利用InDel标记解析中国花生地方品种的遗传多样性与群体结构

为揭示InDel标记对我国地方花生品种遗传多样性和遗传结构的解析能力，本研究利用13个多态性InDel 标记检测4个典型生物学类型的90份中国花生地方品种材料。共扩增出42的等位基因，平均3个；Nei’s多样性指数 变幅为0.011~0.705，平均0.443；Shannon’s信息指数变幅为0.034~1.497，平均0.758。龙生型、普通型、珍珠豆型与多 粒型花生的Nei’s遗传多样性指数分别为0.3198、0.4407、0.4435和0.4372，结果表明龙生型的遗传多样性明显小于其 它生物学类型。种质间的遗传相似系数范围为0.077 ~ 1.000，平均为0.636；且普通型与龙生型花生之间遗传相似系 数最高，为0.636。群体分析结果表明密枝亚种与疏枝亚种、不同植物学类型之间遗传分化较小，且普通型与珍珠豆 型遗传结构相似，龙生型与多粒型花生遗传结构不同。利用非加权平均法（UMPGA）聚类分析将90份花生材料划分 为两类（G1、G2）,其中G1包括全部的龙生型、61.90%的普通型以及20.00%的珍珠豆型。本研究结果表明InDel标记 能够有效地揭示栽培种花生的遗传变异，可为花生杂交亲本的选择以及优异基因的挖掘提供重要参考。     

中国花生小核心种质SSR遗传多样性

从206对SSR引物中筛选26对引物对我国花生全套小核心种质298份资源进行了遗传多样性分析,相似系数为0.51～0.99,其中种质zhh1497与zhh1398遗传差异最大。检测到3个在不同植物学类型中特异表达的标记带型,包括普通型1个(2A06/440),龙生型1个(2A06/440),珍珠豆型1个(PM443/270),多粒型2个(PM443/270,9E08/500)。分析结果表明,多粒型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均最大,平均相似系数最小,其次是普通型花生,龙生型和中间型花生的多态性信息量和遗传多样性指数均较小,平均相似系数较大。在我国花生小核心种质中,国外引入资源的多态性信息量和多样性指数均高于我国本土资源的对应值。在我国本土花生资源中,长江流域和南方地区资源的多态性信息量和遗传多样性指数均高于其他地区。     

基于SSR标记的江苏省花生地方品种遗传多样性分析

为进一步了解江苏省花生地方品种的遗传多样性,用25对SSR引物评价了133份地方品种,共扩增出93个等位基因,平均3.72个;多态性信息量(PIC)变幅为0.066~0.749,平均为0.374;Shannon’s信息指数变幅为0.161~1.385,平均为0.671。品种间相似系数变幅为0.416~1.000,平均为0.830,4种类型品种相似系数均值排序为:普通型(0.899)龙生型(0.776)珍珠豆型(0.710)多粒型(0.700)。采用非加权平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0.600时,将133份地方品种划分为三大类群。研究结果表明,江苏省花生地方品种遗传多样性较丰富,普通型品种的遗传多样性低于其它3种类型。聚类分析结果为地方品种有效利用提供重要依据。     

川渝地区花生品种遗传多样性分析

将AFLP标记与表型性状相结合,分析了来自川渝地区的两个亚种四个类型的43份主要花生种质资源和推广品种的遗传多样性。结果表明,两种方法都能有效地检测到该生态区内花生种质间的遗传多样性,珍珠豆型内和龙生型内品种间距离较小,而普通型内和中间型内品种间距离较大;交替开花亚种的龙生型和普通型品系间距离最近,而珍珠豆型与其它三个类型间距离较远;主要推广品种间遗传多样性匮乏。聚类结果也基本一致,都能将珍珠豆型与其他三大类型区分开,而龙生型、普通型和中间型在聚类中都有交叉情况。但在较为细小的类群划分上,两种方法仍有较大差异。     

