中国部分优质小麦品种(系)遗传多样性的SSR分析

为明确中国优质小麦品种(系)间的遗传关系,利用21对SSR引物对75份优质小麦品种(系)进行了遗传多样性分析.结果表明,21对引物共检测到135个等位位点,每对引物等位位点数在2～13之间,平均为6.4个.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.49～0.90,平均为0.76.品种间遗传相似系数(GS)变幅为0.46～0.96,平均为0.66.SSR标记能将75份优质小麦品种(系)分成五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

部分美国及我国小麦品种的遗传多样性分析

为了比较美国及我国小麦品种的遗传多样性,选用55对SSR引物对引自美国的67份小麦品种及我国黄淮麦区推广面积较大的17个品种进行了遗传多样性分析。结果表明,67份美国小麦品种共检测到443个等位变异,单个引物位点的等位变异为2～24个,平均每个位点8.10个,各位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.11～0.92,平均为0.59;黄淮麦区小麦品种共检测到266个等位变异,单个引物位点的等位变异为2～9个,平均每个位点4.82个,PIC变幅为0.10～0.84,平均为0.55。67个美国小麦品种A、B、D三个基因组的平均等位变异与平均PIC值大小分别为:B(8.60)>D(7.88)>A(7.63)和B(0.62)>A(0.58)>D(0.56);黄淮麦区17个小麦品种三个基因组的平均等位变异与平均PIC值大小分别为:B(5.30)>A(5.10)>D(3.94)和B(0.58)>A(0.57)>D(0.48)。聚类分析结果表明,55对SSR引物能将84份材料区分开来,并分为六大类,15个国内小麦品种被聚为一类,中国春自成一类,其余材料被聚为四类。由此可知,美国小麦品种的遗传多样性较高,与黄淮麦区小麦品种的遗传差异较大。     

小麦育种亲本材料遗传多样性的SSR分析

为了明确目前中国小麦育种亲本材料间的遗传关系,为育种工作提供有益信息,利用74对SSR引物对103份小麦主要亲本材料进行了遗传多样性分析,共检测出298个等位位点,每对引物等位位点数在2～14之间,平均为4.03个.位点多态信息含量(PIC)变幅为0.020～0.899,平均为0.429.品种(系)间遗传相似系数(GS)变幅为0.369～0.948,平均值为0.636.74对SSR标记能将103份小麦品种(系)分为五大类.聚类分析结果与品种系谱来源及地域比较吻合.     

黑龙江省不同年代主栽春小麦品种的遗传多样性分析

为了从分子水平探讨黑龙江省春小麦种质资源的遗传多样性,对黑龙江省34份不同年代主栽春小麦品种进行SSR标记分析,计算遗传相似系数(GS)和位点多态性信息含量(PIC),并利用SSR标记的数据结果对供试品种进行聚类分析.14对SSR引物共扩增出73个等位变异,平均每对引物扩增出5.2个等位变异.遗传相似系数的变化范围为0.32～0.88,总体平均值为0.64.位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.16～0.87,平均0.56.聚类分析表明,SSR标记将34个品种相互区分开并分为五大类,分类结果与品种系谱比较吻合.据此认为,SSR标记揭示出黑龙江省主栽小麦品种具有较高的遗传多样性.     

花生SSR核心引物筛选及育成品种DNA指纹图谱构建

根据SSR引物在遗传连锁图上的位置,首先选择200对均匀分布在染色体上,且通过聚丙烯酰胺凝胶电泳银染技术筛选表现为条带清晰、可重复的单位点引物,再利用毛细管电泳技术筛选等位变异数≥4个、引物的PIC值≥0.4、杂合度≤0.1的引物,并参考其所在染色体位置,获得60对具有丰富的多态性、广泛的代表性、均匀分布的SSR引物,同时普通引物和荧光引物都具有较好的扩增效果,作为花生品种构建指纹图谱的核心引物。60对SSR引物在100份材料中共扩增出352个多态性等位位点,引物扩增的等位位点均值为5.87;每对引物可区分的基因型数目均值是6.35;引物的多态性信息指数(PIC值)均值是0.54。高多态性的SSR引物占66.67%,SSR引物杂合度都在0.06以下。品种间的遗传相似系数变幅为0.530~0.683。构建了100份花生的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可标识一个品种,为全国花生品种及资源的DNA指纹数据库的构建奠定基础。     

130份甘蓝型油菜种质分子身份证的构建

为准确区别油菜种质,从分布于油菜19个连锁群上的463对SSR引物中,筛选出33对扩增清晰、稳定的多态性引物,并用其分析国内外130份甘蓝型油菜材料,共检测到191个等位变异,每对引物的等位变异数变幅为3～9个,平均为5.7879;有效等位变异数(Ne)变幅为1.9068～7.4790,平均为4.7307;多样性指数(He)变幅为0.7738 ～2.0451,平均为1.5515;引物个体识别能力(DP值)变幅为0.3892～0.8629,平均为0.7428;多态信息含量(PIC值)变幅为0.4756～0.8663,平均为0.7640.主坐标分析表明:33对核心引物可以将供试材料明确区分,并按照遗传相似性归为3类.通过逐级筛选,最终确定7对引物(BrGMS075、Na14E08、BrAS084、CB10545、Na14G10、CN57和Ra2E04),将每对引物的扩增产物进行数字标识,构建了130份甘蓝型油菜的品种分子身份证,达到用最少的引物组合区分不同品种的目的.     

