鸡羽色性状基因座研究进展

家鸡（Gallus gallus domestica）羽色受多基因调控,已经有越来越多羽色相关基因与突变被定位,包括扩 展位点基因座、深褐色基因座、花斑基因座、横斑表型相关基因、真黑素稀释基因座等。就羽色形成的机理,对羽色基 因座位对应的表型情况和基因座位对应的编码基因以及致因突变进行了综述。此外,还简要介绍了如何通过分子方 法剔除对优质鸡育种不利的羽色基因座。     

5个鸭品种生长激素基因座位遗传多态性检测

应用PCR-SSCP技术首次分析5个品种鸭生长激素基因座位5'端调控区、外显子与部分内含子和3'端调控区中的多态位点,对具有多态性的位点进行测序,以探讨鸭生长激素基因遗传变异情况,比较不同品种该基因座位遗传多样性差异.结果在5个品种鸭中共检测到5个多态位点,多态位点频率在5个不同品种鸭中存在明显差异.序列比较分析结果表明:鸭生长激素基因座位5'端与3'端调控区和外显子序列具有极高的保守性,在5个鸭品种间不存在任何差异,所测出的序列与已知鸭GH序列相应部分完全一致.检测出的6处突变点(包括4个替换、1个插入和1个缺失)均位于内含子区域.推测鸭生长激素基因表达差异可能受内含子序列影响.     

水稻株高数量性状基因座位与主效矮秆基因的关系

利用５个大小为１３５－２５０株不等的水稻群 材料，将水稻株高的数量性状基因座位定位于ＲＦＬＰ图谱上。总计２３个ＱＴＬｓ分布于水稻１２条染色体上，其中８个ＱＴＬｓ为两个群体所共享。与ＲＦＬＰ标记相关联的１３人主效矮秆或半矮秆基因的位置和已定位的２３人ＱＴＬｓ的位置相结果表明，１３个矮秆或半矮秆基因与ＱＴＬｓ靠得近，这一结论支持“ＱＴＬｓ与主基因是同一基因座位的不同的等位基因”的假说。     

粳稻粒形性状的数量性状基因座检测

 【目的】通过对粳稻粒形性状的QTL检测,为粳稻粒形性状相关QTL的精细定位和分子标记辅助选择育种提供理论依据。【方法】利用大粒粳稻DL115与小粒粳稻XL005杂交获得的F2代200个个体为作图群体,在北京进行稻谷粒长、粒宽、粒厚、长宽比、千粒重等粒形性状的鉴定。采用复合区间作图法,利用SSR标记对上述粒形性状进行数量性状基因座检测。【结果】上述粒形性状在F2群体均呈正态连续分布,表现为由多基因控制的数量性状。共检测到与粒形性状相关的QTL 16个,分布于第2、3、5和12染色体上。其中qGL3a、qGW2、qGW5、qGT2、qRLW2、qRLW3、qGWT2和qGWT3对表型变异的贡献率分别为15.42%、40.89%、13.54%、33.43%、13.82%、13.61%、12.51%和10.1%,为主效QTL。其中,qGW2、qGT2、qRLW2和qGWT2均位于第2染色体上的RM12776－RM324 区间。在所检测到的16个QTL中,4个QTL的增效等位基因来源于小粒亲本XL005,而其余QTL的增效等位基因均来源于大粒亲本DL115。基因作用方式主要表现为加性或部分显性。【结论】粳稻粒形性状是由多基因控制的数量性状。第2染色体RM12776－RM324区间是分别与粒宽、粒厚、长宽比和千粒重相关的4个主效QTL的共同标记区间,与其相邻的2个标记（RM12776和RM324）应在分子标记辅助选择育种中探讨其利用价值。大粒亲本对稻谷粒长、粒宽、粒厚和千粒重等性状的增效作用显著。     

