家鸡冠型性状的微卫星标记连锁分析

 【目的】构建具有冠型性状记录的鸡F2资源群的2号染色体连锁图谱,并结合表型分析对调控鸡冠型性状的基因进行初步定位。【方法】通过测交选择豆冠冠型基因型纯合的吐鲁番斗公鸡2只和玫瑰冠冠型基因型纯合的玫瑰冠母鸡6只为亲本,采用F2代试验设计建立F2代资源群436只,参考EL（East Lansing）家系的遗传连锁图谱,在鸡2号染色体上筛选14对微卫星标记,运用MapMaker/EXP3.0软件初步构建此家系2号染色体遗传连锁图谱,同时运用LOD记分法进行鸡的冠型基因连锁分析。【结果】经χ2检验,F2资源群冠型分化比例符合经典孟德尔遗传学的独立分离规律。在连锁分析中除MCW0157外,其余13个微卫星标记均能连锁,所构建的鸡2号染色体连锁图谱与EL家系的遗传连锁图谱相似。【结论】鸡2号染色体上MCW0082位点与玫瑰冠冠型基因可能存在连锁。     

水稻BT型CMSA23及其杂交组合RAPD标记的克隆及序列分析

利用生物信息学技术和方法对水稻BT型CMS不育系A2 3、保持系B2 3、恢复系R -18及F1 Ⅲ优 98之间具有明显多态性的13个RAPD标记序列进行分析。经Blastn分析 ,其中 9个标记为单拷贝序列 ,分别定位于不同的染色体上 ;并对部分标记进行了基因预测。     

微卫星标记与仙居鸡体重的相关性

利用29个微卫星标记的多态性分析仙居鸡12周龄体重与微卫星标记的相关性。试验结果表明:位于3号染色体和连锁群E27C36W25W26上的2个微卫星标记MCW222、MCW165与仙居鸡12周龄体重显著相关。     

鸡F2群体13号染色体微卫星标记与生长性状的关系及QTL定位

【目的】鉴定鸡13号染色体上影响鸡生长性状的数量性状位点(QTL)。【方法】以固始鸡、安卡鸡资源群为基础,在鸡13号染色体已报道的QTL范围内选取4个微卫星标记,采用方差分析方法,对测量的F2代共849个个体的32种生长性状(0,2,4,6,8,10,12周龄体质量,0,4,8,12周龄胫长,4,8,12周龄胫围、胸深、胸宽、胸骨长、胸角、体斜长、骨盆宽等)与4个标记进行相关性分析,对显著影响生长性状的微卫星标记进行不同基因型间各性状最小二乘均值的多重比较;并基于最小二乘区间定位法进行基因组扫描,对生长性状进行QTL初步定位。【结果】在F2群体中检测到的4个微卫星标记平均基因杂合度为0.707,平均多态信息含量为0.653;方差分析显示,各个标记与不同生长性状存在不同程度的相关;定位结果显示,在13号染色体上共检测到6个影响生长性状的QTL,其中3个QTL的影响达极显著水平(P0.01)。【结论】将影响4周龄体斜长、胸骨长,8周龄体斜长,6周龄体质量的QTL均定位在13号染色体的52cM处;而影响0周龄胫长、12周龄胸宽的QTL则分别定位于26和9cM处。     

鸡胚成纤维细胞感染马立克氏病病毒后部分染色体上微卫星不稳定性研究

研究鸡胚成纤维细胞（CEF）感染马立克氏病毒（MDV）后部分染色体（5,6,7,8,9）微卫星的变化。CEF感染马立克氏病超强毒RB1B株后,提取正常鸡胚成纤维细胞和感染病毒的成纤维细胞DNA,应用5,6,7,8,9号染色体上的43个微卫星引物进行PCR扩增,产物采用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测。结果表明43个微卫星标记有38个表现出不同程度的微卫星不稳定性,ABR0262发生率最高,为38．10％,ABR0048,ABR0041和MCW0183也较高,为33．33％。21组样品中全部检测到微卫星不稳定性,9号样品微卫星不稳定性发生率最高,为41．86％。11号样品的发生率也较高,为32．56％。表明马立克氏病病毒感染鸡胚成纤维细胞后,可以导致广泛的宿主基因组变化。这些变化是随机的,但是也有一定的规律,而且这些变化可以用微卫星标记来检测。     

