藏绵羊DQA1基因多态性分析

 【目的】研究藏绵羊DQA1基因多态性,确定其等位基因数、核苷酸多态位点、氨基酸多态位点及各等位基因间的遗传关系,同时分析其进化意义。【方法】采用PCR-SSCP方法检测了900只藏绵羊DQA1基因第2外显子多态性;克隆、测序群体内变异产生的各等位基因序列,并分析序列数据。【结果】发现了17个DQA1的等位基因,包括缺失的1种基因,其中5个为发现的新等位基因。16个单倍型序列中发现56个核苷酸多态位点,27个氨基酸多态位点。【结论】藏绵羊DQA1基因第2外显子具有丰富的多态性,群体中可能蕴藏着更多的遗传资源;藏绵羊DQA1基因最初可能是由2个等位基因突变分化成两大类等位基因的;藏绵羊DQA1基因第2外显子序列与牛的DQA1基因第2外显子序列具有较高的同源性,预示绵羊和牛的DQA1基因最早可能来源于它们分歧以前的共同祖先原始序列;DQA1基因在与其相关的特定抗原刺激下发生的免疫应答反应在绵羊和牛上具有相似性;新等位基因C的139位发现了1个新的核苷酸突变位点（A/G）,属同义突变;5个新发现的DQA1等位基因遗传关系较近,可能由同一等位基因突变产生。     

绵羊STAT5a基因intron10和exon12遗传特征分析

【目的】研究绵羊STAT5a基因第10内含子和第12外显子的遗传多态性和群体遗传特征。【方法以2个多羔绵羊品种湖羊(140只)和多浪羊(144只)及单羔羊藏绵羊(217只)为研究对象,应用PCR-SSCP方法分析其STAT5a基因第10内含子和第12外显子的遗传多态性和群体遗传特征。【结果】绵羊STAT5a基因第10内含子发现13 210AG突变,检测到3种基因型(AA、AG和GG)和2个等位基因(A和G);第12外显子上发现14 827AG突变,该突变属于同义突变,检测到3种基因型(MM、MN和NN)和2个等位基因(M和N)。在绵羊STAT5a基因第10内含子和第12外显子中,杂合子AG和MN分别为优势基因型,基因型频率在多羔绵羊和单羔绵羊品种间差异极显著(P0.01)。3个绵羊品种的多态信息含量均处于中度多态,藏绵羊的卡方值处于Hardy-Weinberg平衡状态,而湖羊和多浪羊偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。【结论】绵羊STAT5a基因具有多态性,且基因型频率在不同产羔数品种间差异极显著(P0.01)。     

绵羊STAT5a基因intron10和exon12遗传特征分析

【目的】研究绵羊STAT5a基因第10内含子和第12外显子的遗传多态性和群体遗传特征。【方法】以2个多羔绵羊品种湖羊（140只）和多浪羊（144只）及单羔羊藏绵羊（217只）为研究对象,应用PCR-SSCP方法分析其STAT5a基因第10内含子和第12外显子的遗传多态性和群体遗传特征。【结果】绵羊STAT5a基因第10内含子发现13 210 Agt;G突变,检测到3种基因型（AA、AG和GG）和2个等位基因（A和G）;第12外显子上发现14 827 Agt;G突变,该突变属于同义突变,检测到3种基因型（MM、MN和NN）和2个等位基因（M和N）。在绵羊STAT5a基因第10内含子和第12外显子中,杂合子AG和MN分别为优势基因型,基因型频率在多羔绵羊和单羔绵羊品种间差异极显著（Plt;0.01）。3个绵羊品种的多态信息含量均处于中度多态,藏绵羊的卡方值处于Hardy-Weinberg平衡状态,而湖羊和多浪羊偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。【结论】绵羊STAT5a基因具有多态性,且基因型频率在不同产羔数品种间差异极显著（Plt;0.01）。     

