基因芯片技术检测5种马病毒的研究

通过分子克隆技术获得马疱疹病毒1型(Equine herpesvirus 1, EHV1)、马动脉炎病毒(Equine arteritis virus , EAV)、马流感病毒(Equine influenza virus, EIV)、马传染性贫血病毒(Equine infectious anaemia virus , EIAV)和东部马脑脊髓炎病毒(Eastern equine encephalomyelitis virus, EEEV)等5种病毒各一段高度保守的特异性基因片段，用芯片点样仪逐点分配到处理过的玻片上，制备成检测芯片。提取样品中的RNA，进行反转录和荧光标记后滴加到芯片上进行特异性杂交，对杂交结果进行扫描检测和计算机软件分析。结果显示，制备的基因芯片可同时检测和鉴别上述5种病毒，可检测到阳性杂交信号的最高稀释度为10-6的病毒液，约25个病毒DNA拷贝，但其它病毒材料未见红色荧光信号，证明了本方法的特异性。在进口马的隔离检疫期间，采集马鼻肺炎、马动脉炎中和抗体阳性但病毒分离阴性马匹的白细胞悬液，分别在EHV1和EAV位点处可检测到阳性杂交信号。证明基因芯片技术不但快速、准确和敏感，而且可同时进行多种病毒的检测。     

结合不对称PCR技术构建鸡NDV-IBV-ILTV联合检测基因芯片

基因芯片(gene chip)是依据核酸杂交原理发展的一种生物新技术,在生命科学研究领域具有重要的应用价值.本研究将不对称PCR和基因芯片两种技术相结合,构建了同步检测鸡(Gallus gallus)传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)、新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)、传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)的共检基因芯片.分别选取ILTV的胸苷激酶(thymidine kinase,TK)和糖蛋白B(glycoproteins B,gB)基因、NDV的融合蛋白(fusion,F)和血凝素-神经氨酸酶蛋白(haemagglutinin-neuraminidase,HN)基因以及IBV的膜蛋白(membrane,M)和核衣壳(nucleocapsid,N)基因设计引物,从重组质粒菌中扩增制备探针基因,用乙醇沉淀法纯化后点制于氨基修饰的载玻片上,制备基因芯片;靶基因用cy3标记引物,进行不对称PCR扩增,扩增的荧光标记单链产物与芯片杂交.不对称PCR结果显示,当限制性引物与非限制性引物浓度比例在1:10时ILTV-TK、NDV-HN和IBV-N的单链产物增加最多,当浓度比在1:20时,ILTV-gB、NDV-F和IBV-M的单链产物增加最多;相应的标记样品与3种病毒检测芯片杂交后,均出现较强的杂交信号,而阴性对照检测不到荧光信号,灵敏性实验表明,当DNA浓度为1.8x 104拷贝时杂交仍为阳性.本研究构建的诊断基因芯片对12份临床样品进行初步应用检测,与PCR检测技术检出率基本一致.本实验所建立的联合检测基因芯片能够快速、准确、高通量的诊断NDV-IBV-ILTV,可以应用于集约化养殖业中对多种鸡疫病病毒的检测.     

猪病毒性腹泻病金标银染可视化芯片技术实验条件优化研究及应用

基因芯片标准化是其特异灵敏检测病原的基本保障,本研究针对金标银染可视化基因芯片制备中点样缓冲液的使用、点样次数、杂交温度、杂交时间、胶体金浓度以及银染时间分别进行优化实验,分析其对金标银染可视化共检基因芯片杂交信号的影响.分别选取猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的S和M基因,猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis of swine virus,TGEV)的N和S基因,A型猪轮状病毒(Group A porcine rotavirus,GAR)的VP7和NSP4基因设计引物.根据目的基因片段设计5’端修饰有15个T碱基的60-mer寡核苷酸探针,分别以1∶1混合点样缓冲液和直接进行喷样两种方式,利用芯片点样仪喷样分别喷样1次、2次、3次于醛基玻片上制成基因芯片.应用不对称PCR对实验室构建保存的三种腹泻病毒的阳性质粒进行生物素掺入标记,分别在40、45、50和55℃与基因芯片杂交30、60、90和120 min.利用生物素-链霉亲和素的特异性链接,分别将稀释10、20、30、40、50及60倍的链霉亲和素修饰的纳米金颗粒引入反应体系,通过不同银离子染色时间后后,直接眼观实验结果.应用优化后的标准化可视化芯片和RT-PCR同时对173份临床送检病料进行检测,以评价芯片临床应用.结果表明,应用探针和点样缓冲液1∶1混合的方法进行1次喷样制作的基因芯片,在50℃环境中杂交90 min后,与4μg/mL链霉亲和素修饰的纳米金颗粒结合,再进行12～14 min银染,经过10次重复性实验,可确定为金标银染可视化基因芯片的最佳优化条件.临床病料可视化芯片检测结果与RT-PCR检测结果一致.本研究确定了病毒性腹泻可视化共检芯片的最佳反应条件,为该技术的临床应用标准化研究奠定了基础.     

