1株猪副粘病毒的分子鉴定

以1株从发病猪中分离到的副粘病毒(MF01株)为研究对象，用反转录-聚合酶链式反应(RT—PCR)对它的F基因进行分段扩增、定向克隆到pUC119质粒载体，然后测定它们的核苷酸序列，并推导出相应的氨基酸序列。MP01株的F基因全长1662bp，编码553个氨基酸，它们的裂解位点的氨基酸序列为^112G—K-Q-G-R—L^117，是NDV弱毒株特有的序列结构。序列分析结果表明，它与国内标准毒株F48E9的核苷酸同源率为90％，氨基酸的同源率为93％；它与弱毒株LaSota的核苷酸同源率为91％，氨基酸同源率为94％。     

2株不同来源的新城疫病毒的F基因克隆和序列分析

以1株从发病鸽中分离到的新城疫病毒(PNDV／99株)和1株从发病鹅中分离到的新城疫病毒(GNDV／00株)为研究对象，用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)对它们的F基因进行分段扩增、定向克隆到pUCll9质粒载体，然后测定它们的核苷酸序列，并推导出相应的氨基到序列。PNDV／99株和GNDV／00株的F基因全长1662bp，编码553个氨基酸，它们的裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117，是NDV弱毒株特有的序列结构。序列分析结果表明，它们2株之间的核苷酸同源率高达99．28％，氨基酸同源率则为100％；它们与国内标准毒株F48E9的核苷酸同源率只有87．48％和87．36％，氨基酸的同源率都为91．68％；而它们与弱毒株La Sota的核苷酸同源率别为98．50％和98．74％，氨基酸同源率都为98．73％。     

鸭Ⅰ型禽副粘病毒YH99V株F基因的克隆和序列分析

从患病鸭群中分离到一株引起鸭产蛋锐减而不死亡的病毒,经鉴定该病毒属于Ⅰ型禽副粘病毒,命名为YH99V株。以YH99V株的基因组RNA为模板,用RT-PCR一步法扩增出其F基因的cDNA序列,然后将其克隆至pMD18-T载体中,对其进行序列测定。结果表明,所克隆的基因片段长度为1 750 bp,含有1个1 662bp的开放式阅读框架(ORF),编码553个氨基酸。将YH99V株F基因序列和推导的氨基酸序列与国内外新城疫毒株的F基因相应序列比较后发现,它们的核苷酸序列同源性分别在82.7%-99.6%,氨基酸序列同源性为87.2%-99.3%。YH99V株在F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与弱毒株在这一区域的序列完全相同,表明为弱毒株。根据F基因的全核苷酸序列,进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株F基因的系统发育树。分析结果显示YH99V株与Lasota等参考毒株同属于基因Ⅱ型,表明它们具有较近的亲缘关系。     

禽流感病毒H9N2亚型HA基因的序列分析

试验对1株H9N2亚型禽流感病毒血凝素(HA)基因进行扩增、克隆,然后对毒株的HA基因进行阳性克隆鉴定。测序结果表明:所扩增的HA基因全长1 683 bp,编码560个氨基酸;该毒株的裂解位点的氨基酸序列为R-S-S-R,属于低致病力毒株,该毒株有7个潜在糖基化位点,受体结合位点的氨基酸分别为YWT-NVLY,左侧壁氨基酸为NGQQG,右侧壁为GTSKA。将该毒株与国内一些参考毒株的HA基因序列进行比较分析,结果表明,核苷酸与氨基酸同源率较高,核苷酸同源率为93.0%~97.3%,氨基酸同源率为95.4%~96.6%,亲源关系比较近;与韩国毒株核苷酸和氨基酸同源率分别为83.3%和87.3%,亲源关系比较远。     

狐貉源犬瘟热病毒核蛋白基因的克隆及序列比较分析

参照已发表的犬瘟热病毒(CDV)核蛋白基因(N)序列设计合成了1对引物,用RT-PCR方法对从发病狐、貉中分离的MS01、SC01、ZD01三株CDV的N基因进行扩增,并分别将其PCR产物进行克隆和测序。测序结果表明:3病毒分离株N基因阅读框架全长均为1572bp,编码523个氨基酸。利用DNAstar的MegAlign生物软件,将3病毒分离株与Genbank数据库中现有的CDV毒株的N基因序列及推导出的氨基酸序列进行了同源性比较和系统进化树分析,结果发现:3病毒分离株与强毒参考株A75/17等野毒株高度同源,核苷酸同源为96.2%～99.1%,氨基酸同源为96.0%～99.8%,而与疫苗株Onderstepoor相对较远,核苷酸同源为93.6%～94.0%。N基因的系统进化关系分析显示:3病毒分离株均归为强毒株,并且与中国新疆的TN株、中国台湾的Kaohsiung株基因型最近,表现出一定的地理位置相关性。     