我国栽培种花生资源农艺 和品质性状的遗传多样性

通过对国家“七五”—“十五”科技攻关项目和农业部种质资源保护项目执行过程中收集的6 390份栽培 种花生品种资源的农艺性状和种子品质性状的鉴定,分析我国保存的花生资源的遗传多样性。结果表明,我国保 存的花生资源中,龙生型花生的单株生产力高、油酸含量高,普通型花生的油酸含量也很高。珍珠豆型花生的蛋白 质含量和含油量高,普通型和龙生型花生资源的遗传多样性程度高于珍珠豆型和多粒型资源。安徽花生资源的单 株生产力高,福建和江西花生资源的蛋白质含量高,河南和浙江花生的含油量高,四川和广西花生的油酸含量高, 湖北、河南、广西花生资源的遗传多样性程度高于其它地区的花生资源。     

菠萝蜜种质资源遗传多样性的SRAP分析

利用SRAP标记技术，对46份菠萝蜜种质资源进行遗传多样性研究。结果表明：20对SRAP引物组合共扩增出257条带，其中多态性条带194条，多态位点比率为75.5％，平均每对引物扩增条带数和多态性条带数分别为12.9条和9.7条。Shannon 遗传多样性指数I为0.365 7，Nei’s基因多样性指数H为0.241 4，表明供试样品遗传多样性不丰富。46份菠萝蜜种质间的遗传相似系数在0.674 8～0.975 5之间，平均为0.775 8，说明种质资源的亲缘关系较近。通过UPGMA构建树状图，当相似系数为0.771 0时，菠萝蜜种质资源可分为6个类群，我国的种质资源和东南亚来源的种质相对分开聚类，来源地相同或较近的种质表现出了较为亲密的亲缘关系。     

基于SSR标记的花生品种遗传多样性分析

本研究从212对SSR标记引物中筛选出48对引物对63份花生品种进行遗传多样性分析,共得到251个等位变异,变异范围为2~13个,平均每个标记位点有5.23个变异;48个SSR标记的多态性信息含量为0.252~0.873,平均为0.647;63份材料的遗传多样性指数为0.508~2.243,平均值为1.272;品种间的遗传相似系数在0.657~0.960之间,不同类型的花生品种间的遗传相似性较小,不同来源花生品种间的亲缘关系也较远;聚类分析结果表明,63个花生品种在遗传相似系数为0.74处分为4大类,聚类分析结果与传统的花生分类结果吻合。     

湖北省大豆种质资源的遗传多样性分析

利用SSR标记和UPGMA聚类分析,对64份湖北省大豆种质资源进行遗传多样性分析.结果表明,27对SSR引物扩增出166条多态性带,SSR的遗传多样性指数分布范围,Simpson指数为0.2406～0.9037,平均值0.6960;Shannon-weaver指数为0.4800～2.4684,平均值1.4538.聚类分析将湖北省地方大豆品种分为3个类群,包括鄂中南江汉平原大豆类群,鄂西北大豆类群以及鄂东、鄂南和鄂西混合类群.江汉平原大豆地方品种表现出较高的遗传多样性水平.     

利用RAPD标记分析咖啡种质资源的遗传多样性

通过引物筛选获得18条RAPD多态性引物,利用该引物对72份咖啡种质资源进行RAPD扩增,共扩增出149条条带,其中多态性条带126条,多态性位点为84.6%。运用UPGMA方法构建了聚类图,在相似系数0.632的水平下可将72份资源聚为3个大类,其中A类群包含了所有的中粒种资源(Coffea canephora Pierre)及一份由云南德宏所选育的中小粒种杂交种(阿拉伯斯塔),共34份咖啡种质资源;B类群包括了6份查理种(Coffea excelsa Chevalier)和大粒种(Coffea liberica Bull ex Hiern);C类群由小粒种(Coffea arabica.Linne)咖啡组成。结果说明咖啡种质的遗传关系种间容易划分,在种的分类水平上存在遗传关系多样性,部分资源的分类学地位与地理来源无相关性。     