检测四种鸡呼吸道疫病病毒可视化芯片技术的优化及初步应用

可视化芯片技术是在传统芯片技术的基础上发展起来的一项新的疾病诊断和基因分析技术,对于临床疾病检测和诊断具有重要意义。本研究针对禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)的核蛋白(nucleprotein,NP)基因设计一对特异性引物,以H9亚型禽流感病毒分离株c DNA为模板,经PCR扩增、连接、转化和核酸序列鉴定后,得到含有AIV-NP基因的重组质粒。同时复苏本实验室保存的3株分别含有新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)的融合(fusion,F)蛋白基因、鸡传染性喉气管炎病毒(Infectious laryngotracheitis virus,ILTV)胸苷激酶(haemaggluttinin-neuraminidase,TK)基因和鸡传染性支气管炎病毒(Infectious bronchitis virus,IBV)核衣壳(nucleocapsid,N)蛋白基因的重组菌。以上述4种病原的靶基因核酸序列片段的正义链为模板,设计寡核苷酸探针,喷样到尼龙膜上制备成芯片,利用不对称PCR技术扩增生物素标记的靶基因,与芯片进行杂交后,检测结果直接用肉眼就可以判定。本研究对芯片制备流程和检测过程中主要条件进行优化。结果表明当寡核苷酸探针喷样浓度为25μmol/L、芯片杂交反应的时间为1 h、杂交温度为50℃、Streptavidin HRP Conjugate(1.0 mg/m L)稀释2 000倍、二氨基联苯胺(diaminobenzidine,DAB)显色时间为5 min时,芯片检测技术的结果最佳。用该方法与PCR/RT-PCR技术同时对临床采集的96份疑似病料进行检测,两种方法的检测结果一致。本研究构建的检测4种禽呼吸道疾病病毒可视化基因芯片技术具有高通量、快速、准确等优点,为鸡病的临床诊断提供了新的技术。     

基因芯片检测转基因油菜

在设计转基因油菜(Brassica napus)的基因芯片检测方法时，根据油菜中所转入的外源基因，选择了CaMV35S启动子、FMV35S启动子、Nos终止子、Bar基因、Barnase基因、Barstar基因、EPSPS基因、GOX基因、PAT基因和内源基因Fbp等设计了引物对与探针，并制备了寡核甘酸芯片，通过多重PCR对样品核酸进行扩增和荧光标记后，将PCR产物与芯片杂交，检测油菜样品中所含的外源基因。结果表明，实验有较好的特异性和重复性，在检测低含量的转基因油菜时灵敏度可达到0．5％。由于采用了多重PCR和芯片的多基因并行杂交的技术，一次可同时检测10个基因，在检测多品种混合的转基因油菜商品时具有独特优势。     