鹅副粘病毒LS-1株的分离鉴定及F基因分析

从山东省梁山县疑似鹅副粘病毒感染的病死鹅中分离到1株LS-1病毒株,经血凝和血凝抑制试验,证实该毒株为禽1型副粘病毒.毒力测定结果表明,该病毒对鸡胚平均致死时间(MDT)为39.5 h;1日龄无特定病原体(SPF)鸡脑内接种分离病毒的致病指数(ICPI)为1.76;6周龄SPF鸡静脉接种致病指数(IVPI)为2.42.序列测定结果表明LS-1株F基因核苷酸长度为1 653 bp,编码为551个氨基酸,有6个糖基化位点,其裂解位点的氨基酸序列为112-Arg-Arg-Gln-Arg-Arg-Phe-117,与已公布的强毒株裂解位点的氨基酸序列相符.同源性分析表明,该毒株F基因与目前已公布的鹅副粘病毒F基因核苷酸同源性在87.0%~98.4%之间,推导的氨基酸序列同源性在87.0%~98.5%之间.     

一株犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组测序与其遗传变异分析

为分析本实验室分离的犬副流感病毒CPIV-BJ01株全基因组序列与其遗传变异情况,对CPIV-BJ01株全长进行分段扩增并测序,拼接获得全基因组序列,与GenBank发布的27株副流感病毒5型分别进行全基因组和包膜糖蛋白(F、SH和HN)核苷酸及氨基酸序列的相似性比对,分析其遗传进化关系。结果显示,CPIV-BJ01毒株与犬源PIV5 1 168-1亲缘关系最近,核苷酸相似性为99.9%,氨基酸相似性为99.8%。CPIV-BJ01的F和HN基因序列变化较为保守,核苷酸和氨基酸变化均在4%以内,其中F蛋白的氨基酸变化形成一处新的O-糖基化位点;CPIV-BJ01株的SH基因序列与其他演化分支毒株差异显著,核苷酸相似性为84.4%~97.0%,氨基酸相似性为31.8%~95.6%。综上,CPIV-BJ01株基因组序列与前人报道的毒株相比,在F、HN基因和部分非编码区存在核苷酸或氨基酸序列的改变,同时F蛋白存在糖基化修饰的改变,均为该毒株所特有,该研究结果丰富了中国CPIV流行株的基因组信息。     

猪源新城疫病毒SP13株的F基因克隆及序列分析

采用RT-PCR方法对猪源新城疫病毒(NDV)SP13株的F基因进行了扩增与克隆,并测定出F基因的核苷酸全序列,推导出氨基酸序列.F基因全长为1662 bp,单一的开放阅读框,编码553个氨基酸的长肽,裂解位点的氨基酸序列为112G-R-Q-G-R-L117,与弱毒株在这一区域的序列(112G-R/K-Q-G/S-R-L117)相符;F蛋白有6个潜在的糖基化位点和13个Cys残基位点,其疏水构型有3个强疏水区.通过同源率、系统发育、致病性、疏水性和抗原性等比较分析的结果表明,SP13与LaSota、Clone 30株不但同源性达到99.9%,而且在致病性、疏水性和抗原性等方面也极为相似.     

口蹄疫病毒G-01株基因组编码区的序列分析

参考GenBank中注册的O型口蹄疫病毒(FMDV)全基因序列,分段设计了9对引物,应用RT-PCR方法对G-01株的基因组编码区序列进行了克隆和序列测定,获得了该毒株基因组编码区的核苷酸序列(6 966 bp)并推导出其编码的氨基酸序列(2 322 aa).将获得的G-01株基因组编码区的核苷酸序列与参考的14株FMDV基因序列进行比较,结果表明,本毒株的3A蛋白的92～101位缺失10 aa,VP1基因的133～160位的关键位点没有变化,该毒株与以HKN/2002株为代表的7株O型毒株的同源性较高,与HKN/2002株遗传关系最近,而与另外7株O型毒株同源性较低,其遗传关系也较远.由此推断G-01与HKN/2002株属于遗传关系较近的毒株,这2株病毒有着相同的进化起源.     

3株鸽源新城疫病毒陕西分离株F基因的克隆与序列分析

对3株鸽源性新城疫病毒F基因进行扩增和序列分析,探讨分离毒株相互之间以及与疫苗毒之间的遗传进化关系.采集病料,通过非免疫鸡胚接毒传代分离病毒,HA及HI试验鉴定其为ND病毒;设计特异性引物,RT-PCR扩增分离ND病毒F 基因的重要功能区片段(1 395 bp),并对其进行克隆、测序及序列分析.结果表明:3株鸽源NDV陕西分离株相互之间F 基因核苷酸序列的同源性在98.0%～99.3%,氨基酸序列同源性为98.5%～99.1%;其F 基因裂解位点的氨基酸组成与NDV 强毒株的特征性结构(112 R-R-Q-K-R-F117 )一致.系统发育进化树表明,此3 株强毒株与某贵州分离株(登录号:EF589137) 高度同源,处于进化树的同一分支,属于基因Ⅵ型.分离到的3株鸽源NDV之间同源性较高,鸡胚病变和序列分析表明其为强毒,与传统的La Sota,B1等疫苗株同源性很低.