巴什拜羊微卫星标记多态性及其与生长指标关联性分析

【目的】以巴什拜羊为研究材料,通过分析微卫星DNA座位的基因型,并与生长性状进行相关分析,以寻找影响巴什拜羊生长性状的微卫星标记,为分子标记辅助选择提供依据。【方法】从GenBank数据库查询绵羊、山羊的微卫星座位,根据微卫星选择标准选择符合要求的10个微卫星标记,对巴什拜羊189个个体基因组DNA进行检测,采用最小二乘方法分析微卫星座位与生长指标的关联效应。【结果】10个微卫星标记共检测到110个等位基因,平均每个座位等位基因数为11个,平均多态信息含量为0.7914,平均杂合度为0.8149;10个微卫星座位中有8个微卫星座位与巴什拜羊体重、体尺等5项生长指标有显著和极显著的关联性,特别是基因座BM415与体重、体尺指标均呈极显著相关(P0.01),多重比较结果显示8个微卫星座位都存在优势基因型。【结论】发现了巴什拜羊群体生长指标具有显著效应,多态性较高的微卫星基因座,为开展巴什拜羊生长指标的分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。     

福建黄兔微卫星标记与生长性状的相关分析

根据兔的遗传图谱及相关报道选择了8个微卫星基因座对195只福建黄兔群体进行群体遗传学检测;计算其有效等位基因数杂合度、多态信息含量,并通过最小二乘分析微卫星遗传标记与体重、体尺性状的相关性.结果表明选用的8个微卫星座位的杂合度在0.5904～0.7267之间,平均为0.6857.多态信息含量在0.5723～0.7222之间,平均为0.6622.许多微卫星基因型与体尺体重有较强相关.微卫星座位Sol133 209bp等位基因对1月龄体重有较强的相关效应;Sat12 125bp和座位So133 201bp等2个等位基因对3月龄体重有较强的相关效应;座位So133 213bp等位基因对8月龄体重有负面影响;座位So144 217bp、座位So133 209bp、以及座位So103 236bp等4个等位基因对体长性状有相关效应;座位So144 227bp、座位So133 209bp、座位So130 170bp以及座位Sp103 244bp等4个位基因对胸围性状有相关效应;座位So144 203bp等位基因对胸围性状有负面影响.5个微卫星基因座的基因型So133(209/213)、Sat12(125)、So130 170、So103(236/244)、So144(203/227)对福建黄兔体尺体重存在相关性.这为进一步OTL定位提供理论依据.     

陇东绒山羊微卫星多态性及其与部分经济性状相关性的研究

为了在陇东绒山羊群体实施标记辅助选择,根据山羊遗传连锁图谱和相关文献资料,选用9个微卫星座位,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳PCR扩增产物,对我国特有遗传资源50只陇东绒山羊基因组DNA的遗传多样性进行了检测,通过标记多态性与生产性状的最小二乘线性模型,进行了分子标记与经济性状的相关分析.结果表明:9个微卫星座位在陇东绒山羊群体中共检测到90个等位基因,平均每个座位的等位基因数为10个.其中微卫星座位LSCV24等位基因数最多,为14个,等位基因数最少的是DB6,只有6个;在所标记群体内平均多态信息含量为0.84±0.03,平均遗传杂合度为0.86±0.03.在9个基因座上发现与某些经济性状密切相关的标记效应(P＜0.05),同时在这些位点上找到各经济性状优势基因型以及对相应性状具有正效应或负效应的等位基因.     

微卫星标记预测半番鸭生长性状的杂种优势

为探究微卫星标记与肉鸭生长性状杂种优势的相关关系,利用8个微卫星标记对M18母本、大型母本、中型母本、小型母本和番鸭进行遗传多态性检测。结果表明,8个微卫星标记座位平均有效等位基因数为2.888 1个,平均多态信息含量为0.633 1,平均基因杂合度为0.518 1;番鸭与M18母本、大型母本、中型母本、小型母本的遗传距离为0.445 2、0.362 3、0.367 1和0.322 4。根据遗传距离,采用对数曲线模型对白羽半番鸭体重杂种优势进行预测,T检验结果显示,预测结果与实测结果无显著性差异,表明本研究建立的根据微卫星标记预测白羽半番鸭部分生长阶段体重杂种优势是可行的。     

利用EST-SSR座位对鲤鱼几种生长性状的单标记回归分析

利用Windows Map Manager 2.0 的标记回归法对大头鲤/荷包红鲤抗寒品系的雌核发育群体进行QTL单标记定位分析.从70个微卫星座位对鲤鱼体重、体长、体厚、体高性状的标记回归研究中,共得到3个标记与性状相关.其中HLJE1、HLJE633与体长、体高、体厚相关,HLJE633、C88433与体重相关.将C88433通过BLAST比对,结果显示与斑马鱼上控制V型离子泵 (ATPase) 的基因相关.     

