复合抗菌肽对山羊瘤胃菌群结构的影响

试验旨在探讨复合抗菌肽对山羊瘤胃菌群结构的影响,以期为抗菌肽应用于反刍动物提供理论依据。选取24只4月龄川中黑山羊,分为4组,每组6只,正常精料组(A),正常精料+抗菌肽组(C),双倍精料组(D),双倍精料+抗菌肽组(E)分别饲喂精料300、300、600和600 g·d~(-1)·只~(-1),C与E组饲喂3 g·d~(-1)·只~(-1)复合抗菌肽。于21 d晨饲前每组随机选取3只采集瘤胃液,提取样品总DNA,扩增16S rRNA V4区,扩增产物采用Miseq平台测序。结果表明:1)共获得高质量序列629 634条,97%相似度下聚类后共获得13227个OTU。2)所得OTU经物种注释后,门水平上,除D组最优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes)(34.30%)外,其余各组最优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)(38.52%~43.68%),且添加复合抗菌肽显著降低变形菌门(Proteobacteria)与螺旋菌门(Spirochaetes)含量(P0.05);增加精料量显著增加厚壁菌门与螺旋菌门含量(P0.05),显著降低拟杆菌门与变形菌门含量(P0.05)。3)属水平上,普雷沃菌属(Prevotella)为所有样品中最优势菌属(25.54%~33.88%),添加抗菌肽后,琥珀酸菌属(Succiniclasticum)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)显著或极显著增加(P0.05或P0.01),琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)极显著降低(P0.01),且不受精料量影响,但月形单胞菌属(Selenomonas)与密螺旋体(Treponema)的变化趋势与精料量相关,正常精料组显著降低(P0.05),而双倍精料组无显著变化(P0.05);增加精料量显著增加普雷沃菌属、密螺旋体等含量(P0.05),降低琥珀酸弧菌属等含量(P0.05)。4)各样品在alpha多样性Chao、ACE、Shannon和Simpson指数上,差异不显著(P0.05)。表明添加复合抗菌肽降低变形菌门和螺旋菌门的相对含量,提高部分降解纤维菌属的含量;增加精料量可增加厚壁菌门和螺旋菌门相对含量,降低拟杆菌门和变形菌门的相对含量,增加普雷沃菌属相对含量,降低琥珀酸弧菌属相对含量;瘤胃细菌多样性并不受复合抗菌肽及精料量的影响。     

基于高通量测序技术的藏系绵羊瘤胃与粪便微生物群落结构差异分析

为探究藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物群落结构特征及差异,以5只6月龄体况相近及体质量为(21.50±0.59)kg的藏系绵羊为研究对象,分别采集其瘤胃液和粪便样品,利用高通量测序技术对16S rRNA基因V3-V4区段进行测序和生物信息学分析。结果表明,从藏系绵羊瘤胃液和粪便10个样品中共获得729 326条原始序列,经过滤后平均每个样品产生(64 145±320)条优化序列,平均长度(435.20±2.78) bp,聚类后共得到1 207个OTU。藏系绵羊瘤胃微生物的Chao 1指数和ACE指数显著高于粪便微生物,而Simpson指数和Shannon指数在两组之间差异均不显著,且两组的菌群结构有显著分化。在门分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的优势菌门为拟杆菌门,粪便中相对丰度最高的优势菌门为厚壁菌门;在属分类水平上,瘤胃中相对丰度最高的属为细菌和普雷沃氏菌属_1,粪便中相对丰度最高的属为瘤胃球菌科Ruminococcaceae_UCG_010。对瘤胃和粪便的微生物群落进行功能预测,发现有显著性差异的代谢通路34个,主要富集在代谢、遗传信息处理、环境信息处理和细胞过程方面。说明藏系绵羊瘤胃和粪便的微生物在结构组成、相对丰度,以及基因功能等方面相对稳定且存在较大差异,这可能是不同胃肠道区段涉及的生理功能不同导致的。     

