太湖猪及毗邻地区猪品种的主成分地理分布研究

利用太湖猪5个类群(二花脸、中梅山、小梅山、米猪和沙头乌)及姜曲海猪、东串猪在25个微卫星DNA座位上的等位基因频率,进行主成分分析,绘制地理分布图。结果表明,第一主成分地理分布图反映太湖猪类群与其它两品种遗传结构的差异;第二主成分地理分布图反映太湖猪各类群遗传结构的差异,并将其分为两类;第三和第四主成分地理分布图初步揭示华北型与华中型猪品种的基因交流。本研究为进一步开展全国性地方猪品种的主成分地理分布分析奠定基础。     

太湖猪及毗邻地区猪品种的主成分地理分布研究

利用太湖猪5个类群(二花脸、中梅山、小梅山、米猪和沙头乌)及姜曲海猪、东串猪在25个微卫星DNA座位上的等位基因频率,进行主成分分析,绘制地理分布图.结果表明,第一主成分地理分布图反映太湖猪类群与其它两品种遗传结构的差异;第二主成分地理分布图反映太湖猪各类群遗传结构的差异,并将其分为两类;第三和第四主成分地理分布图初步揭示华北型与华中型猪品种的基因交流.本研究为进一步开展全国性地方猪品种的主成分地理分布分析奠定基础.     

红灯笼猪种质资源鉴定及其特异性基因位点挖掘

红灯笼猪是优质的江苏省地方畜禽资源。为探明红灯笼猪种质特异性，解析其种质特性背后的关键基因位点，本试验选取了包括红灯笼猪、米猪和淮猪在内的45个欧亚猪种1 228头猪的基因组数据，通过邻接系统发育树、遗传距离、遗传分化系数、祖先血统组成K分析(K postulated ancestral populations)以及位点特异性分枝长度(locus-specific branch length, LSBL)分析等进行整合分析。结果显示：红灯笼猪在邻接系统发育树分析中独立成簇，没有与其他猪种交叉。在遗传距离和遗传分化系数分析中，红灯笼猪与其他猪种，包括淮猪和米猪，都保持较远的遗传距离和遗传分化，这种差异甚至超过了梅山和二花脸等现有确认的地方猪种间差异。此外，在祖先血统组成分析中，红灯笼猪在K=39时，形成了独立的祖先血统组成，此时的二花脸和米猪仍共享同一个祖先血统，表明红灯笼猪进化路线特异。最后通过将红灯笼猪、米猪和淮猪进行LSBL分析，结果发现相关位点所注释到的基因主要富集在生长代谢、抗病性和神经发育等功能上，表明红灯笼猪在种质形成过程中，相关性状受到选择。本试验确定了红灯笼猪的品种独立...     

5个不同猪种PGC1基因PCR-RFLP多态性研究

通过PCR—RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏省地方品种梅山猪．二花脸猪．姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因序列经Aul I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0．7,而江苏省地方品种猪中,TT占绝对优势,T等位基因频率平均为0．99,其中梅山猪和二花脸猪均为TT型。PGC1基因的PCR—RFLP基因型分布x2检验结果表明,大约克猪与苏钟猪．梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;苏钟猪与梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;梅山猪、二花脸猪,姜曲海猪三者之间无显著性差异。     

部分地方品种猪体尺、胴体及肉质性状分析

为进一步了解分析我国地方猪种的生长及胴体肉质性能,本试验对8月龄左右的沙乌头猪、沙乌头与杜洛克杂交一代猪、米猪和巴马香猪的体尺(不含巴马香猪)、胴体及肉质性状进行了测定。结果发现,米猪体重、体高、体长、胸围和腹围等指标均最大,分别为86.65 kg、63.25 cm、118.75 cm、107.25 cm、131.00 cm,其中体重、体高和腹围均极显著高于沙乌头猪(P0.01),体长和胸围显著高于沙乌头猪(P0.05),具有较好的体尺性能;巴马香猪肉色L、a、b值较大,分别为45.45、12.37、12.39,L、a值极显著高于米猪(P0.01),b值显著高于米猪(P0.05),具有较为优质的肉色;沙乌头猪肉色、pH1、嫩度、熟肉率等肉质综合指标在三个猪种中最佳。此外,三个品种其他指标如胴体瘦肉率、背膘厚、肌内脂肪、系水力等,均符合我国地方猪种普遍的胴体及肉质特性。     