萝卜D染色体在7号连锁群的定位研究

在已知萝卜D染色体附加系对线虫具有抗性和萝卜分子图谱的7号连锁群定位有抗线虫基因Hs1Raph的基础上,利用(dp)RAPD分子标记技术,以甘蓝型油菜异源萝卜附加系为材料,筛选到90个萝卜D染色体的特异标记,选择4个在萝卜构图亲本间表现多态性的D染色体标记进行F2群体(包括245个单株)分离检测,并与构图用的505个AFLP和RAPD标记一起用Join-map3.0进行连锁定位分析。结果萝卜D染色体标记全部定位于7号连锁群,并且7号连锁群上只有D染色体的特异标记,说明萝卜7号连锁群就是D染色体在分子水平的反映。证实了定位有抗线虫基因Hs1Raph的7号连锁群对应于具线虫抗性效应的萝卜D染色体。实验结果对研究萝卜D染色体控制的农艺性状或抗逆性以及萝卜抗线虫育种和将萝卜抗线虫基因转入其它芸薹属作物的研究都将会起到重要的指导作用。     

文昌鸡蛋品质性状与微卫星标记的关联分析

对120只55周龄文昌鸡进行了蛋品质的测定,测定的8个性状为:蛋重、蛋壳重、蛋壳厚度、蛋壳强度、哈氏单位、蛋形指数、蛋黄重、蛋黄颜色。通过统计软件,对各蛋品质性状进行了相关分析,并通过选用20对微卫星标记,分析蛋品质性状的遗传参数,筛选出了与哈氏单位、蛋重、蛋壳强度有关的分子遗传标记。结果表明:①蛋品质大多数性状间相关性不显著;②文昌鸡群体内遗传差异较大,保留着丰富的遗传多样性;③位于2号染色体的标记ADL0176、MCW0239和4号染色体的标记MCW0240与55周龄哈氏单位呈显著相关;位于4号染色体的标记LEI0119与55周龄蛋重相关;位于Z染色体的标记MCW0246和LEI0229与55周龄蛋壳强度呈显著相关。本研究结果为文昌鸡的蛋品质的间接选择提供理论依据,同时也为哈氏单位、蛋壳强度、蛋重的QTL定位和标记辅助选择提供理论依据。     

小麦雌性育性QTL的高效定位策略

为了高效地定位小麦雌性育性QTL,以选择表型及连锁不平衡结合策略筛选候选标记.对选取的SSR 标记在实验群体中以隐性极端不育亚群体估算其重组频率( c 值) ,确定染色体2AS、2DS 上可能存在QTL.再对候选染色体上18个标记分别计算c 值,并用育成品种与小麦雌性不育系XND 126组成的品种(系)群体计算标记与可能位点间的连锁不平衡值( LD 值) .结合c 值和LD 值提供的位点信息构建部分连锁群,通过实验群体F２ 的连锁分析定位了小麦雌性育性位点taf1.结果发现与taf1 位点连锁较紧密的标记,其c 值较小而LD 值较大.分析认为结合连锁分析和关联分析优势,同时选择c 值较小而LD 值较大的多态性标记有利于快速确定与位点紧密连锁的标记,从而达到高效定位QTL 的目的,并有助于揭示小麦雌性育性的遗传机制.     

