草原红牛生长激素基因遗传多态性研究

为寻找可用于标记辅助选择的分子标记，研究以草原红牛为试验群体，采用单链构象多态性（PCR—SSCP）方法检测了GH基因遗传多态性，并对GH基因多态片段进行了克隆、测序，确定了多态位点的变异位置和碱基类型。检测结果表明：在GH基因5’末端、第3内含子、第4内含子、外显子5和3’末端存在多态性位点，其中在5’上游431处有一个A→G碱基的突变，在1435处发生了T→C的突变，第4内含子1918处发生了C→A的突变；外显子5的2291处发生了碱基A→C突变；3’末端2639处发生了碱基C→G突变，并导致一个HaeⅢ酶切位点的增加；同时与GenBank中序列（accession numberM57764）相比较，草原红牛在1692处有C→T的突变，在2735处有碱基T→C突变，这些突变位点为草原红牛所特有。     

4个绵羊品种Leptin基因部分片段的SNPs分析

利用PCR-SSCP技术对萨福克、道塞特、特克塞尔及滩羊4个绵羊品种358个个体Leptin基因2、3外显子进行多态性分析,共检测到7个SNPs,其中新发现5个SNPs。测序结果表明,在外显子2上无突变。内含子2上存在99位碱基由A突变为G;115位碱基由G突变为A;150位碱基由C突变为T;171位碱基由C突变为T。外显子3上,存在271位碱基由G突变为A,使编码的Arg转变为Gln;316位碱基由C突变为A,使编码的Pro转变为Gln;387位碱基由G突变为T,使编码的Val转变为Leu。     

中国地方黄牛GH基因遗传多态性研究

以鲁西牛、南阳牛为试验动物，利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究了以上2个地方黄牛品种生长激素（GH）基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3’端和5’端位点的遗传多态性。检测结果表明：GH基因第3内含子1547bp处发生碱基C→T的替换；GH基因第4内含子位点多态的产生是由于1947bp处发生碱基T→G的替换；GH基因第5外显子2141bp处碱基C→G的突变，使得亮氨酸变成缬氨酸，造成氨基酸发生变化。GH基因3’端的PCR-RFLP结果表明：由于2639bp处碱基GCC→GGC的突变造成HaeⅢ酶增加1个酶切位点；GH基因5’端位点多态的产生是由303bp处碱基C→T的突变造成。     

牛类胰岛素生长因子IGF-I基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1（IGF-I）基因5’侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态。结果表明在IGF-I基因的5’侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态；在第2外显子中发现PCR-SSCP多态，有3种基因型AA型、AB型、BB型。对第2外显子的多态片段测序分析表明；在35bp处有碱基A→G的突变，248bp处有碱基C→T的突变，256bp处有碱基A→G的突变；35bp、248bp的碱基突变都是无义突变，而256bp处碱基A→G的突变为有义突变，使谷氨酸变为甘氨酸。     

鸡沙门菌环丙沙星耐药株acrA基因突变特征分析

提取体外诱导的3株不同耐药水平鸡源性沙门菌环丙沙星耐药株的染色体DNA(分别为16×MIC、64×MIC、128×MIC).设计引物acrAF和acrAK,对耐药菌株acrA全基因序列进行克隆及序列分析.与质控菌株C79-13相比,菌株16×MIC的acrA基因第121位碱基发生T→C突变;菌株64×MIC的acrA基因第393位碱基发生C→突变,第1109位碱基发生A→G突变;菌株128×MIC的acrA基因第1121位碱基发生C→T突变.菌株16×MIC的碱基突变导致acrA基因的第40位氨基酸发生M→T取代,即Met→Thr;菌株64×MIC的碱基突变导致acrA基因的第131位氨基酸发生A→C取代,即Arg→Cys;而菌株128×MIC碱基突变并没有导致相应氨基酸的改变.上述结果提示,acrA基因的突变可能并非鸡源性沙门菌耐药性产生的主要原因.     

Leptin基因对陆川猪和大白猪产仔数的影响

根据leptin基因在GenBank中的已知序列设计两对引物,采用PCR-SSCP技术在陆川猪和大白猪群体中进行单核苷酸多态性（SNPs）检测,发现了两个SNPs位点,并对其不同基因型个体PCR回收产物进行测序,同时对这两个SNPs位点与产仔数进行了关联分析。结果表明：这两个SNPs位点分别是在第3 469碱基处发生了T→C突变和第3 714碱基处发生了T→G突变,这两个突变都是同义突变;T3714G SNP对陆川猪产仔数影响显著（P〈0.05）,而对大白猪产仔数影响不显著（P〉0.05）,T3 469C SNP对陆川猪和大白猪产仔数影响均不显著（P〉0.05）。     

