阿拉善马鹿冬季肠道菌群组成的性别差异

肠道菌群对于动物消化及健康有着至关重要的作用,但在性别差异上的研究仍然有限。本研究通过高通量测序技术对贺兰山阿拉善马鹿(Cervus elaphus alashanicus)的20个粪便样本进行多样性分析,雌雄各半,并讨论性别因素对肠道菌群的影响。结果表明,阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的多样性及结构均存在差异,且雌性肠道菌群的多样性更高。菌群构成的门水平上,雄性肠道菌群的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes 49.47%)和疣微菌门(Verrucomicrobia 14.21%),雌性肠道优势菌门为厚壁菌门(54.47%)和变形菌门(Proteobacteria 54.41%)。在属水平上,雌雄肠道菌群的优势菌属都为孢杆菌属(Sporobacter),含量为(雌性:6.79%,雄性:7.97%),拟杆菌属(Bacteroides),含量为(雌性:3.87%,雄性:4.42%),NMDS分析及LEfSe分析表明,性别因素对阿拉善马鹿雌雄肠道菌群的影响存在显著差异(P<0.05)。本研究表明性别因素对阿拉善马鹿冬季肠道菌群的多样性及构成存在影响,可为深入研究性别因素对阿拉善马鹿肠道菌群的影响提供依据。     

应用高通量测序技术检测无特定病原体鸭粪便的微生物多样性

高通量测序技术在动物肠道微生物研究中发挥着重要作用。从3株(9个样品)无特定病原体(SPF)鸭子中收集的粪便样品放置在培养箱中培养。利用Illumina HiSeq2500平台,通过16S rRNA测序的不同区域来分析鸭肠道细菌区系。结果表明,70周龄SPF鸭的肠道微生物丰度最高的三个门是厚壁菌门、变形杆菌门和拟杆菌门,丰度最高的三个目为梭菌目、乳杆菌目和气单胞菌目,丰度最高的三个属为拟杆菌属、丛孢菌属和肠球菌属。此外,3株鸭菌株具有不同的微生物组成,但这些差异不显著。采用高通量测序方法对鸭肠道菌群进行分析,以进一步了解SPF鸭肠道菌群的分布和生物学特性,最终有利于SPF鸭的纯化。     

一例组合益生菌中微生物群落多样性研究

通过提取目标微生物基因组DNA,使用16S rRNA高通量测序法分析,获得一例人用益生菌16S rRNA高通量测序结果及其群落组成、Alpha多样性、Beta多样性、差异物种及其它物种间的相关性的具体信息。结果显示,此菌群主要分属于3个菌门,其中变形菌门(Proteobacteria)是主要菌群,占比84.79%,厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)分别占7.8%、6.35%。这些菌群的主要功能有调节肠道功能,而且与宿主的脂肪代谢有很大关联,同时变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门等菌群可能与肠道炎症的缓解相关。     

鸭肠炎病毒感染对鸭肠道菌群多样性的影响

为揭示鸭肠炎病毒(DEV)感染对鸭肠道菌群多样性的影响,本研究采用16S rRNA基因高通量测序和Illumina Hiseq 2500高通量测序技术对DEV感染后鸭肠道菌群多样性和丰度进行分析。结果显示:与对照组比较,感染组鸭肠道菌群Alpha多样性指数均呈先升高后降低趋势,尤其是在DEV感染96 h和120 h后,鸭肠道菌群Beta多样性(Weighted Unifrac指数)距离越远,相似度越低;DEV感染后鸭肠道优势菌群主要分布于厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门,梭菌纲、丙型变形菌纲、拟杆菌纲和梭杆菌纲,梭菌目、肠杆菌目、拟杆菌目和梭杆菌目,肠杆菌科、消化链球菌科、拟杆菌科和梭杆菌科,大肠杆菌志贺菌亚属、拟杆菌属、梭菌属和Turicibacter属,尤其是产气荚膜梭菌和坏死梭杆菌呈先下降后升高趋势,这可能与DEV感染所导致的肠道病变存在一定的关联性。本研究结果为DEV致病机理及其所致疾病的防控研究奠定了基础。     