基于MiSeq技术的枯草期放牧蒙古羊瘤胃细菌多样性分析

为了阐明枯草季节牧草对放牧蒙古羊瘤胃生理功能的影响,明确放牧蒙古羊瘤胃消化的限制性因素,随机选取终年放牧的6只蒙古羊,在枯草期通过口腔采取蒙古羊瘤胃液,利用MiSeq高通量测序技术分析了瘤胃细菌种群的结构和多样性。结果表明,共得到了2 774个操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTU),平均每个样品OTU为462.30。放牧蒙古羊瘤胃细菌共有13个门、24个纲、30个目、59个科、85个属被鉴定。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes,58.59%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,18.18%)为放牧蒙古羊瘤胃中的优势细菌种群;在科水平上,主要包括瘤胃菌科(Ruminococcaceae,15.43%)、毛螺菌科(Lachnospiraceae,14.86%)和克里斯蒂娜科(Christensenellaceae,11.90%);在属水平上,普雷沃氏菌属(Prevotella,2.89%)和Candidatus saccharimonas(2.89%)是放牧蒙古羊瘤胃中的优势种群。说明冬春季枯草期放牧蒙古羊瘤胃细菌表现出典型的纤维消化菌群特征,因此,为瘤胃菌科和毛螺菌科提供营养,能够有效改善蒙古羊瘤胃的发酵功能,提高其对牧草的消化率。     

不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对努比亚山羊瘤胃微生物群落的影响

【目的】明确不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对山羊瘤胃微生物多样性的影响,为青贮甘蔗尾叶在山羊养殖生产中的应用提供参考依据。【方法】选取72只平均体重24.5 kg的努比亚山羊,随机分为对照组（CK）及3个试验组（T1～T3）,每组2个重复,每个重复9只。CK组饲喂自然青贮甘蔗尾叶的全混合日粮（TMR）,T1组饲喂经植物乳杆菌、干酪乳杆菌、发酵乳杆菌及鼠李糖乳杆菌处理青贮甘蔗尾叶的TMR,T2组饲喂经黑曲霉、枯草芽胞杆菌及米曲霉处理青贮甘蔗尾叶的TMR,T3组饲喂经枯草芽胞杆菌和乳酸片球菌处理青贮甘蔗尾叶的TMR。预试期7 d,试验期42 d。饲喂结束后基于Illumina高通量测序技术探究不同菌剂处理青贮甘蔗尾叶对努比亚山羊瘤胃微生物多样性的影响。【结果】从4个处理组努比亚山羊瘤胃液中最终获得的OUT数量排序为T3组（1637个）> T2组（1603个）> CK组（1576个）> T1组（1560个）;各处理组间的Chao1指数排序为T3组> T2组> T1组> CK组,但差异不显著（P> 0.05,下同）;Shannon指数排序为T3组> T2组> T1组> CK组,其中T3组显著高于CK组和T1组（P< 0.05,下同）;Simpson指数排序为T1组> CK组> T2组> T3组,各组间差异也不显著。在门分类水平上,拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）是努比亚山羊瘤胃液中的绝对优势菌门,拟杆菌门相对丰度为57.50%～65.40%,以T1组的相对丰度最高;厚壁菌门相对丰度为14.39%～24.38%,T3组的相对丰度显著高于其他处理组;蓝藻菌门（Cyanobacteria）也表现为T3组的相对丰度最高。在属分类水平上,普雷沃氏菌属-1（Prevotella-1）是努比亚山羊瘤胃液中的绝对优势菌属,其对应的相对丰度排序为T3组> T1组> T2组> CK组,但组间差异不显著;未知属f型拟杆菌目RF16菌（Bacteroidales RF16 group_norank）、普雷沃氏菌科UCG-001（Prevotellaceae UCG-001）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）的相对丰度均表现为T3组显著高于其他处理组。【结论】经枯草芽孢杆菌+乳酸片球菌处理的甘蔗尾叶青贮效果最佳,以其饲喂努比亚山羊可增加瘤胃微生物种群数量及多样性水平,进而提高努比亚山羊瘤胃降解粗纤维的能力及机体对非纤维性碳水化合物的消化能力。     