鸡源性沙门氏菌DNA旋转酶与耐氟喹诺酮类药物关系研究

取临床分离的、对5种氟喹诺酮类药物（环丙沙星、氧氟沙星、恩诺沙星、单诺沙星和沙拉沙星）均耐药的9株鸡源性沙门氏菌耐药株,提取其染色体DNA。设计引物gyrAF和gyrAR、gyrBF和gyrBR,分别扩增菌株DNA旋转酶gyrA基因和gyrB基因的氟喹诺酮类耐药决定区（QRDR）,对PCR扩增产物进行测序及序列分析。与质控菌株相比,9株临床分离耐药株中只有菌株38和60的gyrA基因发生单碱基突变,菌株38的gyrA基因第371位碱基发生C→T突变,菌株60的gyrA基因第350位碱基发生A→C突变,两处突变均位于QRDR内,其余菌株的核苷酸未发生任何突变。菌株38的碱基突变导致gyrA基因第99位氨基酸发生R→C取代,即Arg→Cys;菌株60的碱基突变导致gyrA基因第92位氨基酸发生M→L取代,即Met→Leu。9株临床分离鸡源性沙门氏菌氟喹诺酮类耐药株gyrB基因QRDR的核苷酸序列与质控菌株完全相同;只有菌株42的gyrB基因第1592位碱基发生C→A突变,但其位于gyrB基因QRDR之外,且菌株42的gyrB基因的碱基突变并没有导致相应氨基酸的改变。上述结果提示,DNA旋转酶gyrA基因和gyrB基因QRDR突变可能并非沙门氏菌耐药性产生的主要原因。     

鸡生长激素基因内含子4新等位基因的序列分析

试验以粤黄鸡矮脚黄系等不同肉鸡、蛋鸡品种（系）作为试验材料，对新发现的生长激素基因内含子4等位基因的PCR产物作纯化测序，研究多态性产生的机理及碱基变异情况。结果发现cGH内含子4长约1170bp，内含子4的A、B、C、D等位基因长分别为1170bp、1164bp、1168bp，它们之间存在不同程度的碱基差异，而第580碱基的突变（A→G）和第688碱基的突变（A→G）分别产生了MspⅠ酶切位点，是多态性形成的根本原因。“PCR产物双带”的形成是由于cGH基因内含子4其中一条链上第420－470位碱基全部缺失，不同等位基因间存在碱基缺失、插入和替换，测序结果与酶切后电泳结果相吻合。     

藏猪天然抗性相关巨噬细胞蛋白基因克隆及变异研究

采用克隆及测序相结合的方法,研究了藏猪、甘肃黑猪、大白猪、约克夏猪和杜洛克五个猪种天然抗性相关巨噬细胞蛋白(natural resistance associated macrophage protein,NRAMP1)基因全序及其结构和变异。分析表明,猪NRAMP1基因全长12779bp,其中包含14个内含子、15外显子,编码区全长1614bp,编码538个氨基酸。5'端非编码区存在2个核苷酸突变,3'端非编码区存在有10个核苷酸突变和1个碱基缺失,14个内含子存在11个变异位点。外显子有18个碱基突变,仅有4个有义突变位点(T2551G、A2552T、C4881A、T12113C),分别导致四个氨基酸(100(V→G)、100(V→G)、137(P→T)、471(L→P))的改变,有可能引起NRAMP1基因编码所蛋白质的跨膜结构域、三级结构或更高级结构以及其空间排列发生变化,导致藏猪和其他猪种抗病性存在差异,为揭示猪NRAMP1基因抗病性的分子机理奠定了理论基础。     

藏鸡MHCB-G基因第1、2外显子的遗传多态性分析

本研究根据NCBI上红色原鸡MHC（主要组织相容性复合物）B—G基因序列设计特异性引物,在藏鸡、白来航鸡、寿光鸡基因组中扩增出包含第一外显子、第二外显子在内的长度为1178bp的DNA特异性片段,并对该片段的核苷酸序列进行PCR测序及比对分析。结果发现：在MHCB—G基因的第1、2外显子上,藏鸡在177位存在突变点,由C→T;藏鸡在345位存在缺失现象,白来航鸡和寿光鸡都为C;藏鸡在511位存在突变点。由C→T;藏鸡在547位存在突变点．由T→C。     

鸡Apo VLDLⅡ基因内含子Ⅰ的多态性研究

本研究根据鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ的基因序列设计3对引物,分别采用PCR-RFLP、PCR-SSCP技术对文昌鸡、如皋黄鸡、丝羽乌骨鸡、安卡肉鸡及红色原鸡5个鸡种进行多态性研究。结果表明,鸡Apo VLDL-Ⅱ基因内含子Ⅰ存在4处突变,分别为:1950处G/A、2522处A/C、2705处A/C及2793处C/T。统计结果显示:安卡肉鸡基因型频率的分布与如皋黄鸡、红色原鸡存在显著差异,文昌鸡基因型频率的分布与乌骨鸡差异不显著,除安卡肉鸡外所有鸡种均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