宁都黄鸡粪便基因组DNA提取方法比较及盲肠微生物组成分析

要获得高质量的测序结果,一个重要的前提是提供高质量的DNA样品。该研究旨在比较4种样本预处理方法和目前国内通用的3种试剂盒对于盲肠内容物基因组DNA提取的质量,并通过扩增子测序结果分析宁都黄鸡盲肠菌群组成及其多样性,为进一步探索肠道微生物在宁都黄鸡生长中的作用,乃至未来禽微生态制剂的研发奠定基础。结果表明:QIAGEN、BioTeke或BIOMIGA公司试剂盒提取的基因组DNA用于扩增子测序,所得肠道微生物菌群Beta多样性分析结果无显著差异(P0.05),而Shannon指数和Simpson指数组间差异显著(P0.05),提示采用不同试剂盒可能对高通量测序分析结果产生影响。宁都黄鸡肠道微生物组成丰富,共检测到21个门、50个纲、80个目、134个科、268个属,相对丰度较高的菌群是拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、广古菌门(Euryarchaeota)和变形菌门(Proteobacteria),相对丰度较高的前3个属分别是甲烷杆菌属(Methanobrevibacter)、理研菌科RC9肠菌群(Rikenellaceae RC9 gut group)和拟杆菌属(Bacteroides)。宁都黄鸡盲肠菌群组成特征再次证明了宿主系统发生地位对肠道菌群结构起到的重要影响作用。     

微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响北大核心

研究旨在探索微生物制剂对小龙虾肠道菌群结构的影响。利用从小龙虾肠道中分离得到的枯草芽孢杆菌CP-3,制备CP-3菌剂,结合乳酸菌菌剂、酵母菌菌剂制备微生物制剂;采用含微生物制剂的饵料投喂小龙虾,高通量测序分析小龙虾肠道菌群结构变化。结果显示,与未添加微生物制剂组相比,微生物制剂组的小龙虾肠道内细菌生物多样性和物种丰富度均明显增加,肠道内菌群结构也改变较大。各组小龙虾肠道的优势菌群均为变形菌门,微生物制剂组小龙虾的厚壁菌门细菌含量由6.10%提高至14.21%,有害菌群弧菌属数量由10.11%降低至4.68%。研究表明,投喂微生物制剂饵料可影响小龙虾肠道细菌群落的生长,小龙虾肠道菌群更趋向丰富和稳定。     

腹泻对圈养林麝肠道菌群的影响

为了研究腹泻对圈养林麝肠道微生物多样性的影响,笔者采用Illumina Nova高通量测序技术对18只腹泻林麝与54只健康林麝肠道微生物16S r RNA进行测序,结果获得操作分类单元(OTUs)2940个。腹泻组与正常组微生物群落结构以及多样性指数均差异极显著(P0.01)。其中属水平上腹泻组金黄杆菌属、德沃斯氏菌属、根瘤菌科未确定属和甲烷短杆菌极显著增加(P0.01);弯曲杆菌、螺旋体科未确定属、Candidatus_Soleaferrea、Tyzzerella、副拟杆菌、罗斯氏菌属、拟杆菌属、库特氏菌属、颤杆菌克菌属、螺杆菌、多尔氏菌属、梭菌科未确定属和不动杆菌属极显著降低(P0.01)。以上结果表明,腹泻时圈养林麝肠道微生物多样性发生剧烈变化,有害菌大量增殖、有益菌大量缩减。     

死亡马来穿山甲肠道中细菌的分离培养与鉴定

为了解马来穿山甲病变肠道菌群的组成,本研究通过对一只死亡的马来穿山甲的肠道细菌分别进行接种培养、革兰氏染色及对其16S rRNA基因序列进行PCR扩增等,对穿山甲病变肠道菌群的组成进行鉴定。高通量测序后,共获得有效序列77 441条,8个OUTs,细菌分类归属3门3纲5目6科8属。属含量从高到低分别为变形杆菌属(53.46%)、埃希氏菌属-志贺氏菌属(28.46%)、肠球菌属(17.22%)、假单胞菌属(0.7%)、普罗威登斯菌属(0.07%)、葡萄球菌属(0.05%)、拟杆菌属(0.02%)和乳杆菌属(0.02%)。结合细菌的属性及马来穿山甲病变肠道的症状分析,该马来穿山甲可能因为感染了志贺氏菌属的细菌导致严重的肠道出血而引起死亡。     