黄淮海地区新育成大豆品系SSR标记多样性分析

分子标记基因型分析是作物品种多样性评估、优异种质发掘与有效利用的重要手段。本研究利用覆盖大豆全基因组的60个微卫星(SSR)分子标记对以黄淮海地区新近育成品系为主的284份大豆材料进行基因型分析,以揭示我国黄淮海地区近期大豆育成品系的遗传多样性特点。结果表明:在供试群体中,60个标记共检测出363个等位变异,每个位点平均有6.05个;PIC指数变异范围为0.297~0.849,平均为0.614。黄淮海地区大豆新品系平均每个位点等位变异为5.75,PIC指数平均为0.604,表现出较高的多样性水平;不同省区中,北京、河北材料多样性最高。基于SSR数据的聚类分析,可将供试材料分为5大类,聚类结果与品系的地理来源相关。进一步选出8对SSR引物能够区分供试材料,可用于构建指纹图谱。     

小偃22及其衍生品种遗传多样性的SSR分析

为深入了解小麦骨干亲本小偃22及其衍生品种的遗传特性,利用相对均匀分布在小麦各染色体臂上的71对SSR引物对小偃22及其6个衍生品种以及小偃22的姊妹系小偃22 2进行SSR分析。结果表明,在8份供试材料中共检测到187个等位变异,每个位点等位变异数目为2~5个,平均为2.6个。多态性信息含量（PIC）变异范围为0.305~0.582,平均为0.388。遗传距离变化范围为0.309~0.767,平均为0.595,说明材料间遗传差异较小。经UPGMA聚类分析,在0.55处将供试材料分成两大类,能较好地反映品种之间的遗传差异。小偃22与其姊妹系小偃22 2的遗传相似系数为0.73。     

利用SSR标记分析热带、亚热带玉米自交系的遗传多样性

从本实验室确定的核心引物中筛选出39对扩增产物具有稳定多态性的引物,利用这39对SSR标记引物研究了35份热带、亚热带玉米自交系的遗传多样性。39对引物在供试材料中共检测到153个等位位点的变异,每对引物检测等位位点2～8个,平均3.92个;引物的多态性信息量(PIC)变化范围为0.27～0.79,平均0.59。聚类结果表明,41份自交系划分为3个类群,分类结果与系谱基本一致。     

利用SSR标记构建我国亚麻品种DNA指纹图谱及遗传多样性分析

亚麻是中国重要的经济作物之一,其品种间遗传变异对亚麻产量和品质改良具有重要的指导意义。研究利用亚麻基因组序列所设计的96对SSR引物对24份来源于中国的亚麻品种进行遗传多样性分析,同时构建DNA指纹数据库。结果表明:96对SSR引物共检测到128个等位变异,每对引物检测出1～5个等位变异,利用具有多态性的24对SSR引物能将24份亚麻品种鉴定出来。24份亚麻材料遗传相似系数变幅为0.25～0.87,平均遗传相似系数为0.56。进一步基于SSR基因型聚类结果可将24份亚麻品种分为三大类。以上研究结果可为亚麻的亲本选择及杂交组配提供理论依据。     

甘蓝型黄籽油菜SSR标记遗传多样性

利用 42对SSR引物对19个甘蓝型黄籽油菜品种(系)进行遗传多样性分析,共检测出336个等位基因,每对引物在不同品系间的等位基因数在2～21之间,平均位点为8个.位点多态性信息含量为0.17～0.85,平均为0.73.对SSR扩增结果进行UPGMA分析,可将19个品种(系)分为4个群体,聚类结果与系谱来源比较一致.并且只需NAS99、NAS98、NAS91及NAS31 4对多态性高的引物即可将19个材料区分开来.     

西北地区糯玉米自交系遗传多样性研究

采用32对SSR引物对西北地区的40份糯玉米的遗传多样性进行分析,研究西北地区糯玉米种质资源的遗传多样性。结果表明,供试材料中检测出152个等位基因变异,每对引物可检测等位基因2～9个,平均4.75个。SSR的引物的PIC值介于0.303～0.862之间,平均多态性信息量为0.632。聚类分析表明,在遗传相似性系数（GS）0.662水平上40个自交系可聚成5类,主坐标分析将其分为4类9组。2种分类方法获得的结果基本吻合,主坐标分析能更为真实反映40个糯玉米自交系间的亲缘关系。     

SSR标记在糯玉米遗传多样性研究上的应用

利用SSR标记研究了30份我国主要糯玉米(ZeamaysL.ceratinaKulesh)自交系的遗传变异。用21对扩增带型稳定的引物,从供试材料中检测出101个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～10个,平均4.81个,平均多态性信息量0.60。     

