藏系绵羊、新疆细毛羊及阿勒泰羊mtDNA D-loop基因序列分析及系统进化研究简

为研究藏系绵羊的贾洛、红原、欧拉3个类群与新疆细毛羊、阿勒泰羊的遗传多样性及系统进化关系,试验对该5个类群89个绵羊个体的mtDNA D-loop区全序列进行测序分析。结果显示,该5个绵羊类群89个个体总共发现有168个多态性位点,单一多态位点（singleton variable sites） 82个,简约信息位点（parsimony informative sites）86个,碱基A+T的平均含量达到了62.5%,明显高于C+G（37.5%）,共检测到70种单倍型,核苷酸多样性（Pi）在0.01040～0.02892之间,单倍型多样性在0.640～1.000之间,平均核苷酸差异数（K）为18.340,Tajima’s D中性检验发现这5个类群均不显著。通过构建NJ进化树结果表明,在藏系绵羊中红原类群与欧拉类群的亲缘关系最近,其次藏系绵羊中贾洛类群才与红原、欧拉类群聚为一类,再依次聚类的为新疆细毛羊、欧洲摩弗伦羊、东方盘羊;盘羊与羱羊单独聚为一类。该5个类群存在明显的3个母系起源。     

两个藏系绵羊类群细胞色素氧化酶Ⅰ基因序列多态性及系统进化分析

为了从分子水平研究藏系绵羊贾洛类群和红原类群的遗传多样性和系统进化,试验采用PCR和测序方法对贾洛类群、红原类群、新疆细毛羊共25个样品的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因全序列进行分析。结果表明:3个绵羊品种(类群)的COⅠ基因序列全长为1 545 bp,共定义11种单倍型,单倍型多样性为0.464~0.806,核苷酸多样性为0.002 27~0.004 61,红原类群的遗传多样性比贾洛类群和新疆细毛羊丰富。25只个体的系统发育树呈现3个明显分支,支持绵羊有3个独立母系起源的观点;红原类群和新疆细毛羊为3个支系,贾洛类群为2个支系。3个群体间的分子系统发育树显示,红原类群与贾洛类群聚在一起,新疆细毛羊为相对独立的一支。说明COⅠ基因可以用于分析绵羊品种间或不同类群间的系统进化。     

四川省两个绵羊群体遗传新资源的鉴定

为了确定在四川发现的两个绵羊群体,即布拖黑绵羊、贾洛藏绵羊,是否为新的遗传资源,试验采用分析绵羊mt DNA D-Loop区多态性的方法,分析6个绵羊群体的序列、单倍型和亲缘关系。结果表明:在布拖黑绵羊中未发现长度为1 106 bp的D-Loop片段,且布拖黑绵羊mt DNA D-Loop区长度类型比较少,说明布拖黑绵羊D-Loop长度变异少;在贾洛藏绵羊中发现了3个长度为1 256 bp的D-Loop,说明1 256 bp可能为贾洛类群所独有。在布拖黑绵羊内,只有11种单倍型,为单倍型最少的群体,说明布拖黑绵羊的遗传多样性较为贫乏,需要对其种质资源进行合理保护;贾洛藏绵羊遗传多样性丰富,从遗传多样性角度揭示了培育贾洛藏绵羊具有很好的前景。     

西藏牦牛mtDNA cytb基因的序列多态性及其系统进化分析

为从分子水平上探究西藏牦牛类群的亲缘关系、分类地位和遗传多样性,本研究测定了嘉黎牦牛、桑桑牦牛、桑日牦牛、工布江达牦牛、斯布牦牛、帕里牦牛、康布牦牛、江达牦牛、类乌齐牦牛、丁青牦牛、巴青牦牛等11个西藏牦牛类群共110头牦牛的细胞色素b基因全序列,分析了其多态性,并构建了11个类群的系统进化树.结果表明:11个西藏牦牛类群的细胞色素b基因全序列长均为1140 bp,共有单倍型53种,其中新发现的有49种,序列间共有14个SNPs多态位点,核苷酸变异类型包括转换和颠换,无插入和缺失,以同义突变为主,说明西藏牦牛具有较丰富的遗传多样性.西藏11个牦牛类群可分为:帕里牦牛系、江达牦牛系、巴青牦牛系、桑日牦牛系、类乌齐牦牛系等5大系.     

