不同破壁方法对大肠杆菌DNA提取的影响

为了解不同细胞破壁方法对大肠杆菌总DNA提取效果的影响,分别采用CTAB/溶菌酶/蛋白酶K法、溶菌酶/SDS法、CTAB/SDS法对大肠杆菌进行破壁提取DNA,比较了3种方法从大肠杆菌中提取DNA的效果.结果表明:3种方法都可以从大肠杆菌中提取到分子量大于21.2 kb的DNA片段,1 mL菌液DNA的提取量为14.3～43.6 μg,不同方法间在DNA产量及纯度等方面存在较大差异.     

高山被孢霉DNA提取方法的比较与改进

利用CTAB法、SDS裂解法、氯化苄法和溶菌酶消化法提取高山被孢霉菌团的DNA.结果表明,CTAB法提取的DNA收率与纯度均较高,收率在700μg·g-1菌团以上,蛋白质污染少;SDS裂解法提取的DNA收率和纯度均较低,蛋白质污染严重;氯化苄法提取的DNA纯度较高,且无需苯酚纯化,但其易降解成DNA片段,质量稳定性较差;溶菌酶消化法无需采用液氮研磨,提取的DNA能达到分子生物学分析的要求,但收率较低,且步骤烦琐,成本较高.用改进的CTAB法可得到高纯度、高收率的被孢霉DNA,并可用于酶切或PCR扩增.     

从活性污泥中提取微生物总DNA的方法比较

[目的]探索适宜的畜禽废水中活性污泥微生物总DNA提取的方法。[方法]采用2种方法提取畜禽废水中活性污泥微生物总DNA,即"提取缓冲液+蛋白酶K+SDS"提取法以及"溶菌酶-SDS-蛋白酶"提取法。通过对这2种方法进行比较,以确定最佳试验方案。[结果]紫外分光光度法分析表明,"提取缓冲液+蛋白酶K+SDS"提取法所得的OD260/OD280大于1.81。电泳结果显示,"提取缓冲液+蛋白酶K+SDS"提取法提取DNA亮度高,有大片断DNA的存在且拖带较少,条带集中,能成功进行16S rDNA的PCR扩增;通过PCR扩增所得的DNA的纯度检测结果显示,扩增出了条带分子约为1 500 bp的特异性条带"。溶菌酶-SDS-蛋白酶"提取法所提取的DNA没有得到较好的效果,点样孔较亮则可能存在一定的蛋白质残留,或其他杂质等,通过PCR扩增没有扩出特异性条带。[结论]"提取缓冲液+蛋白酶K+SDS"提取法为畜禽废水中微生物群落在分子水平上的研究提供了1种简便、可靠的DNA提取方法,为分析畜禽废水中细菌多样性提供了条件。     

不同方法对金黄色葡萄球菌基因组DNA提取效果的比较

分别采用酶解法、CTAB法、SDS法、CTAB/NaCl法等4种方法提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,并进行比较改良。结果表明,SDS法提取的DNA含量最高;当金黄色葡萄球菌的DNA质量稀释至1.975×10-4pg时,SDS法提取的DNA仍能用于PCR扩增;此外,该方法稳定性好、经济性高,是理想的金黄色葡萄球菌基因组DNA提取方法。     

鱿鱼肌肉组织细菌基因组DNA提取方法的优化

采用十二烷基苯磺酸钠（SDS）法结合十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法、SDS法结合溶菌酶法和CTAB法结合溶菌酶法对鱿鱼肌肉组织中细菌基因组DNA的提取效果进行比较。结果表明,SDS法结合CTAB法和SDS法结合溶菌酶法提取细菌总DNA的效果相近,CTAB法结合溶菌酶法提取细菌总DNA的效果相对较差,3种方法所提取的细菌总DNA纯度均较高,无需纯化即可进行进一步PCR扩增试验。变性梯度凝胶电泳结果说明,SDS法结合CTAB法较另两种方法能更真实地揭示待测样本中微生物的实际组成。     

露天矿排土场土壤微生物总DNA提取方法的研究

对露天矿排土场土壤微生物总DNA的提取方法进行了研究,将化学法(SDS高盐法和PBS缓冲液法)、酶法(溶菌酶和蛋白酶K)和机械法(循环冻融)组合为12种细胞裂解方案。琼脂糖凝胶电泳和UV检测的结果表明,SDS高盐法与酶法和机械法组合的6种方案所获得的DNA均具有较好的完整性和较大的浓度。为缩短试验时间,减小DNA在循环冻融过程中造成机械断裂的可能性,故SDS高盐裂解液不经循环冻融、并加入蛋白酶K和溶菌酶的方案组合为最佳,该结果为从分子水平上研究露天矿排土场土壤微生物的多样性及以PCR为基础的研究提供了可行的方法。     