电子供体对向日葵秸秆厌氧发酵产酸和微生物群落结构的影响

为探究电子供体对瘤胃微生物发酵向日葵秸秆产C2～C6脂肪酸的影响,采用体外连续传代和高通量测序技术,比较添加乙醇或乳酸对脂肪酸产量及细菌和真菌群落结构的影响。结果表明,添加乙醇和乳酸显著提高了总C2～C6脂肪酸的产量,乙醇提高了乙酸、戊酸和己酸产量,乳酸提高了丙酸、丁酸、戊酸和己酸产量。与对照组相比,乙醇组的拟杆菌门相对丰度下降,而变形菌门相对丰度上升;乳酸组的变形菌门相对丰度下降,而放线菌门相对丰度上升。添加乙醇或乳酸对相对丰度前5的真菌菌门无显著影响。添加2种电子供体都显著改变了细菌和真菌的群落结构。添加乙醇显著提高萨特氏菌属、解琥珀酸菌属和脱硫弧菌属的相对丰度,添加乳酸显著提高巨型球菌属、Shuttleworthia、互营球菌属、光冈菌属、未定义的普雷沃氏菌的相对丰度。在种水平上,普雷沃氏菌、亨氏丁酸弧菌、埃氏巨型球菌与丁酸、戊酸产量呈显著相关。     

粗饲料颗粒替代玉米青贮对肉牛瘤胃发酵及微生物菌群的影响

【目的】研究粗饲料颗粒对肉牛瘤胃发酵及瘤胃菌群结构的影响.【方法】选择20头18月龄、体质量相近的西门塔尔杂种公牛(西门塔尔牛♂×本地黄牛♀),随机分为4组,试验组1、2和3的粗饲料分别以粗饲料颗粒(50%玉米秸秆+50%苜蓿干草)替代20%、50%和80%的全株玉米青贮,对照组粗饲料全部为全株玉米青贮,育肥120天屠宰后,采集4组肉牛瘤胃液,测定瘤胃发酵参数,运用16S rDNA高通量测序分析试验组3和对照组的瘤胃菌群多样性.【结果】粗饲料颗粒替代部分全贮玉米青贮饲喂肉牛,瘤胃总挥发性脂肪酸无显著变化,NH_3-N浓度、乙酸比例和乙酸/丙酸比值显著降低(P0.05)而丙酸比例显著增加(P0.05);粗饲料颗粒替代80%全株玉米青贮,瘤胃菌群中检测到共有操作分类单位(OTUs)802个,对照组和试验组3肉牛瘤胃特有OTUs分别为359个和312个,瘤胃液菌群相对丰度和多样性无显著变化;2组肉牛瘤胃液中相对丰度占82%以上的优势菌群门类为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),普雷沃氏菌属(Prevotella)为优势菌属.【结论】粗饲料颗粒替代部分全株玉米青贮,降低了瘤胃液NH_3-N浓度、乙酸比例及乙酸/丙酸比值,提高了丙酸比例,对瘤胃液总VFA浓度、菌群丰度和多样性无显著影响.     

不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃细菌多样性的影响

研究不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃液细菌多样性及群落结构的影响。选择24只健康的8月龄、体重约25 kg的内蒙古绒山羊母羊,随机分为4组,每组6只,分别为苜蓿组(G1)、苜蓿补饲精料组(G2)、玉米秸秆组(G3)和玉米秸秆补饲精料组(G4),试验期共25 d,其中预饲期20 d。在正式试验期第5天,经口腔采集瘤胃液,利用高通量测序技术进行瘤胃细菌多样性分析。结果表明:基于相似性>97%的原则,4组样品共产生1 399个操作分类单元(OTU),共享OTU 1 040个,约占总数的74.34%;各组α多样性指数指标无显著性差异(P>0.05)。各组门水平最优势菌为拟杆菌门,科水平最优势菌为普雷沃氏菌科,属水平最优势菌为普雷沃氏菌属,在所有占总细菌比例大于1%的瘤胃细菌中,G2组软壁菌门比例显著高于G3和G4组(P<0.05),G1组毛螺旋菌科比例显著(P<0.05)高于其他3组,其余各组菌群比例均无显著差异(P>0.05)。综合得出,不同饲粮类型条件下,内蒙古绒山羊最优势菌门为拟杆菌门,最优势菌科是普雷沃氏菌科,最优势菌属是普雷沃氏菌属;不同饲粮类型对内蒙古绒山羊瘤胃菌群结构影响不明显。     

