1种检测新城疫病毒的微滴式数字PCR方法

本研究旨在构建一种新城疫病毒（Newcastle disease virus，NDV）的微滴式数字PCR方法（droplet digital PCR，ddPCR）。以NDV F基因为靶基因，选取保守区域设计引物和探针，构建了NDV ddPCR。对ddPCR反应引物和探针浓度、退火温度进行了优化，并对该方法的灵敏度、特异性和重复性进行测定。试验结果表明，ddPCR的最佳引物和探针浓度分别为900和250 nmol·L^-1，最佳的退火温度为55℃。ddPCR的线性良好，最低检测下限为1.8 copies·μL^-1，与禽传染性支气管炎病毒等其他6种病毒无交叉反应，样本重复的变异系数为2.4%。结果提示，本研究建立的ddPCR方法灵敏度高、特异性强，可对新城疫病毒感染的临床样品进行定量检测。     

狂犬病病毒微滴式数字PCR检测方法的建立

为了建立可绝对定量狂犬病病毒(RABV)的微滴式数字PCR(ddPCR)检测方法,本试验根据RABV基因组起始区域设计引物和探针,继而优化引物和探针浓度以及退火温度,并对建立的ddPCR方法的灵敏度、特异性和重复性进行分析。结果显示：ddPCR方法的最佳引物和探针浓度分别为900 nmol/L和250 nmol/L,最佳退火温度为55℃;ddPCR方法的标准曲线相关系数(R²)为0.999,呈现良好的线性关系;灵敏度高,最低可检测到3.37 copies/μL;特异性良好,与常见犬病原无交叉反应;重复性好,检测结果稳定。临床样品的检测结果显示,本试验建立的狂犬病病毒ddPCR方法与实时荧光定量反转录PCR(RT-PCR)方法的符合率为100%。结果表明,本试验建立的狂犬病病毒微滴式数字PCR方法灵敏度高、特异性强,可用于狂犬病病毒的绝对定量检测。     

牛星状病毒、牛病毒性腹泻病毒1型、牛冠状病毒和牛轮状病毒四重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

利用多重荧光定量RT-PCR （real-time RT-PCR）方法,提高对多病原检测的速度和灵敏度,促进对犊牛腹泻的快速诊断和及时治疗。分别在牛星状病毒（BAstV）ORF2基因,牛病毒性腹泻病毒1型（BVDV-1）5'端非编码区,牛冠状病毒（BCV）N pro基因和牛轮状病毒（BRV）VP6基因的保守基因序列设计、合成并试验筛选了四对有效的特异性引物和探针。进一步利用含4种病毒目的片段的重组质粒,对引物和探针的浓度以及反应条件进行了优化,建立了Real-time RT-PCR标准曲线,并对四重Real-time PCR方法的特异性、敏感性、重复性和各种临床样本的适用性进行了评价。结果显示：Real-time RT-PCR最适退火温度和时间分别为50.0℃和45 s,BAstV、BVDV-1、BCV和BRV的引物浓度分别为300、300、400和500 nmol·L^-1,探针浓度分别为250、150、100和300 nmol·L^-1。对BVDV-1、BCV和BRV的最低检测限均为10²copies·μL^-1,对BAstV的最低检测限为10³ copies·μL^-1,具有良好的特异性和重复性。该方法对临床采集的粪样的阳性检出率高于PCR方法。上述结果表明,建立的四重Real-time RT-PCR方法可以用于犊牛腹泻常见病原BAstV、BVDV-1、BCV和BRV的快速鉴别诊断。     

鸡细小病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及应用

旨在建立一种可定量检测鸡细小病毒(Chicken parvovirus, ChPV)的微滴式数字PCR(droplet digital PCR,dd PCR)新型检测方法。引物设计参考了GenBank中ChPV的NS基因保守序列，筛选了特异性探针引物组，采用不同探针引物浓度组合和退火温度梯度对反应条件进行优化，并通过使用该方法与荧光定量PCR(qPCR)和普通PCR方法进行灵敏度比较，同时对其他常见禽病病原体进行检测，以及对40份临床样品进行检测，评估了该方法的特异性、敏感性和重复性。结果显示，该方法最佳引物浓度均为900 nmol/L,最佳探针浓度为600 nmol/L;最佳退火温度为54.0℃;灵敏度比qPCR和普通PCR分别高10倍和1000倍，最低检测限为4.5 copies/μL;对其他常见禽病病原体进行ChPV微滴式数字PCR检测，结果均为阴性；批内和批间重复性较好，变异系数小。结果表明，所建立的ddPCR方法具有更高的敏感性和准确性，可成功用于快速定量检测ChPV感染。     