绵羊STAT5a基因intron10和exon12遗传特征分析

【目的】研究绵羊STAT5a基因第10内含子和第12外显子的遗传多态性和群体遗传特征。【方法】以2个多羔绵羊品种湖羊（140只）和多浪羊（144只）及单羔羊藏绵羊（217只）为研究对象，应用PCR-SSCP方法分析其STAT5a基因第10内含子和第12外显子的遗传多态性和群体遗传特征。【结果】绵羊STAT5a基因第10内含子发现13 210 Agt;G突变，检测到3种基因型（AA、AG和GG）和2个等位基因（A和G）；第12外显子上发现14 827 Agt;G突变，该突变属于同义突变，检测到3种基因型（MM、MN和NN）和2个等位基因（M和N）。在绵羊STAT5a基因第10内含子和第12外显子中，杂合子AG和MN分别为优势基因型，基因型频率在多羔绵羊和单羔绵羊品种间差异极显著（Plt;0.01）。3个绵羊品种的多态信息含量均处于中度多态，藏绵羊的卡方值处于Hardy-Weinberg平衡状态，而湖羊和多浪羊偏离了Hardy-Weinberg平衡状态。【结论】绵羊STAT5a基因具有多态性，且基因型频率在不同产羔数品种间差异极显著（Plt;0.01）。     

HIF-1α基因第10外显子对藏绵羊高原低氧适应性的影响

【目的】研究藏绵羊低氧诱导因子1α基因(HIF-1α)第10外显子的变异特征及其对藏绵羊血气和生化指标的影响,为藏绵羊低氧适应性机制研究提供基础。【方法】采用PCR-SSCP法对333只藏绵羊HIF-1α基因第10外显子变异进行分析;采用血气仪测定其中134只年龄基本一致成年母羊的血气和生化指标,分析HIF-1α基因第10外显子变异与藏绵羊血气和生化指标的相关性。【结果】藏绵羊HIF-1α基因第10外显子存在6个SNPs位点,其中4个SNPs为同义突变,位于编码区(c.1302CT、c.1392GA、c.1506TC和c.1515TG),另外2个SNPs位于非编码区(c.1545+26AG和c.1545+52GA)。6个SNPs构成A、B、C 3个等位基因,表现为AA、BB、AB、AC和BC 5种基因型,其中AB为优势基因型。遗传多样性分析表明,HIF-1α基因第10外显子多态信息含量为0.48,呈中度多态,并处于Hardy-Weinberg不平衡状态。HIF-1α基因第10外显子基因型对酸碱度(pH)、碱剩余(BE)、血氧饱和度(S(O_2))、血红蛋白总量(Hb)和半饱和氧分压(p_(50))影响显著。AB基因型藏绵羊在群体中比例最高,且具有较高的S(O_2)。与AB基因型藏绵羊相比,AA基因型藏绵羊BE和S(O_2)较低(P0.05),推测其高原低氧适应能力较弱。【结论】HIF-1α基因第10外显子变异与藏绵羊pH、BE、S(O_2)、Hb和p_(50)相关,推测AB基因型藏绵羊具有较好的高原低氧适应性,而AA基因型藏绵羊高原低氧适应能力较弱。     

‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子多态性及其与流产性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测431只‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子的多态性,测序并分析群体内突变产生的等位基因.结果表明:MHC-DQB2基因第3外显子有15个基因型、8个等位基因、35个变异位点;χ2适合性检验结果表明,该群体处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);该位点多态信息含量为0.838 5,杂合度为0.317 9,有效等位基因数为6.899 8;等位基因平均遗传距离为0.048 8;经NJ树分析发现,各等位基因为同源序列;经流产数据统计发现,基因型CF中无流产个体,且在其198位插入1个碱基C.说明‘河西绒山羊’MHC-DQB2基因第3外显子具有丰富的遗传多态性;牛和羊的MHC-DQB2外显子3最初是由2个等位基因突变分化而来,而同物种的绵羊与山羊在该位点有很高的同源性;基因型CF可能与流产性状有关.     