几种动物生鲜肌肉组织样品DNA提取方法的比较研究

比较不同提取原理的试剂盒对动物生鲜肌肉组织DNA提取效果,为日常肉制品掺假检测与监测选择合适的DNA提取方法提供参考。以生鲜牛肉、羊肉、猪肉、鸡肉和鸭肉为试验材料,采用改良CTAB法、蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法等原理的8种不同方法来提取组织样品DNA,并对提取DNA的完整性、浓度、纯度、试验耗时和后续实时荧光定量PCR检测等指标进行评价。结果表明,8种提取方法均可用于常见动物源性肌肉DNA的提取。与改良CTAB法相比,原理为蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法的试剂盒避免了有机试剂的使用,且操作耗时短。实际操作中,可优先选择基于蛋白酶K法和SDS法的试剂盒进行DNA提取,其提取的DNA纯度和总量高,盐残留少,对实时荧光定量PCR的抑制少,满足肉制品掺假检测与监测的核酸提取需求。     

金黄色葡萄球菌基因组DNA提取方法的比较

为寻求一种较为实用的金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）基因组DNA提取方法,对酶解法、十二烷基硫酸钠（Sodium dodecyl sulfate,SDS）法、FDA法、热裂解法等常见的4种不同提取方法进行了改良和比较.结果表明,4种方法中,SDS法提取的DNA质量最好,检测灵敏度高,当金黄色葡萄球菌的DNA稀释至2.95 pg或更少时,SDS法还能够通过PCR将其检测出来;并且该方法的稳定性好,经济性高,是金黄色葡萄球菌基因组DNA理想的提取方法.     

豆制品转基因检测中不同DNA提取方法的比较

高品质的DNA是分子生物学研究的关键,大豆及豆制品中含有较多的蛋白质、酚类、糖类和脂类物质,从中提取高品质的DNA比较困难。拟采用十二烷基硫酸钠(sodium dodecyl sulfate,简称SDS)法、改良CTAB法、十六烷基三甲基溴化铵(hexadecyl trimethyl ammonium bromide,简称CTAB)法、SDS-聚乙烯吡咯烷酮(简称SDS-PVP)法和TIANGEN试剂盒法对大豆MON 89788、小黄豆、豆腐及大豆油中的DNA进行提取,对试验过程中的蛋白酶K、RNA酶A的浓度进行优化,并对DNA浓度及纯度进行综合分析。结果表明,对于大豆MON 89788、小黄豆和豆腐,用SDS法提取的DNA的D_(260 nm)/D_(280 nm)值在1.8左右,DNA产量最高,用改良CTAB法提取的DNA的D_(260 nm)/D_(280 nm)值在1.8左右,用TIANGEN试剂盒法提取的DNA的D_(260 nm)/D_(280 nm)值在1.75左右,2种方法的DNA产量均比SDS法低,而用SDS-PVP法与CTAB法提取的DNA含有较多杂质。综合分析可知,大豆油的最佳DNA提取方法为改良CTAB法。     

