家禽beta-连环蛋白基因绝对定量PCR方法的建立及应用

根据GenBank中公布的原鸡beta-连环蛋白(β-catenin)参考序列设计特异性引物扩增得到β-catenin基因,并克隆到真核表达载体pcDNA3.1中作为荧光定量PCR标准品;同时利用软件设计家禽β-catenin的荧光定量PCR引物,建立检测β-catenin的绝对荧光定量PCR方法。并利用该方法检测病毒感染组与非感染组1日龄雏鸡不同组织中β-catenin基因的分布和表达情况。结果显示,在感染和非感染病毒的1日龄雏鸡中,β-catenin基因在脑组织中表达水平最高,而在脾脏和法氏囊中表达水平较低。结果表明,成功建立了检测家禽β-catenin基因的绝对定量PCR方法,并检测了β-catenin基因在1日龄雏鸡不同脏器中的表达情况,为进一步研究其生物学功能提供了技术手段。     

雏鸡肠组织β1基因的鉴定及时空表达特性

设计1对引物,建立RT-PCR方法对β1基因mRNA进行鉴定;以GAPDH基因为内参,建立检测鸡β1基因表达水平的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,并用此方法测定1²0日龄雏鸡不同肠段组织β1基因表达水平。结果显示,从鸡肠组织成功鉴定出β1基因mRNA;检测内参基因GAPDH和目的基因β1的实时荧光定量PCR方法扩增效率一致(扩增曲线斜率差<0.1),满足使用比较Ct值法对β1基因mRNA进行相对定量分析的前提;扩增曲线、熔解曲线及凝胶电泳结果提示该方法特异性好。实时荧光定量PCR检测结果表明,1日龄雏鸡十二指肠和盲肠、10日龄雏鸡空肠和直肠、5日龄雏鸡回肠组织中β1基因相对表达量最高。结果表明,鸡肠组织中存在β1基因表达,并在不同日龄不同肠段表达水平存在差异。     

禽白血病J亚群病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

本研究旨在通过荧光定量PCR方法研究禽白血病J亚群病毒(ALV-J)在家禽体内各个器官的分布。根据ALV-J NX0101毒株基因5 258—5 510bp的碱基序列,设计了1对特异性引物,进行RT-PCR反应,扩增产物为253bp,将该产物连接T载体作为Real-time PCR反应的标准品,利用SYBR Green I染料进行Real-time PCR反应,建立了标准曲线,并进行反应灵敏性,特异性和重复性试验。然后用已建立的方法对人工感染ALV-J的SPF鸡心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸腺、法氏囊、腺胃进行3次重复检测,将Ct值带入标准曲线公式得出各个组织的病毒拷贝数。试验结果表明:标准曲线线性关系R值均为0.991 4,检测极限约为81拷贝质粒DNA,比RT-PCR灵敏100倍以上;特异性分析表明只有ALV-J能检测到特异性的熔解度峰值;批内和批间重复性试验的变异系数均小于5%。通过比较数值以得出胸腺ALV-J基因含量是最高的,肺脏、脾脏、法氏囊含量也比较高,心脏拷贝数最低。自然感染发病鸡各器官ALV-J基因均高于人工感染ALV-J的基因含量。本研究所建立的ALV-J基因实时荧光定量RT-PCR方法灵敏度高、特异性强、检测周期短,初步探讨了禽白血病J亚群病毒在畜禽体内各个器官的病毒分布。这为以后禽白血病的诊断以及治疗提供了重要的技术支持。     

雏鸡肠组织β1基因的鉴定及时空表达特性

设计1对引物,建立RT—PCR方法对β1基因mRNA进行鉴定;以GAPDH基因为内参,建立检测鸡β1基因表达水平的sYBRGreenI实时荧光定量PCR方法,并用此方法测定1～20日龄雏鸡不同肠段组织81基因表达水平。结果显示,从鸡肠组织成功鉴定出β1基因mRNA;检测内参基因GAPDH和目的基因β1的实时荧光定量PCR方法扩增效率一致（扩增曲线斜率差〈0．1）,满足使用比较Ct值法对B1基因mRNA进行相对定量分析的前提;扩增曲线、熔解曲线及凝胶电泳结果提示该方法特异性好。实时荧光定量PCR检测结果表明,1日龄雏鸡十二指肠和盲肠、10日龄雏鸡空肠和直肠、5日龄雏鸡回肠组织中β1基因相对表达量最高。结果表明,鸡肠组织中存在β1基因表达,并在不同日龄不同肠段表达水平存在差异。     