合作猪SLA-DQB基因第3外显子多态性分析

以合作猪为试验材料,采用PCR-SSCP检测442只合作猪SLA-DQB基因第3外显子的多态性,克隆测序群体内变异产生的各等位基因序列,构建系统发育树以明确合作猪SLA-DQB基因等位基因之间的遗传关系.结果表明:合作猪SLA-DQB基因第3外显子中表现了7个基因型,其中有4个新等位基因,分别命名为B、C、D、E,序列分析中发现了11个核苷酸多态位点,这些多态位点主要由点突变形成,其中转换9个(占81.82%),颠换2个(占18.18%).表明合作猪SLA-DQB基因第3外显子具有丰富的遗传多态性,群体中可能蕴藏着更多的抗性遗传资源.     

绵羊TLR4基因的遗传多态性分析

为了研究永昌羊、小尾寒羊、白萨福克羊和特克塞尔羊4个品种的舍饲绵羊TLR4基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法,检测这4种绵羊(共404只)TLR4基因第3外显子部分基因片段的多态性以及产生变异的各等位基因序列。结果显示,4种绵羊中共发现6种等位基因控制的7种基因型,永昌羊、白萨福克羊和特克塞尔羊均未检测到E和F等位基因,小尾寒羊未检测到D等位基因;与GenBank中羊TLR4基因序列比对发现,扩增片段中有19个核苷酸多态位点,编码的氨基酸序列中有9个氨基酸多态位点;经χ2适应性检验,4个绵羊品种均位于Hardy-Weinberg平衡(P0.05),其中白萨福克羊、特克塞尔羊和小尾寒羊处于高度多态(PIC0.50),而永昌羊处于中度多态(0.25PIC0.50)。     

绵羊BMPR-IB基因第7外显子多态性与产羔性状的相关性研究

【目的】探索绵羊BMPR-IB基因第7外显子多态性与产羔数的相关性,寻找控制绵羊繁殖力的分子标记位点。【方法】以相同饲养管理条件下同龄已有产羔记录的蒙古羊(单胎母羊和双胎母羊)、无角陶赛特羊(单胎母羊和双胎母羊)、小尾寒羊(多胎母羊)为试验材料,采用PCR-SSCP结合DNA直接测序的方法,对BMPR-IB基因第7外显子进行多态性检测与分析。【结果】试验羊只存在AA型和AB型2种基因型;AB型个体在BMPR-IB基因第864位点发生C→T突变,出现T/C的杂合,所有试验样本的优势基因型均为AA型,优势等位基因均为A基因。χ2适合性检验表明,无角陶赛特羊、蒙古羊和小尾寒羊均处于Hardy-weinberg平衡状态,BMPR-IB基因第7外显子不同基因型在不同产羔类型绵羊中的分布差异显著,最小二乘法分析表明,绵羊BMPR-IB第7外显子多态性与产羔数有一定的相关性。【结论】BMPR-IB基因第7外显子第864位点的突变在不同繁殖力母羊群体中分布不同,表明绵羊BMPR-IB基因第7外显子多态性与绵羊产羔数相关,可以作为控制绵羊繁殖力的潜在遗传标记位点进行下一步研究。     

长毛兔Hoxa4基因多态性及其与产毛量关联性分析

【目的】分析苍溪长毛兔Hoxa4基因第2外显子遗传多态性及其与产毛量的相关性,发现与产毛量相关的分子标记,为加快毛兔选育提供参考。【方法】采用PCR产物直接测序法对208只苍溪长毛兔Hoxa4基因第2外显子进行遗传变异检测,并运用SAS 8.1软件对苍溪长毛兔Hoxa4基因遗传变异与产毛量进行关联性分析。【结果】苍溪长毛兔Hoxa4基因第2外显子存在1个SNP位点(c.294TC),该突变导致氨基酸由Ser-Pro(TCC-CCC)转变,共检测到TT、TC、CC三种基因型。其中TC基因型为优势基因(0.596 2),T为优势等位基因(0.562 9)。对突变位点的群体遗传参数分析发现:杂合度为0.494 4,有效等位基因数为1.977 9,多态信息含量(0.372 2)处于中度多态,说明Hoxa4基因在苍溪长毛兔中具有较高遗传变异能力,有持续选育的潜力实现兔群遗传改良。关联性分析发现携带CC基因型的个体73日龄产毛量显著高于TC型(P0.05),且146日龄阶段产毛量显著高于TT型(P0.05),极显著高于TC型(P0.01)。【结论】Hoxa4基因第2外显子突变可作为评定苍溪长毛兔产毛量的遗传标记。     