水稻隐性早熟突变体ref早熟性的遗传分析和基因定位

为了更好地理解水稻早熟性的遗传机制,对隐性早熟突变体ref进行了遗传分析和基因定位。突变体ref对光周期不敏感,与6个晚熟品种(系)杂交F1代均为晚熟。ref×嘉禾218 F2分离群体抽穗期呈现连续双峰分布,早抽穗和晚抽穗之比符合1∶3的分离比,表明ref早熟性主要受1对隐性早熟基因控制。F2群体中1 005株早熟和晚熟单株组成定位群体,混合基因池分析发现5号染色体上SSR标记RM7302和RM3853与突变体ref早熟基因连锁。构建5号染色体的连锁图谱,进行表型和标记基因型的连锁分析,进一步确认突变体ref早熟基因定位在标记RM7302和RM3853之间18.32 c M的遗传区间内。     

玉米抗矮花叶病QTL的定位分析

以黄早四(抗)和Mo 17(感)为亲本建立了239个RIL系的群体,利用该群体构建了包含101个SSR标记的遗传图谱,覆盖玉米基因组1 422.7 cM,标记间的平均距离为15.6 cM.通过人工接种鉴定,评价了亲本及239个RIL系对MDMV病毒B株系的抗性反应.采用复合区间作图法对玉米矮花叶病抗性QTL进行了定位及其遗传效应分析,在第5,6染色体上各定位了控制发病率的1个微效QTL和一个主效QTL,分别与标记bnlg 602,bnlg 161连锁,其遗传效应能分别解释表型方差的2.3%和33.8%.在第6染色体上定位了控制病情指数的2个主效QTL,分别与标记bnlg161,y1ssr连锁,其遗传效应分别能解释表型方差的56.5%和76.8%.     

应用蛋白质多态性对家鸡起源的研究

对国内外29个鸡种5个血液蛋白质多态位点上等位基因频率进行遗传距离的计算,并进行了聚类分析。结果表明,原产于意大利的来航鸡和原产于英国的罗斯鸡亲缘关系最为接近;亚洲鸡种间的亲缘关系较近;而家鸡与原鸡间的亲缘关系较远。就4种原鸡(红色原鸡、灰色原鸡、锡兰原鸡、绿颈原鸡)而言,以红色原鸡和家鸡的亲缘关系较为接近。聚类图一方面反映出鸡种之间因地理隔离造成的遗传分化,另一方面也说明红色原鸡可能是家鸡的主要祖先。     

原鸡与家鸡不同组合F1代屠宰性能及性状间相关性分析

[目的]为野生原鸡适时开发、家鸡遗传改良等提供实际指导意义。[方法]以原鸡滇南亚种（♂）分别与原鸡（♀）、茶花鸡（♀）、绿耳乌骨鸡（♀）、楚雄麻鸡（♀）不同组合的F1代（♂）为研究对象,测定其体型体尺性状、屠宰性能及进行相关性分析。[结果]体型体尺、屠宰性能在不同组合F1代间存在显著差异（P〈0.05）,从绝对产肉性能和体型体尺性状来看,原鸡纯种F1代表现最差;从相对产肉性能来看,仅屠宰率在各组间差异不显著（P〉0.05）,其余指标存在组间显著差异（P〈0.05）。就体型性状与产肉性状间的表型相关性而言,不同组合F1代间虽有不一致的表型相关系数,但总体表现为体斜长、胸骨长及胸围与产肉性状相关系数较大。[结论]体斜长、胸骨长及胸围为原鸡不同组合F1代产肉性能的主要决定因素。     