猪解耦联蛋白基因3(UCP3)3''''侧翼区突变位点多态性及其对胴体、肉质性状的影响

利用PCR-RFLP技术,分析了猪解耦联蛋白基因3(UCP3)的3'侧翼区一碱基变异区Ava I位点的多态性在不同猪群体间的基因型分布及其多态性对猪胴体、肉质性状的影响.结果表明经x2独立性检验,发现该多态片段3种基因类型在各品种间分布不一致,杜洛克与中国地方猪种淮南猪、二花脸猪、清平猪、八眉猪相比差异极显著(P＜0.01),中国地方猪种间比较差异均不显著(P＞0.05);采用最小二乘法以及回归法分析了大白×梅山资源家系F2代139头个体的Ava Ⅰ位点多态性与相应的胴体、肉质性状的连锁关系,未发现该位点对猪胴体、肉质性状的显著性影响.UCP3基因3'侧翼区多态位点基因片段在各猪群间分布类型的不同显示出中国地方猪种与外来猪种相比所具有的种质差异,但该位点是否用作为改良猪胴体、肉质性状的标记位点并在标记辅助选择中加以应用还有待进一步的研究.     

野猪和16个国内外猪种Mx1基因第14外显子多态性分析

采用PCR—RFLP方法对野猪和国内外16个猪种Mx1基因第14外显子的多态性进行分析,共检测到3个等位基因,6种基因型。其中外来猪种和松辽黑猪中出现AA、CC和AC3种基因型;野猪和中国地方猪种中出现AA、BB和AB3种基因型;培育猪种中苏太猪中存在全部基因型。B等位基因仅在野猪和中国地方猪种中出现,而C等位基因仅在外来猪种和具有外来猪种血统的培育猪种中出现。根据Mx1基因第14外显子多态位点的基因频率构建的系统发生树也显示,中国地方猪种和外来猪种间的基因型分布存在明显差异,外来猪种和具有外来猪种血统的两个培育猪种聚在一起,野猪和中国地方猪种聚于另一类群,其中枫泾猪、二花脸和梅山猪首先聚在一起,且与野猪的遗传距离最近。野猪和藏猪中AB基因型的频率较高,分别为0．515和0．302,枫泾猪、二花脸和梅山猪中AB基因型频率为0．348-0．591。推测AB基因型可能具有较高的抗病毒能力,而且太湖猪（枫泾猪、二花脸和梅山猪）可能是进行猪流感病毒抗病育种的较好素材。     

固原鸡体重与体尺性状多元统计分析

固原鸡是经过群众长期选育形成的地方肉蛋兼用鸡种,是宁夏唯一的地方鸡品种资源,具有抗逆抗病、适应性强、耐寒耐旱、耐潮湿、耐粗饲、群居性好、野外觅食能力强等特点,以肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富为特色,成为当地市场绿色食品品牌之一.研究测定了固原鸡的体重和体尺性状,分析了不同群体间的性状差别,并建立了体重与体尺性状的回归方程,旨在为充分发挥固原鸡品种的遗传潜力和杂种优势奠定理论基础,并为今后的品种(品系)选育提供依据.     

TAP1基因外显子3在9个不同猪群体中的遗传多态性分析

本研究利用PCR-RFLP法检测了TAP1基因在4个中国地方猪品种、1个培育猪品种、3个引进猪品种和亚洲野猪等9个群体中的遗传多态性。结果表明:TAP1基因外显子3发现1处SNP位点G729A,并且在所有群体中均检测到3种基因型(AA、AB和BB型),其中引进猪品种B等位基因频率较高,地方猪品种和亚洲野猪的A等位基因频率相对较高。G729A位点上不同基因型的分布在多数群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态,但在苏太猪群体中发生了极显著偏离(P0.01)。群体内变异分析表明,地方猪品种和亚洲野猪的杂合度、有效等位基因数以及Shannon’s信息指数都普遍高于引进猪品种。UPGMA法聚类分析结果表明,9个群体共出现3个分支,3个外来猪品种聚为一类,苏太猪、梅山猪与二花脸猪聚为一类,淮猪、亚洲野猪与荣昌猪聚为一类。     

华南型猪品种资源状况变化分析

为了解华南型猪品种资源变化的情况,经查阅20世纪80年代和21世纪初出版的猪品种志相关资料及相关文献,对该地区猪的品种数量、产地分布、群体规模、体型体重、繁殖性能、生产性能等性状进行比较分析。结果表明:在2011年出版的《中国畜禽遗传资源志——猪志》中福绵猪、公馆猪、粤东黑猪已无记载,华南型地方猪数量剧减,分布范围不变或缩小,并且其体尺体重、繁殖性能、生产性能有不同程度的变化。     

几个中国地方猪群体遗传结构和产仔数性状选择信号分析

旨在对几个中国地方猪品种进行群体遗传结构分析,并筛选与中国地方猪产仔数相关的基因组选择信号及候选基因.本研究下载了6个中国地方品种猪共计102头个体的Illumina PorcineSNP60芯片数据,构建了包括19头迪庆藏猪、16头明光小耳猪、16头五指山猪在内的低产仔数组和包括11头姜曲海猪、20头蓝塘猪、20头梅...     

