RT-LAMP 及RT-PCR 方法快速检测玉米褪绿斑驳病毒的比较与应用

利用玉米褪绿斑驳病毒外壳蛋白基因为靶标序列设计引物,通过优化反应温度、引物浓度、反应时间以及评价环引物效果,建立了检测玉米褪绿斑驳病毒反转录环介导等温扩增(RT-LAMP)方法,并与RT-PCR方法比较。结果表明,RT-LAMP在64℃等温条件下反应45min,最低可检测到280fg的目的片段,灵敏度是RT-PCR的100倍。以甘蔗花叶病毒、玉米矮花叶病毒、小麦线条花叶病毒、玉米白线花叶病毒及玉米褪绿斑驳病毒等5种病毒为检测对象,证明该方法针对玉米褪绿斑驳病毒具有很强的特异性。利用RT-LAMP方法对100份模拟病毒感染的玉米种子进行检测,病毒检出率为100%。     

番茄黑环病毒RT-LAMP检测方法的建立

为了快速有效地检测出植物样品中的番茄黑环病毒(tomato black ring virus,TBRV),根据TBRV的保守序列设计RT-LAMP反应的特异引物,通过试验成功建立了TBRV的RT-LAMP特异性检测方法。该方法检测快速,约27 min即可检测到扩增曲线;特异性强,可有效区分同样侵染马铃薯的马铃薯A病毒(PVA)、马铃薯Y病毒(PVY)、番茄斑萎病毒(TSWV)及番茄环斑病毒(ToRSV);灵敏度高,比普通RT-PCR灵敏度至少高10倍;并可通过肉眼观察反应颜色的变化直接进行结果判断。该方法适用于TBRV的快速检测。     

猪流行性乙型脑炎RT-LAMP方法的建立与初步应用

[目的]建立1种快速、灵敏、特异的检测猪流行性乙型脑炎病毒(JEV)逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。[方法]根据JEV E基因序列的保守区6个位点设计了4条特异性LAMP引物,以JEV阳性样品RNA为模板进行一步法扩增,并对反应条件和反应体系进行了优化。[结果]该方法具有较高的灵敏度,其检测极限为0.5 pg;特异性试验表明其具有较高的特异性,对其他病毒性病原体均无扩增反应。与RT-Nested-PCR相比,2种方法检出率的符合率为90.9%。反应结束后可以通过添加化学发光剂进行可视化观察,大大缩短了检测时间。该方法无需特殊仪器,只需在水浴锅中进行,是一种适于基层的简便、灵敏、快速的猪JE的检测方法。[结论]成功建立了猪流行性乙型脑炎RT-LAMP方法,并在临床上进行了初步应用。     

猪呼吸与繁殖综合症病毒RT-LAMP检测方法的建立

【目的】建立一种适用于猪繁殖与呼吸综合症病毒的快速、灵敏、特异性检测方法,即一步反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)。【方法】设计3对针对PRRSVN基因的8个位点的特异性引物,用优化后的反应体系检测RT-LAMP的特异性、灵敏性并对临床样本进行检测。【结果】RT-LAMP检测方法从核酸抽提到检测仅需要70min,肉眼即可观察检测结果,该方法具有良好的特异性,灵敏度是RT-PCR的10000倍,在对50份猪血液样本RNA的检测中,该方法与传统的RT-PCR检测方法具有很好的统一性(κ=0.83)。【结论】RT-LAMP检测方法可快速、灵敏、特异的检测PRRSV,并适用基层和现场检测。     

检测鹅细小病毒环介导等温扩增方法的建立及结果判定方法改进

利用新兴的环介导等温扩增技术,建立了一种灵敏、特异、快速的体外环介导等温扩增检测方法.针对鹅细小病毒VP3基因的8个位点设计了6条特异性引物,建立了一种快速检测鹅细小病毒的LAMP方法.试验结果表明LAMP方法在恒温65℃水浴下50 min内即可完成GPV的检测,且其检测灵敏度达150 pg·μL-1;与其他常见的病毒无交叉反应.以钙黄绿素和Mn2+作为荧光指示剂,可快速、直观判定反应结果,可见该方法为适合基层及现场快速检测、实用灵敏的分子生物学方法.     