家鸡(Gallus domesticus)和原鸡(Gallus gallus)的染色体及G-带带型比较研究

 本文报道了家鸡(Gallus domesticus)和中国原鸡(Gallus gallus spadiceus)的染色体组型和G-带带型.其结果是,二者的染色体数目2n=78,性染色体均为ZZ(雄性)和ZW(雌性)型;测量和计算了两种动物全部染色体(包括微小染色体)的相对长度、双臂染色体的臂比和着丝粒指数,二者各对染色体形态和相对长度基本相似,据此绘制了两种动物染色体相对长度、着丝粒指数比较模式图.对家鸡和原鸡1-19号常染色体和性染色体Z进行了G-显带,并比较和分析了二者染色体G-带带型特征,发现家鸡1号、2号染色体着丝粒区均浅染,而原鸡1号染色体长臂区域为浅染,短臂区域及2号染色体整个着丝粒区域均为深染.3-19号及性染色体Z的G-带无明显差异,据此绘制了家鸡、原鸡1-19号染色体G-带比较模式图.根据家鸡和原鸡的染色体数目、形态相似,1-19号染色体G-带同源这一事实,讨论了家鸡和原鸡的核型进化关系,进而为家鸡起源于原鸡的说法提供了细胞遗传学证据.     

中国原鸡(Gallus gattus) 的染色体研究

 本文报道了产于中国南部原鸡(Gallus gallus)的染色体组型及其 G-带核型。其染色体数目2n=78;性染色体雄性为zz,雌性为 zw。全部常染色体(包括微小染色体)和性染色体经测量分析,计算了双臂染色体的臂比、着丝粒指数和全部染色体的相对长度。分析了1—19号常染色体和性染色体的G-带带型,并绘制了相对长度模式图和G-带模式图。     

原鸡与家鸡杂交F_1代肉质特性分析

以原鸡滇南亚种(父本)与原鸡(母本)、茶花鸡(母本)、绿耳乌骨鸡(母本)、楚雄麻鸡(母本)不同组合F1代为研究素材,分析比较了其常规肉质性状和基本营养成分。结果表明:宰后45 min,原鸡杂交F1代胸、腿肌pH值显著低于纯种原鸡(P<0.05),宰后24 h pH值与宰后45 min相比呈下降趋势,纯种原鸡下降最为明显;胸、腿肌系水力、滴水损失率、蒸煮损失率、肌纤维直径(密度)等指标在不同组合间多数存在显著差异(P<0.05)。就营养成分而言,胸、腿肌水分含量及胸肌粗蛋白含量在各组合间差异均不显著(P>0.05),原鸡(父本)与茶花鸡(母本)杂交F1代、纯种原鸡腿肌粗蛋白含量显著高于其余两组(P<0.05);胸肌及腿肌的粗脂肪、粗灰分含量在不同组合间存在差异,且多数达到显著水平(P<0.05)。总体而言,原鸡(父本)与茶花鸡(母本)肉质特性杂种优势较大,原鸡(父本)与楚雄麻鸡(母本)杂种优势较小。     

藏马微卫星标记遗传多样性研究

为研究西藏藏马种群的微卫星多态性,应用生物素标记的微卫星探针与藏马基因组酶切片段杂交,通过链霉亲和素包被的磁珠捕获150～1 000 bp含有微卫星序列的DNA片段,连接到pEASY-T1载体中,构建藏马基因组微卫星富集文库。结果表明:从2 380个转化子中随机挑取112个阳性克隆进行测序后,经筛选比对发现,从62个微卫星中筛选出39个在马属基因组卫星库中未被检测到的微卫星;成功设计了10对藏马微卫星引物,经聚合酶链式反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)方法检测到3个具有多态性的微卫星标记,其中有2个多态性信息含量(PIC)值均大于0.5。因此,这3个微卫星标记可应用于藏马遗传多态性检测、种群遗传结构等方面研究,为藏马遗传连锁图谱的构建、辅助育种、群体遗传学分析、基因组结构分析以及分子进化研究等提供依据。     