仔猪不同生长阶段粪便微生物多样性分析

旨在利用高通量测序技术分析晋汾白猪和马身猪生长早期粪便微生物的多样性特征及其可能的成因。本研究以马身猪和晋汾白猪为研究对象,采用16SrRNA高通量测序技术,对仔猪初生(1日龄)、断奶(28日龄)和保育后期(70日龄)三个关键的生长发育阶段的粪便微生物多样性进行研究。结果表明:本次测序所得的操作分类单元分属25个门、43个纲、91个目、163个科和470个属的微生物。多样性分析表明,生长在相同环境之下的晋汾白猪和马身猪在不同的生长阶段粪便微生物的组成具有相似之处,初生(1日龄)时容易受到母体及周围环境的影响,假单胞菌和志贺菌属等有害菌属的细菌含量较高,乳酸杆菌的数量随着仔猪年龄的增长而逐渐增加,在断奶(28日龄)和保育末期(70日龄)时粪便微生物菌群的多样性更为相似;在保育末期,两个猪种的仔猪肠道中普雷沃氏菌和毛螺菌科NK4A136等有助于动物消化代谢的细菌更为丰富。本研究的结果可为仔猪肠道微生物定植以及演替的变化规律提供理论参考。     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门(Firmicutes)丰度升高了2.21%(P0.05),变形杆菌门(Proteobacteria)丰度降低了2.22%(P0.05);从属水平上分析,大肠杆菌属(Escherichia)丰度降低了5.35%(P0.05),肠球菌属(Enterococcus)丰度升高了9.63%(P0.05)。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加(P0.05),据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

宏基因组技术在鸡肠道微生物中应用的研究进展

鸡肠道中生存着丰富的微生物,这些微生物在宿主的营养代谢与免疫方面有重要作用。高通量测序技术的发展为肠道微生物的研究提供了新的思路,文章简要介绍了宏基因组学,阐述肠道微生物结构变化对宿主的影响及不同饲养条件、宿主生理特征改变对肠道微生的影响,并重点从宏基因组的层面透析鸡肠道微生物菌落结构、营养代谢特征、免疫功能与鸡的健康生长之间的关联性,以期为鸡肠道微生物的研究提供思路。     

Application Advances of Metagenome Technology in Intestinal Microorganisms of Chicken

There are abundant microorganisms in the gastrointestinal tract of chicken, which play important roles in the metabolism and immunity of the host. The development of high-throughput sequencing technology for intestinal microbial research provides a new way of thinking. The article elaborates that metagenomics and effects of changes in intestinal microbial structure on the host and different feeding conditions, host physiological characteristics effect on intestinal microbial. This article focuses on the analysis of correlation between the intestinal microbial colony structure and characteristics of nutrient metabolism, immune function, and healthy growth of chicken on the level of metagenomics, and we hope to provide ideas for the study of intestinal microbial.     

草地补播对甘南草原高寒草甸高原鼢鼠食性的影响

本研究阐明草地补播对高原鼢鼠(Eospalax baileyi)食性的影响,能为其防控和草地管理提供重要参考.利用胃容物显微分析法,研究高原鼢鼠在甘南高寒草甸补播草地和退化草地的食性与生态位差异.结果发现,草地补播显著改变了高原鼢鼠的食物资源,退化草地下优势植物主要是菊科(Asteraceae,45.30％)、唇形科(Lamiaceae,26.40％)和蔷薇科(Rosaceae,18.72％),而补播后则变为禾本科(Poaceae,37.00％)、蔷薇科(25.68％)和莎草科(Cyperaceae,16.54％).退化草地中高原鼢鼠采食15科27属27种植物,食物比例中蔷薇科(45.72％)、禾本科(19.68％)和廖科(Polygonaceae,17.11％)最高.而在补播草地高原鼢鼠采食15科25属28种植物,主要采食蔷薇科(40.71％)、禾本科(25.32％)、廖科(11.70％)和莎草科(11.45％).草地补播影响了高原鼢鼠采食植物的比例,且食性的生态位宽度、食物的多样性指数和均匀度有所提高.综上所述,补播可以通过减少杂类草的比例来减少高原鼢鼠的食物来源,喜食植物的减少可能会增加高原鼢鼠的觅食时间从而增加高原鼢鼠的觅食代价.通过补播影响高原鼢鼠食性是其生态防控的一个有效途径.     

核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响

试验旨在研究核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群丰度和多样性的影响,初步揭示核桃青皮水提物对肉鸡肠道微生物菌群结构的影响。选取240只1日龄本地土杂鸡,随机分为2组,1个对照组和1个试验组,每个组设4个重复,每个重复30只。试验组于28日龄开始在饮水中添加核桃青皮水提物,6周后,每个重复采集10份肉鸡肛门棉拭子,利用Illumina Miseq测序平台对微生物16S rDNA V3-V4区扩增产物进行双端测序,分析微生物群落结构多样性。高通量测序结果显示,所有样本共含有个17菌门和48个菌属;多样性指数分析结果表明,饲喂核桃青皮水提物的肉鸡肠道菌群丰富度增加。从门水平分析,厚壁菌门（Firmicutes）丰度升高了2.21%（P > 0.05）,变形杆菌门（Proteobacteria）丰度降低了2.22%（P > 0.05）;从属水平上分析,大肠杆菌属（Escherichia）丰度降低了5.35%（P < 0.05）,肠球菌属（Enterococcus）丰度升高了9.63%（P < 0.05）。本研究结果表明,饲喂核桃青皮水提物后肉鸡肠道菌群多样性显著增加（P < 0.05）,据此推测,核桃青皮水提物能有效调节肉鸡肠道菌群并有益于肠道健康。     

