贝母属植物叶绿体基因组候选SNP位点应用分析

贝母属植物是中国中药材的宝库,由于形态上难以区分,在民间应用、临床应用和中药市场中还存在混淆应用、以次充好的现象,急需开发基于新型分子标记位点的精准检测方法。本研究应用多重序列比对、SNP筛选等生物信息学分析手段,对贝母属15种植物28条叶绿体基因组序列进行分析。结果发现,贝母属叶绿体基因组DNA同源性达97.22%,通过分析共发现SNP位点5879个,其中川贝母类鉴别候选位点71个,川贝母鉴别候选位点4个,瓦布贝母鉴别候选位点37个,太白贝母鉴别候选位点147个,浙贝母鉴别候选位点91个,湖北贝母鉴别候选位点271个,平贝母鉴别候选位点1393个,伊贝母鉴别候选位点89个。本研究还对SNP位点在精准鉴定、精确定量应用方面进行了讨论,可为川贝母中药资源鉴定提供技术支撑。     

连续低剂量黄曲霉毒素B1对大鼠肝肾损伤作用

用含有不同质量浓度黄曲霉素B1（AFB1）（0、4、20、25、50μg／kg）的污染饲料连续饲喂各试验组大鼠60d,于7、15、30、60d静脉取血,测定各组大鼠肝功能与肾功能生化指标。每周检测大鼠体质量,试验第60天断头处死大鼠,检测肝肾组织病理学变化并计算各组大鼠的脏体系数。试验期间备组受试动物未发现明显的中毒症状和异常情况,60d内无受试动物死亡。与对照相比,不同剂量组AFB1对大鼠体质量无显著性影响;连续喂饲7d,大鼠血清AST和BuN含量显著升高（P〈0．05）;连续喂饲15d,大鼠血清AsT、BUN和ALB含量显著升高（P〈0．05）,连续喂饲30d,大鼠血清BUN含量显著升高（P〈0．05）,连续喂饲60d,大鼠血清CR和BUN含量显著升高（P〈0．05）。在各测试质量浓度条件下,大鼠虽未发现明显的中毒症状和异常情况,试验期间无动物死亡,但与空白对照相比,各剂量组AFBl对大鼠均产生了显著的肝肾组织病理学损伤,中毒程度与给毒剂量成正相关性。随着毒素暴露时间延长,大鼠肝脏对低剂量AFBl表现出一定的耐受性,而大鼠的肾脏损伤与毒素暴露时间表现出显著的积累效应。     

转Bt基因对水稻内生原核微生物定殖数量效应分析

为探讨转Bt基因对水稻内生原核微生物定殖的数量效应,首先确定水稻根、茎、叶表面微生物的消毒时间和条件;其次,在有效排除水稻植株表面微生物干扰的条件下,应用纯培养方法对转Bt基因及其亲本水稻各组织的内生原核微生物定殖数量进行检测分析,初步评估各亲本水稻在引入外源Bt基因后,给水稻植株内生原核微生物数量带来的影响。结果显示,水稻根际微生物以70%乙醇浸泡7 min,茎和叶表面微生物以70%乙醇浸泡2 min,以无菌水漂洗2次,可达到杀灭表面微生物的效果。本次试验中,ZJ-22和明恢63两个水稻品系亲本植株根、茎的内生原核微生物定殖数量,在苗期和分蘖期时均高于对应的转Bt基因植株(ZJ-22Bt和TT51-1);苗期时两个品系亲本水稻叶片内生微生物数量同样高于转Bt基因水稻,分裂期转Bt水稻TT51-1叶片内生原核微生物数量则多于其亲本植株明恢63。以上结果表明,两个品系亲本水稻插入外源基因后,在苗期和分裂期对亲本植株各部位的内生原核微生物定殖情况均产生了一定的影响。     