基于多态基因座位的数量性状遗传方差估计

对数量性状基于多态位点的遗传变异进行了研究,并给出了其方差组分的估计方法。数量性状相对多态座位的加性方差和遗传性方差分别为VA=2βp和VG＝p′Xp－G^2,其中p′和p分别表示多态等位基因频率的行向量和列向量,X表示以基因型值平方为元素的矩阵,β表示以基因均效平方为元素的行向量,G为群体均数。纯合子效应等于零时,利用最小二乘分析从观察值中估计多态座位的基因型值。对皖南花猪的主要经济性状基于多态座位的方差组分进行了估计和分析,结果显示Tf和Am座位对繁殖性状变异的影响微弱。6－PGD座位是影响肌肉的pH（VA为主导）和日增重（VD为主导）性状变异的重要座位;PO2是影响肉嫩度、失水率、pH和日增重性状变异的重要座位,并且对日增重和失水率是以加必方差为主导,而对嫩度是以显性方差为主导;除肌肉的嫩度外,PHI对胴体品质性状的变异的影响较小。     

猪生长激素基因座位BspⅠ、HhaⅠ酶切片段多态特征的研究

生长激素 (ｇｒｏｗｔｈｈｏｒｍｏｎｅ ,ＧＨ)在多种生理功能中起着重要的作用 ,对调节动物的新陈代谢、加快生长速度、提高饲料报酬以及改善胴体组成等方面均有显著的作用。猪的生长激素基因已定位于 1 2号染色体的Ｐ1 .2 ～Ｐ1 .5区域内[1 ] ,由 5个外显子和 4个内含子组成 ,基因全长 2 2 31ｂｐ[2 ] 。对该基因遗传多态性的研究报道已经表明 ,在猪生长激素基因的编码区和非编码区的核苷酸序列上存在着差异 ,表现出了丰富的多态性 ,有的碱基突变引起了氨基酸的变异[3～ 6] 。因此本研究采用了ＰＣＲ ＲＦＬＰｓ方法检测了 5个品种猪生长…     

猪生长激素基因座位BspI、HhaI酶切片段多态特征的研究

生长激素(growth hormone,GH)在多种生理功能中起着重要的作用,对调节动物的新陈代谢、加快生长速度、提高饲料报酬以及改善胴体组成等方面均有显著的作用.     