人工养殖西伯利亚狍肠道微生物组成的雌雄差异

肠道微生物是一个复杂的生态系统,与宿主的健康、疾病以及其他因素有着密切的关系。目前,关于肠道菌群结构和功能的研究较多,但是对西伯利亚狍肠道菌群的研究还未见报道。西伯利亚狍(Capreolus pygargus)属于反刍动物,有独特的消化特性和微生物群来帮助它们适应高纤维的食物。本研究利用高通量测序技术在Illumina MiSeq平台上对14只狍肠道微生物进行16S rRNA基因分析。结果表明:个体样本中门类组成的差异,雌性个体JY3和雄性个体JY9除Firmicutes,Bacteroidetes,Proteobacteria这3类菌群外,其他门类菌群所占比例都很低。在科水平上,雌性个体中Ruminococcaceae在JY7和JY13肠道内含量相对较少,Bacteroidaceae在JY7,JY10和JY13中含量较高。雄性个体中Ruminococcaceae在JY11和JY14肠道内含量较少,Prevotellaceae在JY4中含量较少。在属水平上,雌性个体特有的菌属为Roseburia,Alloprevotella,Lachnospiraceae_incertae_sedis和Coprococcus;雄性个体特有的菌属为Fusobacterium,Succiniclasticum,Streptococcus和Clostridium sensu stricto。Alpha多样性分析表明,Ace指数范围2128.93—772.98,Chao1指数范围2128.89—785.27,Shannon指数范围5.44—3.78,Simpson指数范围0.07—0.01。在不同物种分类水平上,雌雄狍肠道内的优势菌群有些不同。PCoA(principal co-ordinates analysis)分析显示,狍样本几乎混在一起,没有明显差异。     

退耕还林还草地鼠类调查及控制对策研究

2002-2003年对青海省大通县退耕还林还草地鼠类组成进行调查研究,捕获鼠类6种728只,以根田鼠Microtus oeconomus和高原鼢鼠Myospalax baileyi为绝对优势种.4种方法进行退耕还林还草地害鼠控制的结果表明:人工置夹和药物控制是地上害鼠控制的有效方法,人工地箭与灭鼠雷可有效控制地下高原鼢鼠的数量.但从长远来看,控制退耕还林还草地鼠害应采取生态治理的原则和方法.     

饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响

试验旨在研究提高饲粮纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物组成及多样性的影响。试验选择健康无病、体重相近的2月龄杜湖杂交公羔,按照体重随机分为2组,每组38只,分别饲喂不同的饲粮,对照组（LW_CK）饲粮为精料+苜蓿,处理组（LW_EG）为精料+苜蓿+全株玉米青贮+花生秧;试验期150 d,其中预试期20 d,正试期130 d,试验结束后,每组随机选择5只羔羊屠宰取瘤胃内容物,通过16S rDNA高通量测序技术分析其微生物多样性及结构变化。结果表明,处理组羔羊瘤胃中细菌多样性显著高于对照组（P<0.05）。在门水平上,处理组羔羊瘤胃中优势菌门为拟杆菌门（Bacteroidetes）和厚壁菌门（Firmicutes）,对照组优势菌门为拟杆菌门和变形菌门（Proteobacteria）。提高纤维水平后显著增加了育肥羔羊瘤胃中厚壁菌门的相对丰度（P<0.05）;显著降低了变形菌门的相对丰度（P<0.05）。在属水平上,对照组与处理组羔羊瘤胃菌群共鉴定出195个属,处理组优势菌属为普雷沃氏菌属（Prevotella_1）和解琥珀酸菌属（Succiniclasticum）,对照组优势菌属为琥珀酸弧菌属（Succinivibrionaceae）和普雷沃氏菌属（Prevotella_7）。提高饲粮纤维水平,增加了育肥羔羊瘤胃中解琥珀酸弧菌属、密螺旋体属（Treponema_2）、疣微菌属（Ruminococcaceae）、月形单胞菌属（Selenomonas_1）的相对丰度,显著降低了琥珀酸弧菌属相对丰度（P<0.05）。综上所述,适量提高饲粮中纤维水平对育肥羔羊瘤胃微生物菌群结构有一定影响,能够促进部分纤维降解菌的增殖,有利于育肥羔羊的瘤胃发酵和养分消化利用。     