转基因大豆SHZD32-1转化体普通PCR和qRT-PCR检测方法的研究

转基因大豆(Glycine max)SHZD32-1是我国自主研发的耐除草剂大豆转基因品系,该材料将耐草甘膦基因G10-EPSPS导入栽培品种中豆32(Glycine Max,Zhongdou 32)使其获得耐除草剂抗性,具有广阔的应用前景。到目前为止,尚没有针对SHZD32-1的检测方法系统研究的报道。本研究以转基因大豆SHZD32-1转化体的插入位点基因组序列和外源插入片段/基因组连接区序列为靶标,通过设计和筛选引物、探针,特异性、灵敏度等测试,建立了特异性SHZD32-1转化体普通PCR和q RT-PCR检测方法。检测方法特异性实验中,普通PCR和q RT-PCR方法均只在含有SHZD32-1的样品中扩增出阳性结果,而其他不含有SHZD32-1的检测样品中均为阴性结果;方法灵敏性检测中,普通PCR检测法检出限为0.1%,q RTPCR法检测下限(limit of detection,LOD)为21个拷贝;方法稳定性实验中,普通PCR和q RT-PCR方法在其相应最低检出限浓度下进行60次重复试验,结果均为阳性。本研究建立的SHZD32-1转化体特异性PCR检测方法特异性好、灵敏度高、稳定性强。转基因作物转化体特异性检测方法的研究是转基因生物分子特征评价的重要内容之一,其为转基因生物安全监管和追溯提供了技术支持。     

CaMV35S启动子及其在转基因作物中的应用和检测

花椰菜花叶病毒35S启动子(CaMV35S)是植物基因工程中应用最广泛的启动子之一,它在转基因植物的安全评价及检测研究中具有重要意义。了解CaMV35S启动子的起源及其发展情况,是开展转基因安全评价和检测的前提。文章对CaMV35S启动子的发展历史及其结构、功能作了简要描述,分析总结了CaMV35S启动子在转基因作物中的应用情况和目前对其相应的检测方法。针对目前在转基因作物中检测CaMV35S启动子存在的问题,认为今后转基因相关作物的序列信息及检测数据需要交流和共享,同时各个检测机构或实验室之间需要展开数据共享与共同验证,从而建立针对CaMV35S启动子的相对统一的标准检测方法。     

环介导等温扩增终端产物检测及结果判断的研究进展

摘要：环介导等温扩增（LAMP）技术在2000年被日本学者Notomi 等提出,并用琼脂糖凝胶电泳及SYBR GreenⅠ荧光定量的方法对其产物、扩增灵敏度进行了分析。为了使LAMP终产物检测更加简单、直观、省时,国内外科学家进行了大量的研究,先后提出浊度分析法、HNB指示剂、蜡丸染料等简便易操作的LAMP终产物检测及结果判断方法,目前应用较多的是琼脂糖凝胶电泳、浊度分析法、HNB指示剂法与SYBR GreenⅠ指示剂法。本文就近年来LAMP终产物检测及结果判断进行了综述,汇总了近年来LAMP终产物检测方法,以期为未来LAMP终产物检测方法的发展提供新的思路。     

金属络合剂酸性络蓝K在TNOS-LAMP可视化检测体系中的应用

环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)是一种快速、灵敏度高和特异性强的等温核酸扩增技术,已被广泛用于各领域.与此同时,高灵敏度也使得扩增时极易出现交叉污染,而利用闭管检测技术能有效降低其污染机率.本研究引入了一种新型的金属指示剂-酸性络蓝K (acid chrome blueK,ACBK),建立了闭管LAMP扩增和检测结果可视化检测技术.首先,本研究分别在LAMP 扩增的起始体系中,先后分别测试ACBK与缓冲液、dNTPs、引物和Mg2+等组分反应,确定了含有ACBK的LAMP体系中的颜色变化由Mg2+决定,化学方法也进一步验证了这一结论.随后,对LAMP检测体系中的ACBK指示剂的浓度及Mg2+的浓度进行了选择和优化,最终选定25 μL扩增体系中ACBK的检测浓度为:2 μL 0.04％ ACBK,Mg2+浓度为:6 mmol/L.以胭脂碱合成酶基因终止子(terminator of nopaline synthase gene,TNOS)为靶基因,建立了TNOS-ACBK-LAMP检测体系.建立的体系的检测灵敏度针对转基因水稻的检测限为100拷贝,在分别含有50 ng的水稻(Oryza sativa)、大豆(Glycine max)、油菜(Brassica napus)和玉米(Zea mays)基因组中能检测出0.1％的转基因含量.同时,利用不同转化事件及不同作物的转基因材料验证了其检测特异性,结果表明,构建的TNOS-ACBK-LAMP的检测系统具有很强的检测特异性.最终,将该检测体系成功用于对实际玉米样品转基因成分的检测,检测结果既可以裸眼直接判断也可以借助紫外可见光谱分析.该方法的建立为可以加快转基因成分检测的速度,同时也为等温扩增方法的判断提供了新的思路.     