甘蔗线条花叶病毒RT-LAMP检测方法的建立及应用（英文）

【目的】建立甘蔗线条花叶病毒(Sugarcane streak mosaic virus,SCSMV)的RT-LAMP检测方法,为SCSMV的检测提供技术支持。【方法】根据甘蔗线条花叶病毒外壳蛋白基因的保守序列设计特异引物,优化RT-LAMP的反应条件,对比分析RT-LAMP的检测灵敏度和特异性;并在RT-LAMP反应产物中加入SYBR GREEN I进行可视化检测,方便快速判定结果。【结果】成功建立了一种用于检测SCSMV的RT-LAMP方法,可在60 ～ 63 ℃下60 min完成对SCSMV的检测,且具有较高的灵敏度,比传统RT-PCR高100 倍,最低检测RNA浓度为167.9×10~(-5) ng。此外,该方法具有较高的特异性,可特异检测SCSMV。【结论】建立了一种灵敏、简便、快速的SCSMV RT-LAMP检测方法并用于田间甘蔗样品的检测。     

甘蔗线条花叶病毒 RT-LAMP 检测方法的建立及应用

【目的】建立甘蔗线条花叶病毒（Sugarcane streak mosaic virus，SCSMV）的 RT-LAMP 检测方法，为 SCSMV 的检测提供技术支持。【方法】根据甘蔗线条花叶病毒外壳蛋白基因的保守序列设计特异引物，优化 RT-LAMP 的反应条件，对比分析 RT-LAMP 的检测灵敏度和特异性；并在 RT-LAMP 反应产物中加入 SYBR GREEN I 进行可视化检测，方便快速判定结果。【结果】成功建立了一种用于检测 SCSMV 的 RT-LAMP 方法，可在 60 ~ 63 ℃下 60 min 完成对 SCSMV 的检测，且具有较高的灵敏度，比传统 RT-PCR 高 100 倍，最低检测RNA 浓度为 167.9×10-5 ng。此外，该方法具有较高的特异性，可特异检测 SCSMV。【结论】建立了一种灵敏、简便、快速的 SCSMV RT-LAMP 检测方法并用于田间甘蔗样品的检测。     

草鱼呼肠孤病毒逆转录环介导等温扩增检测方法的建立

为更加快速、灵敏地检测草鱼呼肠孤病毒(Grass Carp Reovirus,GCRV),建立环介导等温扩增(RT-LAMP)检测方法。根据GenBank中GCRV HZ08等毒株VP6蛋白基因序列设计引物,以GCRV弱毒疫苗株(GCHV-892)总RNA为模板建立RT-LAMP反应,对扩增产物用限制性内切酶PvuⅡ进行酶切鉴定,所得酶切产物大小符合预期值。随后对LAMP反应体系包括Mg2+、dNTPs、甜菜碱(betaine)和内外引物浓度比进行了优化,并以含VP6蛋白基因的重组质粒(pEASY-VP6)为模板考量了该方法的敏感性,结果显示最低检测限为10copies.μL-1,比RT-PCR检测方法敏感10倍。特异性试验表明与白斑综合征病毒(WSSV)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)、病毒性神经坏死病毒(VNNV)无交叉反应。应用RT-LAMP方法检测16份疑似出血病草鱼,6份病料获得了阳性扩增,与RT-PCR检测结果一致。     

实时荧光技术在鸭坦布苏病毒 RT-LAMP检测方法中的应用

由鸭坦布苏病毒(DTMUV)引起的蛋鸭产蛋急剧下降给我国的养鸭业造成了巨大的经济损失.针对DTMUV E基因保守区域设计一套LAMP引物,利用实时荧光技术建立了DTMUV的实时RT-LAMP病原检测方法.该方法检测RNA的最低检测极限可达到7.8 copies,其灵敏度是普通RT-PCR的100倍,且只能特异性扩增DTMUV的RNA,对其他常见鸭源病毒核酸均无特异性扩增.该方法简单快速、特异性强和灵敏度高,判定结果只需要观察扩增曲线,适用于DTMUV早期感染的诊断、分子流行病学调查和疫情监测.     