三鸡种白细胞介素-1β基因多态与血清中白细胞介素-1含量相关性分析

本研究旨在通过检测鸡白细胞介素-1β(interleukin-1β,IL-1β)基因部分区域单核苷酸多态位点,以期查找与血清中IL-1含量相关的遗传标记。根据红色原鸡IL-1β基因序列设计2对引物,利用PCR及单链构象多态性(Single-Strand Conformation Polymorphism,SSCP)方法对如皋鸡、文昌鸡和安卡鸡进行单核苷酸多态性(Singlenucleotide polymorphism,SNP)分析,并利用试剂盒ELISA法对56日龄血清IL-1含量进行检测。结果表明血清中IL-1含量安卡鸡极显著高于如皋鸡(P0.01)和文昌鸡(P0.001)。IL-1β基因476位点发生G→A突变、482位点发生T→C突变、1 215位点发生C→T突变、1 507位点发生T→C突变。对多态位点和IL-1含量作关联分析,只发现1 215位点与IL-1含量有关,TT基因型个体IL-1含量显著高于CC型个体。本研究初步表明IL-1β基因1 215多态位点可以作为抗病育种中的候选遗传标记。     

泰国红色原鸡和中国红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性和分类关系研究

对泰国红色原鸡Gallus gallus gallus亚种和中国红色原鸡Gallus gallus spadiceus亚种各16个个体mtDNAD-loop序列进行系统分析,测定线粒体D-loop部分序列大小约为560bp,A、C、G、T这4种核苷酸的平均比例分别为13.6%、43.2%、4.3%和38.9%,A+T含量高于G+C含量。结果共发现27个变异位点,颠换和转换之比为0.13,没有观测到插入/缺失情况。测定的6种单倍型中,2个红色原鸡亚种没有共享单倍型,单倍型多样度分别为0.250和0.695,平均核苷酸差异数分别为3.750和10.833,核苷酸多样度分别为0.954%和2.757%。泰国红色原鸡中性检验的Tajima'sD值为-1.800(P<0.05),不符合中性突变。2个红色原鸡亚种间核苷酸分歧度(Dxy)为2.847%,核苷酸净遗传距离(Da)为0.991%。序列群体间的方差组分(Va)占总变异的47.31%,Fst=0.473,差异极显著(P<0.01);群体间mtDNAD-loopFst值也差异显著(P=0.035)。红色原鸡2个亚种具有不同的群体遗传结构,群体之间存在明显的遗传分化,本研究支持这2个亚种并非是同一个亚种的观点。     

Gene constitution of South-East Asian native chickens, commercial chickens and jungle fowl using polymorphisms of four calpain genes

The gene constitution of polymorphisms of the four calpain genes (µ‐calpain, m‐calpain, p94, and µ/m‐calpain) were analyzed in South‐East Asian native chickens, White Leghorn and Broiler commercial chickens, and Red and Green jungle fowl. Polymorphisms were detected at all loci in chickens and Red jungle fowl, but only for CAPN1 (µ‐calpain gene) in Green jungle fowl. CAPN2 and CAPN1.5 are linked on chicken chromosome 3, and the genotype for these loci were treated as haplotype. Some combinations of calpain loci were tested using principal component analysis, and the best combination (CAPN1, CAPN3, and CAPN1.5) was determined. The proportion of polymorphic loci (P_poly) and heterozygosity (H?) were 1.00 and 0.316–0.465 in domestic chickens and red jungle fowl, and 0.33 and 0.137 in Green jungle fowl, respectively. G_ST values suggested that the degree of subdivision among native chickens was relatively low except for Thailand, which was highest. Pair‐wise F_ST testing, dendrogram and principal component analysis from the results of calpain loci showed that the four South‐East Asian native and commercial chicken populations were close genetically.     

鸡冷诱导RNA结合蛋白基因序列分析及组织表达

为研究鸡冷诱导RNA结合蛋白(CIRP)基因的结构特征和组织定量分布情况,根据GenBank中原鸡CIRP基因(NM-001031347)的编码区序列自行设计引物,从健康雏鸡脾脏中扩增青脚麻羽鸡CIRP基因的编码区(CDS)并进行生物信息学分析;设计引物建立实时荧光定量RT-PCR,检测CIRP mRNA在雏鸡各组织器官中的分布及相对表达水平。结果显示,鸡CIRP基因CDS区全长573bp,编码190个氨基酸,其氨基端包含一个RNA结合域,羧基端富含RGG重复序列,推导的多肽链羧基端比鸭、斑胸草雀及哺乳动物要多18个氨基酸;CIRP基因在鸡各被检组织器官中均有表达,相对表达水平由低到高分别为法氏囊、肺脏、胰腺、胸腺、脾脏、睾丸、盲肠扁桃体、心脏、脑、肾脏、哈德氏腺、肝脏。本研究为进一步探讨鸡CIRP基因的遗传进化及其在病原感染中的作用提供了参考。     