猪流行性腹泻病毒微滴式数字PCR定量检测方法的建立及初步应用

旨在建立一种敏感性高、特异性强、重复性好的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)微滴式数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)定量检测方法。本研究根据GenBank登录的PEDV(MK862249.1)M基因序列保守区设计合成特异性引物对和探针;通过对反应体系和反应条件的优化,成功建立了可用于检测PEDV的荧光定量PCR(fluorescent quantitative real-time PCR,FQ-PCR)方法,将自行建立的FQ-PCR方法的引物对/探针用来确定ddPCR方法;对ddPCR方法进行敏感性、特异性、重复性和初步应用试验。结果显示：自行建立的FQ-PCR方法在敏感性、重复性等方面均优于行标FQ-PCR方法;根据自行设计的FQ-PCR方法建立的ddPCR方法最低检测极限为0.15 copies·μL^-1,敏感性高于行业标准(SN/T 1699—2017)FQ-PCR方法(1.0×10¹ copies·μL^-1);模板浓度为1...     

水貂阿留申病毒的微滴式数字PCR方法的建立及初步应用

为建立水貂阿留申病毒(AMDV)微滴式数字PCR (ddPCR)检测方法,本研究根据AMDV VP2基因的保守区设计特异性引物和探针,通过PCR扩增AMDV VP2基因并克隆至p MD19-T载体,构建重组质粒p MD19-T-AMDV,并经PCR和测序鉴定后利用该质粒标准品作为模板,通过各反应条件的优化,初步建立了检测AMDV的ddPCR方法。分别以AMDV、水貂肠炎细小病毒、犬瘟热病毒、犬细小病毒、水貂流感病毒基因组为模板,按照本研究建立的ddPCR方法检测,评估其特异性;将1.43×10⁷拷贝/μL～1.43×10⁰拷贝/μL的重组质粒标准品作为模板,采用优化后的ddPCR和文献中的荧光定量PCR (qPCR)检测,评估该方法的敏感性;分别以不同浓度的重组质粒标准品作为模板,采用优化后的ddPCR分别进行批内和批间重复性试验,以变异系数(CV)评估该方法的重复性。优化结果显示,该方法的最佳引物终浓度为400 nmol/L (1.2μL)、探针终浓度为200 nmol/L (0.6μL)、退火温度为60℃。特异性试验结果显示,该方法仅可检...     

基于gB基因的IBRV微滴式数字PCR检测方法的建立及初步应用

为实现牛传染性鼻气管炎病毒(infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV)精准的定量检测，以IBRV gB基因为靶基因，建立IBRV微滴式数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量检测方法，进行了ddPCR退火温度、引物和探针浓度的优化、特异性和灵敏性试验。结果显示，建立的ddPCR方法最佳退火温度为56.5℃;反应体系中最佳引物、探针浓度分别为900和250 nmol/L;能够实现IBRV的特异性检测，与其他常见的牛呼吸系统疫病病原无交叉反应；以重组质粒pMD19-T-gB为模板，ddPCR方法的检出限为1.8 copies/μL,是实时荧光PCR方法敏感性的10倍。对119份具有呼吸道症状的牛鼻拭子样本分别进行ddPCR方法和实时荧光PCR方法进行检测，结果显示，ddPCR方法和实时荧光PCR方法的检出率分别为(15.13%,18/119)和(12.60%,15/119)。本研究建立的ddPCR方法特异性强、灵敏度高，可作为牛呼吸道临床样品中IBRV精准定量检测的有效手段。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒微滴式数字PCR检测方法的建立及初步应用

根据高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒的非结构蛋白(NSP2)基因序列,利用Primer Premier 5.0软件设计合成NSP2特异性的引物和TaqMan探针,建立了高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒的微滴式数字PCR(Droplet digital PCR, ddPCR)检测方法。结果显示,ddPCR最佳反应的引物和探针浓度分别为900 nM和250 nM;特异性和重复性检测结果表明,ddPCR具有良好的特异性和较高的重复性;灵敏度检测结果表明,ddPCR的检测灵敏度比荧光定量PCR高10倍;ddPCR的检测结果与标准品拷贝数的相关系数为R~2=0.999 1,表明该方法检测结果具有良好的线性关系和可信度;用建立好的ddPCR方法对10份临床样品的高致病性PRRSV进行了拷贝数定量。     