复合益生菌对超早期断奶杜藏乳仔猪肠道微生物群落结构的影响

【目的】探究复合益生菌对超早期断奶（7 d）杜藏乳仔猪肠道微生物多样性及物种丰度的影响,以减轻乳仔猪断奶应激,为微生物饲料添加剂的研发提供科学依据。【方法】选取7日龄杜藏乳仔猪30头,随机分为3组,每组10头。对照组（ZM组）随母猪哺乳,试验I组（ZD组）哺喂代乳粉,试验II组（ZY组）哺喂代乳粉+复合益生菌,试验周期21 d。试验结束当天（28日龄）收集乳仔猪粪便,采用Illumina高通量测序分析粪便样品的菌群结构组成。【结果】Illumina高通量测序获得ZM组、ZY组和ZD组杜藏乳仔猪粪便样品共有OTU为327个,ZM组的特有OTU为247个,ZD组的特有OTU为84个,ZY组的特有OTU为96个。在门分类水平上,ZM组杜藏乳仔猪粪便样品中相对丰度最高的菌门为厚壁菌门,ZY组和ZD组为拟杆菌门;ZY组和ZD组的厚壁菌门/拟杆菌门比值分别为0.77和0.92,较ZM组（1.76）分别下降56.25%和47.73%。在属分类水平上,ZD组和ZY组杜藏乳仔猪粪便样品中的优势菌属为普氏菌属_9,ZM组则为乳杆菌属;ZD组杜藏乳仔猪粪便中布劳特氏菌属、肠球菌属和吉氏副拟杆菌属的相对丰度较其他2个处理组显著上升（P<0.05,下同）;而ZY组杜藏乳仔猪粪便中普雷沃氏菌科_NK3B31群、普雷沃氏菌科_UCG-003、厌氧弧菌属、罕见小球菌属、瘤胃菌科_NK4A214群、瘤胃菌科_UCG-005、未明确普雷沃氏菌科及Family_XIII_AD3011_group的相对丰度显著高于ZD组。【结论】在杜藏超早期断奶仔猪代乳粉中添加复合益生菌能有效提高其肠道菌群结构多样性,同时提高与碳水化合物代谢和产短链脂肪酸相关菌群的相对丰度,即复合益生菌具有潜在促进营养物质代谢和抗炎症的功能,可缩短消化道微生物区系由哺乳型向饲料型的转变历程。     