16S rRNA高通量测序技术筛选牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及菌群结构

【目的】确定理想的牦牛瘤胃细菌基因组DNA提取方法及初步分析牦牛瘤胃细菌的群体结构。【方法】采用物理法(珠磨法、反复冻融法)、化学法(CTAB、SDS)及酶解法(溶菌酶、蛋白酶K)三者与瘤胃细菌特点相结合的方法,组合生成9种不同方法,即方法 1(CTAB+SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 2(CTAB+SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 3(CTAB+SDS+Lysozyme+珠磨法)、方法 4(CTAB+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 5(CTAB+Lysozyme+反复冻融法)、方法 6(CTAB+Lysozyme+珠磨法)、方法 7(SDS+Lysozyme+无特殊物理处理法)、方法 8(SDS+Lysozyme+反复冻融法)、方法 9(SDS+Lysozyme+珠磨法),同时以QIA amp DNA Stool Mini Kit(方法 10)为对照,以这10种方法来提取瘤胃微生物基因组DNA,并通过DNA浓度、纯度、DNA电泳图等基本性质及16S r RNA高通量测序结果对其进行分析比较,同时通过测序结果初步分析牦牛瘤胃细菌群体结构。【结果】不同DNA提取方法效率比对结果显示,同样的化学及生物酶裂解条件下,结合珠磨法及反复冻融法能够显著地增强细胞裂解效率,提高DNA产量。其中方法 3及方法 6提取的DNA具有较高的浓度及纯度,方法 7—10缺乏CTAB阳离子去污剂,提取的DNA量显著低于其他方法(P0.05),除方法 2和8所提取的样品经多次试验,PCR产物目的条带太弱或未检测到外,其余8种方法提取的样品PCR产物目的条带大小正确,浓度合适,符合高通量测序的要求。16S r RNA高通量测序共生成了191 349条原始数据,质控后得到有效序列171 231条。稀释性曲线分析表明,数据量合理并达到饱和,能够完整反映样品的菌群种类。OTU聚类数据统计、分类学和多样性指数分析显示方法 6和10包含的细菌较丰富。不同提取方法对革兰氏阳性菌提取效果比对结果表明方法 6裂解革兰氏阳性菌细胞壁的能力比其他方法相对较高。综上,方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨)提取的DNA产量、样品多样性指数及革兰氏阳性菌破壁能力均优于其他方法。菌群结构分析表明牦牛瘤胃细菌菌群结构包括21门、35纲、75科、112属,丰度较高的菌群依次是拟杆菌Bacteroidtes(64%)、厚壁菌Firmicutes(20%)、螺旋体Spirochaetae(2.3%)和变形菌Proteobacteri(1.8%),纤维杆菌Fibrobacter(1.7%)。牦牛瘤胃细菌群体结构与黄牛相比存在着一定的差异,这可能归因于饮食及环境的不同。【结论】利用16S r RNA高通量测序筛选出了牦牛瘤胃细菌基因组DNA理想提取方法,即方法 6(CTAB-Lysozyme-珠磨),并初步分析了牦牛瘤胃细菌群体结构,为研究牦牛瘤胃微生物群体特殊性及挖掘牦牛体内的基因资源奠定了基础。     

一种山桐子高质量DNA提取方法

山桐子富含大量初生与次生代谢产物,常规方法提取高质量DNA比较困难。该文以CTAB法为框架,裂解前进行PEG洗脱,并优化与简化后续CTAB法操作步骤,形成适宜山桐子高质量DNA提取的改良CTAB法。在此基础上,该文以山桐子幼叶为材料,比较SDS法、CTAB法、试剂盒法、改良CTAB法提取山桐子DNA效果。结果显示,改良CTAB法提取的山桐子DNA浓度高、纯度高,DNA浓度可高达417.5~470.5 ng·μL^-1,平均为438.93 ng·μL^-1,为试剂盒法的8.5倍;所提各样本DNA蛋白质污染、DNA糖类与盐污染得到较好的控制,DNA完整,DNA质量显著优于其他方法。通过本文改良CTAB法,提取的山桐子DNA可以满足简单重复序列(SSR)标记分型、简化基因组测序等相关分子试验所需,为山桐子分子生物学的开展提供了基础。     

野生桃幼叶DNA提取方法的改良研究

以野生桃幼叶为材料,为适应AFLP分析要求,对常规SDS法、CTAB法、SDS-CTAB结合法以及改良CTAB法等4种基因组总DNA的提取方法的效果进行了比较研究。结果表明,常规SDS法难以去除桃幼叶组织中的蛋白质、多糖和酚类等杂质,使所提取的DNA呈黏稠状的浅褐色沉淀,难以溶解;CTAB法和SDS-CTAB结合法提取的桃基因组DNA,虽然蛋白质和酚类等杂质去除较干净,但对多糖类物质的去除能力仍然有限,且提取效果在品种间重复性较差;而改良CTAB法提取DNA完整性较好,杂质少,无降解现象,RNA去除干净,能被限制性内切酶完全消化,通过基因组DNA-AFLP指纹图谱分析,完全满足实验要求。     

几种微量提取盐芥DNA方法的比较

[目的]探讨一种提取盐芥高质量DNA的方法。[方法]分别采用简化SDS法、改良CTAB法、CTAB法和改良尿素法提取盐芥DNA,测定不同方法所提取DNA的纯度和浓度,并进行电泳和酶切检测,并对其结果进行比较。[结果]改良CTAB法提取的DNA纯度高、质量好,没有糖类、酚类及蛋白质的污染,能用于PCR扩增和限制性内切酶酶切。CTAB法提取的DNA没有蛋白质的污染,但有酚类物质的污染,可作为PCR扩增的模板。SDS法以及尿素法提取的DNA质量较差,不能满足分子生物学研究的要求。[结论]改良CTAB法比其他方法更适合分子生物学分析和研究。     