荧光RT-PCR鉴别诊断O型与AsiaⅠ型口蹄疫病毒方法的建立

从GenBank中获取多个口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus, FMDV）基因组序列,进行多序列比对之后,设计对应于口蹄疫病毒的3D、VP3和3C区域的引物和探针,分别建立了FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和AsiaⅠ型特异性实时荧光RT-PCR检测方法。三种FMDV实时荧光RT-PCR在Lightcycler荧光PCR仪上扩增均出现标准的S型曲线,并且具有良好的特异性,可以很好地将FMDV与传染性牛鼻气管炎病毒（Infectious bovine rhinotracheitis virus）、猪传染性胃肠炎病毒（Swine transmissible gastroenteritis virus）、赤羽病病毒（Akabane virus）和猪呼吸系统冠状病毒（Porcine respiratory corona virus）区分。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR可以成功扩增O型（O1和O2毒株）和AsiaⅠ型（AsiaⅠ1和AsiaⅠ2毒株）FMDV;O型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增O型（O1和O2毒株）FMDV,AsiaⅠ型（AsiaⅠ1和AsiaⅠ2毒株）FMDV为阴性;AsiaⅠ型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增AsiaⅠ型（AsiaⅠ1和AsiaⅠ2毒株）FMDV,O型（O1和O2毒株）FMDV为阴性。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和AsiaⅠ型特异性实时荧光RT-PCR都可以检测到10个拷贝的模板,灵敏度接近检测方法的极限。检测时间短,从加样到反应结束只需要70 min。该方法有潜力用于FMDV的实验室筛查与鉴别诊断。     

荧光RT-PCR鉴别诊断O型与Asia I型口蹄疫病毒方法的建立

从GenBank中获取多个口蹄疫病毒（Foot-and-mouth disease virus,FMDV）基因组序列,进行多序列比对之后,设计对应于口蹄疫病毒的3D、VP3和3C区域的引物和探针,分别建立了FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和Asia I型特异性实时荧光RT-PCR检测方法。三种FMDV实时荧光RT-PCR在Lightcycler荧光PCR仪上扩增均出现标准的S型曲线,并且具有良好的特异性,可以很好地将FMDV与传染性牛鼻气管炎病毒（Infectious bovine rhinotracheitis virus）、猪传染眭胃肠炎病毒（Swine transmissible gastroenteritis virus）、赤羽病病毒（Akabane virus）和猪呼吸系统冠状病毒（Porcine respiratory corona virus）区分。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR可以成功扩增O型（O1和O2毒株）和Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV;O型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增O型（O1和O2毒株）FMDV,Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV为阴性;Asia I型特异性实时荧光RT-PCR可成功扩增Asia I型（Asia I1和Asia I2毒株）FMDV,O型（O1和O2毒株）FMDV为阴性。FMDV群特异性实时荧光RT-PCR、O型特异性实时荧光RT-PCR和Asia I型特异性实时荧光RT-PCR都可以检测到10个拷贝的模板,灵敏度接近检测方法的极限。检测时间短,从加样到反应结束只需要70min。该方法有潜力用于FMDV的实验室筛查与鉴别诊断。     

口蹄疫病毒O、A和AsiaⅠ型分型基因芯片的构建与评价

口蹄疫(Foot-and-mouth disease,FMD)是由口蹄疫病毒(Foot-and-mouth disease virus,FMDV)引起的一种高度接触传染性动物疫病。本研究拟建立一种能区分FMDV O/A/AsiaⅠ型的基因芯片。根据FMDV O/A/AsiaⅠ型的VP1基因序列设计3对特异性引物,用RT-PCR扩增获得248、206和239 bp的三个靶基因片段,并针对这三个片段分别设计了3种探针,以引物荧光标记法标记靶基因,建立了一种鉴别FMDV O/A/AsiaⅠ型的分型基因芯片并进行了敏感性、特异性、重复性和保存期评价。结果表明最佳反应条件为:水化温度37℃,封闭液为0.25%BH_4Na/25%乙醇,杂交温度为42℃。灵敏性实验表明,FMDV-O检测限为118 pg/mL,FMDV-A为18.4 pg/mL,FMDV-AsiaⅠ为129 pg/mL,芯片方法灵敏度比常规RT-PCR高10~100倍;特异性实验表明,O、A和AsiaⅠ三型之间无交叉杂交;该芯片可至少保存3个月仍能重复使用。本研究建立的FMDV分型基因芯片为O、A和AsiaⅠ型鉴别提供了新方法。     

Fusion Expression and Purification of Marek’s disease virus Tegument Protein VP16 and Its Antibody Preparation