香蕉引进品种遗传关系的微卫星检测

应用SSR标记技术,对33个香蕉引进品种(系)和1个国内品种的遗传关系进行了检测.40对SSR引物在34个品种(系)中扩增带数在4～17个之间,平均每个SSR座位可检测3.05个多态性带;引物的多态信息量(PIC)在0.21～0.91之间,平均0.78.依据SSR数据计算的品种问遗传距离在0～45.53%之间,平均28.19%,说明引进的香蕉品种之间存在较为丰富的遗传变异.UPGMA聚类分析将34个品种分为A基因组和AB基因组为主的2大品种类群.检测出多个与我国早期引进的主栽品种巴西蕉和Williams遗传差异突出的引进品种,这为筛选鉴定出新的替代品种,以及进一步在不同类群品种之间进行杂交选育新的品种奠定了基础.洪都拉斯3号与M931之间,洪都拉斯1号和洪都拉斯2号之间没有区分开来,它们可能分别是同一克隆,或者是同一克隆的突变体.     

利用SSR荧光标记分析90个糯玉米地方品种的遗传多样性

试验以2个CIMMYT热带群体Pob 25和Pool26为基础材料,以丹340、掖478及其杂交种F₁(掖单13)为测验种,采用三重测交(TTC)设计,对两群体各性状进行了基因效应分析,在两群体中均发现了部分性状存在显著的上位性效应,并提出了各类上位性分量的可能利用途径,为两群体的遗传改良打下了基础。     

黄淮麦区小麦新品种(系)的遗传多样性分析

为了解黄淮麦区新育成小麦品种的遗传多样性,选用33对SSR引物对2011/2012年度国家黄淮冬麦区(南片)区试42个小麦品种(系)的遗传差异情况进行了分析。结果显示,(1)33对引物共检测到128个等位变异,每对引物检测到等位变异数2～6个,平均3.88个;每个SSR位点多态性信息指数(PIC)为0.09～0.77,平均为0.53。(2)小麦新品种3个基因组的平均遗传丰富度不同,由高到低排序为A>B>D,平均遗传多样性指数为B>A>D。(3)品种间遗传相似系数(GS)为0.15～0.88,平均为0.52。聚类分析结果表明,42个品种被聚为2大类,4个亚类,其中大部分品种聚集于前两个亚类。本研究表明,黄淮麦区小麦区试品种(系)中少数品种具有较大遗传差异,可为亲本利用提供参考,但参试品种总体遗传多样性水平较低。     

33个育成花生品种遗传多样性分析

利用75对SSR标记引物对33个育成花生品种进行遗传多样性分析,结果表明,其中有10对标记引物扩增出多态性,共检测到33个多态等位点,每对引物分别检测出4～8个等位点变异,平均为6.0个,33个花生品种间的遗传相似系数在0.242～1.000之间,平均为0.621。聚类分析结果表明33个参试花生品种在遗传相似系数0.600处分为2个类群,亲本来源相近的品种优先聚在一起。     

20份特用玉米自交系亲缘关系的SSR标记研究

利用SSR标记研究了20份特用玉米自交系的亲缘关系。用15对扩增带型稳定的SSR引物,从供试材料中检测出67个等位基因变异,每对引物检测等位基因2～10个,平均4.66个。SSR引物的PIC介于0.43～0.88之间,平均多态性信息量为0.675。UPGMA方法聚类分析表明,甜玉米和糯玉米亲缘关系最近,个别爆裂玉米与糯玉米亲缘关系较近,大部分爆裂玉米与前两者的亲缘关系很远。     

利用SSR荧光标记构建37个中国橡胶树栽培品种指纹图谱

以37个橡胶树栽培品种为材料,利用SSR荧光标记技术进行DNA指纹图谱的构建和遗传关系分析,构建我国橡胶树栽培品种的SSR指纹图谱。共计筛选和确定出34对SSR引物作为构建橡胶树品种DNA指纹图谱库的核心引物,其中30对SSR引物可用于品种鉴定,4对SSR引物可作为备选引物用于后续新选育品种的鉴定。筛选和确定出的核心SSR引物表现出较高的多态性信息含量（PIC值）,其中PIC值高于0.5的引物高达97%,PIC值大于0.7的引物多达12对,PIC值大于0.8的引物有2对。引物rbm28的多态性最高,可作为最佳引物用于鉴定中国橡胶树主栽品系的遗传多样性,其他4条引物HESR025、HESR163、H-084、H-122同时具备较高的杂合率和多态性,可考虑作为备选引物。34对核心SSR引物在37个橡胶树品种中共检测到161个等位变异,平均每对引物检测到5.4个等位基因,平均PIC值为0.65,表现出高度多态性。利用30对核心SSR引物对37份橡胶树品种进行扩增,得到相关品种的准确SSR位点信息,获得包含37个橡胶树品种的标准DNA指纹图谱库,其中33个橡胶树品种均具有唯一的DNA特征指纹,可作为各品种特定的图谱,为橡胶树品种鉴定和育种实践提供依据。