屎肠球菌对哺乳期仔猪结肠微生物群落 优势门属的影响

[目的]分析屎肠球菌(Enterococcus faecium)活菌对哺乳期仔猪结肠微生物群落优势门属的持续影响,为揭示益生菌调节仔猪肠道健康的作用机制及人为调控仔猪肠道微生物以促进其健康提供参考依据.[方法]给健康新生仔猪灌服无菌脱脂乳(对照组)或屎肠球菌制剂(益生菌组),持续灌服6 d,分别采集7和21日龄仔猪结肠内容物,提取总细菌DNA后进行PCR扩增,采用Illumina MiSeq高通量测序技术检测16S rRNA序列的V3~V4可变区,分析肠道微生物群落α多样性及其在门和属分类水平上的结构特点.[结果]给新生仔猪灌服屎肠球菌并不影响7和21日龄仔猪结肠微生物群落α多样性.与对照组相比,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落优势门的相对丰度无显著变化(P>0.05,下同),21日龄仔猪拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度也无显著差异,但变形杆菌门(Proteobacteria)相对丰度呈显著增加趋势(P<0.05,下同);在属水平上,益生菌组7日龄仔猪结肠微生物群落中相对丰度变化明显的优势属均隶属于拟杆菌门,其中,普雷沃氏菌属(Prevotella)相对丰度显著增加,而拟杆菌属(Bacte-roides)相对丰度极显著减少(P<0.01,下同),丁酸单胞菌属(Butyricimonas)相对丰度显著减少;21日龄仔猪结肠微生物群落中66.67%优势属的相对丰度呈减少趋势,其中以厚壁菌门4个属的变化尤其明显,即巨型球菌属(Megasphaera)相对丰度极显著减少,乳杆菌属(Lactobacillus)、产琥珀酸菌属(Succiniclasticum)和粪杆菌属(Faecalibacterium)相对丰度显著减少.[结论]新生仔猪口服屎肠球菌能对其结肠微生物群落优势门或属组成产生持续影响,表现为促进有益于结肠健康菌属的生长,而抑制具有潜在致病性菌属的增殖,为今后定向研究调控仔猪肠道健康的肠道共生微生物提供明确范围.     

日粮中添加蓝藻粉对崇仁麻鸡肠道菌群结构的影响

选取了34日龄的崇仁麻鸡为研究对象,以蓝藻粉替代基础日粮中不同比例（分别替代0(CB组)、10%(CL组)、20%(CM组)、50%(CH组)）的豆粕饲喂35 d后,无菌操作每组取10只鸡的盲肠内容物,充分混匀后,采用MiSeq测序技术对盲肠内容物中细菌群落结构组成进行了分析。结果显示,崇仁麻鸡肠道中微生物在门水平上主要以拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为主;在属水平上,拟杆菌属丰度最大,其次是互养菌属、乳杆菌属。CL组中厚壁菌门细菌数量有所增加,拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例下降,肠道内乳杆菌等有益微生物数量增加,脱硫弧菌等有害微生物数量降低,而CM组和CH组中脱硫弧菌等有害细菌数量却大幅度增加,且CH组中还出现了其特有的Akkermansia属细菌。结果表明,饲粮中添加蓝藻粉会改变崇仁麻鸡肠道菌群的物种多样性,适量（≤10%）的添加对盲肠菌群结构有所改善,可提高厚壁菌门细菌数量,降低拟杆菌门/厚壁菌门细菌比例,增加肠道内乳杆菌等有益微生物的数量,降低脱硫弧菌等有害微生物的数量;中高剂量的蓝藻粉则导致了某些机会致病菌的出现,增加了肠道菌群相关疾病的诱发机会。     

饲料磷真消化率不同的山羊空肠菌群结构差异研究

动物对饲料磷消化率的提高对于降低养殖成本和减少环境污染均具有重要意义。通过高通量测序技术比较饲料磷真消化率不同的山羊空肠微生物结构的差异。本研究选取24只10月龄,雌性,平均体质量(24.25±2.47)kg的努比亚黑山羊作为试验动物,通过代谢试验筛选出高(HP)、低(LP)饲料磷真消化率组,每组各6只。分别采集HP、LP组山羊空肠内容物,提取微生物总DNA,利用高通量测序平台对细菌16S rRNA基因的高可变区进行测序,使用QIIME等软件对测序数据进行生物信息学分析。研究表明,在门水平,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)在两组山羊空肠微生物中均为优势菌门,其中HP组厚壁菌门(Firmicutes)的相对丰度极显著低于LP组(P<0.01),而拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度极显著高于LP组(P<0.01);在属水平上,HP组Prevotella、Fibrobacter、Ruminococcus_2和Clostridium_sensu_stricto_1的相对丰度显著高于LP组(P<0.05),而Desulfovibrio和Victivallis的相对丰度显著低于LP组(P<0.05)。饲料磷真消化率不同的山羊空肠菌群结构存在显著差异。     