禽白血病病毒衣壳蛋白p27基因绝对定量PCR方法的建立及应用

研究旨在建立一种检测禽白血病病毒(ALV)衣壳蛋白p27(ALV-p27)基因实时荧光定量PCR的方法。通过设计ALV-p27特异性的荧光定量PCR引物扩增基因并制备质粒标准品,同时建立检测病毒衣壳蛋白p27基因的实时荧光定量PCR方法,并利用该方法检测6日龄胚胎感染,1日龄出壳雏鸡不同组织中p27基因的分布和表达情况。结果表明,ALV-p27基因在1日龄雏鸡脑组织中表达水平最高,而在胸腺组织中表达水平最低。研究建立的检测ALV-p27基因绝对定量PCR方法为进一步研究其生物学功能提供了一种技术手段。     

锦鲤疱疹病毒荧光定量PCR检测方法的建立

根据锦鲤疱疹病毒(KHV)胸苷激酶(TK)基因的保守序列设计一对引物和相应的TaqMan探针,建立荧光定量PCR方法,用于锦鲤疱疹病毒快速、灵敏、可定量的检测手段。构建并制备实时荧光定量PCR的标准品,对反应体系进行优化,并做特异性,敏感性和重复性试验。结果表明,成功构建荧光定量PCR标准品,建立荧光定量标准曲线,标准曲线的相关系数为0.992,所建立的荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高,重复性好。     

检测鼠或鼠源细胞中坦布苏病毒荧光定量PCR方法的建立

利用DNAStar对GenBank上发布的坦布苏病毒(TMUV)的E基因进行序列分析,根据分析结果选择其保守区域设计1对特异性引物。按照相同的方法,设计另1对鼠源内参基因β-actin的引物。通过PCR扩增获得E和β-actin的部分片段,分别与pMD18-T载体连接,构建重组质粒,经鉴定、纯化后作为阳性标准品,分别用于实时荧光定量PCR中E基因及内参基因β-actin标准曲线的构建。通过对反应条件进行优化,建立了以β-actin为内参基因的检测鼠或鼠源细胞中TMUV的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。该方法对TMUV的最低检出量为10个拷贝,比普通PCR高1 000倍;批内和批间重复性试验的变异系数均小于0.45%;特异性试验的结果表明,该方法只能检测到TMUV的扩增曲线。对50份样品进行检测,该方法的检出率为100.00%(普通PCR为87.50%),并对组织中病毒载量进行了相对定量,进一步说明了该方法的敏感性高,可用于试验样品的检测,为研究该病毒对哺乳动物的致病特性提供特异性的检测方法。     

实时荧光定量PCR检测鸡传染性贫血病毒方法的建立

建立了Taqman实时荧光定量PCR方法检测鸡传染性贫血病毒(CAV)。选取CAV病毒的序列设计引物和探针。以梯度稀释的含有CAV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。2.0×105～2.0×102个拷贝,4个数量级的范围内定量PCR有"S"型扩增曲线,检测灵敏度为200个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对传染性支气管炎病毒、传染性法氏囊病毒、禽白血病病毒和马立克病毒核酸都没有扩增反应。采用实时荧光定量PCR方法检测试验感染鸡的肝脏、脾脏、肾脏、胸腺、法氏囊、泄殖腔棉拭子等样品,所有检测样品都有"S"型扩增曲线,且荧光信号值高。实时定量PCR检测CAV的方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在禽病的快速检测上具有重要意义。     