不同类型花生性状相关性及对产量影响的研究

选用生产上利用较多的普通型、珍珠豆型以及多粒型三大类型的花生种质资源材料各２５份进行性状相关性及对产量影响的研究。结果表明：普通型花生的单株果数、饱果数、结果枝数和总分枝数等性状对产量的影响较大;珍珠豆型花生获得高产,应在适当增加结果枝数和总分枝数的同时,注意提高百果重和百仁重;多粒型花生则应重点选择单株果数和饱果数较多的材料。     

基于ISSR标记的火龙果种质资源遗传多样性分析

为明确火龙果种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系,以69份火龙果核心种质为研究对象,采用ISSR分子标记进行火龙果遗传分析.结果表明:13条ISSR引物共检测到247个位点,其中多态性位点数为232个,多态性条带百分比(PPB)为93.93％,平均多态性信息含量(PIC)为0.9189;平均观测等位基因数(Na)为1.9...     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SSR标记的澳洲坚果种质资源遗传多样性分析

澳洲坚果原产于澳大利亚亚热带雨林,是我国新兴的重要经济作物,其种质资源丰富,但遗传背景复杂,亲缘关系混乱。开展澳洲坚果种质资源遗传多样性分析,可拓展澳洲坚果种质资源创新利用途径,有效加快澳洲坚果育种进程。形态表型分析是最早用于种质鉴定和管理的标记之一,但易受环境因素影响。DNA分子标记技术在种质资源鉴定、遗传多样性分析中克服了传统表型分析易受环境影响的缺点。本研究采用9对高多态性SSR引物对91份国外引进以及自主选育品种(品系)澳洲坚果种质进行遗传多样性分析。结果表明,共扩增出73个等位基因位点,平均等位基因8个,平均基因多样性为0.689,平均杂合度为0.578,多态性信息含量PIC为0.453~0.792,平均值为0.659,表明91份澳洲坚果具有较高的多态性。UPGMA聚类分析表明,在遗传距离为0.33处,将91份澳洲坚果分为2大类,且其亲缘关系与地理来源无显著相关性,与主成分分析、Structure分析结果一致。本研究供试澳洲坚果材料群体内遗传变异显著高于群体间变异,且遗传成分来源单一,遗传结构较为简单。本研究为澳洲坚果种质的有效利用以及核心种质构建提供理论基础,为进一步加速澳洲坚果种质遗传改良以及分子辅助育种奠定基础。     

基于SSR标记的山西野生大豆种质资源遗传多样性分析

分析山西野生大豆资源的遗传多样性和遗传结构有助于了解山西野生大豆起源与进化,为野生大豆优异种质挖掘及资源高效利用等提供理论基础。本研究采用52对SSR分子标记对来自于山西省9个地区32个县市的70份野生大豆资源进行了遗传多样性分析。结果表明:共扩增出450个等位基因,平均每对引物扩增出8.7个等位基因,变幅为3～19。等位基因频率为0.185 7～0.885 7,平均0.421 0;基因遗传多样性指数为0.210 2～0.871 8,平均0.710 0;多态性信息含量为0.201 9～0.858 4,平均0.679 7。将所有供试材料按地理来源分类,并进行遗传多样性分析。结果表明,中部野生大豆资源的平均等位基因数、平均基因多样性指数和平均多态信息含量最高,北部次之,南部最低。而各组的平均主要等位基因频率结果与之相反。基于遗传结构和基于遗传距离的聚类分析都可将试验材料分为3个类群,两种分类结果基本相同。第一类群主要包括山西中部部分资源,第二类群主要包括山西中部部分资源和山西北部资源,第三类群主要包括山西南部资源。聚类结果与地理来源较为一致。山西野生大豆资源遗传多样性较高。中部野生大豆资源的遗传多样性最高,北部资源次之,南部资源最低。推测山西中部和北部曾经发生过种质交流,导致中部资源遗传多样性最高,该区域可能为山西野生大豆的遗传多样性中心。     