微卫星标记多态性与番鸭体尺性状的关系

采用16个鸭特异性的微卫星标记对该番鸭30个个体进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,检测其等位基因,并分析其与番鸭体尺性状的相关性。结果表明,共检测到72个等位基因,16个座位都呈现出多态性,16个微卫星座位的等位基因数2~7个,平均等位基因数为4-5个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.681和0.644。微卫星座位基因型间方差分析结果表明,微卫星AY493314与胫围呈极显著相关（P<0.01）,微卫星AJ272582与胫围和龙骨长呈显著相关（P<0.05）;微卫星AY493282,APL515883与胫长呈显著相关;AY493255,AY493342与半潜水长呈显著相关;AY493322与胸宽呈显著相关,其余微卫星未达到显著水平。     

生长相关的微卫星标记在镜鲤繁殖群体中的验证

利用大样本镜鲤繁殖群体分析和验证8个生长相关微卫星标记与体质量和体长的相关性：结果显示：8个微卫星标记在镜鲤繁殖群体中均获得了稳定、清晰的DNA条带,片段大小在100-322bp之间,共检测到33个等位基因、75种基因型。对每个微卫星座位的基因型与体质量、体长性状进行相关性分析发现,HLJ343与体质量、体长显著相关;HLJ319、HLJ302及HLJE339与体长显著相关。本研究用大样本随机群体证实了此4个QTL位点与体质量或体长性状具有相关性,下一步可根据优势基因型指导家系配组,开展基于QTL结果的分子聚合育种研究。     

微卫星标记与镜鲤部分生长性状的相关分析

利用41个SSRs标记对德国镜鲤抗寒品系F1代的68个个体基因组DNA进行检测,共检测到100个等位基因,各座位等位基因2～4个,片段长度91～376bp,有效等位基因1.4287～3.9454个,观察杂合度0.3676～1.0000,期望杂合度0.3023～0.7521,平均位点多态信息含量0.4059.利用统计软件SPSS的GLM程序,对41个微卫星标记与镜鲤体重、体高、头长和吻长的相关性进行分析.结果表明,标记hlj354与体重、体高、头长显著相关;标记hlj855与体重、体高和吻长显著相关;标记hlj919、hlj585与头长显著相关,标记hlj895、hlj704与吻长显著相关.     

虾夷扇贝群体的遗传结构及微卫星标记与体尺、体重的相关性分析

选用39个虾夷扇贝Patinopecten yessoensis多态性微卫星分子标记对大连獐子岛海域虾夷扇贝一个家系群体（以獐子岛海域底播虾夷扇贝和日本产野生虾夷扇贝为父母本交配产生的F1代）的有效等位基因数（Ne）、观测杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、多态信息含量（PIC）等进行了检测,以卡方检验估计群体Hardy—Weinberg平衡。结果表明：在39个基因座位中共检测到105个等位基因,每个座位检测到的等位基因数为2—4个不等,等位基因片段大小为95～440bp,平均等位基因数为2．70个,平均有效等位基因数为2．40个,观测杂合度平均值0．6280,期望杂合度平均值为0．5240,平均多态信息含量为0．4556,经卡方检验（P〈0．01）值显示多于半数的位点都发生了偏离。采用SAS8．2软件中的一般线性模型（GLM）对39个微卫星标记与虾夷扇贝群体的生长性状进行连锁显著性检验。结果表明：在39个微卫星座位中,HLJX202位点与体重、壳长、壳高、壳宽都显著相关,HLJX109、HLJX196位点与体重、壳长、壳高显著相关,HLJX183位点与壳长、壳高显著相关,而HLJX128和HLJX236位点分别只与壳宽和体重显著连锁。     

牙鲆第10腹椎骨与微卫星标记的相关性分析

利用94对微卫星标记,对52尾双单倍体牙鲆Paralichthys olivaceus第10腹椎骨的长度和高度与微卫星标记的相关性进行分析.结果表明:微卫星标记Poli1222TUF、Poli1418TUF、Po1、Po91、Poli1498TUF、Poli11795TUF与第10腹椎骨长显著相关(P＜0.05);Poli1406TUF与第10腹椎骨高显著相关(P＜0.05);Poli1143TUF、Poli1356TUF和Poli1388TUF则与第10腹椎骨长和骨高均显著或极显著相关(P＜0.05或P＜0.01).研究表明,这些标记可以作为牙鲆辅助育种的参考.     