鸡微卫星DNA标记与屠宰性状的关系

利用25个微卫星标记,对以隐性白羽鸡和仙居鸡为亲本建立的F2群体500只鸡进行遗传检测,并测定各个体的活重、屠体重、屠体率、胸肌率、腿肌率和腹脂率,采用方差分析法对微卫星DNA标记与屠宰性状进行相关性分析。研究结果表明,各位点平均等位基因数为5,平均杂合度为0.701 2,平均多态信息含量为0.646 8。方差分析结果显示:MCW 0095、ABR0322、ADL289、MCW 4、ADL166、MCW 104和MCW 67对活重、屠体重有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);MCW 104对屠体率有极显著影响(P<0.01);ABR0322、ADL166和MCW 67对胸肌率差异显著或极显著(P<0.05或P<0.01);MCW 0223和ADL166对腿肌率有显著或极显著影响(P<0.05或P<0.01);ADL136和MCW 67对腹脂率有显著影响(P<0.05)。其他标记对性状的影响未达到显著水平。     

基于RNA-seq的百萨偃麦草染色体特异分子标记开发与应用

【目的】百萨偃麦草（Thinopyrum bessarabicum Löve, 2n = 2x = 14, JJ或E^bE^b）是小麦改良的重要亲缘物种,开发染色体特异分子标记对于加快其有利基因向小麦中的转移和应用有重要意义。【方法】利用百萨偃麦草分蘖期叶片RNA-seq获得的EST序列与节节麦D基因组序列进行比对,鉴定出4 957条没有相似性的序列作为筛选百萨偃麦草特异序列的基础序列。从这些基础序列中随机选择部分序列设计EST-PCR引物507对,通过在普通小麦中国春、百萨偃麦草和中国春-百萨偃麦草双二倍体中的扩增分析,筛选出百萨偃麦草基因组特异标记,然后在已经选育出的8个小麦-百萨偃麦草异染色体系中进行染色体定位,并探讨这些标记在小麦染色体工程中的应用潜力;根据谷类作物的共线性,以百萨偃麦草EST序列设计共线性引物100对,并比较这些引物的扩增和定位结果。【结果】在开发的507对引物中,204对（40.2%）在百萨偃麦草和中国春-百萨偃麦草双二倍体中具有特异扩增,多态率远高于利用小麦（12%）和百萨偃麦草（14%）EST设计的234对共线性引物产生的多态率,建立了高效开发小麦亲缘物种特异标记的新方法;利用8个中国春-百萨偃麦草异染色体系,共定位了198个百萨偃麦草特异标记,分别位于染色体1J（31）、2JS（15）、2JL（26）、3JS（20）、4JS（12）、4JL（12）、5J（27）、6JS（13）、6JL（22）和7JS（20）,其中189个是根据百萨偃麦草转录组序列设计;利用定位于1J和6J的特异标记确定了4个易位系的染色体身份,其中1个涉及1J的大片段易位,2个涉及6JS的不同区段易位,1个为小片段中间插入易位;利用这些易位系,将30个1J和12个6J特异标记分别定位于2个物理区段。【结论】通过RNA-seq结合与小麦基因组序列比对可以获得小麦亲缘物种相对特异的EST序列并据此开发引物,建立了开发外源染色体特异标记的新方法,开发的标记可应用于小麦异易位系鉴定和缺失物理图谱的绘制。     

三疣梭子蟹微卫星标记的筛选及特征分析

微卫星序列包含有多种重复单元,在其两碱基重复的类型当中,CT／GA重复类型在功能基因组中比例较高。三疣梭子蟹是重要的养殖品种,对遗传种质的分析需要开发大量的分子标记,本文利用5’锚定引物PCT筛选三疣梭子蟹的CT／AG微卫星分子标记,测序的41个克隆子中,35条序列含有微卫星DNA序列,阳性克隆比率达到85．4％,共检测到55个微卫星位点,分布于20条序列中,其中19条序列检测到2个或2个以上微卫星位点。对所有筛选到的微卫星位点进行分类统计后表明,核心序列为（CT／AG）的有27个（50％1,27个位点为其他类型的重复。结果表明三疣梭子蟹CT／AG微卫星标记在三疣梭子蟹基因组中含量较丰富,5’锚定引物法在筛选特定标记的同时,还筛选了其他类型的微卫星标记,具有较强的筛选效率。