指标———树冠圆满度不仅客观地反映了树木占有生长空间的状况及竞争能力,而且对树木的生长过程和树木的形状都有着非常重要的影响。研究结果表明:在树木直径、树高较小(或年龄小)时,其树干材积也较小,而树冠圆满度较大,随着直径、树高的增加,其树干材积随之增加,但树冠圆满度逐渐变小。所以,树冠圆满度与直径、树高及树干材积之间存在着紧密的相关关系,其相关指数(R)基本上在0 80以上,而形数与树冠圆满度之间呈正相关。     

Peculiarities of the biology of the specimens of the Prunus L. Genus under the conditions of the South of the Russian Far East

The seasonal rhythms of the development of the plants of 15 taxons of the Prunus L. genus in the south of the Russian Far East were analyzed. Based on the biological features of the plants, a dendrogram of phylogenetic interrelations of species within the genus was constructed.     

猪场空气细菌数量与猪高热综合征的相关性研究

自2001年入夏以来,浙江、上海等许多地区的猪群中流行以持续高热、气喘、皮肤发红为主要特征的猪"高热综合征",给养猪业带来了巨大的损失.但到目前为止,其主要病原依然未被确定.为了研究空气中细菌含量与该病的发生和严重程度之间的关系,我们对浙江省几个不同规模、不同发病情况的猪场的空气细菌含量进行了测试.结果发现:该病的发生及严重程度与猪舍内空气的细菌含量存在着明显的正相关性.     

基于信息理论的生态网络灵敏度分析

将信息理论与物流模型的研究挂接 ,定义了生态系统的信息熵和信息流量。以各分室输出量占总体的份额作为系统选择该分室的概率。通过对系统聚合度和冗余度的分析 ,推导了二者对各分室的灵敏度。对黑龙江省双城市双城镇永和村的物流模型进行了灵敏度分析。计算结果表明 ,籽粒和土壤分室对系统的稳定性起重要作用 ;而调整畜牧业的结构 ,改变农肥的投入量等 ,可以有效地改善系统的物流情况 ,使系统向良性循环     

刺五加种胚生长发育规律的分析

为解决刺五加种子休眠难以打破,一般情况下种子出苗率很低的难题,对当年生刺五加种胚的生长发育规律进行了研究.结果表明,种胚生长发育表现出S形生长曲线,即前期缓慢生长期,中期快速生长期,及再次缓慢生长的生理后熟期.各个时期所需要的适宜温度和时间各不相同,在种子处理的各个阶段及时调整好适宜温度时,裂口率可达70%以上,裂口籽发芽率可达90%以上.