哈萨克马的DRA与DQA基因的SSCP检测及序列分析

【目的】了解哈萨克马ELA-DRA*exon2、ELA-DQA*exon2的等位基因分布及其特性,为马的抗病育种提供理论基础。【方法】采用聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测哈萨克马ELA-DRA*exon2、ELA-DQA*exon2的等位基因分布,并对不同等位基因的核苷酸与氨基酸序列进行分析。【结果】在47匹哈萨克马中,ELA-DRA* exon2有3个等位基因,其中两种等位基因在纯合子中被检出,另外一种等位基因在杂合子中被检出;ELA-DQA* exon2有7个等位基因,且都以纯合子被检出,通过核苷酸序列比对发现其中5个为新等位基因。【结论】ELA-DRA*exon2、ELA-DQA*exon2的各每位基因序列分析结果表明,发生非同义替换的多态位点均主要分布在抗原结合位点对应的编码序列中。     

西藏山羊DQA2基因多态性与血液免疫性状的相关性分析

[目的]了解西藏山羊DQA2基因与血液免疫性状的关系。[方法]利用PCR-RFLP对西藏山羊DQA2基因外显子2多态性及其血液免疫指标效应进行了分析。[结果]在西藏山羊中共检测到4种基因型,由3个等位基因控制。其中,BB基因型淋巴细胞数目显著高于AB型和BC型(P0.05),BB型中间细胞数目高于AB型和BC型,BB型平均血红蛋白含量低于AB型和BC型,但均差异不显著。[结论]西藏山羊BB基因型是影响血液淋巴细胞总数的重要因素,与血液免疫指标有一定的相关性,可作为抗病育种的遗传标记,也为后期的辅助选择提供了科学依据。     

麦洼牦牛H-FABP、HSL基因多态性及与生长性状的相关分析

【目的】探讨心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid-binding protein,H-FABP）、激素敏感脂肪酶（hormone-sensitive lipase,HSL）基因在牦牛中的遗传多态性,进一步揭示牦牛各品系间的遗传分化以及候选基因与牦牛生长性状间的关联性,同时为2个候选基因在牦牛中的表达调控等研究提供理论依据,寻找可用于辅助选择的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术和DNA测序技术对共100头麦洼牦牛个体的H-FABP、HSL基因的外显子部分进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析候选基因不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围、管围等生长性状的关联性。【结果】①麦洼牦牛H-FABP、HSL基因外显子部分均存在多态性,多态性检验均存在3种基因型;②适合性检验表明仅HSL基因外显子8上多态位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余多态位点均偏离;③测序分析表明,H-FABP基因外显子4第7 339位（与原序列相比）发生单碱基突变（T→C）,该突变属同义突变;HSL基因外显子7第6 883位发生G→C转换,以及第6816处发生碱基A→G突变,并导致编码氨基酸由天冬氨酸（D）转变为甘氨酸（G）;外显子8第10 183 bp处发生A→G碱基突变,编码氨基酸由半胱氨酸（C）变为甘氨酸（G）;④对各标记基因型生长发育指标（体高、体斜长、胸围、管围、体重）进行差异显著性检验,仅HSL基因外显子7上A6816G基因座差异极显著（P﹤0.01）。【结论】麦洼牦牛H-FABP、HSL基因存在遗传多态性,且HSL基因外显子7上A6816G基因座表现的多态有可能作为一种遗传标记。     

巴什拜羊群体双肌基因基因型检测

[目的]通过对巴什拜羊SNPCLPG的分子检测,期望发现CLPG基因型种羊,为今后选育肉用性状更优异的新品系奠定基础.[方法]绵羊的双肌臀(Callipyge,CLPG)基因表型为后臀肌肉增大近30;,是由位于绵羊18号染色体GTL2基因上游32.8 kb处1个A→G的单核苷酸多态性(SNP)标记(命名SNPCLPG)突变所产生的.为此,选择设计合成了1对引物,采用聚合酶链式反应一单链构象多态性(PCR-SSCP)方法,以巴什拜羊作为研究样本,进行了SNPCLPG位点的PCR检测.[结果]获得了预期的扩增片段,并检测到了基因多态性,但未检测到CLPG基因型特征的SNPCLPG突变(A→G).[结论]被检测的巴什拜羊群体中该区域没有发现A→G的单核苷酸多态性标记突变.     