马立克氏病病毒(Marek’s disease virus ,MDV)UL48基因编码的蛋白与单纯疱疹病毒1型(Herpes simplex virus ,HSV)衣壳蛋白VP16为同源物，将其克隆入pET-32a载体中，获得pET-VP16, 转化Escherichia coli BL21感受态细胞，经IPTG诱导表达，SDS-PAGE电泳显示:融合蛋白获得可溶性表达，表达蛋白的相对分子量约为67 kD；将表达的融合蛋白过His·Bind柱，获得纯化的蛋白，将该蛋白免疫家兔，制备多克隆抗体。通过间接ELISA和Western blot鉴定制备的多克隆抗体的效价和特异性，结果表明，该抗体具有较高的特异性，间接ELISA效价大于2×10－5。     

三种对虾病毒多重实时荧光PCR检测方法的建立

根据基因库中白斑综合征病毒（WSSV）、传染性皮下及造血器官坏死病毒（IHHNV）和桃拉综合征病毒（TSV）的基因序列,设计了WSSV 、IHHNV和TSV的三对特异性引物和三条用不同荧光基团标记的TaqMan探针。对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了能够同时检测WSSV 、IHHNV和TSV的三重实时荧光PCR方法。该方法特异性好,对WSSV 、IHHNV和TSV的检测敏感性分别达到20000、20和20000个模板拷贝数;此外抗干扰能力强,对WSSV 、IHHNV和TSV不同模板浓度进行组合,仍可有效地同时检测这三个病毒。对保存的45份经常规PCR检测仅为WSSV 、IHHNV和TSV阳性的样品进行二重实时荧光PCR检测,结果都为阳性,其中2份为WSSV和IHHNV混合感染。本研究建立的三重实时荧光PCR方法用于WSSV、IHHNV和TSV的检测具有特异、敏感、快速、定量等优点。     

多重实时RT-PCR快速检测新型甲型H1N1流感病毒

从GenBank中获取新型甲型H1N1流感病毒(2009年流行株)HA和NA基因序列,通过多重序列比对之后,设计合成H1和N1基因特异性的引物和探针,用来建立新的甲型H1N1亚型流感病毒的多重实时RT-PCR检测方法.合成的两条荧光探针分别标记FAM和CY5荧光报告基团,荧光淬灭均使用BHQ基团.多重实时RT-PCR实验在ABl7500实时PCR仪上进行,经过40个循环的扩增之后,阳性对照出现标准的S型曲线,并且具有良好的特异性,可以很好地将新的甲型H1N1与传统的甲型H1N1以及H3N2、H5N1、H6N2和H9N2等流感病毒区分.多重实时RT-PCR可以检测到10个拷贝的模板,灵敏度接近检测方法的极限.检测时间短,从加样到反应结束只需要90 min.在对243例发热病人临床样品检测过程中发现7例阳性,1351份猪临床样品检测中未发现阳性,该检测结果和采用中国检验检疫科学研究院研制的试剂盒获得的检测结果一致.本研究所建立的快速、准确和高敏感性的多重实时RT-PCR方法非常适用于新型甲型H1N1流感病毒的实验室筛查.     

一株对小鼠具有高致病性的H5N1亚型禽流感病毒的拯救

禽流感病毒(Avianinfluenzavirus)正在逐渐获得突破种间屏障感染哺乳动物的能力,揭示其获得此种能力的分子机制已经成为禽流感病毒的研究热点。A/Chicken/Guangdong/04(H5N1)是一株高致病性禽流感病毒,同时对BALB/c小鼠也具有高致病力。实验通过反向遗传操作技术对该病毒进行拯救,获得了拯救毒R-A/Chicken/Guangdong/04(R-CG)。R-CG与其亲本毒A/Chicken/Guangdong/04(W-CG)在胚半数感染量(EID50)、细胞培养半数感染量(TCID50)、对SPF鸡和BALB/c小鼠致病力等生物学特性保持一致。即R-CG与W-CG对鸡都为高致病力,静脉接种指数分别为2.88和2.91;R-CG与W-CG一样,以106EID50鼻腔感染BALB/c小鼠后,均能引起小鼠死亡,在小鼠脑、肺、肾和脾脏中都能分离到病毒,说明拯救的病毒与亲本毒一样,都可在小鼠体内有效复制,对小鼠具有高致病性。本实验成功地拯救了A/Chicken/Guangdong/04,拯救病毒R-CG可作为背景毒株,为研究禽流感病毒突破种间屏障感染哺乳动物的分子机制奠定了实验基础。     