鹅豁眼性状H基因座候选基因FREM1的验证分析

【目的】鹅豁眼性状呈隐性伴性遗传,其遗传基础有待揭示。基因FRAS-related extracellular matrix 1(FREM1)编码区的一些隐性突变导致了人类及模型小鼠上眼睑部分或完全缺失。本试验以鹅豁眼性状资源群为主要材料,通过对鹅基因FREM1的克隆、表达及基因多态性分析,验证FREM1是影响鹅上眼睑性状候选基因的假设,为深入研究眼睑性状的分子遗传机制奠定基础。【方法】采集鹅豁眼性状F2资源群中成年纯种豁眼鹅母鹅(3只)、四川白鹅(6只,雌雄各半)、♂豁眼×♀四川白鹅F1代公鹅(3只)的眼睑和肾组织,提取其总RNA,以鹅FREM1(XM_013193557)全长转录序列为参考设计引物,利用反转录RT-PCR克隆鹅FREM1基因,对其进行生物信息学分析,进而,采用实时荧光定量PCR法研究鹅眼睑和肾组织FREM1基因的表达特性。采集成年纯种豁眼鹅公鹅、四川白鹅公鹅和♂豁眼×♀四川白鹅正反交F1代公鹅各30只的血液,提取全血DNA,以鹅FREM1(Anser cygnoides domesticus breed Zhedong scaffold203_32,NCBI)序列设计引物,利用直接测序法检测FREM1基因变异位点在不同鹅群体中的分布情况。【结果】(1)经测序和拼接,获得鹅FREM1基因c DNA序列7 305bp,该序列包含一个完整的CDS(Coding Sequences)区,编码2 184个氨基酸。与四川白鹅和浙东白鹅相比,在豁眼鹅FREM1基因CDS序列上发现第4 515bp:TC是错义突变,导致第1 505aa:ValAla变化,位于FREM1蛋白的CSPG重复结构域中第10个CSPG上。利用在线工具SIFT预测该氨基酸替换对蛋白功能的影响较小。通过I-MutantΔΔG和MUPro程序分析,p.1505VA位点氨基酸替换大幅度降低了FREM1蛋白的稳定性。(2)FREM1基因在四川白鹅公、母鹅的眼睑和肾脏2个组织中均有表达,但肾脏表达水平远远高于眼睑,更为重要的是,公鹅FREM1基因的组织表达水平正好接近母鹅的2倍。ZHW(正常眼睑)和ZhW(上眼睑部分缺失)基因型鹅FREM1基因相对表达量无差异(P0.05),虽然ZHZh(正常眼睑)基因型鹅的FREM1基因相对表达量是ZHW和ZhW基因型鹅的2倍多,但这可能是性别不同导致的差异。(3)豁眼鹅群体中基因型HH、Hh和hh的频率分别是0、0和1.0,等位基因H和h的频率分别是0和1.0,杂合度为0;四川白鹅群体中基因型HH、Hh和hh的频率分别是1.0、0和0,等位基因H和h的频率分别是1.0和0,杂合度为0;F1代群体中基因型HH、Hh和hh的频率分别是0、1.0和0,等位基因H和h的频率分别是0.5和0.5,杂合度为1.0。【结论】基因FREM1是决定鹅上眼睑性状的H基因座,该基因编码区1个纯合型错义突变导致了FREM1蛋白第10个CSPG结构域的变化,从而影响了FREM1蛋白的稳定性,基因FREM1的c.4514TC突变可作为鹅豁眼性状重要的分子标记。     

干酪乳杆菌CRISPR基因座分析

目的 目前基于酿脓链球菌(Streptococcus pyogenes)spCas9为核心的CRISPR/Cas9基因编辑系统在乳酸菌上的应用受到很多限制,亟待开发适合于乳酸菌的基因编辑系统。对6株干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)的CRISPR系统进行深入分析,并预测激活干酪乳杆菌自身Cas9蛋白所识别的PAM序列,为开发适用于乳酸菌的CRISPR/lcCas9基因编辑系统奠定基础。方法 以已完成全基因组测序的6株干酪乳杆菌为研究对象,利用生物信息学方法对其CRISPR系统进行深入分析,重点对不同菌株的CRISPR系统结构进行解析,并且对Cas蛋白以及spacer的同源性进行分析,最后对CRISPR区重复序列的二级结构以及Cas9蛋白识别的PAM序列进行预测。结果 6株干酪乳杆菌CRISPR系统具有相似的结构,均具有特征性的Cas9蛋白,并且Cas基因序列保守。预测到tracrRNA位于Cas9和Cas1之间,重复序列可以形成茎部长达7个碱基的二级结构。根据CRISPR的间隔区序列,6株干酪乳杆菌可被分为3个基因型,将间隔区逐一进行blast比对,结果表明6个间隔区比对上14个来源不同的原间隔序列,这些间隔序列均来源于不同质粒。干酪乳杆菌lcCas9蛋白识别PAM序列的1、3位碱基偏好T/C、A/C,2、4位碱基对G、A的偏好性比较大。结论 6株干酪乳杆菌CRISPR系统均为type-ⅡA型,Cas序列和重复序列高度保守。DR序列可以形成稳定的二级结构,TGMA为干酪乳杆菌Cas9蛋白高效识别的PAM序列。     

数量性状基因座与动物育种

近年来随着现代分子生物学的发展 ,一些高效的分子遗传标记将各种畜禽的遗传图谱研究推向深入。为将复杂的数量性状分解为多个数量性状基因座进行定位分析 ,提供了研究单个基因特性的手段 ,为动物育种从数量性状的表型操作深入到基因型操作奠定了基础。本文就有关数量性状基因座的理论、基因图谱的构建、QTL的定位以及QTL与动物育种的关系展开了论述。     