青海藏系绵羊高原型与山谷型类群的遗传多样性和分化研究

为了研究青海藏系绵羊高原型祁连县种群和山谷型互助县种群的遗传多样性和分化水平,试验采用聚合酶链式反应的方法获得了2个类群共63个个体的线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列全长(1 140 bp)。结果表明:排序后的序列存在35个变异位点,其中包括17个简约性位点和18个单突变位点,共定义了18个单倍型。高原型祁连县种群和山谷型互助县种群单倍型多样度分别为0.81±0.05,0.74±0.08,核苷酸多样度分别为0.003 7±0.002 1,0.004 2±0.002 3,比较而言,遗传多样性偏低,与目前的资源量和分布相适应。分子变异和单倍型网络图分析结果均表明,祁连县高原型与互助县山谷型藏系绵羊类群间并不存在遗传分化。     

吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA序列遗传多样性分析

为了研究吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA(mt DNA)序列遗传多样性,试验采用PCR产物测序技术分别对吉林珍珠鸡、花尾榛鸡20只个体mt DNA细胞色素b(Cytb)基因序列进行分析。结果表明:在吉林珍珠鸡mt DNA Cytb基因序列中检测到核苷酸多态位点4个,20只个体具有4种单倍型;花尾榛鸡核苷酸多态位点9个,20只个体具有3种单倍型。构建系统进化树显示,吉林珍珠鸡与红色原鸡亲缘关系较近,与花尾榛鸡、山鸡亲缘关系较远。     

藏系绵羊mtDNA遗传结构及多样性研究

为了研究青海地区藏系绵羊遗传结构、多样性和母系起源,采用PCR扩增和直接测序方法获得了青海地区高原型、欧拉型、山谷型和青海黑藏羊8个群体共187个个体的mtDNA D-loop序列片段,对序列数据进行遗传多样性、遗传结构、系统发育和网络关系分析。结果显示,187个个体均获得长度为527bp的mtDNA D-loop序列片段,共定义了94个单倍型。青海地区高原型藏羊具有较高的遗传多样性,而欧拉型和青海黑藏羊遗传多样性相对较低,这与各类群藏系绵羊在青海地区的资源现状、分布范围相适应。种群间遗传分化及AMOVA分析均显示,欧拉型与其他类群间存在较显著的遗传分化,其余类群间分化不明显。系统发育分析表明青海地区藏系绵羊可能有3个母系起源,与以往研究相一致。     

3个藏系绵羊品种血清运铁蛋白的多态性比较

本文采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳法,测定了四川省阿坝县草地藏系绵羊红原羊类群、贾洛羊类群及青海欧拉羊血清运铁蛋白的多态性,对其遗传特征进行了比较研究。结果发现：红原羊的运铁蛋白（TF）有AB、BB、BC三种基因型,其基因型频率分别为0.53333、0.33333、0.13333,基因频率分别为0.26667、0.66667、0.06667;贾洛羊的运铁蛋白有AB一种基因型,其基因型频率为1,基因频率分别为0.5、0.5、0;欧拉羊的运铁蛋白有AA、AB、BB三种基因型,其基因型频率分别为0.43243、0.43243、0.13514,基因频率分别为0.64865、0.35135、0。     

微卫星分子标记分析四川绵羊群体遗传多样性

为探究四川省6个绵羊群体的遗传多样性,实验应用12个微卫星标记计算基因频率、有效等位基因数、杂合度及多态信息含量来评估群体内遗传多样度,通过遗传距离聚类图、群体结构推测图、主成分分析及群体间分子方差分析来评估群体间遗传关系。结果表明:6个绵羊群体在12个微卫星位点的平均有效等位基因数为3.006~3.176,平均多态信息含量变化为0.559~0.612,平均期望遗传杂合度为0.610~0.670;6个绵羊群体间的遗传关系与地理分布情况及育成史实不完全一致,但遗传距离聚类图、群体结构推测图和主成分分析结果均显示,6个绵羊群体中布拖黑绵羊类群与贾洛绵羊类群遗传关系更近;6个绵羊群体间方差组分F统计量结果为0.112 39,处于中度分化水平。     

基于mtDNA Cytb基因的马可·波罗盘羊遗传多样性与起源进化分析

为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基因序列,利用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)构建系统发育树,以阐明野生绵羊和家养绵羊遗传多样水平与起源进化关系。结果显示,马可·波罗盘羊mtDNA Cytb基因全长1 140 bp,富含A、T碱基,含量为58.3%,存在10个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.884;存在122个SNPs位点,占核苷酸总数的2.35%,其中单一多态位点2个,简约信息位点120个,均为两碱基突变,转换发生的频率远远高于颠换;平均核苷酸多样性(pi)为0.02090;平均核苷酸差异性(K)为23.826,表明马可·波罗盘羊mtDNA Cytb区单倍型和核苷酸遗传多样性丰富。系统发育分析显示,野生绵羊分为明显的三支,其中马可·波罗盘羊单独形成一支,且与盘羊西藏亚种遗传距离最近,与天山盘羊、蒙古盘羊遗传距离最远,而家养绵羊与摩弗仑羊亲缘关系较近,与盘羊亲缘关系较远。以上结果表明盘羊对家养绵羊起源进化贡献较低,支持摩弗仑羊可能是家养绵羊野生祖先的观点。