重组马白细胞介素-18生物学活性的测定及单克隆抗体中和活性鉴定

应用实时荧光定量RT-PCR方法评价了大肠杆菌表达的重组马白细胞介素-18（rEIL-18）蛋白在商品化的重组人IL-12（rhIL-12）协同作用下刺激马外周血单核细胞（PBMCs）产生EIFN-gamma的情况。在rhIL-12的协同作用下,rEIL-18在体外刺激马PBMCs产生EIFN-gamma的效应是阴性对照的20倍之多,并且在一定rhIL-12浓度的条件下,rEIL-18在体外诱导马PBMCs产生EIFN-gamma的能力是呈一定的剂量依赖性。此外,评价了制备的9株抗rEIL-18单克隆抗体中和rEIL-18的生物学活性的能力,证实其中1株可中和rEIL-18的生物学活性,并且呈一定的剂量依赖性。结果表明：首次获得原核表达的具有生物活性的rEIL-18,其活性可被1株抗rEIL-18单克隆抗体中和。     

荧光原位杂交技术检测土壤中博德特氏菌探针的设计与应用

根据博德特氏菌(Bordetellasp.)的16S rRNA基因序列,设计荧光原位杂交(FISH)检测博德特氏菌的寡核苷酸探针FW_iso_62和FW_iso_761,在20%～60%甲酰胺均有很强的荧光信号。采用探针FW_iso_62及其竞争探针,结合Nycodenz和DAPI技术,建立定量检测土壤中博德特氏菌的DAPI-FISH方法。该方法可排除土壤颗粒的自动荧光对细菌信号的掩盖,保证图片中有大量微生物供统计分析,还能有效保存微生物的原位信息。应用该方法分析土壤中1,2,4-三氯苯降解菌-博德特氏菌,结果未受氯苯污染的农田土壤中没有检测到博德特氏菌,而氯苯污染土壤中检测到大量的博德特氏菌,每克土壤含3.78×106个。将该污染土壤中分离的博德特氏降解菌及其降解菌群接种至农田土壤中,降解菌的数量均随培养而增加,一个月后分别占DAPI计数的1.7%和3.8%。本研究设计的探针可有效用于复杂环境样品中博德特氏菌的定性与定量检测。     

薄片牡蛎的核型及18S-28S核糖体rRNA基因的染色体定位

以薄片牡蛎（Dendostrea folium）成体鳃组织为材料制备有丝分裂中期染色体标本,对其染色体核型进行了分析,并运用荧光原位杂交技术（FISH）将18S-28S核糖体RNA基因定位于中期染色体上。FISH探针是通过PCR扩增介于18S-28S rRNA基因之间的ITS和5.8S rRNA基因序列,并在PCR扩增过程中掺入了Biotin-11-dUTP进行生物素标记。结果显示,薄片牡蛎的单倍染色体数目为n=10,全部为中部着丝粒染色体。与大多数已知巨蛎属牡蛎的染色体核型相似。ITS探针在薄片牡蛎中期分裂体相上产生两簇FISH信号,分别杂交于2号染色体短臂的近端粒区域。本研究首次报道了薄片牡蛎的中期染色体核型以及18S-28S核糖体RNA基因在染色体上的定位。     

茶树生长素抑制蛋白基因CsARP1的克隆与表达分析

从茶树休眠芽抑制消减杂交文库中分离得到生长素抑制蛋白基因的3＇-片段,以休眠芽为材料,利用RACE技术克隆了其cDNA全长,并利用荧光定量PCR研究了该基因在不同休眠阶段芽的相对表达量。结果从茶树休眠芽中获得一个全长为711bp的生长素抑制蛋白基因CsARP1（GenBank登录号为HQ225758）。该基因开放阅读框...     