迪庆藏猪ADFP基因多态性及其组织表达特征

【目的】从分子遗传学角度分析不同基因型迪庆藏猪群体不同组织中ADFP基因的表达差异,为迪庆藏猪的选育工作提供参考依据。【方法】利用PCR扩增测序方法对113头迪庆藏猪ADFP基因进行扩增测序,利用DNA-STAR 5.0对序列进行比对分析及多态性位点（SNPs）检测;同时利用实时荧光定量PCR方法对迪庆藏猪不同组织中ADFP基因相对表达量进行检测,并运用SPSS 20.0分析ADFP基因多态性对迪庆藏猪群体不同组织中ADFP基因表达水平的影响。【结果】在迪庆藏猪ADFP基因外显子6上发现3个SNPs,分别为SNP1（C→T）、SNP2（C→T）和SNP3（T→ C）,其中SNP1和SNP2位点属于低度多态（PIC/He<0.25）,SNP3位点属于中度多态（0.25He<0.5）。迪庆藏猪不同组织中ADFP基因相对表达量存在显著差异（P<0.05,下同）,皮下脂肪中相对表达量最高,其次为肺脏、肝脏、脾脏、肾脏、腿肌和背肌,心脏中相对表达量最少;另外,ADFP基因SNPs不同基因型迪庆藏猪群体中各组织的相对表达量也存在显著差异,尤其在SNP2位点杂合基因型群体肾脏中相对表达量显著高于纯合基因型群体肾脏中相对表达量,表明ADFP基因SNPs变异对迪庆藏猪组织中ADFP基因表达具有影响。【结论】ADFP基因SNPs变异对迪庆藏猪组织中ADFP基因会产生差异表达,进而影响机体脂肪沉积,ADFP基因可作为迪庆藏猪肌内脂肪沉积的候选基因。     

野猪和17个家猪群体SLA-DRB基因外显子2的多态性分析

采用PCR-RFLP方法对野猪和国内外17个家猪品种SLA-DRB基因第2外显子的多态性进行分析,进一步分析SLA-DRB基因与疾病抗性的关系.结果表明:经限制性内切酶Rsa Ⅰ酶切后,共检测到4个等位基因和10种基因型.在野猪中仅存在BB摹因型和B等位基因,而在家猪群体中出现了野猪群体中所没有的9种基因型和3个等位基因.五指山猪、临高猪、荣昌猪和藏猪的多态性较为丰富,且具有全部4个等位基因.A等位基因在大多数家猪群体中为优势等位基因,B等位基因在梅山猪、五指山猪、藏猪、荣昌猪中为优势等位基因;BB基因型仅在五指山猪、临高猪、藏猪、荣昌猪和太湖猪群体中分布,地方猪品种中梅山猪BB基因型和B等位基因的频率最高.野猪及17个家猪群体间SLA-DRB基因第2外显子遗传多态性可能是由生态环境差异及自然和人工选择所致,这些遗传差异性可能与抗病力有关.     