实时荧光定量RT-PCR检测禽白血病病毒方法的建立与应用

建立了TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法检测禽白血病病毒(ALV)。选取ALV病毒的LTR序列设计引物和探针,以梯度稀释的含有ALV目的扩增片段的质粒作为标准品,进行定量PCR反应以确定检测灵敏度。阳性标准品在3.0×102~3.0×107个拷贝共6个数量级的范围内,定量PCR反应有"S"型扩增曲线,检测灵敏度最低为30个拷贝。根据病毒拷贝数与定量反应Ct值的关系,绘制了标准曲线。该方法具有特异性,对新城疫病毒、禽流感病毒、传染性支气管炎病毒、传染性囊病病毒、鸡传染性贫血病毒和马立克病病毒核酸都没有扩增反应。实时定量PCR检测ALV的方法,灵敏度高,特异性好,可以进行定量分析,在禽病的快速检测上具有重要意义。     

鸽白细胞介素8基因实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立鸽白细胞介素8（interleukin-8,IL-8）基因实时荧光定量PCR检测方法,本研究根据GenBank上公布的鸽IL-8基因序列,在保守区域设计1对特异性引物,以鸽子淋巴细胞提取的核酸为模板扩增鸽IL-8基因部分片段并克隆到pMD18-T载体上。提取重组质粒通过系列制备标准品,建立鸽IL-8基因SYBR GreenⅠ染料法实时荧光定量PCR标准曲线,并进行特异性、敏感性和重复性试验。结果显示,实时荧光定量PCR熔解曲线呈单一熔解峰,试验线性相关系数为1.0,IL-8基因的扩增效率为103%。敏感性结果显示最低可检测到16个拷贝数;用该方法检测其他鸽白细胞介素细胞因子（IL-1β、IL-6、IL-18）和双蒸水的结果均为阴性。批间、批内变异系数均≤1.52%。因此,本研究建立的实时荧光定量PCR检测方法可用于鸽IL-8 mRNA的检测,为病毒感染宿主细胞后细胞因子表达的定量分析奠定基础。     

两株A型禽流感病毒NP基因的PCR扩增及序列分析

研究选择 AIV NP基因为目的基因 ,设计了一对特异性引物 ,筛选出最佳的 RT-PCR扩增条件 ,特异性地扩增出了两株 A型禽流感病毒的部分 NP基因片段 ,并对其进行了序列分析 ,结果表明 ,两株来源于不同禽类的 AIV的NP基因同源率高达 92 %。AIV NP基因结构具有高度保守性     

犬瘟热病毒上海分离株M蛋白编码基因的克隆与序列分析

本研究以犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)上海分离株的总RNA为模板,根据GenBank中已报道的CDV M蛋白基因序列,设计合成1对特异性引物,RT PCR扩增M蛋白基因,并进行克隆与序列分析。结果显示,CDV上海分离株M蛋白基因序列与CDV A75/17 株、Onderstepoort疫苗株等其它7株的同源性在95%以上;编码氨基酸的同源性也高于97%。推测M蛋白是一个保守性非常强的结构蛋白。     

H9亚型禽流感病毒荧光定量RT-PCR检测方法的建立

根据H9亚型禽流感病毒HA基因上的保守序列,设计合成引物,以阳性H9亚型禽流感病毒HA基因重组质粒为标准品做标准曲线,建立了荧光定量逆转录聚合酶链反应检测方法。结果表明:本试验建立的标准曲线循环阈值(Ct值)与模板浓度具有良好的线性关系,相关系数为0.997,灵敏度约为6拷贝/μL,对新城疫病毒和其他禽病病毒无交叉反应,特异性好,重复性佳,对193份临床泄殖腔棉拭样品的检测,其结果与经典病毒分离方法符合率大于90.0%。该方法为H9亚型禽流感病毒检测提供了一种特异、敏感、快速、较便宜、高通量、生物安全性好的定量检测手段,将在禽流感病毒临床样品快速筛检、流行病学监测等方面显示良好的应用前景。     

小反刍兽疫病毒N基因的原核表达

目的是表达出小反刍兽疫病毒的核蛋白,并鉴定其活性.根据GenBank发表的小反刍兽疫病毒(PPRV)Nigeria 75/1株N基因序列,对其进行基因优化并合成.设计引物,利用PCR的方法扩增PPRV-N基因,将该基因片段定向克隆到原核表达载体pET-28a(+)中,构建原核表达栽体pET-28a-N.阳性质粒转化原核...     