11个猪种SLC6A14基因3个SNPs的群体遗传变异研究

本研究旨在了解猪种的遗传变异、种群间的亲缘关系和遗传分化。以白色杜洛克×二花脸资源家系F0代的17头二花脸母猪和2头白色杜洛克公猪的DNA池为模板,通过直接测序在猪SLC6A14基因内识别4个SNPs,以3个突变位点(g.7944AT、c.1438GA、g.21063GT)为基础,通过PCR-RFLP技术,对11个中外猪种进行多态性检测。结果表明:在SLC6A14g.7944AT和g.21063GT2个突变位点上,所有检测猪种都出现变异,其中槐猪、二花脸猪在g.7944AT位点上变异显著(0.01P0.05);而里岔黑猪、槐猪、玉山黑猪、合作藏猪、八眉猪在g.21063GT内变异极显著(P0.01),以GT基因型为主,且二花脸猪中出现TT基因型;在SLC6A14c.1438GA突变位点上,3个欧洲猪种(长白、大白、杜洛克)没有出现变异,均为GG纯合型,而其他猪种在此位点上均存在变异;再根据11个猪种3个位点的多态性信息计算Nei氏遗传距离,由UPGMA法构建聚类图,说明中国地方猪种与外引猪种存在明显的遗传分化;由此得出中国地方猪种比外引猪种有高的遗传多样性和变异,且存在明显的遗传分化,品种间多数猪种符合品种地域分布和品种特性。     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

浦东白猪遗传多样性及繁殖性能的变化分析

试验旨在研究浦东白猪现存群体的遗传多样性及其繁殖性能变化的原因。利用全基因组范围内的遗传标记（SNPs）,对比6个太湖流域地方品种及3个西方引进品种,对浦东白猪的遗传多样性进行了分析。同时利用落入繁殖候选基因内的SNPs,分析了群体的多样性及结构。结果显示,相较于本研究中所选择的太湖流域地方品种及西方引进品种,浦东白猪的遗传多样性较太湖流域地方品种低;除枫泾猪外,浦东白猪繁殖相关SNPs的多态性标记的比例、期望杂合度最低,等位基因丰度仅高于杜洛克猪;主成分分析（PCA）结果揭示浦东白猪繁殖相关SNPs位点仍具有其群体独特性。研究结果揭示了浦东白猪现存群体遗传多样性较低,繁殖性能的退化可能是由于一些有利等位基因的灭绝、繁殖相关基因多态性及个体杂合性的降低所致。但是浦东白猪仍然携带一定数量的有利等位基因且依旧具有其群体独特性,暗示浦东白猪仍具有较高的保种价值。本研究为浦东白猪后期的选育、保种和开发利用提供了一定的参考。     

Genetic Diversity and Degradation Analysis of Reproductive Performance of Pudong White Pig

This study was aimed to investigate the genetic diversity and the reason for the degradation of the reproductive performance of Pudong White pig. The genetic diversity of Pudong White pig, six Taihu pig breeds and three Western pig breeds were analyzed based on the genome-wide SNPs.The genetic diversity and population structure of these pig breeds were also explored based on the SNPs related to reproductive traits. The results showed that Pudong White pig displayed a lower level of the genetic diversity than the Taihu area pig breeds. For the reproductive-related loci, except for Fengjing pig, Pudong White pig displayed the lowest propotion of polymorphic markers, expected heterozygosities and allelic richness (excluded Duroc pig). The result of PCA showed that Pudong White pig displayed its uniqueness in the reproductive-related SNPs. With the comparsion of Taihu pigs and Western populations, Pudong White pig displayed a lower level of the genetic diversity and more homozygous reproductive-related loci. Nevertheless, a certain number of favorable alleles were still harbored in Pudong White pig, which might result high heterosis in the offsprings. In conclusion, the results of this study might provide some valuable information for the breeding, conservation and utilization of this breed.     