圈养猎豹的微卫星基因座遗传变异研究

本研究利用19个微卫星基因座对52只圈养猎豹进行了遗传多样性检测.通过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测PCR扩增产物,计算了19个微卫星座位的等位基因频率、基因杂合度、多态信息含量和有效等位基因数.结果显示,19个基因座的等位基因数为2～11个,共检测到131个等位基因.基因杂合度在0.500～0.904 0之间,平均为0.741 6;多态信息含量在0.375 0～0.895 8之间,平均为0.699 7;有效等位基因数处于2.000～10.440 2之间,平均为4.724 6.结果表明:所选19个微卫星基因座在研究样本中均为中高度多态性基因座,具有比较明显的遗传变异,显示出群体丰富的遗传多样性.     

水稻种子休眠性基因座的定位和分析

 水稻种子休眠性是关系到稻米品质和稻种质量的重要农艺性状,与穗发芽抗性直接相关。DNA标记和水稻连锁图谱的发展,为定位种子休眠性的基因位点、研究单个基因的"剂量效应"和剖析各基因位点对环境的敏感性等方面提供了可能性。迄今,利用分子标记,对不同的遗传群体,已初步定位了多个与水稻种子休眠性有关的QTL。本文简要介绍了水稻种子休眠性传统遗传学研究概况,重点对已报道的种子休眠性数量性状基因位点（QTL）进行比较分析,探查稳定表达的种子休眠性QTL,讨论了水稻种子休眠性研究存在的问题和进一步研究的途径。     

甘肃滩羊转铁蛋白及白蛋白基因座多态性研究

运用PAGE水平板电泳法对甘肃省3个滩羊产区293份血清样品转铁蛋白(Tf)、白蛋白(Alb)基因座多态性进行了检测。结果表明,甘肃滩羊Tf基因座共存在21种基因型,TfAA、TfAB、TfAC、TfAD、TfAM、TfAP、TfBB、TfBC、TfBD、TfBE、TfBM、TfBP、TfCC、TfCD、Tf CM、TfCP、TfDD、TfDE、TfGG、TfGB、TfGC,它们分别受TfA、TfB、TfC、TfD、TfE、TfG、TfM和TfP 8个共显性复等位基因控制,TfBC和TfCC基因型、TfB和TfC基因为各群体中的优势基因型和优势基因;未在血清Alb基因座检测到多态性,它呈现单态。     

枫泾猪微卫星基因座的遗传多样性分析

为分析枫泾猪的遗传多样性,采用ISAG/FAO联合推荐的30个猪微卫星标记,以等位基因数、基因杂合度、多态信息含量、固定指数等遗传参数为指标,评估了枫泾猪群体内的遗传变异情况.结果显示,30个微卫星座位上共检测到128个等位基因,平均观察等位基因数(Na)与平均有效等位基因数(Ne)分别为4.266 7±1.3374和3.012 9±0.875 5;平均观察杂合度(H.)、平均期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.839 5±0.2829、0.635 6±0.1573、0.6291±0.1557;各微卫星座位的多态信息含量(PIC)在0.0200～0.7674之间,平均PIC为0.5684±0.1618;30个微卫星座位中,仅座位S0355和S0068处于统计学意义的Hardy-Weinberg平衡状态(P=1.0000、P=0.2945),其他座位均处于不平衡状态.该研究结果可为枫泾猪的保护利用提供理论依据.     

