藏系绵羊mtDNA和Y染色体遗传多样性的检测与系统进化关系的分析

为了评估青海地区藏系绵羊各类群的遗传结构与分子进化关系,试验选择青海地区四个典型的地理生态类群(山谷型、欧拉型、高原型和扎什加型)藏羊,提取血液基因组DNA后,分别对线粒体D-loop区序列和Y染色体Sry基因序列进行特异性扩增并测序。结果表明:D-loop序列的核苷酸多样性为0.031±0.004,单倍型多样性为0.994±0.006;而Sry序列的核苷酸多样性为0.046±0.005,单倍体多样性为0.861±0.044。说明高原型藏羊在母系遗传上更接近扎什加型藏羊,而在父系遗传上扎什加型藏羊与其他三个类群间的隔离较为明显,三个类群在父系遗传上的基因交流更为频繁。     

藏系绵羊、新疆细毛羊及阿勒泰羊mtDNA D-loop基因序列分析及系统进化研究简

为研究藏系绵羊的贾洛、红原、欧拉3个类群与新疆细毛羊、阿勒泰羊的遗传多样性及系统进化关系,试验对该5个类群89个绵羊个体的mtDNA D-loop区全序列进行测序分析。结果显示,该5个绵羊类群89个个体总共发现有168个多态性位点,单一多态位点（singleton variable sites） 82个,简约信息位点（parsimony informative sites）86个,碱基A+T的平均含量达到了62.5%,明显高于C+G（37.5%）,共检测到70种单倍型,核苷酸多样性（Pi）在0.01040～0.02892之间,单倍型多样性在0.640～1.000之间,平均核苷酸差异数（K）为18.340,Tajima’s D中性检验发现这5个类群均不显著。通过构建NJ进化树结果表明,在藏系绵羊中红原类群与欧拉类群的亲缘关系最近,其次藏系绵羊中贾洛类群才与红原、欧拉类群聚为一类,再依次聚类的为新疆细毛羊、欧洲摩弗伦羊、东方盘羊;盘羊与羱羊单独聚为一类。该5个类群存在明显的3个母系起源。     

三个类群藏系绵羊线粒体细胞色素b基因序列多态性及其系统进化的研究

为研究藏系绵羊红原、贾洛、欧拉3个类群的亲缘关系、遗传多样性以及其系统进化,测定该3个类群藏系绵羊的41个个体的细胞色素b基因的全序列。结果表明,41个藏系绵羊的细胞色素b基因的全序列长度均为1 140bp,有27个多态位点,其中单一多态位点16个,简约信息位点11个,共定义13种单倍型,单倍型多样性为0.672±0.078,核苷酸多样性为0.331%。藏系绵羊贾洛类群与欧拉类群遗传距离最远,为0.003 9,红原类群与欧拉类群遗传距离较近,为0.002 64。说明红原类群与欧拉类群亲缘关系较近,藏系绵羊有一个共同祖先,同时存在第2个母系起源。     

甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源分析

为了研究甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环序列遗传多样性与起源,利用设计的1对引物对绵羊mtDNA D-环序列进行PCR扩增和纯化测序.对序列数据进行单倍型、遗传多样性、系统发育树和网络关系分析.分析结果显示:120只绵羊mtDNA D-环序列(部分)表现出2种长度变异,其中3个序列长度为573 bp,117个序列长度为648 bp.对117个长度为648 bp的序列进行分析,发现77个单倍型.单倍型比例、单倍型多样度、核苷酸多样度和平均核苷酸差异数在蒙古羊都较高,而在兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊都较低.系统发育树和网络关系分析均将77个单倍型明显的分为3个分支.研究认为:含有4个重复单元(75 bp)是甘肃地方绵羊品种mtDNA D-环的序列特征,在甘肃6个地方绵羊品种中,蒙占羊的遗传多样性最丰富,兰州大尾羊和岷县黑裘皮羊遗传多样性最低.系统发育和网络关系分析认为甘肃6个地方绵羊品种有3个母系起源.     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。     