黄刺玫基因组DNA提取方法的研究

以黄刺玫的嫩叶为材料，比较了改良SDS法、CTAB法和陈大明法等3种方法对其基因组DNA的提取效果。结果表明：采用裂解前加入不含SDS的缓冲液，提取过程中用4％β-巯基乙醇的改良SDS法，可有效地控制材料的褐变及DNA污染。提取的DNA纯度和产率均较高，可完全满足RAPD扩增的需要。     

天牛基因组DNA提取方法和标本保存方式的比较研究

[目的]为天牛的分子系统学研究奠定基础。[方法]采用不同提取方法(饱和NaCl法、CTAB法、SDS-蛋白酶K消化法)从不同保存条件下天牛标本中提取基因组DNA,进行RAPD扩增,比较不同保存条件和不同DNA提取方法对DNA提取质量的影响,探索天牛标本的最佳保存方式和最佳DNA提取方法。[结果]不同方法提取的DNA质量有明显差异。CTAB法和SDS-蛋白酶K消化法提取的DNA质量较好,条带清晰完整,无降解和RNA污染。但饱和NaCl法的提取效果较差。天牛标本的最佳保存条件为在-80℃条件下无水乙醇浸泡。CTAB法提取的天牛基因组DNA能扩增出稳定清晰的多态性片段。[结论]CTAB法提取的天牛DNA质量最好,可直接用于PCR扩增。     

水稻纹枯菌总 DNA 提取方法的比较

DNA的浓度,尤其是DNA的纯度严重影响后续基因组酶切等结果。为寻找一种高质量的水稻纹枯菌总DNA的提取方法,采用CTAB法、CTAB改良法、SDS法、蜗牛酶法、蛋白酶K法5种方法分别提取水稻纹枯菌总DNA。通过紫外吸光度测定DNA的纯度和浓度、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增、限制性内切酶酶切反应及Southern杂交评价DNA的质量,最终得出蛋白酶K法是获取高质量水稻纹枯菌基因组DNA的最佳方法。     

粘菌基因组DNA提取方法的研究

针对粘菌标本(孢子)数量少、形态微小等特点，分别采用CTAB法、SDS法、蛋白醇K法4和SDS-蛋白酶K4种方法，提取基因组DNA。所得DNA完整，可用于RAPD等研究。     

条斑紫菜叶状体DNA提取方法的研究

以常用的植物基因组DNA提取方法—LiCl法、SDS法、CTAB法、高盐脲法和试剂盒法提取条斑紫菜叶状体DNA,对不同提取方法的效果进行了比较分析,同时探讨了SDS法的细胞破碎方法和不同样本量提取条斑紫菜DNA的效果。对DNA纯度、DNA浓度、DNA得率等分析表明,SDS法效果较好,其次是LiCl法;在使用SDS法时,液氮研磨破碎细胞效果好于其他方法;在小样本量提取DNA时,SDS法比LiCl法效果好。     

甜瓜半粒干种子DNA提取方法的优化

[目的]优化甜瓜半粒干种子DNA提取方法,为甜瓜相关分子研究提供技术支持.[方法]以甜瓜半粒干种子为材料,比较改良CTAB法、SDS法、高盐低pH法和尿素法4种提取方法的DNA提取效果,并对改良CTAB法中的提取液CTAB浓度、裂解时间、苯酚抽提次数等进行优化,以琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度计分别检测DNA的质量和纯度.最后通过SSR分析验证优化后改良CTAB法提取DNA的效果.[结果]4种提取方法中,改良CTAB法提取的DNA提取率最高,且DNA质量和纯度均高于其他提取方法.优化得到改良CTAB法的最佳提取条件为:提取液CTAB浓度2%,裂解时间20 min,苯酚抽提1次[先用苯酚/氯仿/异戊醇(25:24:1)抽提1次,再用氯仿/异戊醇(24:1)抽提1次].在此条件下,提取的甜瓜半粒干种子DNA质量和纯度较好,以此为模板进行SSR分子标记分析时,电泳条带稳定、清晰,基本无杂带,可清楚区分品种间的差异.[结论]优化后的改良CTAB法提取甜瓜半粒干种子DNA效果较好,可满足甜瓜种子分子标记和遗传多样性分析等分子实验需求.     

春兰基因组DNA提取方法的比较

为研究了春兰(Cymbidium goeringii)基因组DNA的最佳提取方法,以商洛野生春兰为试验材料,分别采用SDS法、CTAB法、高盐CTAB法提取了春兰基因组DNA。结果表明,高盐CTAB法提取效果较好,其次是CTAB法,SDS法提取效果最差。