伪狂犬病病毒微滴数字PCR定量检测方法的建立

为了建立伪狂犬病病毒(PRV)微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)的检测方法,以伪狂犬病病毒gB基因为靶基因,建立了可对其准确定量的微滴数字PCR方法。对ddPCR反应中的引物浓度、探针浓度、退火温度进行了优化。对建立的ddPCR方法的特异性和敏感性也进行测定,并且应用于临床样品的检测。结果表明,ddPCR的最佳引物浓度为0.9μmol·L~(-1),探针浓度为0.25μmol·L~(-1),退火温度为60℃。ddPCR方法线性相关系数(R2)为0.998,显示呈良好的线性关系。检测限为6.1copies·μL~(-1),比荧光定量PCR(Real Time PCR,qPCR)的检测限低,变异系数为2.81%,与其他病毒无交叉反应。通过对临床样品的检测,与病毒分离比较,ddPCR方法的敏感性为87.5%,特异性为96.2%,符合率为97%。结果表明新建立的ddPCR方法,敏感性高、特异性强,可用于伪狂犬病病毒的定量检测。     

微滴式数字PCR定量检测禽脑脊髓炎病毒方法的建立

旨在建立微滴式数字PCR(ddPCR)检测禽脑脊髓炎病毒(avian encephalomyelitis virus, AEV)的方法，并实现对AEV绝对定量检测。根据已发表的AEV的VP1基因为靶序列，在其保守区域内设计了特异性扩增的引物和探针序列，应用合成的引物和探针建立ddPCR检测AEV方法，并测定其特异性、灵敏性和重复性。结果显示，建立方法的最佳引物终浓度为1.0μmol/L,探针终浓度为0.5μmol/L,退火温度为58℃。特异性测试结果，本方法只检出AEV,没有检出禽流感病毒、鸡新城疫病毒、鸡传染性支气管炎病毒、禽呼肠孤病毒、禽偏肺炎病毒和鸡传染性喉气管炎病毒，且无交叉反应。灵敏性结果显示，本方法对pMD18-AEV重组质粒DNA最低检测限为5.9拷贝/μL,敏感性高。用4个连续稀释的pMD18-AEV重组质粒DNA的拷贝数的对数值与ddPCR检测的拷贝数的对数值绘制绝对定量曲线，其曲线呈良好的线性关系(R²=0.999 4),结果稳定。3次重复检测结果的变异系数均小于5%,重复性好。对采集的病鸡临床样品65份进行ddPCR和荧光定量PCR检测，结果...     

A Droplet Digital PCR Method for Detection of Newcastle Disease Virus

This experiment was conducted to establish a droplet digital PCR (ddPCR) method for the detection of Newcastle disease virus (NDV). A ddPCR method was developed, which the primers and probes were designed based on the conservative regions of F gene of NDV. The concentration of primer and probe, the annealing temperature in ddPCR reaction were optimized. The sensitivity, specificity and reproducibility of ddPCR method were evaluated. In results, the optimal primer concentration and the probe concentration were 900 and 250 nmol·L^-1, the optimum annealing temperature was 55℃. The detection limit of ddPCR method was 1.8 copies·μL^-1 with a good linear response, it had no cross reaction with other six viruses (include IBV), the coefficient of variation of sample repetition was 2.4%. All the results showed that NDV ddPCR was sensitive and specific, it was suitable for quantitative detection of clinical samples infected with NDV.     

冰草ISSR-PCR反应体系的建立与优化

为进一步开展冰草属植物种质资源遗传多样性研究,寻找可用于冰草(Agropyron cristatum(L.)Gaertn.)的ISSR-PCR最适反应体系并建立与优化,具有重要的意义。通过优化影响ISSR-PCR体系的主要参数,最终确定在20μL体系中各反应物的最适含量为:40 ng模板DNA,0.2 mmol·L^-1dNTP,0.5μmol·L^-1ISSR引物,1 UTaq DNA聚合酶,2μL10×PCR Buffer,2.5 mmol·L^-1MgCl₂;引物815号的最适退火温度为50℃。该体系的建立为今后利用ISSR技术进行冰草属种质资源的遗传多样性分析奠定了技术基础。     