香猪基因组外显子SNPs检测及繁殖和体型性状候选基因分析

为从基因组水平上探究香猪性成熟早、产仔数少、体型小的分子机理,本研究下载与香猪在繁殖和体型性状方面有明显差异的梅山猪、杜洛克猪的重测序数据作为参照,对26头香猪、24头梅山猪和24头杜洛克猪的重测序数据进行SNPs检测和等位基因频率差值分析,筛选香猪基因组外显子上与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs位点,并使用AS-PCR方法和Sanger测序方法统计其中8个SNPs位点的群体等位基因频率。最后,对含有高度分化SNPs位点的基因进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果显示,SNPs检测获得香猪基因组外显子上SNPs共236 710个,包括193个终止密码子丢失、1 238个终止密码子获得、90 945个错义SNPs和144 334个同义SNPs。得到1 046个香猪高度分化SNPs,包括429个错义SNPs、2个终止子丢失、6个终止子获得和609个同义SNPs,影响524个蛋白质编码基因;并发现X染色体上44-58 Mb的一段富含高度分化SNPs的热点区域。群体等位基因频率验证结果与重测序结果一致,鉴定了8个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs。对524个含有高度分化SNPs的基因进行GO和KEGG分析,富集到卵母细胞减数分裂、雌激素信号途径等繁殖相关通路;GO功能注释到细胞内雌激素受体信号、纤毛运动等繁殖相关条目,骨骼系统形态发生、骨骼发育、成骨细胞分化等体型相关条目。得到含有香猪高度分化SNPs的18个繁殖性状候选基因PTGFR、TRO、DNAH17、PKDREJ、KAT8、DNAI2、VDR、TEX14、QSOX1、AR、WNK3、ADCY3、SPEF1、MIGA2、SLC2A8、PSMF1、TBC1D20、IFT172和7个体型相关基因IBSP、NR6A1、HSPG2、TARS、PDZD2、FGF4、AMER1,可能是决定香猪性成熟早、产仔数少、体型小的关键基因。     

藏猪黑素皮质激素受体-4基因TaqI多态性分析

藏猪是我国青藏高原特有的小型原始地方猪种,文中采用PCR-RFLP技术分析了藏猪黑素皮质激素受体-4(MC4R)基因TaqI酶切位点多态性。结果表明:藏猪MC4R基因TaqI酶切位点优势基因型为11,基因型频率达93.56%,与国内梅山猪、二花脸猪、民猪和金华猪等较接近,与汉普夏、大白、杜洛克等外种猪差别较大。     

荣昌猪和两种小型猪遗传背景的微卫星分析

荣昌猪是我国优良地方品种,巴马香猪和贵州小型香猪为我国独特小型猪品系。本研究采用美国猪基因组协作计划推荐的19个微卫星标记对荣昌猪、荣昌猪B系、巴马香猪、贵州小型香猪及外来猪种大白猪进行了遗传学检测和分析。结果表明:19个微卫星位点在群体中均表现为多态,每位点等位基因数10~23个。5个猪种中荣昌猪B系的遗传多样性最高,荣昌猪次之;2种小型猪的遗传多样性较低,其中巴马香猪的等位基因数(121个)略大于贵州小型香猪(114个),但其遗传多样性指数(平均期望杂合度0.6535±0.0347)小于贵州小型香猪(0.6919±0.0227),反映了巴马香猪较低的基因杂合度和较小的遗传变异;大白猪的遗传多样性最低。从品系的共有等位基因来看,荣昌猪B系基因背景组成中其亲本品系荣昌猪所占比例(30.22%)要大于大白猪(24.37%);大白猪和其他4个猪群体的共享等位基因数均较低(21.24%~25.12%);巴马香猪和贵州小型香猪之间共有等位基因数最高(45.06%)。采用基于遗传距离的NJ法和基于基因频率的最大似然法进行系统聚类,除了大白猪明显为独立分支及荣昌猪B系表现出较远的聚类关系外,其他3个猪种间的聚类有所不同。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

猪PGC1基因多态性与胴体性状的相关性分析

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因第8外显子序列经AulⅠ酶切后存在AA、AT和TT3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0．7,而江苏地方品种猪中,TT占绝对优势。分析PGC1基因型与胴体性状相关性发现,AA基因型猪的左胴重、右胴重和脂肪重均高于TT基因型猪,差异达到显著水平（P〈0．05）。倒数第三、四腰椎间背膘厚AA基因型显著高于TT基因型猪,差异达到极显著水平（P〈0．01）,AT基因型与TT基因型差异达到显著水平（P〈0．05）。