基于iPBS标记的石斛兰种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

以48份石斛兰种质资源为对象,采用iPBS分子标记技术对其遗传多样性进行分析并构建DNA指纹图谱。结果表明：从83条iPBS引物中筛选出7条扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物;利用筛选出的引物对48份石斛兰基因组DNA进行PCR扩增,共获得279条谱带,其中多态性条带279条,多态性比例为100%;采用GenAlEx 6.5软件计算48份石斛兰的平均观测等位基因数（N_a）为2.000,平均有效等位基因数（N_e）为1.202,平均Nei’s遗传多样性指数（H_e）为0.153,平均Shannon信息多样性指数（I）为0.274,48份石斛兰表现出丰富的遗传多样性;采用NTSYS-pc 2.1软件计算得到48份石斛兰间的遗传相似系数为0.6667~0.9211,基于遗传相似系数进行UPGMA聚类,在相似系数0.75处,可将48份石斛兰划分为7个类群。利用2对引物构建的DNA指纹图谱可单独鉴别出48份石斛兰种质资源,该图谱可为石斛兰分类与鉴定提供科学依据。     

海南石斛属植物亲缘关系的SRAP分析

利用SRAP技术对海南9种石斛种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。从30对SRAP引物中筛选获得18对多态性引物,对石斛属9个种的基因组DNA进行扩增。共获得285条多态性条带,平均每个引物产生15．8个多态性条带。材料间遗传相似系数变化范围为0．179～0．636,说明本实验所测试的材料具有较广的遗传变异。根据SRAP标记的结果,采用UPGMA法进行聚类分析。将石斛属的9个种分为4类。结果表明：密花石斛和华石斛之间的亲缘关系最近,美花石斛和海南石斛之间亲缘关系最远;同时也说明海南省内分布的石斛具有丰富的遗传多样性,SRAP标记技术很好地从分子水平上揭示了石斛种质资源的遗传背景、亲缘关系。     

花生种质资源的遗传变异与DNA分子多态性

早期研究结果表明在栽培花生种质资源中用分子标记技术只检测出很少的多态性,让人产生花生缺乏遗传变异的结论,但显然与花生的起源和进化研究结果相矛盾.另外通过对国内外花生种质资源的综合鉴定,几乎所有的性状都存在丰富的变异.本文综述了花生种质资源的遗传变异和产生的途径,以及花生DNA分子多态性的研究进展,认为花生栽培种在遗传性状和DNA分子水平上都存在丰富的变异.     

高牛鞭草（Hemarthria altissima）及其近缘种种质资源SCoT多样性分析

利用SCoT标记对来源于四大洲的46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源[包括36份高牛鞭草（Hemarthria altissima）、8份扁穗牛鞭草（Hemarthria compressa）及2份Hemarthria uncinata]的遗传多样性和亲缘关系进行了研究。从48条SCoT引物中筛选出条带清晰、多态性好和重复性好的22条,对46份牛鞭草（Hemarthria spp.）种质资源进行扩增。结果表明：共获得597条带,多态性比率（PPB）为89.1％,平均每条引物扩增多态性条带24.3条,多态信息含量（PIC）范围为0.443~0.877,平均0.623。46份牛鞭草种质资源平均Nei's基因多样性指数为0.273,平均Shannon信息指数为0.486,表明46份牛鞭草种质资源具有丰富的遗传多样性。供试材料间的遗传相似系数介于0.611~0.943之间,聚类分析和主成分分析结果高度相似,基本将供试材料按牛鞭草种类及地理来源分为4大类,表明46份牛鞭草种质资源的遗传多样性与牛鞭草种类及其地理来源具有一定的相关性。可见,SCoT能用于牛鞭草种质资源遗传多样性研究,是一种有效的分子标记。本研究将有利于牛鞭草种质资源的收集及评价利用。