鸡CSRP3基因编码区SNPs及其与肌纤维性状的相关分析

CSRP3基因是肌细胞分化所必需的正向调节因子,在肌肉生长发育过程中发挥重要作用。研究以220只63日龄(上市日龄)"花山麻鸡"为研究素材,应用PCR扩增与测序首次扫描了鸡CSRP3基因编码区SNPs,并将其与腓肠肌外侧头肌纤维平均面积、直径和密度等肌纤维性状进行关联分析。结果显示:在鸡CSRP3基因编码区共发现G180A、C240T、G246A、C252T、C546T、A633G 6个SNPs,均为同义突变;相关分析表明,A633G位点的多态性与花山麻鸡腓肠肌外侧头肌纤维平均面积存在极显著的基因型效应(P<0.01),与肌纤维平均直径、肌纤维平均密度存在显著的基因型效应(P<0.05)。结果表明,CSRP3基因可作为影响鸡骨骼肌生长发育的候选基因,可选择CSRP3基因编码区的633位点作为鸡骨骼肌肌纤维性状的分子标记辅助选择的候选标记。     

绵羊PRLR基因内含子9和外显子10多态性与产羔数的关系研究

本研究采用PCR-SSCP技术对绵羊催乳素受体（PRLR）基因内含子9和外显子10部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴（新疆型）和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析。结果发现：①在绵羊PRLR基因内含子9的第259 bp处,存在C→T转换,BB基因型的小尾寒羊平均产羔数分别较AA和AB基因型提高0.81和0.87只（P<0.05）;②在绵羊PRLR基因外显子10的第304 bp处存在一个G→A转换,该突变导致PRLR基因第387位氨基酸残基由Glu突变为Lys,并使中国美利奴（新疆型）多胎品系中AB基因型的平均产羔数较AA和BB基因型增加0.58和0.80只（P<0.05）;③在绵羊PRLR基因外显子10第571、585和606 bp处分别存在G→A、C→G和C→T突变;其中前2处突变分别导致PRLR基因的第476位氨基酸由Ala突变为Thr,第480位氨基酸由Ser突变为Arg。其中第571 bp处突变导致小尾寒羊AB基因型的平均窝产羔数显著高于AA基因型的窝产羔数,增加0.8 只（P<0.05）。以上结果提示,PRLR基因可能是控制小尾寒羊和中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系产羔数的主效基因或与之存在紧密的遗传连锁。     

小尾寒羊线粒体基因组遗传变异分析

本试验旨在利用基因组扫描策略和DNA混池测序技术分析小尾寒羊线粒体基因组遗传变异.结果表明,小尾寒羊线粒体基因组编码区共有95个变异位点,多肽编码区除ATPase8基因无突变外,其余12个多肽编码基因均有突变位点,变异位点总数为83个,错义突变为19个,分别为:T3544A、T4209C、C7501A、A8040G、G8265C、A9376G、C9975T、G10119A、G10938A、G11046A、G12571C、G13041A、C13576T、T13588C、C13777T、C13789T、T13837C、T13855C、A13876G.12S rRNA区域有3个变异位点,分别为:T281C、C291T、A538G;16S rRNA区域有5个变异位点,分别为:A1099T、T1112C、T2200C、C2444T、T2635C;tRNA区域有4个突变位点,分别为:tRNA-Tyr (G5295A)、tRNA-Lys (T7720G)、tRNA-His (C11607T)、tRNA-Ser (G11669A).由此可知,小尾寒羊线粒体基因组编码区多态性较丰富,该试验结果为核外遗传效应研究提供了分子生物学基础.     

鸡钙蛋白酶抑制蛋白基因多态性及其与肉质性状的相关性

为探讨钙蛋白酶抑制蛋白(Calpastatin,CAST)基因作为影响鸡肉质性状候选基因的可能性,本研究以8个优质鸡新品系为试验材料,采用PCR-SSCP方法对CAST基因的部分编码区进行单核苷酸多态性(SNPs)检测。结果发现了CAST基因1个多态性位点(G→T),使试验鸡群表现出AA、BB和AB这3种基因型。利用SAS(8.01)软件统计分析了3种基因型与优质鸡肉质性状的相关性,结果表明,CAST基因的多态性对鸡肌内脂肪含量、肌纤维密度和直径有显著的影响(P0.05),对其他肉质性状无显著影响(P0.05);推测CAST基因可能对鸡肉质性状具有很大的影响或与控制肉质性状的主基因连锁。