线粒体靶向抗氧化剂Mitoquinone对湖羊冻精损伤的保护作用

旨在研究线粒体靶向抗氧化剂Mitoquinone（MitoQ）对湖羊冷冻精子的保护作用。本研究选择健康的成年种公羊精液,将其分成6等份。不含MitoQ者设为对照组（M0）,M1、M2、M3、M4和M5组分别为含50、100、150、200和400 nmol·L^-1MitoQ的添加组。精子经冷冻解冻后检测活率、活力、质膜完整率、顶体完整率和线粒体活性等精子质量指标,同时进行超氧化物歧化酶（SOD）、谷胱甘肽过氧化物酶（GSH-Px）、活性氧（ROS）、丙二醛（MDA）等抗氧化指标检测。结果表明,当MitoQ添加的浓度为150 nmol·L^-1（M3组）时,其解冻后精子的活率、活力、质膜完整率、顶体完整率和线粒体活性最高,分别达55.00%、52.34%、48.32%、54.51%和51.28%,其线粒体活性显著高于其他组（P<0.05）。M3组解冻后精子的SOD和GSH-Px值分别为203.90 U·mL^-1和123.62 U·L^-1,两者均显著高于M0、M1、M4和M5组（P<0.05）;M3组解冻后精子的ROS和MDA值分别为298.34 U·mL^-1和4.99 nmol·L^-1,显著低于其他组（P<0.05）。当MitoQ的添加浓度提高至200（M4组）和400 nmol·L^-1（M5组）时,冻精质量开始下降,并表现为对精子的氧化损伤。在湖羊冷冻精液中,添加150 nmol·L^-1的MitoQ可显著降低精子氧化损伤,提高冻精品质,当MitoQ的添加浓度超过200 nmol·L^-1时对冷冻精子没有保护作用。     

NaCl处理对4种牧草植物种子萌发的影响

为探究草木樨（Melilotus suaveolens Ledeb.）、沙打旺（Astragalus adsurgens Pall.）、沙米（Agriophyllum squarrosum（Linn.）Moq.）、蒙古冰草（Agropyron mongolicum Keng）4种牧草种子在不同浓度NaCl处理下的萌发情况,本试验采用50 mmol·L^-1,100 mmol·L^-1,150 mmol·L^-1,200 mmol·L^-1,300 mmol·L^-15种NaCl浓度处理这4种牧草种子,测定其种子的发芽率、发芽指数等。结果表明：低浓度NaCl（50 mmol·L^-1和100 mmol·L^-1）处理对草木樨和沙打旺种子的发芽率、发芽势、发芽指数、活力指数的影响不显著,但对沙米和蒙古冰草种子的发芽有显著抑制作用;当NaCl浓度达到150 mmol·L^-1和300 mmol·L^-1时,沙米和蒙古冰草种子均不能发芽;4种牧草种子对NaCl的耐受程度由强到弱的顺序为：草木樨、沙打旺、蒙古冰草、沙米。     

硅对镉胁迫下不同狼尾草属牧草生理代谢的影响

采用盆栽试验法,研究外源硅添加（1.0,2.0,4.0 mmol·L^-1）对镉（20,40,80 mg·L^-1）胁迫下2种狼尾草生理代谢的影响。结果表明：外源添加4.0 mmol·L^-1的硅能显著降低高镉（80 mg·L^-1）胁迫下美洲狼尾草（Pennisetum americanum）和杂交狼尾草（Pennisetum americanum×P.purpureum）叶片中的丙二醛（MDA）和脯氨酸含量（P<0.05）,显著降低美洲狼尾草在所有镉处理下叶片的相对电导率（P<0.05）,能显著降低杂交狼尾草在镉浓度40、80 mg·L^-1下叶片的相对电导率（P<0.05）;加外源硅2.0 mmol·L^-1处理组显著降低高镉（80 mg·L^-1）胁迫下美洲狼尾草丙二醛（MDA）含量以及2种狼尾草脯氨酸含量;2种狼尾草随着镉浓度的增加,其SOD、POD活性呈现先增后减趋势,外源硅4.0 mmol·L^-1处理组提高了美洲狼尾草和杂家狼尾草在镉浓度80 mg·L^-1下超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化物酶（POD）活性（P<0.05）,显著提高了杂交狼尾草在镉浓度40 mg·L^-1下POD活性（P<0.05）。表明硅可以增强2种狼尾草属牧草适应镉胁迫的能力,对2种狼尾草的生理代谢有缓解作用。     

Effects of KDM1A on the Meiotic Maturation and Developmental Potential of Yak Oocytes