用PCR法检测东北虎感染猫细小病毒的研究

根据GenBank中已发表的猫细小病毒基因组中的保守序列 ,利用Goldkey软件设计了一对能扩增 750bp片段大小的引物 ,对某动物园 1只病死东北虎的脾脏样品进行了PCR检测。结果得到了与设计大小完全相符且与标准猫细小病毒扩增产物大小一致的特异核酸带 ,同时对犬瘟热、犬腺病毒、轮状病毒的核酸扩增结果均为阴性。敏感性试验表明 ,此法可检出血凝价为 1 2 8×脾脏匀浆液上清 1 0 - 5倍稀释的模板 ,远高于血凝试验的敏感性 ,为虎、狮、熊猫等野生动物细小病毒病的快速诊断提供了一个有效的方法     

SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR法检测猪流感H3N2亚型病毒方法的建立

本试验针对H3N2亚型流感病毒神经氨酸酶基因建立SYBR Green Ⅰ荧光RT-PCR检测方法.根据GenBank上的SIV N2基因序列设计一对引物,扩增片段406bp.纯化扩增目的片段后连接pMD18 T载体中,命名为pMD18-TN2,转化入E.coli DH5α,测序正确作为阳性模板,优化反应条件建立方法.此荧光PCR方法所能检测最低病毒含量为75 copies/μL,拥有良好的特异性和重复性.此方法的建立将为流感病毒N2亚型神经氨酸酶基因定型检测提供一种有效方法.     

猪脑心肌炎病毒GXLC株VP1基因的原核表达及鉴定

根据猪脑心肌炎病毒(EMCV)GXLC株的基因组序列设计一对特异性引物,应用RT-PCR方法扩增EMCV VPl基因目的片段,将其克隆至原核表达载体pET-32a(+),构建了EMCV VPl基因重组表达质粒pET-32a-VP1.将pET-32a-VP1转化BL21(DE3)株感受态细胞,并用IPTG进行诱导表达.结...     

猴痘病毒PCR检测方法的建立

从GenBank上调取猴痘病毒的基因序列,经过分析,找出了猴痘病毒的特异性靶基因序列F3L片段,人工合成猴痘病毒MPV(AF380138)F3L基因片段(48048-48509bp)并插入质粒,作为病毒检测的模拟阳性模板。根据该序列设计并合成PCR引物,对模拟的阳性模板进行扩增,结果能扩增出与目的片段大小一致的条带。建立了PCR检测方法,经条件优化后,对鸡痘、禽痘、羊痘等14种相似病毒核酸进行PCR扩增,发现具有良好的特异性。PCR方法能扩增出0.3pg的阳性模板,显示建立的PCR方法具有高效、快速、特异、灵敏的特点,可用于口岸猴痘病毒的检疫。     

西尼罗热病毒RT-PCR检测方法的建立

参考Genebank发表的西尼罗热病毒(West Nile virus，WNV)E糖蛋白基因序列，自行设计合成一对引物，对WNV进行RT—PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，呈现一条约400bp的条带，将其克隆入pMD18-T—Vector载体中，并进行序列测定，与已发表的WNV基因比较发现，核苷酸的同源性为99．7％，证实为WNV的E基因，通过对样品多次检测，都能扩增出一条约400bp的条带，表明该方法比较稳定。     

禽脑脊髓炎病毒河南株VPO基因的克隆与序列分析

为进一步认识AEV的基因结构及功能,为基因工程苗的研制,以及分子流行病学研究提供理论基础,本研究根据已发表的AEV序列设计一对引物,利用反转录———聚合酶链式反应(RT-PCR)技术,在体外从AEVHN株感染的SPF鸡胚病变组织中扩增出VPO基因,经纯化后将VPO基因克隆到质粒pGEM-T-Easy上,构建成含有VPO基因的重组质粒pGEM-T-VPO,然后通过转化感受态大肠杆菌,经蓝白斑筛选,挑出阳性克隆,提取质粒做PCR和酶切鉴定。进一步序列分析表明,该基因长726bp,编码242个氨基酸,与AEVBZ株和HB株的核苷酸和氨基酸同源性分别为:99.2%、98.3%和94.8%、95.4%,同源性较高,说明VPO基因较为保守。