2个品种山羊瘤胃菌群结构比较及其功能预测分析

【目的】阐明山羊瘤胃微生物特征及品种间的差异,为进一步研究不同山羊品种生长性能与瘤胃微生物群间的关系提供参考依据。【方法】随机挑选都安山羊和努比亚山羊健康母羊各3只,正常饲喂6个月后屠宰,采集经4层纱布过滤的瘤胃液2 mL,采用16S rDNA扩增子高通量测序技术分析都安山羊和努比亚山羊的瘤胃微生物区系特征及品种间的差...     

湖羊和川中黑山羊在华南地区适应性研究

【目的】研究山羊和绵羊引进品种在华南地区适应性问题。【方法】以外省引进的湖羊及川中黑山羊为研究对象,统计分析湖羊和川中黑山羊生长、繁殖性能的变化,及与环境温湿度的关系。【结果】湖羊和川中黑山羊在引种到华南地区的1年内,其部分生长、繁殖性能有不同程度的下降(P0.01),湖羊的产羔率与环境温度、湿度显著相关(P0.05),湖羊和川中黑山羊的羔羊死亡率与温度显著相关(P0.05)。【结论】从外省引进的湖羊及川中黑山羊在华南地区饲养,短期内会出现一定的适应性问题,湖羊母羊的繁殖率容易受到高温高湿天气的影响,而川中黑山羊羔羊的当月死亡率在华南地区的冬季会明显上升,因此在管理上要注意湖羊夏季防暑及川中黑山羊的冬季羔羊保温。     

PCR-DGGE技术在水牛瘤胃产甲烷菌多样性分析中的应用

【目的】分析水牛瘤胃产甲烷菌的多样性,为更好地了解水牛瘤胃产甲烷菌提供科学依据。【方法】采集16头广西本地沼泽型水牛瘤胃内容物,提取总DNA,利用产甲烷菌的通用引物扩增16SrRNA基因序列进行DGGE分析,并对DGGE凝胶上7条优势条带进行回收克隆测序。【结果】共获得9条序列（5条为古菌序列、4条为非古菌序列）,5条古菌序列中有3条与甲烷短杆菌（Methanobrevibacter）的同源性高达99%、1条与甲烷短杆菌的同源性达98%、1条与广古菌门（Euryarchaeota）热原体目（Thermoplasmatales）的同源性达98%;而4条非古菌序列分别属于拟杆菌（Bac-teroidetes）、厚壁菌（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）,且彼此间同源性较小。【结论】通过PCR-DGGE技术可以较好地分析水牛瘤胃产甲烷菌的多样性。     

PCR-DGGE技术在水牛瘤胃产甲烷菌多样性分析中的应用

【目的】分析水牛瘤胃产甲烷菌的多样性,为更好地了解水牛瘤胃产甲烷菌提供科学依据。【方法】采集16头广西本地沼泽型水牛瘤胃内容物,提取总DNA,利用产甲烷菌的通用引物扩增16S rRNA基因序列进行DGGE分析,并对DGGE凝胶上7条优势条带进行回收克隆测序。【结果】共获得9条序列（5条为古菌序列、4条为非古菌序列）,5条古菌序列中有3条与甲烷短杆菌（Methanobrevibacter）的同源性高达99%、1条与甲烷短杆菌的同源性达98%、1条与广古菌门（Euryarchaeota）热原体目（Thermoplasmatales）的同源性达98%;而4条非古菌序列分别属于拟杆菌（Bacteroidetes）、厚壁菌（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）,且彼此间同源性较小。【结论】通过PCR-DGGE技术可以较好地分析水牛瘤胃产甲烷菌的多样性。     