灵昆鸡群体微卫星DNA遗传多样性研究

为阐明灵昆鸡群体遗传变异和遗传结构状况,采用23个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳分析,检测其等位基因。结果表明,共检测到174个等位基因,23个座位都呈现出多态性,23个微卫星座位的等位基因数在3～12个,平均等位基因数为7.5个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.758和0.723。分析结果表明灵昆鸡自然群体遗传多样性较丰富。     

中间球海胆雌核发育单倍体胚胎的初步研究

采用不同剂量(30～330mJ／cm^2)的紫外线对中间球海胆Strongylocentrotus intermedius精子进行照射失活,获得了雌核发育的单倍体胚胎。测定了照射组与对照组的受精率、单倍体诱导率、2～4细胞期的畸形率和破膜囊胚成活率,探明了精子灭活的紫外线适宜剂量为270mJ／cm^2;并进行了早期胚胎地衣红压片观察和早期囊胚染色体数分析,观察到照射组早期胚胎的精核具有DCB小体,对照组早期囊胚的染色体数为2n=42,照射组雌核发育单倍体胚胎的染色体数为n=21。     

云杉天然群体基因分化与种质资源异地保存抽样策略

采用聚丙烯酰胺垂直板凝胶电泳和水平淀粉凝胶电泳对云杉全分布区10个天然群体的300个个体进行酶电泳分析,研究天然群体的等位基因数量和频率分化,共测定8种酶系统,得到17个清晰酶位点和27个等位基因.10个群体检测到的等位基因数均值为24.7个(变幅为23～27个).据基因频率进行分类,检测到全域基因和广域基因数量分别为19个和7个,分别占总基因的70.37%和25.93%;特有基因只有1个,即铁布群体的Idh-2-C,占总基因的3.7%.10个群体基因频率的均值没有太大差异,相同位点的广域基因频率在群体间均存在差异.通过计算机模拟建立云杉天然群体种质资源保存的群体和群体内个体两个层次的基因捕获曲线.群体的等位基因频率与地理生态因子的相关分析表明:Fdh-2-B基因频率与生态梯度值呈显著负相关(r=-0.661 1*).构建了云杉天然群体核心种质保存的抽样策略,经综合分析,抽取全分布区内铁布、卓尼、阿坝、小金、热务沟、凤县和曲谷7个群体,每个群体保存25个拟式无亲缘关系的个体,可以保护云杉种内95%～99%的基因资源.     

洪山鸡20个微卫星座位的DNA多态性分析

[目的]对洪山鸡进行20个微卫星座位的多态性分析,为对其有效保护和开发利用提供科学依据。[方法]利用聚丙烯酰胺凝胶垂直电泳技术,对随机抽取的50只洪山鸡进行20个微卫星标记的多态性检测。[结果]在20个微卫星座位中共检出176个等位基因,平均每对引物可检出8.8个等位基因,基因频率在0.011 1～0.555 6间分布,平均有效等位基因数为5.755 5,平均杂合度为0.791 3,平均多态信息含量为0.781 9。[结论]该研究表明被检测的洪山鸡群遗传变异大,具有丰富的遗传多样性。     

广西地方玉米种质和加拿大群体的遗传多样性分析

 【目的】分析45份广西地方玉米品种和15份加拿大改良群体的遗传多样性,为更好地利用地方品种拓宽广西玉米种质的遗传基础提供理论依据。【方法】采用混合取样法（每个群体中随机提取4个混合样本,每个样本包括10个单株）和SSR分子标记技术进行研究。【结果】70对SSR引物在60个群体的240份样本中扩增出245条等位基因,每对引物检测出的等位基因数目为2～6条,平均每个位点3.5条。加拿大的15份群体和广西的45份地方品种分别聚为二大类群。加拿大的15份群体又可以分为硬粒型和马齿型两个亚群。在45份广西地方种质中,同样可以分为硬粒型和马齿型两个亚群;糯玉米没有单独聚类,而是分散在硬粒型类群当中。【结论】广西亚热带种质比温带的加拿大种质具有更大的遗传变异,研究这些材料的遗传多样性可更好地扩增广西玉米种质的遗传基础,对玉米育种中发现潜在突破性种质可能会起到一定的作用。     