两个藏系绵羊类群细胞色素氧化酶Ⅰ基因序列多态性及系统进化分析

为了从分子水平研究藏系绵羊贾洛类群和红原类群的遗传多样性和系统进化,试验采用PCR和测序方法对贾洛类群、红原类群、新疆细毛羊共25个样品的线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)基因全序列进行分析。结果表明:3个绵羊品种(类群)的COⅠ基因序列全长为1 545 bp,共定义11种单倍型,单倍型多样性为0.464~0.806,核苷酸多样性为0.002 27~0.004 61,红原类群的遗传多样性比贾洛类群和新疆细毛羊丰富。25只个体的系统发育树呈现3个明显分支,支持绵羊有3个独立母系起源的观点;红原类群和新疆细毛羊为3个支系,贾洛类群为2个支系。3个群体间的分子系统发育树显示,红原类群与贾洛类群聚在一起,新疆细毛羊为相对独立的一支。说明COⅠ基因可以用于分析绵羊品种间或不同类群间的系统进化。     

中国7个绵羊品种mtDNA D-loop区序列的系统发育与起源研究

为探讨中国绵羊的起源、进化及遗传多样性,对新疆、内蒙古、西藏、云南、宁夏、山东等地区7个地方绵羊品种和1个外来品种共59个体的线粒体D-loop全序列进行了测序分析。7个地方绵羊群体的单倍型多样度（Hd）和核苷酸多样度（π）分别平均为0．9960和0．0306,表明我国地方绵羊品种的控制区遗传变异丰富。系统发育和网络进化分析均将中国绵羊分为3个明显的支系,揭示中国绵羊存在3个独立的母系起源;并发现欧洲摩佛仑羊与支系B聚在一起,表明摩佛仑羊与中国绵羊有较近的亲缘关系。对mtDNA D-loop的3个支系进行核苷酸不配对分布曲线分析和Fu’s中性检验,结果显示3个支系的分布曲线均呈单峰形,且中性检验差异显著,表明绵羊3个支系可能曾经历群体扩张。     

基于线粒体DNA D-loop序列分析彭县黄鸡遗传多样性及其起源进化关系

研究旨在探究彭县黄鸡的遗传多样性和起源。通过对30只彭县黄鸡线粒体DNA(mtDNA)D-loop区高变区部分序列的PCR扩增、测序和比对,结合Gen Bank已经测出D-loop区全序列的部分品种鸡的序列,探讨彭县黄鸡的遗传多样性和母系起源。结果表明:测出的高变区部分序列长度为504~506 bp,12只为504 bp(484 bp处T碱基缺失),1只为506 bp(498 bp处C碱基插入)外,其余均为505 bp。在30只个体中,共发现15处单核苷酸多态位点,由此界定7种单倍型。系统发育分析发现,彭县黄鸡7种单倍型可以分为A、B、C三个分支。综上,彭县黄鸡mtDNA D-loop区具有较为丰富的多态性,并且3个母系起源,研究结果从分子水平上为彭县黄鸡的遗传资源保护和开发利用提供了参考。     

青海省门源白牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源

为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树。结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892～896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性。以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源。综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源。     

广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区序列多态性及起源分析

【目的】探究广西3个地方黄牛品种线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop区）序列的多态性及其母系起源,为广西地方黄牛品种的选育、系统分类和开发利用提供科学依据。【方法】利用PCR扩增、测序和生物信息学方法对广西3个地方黄牛品种（南丹黄牛、隆林黄牛和涠洲黄牛）mtDNA D-loop序列进行多态性分析与系统发育进化树构建。【结果】从广西3个地方黄牛品种127个个体mtDNA D-loop区序列中检测到27种单倍型,其核苷酸多态位点65个,多态位点占所测核苷酸总长（908~912 bp）的7.143%,其中有61个转换、3个颠换和1个转换/颠换共存。广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区单倍型多样度（H）为0.339~0.795,核苷酸多样度（π）为 0.31%~2.54%,表明广西3个地方黄牛品种mtDNA D-loop区的遗传多样性存在较大差异,其中,南丹黄牛具有更丰富的遗传多样性,隆林黄牛次之,涠洲黄牛的遗传多样性较贫乏。聚类分析结果表明,广西3个地方黄牛品种具有普通牛和瘤牛2大母系起源,受瘤牛起源影响更明显。【结论】广西3个地方黄牛品种具有瘤牛和普通牛两大母系起源,但受瘤牛影响更明显。隆林黄牛与南丹黄牛为瘤牛和普通牛的混合母系起源,而涠洲黄牛为纯正的瘤牛母系起源,因此,应加强对广西地方黄牛品种资源,尤其是对涠洲黄牛品种资源的保护力度。