利巴韦林干预对肉鸡肠道微生物群落结构的影响

【目的】探讨矮脚黄鸡口服利巴韦林后其肠道微生物群落结构多样性的变化情况,揭示抗病毒药物对动物肠道健康的影响机制,为科学禁用抗生素及开发绿色生态饲料提供理论依据。【方法】90日龄矮脚黄鸡按10 mg/kg的剂量连续口服利巴韦林溶液7 d（试验组）,以口服等量生理盐水为对照组,停药后收集4 h内的新鲜鸡粪。通过粪便基因组提取试剂盒提取鸡粪总DNA,根据细菌16S rDNA序列V3~V4可变区,设计通用引物338F和806R进行PCR扩增,然后参照Illumina MiSeq平台上机说明进行Illumina MiSeq高通量测序。【结果】从16个矮脚黄鸡粪便样品中共获得614626条原始序列（Raw reads）,经质量控制后获得606862条优质序列（Clean reads）,按97%的序列相似度进行OTU聚类分析获得968个OTUs,对照组和试验组共享624个OTUs。矮脚黄鸡肠道微生物群落丰富度指数（Chao1和ACE）表现为对照组显著（P<0.05,下同）或极显著（P<0.01,下同）高于试验组;在物种多样性方面,Simpson指数的组间差异不显著（P>0.05）,Shannon指数则表现为试验组显著高于对照组。对照组和试验组的矮脚黄鸡粪便样品均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势菌门,相对丰度均在5.00%以上;在属分类水平上,相对丰度大于0.10%的属共有108个,对照组和试验组均以乳杆菌属相对丰度最高,分别为34.07%和19.26%。矮脚黄鸡口服利巴韦林后,肠道中的乳杆菌属、肠球菌属、Paeniglutamicibacter、Tessaracoccus、埃希氏杆菌属、副球菌属、Gottschalkia及黄杆菌属呈显著或极显著下降趋势,而拟杆菌属、葡萄球菌属、叠球菌属、Jeotgalicoccus、Unclassified_f_rikenellaceae、Unclassifier_o_bacteroidales、Rikenellaceae_RC9_gut_group、明串珠菌属及丹毒丝菌属呈显著或极显著上升趋势。UniFrac-PCoA分析发现,第一主成分（PC1）和第二主成分（PC2）的贡献率分别为73.44%和6.99%,对照组和试验组间的微生物群落结构差异明显,彼此间可较好地区分开,但同处理组内的8个样品能很好地聚在一起,菌群相似度很高。【结论】口服利巴韦林会显著影响矮脚黄鸡肠道微生物区系,改变肠道微生物的稳态结构,进而导致其肠道健康受到损伤。     

应用DGGE分析秸秆日粮对奶牛瘤胃细菌群落的影响

【目的】通过与苜蓿日粮比较,揭示秸秆日粮模式下瘤胃固液相细菌群落的独特结构。【方法】选择12头健康且体重相似的装有永久瘤胃瘘管的中国荷斯坦奶牛,分别饲喂以玉米秸秆（CS）和苜蓿、羊草、青贮玉米三者混合物（MF）为粗饲料组成的日粮,正饲期第13周连续3 d分12个时间点采集瘤胃固、液相内容物样品。提取微生物DNA后,利用PCR结合变性梯度凝胶电泳技术（DGGE）分析细菌群落结构,并进行聚类分析及差异条带的测序分析。【结果】与MF组相比,CS组奶牛瘤胃固、液相细菌DGGE图谱条带的数目和光密度均有一定差异,两处理组都各有一些稍显优势的条带,CS组优势条带要少于MF组。与MF组相比,CS组液相细菌的香浓多样性指数无差异（P＞0.05）,固相细菌香浓多样性指数显著降低（P＜0.01）;通过对差异条带进行测序,发现与MF组相比,CS组中瘤胃细菌Prevotella sp.、Acetivibrio ethanolgignens和Clostridium sp.减少,并且大量来源于Bacteroidetes、Firmicutes、Tenericutes和Proteobacteria等菌门的未培养细菌有所变化。【结论】秸秆日粮条件下奶牛瘤胃存在独特的细菌群落结构,细菌多样性较低。     

利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性

为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina MiSeq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。