口蹄疫病毒可视化RT-LAMP检测方法的建立

旨在建立口蹄疫病毒可视化逆转录环介导等温核酸扩增(RT-LAMP)快速检测方法。以猪口蹄疫灭活疫苗为材料,设计两对RT-LAMP引物,建立FMDV可视化RT-LAMP检测方法,并与普通PCR检测方法进行比较,同时进行特异性试验和敏感性试验。对从油佐剂疫苗中提取FMDV核酸方法进行比较结果发现,用商品化试剂盒提取时,3种样品处理方法对病毒RNA提取量没有显著影响;Trizol法提取RNA时,从油佐剂疫苗中直接提取,获得的RNA量最大,与其他2种方法差异极显著(P0.01)。建立了口蹄疫病毒可视化RT-LAMP方法,该方法检测到模板RNA最低稀释度为10-9,比RT-PCR方法灵敏10倍,特异性好。     

Development of a reverse-transcription loop-mediated isothermal amplification assay to detect avian influenza viruses in clinical specimens

In recent years, the avian influenza has brought not only serious economic loss to the poultry industry in China but also a serious threat to human health because of the avian influenza virus(AIV) gene recombination and reassortment. Until now, traditional RT-PCR, fluorescence RT-PCR and virus isolation identification have been developed and utilized to detect AIV, but these methods require high-level instruments and experimental conditions, not suitable for the rapid detection in field and farms. In order to develop a rapid, sensitive and practical method to detect and identify AIV subtypes, 4 specific primers to the conserved region of AIV M gene were designed and a loop-mediated isothermal amplification(RT-LAMP) method was established. Using this method, the M gene of H1–H16 subtypes of AIV were amplified in 30 min with a water bath and all 16 H subtypes of AIV were able to be visually identified in presence of fluorescein, without cross reaction with other susceptible avian viruses. In addition, the detection limit of the common H1, H5, H7, and H9 AIV subtypes with the RT-LAMP method was 0.1 PFU(plaque-forming unit), which was 10 times more sensitive than that using the routine RT-PCR. Further comparative tests found that the positivity rate of RT-LAMP on detecting clinical samples was 4.18%(14/335) comparing with 3.58%(12/335) from real-time RT-PCR. All these results suggested that the RT-LAMP method can specifically detect and identify AIV with high sensitivity and can be considered as a fast, convenient and practical method for the clinic test and epidemiological investigation of AIV.     

水稻黑条矮缩病毒RT-LAMP快速检测方法的建立

【目的】建立一种快速、灵敏的逆转录环介导等温扩增方法（RT-LAMP）检测寄主植物和传毒介体体内的水稻黑条矮缩病毒（Rice black-streaked dwarf virus,RBSDV）。【方法】合成4条针对RBSDV S10核苷酸序列6个位点的特异性引物。分别对引物浓度、MgSO4浓度、反应温度和时间进行优化。将感病水稻总RNA梯度稀释后进行灵敏性检验并与RT-PCR比较分析。选择RBSDV和南方水稻黑条矮缩病毒（SRBSDV）验证该方法的特异性。用本RT-LAMP方法检测田间病株。【结果】RT-LAMP检测方法可排除SRBSDV的干扰而特异地检测植物和飞虱体内的RBSDV,与RT-PCR灵敏性基本一致。检测结果易于判定。【结论】RT-LAMP检测方法适合寄主植物和介体体内RBSDV的快速检测。