The purpose of this study was to explore the effects of KDM1A on the meiotic maturation and developmental potential of yak oocytes. The specific inhibitor GSK-KDM1A of KDM1A was added into in vitro maturation medium of yak oocytes. After 24 h in vitro culture of yak cumulus oocyte complexes (COCs), the expansion of cumulus cells and the extrusion of the first polar body were observed. The expression level of KDM1A in oocyte was measured by immunofluorescence during in vitro culture. The expression levels of Kdm1a, Oct-4, Sox-2 and Nanog in oocytes were detected by RT-qPCR. Then, yak oocytes were fertilized after in vitro culture, and the cleavage rate and blastocyst formation rate were observed, respectively. The results showed that the cumulus cells expansion in GSK-KDM1A groups were significant lower than those in control group (P<0.05) after 24 h culture, and the cumulus cells expansion and the first polar body extrusion rate in 320 nmol·L^-1 group were significantly lower than those in 160 nmol·L^-1 group (P<0.05). During oocyte in vitro maturation, Kdm1a showed dynamic expression profile, and the expression level of Kdm1a in MⅠ-stage was significantly lower than that in GV-stage and MⅡ-stage (P<0.05). The GSK-KDM1A could significantly inhibit the expression of KDM1A protein in oocytes (P<0.05), and the expression of KDM1A in 320 nmol·L^-1 group was significantly lower than that in 160 nmol·L^-1 group (P<0.05). The expression levels of Oct-4 and Sox-2 in GSK-KDM1A group were significantly higher than that in control group (P<0.05), but there was no significant difference in the expression of Nanog (P>0.05). After 24 h culture, the cleavage rates of oocytes in GSK-KDM1A groups were significantly lower than those in control group (P<0.05), while the blastocyst formation rate was not significantly different (P<0.05). In conclusion, KDM1A is involved in regulating the meiotic maturation process of yak oocytes. GSK-KDM1A can effectively inhibit the expression of KDM1A, affect the meiotic maturation and developmental potential of oocytes, which reveal that KDM1A plays an important role in this process.     

KDM1A对牦牛卵母细胞减数分裂成熟及其发育潜能的影响

旨在探讨KDM1A对牦牛卵母细胞减数分裂成熟及其发育潜能的影响。本研究在体外成熟液中添加不同浓度的KDM1A特异性抑制剂GSK-KDM1A,牦牛卵丘-卵母细胞复合体（COCs）体外培养24 h后,观察卵丘细胞的扩展和第一极体的排出情况;利用免疫荧光检测体外培养过程中卵母细胞内KDM1A的表达模式;采用实时荧光定量PCR检测体外培养卵母细胞内Kdm1a、Oct-4、Sox-2以及Nanog的表达水平;体外培养成熟后的牦牛卵母细胞进行体外受精,观察其卵裂率与囊胚形成率。结果显示,体外培养24 h后,GSK-KDM1A组的卵丘细胞扩展程度显著低于对照组（P<0.05）,而320 nmol·L^-1组的卵丘细胞扩展程度和第一极体排出率均显著低于160 nmol·L^-1组（P<0.05）。在卵母细胞体外成熟过程中,Kdm1a呈现动态表达模式,MⅠ期的表达水平显著低于GV和MⅡ期（P<0.05）;添加GSK-KDM1A能显著抑制卵母细胞中KDM1A蛋白的表达（P<0.05）,320 nmol·L^-1组各时间点KDM1A的表达量均显著低于160 nmol·L^-1组（P<0.05）。GSK-KDM1A组卵母细胞内Oct-4与Sox-2的表达水平显著高于对照组（P<0.05）,但Nanog的表达水平无显著差异（P>0.05）。牦牛卵母细胞体外成熟后,GSK-KDM1A组的卵裂率显著低于对照组（P<0.05）,但囊胚形成率无显著变化（P>0.05）。综上表明,KDM1A参与调控牦牛卵母细胞减数分裂成熟过程,GSK-KDM1A能有效抑制KDM1A的表达,影响卵母细胞减数分裂成熟及其发育潜能,揭示KDM1A在此过程中扮演重要角色。     

水杨酸和赤霉素预处理对NaCl胁迫下神香草种子萌发的影响

为探索水杨酸（Salicylic acid，SA）和赤霉素（Gibberellin，GA）对神香草种子耐盐性的诱导作用及最佳浓度，本试验分别以0，0.2，0.4，0.6，0.8 mmol·L^-1 SA和0，0.3，0.6，0.9，1.2 mmol·L^-1 GA预处理后的神香草种子为试验材料，采用培养皿纸上发芽法，研究两种激素预处理对不同浓度（0，50，100，150，200 mmol·L^-1）NaCl胁迫下种子萌发、生长指标的影响。结果表明：SA和GA均能提高NaCl胁迫下神香草种子的萌发特性，经SA预处理的种子发芽指标随SA浓度上升呈下降趋势，以0.2 mmol·L^-1对种子发芽指数、活力指数等提升效果最好；而经GA预处理后则呈先上升后下降趋势，以0.6 mmol·L^-1对种子发芽势、胚芽长等缓解效果最好。通过模糊数学隶属函数法得出，在不同浓度NaCl胁迫下，0.6 mmol·L^-1 GA预处理是提高神香草耐盐性的最佳浓度。