STR基因座进行奶牛个体识别的应用

 通过分析2份冷冻精液样本和4头可疑种公牛血样的BM1862、BM2113、BM720和TGLA122 STR基因座遗传多样性，旨在判断该2份冷冻精液的种公牛来源，为建立奶牛个识别方法奠定基础。结果表明，应用STR基因座对个体进行识别，鉴别能力达0.9999。说明四个STR基因座可以用于冻精质量监测或奶牛个体识别和亲子鉴定。     

应用6个STR基因座进行奶牛亲子鉴定

运用PCR技术用BM2113、BM1862、BMc701、BM2934、TGLA122、BM720共6个STR(短串联重复序列)基因座对7头奶牛DNA进行扩增，扩增产物分两组混合后经聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染检测，扩增片段互不干扰。采用已确定母女关系的2头奶牛血液样本和5个嫌疑父亲的精液样本，对一头母本已知的奶牛在嫌疑父本中找出父本，并计算父权概率为99．993％。结果证明，银染法检测STR基因座扩增产物可用于奶牛亲子鉴定。     

6个微卫星基因座与西农萨能奶山羊产羔数相关性的研究

选择与羊高繁殖力嚓密关联的微卫星基因座OarAl7,101、BMl329、OarHH55、BMl43、BMS2508和LSCV043,分析其在西农萨能奶山羊群体中的遗传多态性及与西农萨能奶山羊产羔数的关系。结果表明：6个微卫星基因座在西农萨能奶山羊中的有效等位基因数在6．5713～8．9925,多态信息含量在0．8301～0．8781,属于高度多态基因座。6个微卫星基因座对西农萨能奶山羊产羔数的效应分析表明：OarAEl01基因座的109bp等位基因、OarHH55基因座的165和140bp等位基因、BMS2508基因座的140bp等位基因,BMl43基因座的124bp等位基因、BM]329基因座的219bp／185bp基因型以及LSCV043基因座的140bp／120bp基因型,均对西农萨能奶山羊产羔数具有正效应。以上6个微卫星基因座可作为西农萨能奶山羊产羔性状候选基因的遗传标记。     

中国荷斯坦牛微卫星基因座遗传多态性研究

利用PCR技术和复合电泳银染技术检测了中国荷斯坦牛ETH225、BM1824、BM2113和ETH152 4个微卫星座位的多态性分布,计算了各个基因座的杂合度(H)、有效等位基因数(Ne)、Shannon信息熵(S)、多态信息含量(PIC)和固定指数(F)。结果显示,4个微卫星基因座的基因型分布均不符合Hardy-Weinberg平衡,其中,基因座ETH225的H、Ne、S、PIC、F均为最高,分别为0.913 0,11.488 2,2.574 4,0.906 6和-0.095 3,表明该座位的遗传多态性比其他座位丰富,具有更大的选择潜力。     

闽南牛结构基因座多型性的研究

以中心产区典型群简单随机抽样原则在福建省漳州市抽取闽南牛64头,采集血样,按常规方法分离血浆和血细胞,冷冻后带回实验室-20℃保存备用。用垂直平板聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)和水平淀粉凝胶电泳技术(SGE)检测21个编码血液蛋白(酶)的结构基因座。同时引用其他学者用相同方法获得的国内外12个牛群体7个相同座位的研究资料,进行聚类分析。结果表明:在所检测的21个基因座中,有10个存在多型,多态位点百分比为47.62%,群体内遗传变异水平相对较高,平均杂合度为0.1593;证实了闽南牛与东南亚牛种亲缘关系较近,闽南牛是南方黄牛和瘤牛的混血种,但不应含有巴厘牛或斑腾牛的血统。     

哺乳动物白色基因座(KIT基因)的研究现状

哺乳动物的毛色是由真黑色素及伪黑色素构成的,二者编码的蛋白在细胞内的相对含量决定了最终的毛色表型。黑色素的生物合成与经典的白色位点编码的KIT受体密切相关,KIT基因的突变会降低干细胞生长因子受体的活性。综述了KIT基因的作用机理、不同哺乳动物KIT基因的定位、突变分析、KIT基因对毛色的影响及在动物生产中的研究意义。