X染色体60149273位点在脂尾（臀）和瘦尾绵羊品种中的多态性及其基因定位

【目的】研究绵羊X染色体60149273位点在不同沉脂尾型绵羊品种中的多态性,为解析绵羊尾脂沉积性状的遗传机制提供基础数据。【方法】首先,采用PCR-SSCP分型方法检测X染色体60149273位点在不同脂尾类型绵羊品种的多态性,并借助PCR产物直接测序的方法确认各基因型相应序列,利用卡方检验的方法检测各基因型分布在不同品种中的平衡性。其次,利用生物信息方法将该SNP定位与绵羊androgen receptor（AR）,并使用电子克隆的方法克隆出绵羊AR全长编码序列。同时以阿勒泰羊臀部脂肪RNA为材料,采用RT-PCR的方克隆绵羊AR第3—8外显子序列,利用生物信息学方法分析序列同源性以及序列的物种进化保守性。【结果】①PCR-SSCP结果显示,在脂尾（臀）型绵羊品种阿勒泰羊和湖羊群体中X染色体60149273位点未检出多态性,GG基因型占100%;而瘦尾（臀）型绵羊品种中国美利奴和萨福克羊群体中则出现了多态性,GG基因型分别下降至10%和21%。②利用比较基因组学首次电子克隆出该SNP所属基因AR的全长编码区,并从阿勒泰羊臀脂mRNA中成功扩增羊源AR第3—8外显子片段,测序结果与电子克隆序列完全一致。③物种同源性比对进一步显示,AR在哺乳类动物中高度保守,哺乳动物各物种间同源性高达90%;进化树分析结果显示,牛、绵羊、海豚和猪等哺乳动物亲缘较近。【结论】首次发现绵羊AR第3内含子一处SNP在脂尾（臀）与瘦尾绵羊品种中存在较大差异,该SNP将可作为一个分子标记运用于低脂绵羊新品种的培育,同时该SNP所属AR也可作为一个重要候选功能基因应用于绵羊尾（臀）脂沉积分子机制的相关研究。     

伊犁马MCT1基因多态性与速度性能的关联性分析

【目的】研究伊犁马MCT1基因多态性与速度性能的关联性,为专门化用途速度马的选种育种提供技术支撑。【方法】以50匹参加2 000 m速度赛的2岁伊犁马为研究对象,运用DNA直接测序法筛选伊犁马MCT1基因第2、3外显子的突变位点,分析其多态性位点以及与伊犁马2 000 m比赛成绩的关联性。【结果】在伊犁马MCT1基因第2外显子上发现一个SNP位点,在伊犁马MCT1基因第3外显子上没有发现突变位点,在g.52168582处,碱基T突变为碱基G,此突变位点为错义突变,该突变导致其编码氨基酸由苯丙氨酸变为亮氨酸,属于中度多态位点,处于Hardy-Weinberg平衡状态,共存在TT、TG、GG 3种基因型,TT基因平均速度高于GG和TG基因型平均速度,且TT基因型平均速度显著高于GG基因型平均速度(P<0.05)。【结论】在伊犁马MCT1基因第2外显子g.52168582T>G处TT基因型更有利于伊犁马2 000 m比赛速度。     

山羊生长分化因子9基因外显子2 的PCR-SSCP分析

【目的】寻找与产羔数相关的遗传标记，为山羊高繁殖力的标记辅助选择提供科学依据。【方法】以控制Belclare绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的生长分化因子9（growth differentiation factor 9, GDF9）基因为候选基因，根据绵羊GDF9基因序列设计4对引物，采用PCR-SSCP技术检测GDF9基因外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)以及低繁殖力山羊品种(波尔山羊、文登奶山羊、辽宁绒山羊、北京本地山羊)中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。【结果】山羊与绵羊的GDF9基因外显子2核苷酸序列同源性为99%(955/965)。引物1和引物4存在多态性。对于引物1扩增片段，5个山羊品种均检测到AA、AB和BB 3种基因型，测序分析发现外显子2第26 bp处有1个G→A的单碱基突变，但没有引起氨基酸改变；济宁青山羊A等位基因频率为0.9128，B等位基因频率为0.0872；AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.54只(P<0.01)，比BB基因型的多0.63只(P<0.01)。对于引物4扩增片段，5个山羊品种均检测到CC、CD和DD 3种基因型，测序分析发现外显子2第792 bp处有1个G→A的单碱基突变并且导致缬氨酸改变为异亮氨酸；济宁青山羊C等位基因频率为0.9266，D等位基因频率为0.0734；CC基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比CD基因型的多0.57只(P<0.01)，比DD基因型的多0.62只(P<0.01)。【结论】初步表明GDF9基因可能是控制济宁青山羊多胎性能的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的分子标记。