安徽省大豆疫病病原鉴定及生物学特性研究

自安徽蒙城大豆疫病病株上分离得到2个疫霉菌株,对其培养性状、形态特征、生理特性等方面进行了鉴定研究。结果表明,2个菌株均为同宗配合的,雄器绝大多数侧生,偶见围生;孢子囊无乳突,不具脱落性,内层出;最高生长温度35°C,最低生长温度高于7°C,对孔雀绿敏感;对大豆具有致病性。根据研究结果,参照主要疫霉分类检索表,将上述菌株鉴定为大雄疫霉大豆专化型(P hy tophthora m eg asp erm af.sp.g ly cinea)。据此初步认为大雄疫霉大豆专化型是引致安徽蒙城大豆疫病的病原菌。     

转基因植物中CaMV35S和tNOS元件的4种定性PCR检测方法的比较

花椰菜花叶病毒35S启动子(promoter of Cauliflower mosaicvirus 35S,CaMV35S)和胭脂碱合成酶基因终止子(terminator of nopaline synthase gene,tNOS)是转基因产品筛选检测中的首选参数,日常检测中发现,个别标准中用于筛选检测这两种元件的引物存在非特异性扩增和灵敏度差的问题。本研究收集了国内外标准中常用的扩增片段分别为195、165、147和123 bp的CaMV35S和扩增片段分别为180、172、165和118 bp的tNOS各4对引物,应用普通PCR和实时荧光(Real-time)PCR方法,对8对引物的特异性、灵敏度及在加工品中的扩增性进行了测试和适用性评价。结果表明,CaMV35S 165和147 bp引物具有很好的特异性,灵敏度高,在不同的加工品中也表现出强的检测能力,筛选检测效果最佳;195bp引物扩增性稍差,且经常出现非特异性扩增;123bp引物较其他引物扩增弱且扩增不稳定。tNOS 172和165bp引物具有很好的特异性,灵敏度高,在不同的加工品中也表现出强的检测能力,筛选检测效果最佳;180bp引物扩增性较差,且易出现非特异扩增;118bp引物较其他引物扩增弱且扩增不稳定。本研究通过普通PCR和实时荧光(Real-time)PCR对不同国标中出现的引物进行适用性评价,为转基因产品的检测监管提供可靠技术依据。     

转基因作物的非预期效应及其检测

随着转基因产业的飞速发展,转基因食品的安全性逐步引起人们的广泛关注.外源基因的非预期效应可能引起转基因食品的营养成分发生改变,甚至产生一些新的毒性物质,可能对人类和动物健康以及环境形成潜在的危害,是转基因食品安全性评价的重要内容之一.由于外源基因的非预期效应具有潜在性,非预见性,因此以“实质等同性”为基础的定向评价方法很难充分考虑到由遗传修饰引起的非预期效应.文章主要阐述了转基因植物整合位点的分布和机制、转基因作物可能产生的非预期效应,以及利用基因芯片技术、蛋白质组定量分析技术、代谢组分析技术分别从mRNA水平、蛋白质水平、代谢水平上比较转基因作物和非转基因作物基因表达的差异,在食品安全评价中会是完善定向方法的补充方案,对转基因食品的安全性评价至关重要.