DIG和碱性磷酸酶标记cDNA探针检测番木瓜PRSV的比较

利用地高辛(DIG)标记和碱性磷酸酶直接标记的cDNA探针核酸分子杂交及RT－PCR方法对番木瓜环斑病毒(PRSV)进行了检测。根据Genebank发表的PRSV中国Sm株系的外壳蛋白基因序列，设计特异引物，以美中红（Carica papaya L. cv. Meizhonghong ）带病样品的RNA为模板进行RT-PCR扩增反应,将其目的cDNA片段克隆到pGEM-T easy 质粒载体上，并测序。以重组质粒作模板，用PCR－DIG标记方法制备cDNA探针，另一种非放射性探针是经凝胶电泳分离、纯化cDNA片段，用碱性磷酸酶直接进行标记。结果表明，(1)美中红No.2序列与中国优势株系Sm的同源性为94.7%；(2) DIG标记的三种cDNA探针（861bp，455bp和215bp）对样品的总RNA检测结果是一致的, 且861bp的探针杂交斑点最为清晰，上述核酸杂交结果与RT－PCR检测结果相符, 核酸分子杂交检测的灵敏度和特异性能满足常规检测的需要；(3)碱性磷酸酶直接标记861bp的cDNA探针可进行PRSV的斑点杂交检测，而455bp的cDNA片段用碱性磷酸酶直接标记时，不能获得有效的杂交结果；(4)本试验还用DIG标记探针对叶脉进行了印迹杂交检测,结果与RT－PCR检测结果相符。     

表达外源基因的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染性克隆的构建及病毒拯救

为建立表达标记基因的重组猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)反向遗传操作平台,本研究在PRRSV HuN4-F112疫苗株感染性分子克隆的基础上,采用突变PCR技术将新城疫病毒(NDV)NP蛋白末端优势抗原区插入PRRSV NSP2蛋白的复制非必须区,经基因片段的克隆、拼接,构建了含有外源标记基因的感染性的PRRSV cDNA克隆psk-HuN4-F112-Δ52+NP49。用限制性内切酶SwaΙ将psk-HuN4-F112-Δ52+NP49线性化后通过细胞外转录获得病毒RNA,用脂质体法将病毒RNA转染叙利亚仓鼠肾细胞(BHK-21)包装出病毒粒子,再转接到猴胚胎肾上皮细胞(MACR-145)传代拯救病毒。对拯救的病毒进行RT-PCR扩增、酶切和序列分析鉴定。结果表明,拯救病毒含有不同于亲本病毒的分子标记(病毒基因组14667位人工产生的MluⅠ酶切位点)和插入的标记基因序列。间接免疫荧光试验表明,外源基因NP49在拯救的PRRSV中表达,且能够在PRRSV传代过程中稳定遗传。病毒生长特性比较显示,拯救病毒与亲本病毒在MARC-145细胞上具有相似的增殖特性。本研究构建了含有标记基因PRRSV的感染性克隆并获得了拯救病毒,为进一步开发新型PRRS疫苗提供了有效的反向遗传操作平台。     

柑橘速衰病毒CP基因的序列变异性分析

以提取的宽皮橘(Citrus reticulata Blanco)总RNA为模板，用RT-PCR扩增柑橘速衰病毒(Citrus tristeza virus, CTV)的外壳蛋白基因(CP )，扩增产物经克隆与测序证实，来自湖南道县和江西崇义的3份样品(HN、JX-1和JX-2)都感染了CTV。单链构象多态性(single-strand conformation polymorphism, SSCP)分析表明，来源于3份样品的CTV的CP基因在遗传上存在变异，其中来自HN和JX-1的CTV的CP基因序列仅含有1种序列类型，而来自JX-2的CP基因序列群体则含有2种主序列。序列分析表明，克隆HN-K与葡萄牙分离物28C和以色列茎陷分离物VT的同源性均为98%；克隆JX-1-1与印度茎馅分离物Pune和Bangalore的同源性分别达98%和99%；克隆JX-2-7、JX-2-17与日本苗黄分离物NUagA和美国加利福尼亚严重茎陷分离物SY568相比，同源性为97%%~98%；4个克隆与佛罗里达速衰分离物T36、弱毒分离物T30和西班牙弱毒分离物T385的同源性仅有91%%~93%。系统发育分析显示，4个中国克隆分属3个不同的族，与地理起源不同的茎陷或苗黄分离物的亲源关系更近，而与速衰和弱毒分离物的亲源关系更远，暗示CTV的地理起源与其核苷酸距离之间没有相关性。