广西眼镜蛇遗传多样性RAPD分析

对广西眼镜蛇的血液基因组进行RAPD扩增,从30条随机引物中筛选出18条可扩增出清晰多态条带的引物。结果表明,18条随机引物共产生了257个位点,其中多态性位点152个,多态率为59.1%;个体间的平均遗传相似系数为0.8186;个体间平均遗传距离为0.1814,群体Shannon信息指数为0.3170;Nei’s基因多样性指数为0.2112;等位基因观察数为1.3563;有效等位基因数为1.5914。表明广西眼镜蛇具有较强的遗传多样性。     

应用微卫星DNA标记进行边鸡群体遗传多样性分析

目前,微卫星DNA标记已被广泛应用于动物遗传育种研究中,可有效地进行群体遗传多样性分析,并可估算群体间的遗传距离。为了从分子水平上揭示边鸡群体的遗传结构及系统地位,利用鸡基因组中均位于常染色体上的5个微卫星DNA标记,检测了边鸡群体的遗传多样性,并以大骨鸡做了比较分析;同时,初步探讨了边鸡在国内几个地方鸡种中的系统地位。结果表明,5个微卫星位点共检测到38个等位基因,其中ADL0146位点的等位基因数最少(5个),而ADL0136和ADL0185两个位点的等位基因数最多(9个),平均等位基因数为7.6个.边鸡群体在5个微卫星位点的平均多态信息含量、平均基因杂合度(h)和平均有效等位基因数(Ne)分别为0.667 1、0.745 7和4.044 3,边鸡群体内比大骨鸡群体有更丰富的遗传多样性;聚类分析结果显示,边鸡与大骨鸡亲缘关系最近,而与鲁西斗鸡亲缘关系相对较远。该系统聚类结果与这些地方鸡种的系统分化与选育历史是基本一致的。     

云南屏边大围山微型鸡遗传多样性*

 云南屏边大围山微型鸡是我国具有独特遗传特性的、属于亚热带热带型早熟地方家禽品种。研究采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测,目的在于阐明其群体遗传变异和遗传结构状况。研究结果显示：33个微卫星座位共检测到65个等位基因,每个座位的等位基因数在1～3个之间,这些等位基因的频率大小在0.0333～1.000之间,平均每个座位的等位基因数为1.9697个,有效等位基因数在100～263个之间, 平均有效等位基因数为1.6846。群体平均杂合度（H）和群体平均多态信息含量（PIC）为0.1737和0.3279。结果表明,大围山微型鸡群体平均杂合度和群体平均多态信息含量较低,纯合度较高,未受到其它外来血液的混杂,是一个封闭的原始群体,具有较高的遗传一致性     

江苏省意大利蜂与中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

[目的]分析江苏省意大利蜂与中华蜜蜂品种间、品种内的遗传变异。[方法]利用6对微卫星DNA标记从DNA水平上对意大利蜂与中华蜜蜂进行遗传多样性分析,评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。[结果]共检测到42个等位基因,每个位点的等位基因数从2到11不等,所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.505 0和0.473 1。意大利蜂和中华蜜蜂6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.17和3.83,平均基因杂合度为0.500 7和0.333 2,群体分化系数为29.5%,两个品种间的Reynolds'遗传距离和Nm分别为0.330 5和0.638 4。[结论]两个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

四川白鹅与莱茵鹅遗传多态性的比较

选用10个微卫星标记检测四川白鹅、莱茵鹅的遗传多样性。结果表明,10个微卫星座位共检出55个等位基因,基因频率分布在0.0000~0.6667,平均每对引物可检测5.5个等位基因;四川白鹅和莱茵鹅的平均杂合度分别为0.6561,0.7010,平均多态信息含量为0.6146,0.6522,表明2个鹅群体遗传变异大。根据基因频率推断,引物CKW10,CKW14,CKW18,CKW21,TTUCG5可作为鹅产蛋、产肉性能的辅助选择标记。