林蛙养殖场地土壤菌群结构及潜在病原菌分析

试验旨在了解林蛙养殖场地土壤菌群组成和结构特征、喷洒益生菌后的土壤菌群变化和潜在致病菌的种类与数量。试验设置3个组：养殖场地组、益生菌喷洒组和半人工养殖组,用高通量测序技术进行检测。3个试验组共获得191 588条有效序列,1 369个操作分类单元（operational taxonomic units,OTU）,经分类学鉴定分属于438个属,29个门。3组样本菌群数量较大,多样性水平也相对较高。优势菌门为变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、蓝细菌门（Cyanobacteria）、芽单胞菌门（Gemmatimonadetes）、绿弯菌门（Chloroflexi）、放线菌门（Actinobacteria）、酸杆菌门（Acidobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）;优势菌属为黄杆菌属（Flavobacterium）、热单胞菌属（Thermomonas）、Sphingopyxis、紫杆菌属（Porphyrobacter）、蓝细菌纲中未定种类（norank_c__Cyanobacteria）。各分组之间菌群多样性差异不显著,各组菌群结构相似度高。土壤中潜在的红腿病致病菌在属的水平有气单胞菌属（Aeromonas）、柠檬酸杆菌属（Citrobacter）、金黄杆菌属（Chryseobacterium）、假单胞菌属（Pseudomonas）。喷洒益生菌后土壤菌群变化不明显。本研究为全面了解东北林蛙养殖场地土壤微生物组成及变化、发掘有益微生物种类和东北林蛙疾病的预防和治疗提供理论依据。     

核桃青皮及其提取物对黄羽肉仔鸡肠道形态、黏膜抗氧化性能及微生物多样性的影响

试验旨在探究添喂核桃青皮及其25%乙醇溶液提取物对黄羽肉仔鸡肠道形态、黏膜抗氧化性能及微生物多样性的影响。选取144只1日龄雄性黄羽肉鸡,随机分为3组,每组12个重复,每个重复4只鸡。对照组饲喂基础饲粮,试验Ⅰ和Ⅱ组分别在基础饲粮中添加1%的核桃青皮原粉和核桃青皮提取物,饲养至70日龄。试验结束后从每个重复中随机挑选1只,屠宰后取小肠,分别测定十二指肠、空肠和回肠绒毛高度和隐窝深度;刮取十二指肠黏膜,测定总超氧化物歧化酶（T-SOD）、铜锌型超氧化物歧化酶（CuZn-SOD）、锰型超氧化物歧化酶（Mn-SOD）、总抗氧化能力（T-AOC）、过氧化氢酶（CAT）及谷胱甘肽还原酶（GR）活性;取回肠内容物,采用16S rDNA高通量测序技术分析肠道微生物多样性及相对丰度的差异。结果显示,与对照组相比,添加核桃青皮及其提取物对黄羽肉鸡十二指肠、空肠和回肠绒毛高度、隐窝深度以及绒毛高度/隐窝深度比值均无显著影响（P>0.05）;对十二指肠黏膜T-SOD、CuZn-SOD、Mn-SOD、CAT的活性及T-AOC均无显著影响（P>0.05）;添加核桃青皮及其提取物后,回肠微生物物种数显著提高（P=0.05）,微生物多样性指数和物种丰富度指数明显增加,但差异不显著（P>0.05）。对照组黄羽肉仔鸡回肠菌群在门水平上主要是厚壁菌门,超过总细菌的99%。添加核桃青皮粉及其提取物使厚壁菌门丰度明显下降,而拟杆菌门的丰度明显增加,但均差异不显著（P>0.05）。乳杆菌属是对照组黄羽肉仔鸡回肠菌群最主要的属,平均占71%。添加核桃青皮及其提取物后,肠道中的乳杆菌属的相对丰度有所下降（P>0.05）,对照组黄羽肉仔鸡回肠中以鸟乳杆菌、唾液乳杆菌、敏捷乳杆菌、果囊乳杆菌和罗伊氏乳杆菌为主要的已知菌种,添加核桃青皮原粉及其提取物后鸟乳杆菌的丰度显著增加（P<0.05）,添加核桃青皮提取物后敏捷乳杆菌的丰度显著增加（P<0.05）。由此可见,在黄羽肉仔鸡饲粮中添加1%核桃青皮或其提取物不影响肠道形态结构和黏膜抗氧化能力,但肠道微生物多样性和物种丰富度提高,有益菌鸟乳杆菌和敏捷乳杆菌丰度增加。